Domain of unknown function
ಡೊಮೇನ್ ಆಫ್ ಅನ್ ನೋನ್ ಫಂಕ್ಷನ್ (ಡಿ. ಯು. ಎಫ್) ಎಂಬುದು ಯಾವುದೇ ವಿಶಿಷ್ಟ ಕಾರ್ಯವನ್ನು ಹೊಂದಿರದ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಡೊಮೇನ್ ಆಗಿದೆ. ಈ ಕುಟುಂಬಗಳನ್ನು ಪಿ. ಎಫ್. ಎ. ಎಂ. ದತ್ತಸಂಚಯದಲ್ಲಿ ಡಿ. ಯು. ಎಫ್. ಪೂರ್ವಪ್ರತ್ಯಯವನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಒಟ್ಟುಗೂಡಿಸಲಾಗಿದೆ, ನಂತರ ಒಂದು ಸಂಖ್ಯೆಯನ್ನು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಉದಾಹರಣೆಗೆ ಡಿ. ಯು. ಎಫ್. 2992 ಮತ್ತು ಡಿ. ಯು. ಎಫ್. 1220. 2019 ರ ಹೊತ್ತಿಗೆ, ಪಿಎಫ್ಎಎಂ ದತ್ತಸಂಚಯದಲ್ಲಿ ಸುಮಾರು 4,000 ಡಿಯುಎಫ್ ಕುಟುಂಬಗಳಿವೆ, ಇದು ಶೇಕಡಾ 22 ಕ್ಕಿಂತ ಹೆಚ್ಚು ಪರಿಚಿತ ಕುಟುಂಬಗಳನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುತ್ತದೆ. ಕೆಲವು ಡಿ. ಯು. ಎಫ್. ಗಳನ್ನು ಜನಪ್ರಿಯ ಬಳಕೆಯ ಕಾರಣದಿಂದಾಗಿ ನಾಮಕರಣವನ್ನು ಬಳಸಿ ಹೆಸರಿಸಲಾಗಿಲ್ಲ ಆದರೆ ಆದಾಗ್ಯೂ ಅವು ಡಿ. ಯು. ಎಫ್. ಗಳಾಗಿವೆ. ಡಿಯುಎಫ್ ಪದನಾಮವು ತಾತ್ಕಾಲಿಕವಾಗಿದೆ, ಮತ್ತು ಅಂತಹ ಕುಟುಂಬಗಳನ್ನು ಒಂದು ಕಾರ್ಯವನ್ನು ಗುರುತಿಸಿದ ನಂತರ ಹೆಚ್ಚು ನಿರ್ದಿಷ್ಟವಾದ ಹೆಸರಿಗೆ ಮರುನಾಮಕರಣ ಮಾಡಲಾಗುತ್ತದೆ (ಅಥವಾ ಅಸ್ತಿತ್ವದಲ್ಲಿರುವ ಡೊಮೇನ್ಗೆ ವಿಲೀನಗೊಳ್ಳುತ್ತದೆ). ಡಿಯುಎಫ್ 1 ಮತ್ತು ಡಿಯುಎಫ್ 2 ಅನ್ನು ಸ್ಮಾರ್ಟ್ ದತ್ತಸಂಚಯಕ್ಕೆ ಸೇರಿಸುವ ಮೂಲಕ ಡಿಯುಎಫ್ ಹೆಸರಿಸುವ ಯೋಜನೆಯನ್ನು ಕ್ರಿಸ್ ಪಾಂಟಿಂಗ್ ಪರಿಚಯಿಸಿದರು. ಈ ಎರಡು ಡೊಮೇನ್ಗಳು ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಸಿಗ್ನಲಿಂಗ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳಲ್ಲಿ ವ್ಯಾಪಕವಾಗಿ ಹರಡಿರುವುದು ಕಂಡುಬಂದಿದೆ. ತರುವಾಯ, ಈ ಡೊಮೇನ್ಗಳ ಕಾರ್ಯಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲಾಯಿತು ಮತ್ತು ನಂತರ ಅವುಗಳನ್ನು ಅನುಕ್ರಮವಾಗಿ ಜಿಜಿಡಿಇಎಫ್ ಡೊಮೇನ್ ಮತ್ತು ಇಎಎಲ್ ಡೊಮೇನ್ ಎಂದು ಮರುನಾಮಕರಣ ಮಾಡಲಾಯಿತು. ರಚನಾತ್ಮಕ ಜೀನೋಮಿಕ್ಸ್ ಕಾರ್ಯಕ್ರಮಗಳು ರಚನೆಯ ನಿರ್ಣಯದ ಮೂಲಕ ಡಿಯುಎಫ್ಗಳ ಕಾರ್ಯವನ್ನು ಅರ್ಥಮಾಡಿಕೊಳ್ಳಲು ಪ್ರಯತ್ನಿಸಿವೆ. 250ಕ್ಕೂ ಹೆಚ್ಚು ಡಿಯುಎಫ್ ಕುಟುಂಬಗಳ ರಚನೆಗಳನ್ನು ಪರಿಹರಿಸಲಾಗಿದೆ. ಈ (2009) ಸಂಶೋಧನೆಯು ಸುಮಾರು ಮೂರನೇ ಎರಡರಷ್ಟು ಡಿಯುಎಫ್ ಕುಟುಂಬಗಳು ಈ ಹಿಂದೆ ಪರಿಹರಿಸಿದ ರಚನೆಯನ್ನು ಹೋಲುವ ರಚನೆಯನ್ನು ಹೊಂದಿದ್ದವು ಮತ್ತು ಆದ್ದರಿಂದ ಅಸ್ತಿತ್ವದಲ್ಲಿರುವ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸೂಪರ್ ಫ್ಯಾಮಿಲಿಗಳ ವಿಭಿನ್ನ ಸದಸ್ಯರಾಗಿರಬಹುದು ಎಂದು ತೋರಿಸಿದೆ, ಆದರೆ ಸುಮಾರು ಮೂರನೇ ಒಂದು ಭಾಗವು ಹೊಸ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಪದರವನ್ನು ಹೊಂದಿತ್ತು. ಕೆಲವು ಡಿಯುಎಫ್ ಕುಟುಂಬಗಳು ವಿಶಿಷ್ಟ ಕಾರ್ಯವನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಡೊಮೇನ್ಗಳೊಂದಿಗೆ ರಿಮೋಟ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಹೋಮೋಲಜಿಯನ್ನು ಹಂಚಿಕೊಳ್ಳುತ್ತವೆ. ಈ ಸಂಬಂಧಗಳನ್ನು ಜೋಡಿಸಲು ಕಂಪ್ಯೂಟೇಶನಲ್ ಕೆಲಸವನ್ನು ಬಳಸಬಹುದು. 2015ರ ಒಂದು ಸಂಶೋಧನೆಯು 20 ಪ್ರತಿಶತದಷ್ಟು ಡಿಯುಎಫ್ಗಳನ್ನು ವಿಶಿಷ್ಟವಾದ ರಚನಾತ್ಮಕ ಸೂಪರ್ ಫ್ಯಾಮಿಲಿಗಳಿಗೆ ನಿಯೋಜಿಸಲು ಸಾಧ್ಯವಾಯಿತು. "ಕ್ಲಾನ್" ಸೂಪರ್ ಫ್ಯಾಮಿಲಿ ನಮೂದುಗಳಲ್ಲಿ ಪಿಫಾಮ್ ನಿರಂತರವಾಗಿ (ಕೈಯಿಂದ-ಪರಿಶೀಲಿಸಿದ) ನಿಯೋಜನೆಯನ್ನು ನಿರ್ವಹಿಸುತ್ತದೆ. ಆವರ್ತನ ಮತ್ತು ಸಂರಕ್ಷಣೆ 2013 ರಲ್ಲಿ ಎಲ್ಲಾ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಡೊಮೇನ್ಗಳಲ್ಲಿ ಶೇಕಡಾ 20 ಕ್ಕಿಂತ ಹೆಚ್ಚು ಡಿಯುಎಫ್ಗಳಾಗಿ ವ್ಯಾಖ್ಯಾನಿಸಲಾಗಿದೆ. ಸುಮಾರು 2,700 ಡಿಯುಎಫ್ಗಳು ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದಲ್ಲಿ ಕಂಡುಬರುತ್ತವೆ, ಯುಕಾರ್ಯೋಟ್ಗಳಲ್ಲಿ ಕೇವಲ 1,500 ಕ್ಕಿಂತ ಹೆಚ್ಚು ಕಂಡುಬರುತ್ತವೆ. ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾ ಮತ್ತು ಯುಕಾರ್ಯೋಟ್ಗಳ ನಡುವೆ 800 ಕ್ಕೂ ಹೆಚ್ಚು ಡಿಯುಎಫ್ಗಳನ್ನು ಹಂಚಿಕೊಳ್ಳಲಾಗುತ್ತದೆ, ಮತ್ತು ಇವುಗಳಲ್ಲಿ ಸುಮಾರು 300 ಆರ್ಕಿಯಾದಲ್ಲಿಯೂ ಇರುತ್ತವೆ. 320 ಡಿಯುಎಫ್ಗಳು ಸೇರಿದಂತೆ ಒಟ್ಟು 2,786 ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಪಿಎಫ್ಎಎಂ ಡೊಮೇನ್ಗಳು ಪ್ರಾಣಿಗಳಲ್ಲಿ ಸಹ ಕಂಡುಬರುತ್ತವೆ. ಜೀವಶಾಸ್ತ್ರದಲ್ಲಿ ಪಾತ್ರ ಅನೇಕ ಡಿಯುಎಫ್ಗಳನ್ನು ಹೆಚ್ಚು ಸಂರಕ್ಷಿಸಲಾಗಿದೆ, ಇದು ಜೀವಶಾಸ್ತ್ರದಲ್ಲಿ ಪ್ರಮುಖ ಪಾತ್ರವನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ. ಆದಾಗ್ಯೂ, ಅಂತಹ ಅನೇಕ ಡಿಯುಎಫ್ಗಳು ಅನಿವಾರ್ಯವಲ್ಲ, ಆದ್ದರಿಂದ ಅವುಗಳ ಜೈವಿಕ ಪಾತ್ರವು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ತಿಳಿದಿಲ್ಲ. ಉದಾಹರಣೆಗೆ, ಹೆಚ್ಚಿನ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾ ಮತ್ತು ಯುಕಾರ್ಯೋಟಿಕ್ ಜೀನೋಮ್ಗಳಲ್ಲಿ DUF143 ಇರುತ್ತದೆ. ಆದಾಗ್ಯೂ, ಎಸ್ಚೆರಿಚಿಯಾ ಕೋಲಿಯಲ್ಲಿ ಇದನ್ನು ಅಳಿಸಿದಾಗ ಯಾವುದೇ ಸ್ಪಷ್ಟ ಫಿನೋಟೈಪ್ ಪತ್ತೆಯಾಗಿಲ್ಲ. ಡಿಯುಎಫ್143 ಅನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳು ಎರಡು ರೈಬೋಸೋಮಲ್ ಉಪಘಟಕಗಳ ಜೋಡಣೆಯನ್ನು ನಿರ್ಬಂಧಿಸುವ ರೈಬೋಸೋಮಲ್ ಸೈಲೆನ್ಸಿಂಗ್ ಅಂಶಗಳಾಗಿವೆ ಎಂದು ನಂತರ ತೋರಿಸಲಾಗಿದೆ. ಈ ಕಾರ್ಯವು ಅನಿವಾರ್ಯವಲ್ಲವಾದರೂ, ಪ್ರೋಟೀನ್ ಜೈವಿಕ ಸಂಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಸ್ಥಗಿತಗೊಳಿಸುವ ಮೂಲಕ ಕಡಿಮೆ ಪೌಷ್ಟಿಕಾಂಶದ ಪರಿಸ್ಥಿತಿಗಳಿಗೆ ಹೊಂದಿಕೊಳ್ಳಲು ಇದು ಜೀವಕೋಶಗಳಿಗೆ ಸಹಾಯ ಮಾಡುತ್ತದೆ. ಇದರ ಪರಿಣಾಮವಾಗಿ, ಜೀವಕೋಶಗಳು ಹಸಿವಿನಿಂದ ಬಳಲುತ್ತಿರುವಾಗ ಮಾತ್ರ ಈ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳು ಮತ್ತು ಡಿಯುಎಫ್ ಪ್ರಸ್ತುತವಾಗುತ್ತವೆ. ಹೀಗಾಗಿ ಅನೇಕ ಡಿಯುಎಫ್ಗಳು (ಅಥವಾ ಅಜ್ಞಾತ ಕಾರ್ಯದ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳು, ಪಿಯುಎಫ್ಗಳು) ಕೆಲವು ಪರಿಸ್ಥಿತಿಗಳಲ್ಲಿ ಮಾತ್ರ ಬೇಕಾಗುತ್ತವೆ ಎಂದು ನಂಬಲಾಗಿದೆ. ಎಸೆನ್ಷಿಯಲ್ ಡಿ. ಯು. ಎಫ್. ಗಳು ಗುಡೇಕರ್ ಮತ್ತು ಇತರರು. 355 ಅಗತ್ಯ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳಲ್ಲಿ (16 ಮಾದರಿ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಪ್ರಭೇದಗಳಲ್ಲಿ) 238 ಡಿಯುಎಫ್ಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲಾಗಿದೆ, ಇವುಗಳಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚಿನವು ಏಕ-ಡೊಮೇನ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುತ್ತವೆ, ಇದು ಡಿಯುಎಫ್ಗಳ ಜೈವಿಕ ಅವಶ್ಯಕತೆಯನ್ನು ಸ್ಪಷ್ಟವಾಗಿ ಸ್ಥಾಪಿಸುತ್ತದೆ. ಈ ಡಿ. ಯು. ಎಫ್. ಗಳನ್ನು "ಅಗತ್ಯ ಡಿ. ಯು. ಎಫ್. ಗಳು" ಅಥವಾ ಇ. ಡಿ. ಯು. ಎಫ್. ಗಳು ಎಂದು ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ. ಬಾಹ್ಯ ಕೊಂಡಿಗಳು ಡಿಯುಎಫ್ ಕುಟುಂಬಗಳು ಸೇರಿದಂತೆ ಡಿ ಅಕ್ಷರದಿಂದ ಪ್ರಾರಂಭವಾಗುವ ಪ್ಫಾಮ್ ಕುಟುಂಬಗಳ ಪಟ್ಟಿ