壊血病は船内で2件発生し、天文学者のとタヒチ人のトゥパイアが治療を受けたのだが、バタヴィアに到着した際に、病に苦しむ多くの乗員を載せてこの港に到着する他の船とは異なり「病人リストにただの1人もなし」とクックは誇らしく記録することができた (1770年10月15日の日誌)。

ところで、このエンデバーによる第1回航海では壊血病による死者はなかったものの、出港時の乗員94名中36名がその他の病気や事故で帰港までに落命している。