ショウジョウバエでは、コンデンシン II のサブユニットが、多糸染色体の解体とトランスベクション(相同染色体の対合を介した転写制御の抑制])、および染色体テリトリーの形成に関与する。ショウジョウバエで観察されるこれらの現象はすべて染色分体間の相互作用が弱められる結果として起こるものであり、その背景には共通のメカニズムの存在が想定されている。
シロイヌナズナでは、コンデンシン II がDNA損傷を緩和してホウ素過剰ストレスを軽減する分子機構に関わっている。