神宮丸太町駅
駅構造
島式1面2線のホームを持つ地下駅である。駅ホームのカラーリングは水色。
地下2階建てとなっており、地下1階に改札・コンコース、地下2階にホームがある。なお、改札口は1か所のみとなっている。改札前のコンコースには陶板画「平安神宮絵図」（製作・作画は西協友一による）が揚げられている。
また開業時から身障者対応エレベーター2基（地上とコンコース・改札内コンコースとホームに各1基）・多目的トイレ・点字案内図および料金表が設置されるなどのバリアフリー対応がなされており、地上-コンコース間のエレベーターは京都大学医学部付属病院・京都府立医大に近い５番出口に設置されている。
当駅の2番出口（川端丸太町交差点南東側・恵美須ビル前に出る）の地上へ出る階段の途中にライブハウス「京都クラブメトロ」（恵美須ビルB1F）の入口がある。
災害対策
エレベーターをのぞき、水害発生時地下構内の浸水対策として出入り口の金属製床板が起き上がったり、壁の一部が動く・持ち運び式の金属板など「止水板」が水の浸入を食い止めるようになっている。
駅構内はITVによりモニターリングされ駅事務所の防災管理盤に表示される。万が一の火災発生時には防火防煙シャッターの制御・排煙機の運転、避難路確保の為の自動改札機の開放、火災発生表示機の点灯・運転指令所への通報が自動またはワンスイッチでおこなえる。また地下駅の構内でも警察無線や消防無線が使えるように無線通信補助設備や防災電話などが完備されている。
発着する列車
一部の時間帯を除き急行は運行されておらず、準急または普通列車の停車が主となっている。
下り淀屋橋方面の列車のほとんどは隣の三条で特急か快速急行に連絡する。なお、2009年9月ダイヤ改正以降は従来の出町柳行最終特急が三条より普通電車に種別変更され運行されているが、これは実質的に当駅への追加停車にあたる。また、大晦日終夜運転～正月ダイヤでは急行が運転される。
ダイヤの乱れ等により上り特急が三条で準急・普通と連絡できなかった際、当駅に臨時停車することもある。
駅周辺
駅は川端通の地下、丸太町通との交差点（丸太町橋東詰にある川端丸太町交差点）のやや北よりに位置している。
駅西側を鴨川が流れており、丸太町橋がかかる。駅周辺は主に住宅地となっており、学生向けのワンルームマンションなどが多く立地する。