高校生になっていた士郎はある日、夜の学校で偶然にもアーチャーとランサーによるサーヴァント戦を目撃したことから、ランサーに殺されかかるが駆けつけた凛によって蘇生魔術を施され帰宅する。だが自宅でランサーに再度襲撃されたため庭にある蔵へ逃げ込んだところ、蔵の床に描かれていた魔法陣が発動し、奇縁によりサーヴァントの1人・セイバーが召喚され、士郎自身も聖杯戦争に巻き込まれることとなる。自分を災害時に救ってくれた亡き養父・衛宮切嗣のような「正義の味方」になりたいと願う士郎は、無関係な犠牲者を増やさないために聖杯戦争に参加することを決意する。