GPE Palmtop Environment
論争
GPEプロジェクトに関しては、ホスティングサービスの変更、IRCチャンネルの所有権、商標について論争が続いている。
Webホスティング
GPEは2002年4月からHandhelds.orgでホスティングされていた。しかし、開発者から示唆があり、2006年10月にLinuxtogo.orgに移転した。Handhelds.orgは去っていった開発者のユーザアカウントを削除し、元のGPE Handhelds.orgサイトにあった新たなGPE Linuxtogo.orgサイトへのリンクや参照を全て削除した。
IRCチャンネル
上記に関連して、両者がFreenode.netにある#gpeというIRCチャンネルの所有権を主張している。Freenode.netは両者が合意に達するまで、そのチャンネルの事実上閉鎖している。その後、Linuxtogo.orgは#gpe-projectを使い、Handhelds.orgは#handhelds-gpeを使っている（共にFreenode.netにある）。
商標
Handhelds.orgの管理者George Franceは2007年3月6日、OPIEおよびIpkgと共にGPEについても米国特許商標庁に商標登録を出願した。2007年6月25日、米国特許商標庁は Handhelds.orgのGPEの所有権の証拠としてHendhelds.orgのウエブサイトのスクリーンショットを採用できないと判断し、より具体的な「GPE製品」の見本を要求した。Handhelds.orgとOSI評議会メンバーのRuss Nelsonは、GPEプロジェクトはHandhelds.orgを足場として開発してきたと主張した。
Linuxtogo.orgのGPE開発者らは、彼らがGPEプロジェクトの実体であるとし、Handhelds.orgは単にホスティングを提供していただけだと主張した。さらに彼らはGPEプロジェクトがHandhelds.orgでホスティングされる以前から存在していた点を指摘した。
2008年2月27日、米国特許商標庁はGPEの商標について拒絶査定を下した。George France は出願内容を修正し（GNUとLinuxに関する参照を削除）、GPEの商標は2008年6月3日、異議申し立てのために公表された 。
これに対して、Linuxtogo.orgのGPE開発チームはHandhelds.orgで開発されたGPE基盤部分を捨てることにした。ブートローダを別のものにし、IpkgからOpkgに乗り換えた。ただし、アプリケーションに対してはほとんど影響はない。