システム会社に任せているので、問題ないのではないですか?
なんとも言えませんが、一般的にアプリケーションを開発するエンジニアとネットワークエンジニアは異なります。 言い換えると技術が異なりますのでお任せしている業者にもよりますが専門のエンジニアの有無をご確認いただくことをお勧めします。 また、webアプリケーションのセキュリティ診断の対策を行なっていたとしても、セキュリティ診断はあらゆる脆弱性を想定して実施されますので”対策”と”診断”は別物として対応されることをお勧めします。 時間を経過すると様々な脆弱性が発見されますので定期的なセキュリティ診断を行なうのも重要です。