ランダム化をめぐる倫理的課題 
二重盲検化を行う際には,プラセボ実験が必要となり、とくに医療分野におけるRCT実施に際しては大きな論点となっている。

対照群の設定が不適切で、比較可能性が乏しいデータに、正しい統計手法を適応して誤った結論を導くことのほうが倫理上の問題がある、とする意見もある。

再現性の危機 
2019年のメタアナリシスでは、1990年代以降に実施された生物医学研究のRCTの約59.3%が不適切な方法で実施されていたことが判明しており、再現性の危機がある現状を鑑み、研究者たちはこのままではまた再現性の危機につながると警鐘を鳴らしている。