Probalign
ಪ್ರೋಬಾಲೈನ್ ಒಂದು ಅನುಕ್ರಮ ಜೋಡಣೆಯ ಸಾಧನವಾಗಿದ್ದು, ವಿಭಜನೆಯ ಕಾರ್ಯದ ನಂತರದ ಸಂಭವನೀಯತೆಗಳನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಗರಿಷ್ಠ ನಿರೀಕ್ಷಿತ ನಿಖರತೆಯ ಜೋಡಣೆಯನ್ನು ಲೆಕ್ಕ ಹಾಕುತ್ತದೆ. ಬೇಸ್ ಜೋಡಿ ಸಂಭವನೀಯತೆಗಳನ್ನು ಬೋಲ್ಟ್ಜ್ಮನ್ ವಿತರಣೆಯನ್ನು ಹೋಲುವ ಅಂದಾಜನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಅಂದಾಜು ಮಾಡಲಾಗುತ್ತದೆ. ಡೈನಾಮಿಕ್ ಪ್ರೋಗ್ರಾಮಿಂಗ್ ವಿಧಾನವನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ವಿಭಜನೆಯ ಕಾರ್ಯವನ್ನು ಲೆಕ್ಕಹಾಕಲಾಗುತ್ತದೆ. ಅಲ್ಗಾರಿದಮ್ ಬೇಸ್ ಜೋಡಿ ಸಂಭವನೀಯತೆಗಳನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸಲು ಪ್ರೋಬಲೈನ್ ಬಳಸುವ ಅಲ್ಗಾರಿದಮ್ ಅನ್ನು ಈ ಕೆಳಗಿನವು ವಿವರಿಸುತ್ತದೆ. ಜೋಡಣೆ ಸ್ಕೋರ್ ಎರಡು ಅನುಕ್ರಮಗಳ ಜೋಡಣೆಯನ್ನು ಸ್ಕೋರ್ ಮಾಡಲು ಎರಡು ವಿಷಯಗಳು ಬೇಕಾಗುತ್ತವೆಃ ಒಂದು ಹೋಲಿಕೆಯ ಕಾರ್ಯ (ಉದಾ. PAM, BLOSUM,.) ಅಫೈನ್ ಗ್ಯಾಪ್ ಪೆನಾಲ್ಟಿಃ ಒಂದು ಜೋಡಣೆಯ ಸ್ಕೋರ್ ಅನ್ನು ಹೀಗೆ ವ್ಯಾಖ್ಯಾನಿಸಲಾಗಿದೆಃ ಈಗ ಜೋಡಣೆಯ ಬೋಲ್ಟ್ಜ್ಮನ್ ತೂಕದ ಸ್ಕೋರ್ a: ಸ್ಕೇಲಿಂಗ್ ಫ್ಯಾಕ್ಟರ್ ಎಲ್ಲಿದೆ. ಬೋಲ್ಟ್ಜ್ಮನ್ ವಿತರಣೆಯನ್ನು ಊಹಿಸುವ ಜೋಡಣೆಯ ಸಂಭವನೀಯತೆಯನ್ನು ವಿಭಜನೆಯ ಕಾರ್ಯವು ಎಲ್ಲಿದೆ, ಅಂದರೆ. ಎಲ್ಲಾ ಜೋಡಣೆಗಳ ಬೋಲ್ಟ್ಜ್ಮನ್ ತೂಕಗಳ ಮೊತ್ತ. ಡೈನಾಮಿಕ್ ಪ್ರೋಗ್ರಾಮಿಂಗ್ ಪೂರ್ವಪ್ರತ್ಯಯಗಳು ಮತ್ತು ವಿಭಜನೆಯ ಕಾರ್ಯವನ್ನು ಸೂಚಿಸೋಣ. ಮೂರು ವಿಭಿನ್ನ ಪ್ರಕರಣಗಳನ್ನು ಪರಿಗಣಿಸಲಾಗುತ್ತದೆಃ ಹೊಂದಾಣಿಕೆಯಲ್ಲಿ ಕೊನೆಗೊಳ್ಳುವ ಎರಡು ಪೂರ್ವಪ್ರತ್ಯಯಗಳ ಎಲ್ಲಾ ಜೋಡಣೆಗಳ ವಿಭಜನಾ ಕಾರ್ಯ. ಅಳವಡಿಕೆಯಲ್ಲಿ ಕೊನೆಗೊಳ್ಳುವ ಎರಡು ಪೂರ್ವಪ್ರತ್ಯಯಗಳ ಎಲ್ಲಾ ಜೋಡಣೆಗಳ ವಿಭಜನೆಯ ಕಾರ್ಯ. ಅಳಿಸುವಿಕೆಯಲ್ಲಿ ಕೊನೆಗೊಳ್ಳುವ ಎರಡು ಪೂರ್ವಪ್ರತ್ಯಯಗಳ ಎಲ್ಲಾ ಜೋಡಣೆಗಳ ವಿಭಜನೆಯ ಕಾರ್ಯ. ನಂತರ ನಾವು ಹೊಂದಿದ್ದೇವೆಃ ಇನಿಶಿಯಲೈಸೇಶನ್ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ಗಳನ್ನು ಈ ಕೆಳಗಿನಂತೆ ಇನಿಶಿಯಲೈಸ್ ಮಾಡಲಾಗಿದೆಃ ರಿಕರ್ಶನ್ ಎರಡು ಅನುಕ್ರಮಗಳ ಜೋಡಣೆಗಳಿಗಾಗಿ ವಿಭಜನಾ ಕಾರ್ಯವನ್ನು ಪುನರಾವರ್ತಿತವಾಗಿ ಲೆಕ್ಕ ಹಾಕಬಹುದುಃ ಸಾದೃಶ್ಯವಾಗಿ ಬೇಸ್ ಜೋಡಿ ಸಂಭವನೀಯತೆ ಅಂತಿಮವಾಗಿ ಸ್ಥಾನಗಳು ಮತ್ತು ಬೇಸ್ ಜೋಡಿಯನ್ನು ರೂಪಿಸುವ ಸಂಭವನೀಯತೆಯನ್ನು ಹೀಗೆ ನೀಡಲಾಗುತ್ತದೆಃ ಇವು ವಿಲೋಮ ಬೇಸ್ ಜೋಡಿ ಸ್ಟ್ರಿಂಗ್ಗಳೊಂದಿಗೆ ಮರು ಲೆಕ್ಕಾಚಾರ ಮಾಡಲು ಆಯಾ ಮೌಲ್ಯಗಳಾಗಿವೆ. ಪ್ರೋಬಕಾನ್ಸ್ ಮಲ್ಟಿಪಲ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅಲೈನ್ಮೆಂಟ್ ರೆಫೆರೆನ್ಸಸ್ ಬಾಹ್ಯ ಕೊಂಡಿಗಳು ಪ್ರೋಬಾಲೈನ್ ವೆಬ್ ಸರ್ವಿಸ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅಲೈನ್ಮೆಂಟ್ ಕ್ರಮಾವಳಿಗಳನ್ನು ಸಹ ನೋಡಿ.