V prípade, že inšpekčná činnosť preukáže nedostatky v niektorej z dozorovaných oblastí, v protokole z inšpekcie sa držiteľovi povolenia nariadi odstránenie nedostatkov s konkrétnymi opatreniami a termínmi ich plnenia. Držiteľ povolenia je potom povinný oznámiť ÚJD SR spôsob a termín odstránenia nedostatku.
Ak dozorovaný subjekt opatrenia neplní, ako aj v prípade vážneho porušenia legislatívnych požiadaviek alebo schválenej dokumentácie, môže ÚJD SR začať správne konanie, ktorého výsledkom môže byť:
- zníženie výkonu alebo pozastavenie prevádzky JZ,
- uloženie pokuty,
- odobratie povolenia alebo súhlasu,
- odobratie preukazu odbornej spôsobilosti.