敬和学園大学
神戸女学院大学
共愛学園前橋国際大学
松山東雲女子大学
頌栄短期大学
新島学園短期大学 - 同志社創立者新島襄の教育方針に共鳴した新島の出身地に地元有志により設立されたキリスト教主義の学校であり、本来の意味のミッション系ではない。

バプテスト教会 
関東学院大学
西南学院大学
西南女学院大学
尚絅学院大学
姫路日ノ本短期大学

メソジスト 
関西学院大学
青山学院大学
鎮西学院大学
福岡女学院大学
福岡女学院大学短期大学部
福岡女学院看護大学
弘前学院大学
広島女学院大学
活水女子大学
名古屋学院大学
酪農学園大学
静岡英和学院大学
静岡英和学院大学短期大学部
東洋英和女学院大学
山梨英和大学
大阪キリスト教短期大学 - 日本フリーメソジスト教団系列

日本基督教団・その他 
中部学院大学 - 岐阜済美学院を母体とするキリスト教主義大学。