近江国分寺
前期国分僧寺跡
延暦4年（785年）の焼失以前の近江国分寺（前期近江国分僧寺）の所在については明らかでなく、甲賀寺が転用されたとする説、瀬田廃寺跡とする説などが挙げられている。
甲賀寺の転用説では、特に『正倉院文書』天平勝宝3年（751年）の「奴婢見来帳」に「甲賀宮国分寺」と見えることが注目される。推定地である紫香楽宮跡内裏野地区（甲賀市信楽町黄瀬・牧、位置）の主要伽藍は東大寺式伽藍配置になる。寺域では、紫香楽宮跡の他の関連遺跡群とは主軸の傾きが異なる（造営時期が異なる可能性がある）点や、火災痕が検出された点が指摘される。
瀬田廃寺跡（大津市野郷原・神領、位置）の説では、寺跡が近江国府の西辺の真南に位置するという、国府との立地関係などが注目される。主要伽藍は四天王寺式伽藍配置で、塔礎石には火熱痕が認められている。
後期国分僧寺跡
弘仁11年（820年）以降の近江国分寺（後期近江国分僧寺）については、国昌寺が寺格を継承したことが知られる。現在は廃寺のため所在地は明らかでないが、滋賀職業能力開発促進センター（ポリテクセンター滋賀、大津市光が丘町、位置）付近に推定される。現在は晴嵐小学校内に石碑が建てられているほか、周辺では国分寺のものという礎石が伝世される。
なお、現在では国昌寺跡推定地の北方に曹洞宗国分寺（大津市別保）があるが、これは元は近江国分寺の別所として建立された寺院という。木曾義仲の戦乱で焼失したのち本尊は若宮八幡神社に移されていたが、宝永3年（1706年）に膳所藩主の本多康慶が新楽寺として建立、のちに国分寺と改称している。
近江国分尼寺跡
尼寺跡の所在は詳らかでない。国昌寺推定地と同じ台地上の南東方では瓦出土地が知られ、一説にはこの付近が近江国分尼寺跡と推定される。