真珠宮ビル事件 

2006年5月8日、東京都渋谷区のビル所有権を菱和ライフクリエイト(現・クレアスライフ)の社長らと共謀し不正変更した電磁的公正証書原本不実記録の容疑で、組関係者などとともに警視庁に逮捕された。翌年6月14日、病気を理由に弁護人が勾留の執行停止を申し立て、保釈金7000万円を払い保釈されたが、2012年2月13日に懲役2年執行猶予4年の有罪判決が確定した。

警視庁からの捜査情報漏出 
2007年6月12日までに警視庁北沢署巡査長のパソコンから情報が流出し、警察がグラビアアイドル出身の女優、レースクイーン出身のタレント、声優で歌手の女性の3人を、捜査・監視の対象である後藤の愛人として把握していることが発覚した。

金融制裁指定 
2015年12月9日、アメリカ財務省外国資産管理室(OFAC)は、後藤を国際緊急経済権限法・大統領令13581号に基づき、金融制裁の対象としたと発表した。

同日発表のプレスリリースでは、資金洗浄などを通して日本の暴力団関係者の世界的な非合法的活動を支援していると指摘し、後藤の本名並びに法名・「忠叡」や、カンボジアでの称号を冠した「アジャ忠叡」の呼称が掲載された。