グリーン車
名称
名称の「グリーン」の由来は、2等級制時の一等車時代から側面窓下に表示されていた淡緑色（淡緑6号）の帯の色及び硬券の色を基にしたとされる。同時に"四つ葉のクローバー"を模した黄緑色（黄緑7号）の「グリーンマーク」も制定された。しかし1978年（昭和53年）の塗装規程改定により淡緑色の帯を入れることは廃止され、JR分社後の現在ではグリーンマークのみとなっている。
マークは時刻表や発車標でも用いられている。これらの単色で表示する媒体の場合、葉に当たる部分を線と同色で塗色しているものが指定席、地の色と同色のものが自由席と区別している。
グリーン車(GREEN CAR)という名称は事実上普通名称化しているが、英語の案内などでは下記にある通り等級不詳となる「GREEN CAR」ではなく、一等車という意味合いで「First Class」と表記する場合もある。しかし、グリーン車とは別に「新幹線のファーストクラス」を標榜する「グランクラス」も登場している（後述）。
車両設備
基本的には座席間隔（シートピッチ）が普通車のそれに比べ広い、ないしは腰掛の横幅が広い物を用いている。また、腰掛自体もジョイフルトレインや個室の類を除いて、一般にリクライニング機構を装備した回転式クロスシートを用いている。グリーン車の設備には特別二等車を源流に持つ特急（新幹線を含む）・急行用と、「並ロ」「並二」と呼ばれた一般の二等車を源流に持つ普通列車用の2系統があり、後者の設備は前者に比べて簡素で、利用料金もそれぞれ別個に設定されている。
特別席という観点から本席を先頭車に設定し、運転席後ろの仕切りをガラス張りにして「パノラマ型」にしたものや2階建て車両の上部に設定する場合もある。先頭車に設定する理由としては、（現在は必ずしも当てはまらなくなったが）先頭車にはモーターを搭載しないため車内が静粛であることや、トイレの利用などで車内を通り抜けるだけの乗客がむやみに立ち入らないようにする目的もある。一方、編成の長い東海道・山陽新幹線では乗客が乗降時に駅ホームの端まで歩かなくてすむ（なるべく駅の階段やエレベーターが近くなる）よう、グリーン車車両を編成中央に連結している。東北新幹線においてはこの2つを折衷する形で単独編成では先頭車両かその隣の車両をグリーン車としつつも、併結時には編成中央に来るような配置がとられている。
特急・急行用
現在の特急・急行用グリーン車の源流となるのは、1950年に製造された初の特別二等車「スロ60形」である。翌1951年に製造された「スロ53形」では、後の特急・急行用グリーン車の標準様式となる座席間隔（シートピッチ）1,160mm、20m級全室車の場合定員48人が確立された。この様式は、1986年の国鉄最末期に製造されたキロハ186形にまで踏襲されている。なお、後述する民営化後も定員や横2+1配列の登場などの点で差異のある車両は登場しているものの、シートピッチ1,160mmの寸法は一部の例外を除いてスロ53形の登場後65年以上の長きにわたり踏襲され続けている。
1987年（昭和62年） の国鉄分割民営化後は、標準化を旨とした国鉄時代と異なり、国鉄を引き継いだJR旅客鉄道会社が線区や列車の事情に応じた設備のグリーン車を製造あるいは既存車を改造した。これにより、グリーン車の設備は一気に多様化した。それまでは2+2人掛けの4列配置が一般的であった座席配置も、観光需要の多い路線・列車を中心に2+1の3列配置が採用され、一部の路線を除いて新造・改造車ともに拡大する傾向にある。
また1990年前後から、対抗路線を走る私鉄に僅か数百円の追加料金で横幅の広い2+1列のデラックス型シートに乗車できる列車が設定された。こうしたことなどから、シートピッチは広くても2+2では見劣りすると考える乗客の価値観の変化も影響していると考えられ、中には個室を設置する列車も現れた。
こうして2+1人掛けの3列配置が国鉄の民営化以降主流となっていったが、JR東日本では1993年（平成5年）に営業運転を開始した255系以降の特急形車両はジョイフルトレインや「いなほ」用のE653系1000番台（クロE652形）を除き、定員確保の観点から再度国鉄時代のような2+2の配置となっている。その代わりJR東日本の線内に限りグリーン車を利用する場合は一部の特急を除いて乗車距離が300km以内のグリーン料金が他のJR各社（九州を除く）より240 - 1,000円安く設定されている。JR東海では国鉄時代と同様に2+2配置が主流であり、キロ85形では2+1配置を採用したが、その後導入したクロ383形では2+2配置に戻されている。
新幹線では車体幅が在来線より広いこともあり、東海道新幹線開業時から基本的に2+2列の配置である。例外は、100系・200系で存在した1 - 4人個室と、いわゆるミニ新幹線として在来線規格で製造された400系が2+1列として設定されたのみである。なお、ミニ新幹線用としてのちに製造されたE3系以降は定員確保のため2+2列で配置されている。
座席についても、従来からの標準であったリクライニング機構、テーブル、フットレストのみならず、レッグレストを設置したり、特にJR民営化直後に登場した列車では各席に小型液晶テレビを設置したり、音楽を配信するオーディオ・ヴィジュアルサービスを提供したりするものまでが出現した（現在では全て撤去）。また、サービス面でも、フリードリンク・菓子類や雑誌（車内誌）の提供、旅客機のキャビン・アテンダントを真似た女性客室乗務員によるサービスなど内容の向上が見られたが、現在では経費削減のため軒並み取り止められている（東海道・山陽新幹線などではおしぼり配布のサービスのみ継続している）。
普通列車用
普通列車用グリーン車については、通勤輸送に使用されるという性格上、座席に座れること自体がサービスとなっており、座席定員を確保するため、特急・急行用のものと異なった発展を遂げた。設備としては、特急用の普通車レベルが標準であり、定員は60人前後である。また、座席は、特急用普通車の設備向上に伴って変遷してきた。中には余剰となった特急・急行用車両のグリーン車を転用したり、グレードアップの目的でそれら並みの設備を持って新製されたものもあるが、定員が少ないため早期に淘汰の対象となっている。
1950年代以前の二等車には、転換クロスシートのものと座席間隔を大きくとったボックスシートのものがあったが、1960年代以降には回転クロスシートが一般的となった。1973年には、グリーン車の設備向上を狙って急行形並みの設備を持ったサロ113形が新製されたが、定員の減少のため乗客の評判が悪く、早期の転出（京阪神地区へ）を余儀なくされている。その反省から、定員を60人に増やし簡易リクライニングシートを装備したサロ110形1200番台が1976年から製造され、以後の標準形となった。
1980年代以降、グリーン車が連結されている東海道本線や横須賀線では、通勤ラッシュ時を中心に乗車定員を上回る乗車が見られ、グリーン車でありながら乗客の立席乗車が恒常化していたため、さらなる座席定員増加を狙って、国鉄分割民営化後の1989年（平成元年）からは、2階建て構造で製造されている。この先駆けとなったのは、サロ212・213形及びサロ124・125形である。これにより、座席定員は実に1.5倍の90人に増加され、これ以降製造される車両の標準形となっている。
グリーン個室
「スーパービュー踊り子」（JR東日本251系電車）、「スペーシアきぬがわ」（東武100系電車）、またかつての新幹線100系電車や「成田エクスプレス」（JR東日本253系電車）等には、個室グリーン席があり、個室単位で座席が販売される。
その他のグリーン車
上記のほか、1970年代から1980年代にかけて国鉄・JRに登場したお座敷列車（畳敷きの和風車両）、欧風列車などのいわゆるジョイフルトレインも大半がグリーン車として設定されていた。2000年代以降のジョイフルトレインでは普通車に設定、或いはグリーン車から格下げした車両が増えているが、一部例外もある。
また、一般用の列車においても、和風車両などをグリーン席として指定した事例がある。例えば、1985年（昭和60年）から1989年（平成元年）まで食堂車を改造した和風車両に「だんらん」の愛称を与え、エル特急「雷鳥」に連結された。
特急・急行列車
特急列車の場合、新幹線を含めて比較的利用度の高い列車には1両は連結されているが、国鉄末期には利用度の少ない特急ではグリーン車の連結を省く例も多くなった。しかし、グリーン車の利用が可能な「フルムーン夫婦グリーンパス」や「ナイスミディパス」などの特別企画乗車券が発行されるようになると、1両の半分程度（概ね10席から20席程度）のグリーン室を設置する例も多くなった。
また、急行列車でも、かつては比較的利用度の高い列車には昼行・夜行ともに連結されていたが、2003年（平成15年）に昼行急行列車のグリーン車は消滅し、2012年（平成24年）3月17日ダイヤ改正以降では定期列車としては運行を終了した。
特急列車の場合は原則的に座席指定席制であり、急行列車でも特別二等車以来の伝統から座席指定席制が多かったが、1996年（平成8年）まで急行列車であった「東海」など一部の急行列車には座席指定を行わない自由席を連結する事例も見られた。現在は、例外的に臨時列車では全席自由席とするケースがある（この場合、車掌が車内で販売）。
2000年代からは、以下に示すように従来のグリーン車よりも設備やサービスの水準を上げ、料金も従来のグリーン料金より高額に設定した席を設ける例が見られる。
DXグリーン席
DXグリーン席（デラックスグリーンせき）は、九州旅客鉄道（JR九州）787系電車のクモロ787形に設置されている。2005年10月1日から運行を開始し、2016年3月26日現在では「きりしま」以外の787系6両編成（「かもめ」など一部の列車は7両編成）が充当される特急列車に設定されている。
このDXグリーン席は、名称上はグリーン席よりさらに上の座席という理由で接頭語として「DX (Deluxe)」を冠したものである。マークは、一般のグリーン席のマークの上に「DX」と表記される。
クモロ787形に設けられていたトップキャビン（6人個室）を廃止し、その部屋に2人掛け座席と1人掛け座席を1列のみ配置した3席となっている。なお、885系や783系など、同社が保有する他の特急形車両には設置されていない。
座席寸法は横幅が540mm（従来の787系のグリーン席に比べ50mm拡大）、奥行きが510mm（同10mm拡大）、高さが430mm（同30mm拡大）に拡大された。また元々6人分のスペースを3人分で使用することから、座席の前後の空間は従来のグリーン席より格段に広くなっており、居住性が大幅に向上している。
座席のリクライニングは電動で、最大角度は3列シートの夜行バスの座席並み（最大141°）となっており、座ったままでもリクライニングできるように、リクライニング角度に合わせて座面が動くようになっていて、フットレストも電動で上下できる。また、141°までリクライニングした場合は座面と背もたれが一直線に近い形になり、ほとんどベッドで寝るような姿勢をとることができる。
その他の設備としては、コンセントが1席あたり2か所設置されており、パソコンを使用しながら携帯電話の充電をするといった使い方ができ、その他にも木製のハンガーやLED式読書灯が設置されている。
また、客室乗務員がグリーン車サービスを提供する列車では、おしぼりや飲料、クッキーやキャンディなどが配布される。アメニティーグッズとしてスリッパ（持ち帰り可）、膝掛けも提供されていた時期もあった。
グランクラス
北海道旅客鉄道（JR北海道）及び東日本旅客鉄道（JR東日本）の北海道・東北新幹線のH5系・E5系車両「はやぶさ」「はやて」「やまびこ」「なすの」、東日本旅客鉄道（JR東日本）及び西日本旅客鉄道（JR西日本）の上越・北陸新幹線のE7系・W7系車両「かがやき」「はくたか」「あさま」「とき」「たにがわ」に設置されている。
この座席種別では従来のグリーン車に比べ座席の前後・左右幅を拡大した電動式のリクライニングシートを設置し、軽食・酒類・ソフトドリンクやアメニティグッズの提供もあるが、主に近距離を結ぶ「なすの」「あさま」の全列車、一部の「はやぶさ」「やまびこ」では着席利用のみの営業としている。また、車両編成の仕様から「つるぎ」全列車および「はやて」「やまびこ」の一部にはグランクラスの営業を行わない列車も存在する。
普通列車
かつての二等車の名残であるが、元々普通列車のグリーン車＝旧二等車の連結は主要幹線では多くみられた。しかし、いわゆる急行列車の末端区間や間合い運用を除くと乗客が少なく、採算が取れないとの理由で大都市圏に連結される事例が多かった。
京阪神地区の東海道・山陽本線の快速・普通列車（21世紀現在の琵琶湖・JR京都・神戸線での近郊形電車を主に用いる「快速」で、通勤形電車を主に使用する普通電車〈京阪神緩行線とも〉とは異なる）にも組み込まれていたが、かつては競合私鉄に対して劣勢であり、加えて京阪間では競合私鉄に特急料金不要の転換クロスシート車を使用した電車特急群（京阪・阪急）が運行されているためさらに不利な条件となっていた。
このような状況から利用率が低かったことに加え、新快速用として転換クロスシートを装備した117系がデビューしたこともあり、1980年に廃止された。またJR化以降、転換クロスシート車を普通車両として次々導入していくこととなった。
JR東日本では東京近郊区間の主に列車線を中心に、グリーン車を展開している。
今後の予定
2015年（平成27年）2月4日、JR東日本は2020年度に中央線快速（東京 - 大月間）・青梅線（立川 - 青梅間）（使用車両：E233系0番台）に導入を予定すると発表した。しかし、地上設備の工事に時間を要することが判明したことにより、2017年（平成29年）3月24日に導入目標時期が2021年度以降の向こう5年以内への延期を発表。2018年4月3日、導入予定時期を2023年度末と発表した。
不着席の扱い
JR東日本が首都圏で連結している普通列車グリーン車は多くが自由席であり、座席定員を超えてもグリーン券が発売されるため、確実に座れる保証はない。グリーン車乗車に際して「デッキ部分であってもグリーン券が必要」という旨の注意書きが車内とJR東日本のホームページに記載されている。この規則は首都圏の普通列車に限らず、特急列車を含むJR全線のグリーン車に適用される規則である。
ただし、グリーン車で座ることができなかった場合は乗務員に申し出て証明書を発行してもらい、駅の窓口でグリーン券とともに提出すると無手数料で払い戻しを受けられる。払い戻す予定で証明書をもらった場合（もしくはグリーン券を購入しておらず、利用するつもりが無い場合も含む）、即座に普通車に移る必要があるが、朝・夕ラッシュ時は普通車との間の扉は封鎖されているため、次の駅に到着後一旦ホームに降りて移動することになる（乗務員の判断で一時的に扉を開放する時もある）。
しかし、払い戻せること自体を知らない、手順を知らず証明書なしで直接駅窓口に行く、または混雑のため下車まで乗務員に会えなかった（探しにも行けなかった）等で、払い戻しできないケースもあり、「座れないなら発券しないで欲しい」という声も新聞などで取り上げられたことがある。また、そのようなことから近年では混雑時を中心に立席の乗客を車内検札するときに乗務員が「このまま（グリーン車に）乗車するか否か」を尋ねてくることがある。
モバイルSuicaのグリーン券機能では個人端末からのオンライン購入という特性上、購入した場所に関わらず事前料金と同額のため、実際に乗車あるいは車外から窓を通して見て、席が空いているのを確認・着席してから即時購入が可能であり、車内に入っても座れなければ払い戻し以前に購入せずにすぐ普通車に移動する行為もできる。ただしJR東日本は電波状況による購入失敗の可能性を理由として乗車前に購入するよう注意しており、乗務員による車内改札の時点で購入手続きが終了していなかった場合や、普通車へ移動ができなかった場合は、その場で車内発券料金で現金購入することとされている。
一方でラッシュ時において、普通車よりも幾分混雑が少ないグリーン車に立席で料金を払っても乗りたいという声もあり、現実にグリーン料金値下げ以前からラッシュ時には立ち客が見られた。車両設備として座席には立ち客用の手すりもついている。
JR他社での例
「マリンライナー」や「ホームライナー」を除いて、常時連結される列車はほとんど見られない。ホームライナーの場合、グリーン券が必要となる代わりに乗車整理券は不要となることが多い。また、特急用車両で運転されるためにグリーン車は連結されていても列車自体にグリーン車の設定がなく利用できない（通路としては利用できる場合あり）こともある。
船舶のグリーン席
船舶のグリーン席の設定としては、1988年まで国鉄・JRが運航していた鉄道連絡船のうち、青函航路及び宇高航路にはグリーン船室が設けられていた。そのうち、青函航路については、座席指定席と自由席とで腰掛け自体も若干仕様が異なり、指定席は一人がけリクライニングの豪華なものであった。自由席には特急・急行用のリクライニングシートから転換機能を除いたような座席と、カーペットの敷かれた枡席との2種類があった。なお、枡席のグリーン船室には、枕が備え付けられていた。宇高航路については、航行時間が短いこともあり、自由席のみであった。
これらは、鉄道連絡船の使命でもある「鉄道輸送と一体となった鉄道運輸体系の延長」であり、鉄道運賃のそれの体系を踏襲する形であった。
また、2006年（平成18年）夏よりJR九州高速船の運航する国際航路ビートル号の一部にグリーン席が導入された。これは特別席の名称であり、同様に上級船室の名称でグリーン席を用いる事例もまま見られる。
JR以外のグリーン車
事実上JR（国鉄）路線網の一部を構成する鉄道や、JR（国鉄）との直通運転により、自社でグリーン車を保有し、運用するケースがある。また、自社車両を保有していなくても、JRからの乗り入れ列車がグリーン車を連結しているため、自社線内のグリーン料金を設定しているケースもある。
※なお会社名は五十音順とする。