何でホトトギスって漢字は不如帰とか時鳥とか複数あるのですか？他の漢字表記が複数ある言葉もいくつか教えてください。
ホトトギスの漢字が複数ある理由について、お答えします。

ホトトギスの漢字が複数ある理由は、それぞれが当て字であり、当て字が使われている理由がそれぞれに存在するからだと思われます。

まず、提示された「不如帰」は中国の故事が由来です。傾いていた古代中国蜀を再興した望帝の杜宇（とう）は、死んだ際にホトトギスに姿を変えたとされています。
そして蜀が秦に滅ぼされた時、化身となったホトトギスが『不如帰（帰り去くに如かず。何よりも帰るのがいちばんという意味）』と泣いたという話から、「不如帰」となったと言われています。    
また、「時鳥」はホトトギスが渡来する初夏の時期は、田植えを開始する時期であり、『田植えの時期の到来を告げる鳥』という意味で「時鳥」と命名されたということです。  

ホトトギス以外に漢字表記が複数ある言葉には、ナデシコやトカゲがあります。  
ナデシコは撫子、石竹 、瞿麦などの表記があり、トカゲは、蜥蜴、石竜子などの表記があります。