バイオフォトニクス
バイオフォトニクスは生物学（バイオロジー）とフォトニクスの組み合わせを意味する。フォトニクスとは光子、量子単位の光の生成、操作、検出の科学技術である。フォトニクスは電子工学や光子と関係がある。光子は電子工学で電子が行うようなようなことを光ファイバーなどの情報技術において行い中心的な役割を果たす。
バイオフォトニクスは「生体分子、細胞、組織の研究に対する光学技術、特にイメージングの開発及び応用」ともいえる。バイオフォトニクスを構成する光学技術を用いる主な利点の1つは、調査する生体細胞を完全な状態で保存できることである。
それゆえ、バイオフォトニクスは生物学的なものと光子の相互作用を扱うすべての技術の確立した一般用語となっている。これは生体分子、細胞、組織、生物および生体材料からの放射、検出、吸収、反射、修飾、発光生成を指す。応用領域は生命科学、医学、農学、環境学である。「電気」と「電子工学」の違いと同様に、主にエネルギーを伝えるために光を用いる治療や手術などの分野と、物質を励起して情報をオペレータに返すという光を用いる診断などの分野には違いがある。ほとんどの場合、バイオフォトニクスは後者の応用を指す。
FRET
蛍光共鳴エネルギー移動（フェルスター共鳴エネルギー移動、FRETとも）は2つの励起された「蛍光団」がエネルギーを一方から一方へ非放射的に（すなわち光子を交換することなく） 渡す過程に対して与えられた用語である。これらの蛍光体の励起を注意深く選択して発光を検出することにより、FRETはバイオフォトニクスの分野で最も広く使われる技術の1つとなり、科学者に対して細胞下の環境を調べる機会を与えている。 
バイオフルオレッセンス
バイオフルオレッセンスは、本質的に蛍光タンパク質もしくは目標のバイオマーカーに共有結合した合成蛍光分子による、紫外線・可視光の吸収と、より低いエネルギー準位（S_1励起状態がS_0基底状態に緩和する）での光子の続けて起こる発光を記述する。バイオマーカーは指標分子、疾患、苦痛であり、ex vivoで組織試料を顕微鏡で調べることや、血液、尿、汗、唾液、間質液、房水、痰などのin vitroで調べることで生体内の全身を監視している。刺激光は電子を励起し、エネルギーを不安定な準位に上昇させる。この不安定性は不利であり、励起された電子は不安定になるとすぐに安定状態に戻る。安定した基底状態に戻るときに起こる励起と再発光の間の時間遅延は、再放出された光子を異なる色にする（すなわち低エネルギーに緩和し、それによりプランク・アインシュタイン関係式E={\frac {hc}{\lambda }}により支配されるように、吸収された励起光よりも放出される光子はより短い波長にある。この安定性への戻りは、蛍光の形の過剰エネルギーの放出に対応する。この光の放射は、励起光がなお蛍光分子に光子を提供している間にのみ観察され、典型的には青、緑の光により励起され、紫、黄、橙、緑、シアン、赤色の光を放射する。バイオフルオレッセンスは、バイオルミネッセンスやバイオフォスフォレッセンスなどとしばしば混同される。
バイオルミネッセンス
バイオルミネッセンスは生体内の化学反応による光の自然生成であるという点でバイオフルオレッセンスとは異なるが、ともに自然環境からの光の吸収と再放出を意味する。
バイオフォスフォレッセンス
バイオフォスフォレッセンスは、励起エネルギーの供給源としての特定波長の光を必要とするという点でバイオフルオレッセンスと同様である。ここでの違いは、励起された電子の相対的な安定性にある。バイオフルオレッセンスとは異なり、ここでは、電子は禁制三重項状態（不対スピン）で安定性を保持し、発光時間が長くなり、結果として刺激光源が取り除かれてからもずっと長く「暗闇の中で輝き」続ける効果が生じる。
光源
主に使われる光源はビーム光である。LEDやスーパールミネッセントダイオードも重要な役割を果たす。バイオフォトニクスで使われる典型的な波長は600nm（可視光）から3000nm（近赤外線）である。
レーザ
レーザはバイオフォトニクスにおいてますます重要な役割を果たしてきている。正確な波長選択、最も広い波長範囲、最も高い集束性とそれによる最高のスペクトル分解能、強い出力密度、広範囲の励起時間のようなそれぞれ固有の特性により、幅広い用途のための最も普遍的な光ツールとなっている。結果として、多くのサプライヤーから出ている様々な異なるレーザー技術を市場で見ることができる。
固体レーザ
固体レーザは、レアアースもしくは遷移金属イオンでドープされた結晶またはガラスなどの固体利得媒質に基づくレーザ、もしくは半導体レーザである（半導体レーザは当然固体デバイスでもあるが、固体レーザには含まれないことが多い）。イオンドープ固体レーザ（ドープ絶縁体レーザとも呼ばれる）は、バルクレーザ、ファイバレーザ、他の種の導波管レーザの形式で作ることができる。固体レーザは数ミリワットから（高出力のものでは）数キロワットの出力電力を生成することがある。
ウルトラクロームレーザ
バイオフォトニクスにおける多くの高度な応用では、複数波長で個別に選択可能な光が必要になる。その結果、一連の新しいレーザ技術が導入され、現在は正確な表現が求められている。
最も一般的に使われる用語は、広いスペクトルにわたる可視光を同時に放出する超連続レーザである。この光はフィルター交換リングされる。例えば、音響光学変調器(AOM, AOTF)を介して1つもしくは最大8つの異なる波長に変換する。この技術への一般的なサプライヤはNKT PhotonicsやFianiumである。近年、NKT PhotonicsがFianiumを買収し、市場における超連続技術の主要サプライヤとして残った。
別のアプローチ(Toptica/iChrome)では、超連続は赤外線で生成され、その後単一の選択可能な波長で可視領域に変換される。このアプローチではAOTFが必要なく、背景なしのスペクトル純度がある。
2つの概念がともにバイオフォトニクスにとって重要であるので、総称として「ウルトラクロームレーザ」がしばしば用いられる。
Swept sources
Swept sourceは、放出された光の周波数を時間的に連続変化させる（掃引, sweep）ように設計されている。典型的には予め定義された周波数範囲（例えば800±50nm）を連続的に巡回する。テラヘルツ範囲のSwept sourceは実証されている。バイオフォトニクスでのswept sourceの典型的な応用は光コヒーレンストモグラフィーである。
単一光子源
単一光子源は単一粒子や光子を光として放出するもので、コヒーレント光源（レーザ）および熱光源（例えば白熱電球、水銀蒸気ランプ）とは異なる新たな種類の光源である。