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BL-Hi-Cは、構造的および調節的クロマチン相互作用を捕捉する効率的で高感度なアプローチ
ヒト細胞において、DNAはヒストンおよびDNA結合タンパク質と、3次元で階層的に組織化・会合している。クロマチン相互作用は、ゲノムアーキテクチャと、発生段階における堅牢性や細胞周期中の柔軟性を含む遺伝子調節において重要な役割を果たす。ここで我々は、制限酵素ターゲティングと2段階近接ライゲーションによって構造的および調節的クロマチン相互作用を捕捉するブリッジリンカー-Hi-C（BL-Hi-C）と名付けられたin situ Hi-C法を提案する。この方法は、活性クロマチンループ検出の感度と特異度を改善し、より低い配列決定深度で、より単純なプロトコルを用いて、従来の方法よりも優れた調節エンハンサー－プロモーター構造を明らかにすることが可能だ。我々は、ベータグロビンとHOXCクラスター領域という2つのよく研究された発生遺伝子座を用いて、その有用性を実証する。