Each siRNA is unwound into two single-stranded RNAs (ssRNAs), the passenger strand and the guide strand. The passenger strand is degraded and the guide strand is incorporated into the RNA-induced silencing complex (RISC). The most well-studied outcome is post-transcriptional gene silencing, which occurs when the guide strand pairs with a complementary sequence in a messenger RNA molecule and induces cleavage by Argonaute 2 (Ago2), the catalytic component of the RISC.
จากนั้นArgonaute 2 จะเข้ามาจับ siRNA ดังกล่าวเกิดเป็น ribonucleoprotein complex (RNP) และเหนี่ยวนําให้โปรตีนชนิดอื่นเข้ามารวมกันเพื่อสร้างเป็น RNAi-silencing complex (RISC) RISC จะทําการแยก siRNA สายคู่ออกเป็นสายเดี่ยว โดยสายเดี่ยวที่เป็น antisense ของsiRNA จะมีลําดับเบสที่เป็นคู่สมกับ mRNA เป้าหมาย (sense) จึงเป็นตัวกําหนดความจําเพาะและการจดจําให้ RISC complex เข้าจับและทําลาย mRNA เป้าหมายได้อย่างแม่นยํา ซึ่งRISC ที่มี siRNA สายเดี่ยวรวมอยู่ด้วย (RISC complex) เข้าจับกับ mRNA เป้าหมายโดยอาศัยลําดับเบสคู่สมระหว่าง siRNA และ mRNA เป้าหมาย จากนั้น mRNA จะถูกย่อยโดย slicer ใน RISC complex