The ultimate dispossession of most of the Irish Catholic landowning class was engineered, and recusants were subordinated under the Penal Laws. During the 17th century, Ireland was convulsed by eleven years of warfare, beginning with the Rebellion of 1641, when Irish Catholics rebelled against the domination of English and Protestant settlers. The Catholic gentry briefly ruled the country as Confederate Ireland (1642–1649) against the background of the Wars of the Three Kingdoms until Oliver Cromwell reconquered Ireland in 1649–1653 on behalf of the English Commonwealth.
ซึ่งกลายเป็นชนวนในการดําเนินการรณรงค์ทางการทหารของราชอาณาจักรอังกฤษในไอร์แลนด์ระหว่างปี ค.ศ. 1534 ถึงปี ค.ศ. 1691 ในช่วงเดียวกันนี้ก็เป็นช่วงที่อังกฤษดําเนินนโยบายการสร้างนิคมในไอร์แลนด์ ที่นําไปสู่การเข้ามาตั้งถิ่นฐานของผู้ตั้งถิ่นฐานที่เป็นชาวอังกฤษและชาวสกอตแลนด์ที่ถือนิกายโปรเตสแตนต์เป็นจํานวนพัน เมื่อไอร์แลนด์ของกอลได้รับความพ่ายแพ้ทั้งทางด้านการทหารและทางด้านการเมืองเมื่อต้นคริสต์ศตวรรษที่ 17 แล้ว ก็เป็นที่เห็นกันได้ชัดเจนว่าปัญหาของความแตกต่างของการนับถือศาสนาต่างนิกายเป็นชนวนอันสําคัญที่แบ่งแยกไอร์แลนด์ ตั้งแต่ยุคนั้นเป็นต้นมาความขัดแย้งที่เกิดจากนิกายนิยม ก็กลายเป็นปัญหาที่เกิดขึ้นเป็นระยะๆ ตลอดมาในประวัติศาสตร์ไอร์แลนด์ การล้มล้างฝ่ายเสียงข้างมากที่เป็นโรมันคาทอลิกในรัฐสภาไอร์แลนด์ในปี ค.ศ. 1613 เป็นผลมาจากจัดระบบเขตการปกครองใหม่ โดยการการก่อตั้งเขตการปกครองใหม่ๆ ขึ้น โดยแต่ละเขตใหม่ก็จะมีโปรเตสแตนต์เป็นเสียงข้างมาก