作業用ザクII
ヤークトザク
ホビージャパン刊行の書籍『GUNDAM GAMES TACTICS別冊』に掲載された火力支援型ザクタンク。
マニピュレーターは通常型で、右腕で大型の203mm対MSライフルを携行。ランドセルにはM4シャーマンカリオペのように24連装240mmロケットランチャーを搭載している。自走砲的な運用がなされ、火器の反動を支えるために車体後部には駐鋤を装備している。ハノーヴァーの第二十八装甲擲弾兵師団・第四十二対MS駆逐大隊の所属とされる。
ザクタンク MS BOYS
漫画『機動戦士ガンダムMS BOYS -ボクたちのジオン独立戦争-』に登場。時期によってほかのMSの部品を使って修理されており、3つのバージョンに区分される。
ザク・マインレイヤー
『MSV』に登場（型式番号：MS-06F）。
ザクIIの背部バックパックを機雷（ハイドボンブ）射出機とスラスターを装備した大型バックパックに換装したタイプである。機雷散布を目的とした機体であり、プロペラントの増積により通常のMS-06Fの5倍の行動時間を有する一方、大型の散布用バックパックの重量により運動性能は鈍重となっている。頭部ユニットとバックパックがケーブルで直結していて、通信機能は指揮官機なみに強化されている。型式番号はMS-06Fのままとなっている。
大戦初期には連邦軍艦艇に大きな被害を与えていたが、大戦後半にジムが登場すると鈍重な当機の被害は次第に大きくなっていき、活動範囲が狭められていった。また、ゲーム『機動戦士ガンダム 一年戦争』では、宇宙攻撃軍の拠点ソロモン配備機も登場。これはドズル・ザビ専用MS-06Fを模した機体で、ドズル機の特徴である両肩のスパイクアーマー、濃い縁と金色のエングレービング風のカラーリング、大型ヒートホークの装備が施されている。通常機と指揮官機の2種類がある。
漫画『ゼロの旧ザク』では、ソロモンを脱出したニルス・テオレルらを救助したチベ級重巡洋艦「チェーホフ」を旗艦とした部隊の運用機として複数登場。「チェーホフ」艦長のイリアスの機体にはブレードアンテナが装備されている。
画稿の初出は1982年4月に講談社が発行した『SFプラモブック(1) 機動戦士ガンダム』同書籍掲載時の呼称は「ザク=オプショナルパーツ」。。プラモデル化された際は、バックパックをともに製品に付属する一般型用に換装すればノーマルのザクIIとなるうえ、さらにプロポーションの改善や旧キットでは再現されなかった可動を実現したリメイク的商品となり、「完璧版ノーマルザク」と謳われた。後に当キットをベースに06Rの携帯武装を付属させた、シャア専用ザクのスペシャルキットがキャンペーン用の景品として用意され、ガンプラ購入者に店頭での抽選を行い、当選者に配られたことがあり、一般販売ではないが明確なリニューアルキットとしてHGガンダム以前に存在した初めてのガンプラでもある。マスターグレードでもザクVer.2.0のバリエーションキットとして発売されている。
ザク・トレーナー（訓練用ザクII）
ザク・トレーナーは、プラモデル企画『モビルスーツバリエーション』（MSV）に登場するMS。教習訓練用とも呼称される（型式番号：MS-06T）。
ジオン軍における新兵器MSに新兵を慣らさせるべく、最も量産されたザクII（のちにC型からの改造機と設定変更される）を改造し練習機としたもの。初出は書籍『ガンダムセンチュリー』。機体の改造に関しては、コクピットを複座式に改造して垂直に二連のモノアイレールを設置した説と、コクピットの複座化のみを改造点とする説とに別れ、デザイン画も描かれなかった。そのため、ガンプラブーム期には、モデラーなりの解釈を加えた改造モデルが多く製作された。
その後、ゲーム『機動戦士ガンダム 戦場の絆』において、F型を改造した設定でザク・トレーナータイプという名称で登場。特色として胸部にモノアイと固定バルカン砲を装備したボディユニットを組み込んでいることが挙げられる。また、連邦軍MSとの戦闘を考慮して機体各部に発光バンパーが装着され、機体を遮蔽物に隠す訓練に使用された。シルエットはF型とさほどの相違はないが、肩スパイクは排されている。
ザクMS工兵仕様
ザクMS工兵仕様は、ホビージャパン刊行の書籍『GUNDAM GAMES TACTICS別冊』に登場するMS。陸戦型ザクII（J型）のバリエーションの一種である（型式番号：MS-06J）。
陸戦型ザクIIの工兵仕様機で、2発の対MS地雷とバックパックを燃料タンクとする火炎放射器で武装しているほか、両胸にスモークディスチャージャーを装備し、脚部にはツィメリットコーティングが施されている。オランダ南部で活動していた第十七装甲師団・第二十六装甲工兵大隊MS工兵小隊での運用が確認されている。
エネルギー・バックアップ用随伴機
エネルギー・バックアップ用随伴機は、メカニックデザイン企画『F.M.S』（福地モビルスーツステーション）に登場するMS。
ドズル専用ザク後期型の腹部2連メガ粒子砲へのエネルギー供給を目的とする「機動バックパック」としてザク系列機を元に開発された機体。基本的な機体形状はザクII改に類似しており、脚部はスラスターに換装されている。武装は持たず、両肩のショルダーアーマーにもスパイクは装備されていない。
マニピュレイションシステム装着型MS-06（ザクII）
マニピュレイションシステム装着型MS-06（ザクII）は、雑誌「B-CLUB」66号（1991年5月発行）に登場する作業用MS。正規の型式番号は不明だが便宜的にMS-06MPと呼称されている。
一年戦争末期、宇宙空間での作業用に既存のザクIIと作業用ポッドを組み合わせて開発された。
ランドセル部分から4本のマニピュレーターが（2本は肩の上、2本は脇の下を通って）前に突き出している。マニピュレーターはザクII本来の腕より長いが華奢で指の数も少なく（上のマニピュレーターは指2本、下のは3本）、精密作業専用とされている。2人乗りで、マニピュレーター操作員は胸部（イラストでは左胸だが、説明文には右胸と書かれている）から張り出して設けられた、ユンボの運転席のような窓の付いたボックスに入り、目視しながら操作する。
生産数はわずか3〜4機しかなく、全機がソーラ・レイの改造作業に投入されている。
この機体については、その後発行された書籍に掲載されていなかったが、2011年発行の『モビルスーツ全集3 ザクBOOK』（双葉社）に画稿が掲載されている。『機動戦士ガンダムMS大全集2013［+線画設定集］』において、本機は「F91 MSV」に分類されている。