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核内の限られた空間にクロマチンを収納するには、DNAへのアクセスのしやすさを確保しつつ、密に詰め込む必要がある。そのため、クロマチンには複数の層構造とエピジェネティックな調節機構が存在する。クロマチン相互作用のゲノムワイドマップによって、大きな相互作用領域（TAD）と高次構造のA及びBコンパートメント（それぞれ、活性クロマチンと不活性クロマチンを表す）が明らかになっている。クロマチン構造とエピジェネティックマークのパターン（DNAメチル化など）の相互依存性についてはまだ不明な点が多い。本研究では、心筋細胞の分化と成熟の過程では、A/Bコンパートメントの形成が先行し、DNAメチル化のパターンを決定することを示す。心筋細胞における動的なCpGメチル化と非CpGメチル化がAコンパートメントに限られることは注目すべき点である。さらに、DNAメチル化によって胚性幹細胞や心筋細胞で遺伝子がそれぞれ除去されるか又は減少する場合であっても、ゲノムワイドのクロマチン構造は変化しない。以上のことから、DNAメチル化は、予め形成されたクロマチンコンパートメント内で確立していると考えられ、クロマチンの高次構造形成には必ずしも必要でない可能性がある。
DNAメチル化のパターンは心筋細胞で予め形成されているクロマチンコンパートメントに従う