Deterministic Barcoding in Tissue for Spatial Omics Sequencing
ಸ್ಪೇಷಿಯಲ್ ಓಮಿಕ್ಸ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ (ಡಿಬಿಐಟಿ-ಸೆಕ್) ಗಾಗಿ ಡಿಟರ್ಮಿನಿಸ್ಟಿಕ್ ಬಾರ್ಕೋಡಿಂಗ್ ಅನ್ನು ಯೇಲ್ ವಿಶ್ವವಿದ್ಯಾಲಯದಲ್ಲಿ 2020 ರಲ್ಲಿ ರಾಂಗ್ ಫ್ಯಾನ್ ಮತ್ತು ಸಹೋದ್ಯೋಗಿಗಳು ಅಂಗಾಂಶದ ಮಾದರಿಯೊಳಗೆ ಸ್ಪೇಷಿಯಲ್ ಜೀನ್ ಎಕ್ಸ್ಪ್ರೆಶನ್ ಹೆಟೆರೊಜೆನಿಸಿಟಿಯನ್ನು ಅಧ್ಯಯನ ಮಾಡಲು ಮಲ್ಟಿ-ಓಮಿಕ್ಸ್ ವಿಧಾನವನ್ನು ರಚಿಸಲು ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಿದರು. ಈ ವಿಧಾನವನ್ನು ತಾಜಾ ಅಥವಾ ಹೆಪ್ಪುಗಟ್ಟಿದ ಫಾರ್ಮಾಲ್ಡಿಹೈಡ್-ಸ್ಥಿರ ಅಂಗಾಂಶದ ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ ಏಕ-ಕೋಶದ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ನಲ್ಲಿ ಸಹ-ಮ್ಯಾಪಿಂಗ್ ಎಂಆರ್ಎನ್ಎ ಮತ್ತು ಪ್ರೋಟೀನ್ ಮಟ್ಟಗಳಿಗೆ ಬಳಸಬಹುದು. ಡಿಬಿಐಟಿ-ಸೆಕ್ ಮುಂದಿನ ಪೀಳಿಗೆಯ ಅನುಕ್ರಮ (ಎನ್ಜಿಎಸ್) ಮತ್ತು ಮೈಕ್ರೋಫ್ಲೂಯಿಡಿಕ್ಸ್ ಅನ್ನು ಬಳಸುತ್ತದೆ. ಈ ವಿಧಾನವು ಅಂಗಾಂಶದ ಮಾದರಿಯ ಏಕಕಾಲಿಕ ಪ್ರಾದೇಶಿಕ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಮತ್ತು ಪ್ರೋಟಿಯೋಮಿಕ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗೆ ಅವಕಾಶ ನೀಡುತ್ತದೆ. ಪ್ರತಿ ಪಿಕ್ಸೆಲ್ಗೆ ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಬಹುದಾದ ಜೀನ್ಗಳ ಸಂಖ್ಯೆಯನ್ನು ಹೆಚ್ಚಿಸುವ ಮೂಲಕ, ಸೆಲ್ಯುಲಾರ್ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ ಅನ್ನು ಹೆಚ್ಚಿಸುವ ಮೂಲಕ ಮತ್ತು ಅನುಷ್ಠಾನವನ್ನು ಸುಲಭಗೊಳಿಸುವ ಮೂಲಕ ಹೈ-ಡೆಫಿನಿಷನ್ ಸ್ಪೇಷಿಯಲ್ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮಿಕ್ಸ್ (ಎಚ್. ಡಿ. ಎಸ್. ಟಿ) ಮತ್ತು ಸ್ಲೈಡ್-ಸೆಕ್ನಂತಹ ಹಿಂದಿನ ಸ್ಪೇಷಿಯಲ್ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮಿಕ್ಸ್ ಅಪ್ಲಿಕೇಶನ್ಗಳ ಮೇಲೆ ಡಿಬಿಐಟಿ-ಸೆಕ್ ಸುಧಾರಿಸುತ್ತದೆ. ಬಹುಕೋಶೀಯ ವ್ಯವಸ್ಥೆಗಳಲ್ಲಿ ಪ್ರತಿಯೊಂದು ಜೀವಕೋಶದ ಕಾರ್ಯವು ಅವುಗಳ ಪ್ರಾದೇಶಿಕ ಸ್ಥಳ ಮತ್ತು ಸುತ್ತಮುತ್ತಲಿನ ಪ್ರದೇಶಗಳಿಂದ ಪ್ರಭಾವಿತವಾಗಿರುತ್ತದೆ. ಹೀಗಾಗಿ, ಪ್ರಾದೇಶಿಕ ಸನ್ನಿವೇಶದಲ್ಲಿ ಅಂಗಾಂಶದಾದ್ಯಂತ ಎಂಆರ್ಎನ್ಎ ಮತ್ತು ಪ್ರೋಟೀನ್ ಮಟ್ಟಗಳೆರಡನ್ನೂ ವಿವರಿಸಲು ಡಿಬಿಐಟಿ-ಸೆಕ್ ಅನುಷ್ಠಾನವು ಅನೇಕ ಜೈವಿಕ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಗಳ ಬಗ್ಗೆ ಉತ್ತಮ ತಿಳುವಳಿಕೆಗೆ ಕಾರಣವಾಗಬಹುದು. ಡಿಬಿಐಟಿ-ಸೆಕ್ ಅನ್ನು ಆಂಕೊಲಾಜಿ, ಡೆವಲಪ್ಮೆಂಟಲ್ ಬಯಾಲಜಿ ಮತ್ತು ಪ್ಯಾಥಾಲಜಿಯಂತಹ ವಿವಿಧ ಕ್ಷೇತ್ರಗಳಲ್ಲಿ ಬಳಸಬಹುದು. ಬೆಳವಣಿಗೆಯ ಜೀವಶಾಸ್ತ್ರದಲ್ಲಿ ಬಳಕೆಯು ಆರ್ಗನೋಜೆನೆಸಿಸ್ ಹೇಗೆ ಸಂಭವಿಸುತ್ತದೆ ಎಂಬುದರ ಬಗ್ಗೆ ಉತ್ತಮ ತಿಳುವಳಿಕೆಗೆ ಕಾರಣವಾಗಬಹುದು ಮತ್ತು ಆಂಕೊಲಾಜಿಯಲ್ಲಿ ಇದು ಟ್ಯೂಮರಿಜೆನೆಸಿಸ್ ಮತ್ತು ಪ್ರಗತಿಯಲ್ಲಿ ವೈವಿಧ್ಯತೆಯ ಪಾತ್ರದ ಬಗ್ಗೆ ಹೆಚ್ಚಿನ ಒಳನೋಟವನ್ನು ಒದಗಿಸಬಹುದು. ವಿಧಾನಶಾಸ್ತ್ರ ಡಿಬಿಐಟಿ-ಸೆಕ್ ನಿಖರವಾಗಿ ನಿಯಂತ್ರಿತ ಮಾದರಿಯಲ್ಲಿ ಒಲಿಗೋನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಬಾರ್ಕೋಡ್ಗಳನ್ನು ತಲುಪಿಸಲು ಮೈಕ್ರೋಫ್ಲೂಯಿಡಿಕ್ಸ್ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯನ್ನು ಬಳಸುತ್ತದೆ. ಈ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯು ಎ1ಬಿ1, ಎ1ಬಿ2 ಎಂದು ಹೆಸರಿಸಲಾದ ವಿಭಾಗದಾದ್ಯಂತ ವಿಶಿಷ್ಟವಾದ ಬಾರ್ಕೋಡ್ಗಳ ಗ್ರಿಡ್ ಅನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸಲು ಎರಡು ಸೆಟ್ಗಳ ಒಲಿಗೋನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಬಾರ್ಕೋಡ್ಗಳನ್ನು (ಎ1-ಎ50 ಮತ್ತು ಬಿ1-ಬಿ50) ಲಂಬವಾಗಿ ಅನ್ವಯಿಸುತ್ತದೆ. ಸಾಧನ ತಯಾರಿಕೆ ಡಿಬಿಐಟಿ-ಸೆಕ್ಗೆ ಬಾರ್ಕೋಡ್ಗಳನ್ನು ತಲುಪಿಸಲು ವಿಶೇಷವಾಗಿ ರಚಿಸಲಾದ ಮೈಕ್ರೋಫ್ಲೂಯಿಡಿಕ್ಸ್ ಸಾಧನದ ಅಗತ್ಯವಿದೆ. ಮೈಕ್ರೊಫ್ಲೂಯಿಡಿಕ್ಸ್ ಮೈಕ್ರಾನ್ ಪ್ರಮಾಣದಲ್ಲಿ ದ್ರವಗಳ ನಿಖರವಾದ ಕುಶಲತೆಯನ್ನು ಶಕ್ತಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ. DBiTseq ಸಾಧನವನ್ನು ಸಿಲಿಕಾನ್ ವೇಫರ್ ಅಚ್ಚಿನಲ್ಲಿ ಪಾಲಿಡಿಮೆಥೈಲ್ಸಿಲೋಕ್ಸೇನ್ (PDMS) ಅನ್ನು ಬಳಸಿ ತಯಾರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಈ ಸಾಧನವು ಬಳಕೆದಾರರಿಗೆ ಯಾವುದೇ ವಿಶೇಷ ಉಪಕರಣಗಳಿಲ್ಲದೆ ಸ್ಥೂಲ ಪ್ರಮಾಣದಲ್ಲಿ ಸೂಕ್ತವಾದ ವಾಹಿನಿಗಳಲ್ಲಿ ದ್ರವ ಕಾರಕಗಳನ್ನು ಠೇವಣಿ ಮಾಡಲು ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ. ಈ ಕಾರಕಗಳನ್ನು ನಂತರ ನಿರ್ವಾತದಿಂದ ಅಂಗಾಂಶ ವಿಭಾಗದ ಮೇಲ್ಮೈಯಲ್ಲಿ 10,25, ಅಥವಾ 50 ಮೈಕ್ರೋಮೀಟರ್ ಅಗಲದ ಕಾಲುವೆಗಳ ಮೂಲಕ ಎಳೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ. ಡಿಬಿಐಟಿ-ಸೆಕ್ ಸಾಧನದ ಇತರ ಘಟಕಗಳೆಂದರೆ ಎರಡು ಪಿಡಿಎಂಎಸ್ ಜಲಾಶಯಗಳು ಮತ್ತು ಅಂಗಾಂಶಕ್ಕೆ ಸಾಧನದ ಫ್ಲಶ್ ಅನ್ನು ಹಿಡಿದಿಡಲು ಅಕ್ರಿಲಿಕ್ ಕ್ಲ್ಯಾಂಪ್ ವ್ಯವಸ್ಥೆ. ಅಂಗಾಂಶ ತಯಾರಿಕೆ ಮತ್ತು ಪ್ರತಿಕಾಯ ಕಲೆಹಾಕುವಿಕೆಯು ಡಿಬಿಐಟಿ-ಸೆಕ್ನ ಒಂದು ಪ್ರಯೋಜನವೆಂದರೆ ಅಂಗಾಂಶ ಸ್ಥಿರೀಕರಣ ಎಂದು ಕರೆಯಲ್ಪಡುವ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಯಲ್ಲಿ ಫಾರ್ಮಾಲ್ಡಿಹೈಡ್ನೊಂದಿಗೆ ಸಂರಕ್ಷಿಸಲಾದ ಅಂಗಾಂಶ ಸ್ಲೈಡ್ಗಳ ಮೇಲೆ ಅದನ್ನು ಬಳಸುವ ಸಾಮರ್ಥ್ಯ, ಇದು ಇತರ ಪ್ರಾದೇಶಿಕ ಓಮಿಕ್ಸ್ ವಿಧಾನಗಳೊಂದಿಗೆ ಹೊಂದಿಕೆಯಾಗುವುದಿಲ್ಲ. ಅಂಗಾಂಶಗಳನ್ನು ಹೆಪ್ಪುಗಟ್ಟಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಸ್ಥಿರಗೊಳಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಗಾಜಿನ ಸ್ಲೈಡ್ಗಳ ಮೇಲೆ ಜೋಡಿಸಲಾದ ಅತ್ಯಂತ ತೆಳುವಾದ ಚೂರುಗಳಾಗಿ ವಿಂಗಡಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಮಾದರಿಯಲ್ಲಿನ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳ ಬಗ್ಗೆ ಮಾಹಿತಿಯು ಬಯಸಿದಲ್ಲಿ, ಅಂಗಾಂಶವನ್ನು ಮೊದಲು ಪ್ರತಿಕಾಯ-ಪಡೆದ ಡಿಎನ್ಎ ಟ್ಯಾಗ್ಗಳಿಂದ (ಎಡಿಟಿಗಳು) ಬಣ್ಣ ಮಾಡಲಾಗುತ್ತದೆ. ಎ. ಡಿ. ಟಿಗಳು ವಿಶಿಷ್ಟವಾದ ಬಾರ್ಕೋಡ್ ಅನುಕ್ರಮ ಮತ್ತು ಪಾಲಿ-ಎ ಬಾಲ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಒಲಿಗೋನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ಗೆ ಸಂಯೋಜಿತವಾದ ಪ್ರತಿಕಾಯದಿಂದ ಮಾಡಲ್ಪಟ್ಟಿವೆ. ಪಾಲಿ-ಎ ಬಾಲವನ್ನು ಬಾರ್ಕೋಡ್ ಎ ಯಲ್ಲಿರುವ ಪಾಲಿ-ಟಿ ಅನುಕ್ರಮದಿಂದ ಗುರುತಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಇದು ಪ್ರಾದೇಶಿಕ ಸ್ಥಳದೊಂದಿಗೆ ಸಂಬಂಧ ಹೊಂದಲು ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ. ಬಾರ್ಕೋಡಿಂಗ್ ಪ್ರತಿಕಾಯಗಳ ಬಣ್ಣವನ್ನು ಅನುಸರಿಸಿ (ಬಯಸಿದಲ್ಲಿ), ಮೊದಲ ಮೈಕ್ರೋಫ್ಲೂಯಿಡಿಕ್ಸ್ ಚಿಪ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು 50 ಬಾರ್ಕೋಡ್ಗಳ ಮೊದಲ ಗುಂಪನ್ನು ಅಂಗಾಂಶದ ಮಾದರಿಗೆ ಅನ್ವಯಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಪ್ರತಿ 'ಎ' ಪ್ರೈಮರ್ ವಿಶಿಷ್ಟವಾದ ಬಾರ್ಕೋಡ್ ಅನುಕ್ರಮ, ಬಂಧನ ಲಿಂಕರ್ ಮತ್ತು ಪಾಲಿ ಟಿ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಹೊಂದಿರುತ್ತದೆ. ಪಾಲಿ-ಟಿ ಅನುಕ್ರಮವು ಅಂಗಾಂಶದ ಮಾದರಿಯಲ್ಲಿ ಎಂಆರ್ಎನ್ಎಗಳ ಮೇಲೆ ಮತ್ತು ಮೊದಲು ಅನ್ವಯಿಸಲಾದ ಎಡಿಟಿಗಳ ಮೇಲೆ ಪಾಲಿ-ಎ ಬಾಲಕ್ಕೆ ಬಂಧಿಸುತ್ತದೆ. ಹಿಮ್ಮುಖ ಪ್ರತಿಲೇಖನವು ಬಾರ್ಕೋಡ್ ಮತ್ತು ಎಂಆರ್ಎನ್ಎ ಅಥವಾ ಪ್ರತಿಕಾಯ ಟ್ಯಾಗ್ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಮೊದಲ ಸಿಡಿಎನ್ಎ ಸ್ಟ್ರಾಂಡ್ ಅನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸುತ್ತದೆ. ಚಿಪ್ ಬಿ ಅನ್ನು ನಂತರ ಅದೇ ಟಿಶ್ಯೂ ಸ್ಲೈಡ್ಗೆ ಅನ್ವಯಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಚಿಪ್ ಬಿ ಮೊದಲನೆಯದಕ್ಕೆ ಲಂಬವಾಗಿ ಬಾರ್ಕೋಡ್ಗಳ ಎರಡನೇ ಸೆಟ್ ಅನ್ನು ತಲುಪಿಸುತ್ತದೆ, ಗ್ರಿಡ್ ಮಾದರಿಯನ್ನು ರಚಿಸುತ್ತದೆ. ಪ್ರತಿಯೊಂದು 'ಬಿ' ಆಲಿಗೋನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಒಂದು ವಿಶಿಷ್ಟವಾದ ಬಾರ್ಕೋಡ್ ಅನುಕ್ರಮ, ಪಿಸಿಆರ್ ಹ್ಯಾಂಡಲ್, ಬಂಧನ ಲಿಂಕರ್ ಮತ್ತು ಸಿಡಿಎನ್ಎ ಶುದ್ಧೀಕರಣಕ್ಕಾಗಿ ಬಯೋಟಿನ್ ಅನ್ನು ಹೊಂದಿರುತ್ತದೆ. ಎ ಮತ್ತು ಬಿ ಬಾರ್ಕೋಡ್ಗಳನ್ನು ಒಂದೇ ಡಿಎನ್ಎ ಸ್ಟ್ರಾಂಡ್ನಲ್ಲಿ ಒಟ್ಟುಗೂಡಿಸಲು ಬಂಧನ ಲಿಂಕರ್ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಅಂತಿಮವಾಗಿ, ಲೈಸಿಸ್ ಹಂತವು ಅಂಗಾಂಶದಿಂದ ಸಿಡಿಎನ್ಎಯನ್ನು ಎಲ್ಲಾ ಬಾರ್ಕೋಡ್ ಎಳೆಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಸಂಗ್ರಹಿತ ಮಾದರಿಯಲ್ಲಿ ಹೊರತೆಗೆಯುತ್ತದೆ. ಗ್ರಂಥಾಲಯದ ಸಿದ್ಧತೆ ಮತ್ತು ಅನುಕ್ರಮ 3ನೇ ಹಂತದಲ್ಲಿ ಉತ್ಪತ್ತಿಯಾಗುವ ಸಿ. ಡಿ. ಎನ್. ಎ. ಲೈಸೇಟ್ ಅನ್ನು ಬಾರ್ಕೋಡ್ ಬಿ ಯಲ್ಲಿರುವ ಬಯೋಟಿನ್ ಅನ್ನು ಗುರುತಿಸುವ ಸ್ಟ್ರೆಪ್ಟಾವಿಡಿನ್ ಮಣಿಗಳನ್ನು ಬಳಸಿ ಶುದ್ಧೀಕರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಪೂರಕ ಸಿಡಿಎನ್ಎ ಸ್ಟ್ರಾಂಡ್ ಅನ್ನು ನಂತರ ರಿವರ್ಸ್ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಷನ್ನಿಂದ ಸಂಶ್ಲೇಷಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ನಂತರ ಪಿಸಿಆರ್ ವರ್ಧನೆ ಮತ್ತು ಗ್ರಂಥಾಲಯದ ಅಂತಿಮ ಶುದ್ಧೀಕರಣವನ್ನು ಮಾಡಲಾಗುತ್ತದೆ. ಗ್ರಂಥಾಲಯವನ್ನು ಮುಂದಿನ ಪೀಳಿಗೆಯ (ಇಲ್ಯೂಮಿನಾ) ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಅನುಕ್ರಮಗೊಳಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ದತ್ತಾಂಶ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ ಬಾರ್ಕೋಡ್ಗಳಿಂದ ಪಡೆದ ಪ್ರಾದೇಶಿಕ ಮಾಹಿತಿಯ ನಿಖರವಾದ ಸಂಯೋಜನೆಯನ್ನು ಸಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸಲು ಪ್ರತಿ ಬಾರ್ಕೋಡಿಂಗ್ ಹಂತದ ಮೊದಲು, ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಮತ್ತು ನಂತರ ಅಂಗಾಂಶ ಸ್ಲೈಡ್ ಅನ್ನು ಚಿತ್ರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಪ್ರತಿ ಎಂಆರ್ಎನ್ಎ ಅನುಕ್ರಮದೊಂದಿಗೆ ಬಾರ್ಕೋಡ್ಗಳನ್ನು ಸಂಯೋಜಿಸುವುದು ಅಂಗಾಂಶದ ಪ್ರಾದೇಶಿಕ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮಿಕ್ಸ್ ನಕ್ಷೆಯನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ. ಇದು ಏಕ-ಕೋಶ ವಿಧಾನವಲ್ಲದಿದ್ದರೂ, 10 ಯುಎಂ ಚಾನೆಲ್ಗಳು ಪ್ರತಿ ಚದರಕ್ಕೆ ಕೇವಲ 1-2 ಕೋಶಗಳನ್ನು ಮಾತ್ರ ಸೆರೆಹಿಡಿಯುತ್ತವೆ, ಇದು ಏಕ-ಕೋಶದ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ ಅನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸುತ್ತದೆ. ಎಡಿಟಿ ಅನುಕ್ರಮಗಳು ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮಿಕ್ ದತ್ತಾಂಶಕ್ಕೆ ಹೋಲಿಸಬಹುದಾದ ಪ್ರಾದೇಶಿಕ ಪ್ರೋಟಿಯೋಮಿಕ್ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಸೆರೆಹಿಡಿಯುತ್ತವೆ. ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಜೀವಕೋಶದ ಜನಸಂಖ್ಯೆಯನ್ನು ಎರಡು ರೀತಿಯಲ್ಲಿ ಗುರುತಿಸಬಹುದು. ಮೊದಲನೆಯದಾಗಿ, ಪ್ರತಿ ಜೀವಕೋಶದ ಪ್ರಕಾರಕ್ಕೆ ಹಿಂದಿನ ಏಕ-ಜೀವಕೋಶದ ಆರ್ಎನ್ಎ-ಸೆಕ್ (ಎಸ್ಸಿಆರ್ಎನ್ಎ-ಸೆಕ್) ಪ್ರೊಫೈಲ್ಗಳಿಗೆ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮ್ ಅನ್ನು ಹೊಂದಿಸುವ ಮೂಲಕ. ಎರಡನೆಯದಾಗಿ, ಎಸ್. ಸಿ. ಆರ್. ಎನ್. ಎ-ಸೆಕ್ ದತ್ತಾಂಶವಿಲ್ಲದೆ ಅಂಗಾಂಶದ ಪ್ರಕಾರಗಳನ್ನು ಪ್ರತ್ಯೇಕಿಸಬಲ್ಲ ಮಾದರಿ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆಯ ತಂತ್ರಾಂಶವಾದ ಸ್ಪೇಷಿಯಲ್ ಡಿಫರೆನ್ಷಿಯಲ್ ಎಕ್ಸ್ಪ್ರೆಶನ್ (ಸ್ಪೇಷಿಯಲ್ ಡಿಇ) ಅನ್ನು ಬಳಸುವುದು. ಪ್ರಯೋಜನಗಳು ಮತ್ತು ಮಿತಿಗಳು ಡಿಬಿಐಟಿ-ಸೆಕ್ ಎಂಆರ್ಎನ್ಎಗಳು ಮತ್ತು ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳ ಸಹ-ನಕ್ಷೆಯನ್ನು ಅನುಮತಿಸುವ ಮೂಲಕ ಇತರ ಪ್ರಾದೇಶಿಕ-ಓಮಿಕ್ಸ್ ತಂತ್ರಗಳಿಗಿಂತ ಪ್ರಯೋಜನವನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ. ಇದು ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಾಗಿ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮಿಕ್ ಮತ್ತು ಪ್ರೋಟಿಯೋಮಿಕ್ ದತ್ತಾಂಶ ಎರಡನ್ನೂ ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ. ಈ ತಂತ್ರವನ್ನು ಸುಲಭವಾಗಿ ಕಾರ್ಯಗತಗೊಳಿಸಬಹುದು ಮತ್ತು ಸಂಶೋಧಕರ ಅಗತ್ಯತೆಗಳು ಮತ್ತು ಆಸಕ್ತಿಯ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳಿಗೆ ಹೊಂದಿಕೊಳ್ಳಬಹುದು. ಈ ವಿಧಾನವನ್ನು ಎಚ್ & ಇ ಮತ್ತು ಇಮ್ಯುನೊಸ್ಟೈನ್ಡ್ ಅಂಗಾಂಶದ ಮಾದರಿಗಳ ಮೇಲೆ ಮತ್ತು ಫಾರ್ಮಾಲ್ಡಿಹೈಡ್-ಸ್ಥಿರ ಅಂಗಾಂಶದ ಮಾದರಿಗಳೊಂದಿಗೆ ಯಶಸ್ವಿಯಾಗಿ ಬಳಸಬಹುದು. ಬಾರ್ಕೋಡಿಂಗ್ಗೆ ಬಳಸುವ ಚಾನೆಲ್ಗಳನ್ನು 10 ಮೈಕ್ರೋಮೀಟರ್, 25 ಮೈಕ್ರೋಮೀಟರ್ ಮತ್ತು 50 ಮೈಕ್ರೋಮೀಟರ್ಗಳ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ ಅವಶ್ಯಕತೆಗಳಿಗೆ ಸರಿಹೊಂದಿಸಲು ಬದಲಾಯಿಸಬಹುದು. ಮಿತಿಗಳು ಡಿಬಿಐಟಿ-ಸೆಕ್ನ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ ಒಂದೇ ಕೋಶದ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ ಅನ್ನು ಹೊಂದಿಲ್ಲ, ಆದರೆ ಇದು ಒಂದೇ ಕೋಶದ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ಗೆ ಹತ್ತಿರದಲ್ಲಿದೆ. ಪಿಕ್ಸೆಲ್ ಗಾತ್ರವು ~ 5 ಮೈಕ್ರಾನ್ಗಳ ಸೈದ್ಧಾಂತಿಕ ಮಿತಿಯನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ, ಇದು ಒಂದೇ ಜೀವಕೋಶದ ವೀಕ್ಷಣೆಯ ಏಕ ಅಥವಾ ಭಾಗವನ್ನು ಅನುಮತಿಸುವಷ್ಟು ಚಿಕ್ಕದಾಗಿದೆ ಆದರೆ ಅದನ್ನು ಕಾರ್ಯಗತಗೊಳಿಸಲಾಗಿಲ್ಲ. ಪ್ರಸ್ತುತ ಚಾನೆಲ್ ಸಂರಚನೆಗಳೊಂದಿಗೆ ಅಂಗಾಂಶದ ಮೇಲೆ ಮ್ಯಾಪಿಂಗ್ ಪ್ರದೇಶಕ್ಕೆ ಗಾತ್ರದ ಮಿತಿಯಿದೆ, 10 ಮೈಕ್ರೋಮೀಟರ್ ಚಾನೆಲ್ಗಳನ್ನು ಬಳಸುವುದರಿಂದ ಇದು ಅಂಗಾಂಶದ 1 ಮಿಮೀ × 1 ಮಿಮೀ ಪ್ರದೇಶವನ್ನು ಮಾತ್ರ ಮ್ಯಾಪ್ ಮಾಡಲು ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ. ಈ ಮಿತಿಯನ್ನು ನಿವಾರಿಸಲು, ಆವರಿಸಿರುವ ಪ್ರದೇಶವನ್ನು ಹೆಚ್ಚಿಸಲು ಹೆಚ್ಚುವರಿ ಬಾರ್ಕೋಡಿಂಗ್ ಚಾನೆಲ್ಗಳನ್ನು ಸೇರಿಸಬಹುದು. ಸಾರಾಂಶ ಅಂಗಾಂಶಗಳು ಜೀವಕೋಶಗಳ ವೈವಿಧ್ಯಮಯ ಸಮೂಹಗಳಿಂದ ಮಾಡಲ್ಪಟ್ಟಿವೆ. ಈ ಜೀವಕೋಶಗಳು ಹೇಗೆ ಒಟ್ಟಾಗಿ ಕಾರ್ಯನಿರ್ವಹಿಸುತ್ತವೆ ಮತ್ತು ಅಂಗಾಂಶದಲ್ಲಿನ ಪ್ರತಿಯೊಂದು ಜೀವಕೋಶದ ಪ್ರಕಾರದ ಪಾತ್ರವನ್ನು ಅರ್ಥಮಾಡಿಕೊಳ್ಳುವುದು ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಸಂಶೋಧನೆ ಮತ್ತು ಬೆಳವಣಿಗೆಯ ಜೀವಶಾಸ್ತ್ರದಂತಹ ಕ್ಷೇತ್ರಗಳಲ್ಲಿ ಮುಖ್ಯವಾಗಿದೆ. ಏಕಕೋಶದ ಓಮಿಕ್ಸ್ ತಂತ್ರಜ್ಞಾನಗಳಲ್ಲಿನ ಪ್ರಗತಿಗಳು ಈ ಸಂಕೀರ್ಣ ಪರಿಸರಗಳನ್ನು ಅರ್ಥಮಾಡಿಕೊಳ್ಳುವ ನಮ್ಮ ಪ್ರಯತ್ನವನ್ನು ಸುಧಾರಿಸಿದ್ದರೂ, ಪ್ರಾದೇಶಿಕ ಮಾಹಿತಿಯ ಕೊರತೆಯು ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿದೆ. ಪ್ರಾದೇಶಿಕ ಓಮಿಕ್ಸ್ನ ಆಗಮನದಿಂದ ಇದು ಸುಧಾರಿಸಿದೆ. ಡಿಬಿಐಟಿ-ಸೆಕ್ ಸ್ಥಿರ ಅಥವಾ ತಾಜಾ ಅಂಗಾಂಶ ವಿಭಾಗಗಳಿಂದ ಪ್ರಾದೇಶಿಕ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಮತ್ತು ಪ್ರೋಟಿಯೋಮಿಕ್ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಪಡೆಯಲು ಪ್ರವೇಶಿಸಬಹುದಾದ ವಿಧಾನವನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ. 10, 25 ಅಥವಾ 50 ಮೈಕ್ರಾನ್ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ನೊಂದಿಗೆ, ಡಿಬಿಐಟಿ-ಸೆಕ್ ಏಕ ಕೋಶ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ ಅನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಹೆಚ್ಚು ವಿಶೇಷವಾದ ಇಮೇಜಿಂಗ್ ಉಪಕರಣಗಳ ಅಗತ್ಯವಿಲ್ಲದೇ ಪ್ರಾದೇಶಿಕ ಓಮಿಕ್ಸ್ ಡೇಟಾವನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ. ಉಲ್ಲೇಖಗಳು ಓಮಿಕ್ಸ್ ಡಿಎನ್ಎ ಬಾರ್ಕೋಡಿಂಗ್