仙窟活龍大戦カオスシード
ストーリー
天に届く嵩山の麓、そこに「洞天福」という国があり、そこには洞仙と呼ばれる仙人がいた。彼らは地下に仙窟と呼ばれるダンジョンを作り、風水と仙術を使いながら仙獣たちを使役し、大地の龍脈を活性化させて荒廃した大地に緑を取り戻していた。だが、町の人たちは洞仙に対して誤解があり、洞仙のことを地下で妖怪と共に怪しいこと（地震を起こす・大地を荒廃させるなど）をしている悪人だと思っていた。
そんなある日、三界老師の修行を終え一人前の洞仙になった主人公は、初めて作った仙窟の奥に封印されて開かない扉を見つける。その後、仙術で扉の封印を解いた主人公は、主人公に対して憎しみを持っているらしい者の声に誘われ扉の奥へと進んで行き、石になっている龍を見つける。声の正体はその龍であり、龍は主人公を知っている様子であるが主人公に相手の覚えはない。主人公は石化を解いて襲いかかってきた龍の圧倒的な力の前に倒され、助けに来た老師も目の前で石にされてしまう。そして、主人公は龍が唱えた呪文「天封呪」によって存在を分割されて平行世界に封じ込められてしまう。それぞれ少しずつ異なる幾多の平行世界の中で、主人公は元の世界に戻る手がかりを探す。
ストーリーモード
ストーリーモードとは、シナリオ開始時・ターン開始時・あるエネルギー量を龍穴炉に振り込んだ時などに始まるイベントのことで（例外として好きな時に町に行けるシナリオもある）、その時に表示される赤い字の選択肢はシナリオの分岐に直接関わる。
このモードの時に仙窟に侵入して来るキャラクターはシナリオキャラクターと呼ばれ、一番遠い部屋から階段部屋に到達するまでのデモを見ることになる。もしデモ中にシナリオキャラクターが仙獣・トラップ・部屋の機能によって倒されると、プレイヤーは仙窟内撃破ボーナスとして1000エネルギーと一つのアイテムを獲得できる。シナリオキャラクターの中には、一時的に主人公の仲間になる者もいる。
仙窟モード
仙窟モードは仙窟の作成と維持をするモードであり、このゲームの基幹部分である。また、画面上部に表示される時間が0になると仙窟モードは終了し、集計タイムに移行する。仙窟モードでは、プレイヤーはアクションゲームのように主人公を操作し、部屋を作ったり侵入者と戦ったりすることになる。
部屋
部屋は9種類あり、それぞれ固有の機能を持っている。各部屋はそれぞれエネルギーと仙丹を蓄積している。仙丹は部屋の強化に必要であり、エネルギーは部屋の活動に必要である。また、各部屋はそれぞれ侵入者の攻撃に対する耐久力がある。部屋の耐久力か蓄積エネルギーが無くなると部屋は活動を停止する。
また、部屋を作るには部屋ポイントとエネルギーが、通路を作るには通路ポイントとエネルギーが必要である。部屋の大きさは、付けられる強化メニューの数の多さに影響する。部屋ポイントは基本的に大きい部屋ほど多く消費するが、縦長・横長な部屋や小さすぎる部屋でも多く消費する。部屋ポイント・通路ポイントは、基本的に龍穴炉にエネルギーを振込むことで得られるが、アイテムで得ることも可能である。
属性と部屋神・風水
部屋は、所属する属性によって作成できる部屋の種類が決定される。属性は火土金水木の5つであり、五行思想を踏まえたものである。属性は、部屋の位置と作成する時のターンに依存して決定される。
部屋神とは、各属性を司る5柱の神のことで、部屋を整地すると出現し、そこに作成する部屋の種類を選択できる。また、部屋神はシナリオに関わることもある。
部屋の属性は「気」として通路を通り、他の部屋へ流れ込む。これを風水と言い、属性によって流れの良い組み合わせと悪い組み合わせがある。部屋に流れ込む風水の組み合わせと量により、その部屋で強化可能な機能（強化メニュー）が決まる。
通路と扉
通路は風水の通り道であり、主人公や仙獣の部屋間の移動に必要なものである。部屋を一つ作ると、それに伴って通路も一つできる。また、通路だけを作ることもできる。風水の流れは基本的に直進で、曲がり角で曲げることは可能だが、T字の通路を作って分岐させるといったことは不可。1つの部屋には最大6つの通路を繋ぐことができる。
扉は、通路（部屋）の作成を開始する地点と部屋の間に1つ以上のブロック幅があり、なおかつ部屋の四隅でない場所へ通路をつなげると出現する。扉は風水の流れを良くするもので、扉がある部屋への風水の流れ込みが良くなる（風水量0の場合は1、1の場合は2、2の場合は4）。扉は敵の侵入を防ぐためのものではない。
無色界
無色界は部屋ではなく、部屋をある決まった属性の順番で作ると出現する架空の空間である。「魂の修行場」であり、何回か連続する敵との戦いに一度だけ挑戦することができる。負けてもペナルティは無く、最後まで勝ち抜くとレアアイテムか強力な仙獣を獲得できる。
龍穴炉
龍穴炉とは龍脈の中心にある場所のことであり、ここに規定のエネルギー量を振り込むことが大地の復活＝ゲームの目的である。エネルギーを振り込むと、主人公と仙獣のHP・MPが回復し、一定の部屋ポイント・通路ポイントを得られる。ただし、エネルギーは1ターンに一度しか振り込めず、一度に振り込めるエネルギー量にも上限がある。また、一定ターン以上エネルギーを振り込まなかった場合、邪精が集まっていることもある。シナリオキャラクターと戦うことになる場所でもある。
侵入者と飛天石出口
侵入者は飛天石出口というワープゲートのようなものから仙窟内に出現する。設定上、飛天石とは地上と仙窟を結ぶ働きをする岩のことであり、地上にあるそれを使って侵入者は仙窟内に侵入する。また、侵入者は初め洞天福軍の兵士たちだが、ターンが進むと東国や西国の戦士たちなど強力な敵が侵入してくる。
侵入者の中には、部屋を攻撃したり部屋のエネルギー・仙丹を奪うものもいる。そのため、プレイヤーは仙窟の維持のために、侵入者の撃退と飛天石出口の破壊をしなければならない。
侵入者は一人以上のグループとして行動するが、グループの最後の一人が倒されると宝箱を落とすことがある。また、そのターンに出現する飛天石出口の最後の一つを破壊しても宝箱が出現することがある（宝箱でない場合は通常より多くエネルギーや仙丹が手に入る）。宝箱の中には装備品やアイテムが入っており、装備品は主人公や仙獣が装備することができる。
なぞ窟
なぞ窟は本編から独立したゲームモードで、あらかじめ用意されている仙窟で決められた条件をクリアするとアイテムが貰える。全20問。貰ったアイテムは倉庫に保存され、本編で使うことができる。