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日刊スポーツ、スポーツニッポン、読売新聞によると、同大会はJ1リーグ（1部）の18チームが参加して行うが、アジアチャンピオンズリーグに進出する2チームは自動的に決勝ラウンドに出場するため、予選リーグは16チームを4チーム×4組で争うこととなっている。しかし2006年度は同大会に出場を予定している東京ヴェルディがJ2リーグ（2部）に降格するため、自動的に決勝ラウンドに出場するチームが18チーム中1チームしかない。このため予選リーグはガンバ大阪を除く17チームを、4チーム×3組、5チーム×1組の4組に分ける形で行われることとなった。また、同大会の準々決勝・準決勝、並びにJ1・J2入れ替え戦（いずれもホーム・アンド・アウェー方式）の各2試合で、勝敗数が同じ場合には合計得点で勝利チームを決定するが、合計得点も同点であった場合、アウェーの得点の多いチームを勝利チームと見なす「アウェーゴール方式」を取り入れることを併せて決定した。アウェーゴールも同じ場合は延長戦を行う。ただし、延長戦は第2試合にしか行われないため、ここでもアウェーゴールを採用すると第2試合のホームチームが不利となってしまうため、延長戦ではアウェーゴールは採用しないこととなった。
2006年のJリーグカップは変則開催