The Serbian tricolor was also the basis for the breakaway territories of Republic of Serbian Krajina and Republika Srpska during the Yugoslav Wars. The flag of Republika Srpska is still the Serbian tricolor as well as Flag of Serbs of Croatia. The Serbian tricolor defaced with a Serbian cross is used as the flag of the Serbian Orthodox Church.
ต่อมาในช่วงหลังสิ้นสุดสงครามโลกครั้งที่ 2 สันนิบาตคอมมิวนิสต์แห่งยูโกสลาเวียได้มีอํานาจในการปกครองประเทศในปี ค.ศ. 1945 จึงได้มีการแบ่งเขตการปกครองของยูโกสลาเวียเป็น 6 สาธารณรัฐย่อย ซึ่งหนึ่งในจํานวนนั้นก็มีเซอร์เบียรวมอยู่ด้วย ในช่วงเวลาดังกล่าวนี้เอง ดาวแดงของลัทธิคอมมิวนิสต์ก็ได้ถูกเพิ่มเข้ามาในธงชาติเซอร์เบียเดิมเพื่อใช้เป็นธงของสาธารณรัฐสังคมนิยมเซอร์เบีย โดยธงดังกล่าวนี้ใช้เป็นธงของมอนเตเนโกรในช่วงเวลาเดียวกันด้วย อนึ่ง ลักษณะของธงเซอร์เบียในยุคนี้ถือว่าคล้ายคลึงอย่างยิ่งกับธงชาติยูโกสลาเวีย ซึ่งใช้ธงสามสีมีรูปดาวแดงอยูกลางธง