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New York Genome Center
- Ingénieur Logiciel Principal
2016 - maintenant
Développe et maintient des logiciels pour des applications scientifiques, incluant des pipelines d'analyse, gestion de large dépôt de données, LIMS et respectant la confidentialité des données.
Responsabilités:
- Collabore avec les scientifiques en bioinformatique, utilisateurs et différentes parties prenantes afin de définir les cahiers des charges des pipelines et outils permettant l'analyse des données, l'accès et le management des données, la livraison des données aux clients.
- Conçoit, développe, déploie et documente des logiciels performants.
- Supporte et dépanne les opérations de séquençage et de bioinformatique à l'aide de scripts, code d'automation, interface et gestion des flux de données.
- Aide à l'intégration et customization de différents logiciels au sein du système informatique existant (exemple: Lab Information Management System (LIMS)).
- Développe l'expertise et le savoir faire de la gestion des ressources scientifiques du centre.
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New York Genome Center
- Ingégnieur Logiciel II
2014 - 2016
Aide à la croissance rapide du département informatique du NYGC en développant des logiciels et pipelines compatibles avec les données provenant de séquençage à haut débit. Participe à la recherche de pointe permettant les découvertes génomiques sur des données clinique provenant de patients atteint de maladies telles que le cancer, ALS, Alzheimer et maladies inflammatoires.
Responsabilités:
- Collabore avec les scientifiques en bioinformatique, utilisateurs et différentes parties prenantes afin de définir les cahiers des charges des pipelines et outils permettant l'analyse des données, l'accès et le management des données, la livraison des données aux clients.
- Participation active à l'identification des problèmes techniques rencontrés et implémentation de leurs solutions.
- Donner des estimations précises sur les différentes tâches à effectuer.
- Conçoit, développe, déploie et documente des logiciels performants.
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New York Genome Center
- Programmeur en bioinformatique
2013 - 2013
Développe et maintien de logiciels appliqués à la bioinformatique; création de programmes d'analyse et d'annotation liés aux nouvelles méthodes de séquençage. Ce travail a été effectué au sein d'une équipe composée de scientifiques et d'analystes en bioinformatique ainsi que d'ingénieurs logiciel.
Responsabilités:
- Conçoit, développe, déploie et documente des logiciels pour l'analyse, l'annotation et les contrôles qualités des données;
- Supporte et dépanne les opérations de séquençage et de bioinformatique à l'aide de scripts et code d'automation;
- Aide à l'intégration de différents logiciels au sein du système informatique existant (example: Lab Information Management System (LIMS)).
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Albert Einstein College of Medicine
- Bio-informaticien
Paris
2011 - 2013
- Développement et maintenance du logiciel GenPlay.
- Poursuite de la fonctionnalité sur la synchronisation multi-génomique.
- Maintenance du site internet de GenPlay et de son serveur.
- Assistance informatique dans le laboratoire.
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Albert Einstein College of Medicine
- Bioinformaticien
Paris
2011 - 2011
Implémentation de nouvelles fonctionnalités et d'opérations mathématiques et statistiques, principalement en Java, au sein d'un logiciel nommé GenPlay. Il s'agit d'un navigateur de génomes utilisé dans la visualisation de données génétiques à haut débit.
La réalisation de ce stage a visé de nombreux objectifs comme le développement et la maintenance de GenPlay et l'implémentation de plusieurs fonctionnalités.
Il a été néanmoins guidé par le développement d'une opération visant à synchroniser et à visualiser plusieurs génomes simultanément. Après séquençage, un génome est aligné en utilisant un génome dit de référence (ex: Hg19 pour l'être humain). Il devient alors possible de trouver les différences génétiques entre le génome séquencé et le génome de référence utilisé. Ces différences peuvent être des insertions, délétions, substitutions; SNPs et bien d'autres de un ou plusieurs nucléotides à des positions précises du génome.
Lorsque plusieurs génomes ont été alignés sur le même génome de référence et que les différences entre ces derniers et le génome de référence sont connues, il est alors possible d'utiliser ces différences afin de synchroniser les positions des génomes entre eux.
Le but de cette opération est de faciliter la visualisation d'information. Lorsque l'un des fichiers d'annotation, basé sur le génome de référence utilisé lors de l'alignement, sera chargé dans GenPlay, il sera alors très facile de comparer les différences inter-génomiques. Toutes les positions étant synchronisées, l'interprétation de nombreux résultats peut se faire instantanément et aisément à l'œil nue.
Par exemple, il est possible de comparer les génomes des individus issus d'une même famille afin de comprendre les différences génétiques qui ont pu mener à une maladie de l'un d'entre eux.
Le séquençage génomique devenant une opération de moins en moins couteuse, ce genre d'analyse et de système de comparaison deviennent un besoin.
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Albert Einstein College of Medicine
- Bioinformaticien
Paris
2010 - 2010
Implémentation de nouvelles fonctionnalités et d'opérations mathématiques et statistiques, principalement en Java, au sein d'un logiciel nommé GenPlay. Il s'agit d'un navigateur de génomes utilisé dans la visualisation de données génétiques à haut débit.
Plusieurs fonctionnalités ont été développées lors de ce stage. La plus importante a été l'élaboration d'un filtre sur les résultats d'expériences issues de ChIP-chip/ChIP-seq. Ce filtre est applicable sur les fichiers Bed et BedGraph. Chacune des lignes de ces fichiers renseigne un score pour une position précise sur un chromosome.
Ici, le score est la profondeur de séquençage, en d'autres termes, le nombre de fois que la position en question a été trouvée après alignement des séquences. Dans certaines conditions d'expérience, certaines zones sont lu plus (comme à l'inverse: moins) de fois.
L'idée générale de ce filtre est d'isoler les régions étant statistiquement significatives. Pour cela, l'utilisateur dispose de plusieurs paramètres afin de régler la sensibilité du filtre.
Pour cela, j'ai étudié de nombreux outils de traitement de données ChIP-chip/ChIP-seq (ChipSeq Peak Finder, ChromaSig, CisGenome, FindPeaks, MACs, QuEST…) afin de trouver une approche statistique permettant de concrétiser pleinement notre besoin.
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Pôle Biologie Santé
- Concepteur Web
2009 - 2009
Développement d'un site internet pour une nouvelle plateforme d'imagerie: IMAGEUP.
Une partie du site internet a pour but de présenter la plateforme, son fonctionnement ainsi que ces différents instruments (microscopes…).
J'ai réalisé le développement de la seconde partie concernant la réservation de microscopes.
Cela implique la création d'un espace sécurisé où les utilisateurs peuvent créer leur propre compte, renseigner leurs informations personnelles et réserver des microscopes.
L'utilisateur a accès au planning complet des microscopes et faire une demande de réservation accompagnée de la présence d'une personne compétente.
Les utilisateurs administrateurs ont également la possibilité d'exporter des statistiques sous Microsoft Excel concernant l'utilisation des microscopes et de l'activité des réservations.
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Centre Hospitalier Universitaire de Poitiers
- Bio-statisticien / Technicien de Laboratoire
2008 - 2008
Evalutation de l'impact financier de la contamination des laits maternels.
La qualité des laits maternels doit être irréprochable afin d'être utilisé dans la nutrition des nouveau-nés, c'est pourquoi il subit une pasteurisation et un contrôle bactériologique. Le laboratoire d'Hygiène dans lequel j'ai réalisé mon stage évalue la qualité du lait en réalisant le dénombrement de la flore mésophile et de Staphylococcus aureus avant et après pasteurisation. Un test au sérum au lait de vache est également réalisé afin de détecter d'éventuelles fraudes.
J'ai réalisé une estimation de l'impact financier du traitement des laits maternels afin d'adopter une attitude plus déterminée face à l'obtention d'un résultat non conforme. Pour cela, il est primordial de savoir à quelle fréquence un tel résultat apparaît et si par la suite, on peut retrouver un résultat conforme chez une même donneuse.
Ce stage m'a donné l'opportunité d'être en relation avec le laboratoire d'Hygiène et le Lactarium du Centre Hospitalier de Poitiers. Au-delà de l'analyse statistique et du calcul des différents coûts financier, je pu appliquer mes connaissances pratiques d'analyses microbiologiques afin de commencer à développer mon savoir faire.