当神社と現在紫尾山の山頂近くにある上宮神社とは、かつて紫尾山の山頂近くにあった当神社の最初の社祠で上宮と呼ばれた元宮の伝承があるため、里宮と奥宮の関係にあるようにも思えるが、この上宮神社は出水市武本地区の社家によって奉祀されている神社で、当神社との直接的な関係性は無いようである。またかつて空覚上人によって紫尾山の山頂近くに建立されたという上宮権現であるようにも思われるが、上宮神社の由緒からは、かつての上宮権現から今現在の上宮神社に至るまでの繋がりや経緯を示すような事項は確認できず、はっきりとした関連性は不明である。

鎌倉、室町の両幕府に崇敬されたといい、江戸時代には薩摩藩主島津氏から尊崇され、この地域の鎮守神として社領の寄付や社殿の修復が行われた。