このため1997年6月に、日本国有鉄道清算事業団は梅田駅の約半分の機能を吹田に移転し、残りを大阪南部の関西本線百済駅(吹田貨物ターミナル駅開業と同時に百済貨物ターミナル駅に改称)に移転させる計画を提示した。

これを受けて1999年1月、大阪府、吹田市、摂津市、日本鉄道建設公団国鉄清算事業本部(当時)、JR貨物の5者は移転計画に関する基本協定書を締結し、鉄道建設・運輸施設整備支援機構は2005年1月、吹田・摂津両市に環境影響評価書を提出し、5者は2006年2月、吹田貨物ターミナル駅建設事業の着手合意協定書を締結し、2007年1月30日に起工式が挙行された。