国立大学法人
 北海道大学
 筑波大学
 千葉大学
 東京医科歯科大学
 東京農工大学
 電気通信大学
 新潟大学
 金沢大学
 福井大学
 信州大学
 名古屋大学
 名古屋工業大学
 豊橋技術科学大学
 奈良先端科学技術大学院大学
 神戸大学
 岡山大学
 広島大学
 山口大学
 九州工業大学
 熊本大学
 公立大学法人
 首都大学東京
 私立大学
 東京女子医科大学
 大学共同利用機関法人
 自然科学研究機構
 高エネルギー加速器研究機構
 情報・システム研究機構

運営委員機関と事務局 
第1期運営委員機関:岡山大学、熊本大学、筑波大学、奈良先端科学技術大学院大学、自然科学研究機構
事務局:自然科学研究機構

タスクフォース 
研究力強化に関する具体的な取り組みについて、テーマ別に協議・連携する場としてタスクフォースが設置されていた。