スィースターニーはナジャフの中心的アーヤトゥッラーとして、数百万ドルにおよぶ資金を管理し、これを宗教学校の振興、社会福祉事業に投じている。

バアス党による迫害で多くのシーア派ウラマーらが殺害されてゆくなかで生命を保ったものの、スィースターニーのモスクは1994年に閉鎖され、アメリカの侵攻によるバアス党政権の崩壊まで再開されることはなかった。このとき以降、スィースターニーは、ナジャフの自宅にひとり引きこもったが、これは迫害への抗議、あるいはバアス党による自宅監禁令によるものと見られている。隠遁による連絡の取りにくさにもかかわらず、弟子の下位ウラマーらを通じて、スィースターニーはイラクのシーア派住民のあいだに広範な影響力を維持しており、現在のイラク政治において、表面には立ち現れないものの重要な役割を演じている。憲法制定プロセスにおける住民投票への参加を全シーア派住民、特に女性に対して命ずるファトワーの発出、スンナ派集団の暴力に対する報復を禁止することなどと引き替えに、連合国暫定当局によるシーア派に対する譲歩を余儀なくさせたことなどが知られている。

2004年8月はじめ、スィースターニーは年来の心臓病の悪化による深刻な健康不安のためにロンドンにおもむいて治療を受けている。