Boats in common use include large container ships, a variety of ferries, passenger ships, sailing ships, and smaller motorised vessels. Traditional wooden vessel pinisi still widely used as the inter-island freight service within Indonesian archipelago. Main pinisi traditional harbours are Sunda Kelapa in Jakarta and Paotere harbour in Makassar.
ส่วนใหญ่มักจะเป็นเรือบรรจุกล่องสินค้ากับเรือขนส่งผู้โดยสาร เรือที่เป็นที่รู้จักกันมากที่สุด คือ เรือปีนีซีแบบดั้งเดิม ทําด้วยไม้ มักใช้ในการขนส่งสินค้าระหว่างหมู่เกาะสําคัญต่าง ๆ มีท่าเรือที่สําคัญได้แก่ ท่าเรือซุนดาเกอลาปาในจาการ์ตา และท่าเรือปาโอเตเรในมากัซซาร์ เรือข้ามฟากมีให้บริการตามเกาะหลักต่าง ๆ มักเดินเรือในระยะสั้นระหว่างเกาะสุมาตรา เกาะชวา และเกาะบาหลี