村上武吉
出自
村上氏の遠祖は清和源氏または村上源氏ともいい、平安時代の末頃から伊予国の河野氏と結んで瀬戸内に勢力を張ったと伝わる。南北朝時代の頃、南朝のてこ入れのため北畠顕家の息子が村上家に入り村上師清と名乗ったのが後の三島村上氏の先祖となると言われるが、この人物を北畠氏側の史料では確認できないようである。いずれにせよ村上氏の出自は定かではない。
村上師清の子供は能島、来島、因島の三島に分かれて、勢力を張った。代々伊予の河野氏との関わりも深かったようであるが、周防国の大内氏の勢力が伸びてくるとその傘下にも入った。三島は一応能島を宗家としていたが、因島は安芸国の児玉氏や小早川氏と親しく、来島は伊予の河野氏に近いなどそれぞれの利害関係はかなり異なり、独自に行動することが多かった。
家督相続まで
永正5年（1508年）、大内義興が京に上ったとき中国地方の多くの大名、豪族が従ったが、曽祖父・能島雅房もこの時京に上り、数人の子供を作った。これが能島で作った子供達との間で家督争いを行い、能島の内乱となる。
武吉は幼くして祖父・村上隆勝を暗殺され、自らの命も危うくなったために難を避けて島を離れ肥後国の菊池氏を頼った。元服の際に武吉と名乗ったのは菊池武俊の偏諱を受けたことによる。しかし、菊池側の史料には「武俊」の名はみられないため、大内氏の偏諱を賜った可能性が指摘されている。やがて能島に戻ると従兄の村上義益とそれを支援する来島勢を叔父の村上隆重の支援も受けて破り、能島当主となった。義益が病死すると来島の村上通康と和義を結びその娘を娶り、村上三島の頭領格となった。
厳島の戦い以降
天文24年（1555年）の毛利元就と陶晴賢の厳島の戦いの際には「1日だけの味方」の言葉に引かれて毛利方に加担して、以降毛利氏との関係を深めたと言われるが、実際に能島水軍が毛利方に加勢したかどうかについては見解が分かれ、確証が得られていない。しかし、以後は毛利氏の周防・長門の平定（防長経略）に協力し瀬戸内海一の水軍勢力となった。塩飽諸島など瀬戸内の他の水軍衆とも手を結んだ他、一族重臣である隆重を備中笠岡城、嶋吉利を備前児島本太城、村上武満を周防上関と瀬戸内の要衝を抑える位置に置き、通行する船から帆別銭（通行料）を取り立て、大いに栄えた。
永禄12年（1569年）に毛利の九州攻めが失敗すると、この頃より大友氏や三好氏などと関係を深め始め、大内輝弘の乱の際には大友水軍に伊予灘を素通りさせた。不穏な行動を取り始めた武吉に対して毛利氏は元亀元年（1570年）9月に毛利元就・毛利輝元・小早川隆景の三者が起請文を武吉と交わし、互いが入魂の関係である事を改めて確認した。
しかし武吉は元亀2年（1571年）2月には公然と反毛利の姿勢を取り、毛利と敵対する浦上宗景が児島の占拠を窺う中で本太城に兵を入れて、毛利方の児島守備隊の背後を脅かしたため、ついに小早川隆景が本太城討伐の兵をあげ、4月までには陥落した。同年7月に隆景が能島攻めの軍を起こすと来島・因島水軍もこれに従ったため、孤立した能島は三好氏や塩飽水軍に兵糧の補給を要請したが、これも隆景の軍勢に阻止され、翌元亀3年（1572年）まで能島を包囲・海上封鎖されるという苦境に追い込まれた。
この後も大友宗麟は来島水軍と武吉との講和を仲介したり、「門司・赤間や伊予へと出兵して毛利を脅かす」と約束したりして、能島水軍の反毛利同盟への繋ぎ止めを図ったが、結局のところ宗麟の約した門司・赤間への出兵は空手形であり、武吉の考えは徐々に毛利との関係修復へと傾いていく。天正3年（1575年）2月には備中兵乱の平定に関して武吉が隆景に祝儀を送っており、この頃までにはかなり毛利氏との関係は改善していたと見られる。
毛利が織田信長と戦うと、村上水軍は小早川・児島・乃美水軍などと共に毛利方水軍として活躍した。特に天正4年7月13日の第一次木津川口の戦いでは、自身は参加せずに嫡男の元吉が出陣して主力として戦い大勝を収めている。しかし信長の鉄船6隻と戦った天正6年（1578年）11月の第二次木津川口の戦いでは惨敗を喫した。
海賊停止令
その後、中国攻略にあたった信長の家臣・羽柴秀吉から調略を受け来島通総率いる来島水軍並びに武吉の能島水軍がこれに応じるという雑説が毛利家中で立ち、毛利家臣の乃美宗勝が武吉の説得にあたった。結局の所、雑説の通りに来島通総は織田方に寝返ったが武吉は毛利方に留まり、織田についた来島を占領する。しかし天正10年（1582年）に起こった本能寺の変の後、秀吉と毛利が和睦し、来島の返還を要求してくるとこれを拒否し四国攻めにも加わらなかったため、再び小早川隆景に攻められ能島を明け渡し、隆景の所領竹原（広島県竹原市）に移住させられた。さらに天正16年（1588年）、秀吉の海賊停止令に背いたとして豊臣政権から詰問を受け、嫡男の元吉が上洛して弁明にあたったようである。以降、隆景に従って筑前国に移り、隆景の跡を養子の秀秋が継ぐと毛利家の家臣となって所領のある長門に移動、秀吉の死後は再度瀬戸内に面する竹原へと戻ったようである。
慶長3年（1598年）、死の直前の秀吉から、豊臣姓を与えられている。
家督を継いだ元吉とその弟・景親らは毛利、小早川勢に従って朝鮮で戦い（文禄・慶長の役）、続く関ヶ原の戦いでは西軍として、伊勢湾沿岸、紀伊沿岸、阿波を攻め、加藤嘉明の伊予松前城を攻めたが、加藤嘉明の老臣佃十成の三津浜夜襲により元吉は討ち死にしている。戦後、毛利氏が防長2カ国へと減封されたのに従い再度竹原を離れ（これを竹原崩れと称する）、江戸幕府の制海権掌握にともない、ここに村上水軍は壊滅。これ以降は毛利の家臣として元吉、景親の2系統が三田尻で船手衆を務め、朝鮮通信使の警護などを行うことになる。
慶長9年（1604年）に死去。家督は孫の元武が継いだ。現在の山口県大島郡周防大島町に館跡と共に墓所がある。法号は大仙寺覚甫元正。
武吉が著わしたとされる水軍の兵法書『村上舟戦要法』は、秋山真之によって日本海海戦の際に参考にされたといわれている。
逸話
海賊として粗野なイメージが強いが、大山祗神社にて一族の結束を固めるために連歌会を多く催しており、武吉個人も非常に多くの連歌を残し、武だけではなく教養にも秀でていた事が垣間見られる。ルイス・フロイスは、彼を「日本最大の海賊」と評している。
文書『萩藩譜録・村上図書元敬寄組』（山口県文書館蔵）中の家系図に、娘がいたことが記されているが、この娘に関する資料は同文書しか発見されておらず、また名前や実在時の行動などは一切不明。なお、この娘を元に創作されたのが和田竜の小説『村上海賊の娘』である。