مواقع ربط الحمض النووي
توجد مواقع الربط على جزئ الحمض النووي DNA binding site حيث ترتبط عليها العديد من الجزيئات.تختلف مواقع الربط الحمض النووي عن غيرها من المواقع حيث:

1.انها جزء من تسلسل الحمض النووي «على سبيل المثال الجينوم» 

2.انها ترتبط عن طريق روابط الحمض النووي البروتيني.

ترتبط مواقع ربط الحمض النووي في كثير من الاحيان مع بروتينات متخصصة المعروفة باسم عوامل النسخ والتي ترتبط بالتنظيم النسخي.ويشار إلى مجموع مواقع ربط الحمض النووي لعامل النسخ ب "cestrome".
وتشمل مواقع ربط الحمض النووي اهداف البروتينات الأخرى مثل انزيمات التقييد ومواقع الدمج الخاصة وناقلة الميثيل-دنا.

ويمكن بالتالي تعريف مواقع ربط الحمض النووي بأنها متواليات قصيرة للحمض النووي (عاده ما تكون من 4 إلى 30 زوجا من الأزواج الاساسيه، ولكن حتى 200 bp لمواقع أعاده الدمج) التي ترتبط تحديدا بواحد أو أكثر من البروتينات أو البروتينات المرتبطة بالحمض النووي. وقد ذكر ان بعض المواقع الملزمة لديها امكانيه الخضوع لتغيير تطوري سريع.

أنواع مواقع ربط الحمض النووي 
ويمكن تصنيف مواقع ربط الحمض النووي وفقا لوظيفتها البيولوجية. وبالتالي، يمكننا التمييز بين مواقع ربط عامل النسخ، ومواقع التقييد ومواقع الدمج. واقترح بعض المؤلفين ان تصنف المواقع الربط أيضا وفقا لطريقه تمثيلها الأكثر ملاءمة. وبشكل اخر فان مواقع التقييد تتمثل بتوافقية التسلسل. هذا لانهم يستهدفون في الأغلب سلاسل متماثلة فتنخفض كفاءة مواقع التقييد مع السلاسل غير المتماثلة. , تختلف مواقع الربط باختلاف عامل النسخ، وتنوع اختلاف قدرة عامل النسخ باختلاف أنواع مواقع الربط. وهذا يجعل من الصعب تمثيل مواقع ربط عامل النسخ بدقه باستخدام تسلسل توافق الآراء، وعاده ما يتم تمثيلها باستخدام مصفوفات ترددات محدده للموقف (psfm)، والتي غالبا ما يتم تصويرها بيانيا باستخدام شعارات التسلسل. غير ان هذه الحجة تعسفية جزئيا. يقيد انزيمات، مثل عوامل النسخ، تدرج الكميات. وايضا، فان الريكومبيناسيس الخاصة بالموقع تظهر أيضا مجموعه متنوعة من الروابط للمواقع المستهدفة المختلفة.

التاريخ والتقنيات التجريبية الرئيسية 
اشتبه بوجود شيء قريب من مواقع ربط الحمض النووي من خلال تجربة في الاحياء على جراثيم لمداوتنظيم "E-coli lac operon", ومواقع ربط الحمض النووي اكدت من كلا النظاميين، مع ظهور تقنية سلاسل الحمض النووي، ومنذ ذلك الحين، تم اكتشاف مواقع ربط الحمض النووي للعديد من عوامل النسخ، والانزيمات المقيدة والريكومبيناسيس الخاصة بالموقع باستخدام وفره من الأساليب التجريبية. تاريخيا، كانت التقنيات التجريبية للاختيار لاكتشاف وتحليل مواقع ربط الحمض النووي الاختبار الطباعة dnase وكهربي التنقل الفحص التحول (emsa). ومع ذلك، فقد ادى تطوير ميكرو الحمض النووي وتقنيات التسلسل السريع إلى أساليب جديده متوازية علي نطاق واسع لتحديد مواقع الربط في الجسم الحي، مثل رقاقه تشيب ورقاقه-Seq. لقياس التقارب ملزمه من البروتينات وغيرها جزيئات إلى محدده الحمض النووي التصاق موقعات الطريقة فيزيائي احيائي [ميكروسكل] [ثرموهورسيس]

تمثيل مواقع ربط الحمض النووي 
ويمكن ان تمثل مجموعه من مواقع ربط الحمض النووي، التي يشار اليها عاده بالحمض النووي الملزم، بتسلسل توافقي. ولهذا التمثيل ميزه الاتفاق، ولكن علي حساب تجاهل قدر كبير من المعلومات. والطريقة الأكثر دقه لتمثيل المواقع الملزمة هي من خلال مصفوفات الترددات المحددة للموقف (psfm). وتقدم هذه المصفوفات معلومات عن تواتر كل قاعده في كل موضع من الفكرة الملزمة للحمض النووي. (psfm) عاده تصورت مع الافتراض ضمنية من استقلال موضعيه (موقعات مختلفه في الحمض النووي. التصاق موقعه يسهم بشكل مستقل إلى الموقعة عمل، رغم ان هذا افتراض يتلقى تنازعت لبعض الاحمض النووي. يقود إلى تمثيله بيانيه كتسلسل علامة تجارية.

المراجع 

 Halford E.S; Marko J.F (2004). "How do site-specific DNA-binding proteins find their targets?". Nucleic Acids Research. 32 (10): 3040–3052. doi:10.1093/nar/gkh624. PMC 434431. PMID 15178741.
 Borneman, A.R.; Gianoulis, T.A.; Zhang, Z.D.; Yu, H.; Rozowsky, J.; Seringhaus, M.R.; Wang, L.Y.; Gerstein, M. & Snyder, M. (2007). "Divergence of transcription factor binding sites across related yeast species". Science. 317: 815–819. Bibcode:2007Sci...317..815B. doi:10.1126/science.1140748. PMID 17690298.
 Stormo GD (2000). "DNA binding sites: representation and discovery". Bioinformatics. 16 (1): 16–23. doi:10.1093/bioinformatics/16.1.16. PMID 10812473.
 Pingoud A, Jeltsch A (1997). "Recognition and Cleavage of DNA by Type-II Restriction Endonucleases". European Journal of Biochemistry. 246 (1): 1–22. doi:10.1111/j.1432-1033.1997.t01-6-00001.x. PMID 9210460.
 Gyohda A, Komano T (2000). "Purification and characterization of the R64 shufflon-specific recombinase". Journal of Bacteriology. 182 (10): 2787–2792. doi:10.1128/JB.182.10.2787-2792.2000. PMC 101987. PMID 10781547.
 Birge, E.A (2006). "15: Site Specific Recombination". Bacterial and Bacteriophage Genetics (5th ed.). Springer. pp. 463–478. ISBN 978-0-387-23919-4.
 Campbell A (1963). "Fine Structure Genetics and its Relation to Function". Annual Review of Microbiology. 17 (1): 2787–2792. doi:10.1146/annurev.mi.17.100163.000405. PMID 14145311.
 Jacob F, Monod J (1961). "Genetic regulatory mechanisms in the synthesis of proteins". Journal of Molecular Biology. 3 (3): 318–356. doi:10.1016/S0022-2836(61)80072-7. PMID 13718526.
 Gilbert W, Maxam A (1973). "The nucleotide sequence of the lac operator". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 70 (12): 3581–3584. Bibcode:1973PNAS...70.3581G. doi:10.1073/pnas.70.12.3581. PMC 427284. PMID 4587255.
 Maniatis T, Ptashne M, Barrell BG, Donelson J (1974). "Sequence of a repressor-binding site in the DNA of bacteriophage lambda". Nature. 250 (465): 394–397. Bibcode:1974Natur.250..394M. doi:10.1038/250394a0. PMID 4854243.
 Nash H. A (1975). "Integrative recombination of bacteriophage lambda DNA in vitro". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 72 (3): 1072–1076. Bibcode:1975PNAS...72.1072N. doi:10.1073/pnas.72.3.1072. PMC 432468. PMID 1055366.
 Elnitski L, Jin VX, Farnham PJ, Jones SJ (2006). "Locating mammalian transcription factor binding sites: a survey of computational and experimental techniques". Genome Research. 16 (12): 1455–1464. doi:10.1101/gr.4140006. PMID 17053094.
 Baaske P, Wienken CJ, Reineck P, Duhr S, Braun D (Feb 2010). "Optical Thermophoresis quantifies Buffer dependence of Aptamer Binding". Angew. Chem. Int. Ed. 49 (12): 1–5. doi:10.1002/anie.200903998. PMID 20186894. Lay summary – Phsyorg.com.
 Wienken CJ; et al. (2010). "Protein-binding assays in biological liquids using microscale thermophoresis". Nature Communications. 1 (7): 100. Bibcode:2010NatCo...1E.100W. doi:10.1038/ncomms1093. PMID 20981028.
 Schneider T.D (2002). "Consensus sequence Zen". Applied Bioinformatics. 1 (3): 111–119. PMC 1852464. PMID 15130839.
 Bulyk M.L; Johnson P.L; Church G.M (2002). "Nucleotides of transcription factor binding sites exert interdependent effects on the binding affinities of transcription factors". Nucleic Acids Research. 30 (5): 1255–1261. doi:10.1093/nar/30.5.1255. PMC 101241. PMID 11861919.
 Schneider TD, Stormo GD, Gold L, Ehrenfeucht A (1986). "Information content of binding sites on nucleotide sequences". Journal of Molecular Biology. 188 (3): 415–431X. doi:10.1016/0022-2836(86)90165-8. PMID 3525846.
 Erill I; O'Neill M.C (2009). "A reexamination of information theory-based methods for DNA-binding site identification". BMC Bioinformatics. 10 (1): 57. doi:10.1186/1471-2105-10-57. PMC 2680408. PMID 19210776.
 Bisant D, Maizel J (1995). "Identification of ribosome binding sites in Escherichia coli using neural network models". Nucleic Acids Research. 23 (9): 1632–1639. doi:10.1093/nar/23.9.1632. PMC 306908. PMID 7784221.
 O'Neill M.C (1991). "Training back-propagation neural networks to define and detect DNA-binding sites". Nucleic Acids Research. 19 (2): 133–318. doi:10.1093/nar/19.2.313. PMC 333596. PMID 2014171.
 Bailey T.L (2008). "Discovering sequence motifs". Methods in Molecular Biology. 452: 231–251. doi:10.1007/978-1-60327-159-2_12. PMID 18566768.
 Bailey T.L (2002). "Discovering novel sequence motifs with MEME". Current Protocols in Bioinformatics. 2 (2.4): Unit 2.4. doi:10.1002/0471250953.bi0204s00. PMID 18792935.
 Stormo GD, Hartzell GW 3rd (1989). "Identifying protein-binding sites from unaligned DNA fragments". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 86 (4): 1183–1187. Bibcode:1989PNAS...86.1183S. doi:10.1073/pnas.86.4.1183. PMC 286650. PMID 2919167.
 Lawrence CE, Altschul SF, Boguski MS, Liu JS, Neuwald AF, Wootton JC (1993). "Detecting subtle sequence signals: a Gibbs sampling strategy for multiple alignment". Science. 262 (5131): 208–214. Bibcode:1993Sci...262..208L. doi:10.1126/science.8211139. PMID 8211139.
 Favorov, A V; M S Gelfand; A V Gerasimova; D A Ravcheev; A A Mironov; V J Makeev (2005-05-15). "A Gibbs sampler for identification of symmetrically structured, spaced DNA motifs with improved estimation of the signal length". Bioinformatics. 21 (10): 2240–2245. doi:10.1093/bioinformatics/bti336. ISSN 1367-4803. PMID 15728117.
 Kulakovskiy, I V; V A Boeva; A V Favorov; V J Makeev (2010-08-24). "Deep and wide digging for binding motifs in ChIP-Seq data". Bioinformatics. 26 (20): 2622–3. doi:10.1093/bioinformatics/btq488. ISSN 1367-4811. PMID 20736340.
 Das MK, Dai HK (2007). "A survey of DNA motif finding algorithms". BMC Bioinformatics. 8 (Suppl 7): S21. doi:10.1186/1471-2105-8-S7-S21. PMC 2099490. PMID 18047721.
 Siddharthan R, Siggia ED, van Nimwegen E (2005). "PhyloGibbs: A Gibbs sampling motif finder that incorporates phylogeny". PLoS Comput Biol. 1 (7): e67. Bibcode:2005PLSCB...1...67S. doi:10.1371/journal.pcbi.0010067. PMC 1309704. PMID 16477324.
 Salama RA, Stekel DJ (2010). "Inclusion of neighboring base interdependencies substantially improves genome-wide prokaryotic transcription factor binding site prediction". Nucleic Acids Research. 38 (12): e135. doi:10.1093/nar/gkq274.

عوامل نسخ
معلوماتية حيوية
مواد ترتبط بالحمض النووي الريبوزي منقوص الأكسجين
توجد مواقع الربط على جزئ الحمض النووي DN A binding site حيث ترتبط علي ها العديد من الجزيئات . تختلف مواقع الربط الحمض النووي عن غير ها من المواقع حيث : 1. أن ها جزء من تسلسل الحمض النووي « على سبيل المثال الجينوم » 2. أن ها ترتبط عن طريق روابط الحمض النووي البروتيني . ترتبط مواقع ربط الحمض النووي في كثير من الاحيان مع بروتينات متخصصة المعروفة ب اسم عوامل النسخ و التي ترتبط بالتنظيم النسخي . و يشار إلى مجموع مواقع ربط الحمض النووي لعامل النسخ ب " cestrome " . و تشمل مواقع ربط الحمض النووي اهداف البروتينات الأخرى مثل انزيمات التقييد و مواقع الدمج الخاصة وناقلة الميثيل - دنا . و يمكن ب التالي تعريف مواقع ربط الحمض النووي ب أن ها متواليات قصيرة للحمض النووي ( عاد ه ما تكون منإلىزوجا من الأزواج الاساسيه ، و لٰكن حتى bp ل مواقع أعاد ه الدمج ) التي ترتبط تحديدا بواحد أو أكثر من البروتينات أو البروتينات المرتبطة بالحمض النووي . و قد ذكر ان بعض المواقع الملزمة لدي ها امكاني ه الخضوع ل تغيير تطوري سريع . أنواع مواقع ربط الحمض النووي و يمكن تصنيف مواقع ربط الحمض النووي وفقا لوظيفت ها البيولوجية . و ب التالي ، يمكن نا التمييز بين مواقع ربط عامل النسخ ، و مواقع التقييد و مواقع الدمج . و اقترح بعض المؤلفين ان تصنف المواقع الربط أيضا وفقا لطريق ه تمثيل ها الأكثر ملاءمة . و ب شكل اخر ف إن مواقع التقييد تتمثل بتوافقية التسلسل . هذا لان هم يستهدفون في الأغلب سلاسل متماثلة ف تنخفض كفاءة مواقع التقييد مع السلاسل غير المتماثلة . , تختلف مواقع الربط ب اختلاف عامل النسخ ، وتنوع اختلاف قدرة عامل النسخ ب اختلاف أنواع مواقع الربط . و هٰذا يجعل من الصعب تمثيل مواقع ربط عامل النسخ بدق ه ب استخدام تسلسل توافق الآراء ، وعاد ه ما يتم تمثيل ها ب استخدام مصفوفات ترددات محدد ه ل الموقف ( psfm ) ، و التي غالبا ما يتم تصوير ها بيانيا ب استخدام شعارات التسلسل . غير ان هذه الحجة تعسفية جزئيا . يقيد انزيمات ، مثل عوامل النسخ ، تدرج الكميات . و أيضا ، ف إن الريكومبيناسيس الخاصة بالموقع تظهر أيضا مجموع ه متنوعة من الروابط للمواقع المستهدفة المختلفة . التاريخ و التقنيات التجريبية الرئيسية اشتبه ب وجود شيء قريب من مواقع ربط الحمض النووي من خلال تجربة في الاحياء على جراثيم لمداوتنظيم " E - coli lac operon " , و مواقع ربط الحمض النووي اكدت من كلا النظاميين ، مع ظهور تقنية سلاسل الحمض النووي ، و منذ ذلك الحين ، تم اكتشاف مواقع ربط الحمض النووي ل العديد من عوامل النسخ ، والانزيمات المقيدة والريكومبيناسيس الخاصة بالموقع ب استخدام وفر ه من الأساليب التجريبية . تاريخيا ، كانت التقنيات التجريبية للاختيار لاكتشاف و تحليل مواقع ربط الحمض النووي ال اختبار الطباعة dnase وكهربي التنقل الفحص التحول ( em sa ) . و مع ذلك ، ف قد ادى تطوير ميكرو الحمض النووي وتقنيات التسلسل السريع إلى أساليب جديد ه متوازية علي نطاق واسع ل تحديد مواقع الربط في الجسم الحي ، مثل رقاق ه تشيب ورقاق ه - Seq . ل قياس التقارب ملزم ه من البروتينات و غير ها جزيئات إلى محدد ه الحمض النووي التصاق موقعات الطريقة فيزيائي احيائي [ ميكروسكل ] [ ثرموهورسيس ] تمثيل مواقع ربط الحمض النووي و يمكن ان تمثل مجموع ه من مواقع ربط الحمض النووي ، التي يشار إلي ها عاد ه بالحمض النووي الملزم ، بتسلسل توافقي . و ل هٰذا التمثيل ميزه الاتفاق ، و لٰكن علي حساب تجاهل قدر كبير من المعلومات . و الطريقة الأكثر دق ه ل تمثيل المواقع الملزمة هي من خلال مصفوفات ا الترددات المحددة ل الموقف ( psfm ) . و تقدم هذه المصفوفات معلومات عن تواتر كل قاعد ه في كل موضع من الفكرة الملزمة للحمض النووي . ( psfm ) عاد ه تصورت مع الافتراض ضمنية من استقلال موضعي ه ( موقعات مختلف ه في الحمض النووي . التصاق موقع ه يسهم ب شكل مستقل إلى الموقعة عمل ، رغم ان هذا افتراض يتلقى تنازعت ل بعض الاحمض النووي . يقود إلى تمثيل ه بياني ه كتسلسل علامة تجارية . المراجع Halford E.S ; Marko J.F " How do site - specific DNA - binding proteins find their targets ? " . Nucleic A cids Resear c h . ( 10 ) : 3052 . doi : 10.1093 / nar / gkh 624 . PMC PMID Bornem an , A . R . ; Giano ulis , T .A.; Z hang , Z. D .; Yu , H.; Rozowsky , J .; Sering h aus , M . R . ; Wang , L. Y . ; Gerstein , M . & Snyder , M . " Divergence of transcription factor binding sites across related yeast species " . Scienc e .819 . Bibcode : 2007 S c i . ..317..815B . doi : 10.1126 / science .1140748 . PMID Stormo GD " DNA binding sites : representation and discovery " . Bioinformati c s . ( 1 ) : 23 . doi : 10.1093 / bioinform atics / 16.1.16 . PMID Pingoud A , J eltsch A " Recognition and Cleavage of DN A by Type - II Restriction Endonucleases " . European Journal of Biochemistr y . ( 1 ) : 22 . doi : 10.1111 / j.1432 - 1033. 1997. t 01 - 6 - 00001.x . PMID Gyohda A , Komano T " Purification and ch aracterization of the R64 shufflon - specific recombinase " . Journal of Bacteriology . ( 10 ) : 2792 . doi : 10.1128 / JB.182.10.2787 - 2792.2000 . PMC PMID Birge , E.A " 15 : Site Specific Recombination " . Bacterial and Bacterioph age Geneticsh ed . ) . Springer . pp.478 . ISBN387 - 23919 - 4 . Campbell A " Fine Structure Genetics and its Relation to Function " . A nnual Review of Microbiolo g y . ( 1 ) : 2792 . doi : 10.1146 / annurev.mi .17.100163.000405 . PMID Jacob F , Monod J " Genetic regulatory mech anisms in the synth esis of proteins " . Journal of Molecular Biology . ( 3 ) : 356 . doi : 10.1016 / S 0022 - 2836 ( 61 ) 80072 - 7 . PMID Gilbert W , Maxam A " The nucleotide sequence of the lac operator " . Proceedings of the National A cademy of Sciences of the United States of A meric a . ( 12 ) : 3584 . Bibcode : 1973P NA S ...70.3581G . doi : 10.1073 / pnas.70.12.3581 . PMC PMID Maniatis T , Ptashne M , Barr ell BG , Donelson J " Sequence of a repressor - binding site in the DN A of bacterioph age lambda " . Nature . ( 465 ) : 397 . Bibcode : 1974N atur.250..394M . doi : 10.1038 / 250394a0 . PMID Nash H . A " Integrative recombination of bacterioph age lambda DN A in vitro " . Proceedings of the National A cademy of Sciences of the United States of A meric a . ( 3 ) : 1076 . Bibcode : 1975P NA S ...72.1072N . doi : 10.1073 / pnas.72.3.1072 . PMC PMID Elnitski L , Jin VX , Farnham PJ , Jones SJ " Locating mamm alian transcription factor binding sites : a survey of computational and experimental techniques " . Genome Resear c h . ( 12 ) : 1464 . doi : 10.1101 / gr.4140006 . PMID Baaske P , Wienken CJ , Reineck P , Duhr S , Braun D ( Feb " Optical Thermoph oresis quantifies Buffer dependence of A ptamer Binding " . A ngew . Chem . Int . Ed . ( 12 ) : 5 . doi : 10.1002 / anie .200903998 . PMID Lay summary – Phsyorg.com . Wienken CJ ; et al . " Protein - binding assays in biological liquids using micros cale thermoph or esis " . Nature Communicatio n s . ( 7 ) : Bibcode : 2010N at C o . ..1E.100W . doi : 10.1038 / ncomm s1093 . PMID Schneider T.D " Consensus sequence Zen " . A pplied Bioinform ati c s . ( 3 ) : 119 . PMC PMID Bulyk M . L ; Johnson P.L; Church G.M " Nucleotides of transcription factor binding sites exert interdependent effects on the binding affinities of transcription factors " . Nucleic A cids Resear c h . ( 5 ) : 1261 . doi : 10.1093 / nar / 30.5.1255 . PMC PMID Schneider TD , Stormo GD , Gold L , Ehrenfeucht A " Information content of binding sites on nucleotide sequenc es " . Journal of Molecular Biology . ( 3 ) : 431X . doi : 10.1016 / 0022 - 2836 ( 86 ) 90165 - 8 . PMID Erill I ; O' N eill M.C " A reexamination of information theory - based methods for DNA - binding site identification " . BMC Bioinform ati c s . ( 1 ) : doi : 10.1186 / 1471 - 2105 - 10 - 57 . PMC PMID Bisant D , Maizel J " Identification of ribosome binding sites in Escherichia coli using neural network models " . Nucleic A cids Resear c h . ( 9 ) : 1639 . doi : 10.1093 / nar / 23.9.1632 . PMC PMID O'N eill M.C " Training back - propagation neural networks to define and detect DNA - binding sites " . Nucleic A cids Resear c h . ( 2 ) : 318 . doi : 10.1093 / nar / 19.2.313 . PMC PMID Bailey T.L " Discovering sequence motifs " . Methods in Molecular Biology .251 . doi : 10.1007 / 978 - 1 - 60327 - 159 - 2_12 . PMID Bailey T.L " Discovering novel sequence motifs with ME ME " . Current Protocols in Bioinform ati c s . ( 2.4 ) : Unit4 . doi : 10.1002 / 0471250953.bi 0204s00 . PMID Stormo GD , Hartzell GWd " Identifying protein - binding sites from unaligned DN A fragments " . Proceedings of the National A cademy of Sciences of the United States of A meric a . ( 4 ) : 1187 . Bibcode : 1989P NA S ...86.1183S . doi : 10.1073 / pnas.86.4.1183 . PMC PMID Lawrence CE , Altsc h ul SF , Boguski MS , Liu JS , Neuwald AF , Wootton JC " Detecting subtle sequence signals : a Gibbs sampling strategy for multiple alignment " . Science . ( 5131 ) : 214 . Bibcode : 1993 Sc i . .. 262..208L . doi : 10.1126 / science .8211139 . PMID Favorov , A V; M S Gelfand ; A V Gerasim o v a ; D A Ravch eev ; A A Mironov ; V J Makee v 15 ) . " A Gibbs sampler for identification of symmetrically structured , spaced DNA motifs with improved estimation of the signal length " . Bioinform ati c s . ( 10 ) : 2245 . doi : 10.1093 / bioinform atics / bti336 . ISSN PMID Kulakovskiy , I V; V A Boeva ; A V Favorov ; V J Makeev 24 ) . " Deep and wide digging for binding motifs in C h IP - Seq data " . Bioinform ati c s . ( 20 ) : 3 . doi : 10.1093 / bioinform atics / btq488 . ISSN PMID Das MK , Dai HK " A survey of DNA motif finding algorith m s " . BMC Bioinform atic s . ( Suppl S21 . doi : 10.1186 / 1471 - 2105 - 8 - S 7 - S 21 . PMC PMID Siddh arthan R , Siggia ED , van Nimwegen E " Ph yloGibbs : A Gibbs sampling motif finder that incorporates ph ylogeny " . PLoS Comput B io l . ( 7 ) : e67 . Bibcode : 2005P L S CB...1...67S . doi : 10.1371 / journal.pcbi .0010067 . PMC PMID Salama RA , Stekel DJ " Inclusion of neighboring base interdependencies substantially improves genome - wide prokaryotic transcription factor binding site prediction " . Nucleic A cids Resear c h . ( 12 ) : e135 . doi : 10.1093 / nar / gkq274 . عوامل نسخ معلوماتية حيوية مواد ترتبط بالحمض النووي الريبوزي منقوص الأكسجين