機動戦士Ζガンダム エゥーゴvs.ティターンズ
追加されたシステム
基本的なゲームシステム及びルールは前作に相当する『機動戦士ガンダム 連邦vs.ジオン』と同様であるが、以下のシステムが追加されている。
変形
本作の原作アニメ『機動戦士Ζガンダム』には、前作の原作アニメである『機動戦士ガンダム』にはなかった可変モビルスーツが存在する。本作では、可変モビルスーツを使用している場合に、ジャンプボタンを押し続けながら空中ダッシュの操作を行うことで変形する。ジャンプボタンを離して空中ダッシュの操作を入力することで、非可変モビルスーツのように通常の空中ダッシュも可能。
変形中は移動速度がアップするほか、射撃武器の仕様が変化する。変形中はブーストゲージを消費し、0になると変形は解除され降下していくが、ブーストゲージが0にならない限りは障害物に衝突しても解除されない。また、空中ダッシュと同様に地上では高度が低下していくが、ジャンプボタンを押すことで上昇させることができるため、ある程度の高度の調節も可能となっている。
ミッションモード
前作に引き続いて用意された、家庭用独自の一人用モード。本作では、プレイヤーはエゥーゴまたはティターンズの一兵卒として部隊を率いて司令部から与えられた任務をこなしつつ、テレビアニメ版『機動戦士Ζガンダム』第1話から最終話に至る物語を、その戦場に居合わせた傍観者として体験していく内容となっている。
ミッションの最中には時折カミーユやジェリドといった原作の登場人物たちがNPCとして参戦し、戦闘フィールド内でNPC同士が会話を交わしながらの戦いを繰り広げるという形で、テレビアニメ版の内容を再現した様々なイベントが発生する。NPCが搭乗する機体は一部を除き耐久力や攻撃力が極めて高く設定されており、努力次第ではプレイヤーがこれらの機体を撃破できる場合もあるものの、プレイヤーの戦績がストーリーの内容を左右することはなく、各々の登場人物たちはテレビアニメ版と同様の結末を辿っていく。なお本作が発売された2003年時点では2005年の映画『機動戦士Ζガンダム A New Translation』は公開されていないため、そちらの設定は反映されていない。
プレイヤーの搭乗機は、初期にはジムIIなどの低コスト機しか与えられていないが、ミッションのクリアや物語の進行に沿って新型機を支給されていく。原作ではワンオフ機として設定されている機体が「スペア機」であるなどとして支給される場合もある。また、ミッションの失敗数に応じて支給されるモビルスーツの性能が上昇する。ミッション中に機体が被弾するとダメージは次のミッションに引き継がれ、他の機体に乗り換えて時間経過による修理を待つか、ミッションクリアで得られる「功績ポイント」を支払らわなければダメージは回復しない。高コストの機体ほど修理に必要な時間やポイントも多く必要になる。
ミッションモードをクリアすると、各ミッションで得た総合得点に応じ機動戦士Ζガンダムの登場人物に例えた判定が下される。
備考
パッケージには記載されていないが、プログレッシブモードにも対応している。ただし、攻撃が遅くなる不具合があるため通常プレイには向かない。
対戦モードで、ステージをホンコンシティにし、サイコガンダム搭乗のフォウ・ムラサメが居る状態で戦闘を行うと稀にΖガンダム20話の挿入曲である『銀色ドレス』が一定確率で流れる。（条件を満たしていても流れないことがある）本作品内では作品内で流れる音楽を自由に聴いたりなどができるコレクションモードというものが存在するが、『銀色ドレス』だけは通常プレイ及びコレクションモードにも存在せず、アッパーバージョンである『機動戦士Ζガンダム エゥーゴvs.ティターンズDX』内で同じ条件を満たしても視聴する事ができない完全な隠し曲扱いとなっている。家庭用ではコレクションモードは存在していないが別途条件を満たすことで戦闘中に流れるため、対戦モードでその条件を満たしてプレイすればある程度任意で流すことが可能。