第4楽章330小節のフェルマータを非常に長く伸ばし同時間の休止を設けるというワーグナー由来の特徴も見られ、自身の著作でも第1楽章の開始を宇宙の創世と捉えるなど後の世代にも影響を与えたが、後の世代の演奏はトスカニーニ流の明晰な演奏が主流となり、ブルックナー開始を思わせるフルトヴェングラーの解釈は、現在ではベートーヴェンにしてはあまりに後期ロマン主義的、神秘主義的に過ぎる、とされることが多い。

第二次世界大戦中ドイツに留まり活動していたフルトヴェングラーは1942年4月19日、ナチス・ドイツ総統ヒトラーの誕生日前日に『第九』を指揮し、ゲッベルスと握手する姿が映画に撮影されるなど政治宣伝に利用され、戦後は連合国からナチスとの関わりを責められ一時活動の機会を失うことになった。