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核内の制限された空間にクロマチンを収納するには、DNAに利用しやすい状態を確保しつつ密に詰め込む必要がある。そのため、クロマチン構造の異なる層とエピジェネティック制御機構が存在する。ゲノムワイドのクロマチン相互作用マップにより、大きな相互作用ドメイン（TAD）と高次のA及びBコンパートメントが明らかになり、それぞれ活性クロマチンと不活性クロマチンを反映している。クロマチン構造とエピジェネティックマークのパターン（DNAメチル化を含む）の間の相互依存性についてはまだ十分には解明されていない。著者らは今回、心筋細胞の分化と成熟の際はA/Bコンパートメントの確立がDNAメチル化シグネチャーに先行して起こり、DNAメチル化シグネチャーを規定することを明らかにした。注目すべきこととして、心筋細胞における動的なCpG及び非CpGメチル化はAコンパートメントに限定していた。さらに、胚性幹細胞におけるDNAメチル化の遺伝子破壊、心筋細胞におけるDNAメチル化の抑制でも、ゲノムワイドのクロマチン構造に変化は生じない。以上のように、DNAメチル化は予め形成されたクロマチンコンパートメント内で確立していると考えられ、高次のクロマチン構造の形成には重要でない可能性がある。
DNAメチル化シグネチャーは心筋細胞において予め形成されているクロマチンコンパートメントに従う