Planarian secretory cell nidovirus
ಪ್ಲ್ಯಾನೇರಿಯನ್ ಸ್ರವಿಸುವ ಕೋಶ ನಿಡೋವೈರಸ್ (ಪಿಎಸ್ಸಿಎನ್ವಿ) ಎಂಬುದು ಪ್ಲ್ಯಾನಿಡೋವೈರಸ್ 1 ಜಾತಿಯ ವೈರಸ್ ಆಗಿದ್ದು, ಇದು ಅದರ ಅತ್ಯಂತ ದೊಡ್ಡ ಜೀನೋಮ್ಗೆ ಹೆಸರುವಾಸಿಯಾಗಿದೆ. 41. 1 ಕಿಲೋಬೇಸ್ಗಳಲ್ಲಿ, ಇದು ಆರ್ಎನ್ಎ ವೈರಸ್ನ ಅತಿದೊಡ್ಡ ಜೀನೋಮ್ ಆಗಿದೆ. ಪ್ಲ್ಯಾನೇರಿಯನ್ ಫ್ಲಾಟ್ವರ್ಮ್ ಷ್ಮಿಡ್ಟಿಯಾ ಮೆಡಿಟರೇನಿಯಾದ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮ್ಗಳನ್ನು ಪರಿಶೀಲಿಸುವ ಮೂಲಕ ಇದನ್ನು ಕಂಡುಹಿಡಿಯಲಾಯಿತು ಮತ್ತು ಇದು ಪ್ಲ್ಯಾನೇರಿಯನ್ಗಳಿಗೆ ಸೋಂಕು ತಗಲುವ ಮೊದಲ ಆರ್ಎನ್ಎ ವೈರಸ್ ಆಗಿದೆ. ಇದನ್ನು ಮೊದಲ ಬಾರಿಗೆ 2018 ರಲ್ಲಿ ವಿವರಿಸಲಾಗಿದೆ. ಜೀನೋಮ್ ಮತ್ತು ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ಪಿಎಸ್ಸಿಎನ್ವಿ ಜೀನೋಮ್ 41.1 ಕಿಲೋಬೇಸ್ ಉದ್ದವಾಗಿದೆ, ಇದು ಆರ್ಎನ್ಎ ವೈರಸ್ನಲ್ಲಿ ತಿಳಿದಿರುವ ಅತಿದೊಡ್ಡ ಜೀನೋಮ್ ಆಗಿದೆ. ಇದು ದೊಡ್ಡ ಜೀನೋಮ್ಗಳಿಗೆ ಹೆಸರುವಾಸಿಯಾದ ನಿಡೋವೈರಸ್ಗಳ ಮತ್ತೊಂದು ಗುಂಪಾದ ಕೊರೊನಾವೈರಸ್ಗಳಿಗಿಂತ ಗಣನೀಯವಾಗಿ ದೊಡ್ಡದಾಗಿದೆ, ಅವು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ 27-32 kb ವ್ಯಾಪ್ತಿಯಲ್ಲಿರುತ್ತವೆ. ಪಿಎಸ್ಸಿಎನ್ವಿ ಒಂದೇ ಅತ್ಯಂತ ದೊಡ್ಡ ತೆರೆದ ಓದುವ ಚೌಕಟ್ಟನ್ನು (ಒಆರ್ಎಫ್) ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ಅಸಾಮಾನ್ಯ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಸಂಘಟನೆಯನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ, ಇದು 13,556 ಅಮೈನೊ ಆಮ್ಲಗಳ ಪಾಲಿಪ್ರೊಟೀನ್ ಅನ್ನು ಎನ್ಕೋಡ್ ಮಾಡುತ್ತದೆ-ಇದು ಆರ್ಎನ್ಎ ವೈರಸ್ನಿಂದ ಎನ್ಕೋಡ್ ಮಾಡಲಾದ ಅತಿದೊಡ್ಡ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಆಗಿದೆ. ಜೀನೋಮ್ನ ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು ಇದನ್ನು ಕ್ಯಾನೊನಿಕಲ್ ನಿಡೋವೈರಸ್ ಜೀನೋಮ್ಗಳಂತೆಯೇ ಆಯೋಜಿಸಲಾಗಿದೆ ಎಂದು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ, ಇದರಲ್ಲಿ ಒಆರ್ಎಫ್1ಎ ಮತ್ತು ಒಆರ್ಎಫ್1ಬಿ ವೈರಲ್ ನಾನ್ಸ್ಟ್ರಕ್ಚರಲ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳನ್ನು ಎನ್ಕೋಡ್ ಮಾಡುತ್ತವೆ ಮತ್ತು ಜೀನೋಮ್ನ 3 'ತುದಿಯಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚುವರಿ ಒಆರ್ಎಫ್ಗಳು ವೈರಲ್ ಸ್ಟ್ರಕ್ಚರಲ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳನ್ನು ಎನ್ಕೋಡ್ ಮಾಡುತ್ತವೆ; ಆದಾಗ್ಯೂ, ಪಿಎಸ್ಸಿಎನ್ವಿ ಯಲ್ಲಿ, ಈ ಒಆರ್ಎಫ್ಗಳನ್ನು ಬೆಸೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಪರಿಣಾಮವಾಗಿ ಪಾಲಿಪ್ರೊಟೀನ್ ಅನ್ನು ಪ್ರೋಟಿಯೋಲೈಟಿಕ್ ಆಗಿ ಸಂಸ್ಕರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಇತರ ನಿಡೋವೈರಸ್ಗಳು ಎರಡು ಒಆರ್ಎಫ್ಗಳಿಂದ ಎನ್ಕೋಡ್ ಮಾಡಲಾದ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳ ಸ್ಟೋಯಿಕಿಯೋಮೆಟ್ರಿಯನ್ನು ನಿಯಂತ್ರಿಸಲು ಒಆರ್ಎಫ್1ಎ ಅನ್ನು ಒಆರ್ಎಫ್1ಬಿ ಯಿಂದ ಬೇರ್ಪಡಿಸುವ ಪ್ರೋಗ್ರಾಮ್ ಮಾಡಲಾದ ರೈಬೋಸೋಮಲ್ ಫ್ರೇಮ್ಶಿಫ್ಟ್ ಅನ್ನು ಬಳಸುವಾಗ, ಪಿಎಸ್ಸಿಎನ್ವಿ ಜೀನೋಮ್ ಸಂಬಂಧಿತ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯನ್ನು ನಿಯಂತ್ರಿಸಲು ಪರ್ಯಾಯ ಫ್ರೇಮ್ಶಿಫ್ಟ್ ಕಾರ್ಯವಿಧಾನವನ್ನು ಹೊಂದಿರುತ್ತದೆ ಎಂದು ಊಹಿಸಲಾಗಿದೆ. ಇತರ ನಿಡೋವೈರಸ್ ಜೀನೋಮ್ಗಳಿಗೆ ಹೋಲಿಸಿದರೆ, ಒಆರ್ಎಫ್1ಬಿಗೆ ಅನುಗುಣವಾದ ಪ್ರದೇಶ-ಇದು ಕೋರ್ ವೈರಲ್ ರೆಪ್ಲಿಕೇಷನ್ ಘಟಕಗಳನ್ನು ಎನ್ಕೋಡ್ ಮಾಡುತ್ತದೆ-ಪಿಎಸ್ಸಿಎನ್ವಿ ಜೀನೋಮ್ನಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚು ವಿಸ್ತರಿಸಿದೆ. ಪ್ರೋಟೀನ್ ಘಟಕಗಳನ್ನು ಸಂರಕ್ಷಿಸಲಾಗಿದೆ ಪಿಎಸ್ಸಿಎನ್ವಿ ಜೀನೋಮ್ ನಿಡೋವೈರಸ್ಗಳ ನಡುವೆ ಸಂರಕ್ಷಿಸಲಾಗಿರುವ ಗುರುತಿಸಬಹುದಾದ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಡೊಮೇನ್ಗಳನ್ನು ಎನ್ಕೋಡ್ ಮಾಡುತ್ತದೆ-ಅವುಗಳೆಂದರೆ ಮುಖ್ಯ ಪ್ರೋಟಿಯೇಸ್ (3ಸಿಎಲ್ ತರಹದ ಪ್ರೋಟಿಯೇಸ್) ಎರಡೂ ತುದಿಗಳಲ್ಲಿ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಮೆಂಬ್ರೇನ್ ಡೊಮೇನ್ಗಳಿಂದ ಸುತ್ತುವರೆದಿದೆ, ನಿರಾನ್ ಎಂದು ಕರೆಯಲ್ಪಡುವ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟಿಡಿಲ್ಟ್ರಾನ್ಸ್ಫರೇಸ್ ಡೊಮೇನ್, ಆರ್ಎನ್ಎ-ಅವಲಂಬಿತ ಆರ್ಎನ್ಎ ಪಾಲಿಮರೇಸ್ (ಆರ್ಡಿಆರ್ಪಿ), ಸತು-ಬಂಧಿಸುವ ಡೊಮೇನ್ ಮತ್ತು ಹೆಲಿಕೇಸ್. ಇದು ಮೀಥೈಲ್ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಫರೇಸ್ಗಳನ್ನು ಸಹ ಹೊಂದಿರುತ್ತದೆ ಮತ್ತು-ದೊಡ್ಡ ಜೀನೋಮ್ಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಇತರ ನಿಡೋವೈರಸ್ಗಳಂತೆ-ಪ್ರೂಫ್ ರೀಡಿಂಗ್ ಎಕ್ಸೋರಿಬೋನ್ಯೂಕ್ಲೀಸ್ (ಎಕ್ಸೋಎನ್), ಇದು ದೊಡ್ಡ ಜೀನೋಮ್ ಅನ್ನು ಪುನರಾವರ್ತಿಸಲು ಸಾಕಷ್ಟು ಪ್ರತಿಕೃತಿ ನಿಷ್ಠೆಗೆ ಅಗತ್ಯವಾಗಿರುತ್ತದೆ. ಆದಾಗ್ಯೂ, ಎಕ್ಸೋಎನ್ ರಚನೆ ಮತ್ತು ಸಕ್ರಿಯ ಸೈಟ್ ಅವಶೇಷಗಳು ಇತರ ನಿಡೋವೈರಲ್ ಉದಾಹರಣೆಗಳಿಂದ ಭಿನ್ನವಾಗಿವೆ, ಮತ್ತು 3ಸಿಎಲ್ ತರಹದ ಪ್ರೋಟಿಯೇಸ್ ಇತರ ನಿಡೋವೈರಸ್ಗಳ ವಿಶಿಷ್ಟವಾದ ಸಿಸ್ಟೀನ್ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಫೈಲ್ಗೆ ವ್ಯತಿರಿಕ್ತವಾಗಿ ಸೆರಿನ್-ಹಿಸ್ಟಿಡಿನ್-ಆಸ್ಪರ್ಟೇಟ್ ವೇಗವರ್ಧಕ ತ್ರಿಕೋನವನ್ನು ಬಳಸುತ್ತದೆ. ತಿಳಿದಿರುವ ನಿಡೋವೈರಸ್ಗಳಲ್ಲಿ ಅನನ್ಯವಾಗಿ, ಪಿಎಸ್ಸಿಎನ್ವಿ ಹಲವಾರು ಇತರ ಗುರುತಿಸಬಹುದಾದ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಡೊಮೇನ್ಗಳನ್ನು ಸಹ ಎನ್ಕೋಡ್ ಮಾಡುತ್ತದೆ, ಬಹುಶಃ ಹೋಸ್ಟ್ನಿಂದ ಪಡೆಯಲಾಗಿದೆ. ಪಿಎಸ್ಸಿಎನ್ವಿ ರಿಬೊನ್ಯೂಕ್ಲೀಸ್ ಟಿ2, ಎರಡು ಫೈಬ್ರೊನೆಕ್ಟಿನ್ ಟೈಪ್ II ಡೊಮೇನ್ಗಳು ಮತ್ತು ಮೂರು ಆಂಕರಿನ್ ಪುನರಾವರ್ತನೆಗಳನ್ನು ಸಂಕೇತಿಸುತ್ತದೆ. ಆತಿಥೇಯ ಪಿ. ಎಸ್. ಸಿ. ಎನ್. ವಿ. ಯು ಅಲೈಂಗಿಕವಾಗಿ ಸಂತಾನೋತ್ಪತ್ತಿ ಮಾಡುವ ಮತ್ತು ಲೈಂಗಿಕ ತಳಿಗಳೆರಡನ್ನೂ ಒಳಗೊಂಡಂತೆ ಷ್ಮಿಡ್ಟಿಯಾ ಮೆಡಿಟರೇನಿಯಾ ಪ್ರಭೇದದ ಪ್ಲಾನೇರಿಯನ್ನರ ಸ್ರವಿಸುವ ಕೋಶಗಳಿಗೆ ಸೋಂಕು ತರುತ್ತದೆ ಎಂದು ಪ್ರಾಯೋಗಿಕವಾಗಿ ತೋರಿಸಲಾಗಿದೆ. ಕೊರೊನಾವೈರಸ್ ಜೀನೋಮ್ನಂತೆಯೇ ಅನುಕ್ರಮಗಳಿಗಾಗಿ ಈ ಜೀವಿಗಳ ಪ್ರತಿಲೇಖನಗಳನ್ನು ಹುಡುಕುವ ಮೂಲಕ ಇದನ್ನು ಕಂಡುಹಿಡಿಯಲಾಯಿತು. ಇದು ಅಂತಹ ಅನೇಕ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮ್ ಡೇಟಾಸೆಟ್ಗಳಲ್ಲಿ ಕಂಡುಬರುತ್ತದೆ, ಇದು ಪ್ರಯೋಗಾಲಯ ಎಸ್. ಮೆಡಿಟರೇನಿಯಾದ ಸೋಂಕು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿದೆ ಎಂದು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ, ವಿಶೇಷವಾಗಿ ಲೈಂಗಿಕ ತಳಿಗಳಲ್ಲಿ. ವರ್ಗೀಕರಣ ಪಿಎಸ್ಸಿಎನ್ವಿ ಜೀನೋಮ್ ಎಲ್ಲಾ ನಿಡೋವೈರಸ್ಗಳಲ್ಲಿ ಸಂರಕ್ಷಿಸಲಾದ ಐದು ವಿಶಿಷ್ಟ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಡೊಮೇನ್ಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ. ಅದರ ಜೀನೋಮ್ನ ಫೈಲೋಜೆನೆಟಿಕ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ, ಇದು ಅಕಶೇರುಕ ಆತಿಥೇಯರಿಗೆ ಸೋಂಕು ತಗಲುವ ಇತರ ನಿಡೋವೈರಸ್ಗಳೊಂದಿಗೆ ಸಮೂಹಗೊಳ್ಳುತ್ತದೆ. ಪಿಎಸ್ಸಿಎನ್ವಿ ಉಪಜಾತಿಯಾದ ಡುಮೆಡಿವೈರಸ್ನ ಏಕೈಕ ಸದಸ್ಯನಾಗಿದ್ದು, ಆಲ್ಫಮೋನೋನಿವೈರಸ್ ಕುಲದ ಏಕೈಕ ಸದಸ್ಯನಾಗಿದ್ದಾನೆ. ಆರ್ಎನ್ಎ-ಅವಲಂಬಿತ ಆರ್ಎನ್ಎ ಪಾಲಿಮರೇಸ್ (ಆರ್ಡಿಆರ್ಪಿ) ಅನುಕ್ರಮಗಳ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ಆರ್ಎನ್ಎ ವೈರಸ್ ಜೀನೋಮ್ಗಳ ದೊಡ್ಡ ಗುಂಪುಗಳ ಹೆಚ್ಚಿನ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು ನಿಡೋವೈರಸ್ಗಳನ್ನು "ಪಿಕೋರ್ನಾವೈರಸ್ ಸೂಪರ್ಗ್ರೂಪ್" ಎಂದು ಕರೆಯಲ್ಪಡುತ್ತದೆ, ಇದು ಜೀನೋಮ್ ಗಾತ್ರಗಳ ದೊಡ್ಡ ಶ್ರೇಣಿಯನ್ನು ವ್ಯಾಪಿಸಿರುವ ವೈರಸ್ಗಳ ವೈವಿಧ್ಯಮಯ ಗುಂಪು-ಪಿಎಸ್ಸಿಎನ್ವಿ ಯಿಂದ, ಅತಿದೊಡ್ಡ ಆರ್ಎನ್ಎ ವೈರಸ್, ಸೊಬೆಮೊವೈರಸ್ಗಳವರೆಗೆ, ಚಿಕ್ಕ ಆರ್ಎನ್ಎ ವೈರಸ್ಗಳಲ್ಲಿ-ಮತ್ತು ಆರ್ಡಿಆರ್ಪಿ ಹೊರತುಪಡಿಸಿ ಯಾವುದೇ ಸಾಮಾನ್ಯ ಜೀನ್ಗಳನ್ನು ಹಂಚಿಕೊಳ್ಳುವುದಿಲ್ಲ. ಉಲ್ಲೇಖಗಳು ನಿಡೋವೈರಲ್ಸ್ ಇನ್ಫ್ರಾಸ್ಪೆಸಿಫಿಕ್ ವೈರಸ್ ಟ್ಯಾಕ್ಸಾ