2月10日に威力業務妨害で逮捕した事件の勾留期限が切れる3月3日を前に、警察は、大阪府の男性Bを介して日航機事件の容疑について航空機の強取等の処罰に関する法律(ハイジャック防止法)違反で逮捕状をとり再逮捕する方針が示されたと報道された。これについて男性Xの弁護人は根拠なく再逮捕の予測を掻き立てたことや、威力業務妨害による立件について報じないことに対して不適当であると批判している。

3月3日、警察はコミケ事件について男性Xを処分保留(勾留期限当日)として釈放し、その場で大阪府のヲタロード殺害事件に伴う偽計業務妨害と、航空機爆破予告に対するハイジャック防止法違反について逮捕した。

警察発表 
2013年2月11日に捜査当局への取材から、男性Xが派遣先企業で使用していたPCを調べたところ、遠隔操作が行われた時期にTorを使用していた形跡が見つかったこと、男性XのPCには遠隔操作に使用した掲示板に接続した形跡があること、男性X宅から押収した4台のPCのうち2台は自作であり、遠隔操作トロイも自作したと見られること、同16日にはFBIの捜査によりアメリカのDropboxサーバーの中にトロイを仕込んだプログラムが残されており、その中に男性Xの関係先で作成されたことを示す情報が含まれていたこと、同20日にはアメリカのサーバーに残っていたトロイプログラムの中に、男性Xが勤務していた会社のPCから発信された痕跡が見つかったことが報道された。

米国は2001年のアメリカ同時多発テロ以降はハイジャックによる航空機テロに神経をとがらせており、日航機事件では爆破予告メールが届いた時点で成田発ニューヨーク行き日航機が米国領アリューシャン列島付近上空を航行中で米国は厳重警戒を余儀なくされたことから、米国内での航空機爆破予告はいたずらでも看過できないというFBIの姿勢であり、捜査協力というよりも日米共同捜査といっていいほどFBIは積極的だった。