木村氏
近江の木村氏
近江国蒲生郡木村（のちの滋賀県蒲生郡蒲生町木村、現在の同県東近江市木村町）が発祥。
12世紀末、『源平盛衰記』巻37で平通盛を討ち取る木村成綱は紀成高の四代の孫とされ、『姓氏家系大辞典』でも紀姓説をとっている。一方、『佐々木系図』（『続群書類従』所収）で成綱を佐々木経方の後裔とし、かつ、経方の次男行定の母を紀盛宗の娘としていることから、『近江輿地志略』では、行定の子定道が祖母の姓である紀姓を仮冒して称したのであり、本来は佐々木氏の一族とする。
後世、その子孫は宇多源氏佐々木氏流を称し、江戸時代の幕臣として9家が『寛政重修諸家譜』に掲載されている。家紋は四目結、あるいは釘貫。安土桃山時代に豊臣氏の家臣となった、木村定重・重茲・重成らもこの流の後裔と考えられている。
近江国滋賀郡堅田（現在の滋賀県大津市堅田地区）の人に、弓術出雲派の吉田重綱の弟子で、寿徳派の創始者木村寿徳がいる。元は猪飼氏を称していたとされる。
阿波の木村氏
文治2年（1186年）閏7月22日、源頼朝により阿波国天領麻殖保の保司に任命された平康頼と共に2人の平姓を名乗る者が行動を共にし、家人の鶴田氏を加えて4人が同国森藤の地に下向して善政を行ったという。 後に承久の乱で、康頼の嫡男・平清基は後鳥羽上皇方に味方して敗れ、麻殖保の保司職を解任され、平を名乗る2人は百姓となることで辛うじて生存だけは許されたが、百姓が平姓を名乗っていくことまでは許されなかった。一人は木室氏（現・木村）を名乗り、他の一人は田室氏（現・田村）を名乗った。家紋は両家共に丸に抱き茗荷である。平家の紋は丸に抱き茗荷であったらしく、平家の末裔とされる長田氏も同様の家紋を用いている。茗荷は冥加の字にあてられたもので神仏の御加護を願うものだという。
天保の大飢饉で大塩平八郎の乱に加わった木村司馬之輔の本家である木邑権右衛門も同じ木邑姓を名乗っていたが、これは、大坂夏の陣で討ち死にをした木村長門守重成に繋がるという。平八郎が一族の命運を賭けねばならぬ戦いに権右衛門を誘ったのは源平交代論で源氏を名乗る徳川を倒すのは平氏であるからだろう。乱自体は半日で終息するものであったが幕府に与えた影響は激甚であった。阿波にもこの何の合理的な根拠もない源平交代論を信じる者が居て極悪の末として木邑氏および田室氏の根絶を計ろうとした。総本家茂兵衛および多くの者が亡くなり多くの子供たちが亡くなった、根絶されるのだと分かればただ座して待つわけにはいかない、尊皇攘夷派の天狗党として結集させ討幕へと繋げて行った。この天狗党に多くの木邑氏が加わり凄惨な殺し合いが行われ幕府方により斬首されたり獄死をするなどして多くの犠牲者を出し義民として靖国神社に合祀をされている。木邑氏は大姓であった木村氏を詐称し田室氏もまた大姓であった田村氏を詐称して平であることを隠し幕府方の追跡を逃れた。（『大塩研究 第４４号』「「猪飼野探訪」案内記」附　釈淨円墓碑破却の顛末　足代健二　天保二辛卯初秋建焉　木邑権右衛門（註３））
藤姓足利氏流木村氏
下野国都賀郡木村（現在の栃木県栃木市都賀町木）が発祥。藤原北家秀郷流で、藤姓足利氏の祖である足利成行の玄孫信綱を祖とする。『太平記』巻3に見える木村次郎左衛門もこの一族とされる。また子孫に、江戸時代の幕臣として3家が『寛政重修諸家譜』に掲載されている。家紋は三頭左巴、または五三桐。
神姓
神氏の一族である。諏訪氏と同族。
下総の木村氏
下総国（現在の千葉県北部を中心とする地域）の一族である。千葉氏の一門。
陸奥の木村氏
陸奥国三戸郡（現在の青森県）の豪族。慶長年間まで五戸館（ごのへだて、青森県三戸郡五戸町字館）を居館としていたという。又重氏・戸来氏も木村氏の一族とし、紀長谷雄から続く系図がある。一方、『奥南旧指録』では紀名虎の後裔としている。木村秀清など。
また、浅瀬石城主浅瀬石氏重臣に木村越後があり、猿賀館を領した。後に津軽為信に仕えるもその後の消息は不明。また、津軽地方一帯に「木村」姓が分布するも、出自は不明。
常陸国の木村氏
常陸国にも木村氏の家系が数流確認される。佐竹氏の家臣 木村氏は本姓を源氏とし、清和源氏の家系であるという（または、宇多源氏流近江源氏 佐々木氏の流れとも）。陸奥国菊田郡林下郷木村にあり、木村を名乗ったとされ、永正10年（1513年）、木村民部義久が佐竹氏より禄280石を給され、久慈東郡金砂郷村芦間へ移ったという。二郎大夫義昌は建武年間（1334年から1338年）、南北朝合戦に功をあげ、那珂通辰はじめ那珂氏、川野辺氏など南朝諸勢力を破ったとされる。
また、常陸国には宇多源氏の流れを汲む近江源氏の木村氏の家系があり、元は鎌倉幕府御家人 佐々木四郎高綱に属し、500貫を給されていたという。始祖木村陸奥守義胤は平治元年（1160年）、源義朝の討ち死ににより、諸国の源氏は影を潜めるさなか、義胤子孫三代のうちに常陸国の佐竹氏に随い、350貫を給され、木村義維は従五位下相模守に任官したとされる。別系 弥右衛門直通、佐竹義宣の秋田転封に際して足軽として平鹿郡横手に住まうという。
さらに、『山方町史』には同町に存する木村氏について載せ、木村綱宗は文治年間（1185年～1189年）佐々木定綱の臣として仕えた後、佐竹昌義に仕え、その子 綱俊は佐竹秀義に随い、西金砂合戦に功ありといい、250貫を賜るといい、太田郷佐都西に住むという。後に延徳3年（1491年）久慈東郡竹合村に移り、永禄5年（1562年）2月、小貫村大沢平に移住、佐竹氏の秋田転封後も常陸国内に定住、山方村舟尾、久慈郡盛金、長貫、田野にも分家があるという。
家紋は宇多源氏流が五つ瓜に四つ目、丸に片喰、丸に釘抜き、丸に立ち沢潟、丸に平四つ目、丸に四つ目を用いるとされ、清和源氏流が丸に花菱の家紋を用いるという。また藤原流木村氏は左三つ藤巴、左三つ巴、丸に下がり藤を用いるという。さらに、本姓不詳の木村氏が対い蝶を用いるとされている。
秋田藩士 木村氏
佐竹氏の家臣に木村氏あり。
木村備中守の家系は本姓 源氏。佐々木氏の一門という。はじめ常陸国那珂郡山方村にあり。丹後の代に鹿島郡次いで下野国に移住し、その子 正勝の代に佐竹義宣の秋田転封に随行する。
系譜 木村備中守―丹後―正勝一正光―正家―正朝
木村源十郎は佐竹義重に仕え、孫の直職の代に秋田転封に随行する。代々、平鹿郡横手に住まう。石高45石。木村清五郎直於、木村治兵衛直飯なる者あり。
系譜 木村源十郎―安直―直職―直光―直営―直綱―直英
木村與左衛門は佐竹義宣に随い、常陸国より秋田に移住し、壁塗勤仕するという。
系譜 木村與左衛門―太治兵衛―太治兵衛重侯
豊臣家臣 木村氏
16世紀、豊臣氏の家臣となった一族で、木村吉清・清久父子、木村勝重（藤原姓を称し、元の苗字は木下であったが、秀吉の家臣となる際に木村氏に改姓した）らがいる。