The hammerhead sharks exhibit a viviparous mode of reproduction with females giving birth to live young. Like other sharks, fertilization is internal, with the male transferring sperm to the female through one of two intromittent organs called claspers. The developing embryos are at first sustained by a yolk sac.
ปลาฉลามหัวค้อนจะออกลูกเป็นตัว ตกคราวละ 4-37 ตัว โดยการผสมพันธุ์จะเกิดก่อนที่ตัวเมียจะตกไข่นานถึง 2 เดือน ปลาตัวเมียจะเก็บน้ําเชื้อของตัวผู้ไว้ในต่อมสร้างเปลือกไข่ ซึ่งไข่จะเจริญมาจากรังไข่ข้างขวาซึ่งจะทําหน้าที่เพียงข้างเดียว ตัวอ่อนในมดลูกจะได้รับอาหารและออกซิเจนจากถุงไข่แดงและพู่เหงือก ซึ่งจะหายไปเมื่อโตขึ้น ปลาฉลามหัวค้อนที่อาศัยอยู่ในมหาสมุทรแปซิฟิก