In response to the threat, Cromwell left some of his lieutenants in Ireland to continue the suppression of the Irish Royalists and returned to England. He arrived in Scotland on 22 July 1650 and proceeded to lay siege to Edinburgh. By the end of August, disease and a shortage of supplies had reduced his army, and he had to order a retreat towards his base at Dunbar.
ด้วยความสนับสนุนของฝ่ายกษัตริย์นิยมของสกอตแลนด์เดิมและกองทัพของกลุ่มพันธสัญญาใหม่พระเจ้าชาลส์ที่ 2 ก็กลายเป็นปัญหาสําคัญของสาธารณรัฐอังกฤษ ในการตอบโต้ต่อความมั่นคงของสาธารณรัฐครอมเวลล์ก็ทิ้งนายทหารบางคนไว้ที่ไอร์แลนด์เพื่อปราบปรามความไม่สงบที่นั่นต่อไปและตนเองเดินทางกลับอังกฤษ ครอมเวลล์เดินทางไปถึงสกอตแลนด์เมื่อวันที่ 22 กรกฎาคม ค.ศ. 1650 และตั้งหลักล้อมเมืองเอดินบะระห์ ในปลายเดือนสิงหาคมทั้งเชื้อโรคและความขาดแคลนเสบียงก็ทําให้ครอมเวลล์ต้องนําทัพถอยกลับไปยังที่มั่นที่ดันบาร์ กองทัพสกอตแลนด์ที่รวบรวมภายใต้นายพลเดวิด เลสลี (David Leslie) พยายามเข้าขัดขวางการถอยทัพแต่ครอมเวลล์ก็เอาชนะได้ที่ยุทธการดันบาร์เมื่อวันที่ 3 กันยายน ค.ศ. 1650 หลังจากนั้นครอมเวลล์จึงเข้ายึดเอดินบะระห์