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根来氏は「同じ人間が長期間コミッショナーの役職を勤めるのはよくない」と辞意を表していたが、朝日と読売新聞によると、実行委員会は根来氏が自ら提案したコミッショナー権限強化のための野球協約の改定作業が続いていることを考慮し、後任のコミッショナーが正式に決まるまで「コミッショナー代行」という形で残るように要請した。また、四国新聞によると、実行委員会では、2008年の北京五輪に向けた日本代表チームの編成について、星野仙一氏（野球評論家）に監督を託すこと、また日刊スポーツによると選手供出に関して参加12球団が全面協力することを確認した。しかし読売によると、ペナントレースについてはセ・リーグはリーグ戦を中断する方針であるものの、パ・リーグは夏休みで営業面のダメージを与える可能性があるとして意見が分かれた。これについては、今後オーナー会議で議論される。
日本プロ野球・根来コミッショナー退任後も「代行」で続投へ