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再点検で判明したのは、集計時に100票ずつ束にしてパソコンに入力するところを、ある候補者の票で、68票の束を100票として集計したために32票分多く入力されていたということだった。超過分の32票を総票数11万521票から差し引くと11万489票となり投票者数（11万508人）を下回るが、同市選管は投票用紙を受け取りながら投票しなかった分の「持ち帰り票」として処理するという。読売新聞によれば、この発表を受けて、選挙結果に異議申し立てをした5人は、あらためて行われる票の再計算を見守るとしてまだ異議の取り下げはしていない。今回の同市議選では、最下位での当選者と次点の候補者との票差が0.226票差（表記上は1票差）で、次点の候補者も異議申し立てをした5人に含まれている。佐賀市では、2003年の市議選でも、最下位での当選者と1票差で落選した候補者の党派名が誤って表記されており、最高裁で無効との判決が出たあと再選挙（再選挙では立候補者数が定数を下回り無投票だった）となっていた。
佐賀市議選の票数超過問題、入力ミスが原因と判明