国内法の改正については、協定の締結承認案件と同じ閣議により決定された関税暫定措置法の一部を改正する法律案及び経済上の連携の強化に関する日本国とメキシコ合衆国との間の協定に基づく特定原産地証明書の発給等に関する法律案がそれぞれ同日に衆議院へ提出された。

衆議院において、協定の締結承認案件は、外務委員会に付託され、2004年11月2日に委員会で、同じ11月2日に衆議院本会議で可決され、参議院に送られた。