日米地位協定
概要
この法律の第17条により、「合衆国の軍法に服するすべての者に対して（第17条1-a）、また米軍基地内において（第17条1-b反対解釈）、合衆国の法令のすべての刑事及び懲戒の裁判権を日本国において行使する権利を有する。」とされ、合衆国軍隊が第一次的裁判権を持つ。「統一軍事裁判法」に服する者には、日本で罪にならない犯罪でも同法で犯罪となるなら、米軍が専属的裁判権を行使する権利を有する（第17条2-b。日本国法令ではなく合衆国法令やアメリカ軍軍法その他が適用される）。また裁判権が競合する場合でも、公務執行中の作為又は不作為から生ずる場合は、合衆国軍隊の構成員又は軍属に対して米軍が第一次的裁判権を有する（第17条3-a）とされる。
不平等性の主張
協定の改定を求める日本の人々は、日米地位協定が不平等であると主張している。同じ第二次世界大戦敗戦国のイタリア共和国、ドイツ連邦共和国が冷戦後に大使館の土地以外の管理権があるのに対して日米地位協定は1960年以来、運用改善のみで一言一句改定されていない。
全国知事会は、2018年夏、米軍が管制する広大な横田空域の返還が進まない問題が山積されており抜本見直しを提言した。地方議会でも同趣旨の意見書可決が相次ぐ。
外務省の日米地位協定合意議事録は2000年代初頭まで公表されず、2019年現在も一般国民の目に届いていない議事録の運用こそが米軍基地をめぐる問題の根底にある。
裁判権
第17条5(C)により、日本で裁判を受けるべき被疑者であっても、アメリカが先にその身柄を拘束した場合は、身柄が引き渡されるのは、検察庁により起訴がなされた後である。このため、起訴までの間に充分な捜査ができない。更には重罪にも拘らず、身内の行為として不当に寛大な処分がされる恐れさえある（→軍法会議#軍法会議の問題点）。
1956年3月28日の日米合同委員会では、職場で飲酒した後の帰宅途中に事件事故を起こしても「公務中」とみなす取り決めが、同年10月28日の委員会裁判権分科委員会刑事部会会合では、第一次裁判権さえ放棄し『実質的に重要であると認める事件についてのみ権利行使』とする密約が結ばれていた事が後年に判明している。
これが如実に現れたのが、1974年の「伊江島住民狙撃事件」である。当初、在沖米軍は容疑者の“公務外”を認め、日本に一次裁判権を譲ったが、直後に国務省・国防総省の強い反発と突き上げを受け、事件の概要を改変してまで急遽公務証明を発給し、日本外務省の抗議の中、一次裁判権を強引に移管させた。国務長官緊急電の『国務省・国防総省共同メッセージ』はその理由を「米国内の事情」と「もし裁判権を行使し損なったら、その影響は米国が他の国々と結んでいる一連の地位協定にまで及び、……米軍要員の士気にも及ぶ」ためであるとしている。
1975年在日米軍牧港補給基地で環境基準の8000倍の六価クロム検出、在日米軍は1年間使用されず、廃棄される予定と使用を認めず。労働基準局長、立入調査の段階で、すでに建物は閉鎖状態で納品サンプルを採取できず実態がつかめず、労働者の健診は行われたが、六価クロムとの因果関係は認められず。
1995年には、アメリカ海兵隊の兵士3名が12歳の女子小学生を拉致した上、集団強姦した。裁判自体は日本管轄で行われたものの、実行犯である3人が日本側に引き渡されなかったことが大きな問題になった（沖縄米兵少女暴行事件）。
2002年6月に沖縄で、窃盗容疑で逮捕された整備兵が「急使」（米軍のクーリエ）の身分証明書を保持していたため、釈放され任意調べに切り替えられた事件、4月には在日オーストラリア人女性が、横須賀で空母「キティホーク」乗組員に強姦され、しかも容疑者は事件発覚前に海軍当局によって名誉除隊させられアメリカ本土に逃亡する事件が起きている。
2004年8月、沖国大米軍ヘリ墜落事件が発生した際には、アメリカ軍が一時的に現場を封鎖していた。沖縄県警察は航空危険行為等処罰法違反で、公訴時効いっぱいの3年間にわたり捜査を行なったが、協定の壁に阻まれ全容解明は出来なかった。『米軍機事故の現場は協定により全てアメリカ軍管轄地』の拡大解釈がされている疑いがある。
2008年4月には、沖縄県北谷町で、海兵隊憲兵隊が、万引きで店員に現行犯逮捕された海兵隊員の家族少年を、110番通報で駆けつけた沖縄警察署員の引き渡し要求を無視して、身柄を拘束し基地内に連行（憲兵隊は「容疑者が暴れる恐れがあったため」と弁解している）、その後解放し任意調べにするという事態が起きた。沖縄署は「優先権侵害であり捜査妨害」と表明している。
2013年、AP通信が情報開示を求めた結果、2005年からの性犯罪処分者中、詳細が判明した244人の3分の2は、自由刑を受けず降格や不名誉除隊、罰金などの人事処分のみだったことが判明。国防総省は軍法会議にかけるよう努力していると説明しているが、ほとんど守られていない事実が明らかになった。
将兵の地位
第9条第2項により、将兵・軍属は外国人登録の義務がない（「合衆国軍隊の構成員は……外国人の登録及び管理に関する日本国の法令の適用から除外される」）。日本への出入国に際してはパトリオット・エクスプレス（軍用飛行場のみを経由するアメリカ空軍チャーター便）や軍港を通じて入境すれば、出入国管理及び難民認定法・出入国管理の対象外（パスポート不要。軍人IDカードさえあればよい。犯罪歴があっても入国出来る）で、また営外居住の場合は誰がどこに住んでいるのか把握出来ない。その総人数は“日本の外国人”の統計から除外せざるを得ない。
軍車両は「軍務」として証明を取れれば、有料道路通行料は日本政府負担となる。この「軍用車両有料道路通行証明書」が際限なく発行され、私用のレンタカー、果ては団体観光旅行「ヨコタツアー」にまで使用されている。自動車の取得に当たっては、日本人・在日外国人を問わず車庫証明の提出が義務付けられているが、沖縄では基地外在住であるにも拘らず将兵・軍属が「保管場所は基地内」と強弁し、証明を提出せず自動車保管場所確保の義務を免れている疑いが2008年5月に浮上。
また“米軍関係者の拘禁に当たっては習慣等の相違に考慮を払う”と定めた「地位協定に基づく日米合意」により、一般人には当時は全面的に認められていない「取調べの可視化」、弁護人の同席が保障されている他、横須賀刑務所に収監されている米兵服役者は、食事などで日本人服役者に比べて厚遇されている事が2002年に判明した。拘留中の厚遇は、他の外国人では殆ど例がない。
その他
AFN他、米軍無線局には電波法は適用されない。日米両政府の当局間の取極によることになっている。航空特例法（日米地位協定の実施に伴う航空法の特例に関する法律）により、米軍機は自衛隊機と異なり、通常時でも航空法の最低安全高度規制（第81条）、及び迷惑な飛行の規制（第85条）に縛られずに飛行する事が可能である。また自衛隊機（自衛隊法第107条規定）と同様に耐空証明を受ける義務がない。基地内日本人職員の地位には時間外労働に関する三六協定、安全委員会、就業規則などに関する6つの労働基準法関連規定が適用されていない。これらはいずれも地位協定に基づく協議と合意の対象としている。