在任中に東日本大震災が発生し、松本は大臣の担務変更や内閣総理大臣補佐官・内閣官房参与の発令に伴う作業に取り掛かった他、危機管理関連の会議に出席し、各種情報収集・整理にあたった。そんな中、総理大臣や官房長官を始め官邸スタッフが原発事故の対応に追われ、世間やメディアの関心も原発事故に集中し、震災・津波の被災者への支援が疎かになっているのでは無いかと危惧した松本は上司に報告し、官邸の政務の指示のもと、被災者支援のための組織・体制づくりに尽力。