降車駅からさらに乗り継ぐ場合、途中下車する場合、定期券や一日乗車券などを使用している場合など、降車後も切符を引き続き所持する必要がある場合はその切符を乗務員に呈示する。

なお、運賃の管理の観点から、ワンマン列車が無人駅に停車した際の乗降は、入口は整理券発行機が設置されている1両目後側ドアのみ、出口は運賃箱が設置されている1両目前側ドアのみと指定されていたり、2両連結している場合でも列車からの乗降はもっぱら1両目の車両だけが利用でき、2両目からの直接の乗降できず(2両目はドアを開閉せず)1両目を通して行う必要があったりする場合がある。

車椅子利用者の利用 
車椅子を使用する人が無人駅を利用する場合、何らかの介助等が必要になることが多いため、事前の連絡を呼びかけている事業者もある。

なお、このことが列車の利用が制限されることにつながることから、憲法が保障する移動の自由を侵害し、障害者差別を禁じた法律にも違反するものだとして、2020年にJR九州が訴えられている。2020年のバリアフリー法改正時に、無人駅での障害者対応のガイドライン整備が附帯決議されたこともあり、国土交通省は2021年に向けて鉄道事業者向けのガイドラインづくりを進めている。