The particular shade of blue of the original flag has been a source of controversy. Based on anecdotal evidence and the few surviving flags from the era, historians argue that the colors of the original flag was influenced by the flags of Cuba and Puerto Rico.
สําหรับโทนสีฟ้า/น้ําเงินที่แท้จริงของธงแบบดั้งเดิมนั้น แหล่งข้อมูลต่างๆ มีการกล่าวถึงในทํานองที่ขัดแย้งกัน นักประวัติศาสตร์ได้กล่าวค้านว่าสีธงที่แท้จริงของแบบธงดั้งเดิมควรเป็นสีแดงและสีน้ําเงินแบบเดียวกับที่ใช้ในธงชาติคิวบา โดยอ้างอิงจากหลักฐานในเชิงเกร็ดประวัติศาสตร์และผืนธงในช่วงเวลาร่วมสมัยที่เหลือรอดมาจํานวนน้อยนิด แบบของธงชาติคิวบาได้ส่งอิทธิพลมายังการออกแบบธงชาติฟิลิปปินส์