これらの観察をもとに、G2期と有糸分裂の初期にEmi1はCdc20に結合し、APC/Cの基質とCdc20との結合を防ぐことで阻害を行うことが確認された。Emi1が結合してもCdc20のリン酸化は行われ、Cdc20はAPC/Cへ結合することもできるが、結合したEmi1はCdc20とAPC/Cの標的との相互作用を防ぐ。Emi1とCdc20との結合はS期とG2期の間さまざまなサイクリンの安定化をもたらすが、有糸分裂の進行にはEmi1の除去が必須である。