It is said that the Nezu-jinja Shrine was founded about 1,900 years ago by legendary priest Yamato Takeru no Mikoto, and was built on the current site in 1706 at the order of Tokugawa Tsunayoshi, who was the fifth shogun of the Edo Period (1603–1867). The shrine is styled after the Tosho-gu Shrine in Nikko, Tochigi Prefecture, which is the final resting place of the Edo period's first shogun Tokugawa Ieyasu. Many of the features built at the time are still standing today, and have been designated as important cultural properties. The Nezu-jinja Shrine is regarded as one of Tokyo's top ten shrines.
กล่าวต่อกันมาว่าศาลเจ้าเนซุสร้างขึ้นครั้งแรกเมื่อ 1,900 ปีก่อน โดยยามาโตะ ทาเครุ เชื้อพระวงศ์ที่มีชื่อเสียง และในปี 1706 ได้ย้ายมายังสถานที่ปัจจุบันด้วยคําสั่งของโทกุงาวะ สึนาโยชิ โชกุนคนที่ 5 ในสมัยเอโดะ (ปี 1603 - 1867) ศาลเจ้าเนซุได้สืบทอดรูปแบบมาจากศาลเจ้านิกโกะชิบาโทโชงูในจังหวัดโทชิงิ ที่โทกุงาวะ อิเอยาสุ โชกุนคนแรกในสมัยเอโดะหลับใหลอยู่ ลักษณะเด่นของสถาปัตยกรรมในยุคนั้นยังคงหลงเหลืออยู่มาก จึงได้รับการตั้งเป็นมรดกสําคัญทางวัฒนธรรม กล่าวได้ว่าเป็น 1 ใน 10 ศาลเจ้าที่น่าไปเยือนที่สุดในโตเกียว