県外への長距離フェリー航路は新日本海フェリーが就航する北海道小樽を結ぶ航路並びに福井県敦賀から本港を経て秋田県秋田、北海道苫小牧を結ぶ航路の3航路があり、新日本海フェリー新潟フェリーターミナル(通称「新日本海フェリー」、東区古湊町2)を擁する山ノ下埠頭から発着する。

なおクルーズ客船が寄港する際、国内のみ航行の場合は前述の山ノ下埠頭、国外へ航行の場合は後述の国際旅客ターミナルが所在する中央埠頭の発着となる。