機械語
機械語と互換性
機械語プログラムは命令セットその他の仕様が異なるプロセッサでは実行できない。同じ機械語プログラムを実行できることを互換性があるという。
たとえば、Pentium系列とPowerPC系列の双方で動くプログラムが存在しないのは、命令セットに互換性が無いからである。たとえ同じ系列だとしても、新しい世代のプロセッサのために作ったプログラムは古い世代のプロセッサでは動かないこともある。機械語プログラムがそのまま動くか否か、という互換性を「バイナリ互換性」といい、プロセッサの仕様だけでなく、コンピュータの他の部分の仕様やファームウェアやオペレーティングシステムなども関わる。
ただし、注意深く機械語命令を使用することによって異なるアーキテクチャで動作するプログラムを書くことは不可能ではなく、Polyglotの極端な1ジャンルともいえる。PC-98とX68k両対応のブートセクタ、記念すべき第1回IOCCCの入選作のひとつでmullenderによるPDP-11とVAX両対応プログラムなど。
機械語とアセンブリ言語
機械語を直接プログラミングに使うのは人間には負担が大きく、またコンパイラ等のコード生成でも（命令セットの設計にもよるが）見通しが良くないこともある。そういったこともあり、命令をオペコードではなくニモニックと呼ばれる英単語風のもので表現し、オペランドもレジスタ名などシンボリックに表現できる、アセンブリ言語を通じて扱うことが多く、C言語などの（処理系拡張による）インラインアセンブラ等でもアセンブリ言語の利用が一般的である。
基本的にはアセンブリ言語は機械語と1対1に対応するが、簡単なマクロなどを備えているものは多く、遅延スロットを利用するコードに自動的に変形するなどといった機能を持つものもある。また特殊な短縮形など（x86でAXがオペランドの場合など）について、機械語では違いがある場合をアセンブリ言語では明示的に指定できない場合もある。
アセンブリ言語で書いたコードを、手作業でアセンブルして機械語コードにする作業を「ハンドアセンブル」という。通常、メーカー等での新機種の開発などでは、旧機種の環境でクロス開発を行うわけで、わざわざ効率の悪い作業であるハンドアセンブル等を行うことは普通は無いが、1970年代のマイクロコンピュータや1980年代のパーソナルコンピュータでは、個人の場合、クロス開発のためのコンピュータ（当時はミニコンピュータなどが、メーカー等では使われていた）を別に持っているわけなどなく、またアセンブラも高額だったりすることも多く、ハンドアセンブルは一般的であった。
機械語と解析
アセンブラの逆を行う処理系が逆アセンブラである。ただ、よくあることだが、開発の際の文書が失われたシステムを分析するために、プログラムを解析するしかないことがある。さらにソースコードも残っていないような場合には、機械語コードからなんとかして解析するしかないが、逆アセンブラで逆アセンブルすることで、基本的な手間は省けるかもしれない。しかし、各種のヒューリスティックによってサブルーチンや変数の名前などもある程度はそれらしく推測してくれるものもあるが、プログラムの意味を解析するのは人が行なう必要がある。
機械語プログラムの読み込み
ここでは、プログラム内蔵方式を前提とする。一般に電源投入ないし、いわゆるコールドリセットの直後にCPUが実行するコードはROMに置いておくか、CPUの動作に依らない方法でRAMに書き込まれている必要がある（ブート）。
オペレーティングシステム（OS）がブートされた後の、OS運用下では、ファイルシステムが存在するシステムの場合、補助記憶装置中のファイルシステムに、いわゆる「実行可能バイナリ」などと呼ばれる実行ファイルとして機械語プログラムが存在しており、それがファイルシステムから主記憶にロードされて実行される、というような形態が一般的である。なお、実行時に共有ライブラリを動的リンクするなど、近年はこの「ロードして実行する」という手続きが複雑になる傾向もあり、実行時コンパイル等が一般的になると主流の形態も変化するかもしれない。
ダンプリスト
ダンプリストそのものは機械語に限らず、コアダンプなど、バイナリをリスティング出力したものであり、オクテット単位を基本とするコンピュータでは十六進法の2桁ずつで表現される。また1980年頃の「マイコン雑誌」の誌面に機械語プログラムが掲載される際の形態でもあった。
命令セットと命令フォーマットの設計によって、ダンプリストではほとんど意味不明なコードの場合もあれば、比較的読みやすいものもある。前述のようなハンドアセンブルやハンド逆アセンブルの経験者であれば、かなりその場で読めるような者もいる。そうでなくとも、デバッグ等で頻出するパターン（システムコールやサブルーチン呼出、プッシュ・ポップ等）は、経験で覚えてしまうことも多い。