また、外性器などの容易に確認できる身体的な特徴が性染色体の核型(XXもしくはXY)と典型的な一致を示す場合が多いことから、新生児の性別の割り当ては、単純な確認作業だと認識される。しかし、外性器などが非典型的な特徴を持つ場合や、出生時に典型的に見える特徴があっても後に非典型的な性分化を行う場合もあり、親類や医師の判断で新生児にとって最善と思われる性別が割り当てられる。外性器の特徴などが非典型的である場合、生殖腺や染色体など、身体的、遺伝的特徴などを複合的に加味した上で養育上の性別が割り当てられ、戸籍表記されることが多い。