Namiesto pokračovania Prey sme sa dočkali novej úplne odlišnej hry oproti pôvodnej. Zatiaľ čo v prvej hre sme sa dostali do kože indiána uneseného mimozemšťanmi, teraz sa dostaneme do roku 2032, do kože Morgana Yu, človeka, ktorý bol objektom morálne otáznych experimentov na vylepšenie ľudskej rasy.
Prebudíte sa na lodi Talos 1 a musíte zistiť tajomstvá skrývajúce sa v temnotách vesmírnej stanice, zatiaľ čo ste lovení mimozemskými silami, ktoré ovládli stanicu. Musíte sa spoliehať na vybavenie, ktoré nájdete a na svoje schopnosti, aby ste prežili.