Paired-end tag
ಪೇಯರ್ಡ್-ಎಂಡ್ ಟ್ಯಾಗ್ಗಳು (ಪಿಇಟಿ) (ಕೆಲವೊಮ್ಮೆ "ಪೇಯರ್ಡ್-ಎಂಡ್ ಡೈ ಟ್ಯಾಗ್ಗಳು", ಅಥವಾ ಸರಳವಾಗಿ "ಡಿಟ್ಯಾಗ್ಗಳು") ಡಿಎನ್ಎ ತುಣುಕಿನ 5 'ಮತ್ತು 3' ತುದಿಗಳಲ್ಲಿರುವ ಸಣ್ಣ ಅನುಕ್ರಮಗಳಾಗಿವೆ, ಅವು (ಸೈದ್ಧಾಂತಿಕವಾಗಿ) ಜೀನೋಮ್ನಲ್ಲಿ ಒಮ್ಮೆ ಮಾತ್ರ ಅಸ್ತಿತ್ವದಲ್ಲಿರುತ್ತವೆ, ಆದ್ದರಿಂದ ಅವುಗಳ ನಡುವಿನ ಡಿಎನ್ಎ ಅನುಕ್ರಮವು ಹುಡುಕಾಟದ ಮೇಲೆ (ಪೂರ್ಣ-ಜೀನೋಮ್ ಅನುಕ್ರಮ ದತ್ತಾಂಶ ಲಭ್ಯವಿದ್ದರೆ) ಅಥವಾ ಹೆಚ್ಚಿನ ಅನುಕ್ರಮದ ಮೇಲೆ ಲಭ್ಯವಾಗುತ್ತದೆ (ಏಕೆಂದರೆ ಟ್ಯಾಗ್ ಸೈಟ್ಗಳು ಪ್ರೈಮರ್ ಅನೀಲಿಂಗ್ ಸೈಟ್ಗಳಾಗಿ ಕಾರ್ಯನಿರ್ವಹಿಸುವಷ್ಟು ವಿಶಿಷ್ಟವಾಗಿವೆ). ಮಧ್ಯದ ಡಿಎನ್ಎ ಇಲ್ಲದಿರುವ ಪಿಇಟಿ ಗ್ರಂಥಾಲಯಗಳಲ್ಲಿ ಜೋಡಿ-ಅಂತ್ಯದ ಟ್ಯಾಗ್ಗಳು (ಪಿಇಟಿ) ಅಸ್ತಿತ್ವದಲ್ಲಿವೆ, ಅಂದರೆ, ಪಿಇಟಿ ಸಣ್ಣ 5 'ಲಿಂಕರ್ ಅನುಕ್ರಮ, ಸಣ್ಣ 5' ಅನುಕ್ರಮ ಟ್ಯಾಗ್, ಸಣ್ಣ 3 'ಅನುಕ್ರಮ ಟ್ಯಾಗ್ ಮತ್ತು ಸಣ್ಣ 3' ಲಿಂಕರ್ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಅಥವಾ ಸಿಡಿಎನ್ಎಯ ದೊಡ್ಡ ತುಣುಕನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುತ್ತದೆ. ಟ್ಯಾಗ್ಗಳನ್ನು ಅನನ್ಯವಾಗಿ ನಕ್ಷೆ ಮಾಡಲು 13 ಬೇಸ್ ಜೋಡಿಗಳು ಸಾಕಾಗುತ್ತವೆ ಎಂದು ಪರಿಕಲ್ಪನಾತ್ಮಕವಾಗಿ ತೋರಿಸಲಾಗಿದೆ. ಆದಾಗ್ಯೂ, ಓದುವಿಕೆಯನ್ನು ಅನನ್ಯವಾಗಿ ಮ್ಯಾಪಿಂಗ್ ಮಾಡಲು ಉದ್ದವಾದ ಅನುಕ್ರಮಗಳು ಹೆಚ್ಚು ಪ್ರಾಯೋಗಿಕವಾಗಿವೆ. ಪಿಇಟಿಗಳನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸಲು ಬಳಸುವ ಎಂಡೋನ್ಯೂಕ್ಲೀಸ್ಗಳು (ಕೆಳಗೆ ಚರ್ಚಿಸಲಾಗಿದೆ) ಉದ್ದವಾದ ಟ್ಯಾಗ್ಗಳನ್ನು (18/20 ಬೇಸ್ ಜೋಡಿಗಳು ಮತ್ತು 25/27 ಬೇಸ್ ಜೋಡಿಗಳು) ನೀಡುತ್ತವೆ ಆದರೆ 50-100 ಬೇಸ್ ಜೋಡಿಗಳ ಅನುಕ್ರಮಗಳು ಮ್ಯಾಪಿಂಗ್ ಮತ್ತು ವೆಚ್ಚ ದಕ್ಷತೆ ಎರಡಕ್ಕೂ ಸೂಕ್ತವಾಗಿವೆ. ಅನೇಕ ಡಿಎನ್ಎ ತುಣುಕುಗಳಿಂದ ಪಿಇಟಿಗಳನ್ನು ಹೊರತೆಗೆದ ನಂತರ, ಸಮರ್ಥ ಅನುಕ್ರಮಕ್ಕಾಗಿ ಅವುಗಳನ್ನು ಒಟ್ಟಿಗೆ ಜೋಡಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ (ಸಂಯೋಜಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ). ಸರಾಸರಿ, 20-30 ಟ್ಯಾಗ್ಗಳನ್ನು ಸ್ಯಾಂಗರ್ ವಿಧಾನದೊಂದಿಗೆ ಅನುಕ್ರಮಗೊಳಿಸಬಹುದು, ಇದು ದೀರ್ಘ ಓದುವ ಉದ್ದವನ್ನು ಹೊಂದಿರುತ್ತದೆ. ಟ್ಯಾಗ್ ಅನುಕ್ರಮಗಳು ಚಿಕ್ಕದಾಗಿರುವುದರಿಂದ, ಪ್ರತ್ಯೇಕ ಪಿಇಟಿಗಳು ಮುಂದಿನ ಪೀಳಿಗೆಯ ಅನುಕ್ರಮಕ್ಕೆ ಸೂಕ್ತವಾಗಿವೆ, ಅದು ಕಡಿಮೆ ಓದುವ ಉದ್ದ ಮತ್ತು ಹೆಚ್ಚಿನ ಥ್ರೋಪುಟ್ ಅನ್ನು ಹೊಂದಿರುತ್ತದೆ. ಪಿಇಟಿ ಅನುಕ್ರಮದ ಮುಖ್ಯ ಪ್ರಯೋಜನಗಳೆಂದರೆ ಸಣ್ಣ ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಮಾತ್ರ ಅನುಕ್ರಮಗೊಳಿಸುವ ಮೂಲಕ ಅದರ ಕಡಿಮೆ ವೆಚ್ಚ, ಜೀನೋಮ್ನಲ್ಲಿನ ರಚನಾತ್ಮಕ ರೂಪಾಂತರಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚುವುದು ಮತ್ತು ಡಿಎನ್ಎ ತುಣುಕಿನ ಕೇವಲ ಒಂದು ತುದಿಯನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ಒಂದೇ ಟ್ಯಾಗ್ಗಳಿಗೆ ಹೋಲಿಸಿದರೆ ಜೀನೋಮ್ಗೆ ಹಿಂತಿರುಗುವಾಗ ಹೆಚ್ಚಿದ ನಿರ್ದಿಷ್ಟತೆ. ಪಿಇಟಿ ಗ್ರಂಥಾಲಯಗಳನ್ನು ನಿರ್ಮಿಸುವುದು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಎರಡು ಸಾಮಾನ್ಯ ವಿಧಾನಗಳಲ್ಲಿ ತಯಾರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆಃ ಅಬೀಜ ಸಂತಾನೋತ್ಪತ್ತಿ ಆಧಾರಿತ ಮತ್ತು ಅಬೀಜ ಸಂತಾನೋತ್ಪತ್ತಿ-ಮುಕ್ತ ಆಧಾರಿತ. ಅಬೀಜ ಸಂತಾನೋತ್ಪತ್ತಿ ಆಧಾರಿತ ಫ್ರಾಗ್ಮೆಂಟೆಡ್ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಡಿಎನ್ಎ ಅಥವಾ ಆಸಕ್ತಿಯ ಪೂರಕ ಡಿಎನ್ಎ (ಸಿಡಿಎನ್ಎ) ಅನ್ನು ಪ್ಲಾಸ್ಮಿಡ್ ವಾಹಕಗಳಾಗಿ ಅಬೀಜ ಸಂತಾನೋತ್ಪತ್ತಿ ಮಾಡಲಾಗುತ್ತದೆ. ಅಬೀಜ ಸಂತಾನೋತ್ಪತ್ತಿ ತಾಣಗಳು ಅಡಾಪ್ಟರ್ ಅನುಕ್ರಮಗಳೊಂದಿಗೆ ಸುತ್ತುವರೆದಿವೆ, ಅವು ಎಂಡೋನ್ಯೂಕ್ಲೀಸ್ಗಳಿಗೆ ನಿರ್ಬಂಧಿತ ತಾಣಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುತ್ತವೆ (ಕೆಳಗೆ ಚರ್ಚಿಸಲಾಗಿದೆ). ಒಳಸೇರಿಸುವಿಕೆಗಳನ್ನು ಪ್ಲಾಸ್ಮಿಡ್ ವಾಹಕಗಳಿಗೆ ಜೋಡಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಪ್ರತ್ಯೇಕ ವಾಹಕಗಳನ್ನು ನಂತರ ಇ. ಕೋಲಿ ಆಗಿ ಪರಿವರ್ತಿಸಿ ಪಿಇಟಿ ಗ್ರಂಥಾಲಯವನ್ನು ತಯಾರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಪ್ಲಾಸ್ಮಿಡ್ ಅನ್ನು ಶುದ್ಧೀಕರಿಸುವ ಮೂಲಕ ಮತ್ತು ವಾಹಕಗಳ ತುದಿಯಲ್ಲಿ ಎರಡು ಸಣ್ಣ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಬಿಟ್ಟು ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಎಂಡೋನ್ಯೂಕ್ಲೀಸ್ನೊಂದಿಗೆ ಜೀರ್ಣಿಸಿಕೊಳ್ಳುವ ಮೂಲಕ ಪಿಇಟಿ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಪಡೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ. ಇಂಟ್ರಾಮಾಲಿಕ್ಯುಲರ್ (ದುರ್ಬಲ) ಪರಿಸ್ಥಿತಿಗಳಲ್ಲಿ, ವಾಹಕಗಳನ್ನು ಮರು-ವೃತ್ತಾಕಾರಗೊಳಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಜೋಡಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ವಾಹಕದಲ್ಲಿ ಡಿಟ್ಯಾಗ್ಗಳನ್ನು ಮಾತ್ರ ಬಿಡಲಾಗುತ್ತದೆ. ತದ್ರೂಪಿಗೆ ವಿಶಿಷ್ಟವಾದ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಈಗ ಒಟ್ಟಿಗೆ ಜೋಡಿಸಲಾಗಿದೆ. ಮುಂದಿನ ಪೀಳಿಗೆಯ ಅನುಕ್ರಮ ತಂತ್ರವನ್ನು ಅವಲಂಬಿಸಿ, ಪಿಇಟಿ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಏಕವಚನವಾಗಿ, ಡೈಮೆರೈಸ್ಡ್ ಅಥವಾ ಉದ್ದವಾದ ಸರಪಳಿಗಳಾಗಿ ಸಂಯೋಜಿಸಬಹುದು. ಅಬೀಜ ಸಂತಾನೋತ್ಪತ್ತಿಗೆ ಬದಲಾಗಿ, ಎಂಡೋನ್ಯೂಕ್ಲೀಸ್ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಅಡಾಪ್ಟರ್ಗಳನ್ನು ವಿಭಜಿತ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಡಿಎನ್ಎ ಅಥವಾ ಸಿಡಿಎನ್ಎ ತುದಿಗಳಿಗೆ ಜೋಡಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಅಣುಗಳು ನಂತರ ಸ್ವಯಂ ವೃತ್ತಾಕಾರದಲ್ಲಿರುತ್ತವೆ ಮತ್ತು ಎಂಡೋನ್ಯೂಕ್ಲೀಸ್ನೊಂದಿಗೆ ಜೀರ್ಣವಾಗುತ್ತವೆ, ಪಿಇಟಿಯನ್ನು ಬಿಡುಗಡೆ ಮಾಡುತ್ತವೆ. ಅನುಕ್ರಮಗೊಳಿಸುವ ಮೊದಲು, ಈ ಪಿಇಟಿಗಳನ್ನು ಅಡಾಪ್ಟರ್ಗಳಿಗೆ ಜೋಡಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಇದಕ್ಕೆ ಪಿಸಿಆರ್ ಪ್ರೈಮರ್ಗಳು ವರ್ಧನೆಗಾಗಿ ಏನಿಯಲ್ ಮಾಡುತ್ತವೆ. ಗ್ರಂಥಾಲಯದ ಅಬೀಜ ಸಂತಾನೋತ್ಪತ್ತಿ ಆಧಾರಿತ ನಿರ್ಮಾಣದ ಪ್ರಯೋಜನವೆಂದರೆ ಅದು ಭವಿಷ್ಯದ ಬಳಕೆಗಾಗಿ ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಅಥವಾ ಸಿಡಿಎನ್ಎ ಅನ್ನು ಹಾಗೇ ನಿರ್ವಹಿಸುತ್ತದೆ. ಆದಾಗ್ಯೂ, ನಿರ್ಮಾಣ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಯು ಅಬೀಜ ಸಂತಾನೋತ್ಪತ್ತಿ-ಮುಕ್ತ ವಿಧಾನಕ್ಕಿಂತ ಹೆಚ್ಚು ಉದ್ದವಾಗಿದೆ. ಮುಂದಿನ ಪೀಳಿಗೆಯ ಅನುಕ್ರಮ ಕಂಪನಿಗಳು ತಮ್ಮ ತಂತ್ರಜ್ಞಾನಗಳಿಗೆ ಸರಿಹೊಂದುವಂತೆ ಗ್ರಂಥಾಲಯ ನಿರ್ಮಾಣದ ಬಗೆಗಿನ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳನ್ನು ತಯಾರಿಸಿವೆ. ಎಂಡೋನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೇಸ್ಗಳು ಇತರ ಎಂಡೋನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೇಸ್ಗಳಿಗಿಂತ ಭಿನ್ನವಾಗಿ, ಎಂಎಂಇಐ (ಟೈಪ್ ಐಐಎಸ್) ಮತ್ತು ಇಕೋಪಿ15ಐ (ಟೈಪ್ III) ನಿರ್ಬಂಧದ ಎಂಡೋನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೇಸ್ಗಳು ತಮ್ಮ ಗುರಿ ಬಂಧಿಸುವ ತಾಣಗಳ ಕೆಳಭಾಗವನ್ನು ಕತ್ತರಿಸುತ್ತವೆ. ಎಮ್ಎಂಇಐ ಕೆಳಮುಖವಾಗಿ 18/20 ಬೇಸ್ ಜೋಡಿಗಳನ್ನು ಕಡಿತಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಇಕೊಪಿ15ಐ ಕೆಳಮುಖವಾಗಿ 25/27 ಬೇಸ್ ಜೋಡಿಗಳನ್ನು ಕಡಿತಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ. ಈ ನಿರ್ಬಂಧಿತ ಕಿಣ್ವಗಳು ಅಡಾಪ್ಟರ್ಗಳಲ್ಲಿರುವ ತಮ್ಮ ಗುರಿ ಅನುಕ್ರಮಗಳಲ್ಲಿ ಬಂಧಿಸುವುದರಿಂದ, ಅವು ಪೀಇಟಿಗಳನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸುವ ತುಣುಕು ಅಥವಾ ಸಿಡಿಎನ್ಎಗಳ ಸಣ್ಣ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ವಾಹಕಗಳನ್ನು ಕತ್ತರಿಸಿ ಬಿಡುಗಡೆ ಮಾಡುತ್ತವೆ. ಪಿಇಟಿ ಅನ್ವಯಗಳು ಡಿಎನ್ಎ-ಪಿಇಟಿಃ ಪಿಇಟಿ ಟ್ಯಾಗ್ಗಳ ನಡುವಿನ ಸಂಪರ್ಕವನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುತ್ತದೆಯಾದ್ದರಿಂದ, ಜೀನೋಮ್ ಮರು-ಅನುಕ್ರಮದಲ್ಲಿ ಪಿಇಟಿಯ ಬಳಕೆಯು ಏಕ ರೀಡ್ಗಳ ಬಳಕೆಯ ಮೇಲೆ ಪ್ರಯೋಜನಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ. ಈ ಅಪ್ಲಿಕೇಶನ್ ಅನ್ನು ಜೋಡಿಯಾಗಿ ಎಂಡ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ಎಂದು ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ, ಇದನ್ನು ಆಡುಮಾತಿನಲ್ಲಿ ಡಬಲ್-ಬ್ಯಾರೆಲ್ ಶಾಟ್ಗನ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ಎಂದು ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ. ಈ ಜೋಡಿಯ ಅರ್ಧಭಾಗವನ್ನು ಜೀನೋಮ್ನ ಒಂದೇ ಸ್ಥಳಕ್ಕೆ ಅನನ್ಯವಾಗಿ ಲಂಗರು ಹಾಕುವುದರಿಂದ ಅಸ್ಪಷ್ಟವಾಗಿರುವ ಉಳಿದ ಅರ್ಧದ ನಕ್ಷೆಯನ್ನು ಅನುಮತಿಸುತ್ತದೆ. ಅಸ್ಪಷ್ಟ ರೀಡ್ಗಳು ಎಂದರೆ ಒಂದಕ್ಕಿಂತ ಹೆಚ್ಚು ಸ್ಥಳಗಳಿಗೆ ನಕ್ಷೆ ಮಾಡುವ ರೀಡ್ಗಳು. ಈ ಹೆಚ್ಚಿದ ದಕ್ಷತೆಯು ಅನುಕ್ರಮದ ವೆಚ್ಚವನ್ನು ಕಡಿಮೆ ಮಾಡುತ್ತದೆ ಏಕೆಂದರೆ ಈ ಅಸ್ಪಷ್ಟ ಅನುಕ್ರಮಗಳು ಅಥವಾ ರೀಡ್ಗಳನ್ನು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ತಿರಸ್ಕರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಪಿಇಟಿ ಅನುಕ್ರಮಗಳ ಸಂಪರ್ಕವು ರಚನಾತ್ಮಕ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲು ಸಹ ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆಃ ಅಳವಡಿಕೆಗಳು, ಅಳಿಸುವಿಕೆಗಳು, ನಕಲುಗಳು, ವಿಲೋಮಗಳು, ಸ್ಥಳಾಂತರಗಳು. ಪಿಇಟಿ ಗ್ರಂಥಾಲಯದ ನಿರ್ಮಾಣದ ಸಮಯದಲ್ಲಿ, ಎಲ್ಲಾ ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಒಂದು ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಗಾತ್ರಕ್ಕೆ ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡಬಹುದು. ನಕ್ಷೆಯ ನಂತರ, ಪಿಇಟಿ ಅನುಕ್ರಮಗಳು ಪರಸ್ಪರ ಸ್ಥಿರವಾಗಿ ಒಂದು ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ದೂರದಲ್ಲಿರುತ್ತವೆ ಎಂದು ನಿರೀಕ್ಷಿಸಲಾಗಿದೆ. ಈ ದೂರದಲ್ಲಿನ ವ್ಯತ್ಯಾಸವು ಪಿಇಟಿ ಅನುಕ್ರಮಗಳ ನಡುವಿನ ರಚನಾತ್ಮಕ ವ್ಯತ್ಯಾಸವನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ. ಉದಾಹರಣೆಗೆ (ಬಲಭಾಗದಲ್ಲಿರುವ ಚಿತ್ರ): ಅನುಕ್ರಮ ಜೀನೋಮ್ನಲ್ಲಿನ ಅಳಿಸುವಿಕೆಯು ಉಲ್ಲೇಖ ಜೀನೋಮ್ನಲ್ಲಿ ನಿರೀಕ್ಷಿಸಿದ್ದಕ್ಕಿಂತ ಹೆಚ್ಚು ದೂರದಲ್ಲಿರುವ ನಕ್ಷೆಯನ್ನು ಓದುತ್ತದೆ ಏಕೆಂದರೆ ಉಲ್ಲೇಖ ಜೀನೋಮ್ ಅನುಕ್ರಮ ಜೀನೋಮ್ನಲ್ಲಿ ಇಲ್ಲದ ಡಿಎನ್ಎಯ ಒಂದು ಭಾಗವನ್ನು ಹೊಂದಿರುತ್ತದೆ. ಚಿಪ್-ಪಿಇಟಿಃ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಇಮ್ಯುನೊಪ್ರೆಸಿಪಿಟೇಶನ್ (ಚಿಪ್) ಮತ್ತು ಪಿಇಟಿಯ ಸಂಯೋಜಿತ ಬಳಕೆಯನ್ನು ಆಸಕ್ತಿಯ ಪ್ರೋಟೀನ್ನಿಂದ ಬಂಧಿಸಲ್ಪಟ್ಟ ಡಿಎನ್ಎ ಪ್ರದೇಶಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ರಚಿಸಲಾದ ರೀಡ್ಗಳ ಅಸ್ಪಷ್ಟತೆಯನ್ನು ಕಡಿಮೆ ಮಾಡುವ ಮೂಲಕ ಒಂದೇ ರೀಡ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ಗಿಂತ ಚಿಪ್-ಪಿಇಟಿ ಪ್ರಯೋಜನವನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ. ಚಿಪ್ ಹೈಬ್ರಿಡೈಸೇಶನ್ (ಚಿಪ್-ಚಿಪ್) ಗಿಂತ ಹೆಚ್ಚಿನ ಪ್ರಯೋಜನವೆಂದರೆ ಹೈಬ್ರಿಡೈಸೇಶನ್ ಟೈಲಿಂಗ್ ಸರಣಿಗಳು ಅನುಕ್ರಮ ಓದುವ ಅಂಕಿಅಂಶಗಳ ಸೂಕ್ಷ್ಮತೆಯನ್ನು ಹೊಂದಿರುವುದಿಲ್ಲ. ಆದಾಗ್ಯೂ, ಚಿಪ್-ಪಿಇಟಿ, ಚಿಪ್-ಸೆಕ್ ಮತ್ತು ಚಿಪ್-ಚಿಪ್ ಎಲ್ಲವೂ ಅತ್ಯಂತ ಯಶಸ್ವಿಯಾಗಿವೆ. ಚಿಯಾ-ಪಿಇಟಿಃ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಯ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯ ಮೇಲೆ ಪಿಇಟಿ ಅನುಕ್ರಮದ ಅನ್ವಯ. ಇದು ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅಂಶಗಳಿಂದ ಬಂಧಿಸಲ್ಪಟ್ಟ ಡಿಎನ್ಎ ಅಂಶಗಳ ನಡುವಿನ ಹೊಸ ದೀರ್ಘ-ಶ್ರೇಣಿಯ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಕಂಡುಹಿಡಿಯುವ ಜೀನೋಮ್-ವ್ಯಾಪಕ ಕಾರ್ಯತಂತ್ರವಾಗಿದೆ. ಈಸ್ಟ್ರೊಜೆನ್-ಸಂಸ್ಕರಿಸಿದ ಮಾನವ ಸ್ತನ ಅಡೆನೊಕಾರ್ಸಿನೋಮಾ ಕೋಶಗಳಲ್ಲಿ ಈಸ್ಟ್ರೊಜೆನ್ ಗ್ರಾಹಕ α (ER-α) ನಿಂದ ಬಂಧಿಸಲ್ಪಟ್ಟ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ನಡುವಿನ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳ ನಕ್ಷೆಯನ್ನು ರಚಿಸಲು ಫುಲ್ವುಡ್ ಮತ್ತು ಇತರರು (2009) ಮೊದಲ ಚಿಐಎ-ಪಿಇಟಿಯನ್ನು ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಿದರು. ಚಿಐಎ-ಪಿಇಟಿ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳು ಮತ್ತು ಉನ್ನತ-ಶ್ರೇಣಿಯ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ರಚನೆಗಳನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಲು ಪಕ್ಷಪಾತವಿಲ್ಲದ ಮಾರ್ಗವಾಗಿದೆ ಏಕೆಂದರೆ ಇದು ಅಜ್ಞಾತ ಡಿಎನ್ಎ ಅಂಶಗಳ ನಡುವಿನ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚುತ್ತದೆ. ಇದಕ್ಕೆ ವಿರುದ್ಧವಾಗಿ, ಜೀನೋಮ್ನಲ್ಲಿ ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಗುರಿ ಪ್ರದೇಶವನ್ನು ಒಳಗೊಂಡ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲು 3ಸಿ ಮತ್ತು 4ಸಿ ವಿಧಾನಗಳನ್ನು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಚಿಯಾ-ಪಿಇಟಿಯು ಆರ್ಎನ್ಎ-ಪಿಇಟಿ ಮೂಲಕ ಸಮ್ಮಿಳನ ವಂಶವಾಹಿಗಳನ್ನು ಕಂಡುಹಿಡಿಯುವುದನ್ನು ಹೋಲುತ್ತದೆ, ಇದರಲ್ಲಿ ಜೋಡಿಯಾದ ಟ್ಯಾಗ್ಗಳು ಜೀನೋಮ್ನ ವಿವಿಧ ಪ್ರದೇಶಗಳಿಗೆ ನಕ್ಷೆ ಮಾಡುತ್ತವೆ. ಆದಾಗ್ಯೂ, ಆರ್ಎನ್ಎ-ಪಿಇಟಿಯಲ್ಲಿರುವಂತೆ ಎರಡು ಜೀನೋಮಿಕ್ ಪ್ರದೇಶಗಳ ನಡುವೆ ನೈಸರ್ಗಿಕವಾಗಿ ಸಂಭವಿಸುವ ಸಮ್ಮಿಳನಕ್ಕಿಂತ ಹೆಚ್ಚಾಗಿ, ವಿವಿಧ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಪ್ರದೇಶಗಳಲ್ಲಿ ಇರುವ ವಿವಿಧ ಡಿಎನ್ಎ ತುಣುಕುಗಳ ನಡುವೆ ಕೃತಕ ಬಂಧನಗಳನ್ನು ಚಿಯಾ-ಪಿಇಟಿ ಒಳಗೊಂಡಿರುತ್ತದೆ. ಆರ್ಎನ್ಎ-ಪಿಇಟಿಃ ಈ ಅನ್ವಯವನ್ನು ಪ್ರತಿಲೇಖನವನ್ನು ಅಧ್ಯಯನ ಮಾಡಲು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆಃ ಪ್ರತಿಲೇಖನಗಳು, ವಂಶವಾಹಿ ರಚನೆಗಳು ಮತ್ತು ವಂಶವಾಹಿ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಗಳು. ಪಿಇಟಿ ಗ್ರಂಥಾಲಯವನ್ನು ಪೂರ್ಣ ಉದ್ದದ ಸಿಡಿಎನ್ಎಗಳನ್ನು ಬಳಸಿ ಉತ್ಪಾದಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಆದ್ದರಿಂದ ಡಿಟ್ಯಾಗ್ಗಳು ಪ್ರತ್ಯೇಕ ಪ್ರತಿಲೇಖನಗಳ 5 'ಕ್ಯಾಪ್ಡ್ ಮತ್ತು 3' ಪಾಲಿಎ ಟೈಲ್ ಸಿಗ್ನೇಚರ್ಗಳನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುತ್ತವೆ. ಆದ್ದರಿಂದ, ಆರ್ಎನ್ಎ-ಪಿಇಟಿ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಘಟಕಗಳ ಗಡಿಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ವಿಶೇಷವಾಗಿ ಉಪಯುಕ್ತವಾಗಿದೆ. ಇದು ಪರ್ಯಾಯ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಪ್ರಾರಂಭ ತಾಣಗಳು ಮತ್ತು ವಂಶವಾಹಿಗಳ ಪಾಲಿಅಡೆನೈಲೇಷನ್ ತಾಣಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಸಹಾಯ ಮಾಡುತ್ತದೆ. ಸಮ್ಮಿಳನ ಜೀನ್ಗಳು ಮತ್ತು ಟ್ರಾನ್ಸ್-ಸ್ಪ್ಲೈಸಿಂಗ್ ಅನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲು ಆರ್ಎನ್ಎ-ಪಿಇಟಿಯನ್ನು ಸಹ ಬಳಸಬಹುದು, ಆದರೆ ಅವುಗಳ ನಡುವೆ ವ್ಯತ್ಯಾಸವನ್ನು ಕಂಡುಹಿಡಿಯಲು ಹೆಚ್ಚಿನ ಪ್ರಯೋಗದ ಅಗತ್ಯವಿದೆ. ಪ್ರತಿಲೇಖನಗಳ ಗಡಿಗಳನ್ನು ಕಂಡುಹಿಡಿಯುವ ಇತರ ವಿಧಾನಗಳಲ್ಲಿ ಏಕ-ಟ್ಯಾಗ್ ತಂತ್ರಗಳಾದ CAGE, SAGE, ಮತ್ತು ಇತ್ತೀಚಿನ ಸೂಪರ್ಸಾಜ್ ಸೇರಿವೆ, CAGE ಮತ್ತು 5 'SAGE ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಪ್ರಾರಂಭ ತಾಣಗಳನ್ನು ವ್ಯಾಖ್ಯಾನಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು 3' SAGE ಪಾಲಿಅಡೆನೈಲೇಷನ್ ತಾಣಗಳನ್ನು ವ್ಯಾಖ್ಯಾನಿಸುತ್ತದೆ. ಈ ವಿಧಾನಗಳ ಮೇಲೆ ಪಿಇಟಿ ಅನುಕ್ರಮದ ಪ್ರಯೋಜನಗಳೆಂದರೆ ಪಿಇಟಿ ಪ್ರತಿಲೇಖನಗಳ ಎರಡೂ ತುದಿಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಅದೇ ಸಮಯದಲ್ಲಿ, ಜೀನೋಮ್ಗೆ ಮ್ಯಾಪ್ ಮಾಡುವಾಗ ಹೆಚ್ಚು ನಿರ್ದಿಷ್ಟತೆಯನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ. ಸಿಡಿಎನ್ಎಗಳ ಅನುಕ್ರಮವು ನಕಲುಗಳ ರಚನೆಗಳನ್ನು ಹೆಚ್ಚಿನ ವಿವರಗಳಲ್ಲಿ ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸಬಹುದು, ಆದರೆ ಈ ವಿಧಾನವು ಆರ್ಎನ್ಎ-ಪಿಇಟಿ ಅನುಕ್ರಮಕ್ಕಿಂತ ಹೆಚ್ಚು ದುಬಾರಿಯಾಗಿದೆ, ವಿಶೇಷವಾಗಿ ಇಡೀ ಪ್ರತಿಲೇಖನವನ್ನು ನಿರೂಪಿಸಲು. ಆರ್ಎನ್ಎ-ಪಿಇಟಿಯ ಪ್ರಮುಖ ಮಿತಿಯೆಂದರೆ ಪ್ರತಿಲೇಖನಗಳ ಆಂತರಿಕ ಎಕ್ಸಾನ್ಗಳ ಸಂಘಟನೆಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಮಾಹಿತಿಯ ಕೊರತೆಯಾಗಿದೆ. ಆದ್ದರಿಂದ, ಪರ್ಯಾಯ ಸ್ಪ್ಲೈಸಿಂಗ್ ಅನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲು ಆರ್ಎನ್ಎ-ಪಿಇಟಿ ಸೂಕ್ತವಲ್ಲ. ಇದಲ್ಲದೆ, ಅಬೀಜ ಸಂತಾನೋತ್ಪತ್ತಿಯ ವಿಧಾನವನ್ನು ಬಳಸಿದರೆ ಪಿಇಟಿಗಳನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸುವ ಮೊದಲು ಸಿಡಿಎನ್ಎ ಗ್ರಂಥಾಲಯವನ್ನು ನಿರ್ಮಿಸಿ, ಕ್ಲೋನ್ ಮಾಡಲು ಕಷ್ಟಕರವಾದ ಸಿಡಿಎನ್ಎಗಳು (ದೀರ್ಘ ಪ್ರತಿಲೇಖನಗಳ ಪರಿಣಾಮವಾಗಿ) ಕಡಿಮೆ ವ್ಯಾಪ್ತಿಯನ್ನು ಹೊಂದಿರುತ್ತವೆ. ಅಂತೆಯೇ, ಕಡಿಮೆ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ಮಟ್ಟವನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಪ್ರತಿಲೇಖನಗಳು (ಅಥವಾ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಐಸೋಫಾರ್ಮ್ಗಳು) ಸಹ ಕಡಿಮೆ ಪ್ರತಿನಿಧಿಸಲ್ಪಡುತ್ತವೆ. ಉಲ್ಲೇಖಗಳು ಆಣ್ವಿಕ ಜೀವಶಾಸ್ತ್ರ ಪ್ರಯೋಗಾಲಯ ತಂತ್ರಗಳು ಆಣ್ವಿಕ ಜೀವಶಾಸ್ತ್ರ ತಂತ್ರಗಳು ಡಿ. ಎನ್. ಎ. ಅನುಕ್ರಮ