Downstream-peptide motif
ಡೌನ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್-ಪೆಪ್ಟೈಡ್ ವಿಶಿಷ್ಟ ಲಕ್ಷಣವು ಸೈನೊಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಲ್ ಜೆನೆರಾ ಸೈನೆಕೊಕೊಕಸ್ ಮತ್ತು ಪ್ರೊಕ್ಲೋರೊಕೊಕಸ್ನಲ್ಲಿ ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್ ಗುರುತಿಸಿದ ಸಂರಕ್ಷಿತ ಆರ್ಎನ್ಎ ರಚನೆಯನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಅಂತಹ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾವನ್ನು ಸೋಂಕು ಮಾಡುವ ಒಂದು ಫೇಜನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ. ಇದು ಬೇಸಾಯ ಮಾಡದ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಡಿ. ಎನ್. ಎ. ಯ ಸಮುದ್ರದ ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿಯೂ ಕಂಡುಬಂದಿದೆ, ಇವು ಬಹುಶಃ ಇತರ ಜಾತಿಯ ಸೈನೊಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾಗಳಾಗಿವೆ. ಡೌನ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್-ಪೆಪ್ಟೈಡ್ ಆರ್ಎನ್ಎಗಳು ಸಣ್ಣ ತೆರೆದ ಓದುವ ಚೌಕಟ್ಟುಗಳ (ಒಆರ್ಎಫ್ಗಳು) ಮೇಲ್ಭಾಗದಲ್ಲಿ ಕಂಡುಬರುತ್ತವೆ, ಅವು ಸಣ್ಣ ಪೆಪ್ಟೈಡ್ಗಳನ್ನು (ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ 17 ಮತ್ತು 100 ಅಮೈನೋ ಆಮ್ಲಗಳ ನಡುವೆ) ಎನ್ಕೋಡ್ ಮಾಡುತ್ತವೆ ಎಂದು ಊಹಿಸಲಾಗಿದೆ. ಸಾರಜನಕ ಮೂಲಗಳ ಸಾಕಷ್ಟು ಪೂರೈಕೆಯಿಲ್ಲದೆ ಜೀವಕೋಶಗಳನ್ನು ಬೆಳೆಸಿದಾಗ ಒಆರ್ಎಫ್ಗಳಲ್ಲಿ ಒಂದನ್ನು ಸ್ಪಷ್ಟವಾಗಿ ಕಡಿಮೆ-ನಿಯಂತ್ರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಡೌನ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್-ಪೆಪ್ಟೈಡ್ ವಿಶಿಷ್ಟ ಲಕ್ಷಣವು ಗ್ಲೆನ್ಎ ಆರ್ಎನ್ಎ ವಿಶಿಷ್ಟ ಲಕ್ಷಣ ಎಂದು ಕರೆಯಲ್ಪಡುವ ವಿಭಿನ್ನ ಅಭ್ಯರ್ಥಿ ಆರ್ಎನ್ಎ ರಚನೆಗೆ ರಚನಾತ್ಮಕ ಹೋಲಿಕೆಯನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ, ಇದು ಸಯನೋಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದಲ್ಲಿ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಗ್ಲುಟಮೈನ್ ಬೈಂಡಿಂಗ್ ರೈಬೋಸ್ವಿಚ್ ಎಂದು ತೋರಿಸಲಾಗಿದೆ. ಅತ್ಯಂತ ಗಮನಾರ್ಹವಾದ ಹೋಲಿಕೆಯು ಎರಡೂ ವಿಶಿಷ್ಟ ಲಕ್ಷಣಗಳ ಪಿ1 ಕಾಂಡದೊಳಗಿನ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಸಂರಕ್ಷಣೆಯಾಗಿದೆ, ಮತ್ತು ಈ ಮತ್ತು ಇತರ ಸಾಮ್ಯತೆಗಳನ್ನು ಈ ಹಿಂದೆ ಚರ್ಚಿಸಲಾಗಿದೆ. ಅನೇಕ ಪುರಾವೆಗಳ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ಡೌನ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್-ಪೆಪ್ಟೈಡ್ ಆರ್ಎನ್ಎಗಳು ರೈಬೋಸ್ವಿಚ್ಗಳಿಗೆ ಅನುಗುಣವಾಗಿರುತ್ತವೆ ಎಂದು ಊಹಿಸಲಾಗಿದೆ. ಮೊದಲನೆಯದಾಗಿ, ಜಿಎಲ್ಎನ್ಎ ಆರ್ಎನ್ಎಗಳು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಸಾರಜನಕ ಚಯಾಪಚಯ ಕ್ರಿಯೆಯಲ್ಲಿ ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ಅನೇಕ ವರ್ಗದ ವಂಶವಾಹಿಗಳ 5 'ಅನುವಾದಿಸದ ಪ್ರದೇಶಗಳಲ್ಲಿ ಕಂಡುಬರುತ್ತವೆ. ಇದು, ಮತ್ತು ಇತರ ಪುರಾವೆಗಳು, ಜಿಎಲ್ಎನ್ಎ ಆರ್ಎನ್ಎಗಳು ರೈಬೋಸ್ವಿಚ್ಗಳು ಎಂದು ಸೂಚಿಸುತ್ತವೆ, ಮತ್ತು ಡೌನ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್-ಪೆಪ್ಟೈಡ್ ಆರ್ಎನ್ಎಗಳಿಗೆ ಅವುಗಳ ರಚನಾತ್ಮಕ ಹೋಲಿಕೆಯು ಡೌನ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್-ಪೆಪ್ಟೈಡ್ ಆರ್ಎನ್ಎಗಳು ಸಹ ರೈಬೋಸ್ವಿಚ್ಗಳಾಗಿವೆ ಎಂದು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ. ಎರಡನೆಯದಾಗಿ, ಒಆರ್ಎಫ್ಗಳ ಜೈವಿಕ ಪಾತ್ರವು ತಿಳಿದಿಲ್ಲದಿದ್ದರೂ, ಕೆಳಭಾಗದ ಒಆರ್ಎಫ್ಗಳನ್ನು ನಿಯಂತ್ರಿಸುವಲ್ಲಿ ಸಿಸ್-ನಿಯಂತ್ರಕ ಪಾತ್ರಕ್ಕೆ ಅನುಗುಣವಾದ ಸ್ಥಳದಲ್ಲಿ ಡೌನ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್-ಪೆಪ್ಟೈಡ್ಗಳನ್ನು ಸ್ಥಿರವಾಗಿ ಇರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಮೂರನೆಯದಾಗಿ, ಸೂಡೋಕ್ನಾಟ್ ರಚನೆಯು ರೈಬೋಸ್ವಿಟ್ಚ್ಗಳ ವಿಶಿಷ್ಟವಾದ ಮಧ್ಯಮ ಸಂಕೀರ್ಣತೆಯನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ. ಅಂತಿಮವಾಗಿ, ಸಾರಜನಕದ ಲಭ್ಯತೆಯಿಂದ ಕೆಳಮುಖದ ಒಆರ್ಎಫ್ನ ನಿಯಂತ್ರಣದ ಅವಲೋಕನವು ಅಂಶದ ಸಿಸ್-ನಿಯಂತ್ರಕ ಪಾತ್ರವನ್ನು ಸಹ ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ. ಈ ಊಹೆಯನ್ನು ಜೀವರಾಸಾಯನಿಕ ಮತ್ತು ಆನುವಂಶಿಕ ದತ್ತಾಂಶಗಳು ಬೆಂಬಲಿಸುತ್ತವೆ. ಮೊದಲನೆಯದಾಗಿ, ಡೌನ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್-ಪೆಪ್ಟೈಡ್ ಆರ್ಎನ್ಎಗಳು ಮತ್ತು ಜಿಎಲ್ಎನ್ಎ ಆರ್ಎನ್ಎಗಳು ಆಯ್ದ ಗ್ಲುಟಮೈನ್ ಅನ್ನು ಬಂಧಿಸುತ್ತವೆ. ಎರಡನೆಯದಾಗಿ, ಡೌನ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್-ಪೆಪ್ಟೈಡ್ ಮೋಟಿಫ್ನ ವರದಿಗಾರ ಜೀನ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು ಈ ಆರ್ಎನ್ಎ ಗ್ಲುಟಮೈನ್ನ ಬಂಧನದ ಮೇಲೆ ವರದಿಗಾರ ಜೀನ್ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯನ್ನು ಉತ್ತೇಜಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಆದ್ದರಿಂದ ಇದನ್ನು ಸಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸುವ ರೈಬೋಸ್ವಿಚ್ ಎಂದು ಪರಿಗಣಿಸಬಹುದು ಎಂದು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸಿತು. ಡೌನ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್-ಪೆಪ್ಟೈಡ್ ಮೋಟಿಫ್ನಿಂದ ನಿಯಂತ್ರಿಸಲ್ಪಡುವ ಸಂಭಾವ್ಯ ಜೀನ್ಗಳು ಆಗಾಗ್ಗೆ ತಮ್ಮ 5 'ಯು. ಟಿ. ಆರ್. ನಲ್ಲಿ ಡೌನ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್-ಪೆಪ್ಟೈಡ್ ಮೋಟಿಫ್ ಅನ್ನು ಒಯ್ಯುತ್ತವೆ ಮತ್ತು ಡಿಯುಎಫ್4278 ಅನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಸಣ್ಣ, ಅಪರಿಚಿತ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳನ್ನು ಎನ್ಕೋಡ್ ಮಾಡುತ್ತವೆ ಮತ್ತು ಗ್ಲುಟಮೈನ್ ಸಿಂಥೆಟೇಸ್ನ ಸಂಭಾವ್ಯ ನಿಯಂತ್ರಕಗಳಾಗಿವೆ. ಡಿಯುಎಫ್4278-ಹೊಂದಿರುವ ಗ್ಲುಟಮೈನ್ ಸಿಂಥೆಟೇಸ್ ಇನ್ಹಿಬಿಟರಿ ಫ್ಯಾಕ್ಟರ್ ಐಎಫ್17 ಎನ್ಕೋಡಿಂಗ್ ಜೀನ್ ಜಿಐಎಫ್ಬಿಯ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯು ರಚನಾತ್ಮಕವಾಗಿ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಜಿಎಲ್ಎನ್ಎ ಆರ್ಎನ್ಎ ಮೋಟಿಫ್ನ ಮೂಲಕ ನಿಯಂತ್ರಿಸಲ್ಪಟ್ಟಿದೆ ಎಂದು ಕಂಡುಹಿಡಿಯುವಿಕೆಯಿಂದ ಈ ಊಹೆಯನ್ನು ಬೆಂಬಲಿಸಲಾಗಿದೆ. ಡೌನ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್-ಪೆಪ್ಟೈಡ್ ಆರ್ಎನ್ಎಗಳು yfr6 ಎಂದು ಕರೆಯಲ್ಪಡುವ ಊಹಿಸಲಾದ ಸಂಕೇತವಲ್ಲದ ಆರ್ಎನ್ಎಯನ್ನು ಅತಿಕ್ರಮಿಸುತ್ತವೆ, ಇದು 200 ಕ್ಕೂ ಹೆಚ್ಚು ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ಗಳ ಉದ್ದವನ್ನು ಹೊಂದಿರುತ್ತದೆ, ಆದರೆ ಅಪ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್ ಪ್ರದೇಶವು (ಡೌನ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್-ಪೆಪ್ಟೈಡ್ ಮೋಟಿಫ್ಗೆ ಅನುಗುಣವಾಗಿರುತ್ತದೆ) ಮಾತ್ರ ಆರ್ಎನ್ಎ ರಚನೆಯಾಗಿ ಕಾರ್ಯನಿರ್ವಹಿಸುತ್ತದೆ ಎಂದು ಪ್ರಸ್ತಾಪಿಸಲಾಗಿದೆ. ವೈ. ಎಫ್. ಆರ್. 14 ಎಂದು ಕರೆಯಲ್ಪಡುವ ಒಂದು ವಿಶಿಷ್ಟ ಊಹಿಸಲಾದ ಸಂಕೇತವಲ್ಲದ ಆರ್. ಎನ್. ಎ. ಯು ವೈ. ಎಫ್. ಆರ್. 6 ಮತ್ತು ಡೌನ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್-ಪೆಪ್ಟೈಡ್ ಆರ್. ಎನ್. ಎ. ಗಳೆರಡನ್ನೂ ಅತಿಕ್ರಮಿಸುತ್ತದೆ. ಆದಾಗ್ಯೂ, ಡೌನ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್-ಪೆಪ್ಟೈಡ್ ರೈಬೋಸ್ವಿಚ್ನ ಈಗ ಸ್ಥಾಪಿತವಾದ ಪಾತ್ರವನ್ನು ಮೀರಿ yfr6 ಅಥವಾ yfr14 ಯಾವುದೇ ಕಾರ್ಯವನ್ನು ಹೊಂದಿದೆಯೇ ಎಂಬುದು ಸ್ಪಷ್ಟವಾಗಿಲ್ಲ. ಉಲ್ಲೇಖಗಳು ಬಾಹ್ಯ ಕೊಂಡಿಗಳು ಸಿಸ್-ನಿಯಂತ್ರಕ ಆರ್ಎನ್ಎ ಅಂಶಗಳು ರೈಬೋಸ್ವಿಚ್