北海道学生サッカー連盟
 東北大学サッカー連盟
 関東大学サッカー連盟
 ※北関東大学サッカー連盟
 ※埼玉県大学サッカー連盟
 ※千葉県大学サッカー連盟
 ※東京都大学サッカー連盟
 ※神奈川県大学サッカー連盟
 北信越大学サッカー連盟
 東海大学サッカー連盟
 関西学生サッカー連盟
 中国大学サッカー連盟
 四国大学サッカー連盟
 九州大学サッカー連盟

※直接には全日本の配下組織ではないが、運営上の都合による形態で、下部リーグとしての位置づけになる。