それでも経営は上向かず、1976年(昭和51年)10月29日の酒田大火の日には強風と高波により当館は大きな被害を受け、さらに日本経済が安定成長期に入ったため入館者数は長期低落傾向を示した。同じ日本海側にあり競合相手の新潟市立新潟水族館が1990年(平成2年)に「マリンピア日本海」として移転オープンし、さらに大型化して注目される中、打開策としてバブル景気期から計画し、多額の資金を投じて1993年(平成6年)に実現した人気のラッコの飼育・展示でさえ低落傾向を止めることが出来ず、かえって負債を増やす結果になった。