特別指定選手
男子サッカー
「JFA・Jリーグ特別指定選手制度」が正式な名称であり、対象者は全日本大学サッカー連盟、全国高等学校体育連盟、または第2種日本クラブユースサッカー連盟のいずれかに加盟しているチームの登録選手、受け入れ先はJリーグ所属クラブである。
JFA技術委員会が、上記3連盟の意向に基づき推薦選手を発表して各Jリーグクラブへ通達し、クラブ側は推薦選手、または指定選手としての加入を希望する選手を選び、当該選手の所属先のクラブと交渉し、合意が得られた場合、申請書・覚書・活動計画書・メディカルチェック結果を技術委員会に提出する。技術委員会で承認された場合、その旨がクラブ側に連絡され、またJリーグ選手証が発行される。
受け入れ先クラブには毎月活動報告書・翌月の活動計画書をJFAに提出し、承認を得る義務が生じる。もし報告書・計画書上における実績が制度上そぐわないと判断された場合、認定が解除される場合もある。
当初このシステムは1998年に強化指定選手という名称で始められ、当初は高校生のみが対象だった。矢野隼人（1999年指定、当時の所属は帝京高等学校）がヴェルディ川崎（現・東京ヴェルディ）で出場したのが、この制度によって実際にJリーグの公式戦に出場した最初の例である。この前後にも毎年10人前後が強化指定を受けていたが、公式戦に出場できたのはごくわずかであった。
この反省に立ち、2003年から制度が変更され、現在の「特別指定選手」という名称に改められた。主な変更点は、大学生に対する門戸開放、指定期間の短縮（1年→4ヶ月）、Jリーグクラブからの能動的な申請（従来は協会側の推薦する選手に限られていた）などである。指定期間については、2004年からはさらに1ヶ月単位と短くなった。
2018年からは受入先のJクラブにプロ選手として加入が内定している選手(契約内定選手)であることが条件となった。
歴代の強化指定選手・特別指定選手については、特別指定選手としてJリーグクラブに登録された選手一覧を参照のこと。
フットサル
2014年に設立。対象者は日本サッカー協会フットサル加盟登録選手のうち、Fリーグに出場していないチームに所属する選手。受け入れ先はFリーグ所属クラブとなる。
申請はフットサル委員会によって審査・認定される。3ヶ月の認定期間毎に活動報告書を提出し、活動実績が認められれば認定期間を延長できる。また、1クラブで同時期に登録できる人数は3人に限られる。
登録選手はほとんどがFリーグクラブのサテライト所属選手であり、それ以外ではカティオーラ アズナの山口敬太（2014-15、バサジィ大分）、多摩大学の石田健太郎（2016-17, 2017-18, 2018-19、バルドラール浦安）等数例である。
バスケットボール
2016年にBリーグ発足とともに設立。対象者は全日本大学バスケットボール連盟および全国高等学校体育連盟のいずれかに加盟するチームの16歳から22歳までの選手。受け入れ先はBリーグまたはB3リーグ所属クラブとなる。
各クラブが特別指定選手として登録することができるのは2名までで、契約期間は3ヶ月まで。