三菱マテリアル
大宮原子炉
さいたま市大宮区の原子炉跡地で起きた土壌汚染及び総合研究所内に国内最多量の放射性廃棄物が保管されている問題。
大宮原子炉跡地放射性廃棄物汚染を参照。
子会社による補助金不正受給
三菱マテリアルの完全子会社である細倉鉱業は、同社から近くの川に流す排水中の鉛濃度が鉱山保安法の基準値を超え、「休廃止鉱山鉱害防止工事費補助事業」の目的を達成できないことを知りながら、補助金受給を計画。国と県に提出した報告書の水質データを改ざんして「目標を達成した」などと偽り、2000年から2001年にかけて補助金計1億1,142万円を騙し取っていた。これにより同社の元社長らが逮捕され、元社長には懲役2年（執行猶予3年）、同社には罰金100万円等の判決が下された。
秋田精錬所における地下水汚染
2006年7月、秋田製錬所（秋田市茨島3）において2006年春に地下水から環境基準の3倍を超えるカドミウムを検出し地下水汚染を発生させていながら公表せず、公害防止協定違反・水質汚濁防止法違反をおこした。
四日市工場における爆発事故
2014年1月9日、水素精製設備内の熱交換機の洗浄作業中に爆発事故が発生、5人が死亡、13人が重軽傷を負った。三重県警察は業務上過失致死傷の容疑で捜査を始めている。また、厚生労働省三重労働局と四日市労働基準監督署も現場の立ち入り調査を行った。猿渡暢也工場長は会見で「エネルギー源は水素ではないか」との見解を示しており、設備内部に残った液化ガストリクロロシランから分解して発生する水素が、爆発につながったのではないかと発表した。同工場では2012年2月にも、水素爆発によるものとみられる事故が発生している。
2014年1月17日に田村昌三・赤塚広隆・鈴木泰之・持田邦夫・飯田修・斎木渉からなる事故調査委員会が設置され、6月12日に委員会の最終報告書が発表された。
華人労務者
旧三菱鉱業が日中戦争時に中国人を強制連行し過酷な労働を強いたとして、元華人労務者やその家族に対して痛切なる反省の意を表するとする謝罪文を発表し、損害賠償(1人あたり10万元)を行い、記念碑の建立に協力すると発表した。この行為は今後、他の日本の企業に波及する恐れがあるとされている。