貴生川駅
JR西日本・信楽高原鐵道
JRが使用する相対式ホーム2面2線と信楽高原鐵道が使用する切欠きホーム1線、計2面3線のホームを有する地上駅で、橋上駅舎を持つ。ホーム間の移動は跨線橋で行なう。
両社で構内を共用する共同使用駅であり、JR西日本が構内を管轄している。JR西日本の直営駅（草津駅の被管理駅）で、みどりの窓口が設置されている。JRのホームへはICOCA対応の自動改札機を通ることになる。JRと信楽高原鐵道との乗換には改札を経由する必要はないが、JRでしか利用できないICカード利用者用の入出場処理用の簡易改札機（2台）がJRの3番のりば上に置かれている。
信楽高原鐵道に乗車する際は、改札外の乗車駅証明書発行機で証明書を発行し、JRの有人改札口で呈示する必要がある。運賃は下車時精算。
信楽高原鐵道のホームは、JR3番のりばの反対側にある。JRと信楽高原鐵道の線路は直通運転中止後もつながっているが、信楽方面への出発信号機の使用は停止されている。
近江鉄道
島式ホーム1面2線を持つ地上駅。橋上駅舎の改札外の自由通路の最奥部に、ホーム入口にある改札口へ階段で繋がっている。