ただし画面切り替えのタイミングなどは『ハンター2』をそのまま流用しているため、コンピュータ戦でフィニッシュの表示が出る前にスコア計算表示が出ると正常に表示が行われなかったり、長い勝利ポーズは最後まで表示されないことがあるなど、一部不具合も存在する。
 また、アーケード版『ハンター2』ではキャラクター毎に用意された『ハンター』のBGMが使用されていたが、アレンジバージョンで新たに登場する『セイヴァー』以降の新キャラクターのBGMは、それぞれ『セイヴァー』のステージBGMのいくつかがキャラクターのテーマとして流用されている。コンピュータ戦の出現テーブルもアーケード版『ハンター2』から新たに設定し直され、『セイヴァー』からの新キャラクターも出現するようになり、シャドウとマリオネット使用時もパイロン戦の前に必ずフォボスが出現するように変更された。