大学院 
 獣医学研究科
 獣医学専攻 博士課程
 酪農学研究科
 食生産利用科学専攻 博士課程
 酪農学専攻 修士課程
 フードシステム専攻 修士課程
 食品栄養科学専攻 博士課程
 食品栄養科学専攻 修士課程

旧組織体制 
酪農学部
酪農学科
農業経済学科
食品科学科
食品流通学科
獣医学部
獣医学科
環境システム学部
生命環境学科
地域環境学科
環境マネジメント学科

短期大学部 
酪農学園大学短期大学部は2011年度より学生募集を停止している。