熊本鉄道事業部
管轄路線
現在は熊本支社管内全区間を管轄対象としているため、JR九州熊本支社の管轄路線を参照されたい。
熊本乗務センター
熊本乗務センター（くまもとじょうむセンター）は、熊本県熊本市西区の熊本駅付近にある、熊本鉄道事業部管轄の運転士・車掌所属区所である。2012年度のダイヤ改正より熊本車掌センターと統合の上、現在の名称へ変更となった。
熊本車両センター
熊本車両センター（くまもとしゃりょうセンター）は、熊本県熊本市西区蓮台寺の熊本駅付近にある、熊本鉄道事業部管轄の車両基地である。