AutoDock
ಆಟೋಡಾಕ್ ಒಂದು ಆಣ್ವಿಕ ಮಾದರಿ ಸಿಮ್ಯುಲೇಶನ್ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ಆಗಿದೆ. ಇದು ಪ್ರೋಟೀನ್-ಲಿಗ್ಯಾಂಡ್ ಡಾಕಿಂಗ್ಗೆ ವಿಶೇಷವಾಗಿ ಪರಿಣಾಮಕಾರಿಯಾಗಿದೆ. ಆಟೋಡಾಕ್ 4 ಗ್ನೂ ಜನರಲ್ ಪಬ್ಲಿಕ್ ಲೈಸೆನ್ಸ್ ಅಡಿಯಲ್ಲಿ ಲಭ್ಯವಿದೆ. ಆಟೋಡಾಕ್ ಸಂಶೋಧನಾ ಸಮುದಾಯದಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚು ಉಲ್ಲೇಖಿಸಲಾದ ಡಾಕಿಂಗ್ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ಅಪ್ಲಿಕೇಶನ್ಗಳಲ್ಲಿ ಒಂದಾಗಿದೆ. ಇದನ್ನು ಎಚ್ಐವಿ/ಏಡ್ಸ್ ಮತ್ತು ಕೋವಿಡ್-19 ವಿರುದ್ಧ ಆಂಟಿವೈರಲ್ಗಳನ್ನು ಹುಡುಕಲು ವರ್ಲ್ಡ್ ಕಮ್ಯುನಿಟಿ ಗ್ರಿಡ್ನಲ್ಲಿ ನಡೆಸುತ್ತಿರುವ FightAIDS@Home ಮತ್ತು ಓಪನ್ ಪ್ಯಾಂಡೆಮಿಕ್ಸ್-ಕೋವಿಡ್-19 ಯೋಜನೆಗಳು ಬಳಸುತ್ತವೆ. 2007ರ ಫೆಬ್ರವರಿಯಲ್ಲಿ, ಐಎಸ್ಐ ಸೈಟೇಶನ್ ಇಂಡೆಕ್ಸ್ನ ಹುಡುಕಾಟವು ಪ್ರಾಥಮಿಕ ಆಟೋಡಾಕ್ ವಿಧಾನದ ಪೇಪರ್ಗಳನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು 1,100ಕ್ಕೂ ಹೆಚ್ಚು ಪ್ರಕಟಣೆಗಳನ್ನು ಉಲ್ಲೇಖಿಸಲಾಗಿದೆ ಎಂದು ತೋರಿಸಿತು. 2009ರ ಹೊತ್ತಿಗೆ, ಈ ಸಂಖ್ಯೆಯು 1,200ನ್ನು ಮೀರಿದೆ. ಆಟೋಡಾಕ್ ವೀನಾ ಆಟೋಡಾಕ್ನ ಉತ್ತರಾಧಿಕಾರಿಯಾಗಿದ್ದು, ನಿಖರತೆ ಮತ್ತು ಕಾರ್ಯಕ್ಷಮತೆಯ ವಿಷಯದಲ್ಲಿ ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ ಸುಧಾರಿಸಿದೆ. ಇದು ಅಪಾಚೆ ಪರವಾನಗಿ ಅಡಿಯಲ್ಲಿ ಲಭ್ಯವಿದೆ. ಆಟೋಡಾಕ್ ಮತ್ತು ವೀನಾ ಎರಡನ್ನೂ ಪ್ರಸ್ತುತ ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಸ್ ರಿಸರ್ಚ್ ನಿರ್ವಹಿಸುತ್ತಿದೆ, ನಿರ್ದಿಷ್ಟವಾಗಿ ಡಾ. ಆರ್ಥರ್ ಜೆ. ಓಲ್ಸನ್ ಆಟೋಡಾಕ್ ನೇತೃತ್ವದ ಸೆಂಟರ್ ಫಾರ್ ಕಂಪ್ಯೂಟೇಶನಲ್ ಸ್ಟ್ರಕ್ಚರಲ್ ಬಯಾಲಜಿ (ಸಿಸಿಎಸ್ಬಿ) ವ್ಯಾಪಕವಾಗಿ ಬಳಸಲ್ಪಟ್ಟಿದೆ ಮತ್ತು ಮೆರ್ಕ್ & ಕಂನಿಂದ ಮೊದಲ ವೈದ್ಯಕೀಯವಾಗಿ ಅನುಮೋದಿತ ಎಚ್ಐವಿ-1 ಇಂಟಿಗ್ರೇಸ್ ಇನ್ಹಿಬಿಟರ್ ಅಭಿವೃದ್ಧಿಯಲ್ಲಿ ಪಾತ್ರ ವಹಿಸಿದೆ. ಪ್ರೋಗ್ರಾಂಗಳು ಆಟೋಡಾಕ್ ಎರಡು ಮುಖ್ಯ ಕಾರ್ಯಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆಃ ಗುರಿ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅನ್ನು ವಿವರಿಸುವ ಗ್ರಿಡ್ಗಳ ಗುಂಪಿಗೆ ಲಿಗಂಡ್ ಅನ್ನು ಡಾಕಿಂಗ್ ಮಾಡಲು ಆಟೋಡಾಕ್; ಈ ಗ್ರಿಡ್ಗಳನ್ನು ಪೂರ್ವ-ಲೆಕ್ಕಾಚಾರ ಮಾಡಲು ಆಟೋಗ್ರಿಡ್. ಆಟೋಡಾಕ್ನ ಬಳಕೆಯು ಎಚ್ಐವಿ1 ಇಂಟಿಗ್ರೇಸ್ ಇನ್ಹಿಬಿಟರ್ಗಳು ಸೇರಿದಂತೆ ಹಲವಾರು ಔಷಧಿಗಳ ಆವಿಷ್ಕಾರಕ್ಕೆ ಕೊಡುಗೆ ನೀಡಿದೆ. ಪ್ಲಾಟ್ಫಾರ್ಮ್ ಬೆಂಬಲ ಆಟೋಡಾಕ್ ಲಿನಕ್ಸ್, ಮ್ಯಾಕ್ ಓಎಸ್ ಎಕ್ಸ್, ಎಸ್ಜಿಐ ಐಆರ್ಐಎಕ್ಸ್ ಮತ್ತು ಮೈಕ್ರೋಸಾಫ್ಟ್ ವಿಂಡೋಸ್ನಲ್ಲಿ ಕಾರ್ಯನಿರ್ವಹಿಸುತ್ತದೆ. ಇದು ಡೆಬಿಯನ್, ಫೆಡೋರಾ ಮತ್ತು ಆರ್ಚ್ ಲಿನಕ್ಸ್ ಸೇರಿದಂತೆ ಹಲವಾರು ಲಿನಕ್ಸ್ ವಿತರಣೆಗಳಲ್ಲಿ ಪ್ಯಾಕೇಜ್ ಆಗಿ ಲಭ್ಯವಿದೆ. ಮೈಕ್ರೋಸಾಫ್ಟ್ ವಿಂಡೋಸ್ನಲ್ಲಿ ಸ್ಥಳೀಯ 64-ಬಿಟ್ ಮೋಡ್ನಲ್ಲಿ ಅಪ್ಲಿಕೇಶನ್ ಅನ್ನು ಕಂಪೈಲ್ ಮಾಡುವುದರಿಂದ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ನ ವೇಗವಾಗಿ ಫ್ಲೋಟಿಂಗ್-ಪಾಯಿಂಟ್ ಕಾರ್ಯಾಚರಣೆಯನ್ನು ಶಕ್ತಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ. ಜಿ. ಪಿ. ಯು. ಗಳಿಗಾಗಿ ಸುಧಾರಿತ ಆವೃತ್ತಿಗಳಾದ ಆಟೋಡಾಕ್, ಓಪನ್ ಸಿ. ಎಲ್ ಮತ್ತು ಸಿ. ಯು. ಡಿ. ಎ. ಗಳನ್ನು ಬಳಸುವ ಸುಧಾರಿತ ಲೆಕ್ಕಾಚಾರದ ದಿನಚರಿಗಳನ್ನು ಆಟೋಡಾಕ್ ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಸ್ ಸಂಶೋಧನಾ ತಂಡವು ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಿದೆ. ಇದು ಸಿಪಿಯುನಲ್ಲಿನ ಮೂಲ ಸರಣಿ ಆಟೋಡಾಕ್ 4.2 (ಸೋಲಿಸ್-ವೆಟ್ಸ್) ಗಿಂತ 4x (ಕ್ವಾಡ್-ಕೋರ್ ಸಿಪಿಯು) ಮತ್ತು 56x (ಜಿಪಿಯು) ವರೆಗಿನ ವೇಗವರ್ಧನೆಗಳಿಗೆ ಕಾರಣವಾಗುತ್ತದೆ. CUDA ಆವೃತ್ತಿಯನ್ನು ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಸ್ ಸಂಶೋಧನಾ ತಂಡ ಮತ್ತು ಎನ್ವಿಡಿಯಾ ನಡುವಿನ ಸಹಯೋಗದಲ್ಲಿ ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಲಾಗಿದ್ದು, ಓಪನ್ಸಿಎಲ್ ಆವೃತ್ತಿಯನ್ನು ಐಬಿಎಂ ವರ್ಲ್ಡ್ ಕಮ್ಯುನಿಟಿ ಗ್ರಿಡ್ ತಂಡದ ಬೆಂಬಲದೊಂದಿಗೆ ಮತ್ತಷ್ಟು ಹೊಂದುವಂತೆ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ. ಆಟೋಡಾಕ್ ವೀನಾ ಆಟೋಡಾಕ್ ಒಂದು ಉತ್ತರಾಧಿಕಾರಿಯಾದ ಆಟೋಡಾಕ್ ವೀನಾವನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ, ಇದು ಸುಧಾರಿತ ಸ್ಥಳೀಯ ಹುಡುಕಾಟ ದಿನಚರಿಯನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ ಮತ್ತು ಮಲ್ಟಿಕೋರ್/ಮಲ್ಟಿ-ಸಿಪಿಯು ಕಂಪ್ಯೂಟರ್ ಸೆಟಪ್ಗಳನ್ನು ಬಳಸುತ್ತದೆ. ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿದ ಹಲವಾರು ವಿಶ್ವ ಸಮುದಾಯ ಗ್ರಿಡ್ ಯೋಜನೆಗಳಲ್ಲಿ 64-ಬಿಟ್ ಲಿನಕ್ಸ್ ಕಾರ್ಯಾಚರಣಾ ವ್ಯವಸ್ಥೆಗಳ ಅಡಿಯಲ್ಲಿ ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ ವೇಗವಾಗಿ ಕಾರ್ಯನಿರ್ವಹಿಸಲು ಆಟೋಡಾಕ್ ವೀನಾ ಹೆಸರುವಾಸಿಯಾಗಿದೆ. ಆಟೋಡಾಕ್ ವೀನಾ ಪ್ರಸ್ತುತ ಆವೃತ್ತಿ 1.2ರಲ್ಲಿದೆ, ಇದು ಜುಲೈ 2021ರಲ್ಲಿ ಬಿಡುಗಡೆಯಾಗಿದೆ. ಥರ್ಡ್-ಪಾರ್ಟಿ ಸುಧಾರಣೆಗಳು ಮತ್ತು ಉಪಕರಣಗಳು ಓಪನ್ ಸೋರ್ಸ್ ಯೋಜನೆಯಾಗಿ, ಆಟೋಡಾಕ್ ಹಲವಾರು ಥರ್ಡ್-ಪಾರ್ಟಿ ಸುಧಾರಿತ ಆವೃತ್ತಿಗಳನ್ನು ಗಳಿಸಿದೆ, ಉದಾಹರಣೆಗೆಃ ಆಟೋಡಾಕ್ ವೀನಾ (ಸ್ಮಿನಾ) ಯೊಂದಿಗೆ ಸ್ಕೋರಿಂಗ್ ಮತ್ತು ಮಿನಿಮೈಸೇಶನ್ ಎಂಬುದು ಆಟೋಡಾಕ್ ವೀನಾದ ಫೋರ್ಕ್ ಆಗಿದ್ದು, ಸ್ಕೋರಿಂಗ್ ಫಂಕ್ಷನ್ ಡೆವಲಪ್ಮೆಂಟ್ ಮತ್ತು ಎನರ್ಜಿ ಮಿನಿಮೈಸೇಶನ್ಗೆ ಸುಧಾರಿತ ಬೆಂಬಲವನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ. ಆಫ್-ಟಾರ್ಗೆಟ್ ಪೈಪ್ಲೈನ್ ದೊಡ್ಡ ಯೋಜನೆಗಳೊಳಗೆ ಆಟೋಡಾಕ್ನ ಏಕೀಕರಣವನ್ನು ಅನುಮತಿಸುತ್ತದೆ. ಒಮ್ಮತದ ಸ್ಕೋರಿಂಗ್ ಟೂಲ್ಕಿಟ್ ಬಹು ಸ್ಕೋರಿಂಗ್ ಕಾರ್ಯಗಳೊಂದಿಗೆ ಆಟೋಡಾಕ್ ವೀನಾ ಭಂಗಿಗಳನ್ನು ರಕ್ಷಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಒಮ್ಮತದ ಸ್ಕೋರಿಂಗ್ ಸಮೀಕರಣಗಳ ಮಾಪನಾಂಕ ನಿರ್ಣಯವನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ. ವಿಎಸ್ಎಲ್ಎಬಿ ಒಂದು ವಿಎಂಡಿ ಪ್ಲಗ್-ಇನ್ ಆಗಿದ್ದು, ಇದು ವಿಎಂಡಿಯಿಂದ ನೇರವಾಗಿ ಆಟೋಡಾಕ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಲು ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ. ಆಟೋಡಾಕ್ನೊಂದಿಗೆ ವರ್ಚುವಲ್ ಸ್ಕ್ರೀನಿಂಗ್ ಅನ್ನು ನಡೆಸಲು ಪೈಆರ್ಎಕ್ಸ್ ಉತ್ತಮ ಜಿ. ಯು. ಐ ಅನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ. ಪೈಆರ್ಎಕ್ಸ್ ಒಂದು ಡಾಕಿಂಗ್ ವಿಝಾರ್ಡ್ ಅನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ ಮತ್ತು ನೀವು ಅದನ್ನು ಕ್ಲೌಡ್ ಅಥವಾ ಎಚ್. ಪಿ. ಸಿ ಕ್ಲಸ್ಟರ್ನಲ್ಲಿ ಆಟೋಡಾಕ್ ವಿನಾವನ್ನು ಚಲಾಯಿಸಲು ಬಳಸಬಹುದು. ಪಿಒಎಪಿ ಒಂದು ಶೆಲ್-ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟ್-ಆಧಾರಿತ ಸಾಧನವಾಗಿದ್ದು, ಲಿಗಾಂಡ್ ತಯಾರಿಕೆಯಿಂದ ಪೋಸ್ಟ್ ಡಾಕಿಂಗ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯವರೆಗೆ ವರ್ಚುವಲ್ ಸ್ಕ್ರೀನಿಂಗ್ಗಾಗಿ ಆಟೋಡಾಕ್ ಅನ್ನು ಸ್ವಯಂಚಾಲಿತಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ. ವರ್ಚುವಲ್ಫ್ಲೋ ಆಟೋಡಾಕ್ ವೀನಾ-ಆಧಾರಿತ ಡಾಕಿಂಗ್ ಪ್ರೋಗ್ರಾಂಗಳನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಕಂಪ್ಯೂಟರ್ ಕ್ಲಸ್ಟರ್ಗಳು ಮತ್ತು ಕ್ಲೌಡ್ನಲ್ಲಿ ಅಲ್ಟ್ರಾ-ಲಾರ್ಜ್ ವರ್ಚುವಲ್ ಸ್ಕ್ರೀನಿಂಗ್ಗಳನ್ನು ನಡೆಸಲು ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ, ಇದು ನಿಯತಕಾಲಿಕವಾಗಿ ಶತಕೋಟಿ ಸಂಯುಕ್ತಗಳನ್ನು ಪ್ರದರ್ಶಿಸಲು ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ. ಎಫ್ಪಿಜಿಎ ವೇಗವರ್ಧನೆ ಸಾಮಾನ್ಯ ಪ್ರೊಗ್ರಾಮೆಬಲ್ ಚಿಪ್ಗಳನ್ನು ಸಹ-ಪ್ರೊಸೆಸರ್ಗಳಾಗಿ ಬಳಸುವುದು, ನಿರ್ದಿಷ್ಟವಾಗಿ ಒಮಿಕ್ಸಾನ್ ಪ್ರಾಯೋಗಿಕ ಉತ್ಪನ್ನ, ವೇಗವರ್ಧನೆಯು ಸ್ಟ್ಯಾಂಡರ್ಡ್ ಇಂಟೆಲ್ ಡ್ಯುಯಲ್ ಕೋರ್ 2 ಗಿಗಾಹರ್ಟ್ಝ್ ಸಿಪಿಯು ವೇಗಕ್ಕಿಂತ 10x-100x ವ್ಯಾಪ್ತಿಯಲ್ಲಿತ್ತು. ಡಾಕಿಂಗ್ (ಆಣ್ವಿಕ) ಪ್ರೋಟೀನ್-ಲಿಗ್ಯಾಂಡ್ ಡಾಕಿಂಗ್ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ನ ವರ್ಚುವಲ್ ಸ್ಕ್ರೀನಿಂಗ್ ಪಟ್ಟಿಯನ್ನು ಸಹ ನೋಡಿ ಉಲ್ಲೇಖಗಳು ಬಾಹ್ಯ ಕೊಂಡಿಗಳು ಆಟೋಡಾಕ್ ಮುಖಪುಟ ಆಟೋಡಾಕ್ ವಿನಾ ಮುಖಪುಟ ಆಣ್ವಿಕ ಮಾಡೆಲಿಂಗ್ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ಆಣ್ವಿಕ ಮಾಡೆಲಿಂಗ್ ಉಚಿತ ಮತ್ತು ತೆರೆದ ಮೂಲ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್