ሮንካሊ በ76 ​​ዓመታቸው ከ11 ድምጽ በኋላ በጥቅምት 28 ቀን 1958 ርዕሰ ሊቃነ ጳጳሳት ሆነው ተመረጡ። የእሱ ምርጫ ያልተጠበቀ ነበር፣ እና ሮንካሊ ራሱ ወደ ቬኒስ የመመለሻ ባቡር ትኬት ይዞ ወደ ሮም መጣ። ከ500 ዓመታት በላይ በተመረጠ ጊዜ "ዮሐንስ" የሚለውን የጳጳስ ስም የወሰደ የመጀመሪያው ጳጳስ ነበር እና ምርጫው በዚህ ስም ፀረ ጳጳስ ምክንያት ከዚህ የጳጳስ ስም ጋር የተያያዘውን የኦፊሴላዊ ቁጥር አወሳሰን ጥያቄ እልባት አግኝቷል። ርዕሠ ሊቃነ ጳጳሳት ዮሐንስ 11ኛ ጳጳስ ይሆናሉ ብለው የሚጠብቁትን ታሪካዊውን ሁለተኛ የቫቲካን ምክር ቤት (1962-65) በመጥራት አስገርሟቸዋል፣ የመጀመሪያው ጉባኤ በጥቅምት 11 ቀን 1962 የተከፈተ ነው። ስለ እኩልነት ያላቸው ጥልቅ ስሜት በታዋቂው መግለጫው ውስጥ ተጠቃሏል፣ “እኛ ሁላችን በእግዚአብሔር መልክ ተፈጠርን ስለዚህ እኛ ሁላችን እግዚአብሔርን አንድ ነን። ዮሐንስ 12ኛ በሊቃነ ጳጳሳት ጵጵስናው ወቅት ብዙ ልብ የሚነኩ ንግግሮችን ያደረጉ ሲሆን ከእነዚህም መካከል አንዱ በሌሊት በቅዱስ ጴጥሮስ አደባባይ ለተሰበሰበው ሕዝብ ሁለተኛውን የቫቲካን ጉባኤ በከፈቱበት ዕለት “ውድ ልጆቼ ወደ ቤት ስትመለሱ ታገኛላችሁ። ልጆች፡ ልጆቻችሁን እቅፍ አድርጋችሁ፡ በሉት፡ ይህ የጳጳሱ እቅፍ ነው!
ሁለተኛው የቫቲካን ጉባኤ ወደ ሮም ሲመጣ ወደ ምን ለመመለስ አስበዋል?