元善光寺駅
リニア中央新幹線の駅について
リニア中央新幹線の駅が、当駅の南西1kmの座光寺地区と上郷飯沼地区の境界に設置されることになったと報道されている。なお、2011年8月5日にJR東海から長野県内の駅予定地が発表された際には、飯田市座光寺地区と高森町を含む「天竜川右岸平地」とされたため当駅付近が最有力とされていたが、後に座光寺地区に遺跡群が発見され、ルートを遺跡群の南側に移動させることになった。
報道通りに決定した場合は飯田線の伊那上郷 - 元善光寺駅間に新駅の設置を検討することになる。
駅構造
単式ホーム1面1線と島式ホーム1面2線を有し、列車交換が可能な地上駅。互いのホームは構内踏切で連絡しており、単式ホーム側（北側）に駅舎がある。1・2番線が本線、3番線が上下副本線となっているが、現在は3番線を使う定期旅客列車はない。島式ホームの南側には側線が1本引かれている。
飯田駅管理の無人駅。2013年3月までは東海交通事業の職員が業務を担当する業務委託駅で、JR全線きっぷうりばも設置されていた（早朝・夜間は無人だった）。
貨物取扱・専用線
現在、JR貨物の駅は車扱貨物の臨時取扱駅となっており、貨物列車の発着はない。貨物設備や接続する専用線もなくなっている。
1974年に、周辺の駅に散在していた石油・セメント会社の専用線を当駅に集約したため、5社の専用線が接続したが、1997年までに全廃された。専用線は駅の南西に向かって分岐し、東洋石油（昭和シェル石油系）、秩父セメント飯田サービスステーション、小野田セメント飯田サービスステーション、イタクニ（コスモ石油系）飯田油槽所、JA全農長野下伊那LPガスセンターへ続いていた。
また、中津川線が完成した暁には、石油ターミナルが建設される予定であった。
なお、豊川駅から当駅の間について、JR貨物は第二種鉄道事業免許を有していない。