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これまで日本プロ野球組織は希望入団枠などの現行のドラフト制度を維持することで合意していたが、西武ライオンズのスカウトによるアマチュア2選手に対する裏金問題でアマチュアやプロ選手会が「不正の温床」として希望枠を廃止するように求められた。この日の会議では2007年度から希望枠を撤廃する意見が多かったが、読売巨人軍がフリーエージェントの取得年数の短縮を要望したことなどから交渉が難航し、根来泰周コミッショナー代行が2008年3月まで継続審議し、抜本改正を目指すとして各球団に了承を求めた。しかし、デイリースポーツによると、アマチュアの3団体（日本高校野球連盟、全日本大学野球連盟、社会人野球・日本野球連盟）はこのことに関して「このような結論は受け入れられない」と反発した。高校野球連盟の田名部和裕参事は会見で「2007年度の撤廃ができないという理由があれば別だが、今回の会議ではそういった話がない」と述べるとともに、「2004年にドラフト制度の変更は事前に高校野球連盟の同意が必要という覚書を交わしているが、今回のはアマチュア側が現行制度の不備を訴えており、それにあたる」と説明。その他の各団体も2007年からの撤廃を強く求めているという。
日本プロ野球ドラフト 希望枠の廃止は2008年からで合意