運営者 
自動車販売店に付随する整備工場や、市中にある専業整備工場が一般的であるほか、社内で多数の車両を取り扱うタクシー事業者やバス事業者、トラック事業者が付帯業務として行っている場合がある。

整備工場の認証及び指定は、法人・個人を問わず、要件を満たせば誰でも取得することができるため、自動車整備科をもつ大学、専門学校や高等学校が学校法人として認証を取得しているほか、路線バスを運営する地方公共団体、各都道府県警察、東京消防庁、衆議院、参議院、宮内庁、陸上自衛隊等、組織内で多数の車両を管理・運用する地方公共団体の自家整備工場が認証工場・指定工場となっている。

特に変わったところでは、盛岡少年刑務所等が自動車整備の職業訓練のため認証を取得しており、府中刑務所や名古屋刑務所、神戸刑務所等では検査ライン設備を整えて指定を取得し、刑務作業の一環として市民から持ち込まれた自動車の車検整備を受け付けている。

その他、自動車整備振興会の講習所、自動車メーカーの技術センター、損害保険会社の研修センター等でも認証を取得している。

事業廃止・取消 
認証工場事業並びに指定工場事業を廃止する場合は、道路運送車両法第81条第2項により、30日以内に工場を管轄している運輸局長へ廃止届を提出しなければならない。道路運送車両法による重大な違反が発覚した場合は、運輸局長より認証工場取消、指定工場取消、一定期間における事業停止の行政処分を受ける。指定工場のみを取り消された場合は認証工場のみ認証されるが、認証工場を取り消された場合や、認証工場・指定工場の両方を取り消された場合は、取り消された工場は自動車分解整備業務を行うことができない。