The flag of South Sudan was adopted following the signing of the Comprehensive Peace Agreement that ended the Second Sudanese Civil War. A similar version of the flag was previously used as the flag of the Sudan People's Liberation Movement.
ลักษณะดังกล่าวนี้คล้ายคลึงกับธงชาติเคนยามาก ทึ่ด้านคันธงนั้นมีรูปสามเหลี่ยมสีน้ําเงิน ภายในมีรูปดาวห้าแฉกสีเหลืองดวงหนึ่ง ธงดังกล่าวนี้เดิมใช้เป็นธงของขบวนการประชาชนปลดปล่อยซูดาน (Sudan People's Liberation Movement) ต่อมาจึงถือเป็นธงของรัฐบาลเซาท์ซูดานอย่างเป็นทางการภายหลังการลงนามในความตกลงสันติภาพเบ็ดเสร็จเพื่อยุติสงครามกลางเมืองซูดานครั้งที่สอง