The emperor penguin's dark plumage fades to brown from November until February (the Antarctic summer), before the yearly moult in January and February. Moulting is rapid in this species compared with other birds, taking only around 34 days. Emperor penguin feathers emerge from the skin after they have grown to a third of their total length, and before old feathers are lost, to help reduce heat loss.
แต่ไม่ถือว่าเป็นเพนกวินเผือก (albino) เพราะตามีสีปกติมิได้เป็นสีชมพูอย่างสัตว์เผือก ลูกนกเพนกวินมีน้ําหนักราว หลังจากออกจากไข่ และเรียกได้ว่าโตพอที่จะเป็นนกใหญ่ได้เพราะมีขนาดครึ่งหนึ่งของน้ําหนักเมื่อโตเต็มที่ ขนสีดําของเพนกวินจักรพรรดิจะจางลงเป็นสีน้ําตาลระหว่างเดือนพฤศจิกายนถึงเดือนกุมภาพันธ์ก่อนที่จะทําการสลัดขนประจําปีระหว่างเดือนมกราคมถึงเดือนกุมภาพันธ์ การสลัดขนเป็นไปอย่างรวดเร็วเมื่อเทียบกับนกชนิดอื่น ที่ใช้เวลาทั้งหมดราว 34 วันจึงแล้วเสร็จ ขนใหม่จะงอกออกจากผิวหนัง