ChIA-PET
ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಇಂಟರಾಕ್ಷನ್ ಅನಾಲಿಸಿಸ್ ಬೈ ಪೇಯರ್ಡ್-ಎಂಡ್ ಟ್ಯಾಗ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ (ಚಿಐಎ-ಪಿಇಟಿ ಅಥವಾ ಚಿಐಎ-ಪಿಇಟಿಎಸ್) ಎಂಬುದು ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಇಮ್ಯುನೊಪ್ರೆಸಿಪಿಟೇಶನ್ (ಚಿಐಪಿ) ಆಧಾರಿತ ಪುಷ್ಟೀಕರಣ, ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಸಾಮೀಪ್ಯ ಬಂಧನ, ಪೇಯರ್ಡ್-ಎಂಡ್ ಟ್ಯಾಗ್ಗಳು ಮತ್ತು ಹೈ-ಥ್ರೂಪುಟ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ಅನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ಒಂದು ತಂತ್ರವಾಗಿದೆ. ನಿಯಂತ್ರಕ ಅಂಶಗಳು, ಅವಾಹಕಗಳು ಮತ್ತು ಗಡಿ ಅಂಶಗಳು ಮತ್ತು ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಷನ್-ಫ್ಯಾಕ್ಟರ್ ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಸೈಟ್ಗಳು (ಟಿಎಫ್ಬಿಎಸ್) ಮುಂತಾದ ಪ್ರವರ್ತಕರಿಂದ ದೂರವಿರುವ ಪ್ರದೇಶಗಳಿಂದ ಜೀನ್ಗಳನ್ನು ನಿಯಂತ್ರಿಸಬಹುದು. ಆರೋಗ್ಯ ಮತ್ತು ರೋಗದಲ್ಲಿ ಜೀನ್ ನಿಯಂತ್ರಣವನ್ನು ನಿಯಂತ್ರಿಸುವ ಕಾರ್ಯವಿಧಾನಗಳನ್ನು ಅರ್ಥಮಾಡಿಕೊಳ್ಳಲು ನಿಯಂತ್ರಕ ಪ್ರದೇಶಗಳು ಮತ್ತು ಜೀನ್ ಕೋಡಿಂಗ್ ಪ್ರದೇಶಗಳ ನಡುವಿನ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸುವುದು ಅತ್ಯಗತ್ಯವಾಗಿದೆ (ಮ್ಯಾಸ್ಟನ್ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2006). ದೂರ ಮತ್ತು ಸಮೀಪದ ನಿಯಂತ್ರಕ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಷನ್-ಫ್ಯಾಕ್ಟರ್ ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಸೈಟ್ಗಳು ಮತ್ತು ಅವು ಸಂವಹನ ನಡೆಸುವ ಜೀನ್ಗಳ ಪ್ರವರ್ತಕರ ನಡುವಿನ ವಿಶಿಷ್ಟ, ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಚಿಯಾ-ಪಿಇಟಿಯನ್ನು ಬಳಸಬಹುದು. ಜೀವಕೋಶದ ಭೇದ, ಪ್ರಸರಣ ಮತ್ತು ಅಭಿವೃದ್ಧಿಯಂತಹ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಗಳಲ್ಲಿ ಜೀನೋಮ್ ನಿಯಂತ್ರಣದ ಕಾರ್ಯವಿಧಾನಗಳನ್ನು ಬಿಚ್ಚಿಡಲು ಸಹ ಚಿಯಾ-ಪಿಇಟಿಯನ್ನು ಬಳಸಬಹುದು. ಡಿಎನ್ಎ-ಬೈಂಡಿಂಗ್ ನಿಯಂತ್ರಕ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳು ಮತ್ತು ಪ್ರವರ್ತಕ ಪ್ರದೇಶಗಳಿಗಾಗಿ ಚಿಯಾ-ಪಿಇಟಿ ಇಂಟರಾಕ್ಟೋಮ್ ನಕ್ಷೆಗಳನ್ನು ರಚಿಸುವ ಮೂಲಕ, ನಾವು ಚಿಕಿತ್ಸಕ ಮಧ್ಯಸ್ಥಿಕೆಗೆ ವಿಶಿಷ್ಟ ಗುರಿಗಳನ್ನು ಉತ್ತಮವಾಗಿ ಗುರುತಿಸಬಹುದು (ಫುಲ್ವುಡ್ ಮತ್ತು ಯಿಜುನ್, 2009). ಚಿಐಎ-ಪಿಇಟಿ ವಿಧಾನವು ಎರಡೂ ವಿಧಾನಗಳ ಸಾಮರ್ಥ್ಯಗಳನ್ನು ವಿಸ್ತರಿಸಲು ಚಿಐಪಿ-ಆಧಾರಿತ ವಿಧಾನಗಳು ಮತ್ತು ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್ ಕಾನ್ಫರ್ಮೇಷನ್ ಕ್ಯಾಪ್ಚರ್ (3ಸಿ) ಆಧಾರಿತ ವಿಧಾನಗಳನ್ನು ಸಂಯೋಜಿಸುತ್ತದೆ. ಚಿಐಪಿ-ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ (ಚಿಐಪಿ-ಸೆಕ್) ಟಿಎಫ್ಬಿಎಸ್ ಅನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಬಳಸುವ ಜನಪ್ರಿಯ ವಿಧಾನವಾಗಿದೆ, ಆದರೆ 3ಸಿ ಅನ್ನು ದೀರ್ಘ-ಶ್ರೇಣಿಯ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಸ್ವತಂತ್ರವಾಗಿ, ಎರಡೂ ಜೀನೋಮ್ ವ್ಯಾಪಕವಾದ ಡಿ-ನೊವೊ ದೀರ್ಘ-ಶ್ರೇಣಿಯ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸುವಲ್ಲಿ ಮಿತಿಗಳಿಂದ ಬಳಲುತ್ತವೆ. ಚಿಐಪಿ-ಸೆಕ್ ಟಿಎಫ್ಬಿಎಸ್ ಜೀನೋಮ್-ವೈಡ್ ಅನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಸಾಧ್ಯವಾದರೂ, ಇದು ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್ಗಳ ಉದ್ದಕ್ಕೂ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಸೈಟ್ಗಳ ರೇಖೀಯ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಮಾತ್ರ ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ (ಆದರೆ ಅವುಗಳ ನಡುವಿನ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳಲ್ಲ), ಮತ್ತು ಹೆಚ್ಚಿನ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಹಿನ್ನೆಲೆ ಶಬ್ದದಿಂದ (ಸುಳ್ಳು ಧನಾತ್ಮಕ) ಬಳಲುತ್ತದೆ. 3ಸಿ ರೇಖಾತ್ಮಕವಲ್ಲದ, ದೀರ್ಘ-ಶ್ರೇಣಿಯ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸುವ ಸಾಮರ್ಥ್ಯವನ್ನು ಹೊಂದಿದ್ದರೂ, ಇದನ್ನು ಜೀನೋಮ್ ವ್ಯಾಪಕವಾಗಿ ಬಳಸಲಾಗುವುದಿಲ್ಲ ಮತ್ತು ಚಿಪ್-ಸೆಕ್ನಂತೆ, ಹೆಚ್ಚಿನ ಮಟ್ಟದ ಹಿನ್ನೆಲೆ ಶಬ್ದದಿಂದ ಬಳಲುತ್ತದೆ. ಸಂವಹನ ಪ್ರದೇಶಗಳ ನಡುವಿನ ಅಂತರಕ್ಕೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದಂತೆ ಶಬ್ದವು ಹೆಚ್ಚಾಗುವುದರಿಂದ (ಗರಿಷ್ಠ 100 ಕೆಬಿ), ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳ ನಿಖರವಾದ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳಿಗೆ ಶ್ರಮದಾಯಕ ಮತ್ತು ಬೇಸರದ ನಿಯಂತ್ರಣಗಳು ಬೇಕಾಗುತ್ತವೆ. ಲೋಕಸ್-ಸ್ಪೆಸಿಫಿಕ್ ಇಂಟರಾಕ್ಷನ್ ಪ್ರೊಫೈಲಿಂಗ್ ವಿಧಾನವಾದ 3ಸಿಗಿಂತ ಭಿನ್ನವಾಗಿ, ಜೀನೋಮ್-ವೈಡ್ ಇಂಟರಾಕ್ಷನ್ಗಳನ್ನು ಪ್ರೊಫೈಲ್ ಮಾಡಲು ಹೈ-ಸಿಯಂತಹ ಪರ್ಯಾಯ ವಿಧಾನಗಳನ್ನು ಸ್ಥಾಪಿಸಲಾಗಿದೆ. ಟಿಎಫ್ಬಿಎಸ್ ಮತ್ತು ದೀರ್ಘ ವ್ಯಾಪ್ತಿಯ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳೆರಡಕ್ಕೂ ಸಂಪೂರ್ಣ ಜೀನೋಮ್ ಪ್ರೊಫೈಲಿಂಗ್ ವಿಧಾನಗಳ ಹೊರತಾಗಿಯೂ, ಚಿಯಾ-ಪಿಇಟಿ ವಿಧಾನದೊಂದಿಗೆ ವಿಧಾನಗಳನ್ನು ಸಂಯೋಜಿಸುವುದರಿಂದ ಆಸಕ್ತಿಯ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಬಂಧಿಸಲ್ಪಟ್ಟಿರುವ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಪ್ರದೇಶಗಳನ್ನು ಮತ್ತು ಅದು ಸಂವಹನ ನಡೆಸುವ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಪ್ರದೇಶವನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ. ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಸಂವಹನ ಸಂಕೀರ್ಣಗಳಿಂದ ಯಾದೃಚ್ಛಿಕ ಲಗತ್ತುಗಳನ್ನು ಪ್ರತ್ಯೇಕಿಸುವ ಸಲುವಾಗಿ ಚಿಐಪಿ ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಧ್ವನಿಮುದ್ರಿಸುವ ಮೂಲಕ ಚಿಐಪಿ-ಸೆಕ್ನಲ್ಲಿ ಕಂಡುಬರುವ ನಿರ್ದಿಷ್ಟವಲ್ಲದ ಸಂವಹನ ಶಬ್ದದ ಸಮಸ್ಯೆಗಳನ್ನು ಚಿಐಪಿ-ಪಿಇಟಿ ವಿಧಾನವು ಯಶಸ್ವಿಯಾಗಿ ಪರಿಹರಿಸುತ್ತದೆ. ಪುಷ್ಟೀಕರಣ ಎಂದು ಕರೆಯಲಾಗುವ ಮುಂದಿನ ಹಂತವು ಜೀನೋಮ್-ವೈಡ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯ ಸಂಕೀರ್ಣತೆಯನ್ನು ಕಡಿಮೆ ಮಾಡುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಪೂರ್ವನಿರ್ಧರಿತ ಟಿಎಫ್ಗಳಿಂದ (ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಅಂಶಗಳು) ಬಂಧಿಸಲ್ಪಟ್ಟಿರುವ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳಿಗೆ ನಿರ್ದಿಷ್ಟತೆಯನ್ನು ಸೇರಿಸುತ್ತದೆ. ದೀರ್ಘ-ಶ್ರೇಣಿಯ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸುವ 3ಸಿ ವಿಧಾನಗಳ ಸಾಮರ್ಥ್ಯವು ಸಾಮೀಪ್ಯದ ಬಂಧನದ ಸಿದ್ಧಾಂತವನ್ನು ಆಧರಿಸಿದೆ. ಡಿಎನ್ಎ ಅಂತರ-ಬಂಧನಕ್ಕೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದಂತೆ, ಸಾಮಾನ್ಯ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸಂಕೀರ್ಣಗಳಿಂದ ಕಟ್ಟಿಹಾಕಲ್ಪಟ್ಟ ತುಣುಕುಗಳು ದ್ರಾವಣದಲ್ಲಿ ಮುಕ್ತವಾಗಿ ಹರಡುವ ಅಥವಾ ವಿವಿಧ ಸಂಕೀರ್ಣಗಳಲ್ಲಿ ಲಂಗರು ಹಾಕಿದ ತುಣುಕುಗಳಿಗಿಂತ ದುರ್ಬಲ ಪರಿಸ್ಥಿತಿಗಳಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ಚಲನಶೀಲ ಪ್ರಯೋಜನಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿವೆ. ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸಂಕೀರ್ಣಗಳಿಗೆ ಜೋಡಿಸಲಾದ ಡಿಎನ್ಎ ತುಣುಕುಗಳ ಮುಕ್ತ ತುದಿಗಳಲ್ಲಿ ಲಿಂಕರ್ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಸೇರಿಸುವ ಮೂಲಕ ಚಿಯಾ-ಪಿಇಟಿ ಈ ಪರಿಕಲ್ಪನೆಯ ಲಾಭವನ್ನು ಪಡೆಯುತ್ತದೆ. ನಿಯಂತ್ರಕ ಸಂಕೀರ್ಣಗಳಿಂದ ಕಟ್ಟಿಹಾಕಲಾದ ತುಣುಕುಗಳ ಸಂಪರ್ಕವನ್ನು ನಿರ್ಮಿಸುವ ಸಲುವಾಗಿ, ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯರ್ ಸಾಮೀಪ್ಯ ಬಂಧನದ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಲಿಂಕರ್ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಜೋಡಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಆದ್ದರಿಂದ, ಲಿಂಕರ್-ಸಂಪರ್ಕಿತ ಬಂಧನದ ಉತ್ಪನ್ನಗಳನ್ನು ಅಲ್ಟ್ರಾ-ಹೈ-ಥ್ರೋಪುಟ್ ಪಿಇಟಿ ಅನುಕ್ರಮದಿಂದ ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಬಹುದು ಮತ್ತು ಉಲ್ಲೇಖ ಜೀನೋಮ್ಗೆ ಮ್ಯಾಪ್ ಮಾಡಬಹುದು. 3ಸಿ ಮತ್ತು 4ಸಿ ಪತ್ತೆಗಾಗಿ ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ತಾಣಗಳ ಮೇಲೆ ಚಿಯಾ-ಪಿಇಟಿ ಅವಲಂಬಿತವಾಗಿಲ್ಲವಾದ್ದರಿಂದ, ಇದು ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳ ಪಕ್ಷಪಾತವಿಲ್ಲದ, ಜೀನೋಮ್-ವೈಡ್ ಡಿ-ನೊವೊ ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲು ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ. ಹೈ-ಸಿ ಗೆ ಹೋಲಿಸಿದರೆ, ಪ್ರತಿಕಾಯ ಪುಲ್ಡೌನ್ ಬಳಕೆಯು ಅನುಕ್ರಮ ತುಣುಕುಗಳ ಸಂಖ್ಯೆಯನ್ನು ಆಸಕ್ತಿಯ ಪ್ರೋಟೀನ್ನಿಂದ ಬಂಧಿಸಲ್ಪಟ್ಟ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳಿಗೆ ಸೀಮಿತಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ, ಇದು ದತ್ತಾಂಶ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಸಹ ಸುಲಭಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ. ಕೆಲಸದ ಹರಿವಿನ ವೆಟ್-ಲ್ಯಾಬ್ ಭಾಗ-ಡಿಎನ್ಎ-ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸಂಕೀರ್ಣಗಳನ್ನು ಅಡ್ಡ-ಸಂಪರ್ಕಿಸಲು ಫಾರ್ಮಾಲ್ಡಿಹೈಡ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಕ್ರೊಮ್ಯಾಟಿನ್ ಅನ್ನು ಒಡೆಯಲು ಮತ್ತು ನಿರ್ದಿಷ್ಟವಲ್ಲದ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಕಡಿಮೆ ಮಾಡಲು ಸೋನಿಕೇಶನ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಆಯ್ಕೆಯ ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಪ್ರತಿಕಾಯವನ್ನು ಪ್ರೋಟಿನ್-ಆಫ್-ಇಂಟರೆಸ್ಟ್-ಬೌಂಡ್ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಉತ್ಕೃಷ್ಟಗೊಳಿಸಲು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಪ್ರತಿಕಾಯದಿಂದ ಬಂಧಿಸಲ್ಪಟ್ಟ ಚಿಐಪಿ ವಸ್ತುವನ್ನು ಚಿಐಎ-ಪಿಇಟಿಯನ್ನು ನಿರ್ಮಿಸಲು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಚಿತ್ರ 1. ಸಮೀಪದಲ್ಲಿರುವ ಎಂಎಂಇಐ ತಾಣಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಬಯೋಟಿನೈಲೇಟೆಡ್ ಒಲಿಗೋನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಅರ್ಧ-ಸಂಪರ್ಕಕಗಳನ್ನು ಸಾಮೀಪ್ಯದ ಲೇಪಿತ ಡಿಎನ್ಎ ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಸಂಪರ್ಕಿಸಲು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಎರಡು ಲಿಂಕರ್ ಅನುಕ್ರಮಗಳಲ್ಲಿ ಪ್ರತಿಯೊಂದಕ್ಕೂ ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಬಾರ್ಕೋಡ್ಗಳೊಂದಿಗೆ (ಸಿಜಿ ಅಥವಾ ಎಟಿ) ಎರಡು ವಿಭಿನ್ನ ಲಿಂಕರ್ಗಳನ್ನು ವಿನ್ಯಾಸಗೊಳಿಸಲಾಗಿದೆ (ಇದು ಚಿತ್ರ 5 ರಲ್ಲಿ ವಿವರಿಸಿದಂತೆ ಚಿಮೆರಿಕ್ ಬಂಧನ ಉತ್ಪನ್ನವನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ.). ಚಿತ್ರ 2. ಲಿಂಕರ್ಗಳನ್ನು ಕಟ್ಟಿಹಾಕಿದ ಡಿಎನ್ಎ ತುಣುಕುಗಳಿಗೆ ಜೋಡಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಚಿತ್ರ 3. ಲಿಂಕರ್ ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ದುರ್ಬಲ ಪರಿಸ್ಥಿತಿಗಳಲ್ಲಿ ಚಿಐಪಿ ಮಣಿಗಳ ಮೇಲೆ ಜೋಡಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಶುದ್ಧೀಕರಿಸಿದ ಡಿಎನ್ಎಯನ್ನು ನಂತರ ಎಂಎಂಇಐ ಜೀರ್ಣಿಸಿಕೊಳ್ಳುತ್ತದೆ, ಇದು ಟ್ಯಾಗ್-ಲಿಂಕರ್-ಟ್ಯಾಗ್ ರಚನೆಯನ್ನು ಬಿಡುಗಡೆ ಮಾಡಲು ಅದರ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆಯ ಸ್ಥಳದಿಂದ ಸ್ವಲ್ಪ ದೂರದಲ್ಲಿದೆ. ಚಿತ್ರ 4. ಬಯೋಟಿನೈಲೇಟೆಡ್ ಪಿಇಟಿಗಳನ್ನು ನಂತರ ಸ್ಟ್ರೆಪ್ಟಾವಿಡಿನ್-ಸಂಯೋಜಿತ ಕಾಂತೀಯ ಮಣಿಗಳ ಮೇಲೆ ನಿಶ್ಚಲಗೊಳಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಚಿತ್ರ 5. ಎಎ (ಸಿಜಿ/ಸಿಜಿ) ಮತ್ತು ಬಿಬಿ (ಎಟಿ/ಎಟಿ) ಲಿಂಕರ್ ಬಾರ್ಕೋಡ್ ಸಂಯೋಜನೆಯೊಂದಿಗೆ ಪಿಇಟಿ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಸಂಭಾವ್ಯ ಇಂಟ್ರಾ-ಕಾಂಪ್ಲೆಕ್ಸ್ ಬಂಧನ ಉತ್ಪನ್ನಗಳೆಂದು ಪರಿಗಣಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಆದರೆ ಎಬಿ (ಸಿಜಿ/ಎಟಿ) ಲಿಂಕರ್ ಸಂಯೋಜನೆಯೊಂದಿಗೆ ಪಿಇಟಿ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ವಿವಿಧ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಸಂಕೀರ್ಣಗಳಲ್ಲಿ ಸುತ್ತುವರಿದ ಡಿಎನ್ಎ ತುಣುಕುಗಳ ನಡುವಿನ ಚಿಮೆರಿಕ್ ಬಂಧನ ಉತ್ಪನ್ನಗಳಿಂದ ಪಡೆಯಲಾಗಿದೆ ಎಂದು ಪರಿಗಣಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ವರ್ಕ್ಫ್ಲೋದ ಡ್ರೈ-ಲ್ಯಾಬ್ ಭಾಗಃ ಪಿಇಟಿ ಹೊರತೆಗೆಯುವಿಕೆ, ಮ್ಯಾಪಿಂಗ್ ಮತ್ತು ಸಂಖ್ಯಾಶಾಸ್ತ್ರೀಯ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಳು ಪಿಇಟಿ ಟ್ಯಾಗ್ಗಳನ್ನು ಹೊರತೆಗೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಸಿಲಿಕೊದಲ್ಲಿನ ಮಾನವ ಜೀನೋಮ್ಗೆ ಮ್ಯಾಪ್ ಮಾಡಲಾಗುತ್ತದೆ. ಚಿಐಪಿ ಸಮೃದ್ಧ ಶಿಖರಗಳ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆ (ಬಂಧಿಸುವ ತಾಣಗಳು) ಚಿಐಪಿ ಸಮೃದ್ಧ ತಾಣಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಸ್ವಯಂ-ನಿರ್ಬಂಧಿತ ಪಿಇಟಿಯನ್ನು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ ಏಕೆಂದರೆ ಅವು ಉಲ್ಲೇಖ ಜೀನೋಮ್ಗೆ ಅತ್ಯಂತ ವಿಶ್ವಾಸಾರ್ಹ ಮ್ಯಾಪಿಂಗ್ ಅನ್ನು (20 + 20 ಬಿಟ್/ಸೆ) ಒದಗಿಸುತ್ತವೆ. ಚಿಐಪಿ ಪುಷ್ಟೀಕರಣ ಪೀಕ್-ಫೈಂಡಿಂಗ್ ಅಲ್ಗಾರಿದಮ್ ಎ ಎಂದು ಕರೆಯಲ್ಪಡುವ ಪೀಕ್ ಅನ್ನು ಅನೇಕ ಅತಿಕ್ರಮಿಸುವ ಸ್ವಯಂ-ಸೀಮಿತ ಪಿಇಟಿಗಳಿದ್ದರೆ ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಸೈಟ್ ಎಂದು ಪರಿಗಣಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಪಿಇಟಿ-ಪಡೆದ ವರ್ಚುವಲ್ ಡಿಎನ್ಎ ಅತಿಕ್ರಮಣಗಳ ಯಾದೃಚ್ಛಿಕ ಹಿನ್ನೆಲೆ ಮತ್ತು ಅಂದಾಜು ಹಿನ್ನೆಲೆ ಶಬ್ದವನ್ನು ಅಂದಾಜು ಮಾಡಲು ಅಂಕಿಅಂಶಗಳ ಸಿಮ್ಯುಲೇಶನ್ಗಳನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಫಾಲ್ಸ್ ಡಿಸ್ಕವರಿ ರೇಟ್ (ಎಫ್ಡಿಆರ್) ಅನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಪುನರಾವರ್ತಿತ ಡಿಎನ್ಎಯ ಫಿಲ್ಟರಿಂಗ್ (ನಿರ್ದಿಷ್ಟವಲ್ಲದ ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಮೇಲೆ ಪರಿಣಾಮ ಬೀರುತ್ತದೆ) ಉಪಗ್ರಹ ಪ್ರದೇಶಗಳು ಮತ್ತು ತೀವ್ರವಾದ ರಚನಾತ್ಮಕ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಪ್ರದೇಶಗಳಲ್ಲಿ ಇರುವ ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಸೈಟ್ಗಳನ್ನು ತೆಗೆದುಹಾಕಲಾಗುತ್ತದೆ. ಚಿಐಪಿ ಪುಷ್ಟೀಕರಣ ಎಣಿಕೆ ಪ್ರತಿ ತಾಣದಲ್ಲಿ ಸ್ವಯಂ-ಬಂಧನ ಮತ್ತು ಅಂತರ-ಬಂಧನ ಪಿಇಟಿಗಳ ಸಂಖ್ಯೆಯನ್ನು (+ 250 ಬಿಪಿ ವಿಂಡೋದೊಳಗೆ) ವರದಿ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ. ಒಂದು ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಸ್ಥಳದಲ್ಲಿ ಸ್ವಯಂ-ನಿರ್ಬಂಧಿತ ಮತ್ತು ಅಂತರ-ನಿರ್ಬಂಧಿತ ಪಿಇಟಿಗಳ ಒಟ್ಟು ಸಂಖ್ಯೆಯನ್ನು ಚಿಪ್ ಪುಷ್ಟೀಕರಣ ಎಣಿಕೆ ಎಂದು ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ. ಚಿತ್ರ 6. ಪಿಇಟಿ ವರ್ಗೀಕರಣಃ ವಿಶಿಷ್ಟವಾಗಿ ಜೋಡಿಸಲಾದ ಪಿಇಟಿ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಒಂದು ಡಿಎನ್ಎ ತುಣುಕು ಅಥವಾ ಎರಡು ಡಿಎನ್ಎ ತುಣುಕುಗಳಿಂದ ಪಡೆಯಲಾಗಿದೆಯೇ ಎಂಬುದರ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ವರ್ಗೀಕರಿಸಬಹುದು. ಸ್ವಯಂ-ಬಂಧನ ಪಿಇಟಿಗಳು ಪಿಇಟಿಯ ಎರಡು ಟ್ಯಾಗ್ಗಳನ್ನು ಒಂದೇ ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್ನಲ್ಲಿ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಸ್ಪ್ಯಾನ್ನೊಂದಿಗೆ ಚಿಪ್ ಡಿಎನ್ಎ ತುಣುಕುಗಳ ವ್ಯಾಪ್ತಿಯಲ್ಲಿ (3 ಕೆಬಿಗಿಂತ ಕಡಿಮೆ), ನಿರೀಕ್ಷಿತ ಸ್ವಯಂ-ಬಂಧನ ದೃಷ್ಟಿಕೋನದೊಂದಿಗೆ ಮತ್ತು ಒಂದೇ ಸ್ಟ್ರಾಂಡ್ನೊಂದಿಗೆ ಮ್ಯಾಪ್ ಮಾಡಿದರೆ, ಅವುಗಳನ್ನು ಒಂದೇ ಚಿಪ್ ಡಿಎನ್ಎ ತುಣುಕಿನ ಸ್ವಯಂ-ಬಂಧನದಿಂದ ಪಡೆಯಲಾಗಿದೆ ಎಂದು ಪರಿಗಣಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಸ್ವಯಂ-ಬಂಧನ ಪಿಇಟಿ ಎಂದು ಪರಿಗಣಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಅಂತರ-ಬಂಧನ ಪಿಇಟಿಗಳು ಪಿಇಟಿ ಈ ಮಾನದಂಡಗಳಿಗೆ ಸರಿಹೊಂದದಿದ್ದರೆ, ಪಿಇಟಿ ಬಹುಶಃ ಎರಡು ಡಿಎನ್ಎ ತುಣುಕುಗಳ ನಡುವಿನ ಬಂಧನ ಉತ್ಪನ್ನದಿಂದ ಉಂಟಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಇದನ್ನು ಅಂತರ-ಬಂಧನ ಪಿಇಟಿ ಎಂದು ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ. ಅಂತರ-ಬಂಧನ ಪಿಇಟಿಗಳ ಎರಡು ಟ್ಯಾಗ್ಗಳು ಸ್ಥಿರ ಟ್ಯಾಗ್ ದೃಷ್ಟಿಕೋನಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವುದಿಲ್ಲ, ಒಂದೇ ಎಳೆಗಳಲ್ಲಿ ಕಂಡುಬರದಿರಬಹುದು, ಯಾವುದೇ ಜೀನೋಮಿಕ್ ವ್ಯಾಪ್ತಿಯನ್ನು ಹೊಂದಿರಬಹುದು ಮತ್ತು ಒಂದೇ ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್ಗೆ ನಕ್ಷೆ ಮಾಡದಿರಬಹುದು. ಇಂಟ್ರಾಕ್ರೋಮೋಸೋಮಲ್ ಇಂಟರ್-ಲೈಗೇಷನ್ ಪಿಇಟಿಗಳು ಇಂಟ್ರಾಕ್ರೋಮೋಸೋಮಲ್ ಇಂಟರ್-ಲೈಗೇಷನ್ ಪಿಇಟಿಗಳ ಎರಡು ಟ್ಯಾಗ್ಗಳನ್ನು ಒಂದೇ ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್ನಲ್ಲಿ ಮ್ಯಾಪ್ ಮಾಡಿದರೆ ಆದರೆ ಯಾವುದೇ ದೃಷ್ಟಿಕೋನದಲ್ಲಿ 3 ಕೆಬಿಗಿಂತ ಹೆಚ್ಚಿನ ಸ್ಪ್ಯಾನ್ ಇದ್ದರೆ, ಈ ಪಿಇಟಿಗಳನ್ನು ಇಂಟ್ರಾಕ್ರೋಮೋಸೋಮಲ್ ಇಂಟರ್-ಲೈಗೇಷನ್ ಪಿಇಟಿಗಳು ಎಂದು ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ. ವಿವಿಧ ವರ್ಣತಂತುಗಳಿಗೆ ಮ್ಯಾಪ್ ಮಾಡಲಾದ ಇಂಟರ್ಕ್ರೋಮೋಸೋಮಲ್ ಇಂಟರ್-ಬಂಧನ ಪಿಇಟಿಗಳನ್ನು ಇಂಟರ್ಕ್ರೋಮೋಸೋಮಲ್ ಇಂಟರ್-ಬಂಧನ ಪಿಇಟಿಗಳು ಎಂದು ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ. ಚಿತ್ರ 7. ದೂರದ ನಿಯಂತ್ರಕ ಅಂಶಗಳು ಗುರಿ ವಂಶವಾಹಿಗಳ ಪ್ರವರ್ತಕ ಪ್ರದೇಶಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡ ದೀರ್ಘ-ಶ್ರೇಣಿಯ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಹೇಗೆ ಪ್ರಾರಂಭಿಸಬಹುದು ಎಂಬುದನ್ನು ತೋರಿಸುವ ಪ್ರಸ್ತಾವಿತ ಕಾರ್ಯವಿಧಾನ. ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳು ಆಂಕರಿಂಗ್ ಕೇಂದ್ರದಲ್ಲಿ ಅನೇಕ ಟಿಎಫ್ಬಿಎಸ್ಗಳೊಂದಿಗೆ ಡಿಎನ್ಎ ಲೂಪ್ ರಚನೆಗಳನ್ನು ರೂಪಿಸುತ್ತವೆ. ಸಣ್ಣ ಲೂಪ್ಗಳು ಬಿಗಿಯಾದ ಉಪ-ವಿಭಾಗದಲ್ಲಿ ಲಂಗರು ಹಾಕುವ ಕೇಂದ್ರದ ಬಳಿ ಜೀನ್ಗಳನ್ನು ಪ್ಯಾಕೇಜ್ ಮಾಡಬಹುದು, ಇದು ವರ್ಧಿತ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಸಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸುವಿಕೆಗಾಗಿ ನಿಯಂತ್ರಕ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳ ಸ್ಥಳೀಯ ಸಾಂದ್ರತೆಯನ್ನು ಹೆಚ್ಚಿಸುತ್ತದೆ. ಈ ಕಾರ್ಯವಿಧಾನವು ಪ್ರತಿಲೇಖನ ದಕ್ಷತೆಯನ್ನು ಹೆಚ್ಚಿಸಬಹುದು, ಇದು ಆರ್ಎನ್ಎ ಪೋಲ್ II ಗೆ ಬಿಗಿಯಾದ ವೃತ್ತಾಕಾರದ ಜೀನ್ ಟೆಂಪ್ಲೆಟ್ಗಳನ್ನು ಸೈಕಲ್ ಮಾಡಲು ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ. ದೊಡ್ಡ ಇಂಟರಾಕ್ಷನ್ ಲೂಪ್ಗಳು ಸಂಘಟಿತ ನಿಯಂತ್ರಣಕ್ಕಾಗಿ ಆಂಕರ್ ಸೈಟ್ಗಳ ಬಳಿ ವಾಸಿಸುವ ಲೂಪ್ನ ಎರಡೂ ತುದಿಯಲ್ಲಿ ದೂರದ ಜೀನ್ಗಳನ್ನು ಒಟ್ಟಿಗೆ ಜೋಡಿಸುವ ಸಾಧ್ಯತೆಯಿದೆ, ಅಥವಾ ಅವುಗಳ ಸಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸುವಿಕೆಯನ್ನು ತಡೆಯಲು ದೀರ್ಘ ಲೂಪ್ಗಳಲ್ಲಿ ಜೀನ್ಗಳನ್ನು ಪ್ರತ್ಯೇಕಿಸಬಹುದು. ಫುಲ್ವುಡ್ ಮತ್ತು ಇತರರಿಂದ ಅಳವಡಿಸಲಾಗಿದೆ. (2009). ಚಿಯಾ-ಪಿಇಟಿ ವಿಧಾನದ ಸಾಮರ್ಥ್ಯಗಳು ಮತ್ತು ದೌರ್ಬಲ್ಯಗಳು ಚಿಯಾ-ಪಿಇಟಿ ದೀರ್ಘ-ಶ್ರೇಣಿಯ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಪರಸ್ಪರ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಾಗಿ ಪಕ್ಷಪಾತವಿಲ್ಲದ, ಸಂಪೂರ್ಣ-ಜೀನೋಮ್ ಮತ್ತು ಡಿ-ನೊವೊ ವಿಧಾನವಾಗುವ ಸಾಮರ್ಥ್ಯವನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ (ಫುಲ್ವುಡ್ ಮತ್ತು ಯಿಜುನ್, 2009). ಚಿಯಾ-ಪಿಇಟಿ ಪ್ರಯೋಗವು ಎರಡು ಜಾಗತಿಕ ದತ್ತಾಂಶಗಳನ್ನು ಒದಗಿಸುವ ಸಾಮರ್ಥ್ಯವನ್ನು ಹೊಂದಿದೆಃ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಫ್ಯಾಕ್ಟರ್ ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಸೈಟ್ಗಳು (ಸ್ವಯಂ-ಸೀಮಿತ ಪಿಇಟಿಗಳು); ಮತ್ತು ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಸೈಟ್ಗಳ ನಡುವಿನ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳು (ಅಂತರ-ಸೀಮಿತ ಪಿಇಟಿಗಳು). ಚಿಯಾ-ಪಿಇಟಿ ಜೀನೋಮ್-ವೈಡ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯ ಸಂಕೀರ್ಣತೆಯನ್ನು ಕಡಿಮೆ ಮಾಡಲು ಚಿಐಪಿಯನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಆಸಕ್ತಿಯ ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಅಂಶಗಳಿಂದ ಬಂಧಿಸಲ್ಪಟ್ಟಿರುವ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳಿಗೆ ನಿರ್ದಿಷ್ಟತೆಯನ್ನು ಸೇರಿಸುತ್ತದೆ. ಚಿಯಾ-ಪಿಇಟಿ ಟ್ಯಾಗ್ ಆಧಾರಿತ ಮುಂದಿನ ಪೀಳಿಗೆಯ ಅನುಕ್ರಮ ವಿಧಾನಗಳಾದ ರೋಚೆ 454 ಪೈರೋಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್, ಇಲ್ಯೂಮಿನಾ ಜಿಎ, ಎಬಿಐ ಸೋಲ್ಡ್ ಮತ್ತು ಹೆಲಿಕೋಸ್ಗಳೊಂದಿಗೆ ಹೊಂದಿಕೊಳ್ಳುತ್ತದೆ. ಚಿಐಎ-ಪಿಇಟಿ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ನಿಯಂತ್ರಣ ಅಥವಾ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ರಚನಾತ್ಮಕ ರಚನೆಯಲ್ಲಿ ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ಅನೇಕ ವಿಭಿನ್ನ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅಂಶಗಳಿಗೆ ಅನ್ವಯಿಸುತ್ತದೆ. ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಪರಮಾಣು ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಯಲ್ಲಿ ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳಿಗೆ ಚಿಯಾ-ಪಿಇಟಿ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಅನ್ವಯಿಸಬಹುದು. ಆರ್ಎನ್ಎ ಪಾಲಿಮರೇಸ್ II ನಂತಹ ಸಾಮಾನ್ಯ ಟಿಎಫ್ಗಳನ್ನು ಬಳಸುವ ಮೂಲಕ, ಪ್ರತಿಲೇಖನ ನಿಯಂತ್ರಣದಲ್ಲಿ ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ಎಲ್ಲಾ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಸಾಧ್ಯವಿದೆ. ಇದಲ್ಲದೆ, ಡಿಎನ್ಎ ಪ್ರತಿಕೃತಿ ಅಥವಾ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ರಚನೆಯಲ್ಲಿ ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅಂಶಗಳ ಬಳಕೆಯು ಡಿಎನ್ಎ ಪ್ರತಿಕೃತಿ ಮತ್ತು ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ರಚನಾತ್ಮಕ ಮಾರ್ಪಾಡಿನಿಂದಾಗಿ ಎಲ್ಲಾ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ (ಫುಲ್ವುಡ್ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2009). ದೌರ್ಬಲ್ಯಗಳು ಸಿಸ್ ಮತ್ತು ಟ್ರಾನ್ಸ್-ರೆಗ್ಯುಲೇಟರಿ ಸಂಕೀರ್ಣಗಳು ಜೀವಕೋಶ ಮತ್ತು ಅಂಗಾಂಶಗಳ ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಪರಿಸ್ಥಿತಿಗಳ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳ ವಿಶಿಷ್ಟ ಸಂಯೋಜನೆಯನ್ನು ಹೊಂದಿರುತ್ತವೆ ಎಂಬುದು ಸುಸ್ಥಾಪಿತವಾಗಿದೆ (ಡೆಕ್ಕರ್ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2006). ಏಕ, ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಟಿಎಫ್ಬಿಎಸ್ ಅನ್ನು ಗುರುತಿಸುವುದು ಗಮನಾರ್ಹ ಪ್ರಗತಿಯಾಗಿದ್ದರೂ, ಸಂಕೀರ್ಣದಲ್ಲಿ ಪ್ರತ್ಯೇಕ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಚಿಯಾ-ಪಿಇಟಿಯ ಬಳಕೆಗೆ ಊಹೆಯ ಕೆಲಸ ಮತ್ತು ಪ್ರತಿ ಪರಸ್ಪರ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯಿಸುವ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಅನೇಕ ಪ್ರಯೋಗಗಳು ಬೇಕಾಗುತ್ತವೆ. ಇದು ದುಬಾರಿಯಾದ ಮತ್ತು ಸಮಯ ತೆಗೆದುಕೊಳ್ಳುವ ಪ್ರಯತ್ನವಾಗಿದೆ. ಚಿಯಾ-ಪಿಇಟಿಯು ಬಳಸಿದ ಪ್ರತಿಕಾಯಗಳ ಗುಣಮಟ್ಟ, ಶುದ್ಧತೆ ಮತ್ತು ನಿರ್ದಿಷ್ಟತೆಯಿಂದ ಸೀಮಿತವಾಗಿದೆ (ಫುಲ್ವುಡ್ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2009). ಚಿಯಾ-ಪಿಇಟಿಯು ಉಲ್ಲೇಖ ಅನುಕ್ರಮಕ್ಕೆ (ಉಲ್ಲೇಖ) ಮ್ಯಾಪ್ ಮಾಡಬಹುದಾದ ಅನುಕ್ರಮಗಳ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆಯ ಮೇಲೆ ಅವಲಂಬಿತವಾಗಿದೆ. ಚಿಯಾ-ಪಿಇಟಿಗೆ ಉಲ್ಲೇಖ ಜೀನೋಮ್ಗೆ ಪಿಇಟಿ ರೀಡ್ಗಳನ್ನು ಸಂಘಟಿಸಲು ಮತ್ತು ನಕ್ಷೆ ಮಾಡಲು ಪೀಕ್-ಕಾಲಿಂಗ್ ಕಂಪ್ಯೂಟರ್ ಕ್ರಮಾವಳಿಗಳ ಬಳಕೆಯ ಅಗತ್ಯವಿರುತ್ತದೆ. ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ಪ್ಲಾಟ್ಫಾರ್ಮ್ಗಳ ನಡುವಿನ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳಿಂದಾಗಿ, ಯಾವ ಪ್ರೋಗ್ರಾಂ ಅನ್ನು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ ಎಂಬುದರ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು ಬದಲಾಗಬಹುದು. ಪುನರಾವರ್ತಿತ ಡಿಎನ್ಎ ಪ್ರದೇಶಗಳು ಜೀನ್ ನಿಯಂತ್ರಣದೊಂದಿಗೆ ಸಂಬಂಧ ಹೊಂದಿದ್ದರೂ (ಪೊಲಾಕ್ & ಡೊಮಾನಿ, 2006), ಅವು ದತ್ತಾಂಶದ ಮೇಲೆ ಪರಿಣಾಮ ಬೀರಬಹುದಾದ್ದರಿಂದ ಅವುಗಳನ್ನು ತೆಗೆದುಹಾಕುವ ಅಗತ್ಯವಿದೆ (ಫುಲ್ವುಡ್ ಮತ್ತು ಇತರರು, 2009). ಎರಡು ತಾಣಗಳಿಂದ ಸಮೃದ್ಧಿ ಏಕಕಾಲದಲ್ಲಿ ಸುತ್ತಮುತ್ತಲಿನ ಪ್ರದೇಶಗಳ ವಿರುದ್ಧ ಪಕ್ಷಪಾತವನ್ನು ಪರಿಚಯಿಸುತ್ತದೆ. ಇತಿಹಾಸ ಫುಲ್ವುಡ್ ಮತ್ತು ಇತರರು. (2009), ಮಾನವ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಕೋಶಗಳಲ್ಲಿ ಈಸ್ಟ್ರೊಜೆನ್ ಗ್ರಾಹಕ ಆಲ್ಫಾ (ಇಆರ್-ಆಲ್ಫಾ) ಮಧ್ಯಸ್ಥಿಕೆಯ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಪರಸ್ಪರ ಜಾಲವನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲು ಮತ್ತು ನಕ್ಷೆ ಮಾಡಲು ಚಿಯಾ-ಪಿಇಟಿಯನ್ನು ಬಳಸಿದೆ. ಪರಿಣಾಮವಾಗಿ ಬಂದ ಜಾಗತಿಕ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಇಂಟರಾಕ್ಟೋಮ್ ನಕ್ಷೆಯು ದೂರದ ಇಆರ್-ಆಲ್ಫಾ-ಬೈಂಡಿಂಗ್ ತಾಣಗಳನ್ನು ಸಹ ದೀರ್ಘ-ಶ್ರೇಣಿಯ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳ ಮೂಲಕ ಜೀನ್ ಪ್ರವರ್ತಕರಿಗೆ ಲಂಗರು ಹಾಕಲಾಗಿದೆ ಎಂದು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸಿತು, ಇದು ಸಂಘಟಿತ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ನಿಯಂತ್ರಣಕ್ಕಾಗಿ ಜೀನ್ಗಳನ್ನು ಒಟ್ಟುಗೂಡಿಸುವ ಸಲುವಾಗಿ ವ್ಯಾಪಕವಾದ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಲೂಪಿಂಗ್ ಮೂಲಕ ಇಆರ್-ಆಲ್ಫಾ ಕಾರ್ಯಗಳನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ. ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ ಮತ್ತು ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ಪರ್ಯಾಯಗಳು ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಇಮ್ಯುನೊಪ್ರೆಸಿಪಿಟೇಶನ್ (ಚಿಐಪಿ): ಮೂಲ ಚಿಐಪಿ ವಿಧಾನವು ಪ್ರತಿಕಾಯ-ಆಧಾರಿತ ತಂತ್ರಜ್ಞಾನವಾಗಿದ್ದು, ಇದು ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಸ್ಥಿತಿಗಳು ಮತ್ತು ಜೀನ್ ಪ್ರತಿಲೇಖನಕ್ಕೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಒದಗಿಸುವ ಸಲುವಾಗಿ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳನ್ನು ಆಯ್ದುಕೊಳ್ಳುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಬಂಧಿಸುತ್ತದೆ. ಜೀನೋಮ್ ಆರ್ಕಿಟೆಕ್ಚರ್ ಮ್ಯಾಪಿಂಗ್ (ಜಿಎಎಂ): ಈ ತಂತ್ರವು ಯಾವುದೇ ಸಂಖ್ಯೆಯ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಸ್ಥಳಗಳ ನಡುವೆ ಮೂರು ಆಯಾಮದ ಸಾಮೀಪ್ಯಗಳನ್ನು ಸಂಗ್ರಹಿಸುವ ಮೂಲಕ 3ಸಿ-ಆಧಾರಿತ ತಂತ್ರಗಳಿಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಹಲವಾರು ನ್ಯೂನತೆಗಳನ್ನು ನಿವಾರಿಸುತ್ತದೆ. ಸ್ಪ್ಲಿಟ್-ಪೂಲ್ ರೆಕಗ್ನಿಷನ್ ಆಫ್ ಇಂಟರಾಕ್ಷನ್ಸ್ ಬೈ ಟ್ಯಾಗ್ ಎಕ್ಸ್ಟೆನ್ಶನ್ (ಸ್ಪಿರಿಟ್) ಎಂಬುದು ಜೀನೋಮ್ನ ಉದ್ದಕ್ಕೂ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಸ್ನಲ್ಲಿ ಉನ್ನತ-ಕ್ರಮಾಂಕದ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಮ್ಯಾಪ್ ಮಾಡುವ ತಂತ್ರವಾಗಿದೆ. ಈ ವಿಧಾನವು ಹೆಚ್ಚಿನ ಪ್ರಾದೇಶಿಕ ದೂರಗಳಲ್ಲಿ ಸಂಭವಿಸುವ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆ ಮಾಡುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಇದು ಒಂದೇ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಸಂಭವಿಸುವ ಹಲವಾರು ಆರ್ಎನ್ಎ ಮತ್ತು ಡಿಎನ್ಎ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳ ಜೀನೋಮ್-ವೈಡ್ ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲು ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ. ಏಕ-ಅಣು ನಿಖರತೆಯಲ್ಲಿ ಹನಿ-ಆಧಾರಿತ ಮತ್ತು ಬಾರ್ಕೋಡ್-ಸಂಯೋಜಿತ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಮಲ್ಟಿಪ್ಲೆಕ್ಸ್ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಲು ಚಿಯಾ-ಡ್ರಾಪ್ ಒಂದು ನೇರವಾದ ವಿಧಾನವಾಗಿದೆ. ಹಿಂದಿನ ಜೋಡಿವಾರು ಜನಸಂಖ್ಯೆ-ಮಟ್ಟದ ವಿಧಾನಗಳಾದ ಹೈ-ಸಿ ಮತ್ತು ಚಿಯಾ-ಪಿಇಟಿ ಈ ತಂತ್ರಜ್ಞಾನಕ್ಕಿಂತ ಭಿನ್ನವಾಗಿವೆ. ಉಲ್ಲೇಖಗಳು ಬಾರ್ಸ್ಕಿ ಮತ್ತು ಇತರರು, (2007). ಮಾನವ ಜೀನೋಮ್ನಲ್ಲಿ ಹಿಸ್ಟೋನ್ ಮೆತಿಲೀಕರಣಗಳ ಹೈ-ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ ಪ್ರೊಫೈಲಿಂಗ್. ಕೋಶ. (129); 823-37. ಡೆಕ್ಕರ್, (2002). ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್ ರಚನೆಯನ್ನು ಸೆರೆಹಿಡಿಯುವುದು. ವಿಜ್ಞಾನ. (295); 1306-1311. ಡೆಕ್ಕರ್, (2006). ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್ ರಚನೆಯ ಮೂರು 'ಸಿ' ಗಳು ಸೆರೆಹಿಡಿಯುತ್ತವೆಃ ನಿಯಂತ್ರಣಗಳು, ನಿಯಂತ್ರಣಗಳು, ನಿಯಂತ್ರಣಗಳು. ನ್ಯಾ. ವಿಧಾನಗಳು. (3); 17-21. ಫುಲ್ವುಡ್ ಮತ್ತು ಇತರರು, (2009). ಈಸ್ಟ್ರೊಜೆನ್-ಗ್ರಾಹಕ-α ಬಂಧಿತ ಮಾನವ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಇಂಟರಾಕ್ಟೋಮ್. ಪ್ರಕೃತಿ. (462); 58-64. ಫುಲ್ವುಡ್ & ಯಿಜುನ್, (2009). ದೀರ್ಘ-ಶ್ರೇಣಿಯ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಚಿಐಪಿ-ಆಧಾರಿತ ವಿಧಾನಗಳು. ಜೆ ಸೆಲ್ ಬಯೋಕೆಮ್. 107 (1); 30-39. ಜಾನ್ಸನ್ ಮತ್ತು ಇತರರು, (2007). ಇನ್ ವಿವೋ ಪ್ರೋಟೀನ್-ಡಿಎನ್ಎ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳ ಜೀನೋಮ್-ವೈಡ್ ಮ್ಯಾಪಿಂಗ್. ವಿಜ್ಞಾನ. (316); 1497-502. ಕುವೊ & ಅಲ್ಲಿಸ್, (1999). ಡೈನಾಮಿಕ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ನ ಅಧ್ಯಯನಕ್ಕಾಗಿ ಇನ್-ವಿವೋ ಕ್ರಾಸ್-ಲಿಂಕಿಂಗ್ ಮತ್ತು ಇಮ್ಯುನೊಪ್ರೆಸಿಪಿಟೇಶನ್ಃ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಪರಿಸರದಲ್ಲಿ ಡಿಎನ್ಎ ಸಂಘಗಳು. ವಿಧಾನಗಳು. (19); 425-33. ಲಿ, ಜಿ., ಫುಲ್ವುಡ್, ಎಂ. ಜೆ., ಕ್ಸು, ಎಚ್., ಮುಲಾವಾಡಿ, ಎಫ್. ಎಚ್., ವೆಲ್ಕೋವ್, ಎಸ್., ವೇಗಾ, ವಿ., ಅರಿಯಾರತ್ನೆ, ಪಿ. ಎನ್., ಮೊಹಮ್ಮದ್, ವೈ. ಬಿ., ಊಯಿ, ಎಚ್. ಎಸ್., ತೆನ್ನಾಕೂನ್, ಸಿ., ವೇಯ್, ಸಿ. ಎಲ್., ರುವಾನ್, ವೈ. ಮತ್ತು ಸುಂಗ್, ಡಬ್ಲ್ಯೂ. ಕೆ. ಜೋಡಿಯಾದ-ಅಂತ್ಯದ ಟ್ಯಾಗ್ ಅನುಕ್ರಮದೊಂದಿಗೆ ಸಮಗ್ರ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಪರಸ್ಪರ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಾಗಿ ಚಿಯಾ-ಪಿಇಟಿ ಸಾಧನ. ಜೀನೋಮ್ ಬಯೋಲ್, 11 (2). ಆರ್. 22. ಮ್ಯಾಸ್ಟನ್ ಮತ್ತು ಇತರರು, (2006). ಮಾನವ ಜೀನೋಮ್ನಲ್ಲಿ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ನಿಯಂತ್ರಕ ಅಂಶಗಳು. ಅನು. ರೆವ್ಃ ಜೀನೋಮಿಕ್ಸ್. ಹಮ್ ಜೆನೆಟ್. (7); 29-59. ಪೊಲಾಕ್ & ಡೊಮನಿ, (2006). ಆಲು ಅಂಶಗಳು ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಅಂಶಗಳಿಗಾಗಿ ಅನೇಕ ಬಂಧಿಸುವ ತಾಣಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುತ್ತವೆ ಮತ್ತು ಅಭಿವೃದ್ಧಿ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಗಳ ನಿಯಂತ್ರಣದಲ್ಲಿ ಪಾತ್ರವಹಿಸಬಹುದು. ಬಿಎಂಸಿ ಜೀನೋಮಿಕ್ಸ್. (7); 133. ವೀ ಮತ್ತು ಇತರರು., (2006). ಮಾನವ ಜೀನೋಮ್ನಲ್ಲಿನ p53 ಪ್ರತಿಲೇಖನ-ಅಂಶ ಬಂಧಿಸುವ ತಾಣಗಳ ಜಾಗತಿಕ ನಕ್ಷೆ. ಕೋಶ. (124); 207-19. ಬಾಹ್ಯ ಕೊಂಡಿಗಳು ಚಿಯಾ-ಪಿಇಟಿ ಜೀನೋಮ್ ಬ್ರೌಸರ್-ಈ ಬ್ರೌಸರ್ ಫುಲ್ವುಡ್ ಮತ್ತು ಇತರರಿಂದ ಡೇಟಾವನ್ನು ವೀಕ್ಷಿಸಲು ಆಗಿದೆ. (2009), ಮತ್ತು ಕಸ್ಟಮ್ ಹೋಲ್ ಜೀನೋಮ್ ಇಂಟರಾಕ್ಷನ್ ವ್ಯೂವರ್ ಅನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ, ಇದು ಸಂಪೂರ್ಣ ಜೀನೋಮ್ ಭೂದೃಶ್ಯದ ಜೊತೆಗೆ ಬಂಧಿಸುವ ತಾಣಗಳು ಮತ್ತು ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳ ಸ್ಥೂಲ ಚಿತ್ರಣವನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ. ಆಣ್ವಿಕ ಜೀವಶಾಸ್ತ್ರ ತಂತ್ರಗಳು ಪರಮಾಣು ಸಂಘಟನೆ