これらの動きに対し機構は、客室乗務員組合が2010年12月24・25日のストライキを予告した際には(決行はされずスト権は留保されている)、「ストが打たれた場合には再建支援はしない」との恫喝を行ない、組合活動への介入という不当労働行為に出ている。組合の申し立てを受けた東京都労働委員会は、2011年8月3日、審査の結果「発言は組合員に威嚇的効果を与え、組合の組織運営に影響を及ぼすもので、組合運営に対する介入と言わざるを得ない」と判定し、会社側に謝罪文の掲示を命令。

会社の経営悪化への影響についての議論 
日本航空の経営が悪化していたにもかかわらず反会社側組合の経営状況を考慮しない一方的要求や、ストライキ権を盾にした過激な闘争、現場の状況を無視した労務対策を押し付ける経営サイドの対応は、結果として社員に会社・組合不信や士気低下を蔓延させることにつながった。さらに、反会社側組合においては、職務別や会社別の組合の間での水面下での対立が深刻化し、正常な経営活動の障害となった他、ストライキを恐れた会社が反会社側組合による経営状況を無視した待遇改善の要求を受け入れ続けた結果、経営を圧迫し、日本航空の経営破綻の主因の一つとなったとの指摘もある。

一方で会社側は、日米貿易摩擦解消を名目に高価なボーイング747を113機も導入したり(破綻で、多額の維持経費を要することから全て売却され現存しない)、経営不振状態にありながら「JALセールス」が、自民党の政治資金団体「国民政治協会」に上限一杯の750万円を、2007年から09年までの3年間にわたって政治献金していた事が判明している。