チェンバーズ・ストリート-ワールド・トレード・センター/パーク・プレイス/コートランド・ストリート駅
チェンバーズ・ストリート駅
チェンバーズ・ストリート駅は急行線のホームである。駅のすぐ北側で北行線/南行線の間に第3線が設けられており、両端で南北両方向に転線できるようになっている。これは1933年2月11日にブロードウェイ-ナッソー・ストリート駅（現在のフルトン・ストリート駅）が開業するまで当駅が終点だったため使用されていた折り返し線の名残である。 A系統および C系統が停車する。メザニンには自動改札機があり、チャーチ・ストリート方面出口に繋がっている。ホームは車椅子対応になっていない。
ワールド・トレード・センター駅
ワールド・トレード・センター駅は緩行線ホームで、緩行系統の終点となっている。急行線ホームから南にオフセットした場所にあり、ワールドトレードセンターサイトの北端にあたる。E系統が停車し、南行線の列車はキャナル・ストリート駅の南側で急行線の下に下って当駅に入線してくる。ワールド・トレード・センター駅の北端には信号機があり、ホームの中央付近に両渡り付き交差が設けられている。緩行線はホーム南側の車止めで終わっている。開業当初はハドソン・ターミナル駅（Hudson Terminal）という駅名だったが、1973年に近くに建設されたワールドトレードセンターのツインタワーにちなんで現在の駅名に改められた。
出口
チャーチ・ストリートとデイ・ストリートの交差点北東・南東に北行ホームからの階段があるほか、チャーチ・ストリートとコートランド・ストリートの交差点北東にも階段がある。
また、どちらのホームも連絡通路経由でパストレインワールド・トレード・センター駅に接続しているほか、デイ・ストリート連絡通路とフルトン・センターを経由することでフルトン・ストリート駅にも接続している。また、ワン・リバティ・プラザへ地下通路が接続している。駅の北側からはかつてのワールドトレードセンターの地下コンコースへ接続しており、ウェストフィールド・ワールド・トレード・センター・ショッピングモールに行くことができる。南行ホーム北端には地下鉄ワールド・トレード・センター駅への連絡通路がある。この通路は2017年12月29日に2 ワールドトレードセンターと当駅南行ホーム、オキュラス、4 ワールドトレードセンターを結ぶ通路となった。この際に改札口が従来の位置のままでは連絡通路の運用に支障が出ると判断され位置が変更されている。
工事
駅は1970年代後半に構造変更並びに改修工事を受けている。壁面は元のBMT様式のタイルから当時のMTAの標準であった長方形のタイル張りとなり、"Cortlandt Street"と書かれたモザイクを用いた駅名標はボルト止めの物へと変更された。照明は白熱灯から蛍光灯になりホーム先端も改修された。しかし、1998年から1999年に掛けてこの改修工事で過去の物となってしまった装飾物を復元する動きが出た。そしてADAへの準拠に伴う改修工事と共に復元は進められ、1918年の開業当初の壁面タイルワークが復元された。
2001年9月11日、駅はアメリカ同時多発テロの標的となったワールドトレードセンターの倒壊による被害を受け一時閉鎖を余儀なくされた。被害は倒壊した建物の瓦礫による埋没、寸断された水道管からの浸水で復旧工事には多大な時間が掛かり、最終的に駅の営業が再開されたのはテロ発生から約1年後の2002年9月15日の事であった。
2005年8月20日、フルトン・センタープロジェクトの一環でデイ・ストリートの地下に連絡通路を建設するために駅が閉鎖された。また、この工事により駅は南北両ホームがADAに準拠する事となった。以前は南行ホームのみパストレインのワールド・トレード・センター駅のエレベーターと連絡通路を経由する事でADAでのアクセスが可能となっていた。当時のMTAのポスターでは2006年、ないし2007年の春までには駅の営業が再開されるとしていたが、実際には再開予定は無かった。結局閉鎖から3年後の2009年11月25日に北行ホームが営業再開、更に2年後の2011年9月6日に南行ホームも営業を再開したが連絡通路自体は未だに建設中であった。
連絡通路が完成したのは建設開始から9年後の2014年11月10日の事であった。この連絡通路は改札外にあり、フルトン・ストリート駅と当駅、そしてパストイレンのワールド・トレード・センター駅を結んだ。また、この連絡通路開通前の当駅の利用客数は1,500,040人（2014年）であるのに対し、開通後の2016年は4,270,036人と184％もの大幅な増加を見せている。
Oculus
1998年にクリスティン・ジョンズとアンドリュー・ギンゼルが制作した Oculus （ラテン語で「目」）のモザイクが駅の至るところに300枚以上散りばめられている。この目は数百人のニューヨーカー達の写真をモデルにしたものである。