三教会同
神道
宗派神道十三派は、キリスト教や仏教と同一視されるのは反対という意見が強く、当初は積極的な協力姿勢を示さなかった。だが、1912年1月23日で行われた神道懇話会の臨時総会から、わずか数日後の1月27日の神道十三派の代表者会合では意見が一致し、三教会同への出席が決まっている。
仏教
政府当局の趣旨には賛成しつつも、反キリスト教感情や仏教のキリスト教に対する特権意識、祖先崇敬や神社崇拝の項目削除などから、仏教界の三教会同への反対機運は強かった。しかし、明治維新の際に明治政府が没収した寺領地の無償交付を期待する、曹洞宗、浄土宗、真言宗智山派、真言宗豊山派、日蓮宗が会同出席に協力したことが契機となり、後には政府当局者を越える熱量で会同に備えた。
キリスト教
キリスト教界では、日本メソヂスト教会の本多庸一、日本組合基督教会の宮川経輝、バプテストの千葉勇五郎、日本基督教会の井深梶之助、日本聖公会の元田作之進、カトリック教会の本城昌平、日本ハリストス正教会の石川喜三郎が出席。内村鑑三、柏木義円はこれに反対した。