After the German retreat from Tallinn in September 1944, the Estonian flag was hoisted once again. Section::::Second Soviet occupation. When the Red Army arrived on 22 September 1944, the red flag was just added at first.
กระทั่งเมื่อกองทัพนาซีเยอรมนีล่าถอยไปในเดือนกันยายน พ.ศ. 2488 ชาวเอสโตเนียก็ได้ใช้ธงฟ้า-ดํา-ขาว เป็นธงชาติของตนเองอีกครั้งในระยะสั้นๆ ก่อนจะกลายเป็นธงต้องห้ามอีกครั้งเมื่อกองทัพสหภาพโซเวียตกลับเข้ามายึดครองเอสโตเนียในวันที่ 22 กันยายน ของปีนั้น และธงแดงของสาธารณรัฐสังคมนิยมโซเวียตเอสโตเนียก็ได้ถูกนํามาใช้เป็นธงชาติเอสโตเนียอีกครั้งเป็นระยะเวลานานหลายปี