東京医科大学
文部科学省局長の汚職による不正入学
2018年7月4日、東京地検特捜部は、文部科学省が行なっている私立大学支援事業の対象校に選定されることへの見返りとして、自分の子供を東京医科大学の入学試験で不正に合格させたとして、文部科学省科学技術・学術政策局の佐野太局長を受託収賄の疑いで逮捕した。局長の逮捕について、林芳正文部科学大臣は、「現職職員が逮捕されたことは誠に遺憾で、捜査に全面的に協力したい」と述べ、文部科学省は局長を7月4日付で解任した。私立大学支援事業選定の依頼や不正合格の決定には、東京医科大学の理事長、および複数の大学関係者が関与していたことが明らかになっている。7月6日、入試加点を指示した疑いがある臼井正彦理事長と鈴木衛学長が辞任した。7月24日、臼井と鈴木が贈賄罪で在宅起訴された。
女子受験生・三浪以上に対する一律減点
東京医科大学医学部医学科の一般入試において、女子受験者に対して得点を一律に減点することで、女子の合格者数を一定以下に抑えていたことが、2018年8月に「関係者の話」として報道された。その後、女子のみならず3浪以上の受験生にも減点が行われていたほか、例年5人前後の受験生に対し加点が行われていたことが明らかとなった。東京地検特捜部も文部科学省局長の汚職による不正入学事件（前述）の捜査過程でこのような操作があったことを把握し、大学側も内部調査による事実確認を進めている。8月8日に不正入学事件とこの件をあわせた調査報告書が公表され、そこでは臼井・鈴木の指示により少なくとも12年前（2006年）より入試の得点操作が行われており、同窓生の子弟らを入学させることで、寄附金をより多く集めたいとの動機があったことが指摘された。
東京医大がこのような点数操作を行った要因として、一般に女性医師は結婚や出産を機に離職あるいは休職したり、深夜勤務ができなくなったりすることがあるため、系列病院での医師不足を回避する目的もあったのではないかと報じられている。この問題について、病理専門医の榎木英介は低い窓口負担によって日本の特徴になっているコンビニ受診や患者側の求める利便の追求が医師の長時間労働や医療現場の疲弊を招いていることにも注目すべきだと指摘している。東京医大が行っていた受験制度の背景には、「男性の主治医が昼夜問わず付きっ切りになって診てくれる」ことを望む患者側の願望を、医療現場が忖度している現状があると述べている。榎木は抜本的解決案として日本における複数主治医制の導入を主張し、患者側が主治医が同一ではなくなっても「医者がコロコロ変わる」と批判しないこと、夜間や土日の説明などが受けられないといった不利益も甘受することといった患者側の意識改革を求めている。
2018年12月17日、特定適格消費者団体の認定NPO法人消費者機構日本は、消費者裁判手続特例法に基づき、東京地裁に東京医科大学に対する受験料返還義務確認訴訟を提起することになった（消費者団体訴訟）。
一般推薦入試問題漏洩疑惑
2018年12月29日、不正入試問題を受けて組織された第三者委員会のの調査報告で一般推薦試験の問題の漏洩が起こっていた可能性が指摘をされた。報告書によると、2013年～2018年のいずれかの年に行われた医学科の一般推薦入試の直前、ある受験生が「試験問題が手に入った」などと予備校で話しおり、この受験生は小論文で１位の得点であった。