There was some consideration by the United States of targeting Kyoto with an atomic bomb at the end of World War II because, as an intellectual center of Japan, it had a population large enough to possibly persuade the emperor to surrender. In the end, at the insistence of Henry L. Stimson, Secretary of War in the Roosevelt and Truman administrations, the city was removed from the list of targets and replaced by Nagasaki.
ในช่วงสงครามโลกครั้งที่ 2 สหรัฐอเมริกาเคยมีแผนจะทิ้งระเบิดปรมาณูที่เกียวโต ด้วยเหตุผลที่ว่าเป็นศูนย์กลางทางปัญญาของญี่ปุ่น และมีชาวเมืองที่ "ดูมีความสุขกับการสร้างอาวุธ" แต่ในท้ายที่สุด เฮนรี แอล. สติมสัน รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการสงคราม ในยุคของประธานาธิบดีรูสเวลต์และประธานาธิบดีทรูแมนได้ถอดชื่อเกียวโตออกจากรายชื่อเมืองที่จะทิ้งระเบิดปรมาณูในช่วงปลายสงคราม และเปลี่ยนเป็นเมืองนางาซากิแทน