次世代シーケンスのライブラリー調製・プール時にサンプルの濃度を揃えるようにとの記述がありますが、クロマチン量が異なる2つのサンプルを使ってchipし、ライブラリー調製時にサンプルの濃度を揃えても大丈夫ですか?
少なくとも同じくらいの量のクロマチンを用いてchipを始めることをお勧めします。 実質的に異なる量で開始する場合、chip時に免疫沈降の効率や特異性がサンプル量に影響を受け、最終的に無視できないバイアスを結果に生じさせる場合があるためです。