ነገር ግን የቢቲ ጥጥ ለብዙ የጥጥ ተባዮች ውጤታማ አይደለም፣ነገር ግን እንደ እፅዋት ትኋኖች ፣ሽማቶች እና አፊድ ያሉ; እንደ ሁኔታው ​​​​በእነዚህ ላይ ፀረ-ተባይ መድሃኒቶችን መጠቀም አሁንም ሊፈለግ ይችላል. እ.ኤ.አ. በ2006 በኮርኔል ተመራማሪዎች ፣ በቻይና የግብርና ፖሊሲ ማእከል እና በቻይና የቢቲ ጥጥ እርሻ ላይ የቻይና ሳይንስ አካዳሚ ባደረጉት ጥናት ከሰባት ዓመታት በኋላ እነዚህ በፀረ-ተባይ መድኃኒቶች የሚቆጣጠሩት ሁለተኛ ደረጃ ተባዮች መበራከታቸውን እና ፀረ ተባይ መድኃኒቶችን በተመሳሳይ ጊዜ መጠቀም እንደሚያስፈልግ አረጋግጧል። በጂኤም ዘሮች ተጨማሪ ወጪ ምክንያት ለገበሬዎች አነስተኛ ትርፍ ያስገኛል Bt-ያልሆነ ጥጥ። ሆኖም በ2009 የቻይና ሳይንስ አካዳሚ፣ ስታንፎርድ ዩኒቨርሲቲ እና ሩትገርስ ዩኒቨርሲቲ ያደረጉት ጥናት ይህንን ውድቅ አድርጓል። የጂ ኤም ጥጥ የቦል ትልን በሚገባ ተቆጣጥሮታል ብለው ደምድመዋል። የሁለተኛ ደረጃ ተባዮች በአብዛኛው ሚሪዳኢ (የእፅዋት ትኋኖች) ከአካባቢው የሙቀት መጠን እና ዝናብ ጋር የተገናኘ ሲሆን ከተጠኑት መንደሮች ውስጥ በግማሽ መጨመር ብቻ ቀጥለዋል። ከዚህም በላይ ለእነዚህ ሁለተኛ ደረጃ ነፍሳት ቁጥጥር የሚደረገው የነፍሳት መድሐኒት አጠቃቀም መጨመር በBt ጥጥ ጉዲፈቻ ምክንያት ከጠቅላላው የፀረ-ተባይ አጠቃቀም መቀነስ በጣም ያነሰ ነበር። እ.ኤ.አ. በ2012 በቻይና የተደረገ ጥናት ቢቲ ጥጥ የፀረ-ተባይ መድሃኒቶችን በግማሽ በመቀነሱ የ ladybirds ፣ lacewings እና ሸረሪቶችን በእጥፍ አሳድጓል። አግሪ-ባዮቴክ አፕሊኬሽን ለማግኘት አለም አቀፍ አገልግሎት (ISAAA) እንዳስታወቀው በአለም አቀፍ ደረጃ የጂ ኤም ጥጥ በ25 ሚሊዮን ሄክታር መሬት ላይ በ2011 የተተከለ ሲሆን ይህም በጥጥ ከተተከለው አጠቃላይ ቦታ 69 በመቶው ነው።
እ.ኤ.አ. በ 2009 የተደረገ ጥናት ምን ላይ ነው እየጨመረ የሚሄደው ተባዮች ጥገኛ ናቸው?