Swiss-model
ಸ್ವಿಸ್-ಮಾಡೆಲ್ ಎಂಬುದು 3ಡಿ ಪ್ರೋಟೀನ್ ರಚನೆಗಳ ಹೋಮೋಲಜಿ ಮಾಡೆಲಿಂಗ್ಗೆ ಮೀಸಲಾಗಿರುವ ಸ್ಟ್ರಕ್ಚರಲ್ ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್ ವೆಬ್-ಸರ್ವರ್ ಆಗಿದೆ. ಹೋಮೋಲಜಿ ಮಾಡೆಲಿಂಗ್ ಪ್ರಸ್ತುತ ವಿಶ್ವಾಸಾರ್ಹ ಮೂರು ಆಯಾಮದ ಪ್ರೋಟೀನ್ ರಚನೆಯ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸುವ ಅತ್ಯಂತ ನಿಖರವಾದ ವಿಧಾನವಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ಇದನ್ನು ಅನೇಕ ಪ್ರಾಯೋಗಿಕ ಅನ್ವಯಿಕೆಗಳಲ್ಲಿ ವಾಡಿಕೆಯಂತೆ ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಹೋಮೋಲಜಿ (ಅಥವಾ ತುಲನಾತ್ಮಕ) ಮಾಡೆಲಿಂಗ್ ವಿಧಾನಗಳು ವಿಕಾಸಾತ್ಮಕ ಸಂಬಂಧಿತ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳಿಗೆ (ಗುರಿಗಳು) ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ನಿರ್ಮಿಸಲು ಪ್ರಾಯೋಗಿಕ ಪ್ರೋಟೀನ್ ರಚನೆಗಳನ್ನು ("ಟೆಂಪ್ಲೆಟ್ಗಳು") ಬಳಸುತ್ತವೆ. ಇಂದು, ಸ್ವಿಸ್-ಮಾಡೆಲ್ ಮೂರು ಸಮಗ್ರ ಘಟಕಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆಃ (1) ಸ್ವಿಸ್-ಮಾಡೆಲ್ ಪೈಪ್ಲೈನ್-ಸ್ವಯಂಚಾಲಿತ ಪ್ರೋಟೀನ್ ರಚನೆಯ ಮಾಡೆಲಿಂಗ್ಗಾಗಿ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ಉಪಕರಣಗಳು ಮತ್ತು ಡೇಟಾಬೇಸ್ಗಳ ಸೂಟ್, (2) ಸ್ವಿಸ್-ಮಾಡೆಲ್ ಕಾರ್ಯಕ್ಷೇತ್ರ-ವೆಬ್ ಆಧಾರಿತ ಗ್ರಾಫಿಕಲ್ ಯೂಸರ್ ವರ್ಕ್ಬೆಂಚ್, (3) ಸ್ವಿಸ್-ಮಾಡೆಲ್ ರಿಪಾಸಿಟರಿ-ಹೆಚ್ಚಿನ ಬಯೋಮೆಡಿಕಲ್ ಆಸಕ್ತಿಯ ಮಾದರಿ ಜೀವಿಗಳ ಪ್ರೋಟಿಯೋಮ್ಗಳ ಗುಂಪಿಗಾಗಿ ಹೋಮೋಲಜಿ ಮಾದರಿಗಳ ನಿರಂತರವಾಗಿ ನವೀಕರಿಸಿದ ಡೇಟಾಬೇಸ್. ಪೈಪ್ಲೈನ್ ಸ್ವಿಸ್-ಮಾಡೆಲ್ ಪೈಪ್ಲೈನ್ ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಪ್ರೋಟೀನ್ ರಚನೆಯ ಹೋಮೋಲಜಿ ಮಾದರಿಯನ್ನು ನಿರ್ಮಿಸುವಲ್ಲಿ ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ನಾಲ್ಕು ಪ್ರಮುಖ ಹಂತಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆಃ ರಚನಾತ್ಮಕ ಟೆಂಪ್ಲೇಟ್ (ಗಳ) ಗುರುತಿಸುವಿಕೆ. ಟೆಂಪ್ಲೆಟ್ಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಬ್ಲಾಸ್ಟ್ ಮತ್ತು ಎಚ್ಎಚ್ಬ್ಲಿಟ್ಗಳನ್ನು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಟೆಂಪ್ಲೆಟ್ಗಳನ್ನು ಪಿ. ಡಿ. ಬಿ ಯಿಂದ ಪಡೆದ ಸ್ವಿಸ್-ಮಾಡೆಲ್ ಟೆಂಪ್ಲೇಟ್ ಲೈಬ್ರರಿಯಲ್ಲಿ (ಎಸ್. ಎಂ. ಟಿ. ಎಲ್) ಸಂಗ್ರಹಿಸಲಾಗಿದೆ. ಗುರಿ ಅನುಕ್ರಮ ಮತ್ತು ಮಾದರಿ ರಚನೆ (ಗಳ) ಜೋಡಣೆ. ಮಾದರಿ ನಿರ್ಮಾಣ ಮತ್ತು ಶಕ್ತಿಯ ಕನಿಷ್ಠೀಕರಣ. ಸ್ವಿಸ್-ಮಾಡೆಲ್ ಮಾಡೆಲಿಂಗ್ಗಾಗಿ ಕಟ್ಟುನಿಟ್ಟಾದ ತುಣುಕು ಜೋಡಣೆ ವಿಧಾನವನ್ನು ಜಾರಿಗೆ ತರುತ್ತದೆ. ಸರಾಸರಿ ಬಲದ ಸಂಖ್ಯಾಶಾಸ್ತ್ರೀಯ ಸಾಮರ್ಥ್ಯವಾದ ಕ್ಯೂಎಂಇಎಎನ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಮಾದರಿಯ ಗುಣಮಟ್ಟದ ಮೌಲ್ಯಮಾಪನ. ಕಾರ್ಯಸ್ಥಳ ಸ್ವಿಸ್-ಮಾಡೆಲ್ ಕಾರ್ಯಸ್ಥಳವು ವೆಬ್-ಆಧಾರಿತ ಕಾರ್ಯಸ್ಥಳದಲ್ಲಿ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸ್ಟ್ರಕ್ಚರ್ ಮಾಡೆಲಿಂಗ್ಗೆ ಅಗತ್ಯವಾದ ಪ್ರೋಗ್ರಾಂಗಳು ಮತ್ತು ಡೇಟಾಬೇಸ್ಗಳನ್ನು ಸಂಯೋಜಿಸುತ್ತದೆ. ಮಾಡೆಲಿಂಗ್ ಕಾರ್ಯದ ಸಂಕೀರ್ಣತೆಯನ್ನು ಅವಲಂಬಿಸಿ, ಬಳಕೆಯ ವಿವಿಧ ವಿಧಾನಗಳನ್ನು ಅನ್ವಯಿಸಬಹುದು, ಇದರಲ್ಲಿ ಬಳಕೆದಾರರು ವೈಯಕ್ತಿಕ ಮಾಡೆಲಿಂಗ್ ಹಂತಗಳ ಮೇಲೆ ವಿಭಿನ್ನ ಮಟ್ಟದ ನಿಯಂತ್ರಣವನ್ನು ಹೊಂದಿರುತ್ತಾರೆಃ ಸ್ವಯಂಚಾಲಿತ ಮೋಡ್, ಜೋಡಣೆ ಮೋಡ್ ಮತ್ತು ಪ್ರಾಜೆಕ್ಟ್ ಮೋಡ್. ಗುರಿ ಮತ್ತು ಟೆಂಪ್ಲೇಟ್ (> 50 ಪ್ರತಿಶತ) ನಡುವೆ ಸಾಕಷ್ಟು ಹೆಚ್ಚಿನ ಅನುಕ್ರಮ ಗುರುತನ್ನು ಯಾವುದೇ ಮಾನವ ಹಸ್ತಕ್ಷೇಪಕ್ಕೆ ಅನುಮತಿಸದಿದ್ದಾಗ ಸಂಪೂರ್ಣ ಸ್ವಯಂಚಾಲಿತ ಮೋಡ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಈ ಸಂದರ್ಭದಲ್ಲಿ ಪ್ರೋಟೀನ್ನ ಅನುಕ್ರಮ ಅಥವಾ ಯುನಿಪ್ರೋಟ್ ಪ್ರವೇಶ ಕೋಡ್ ಮಾತ್ರ ಇನ್ಪುಟ್ ಆಗಿ ಅಗತ್ಯವಿದೆ. ಜೋಡಣೆ ವಿಧಾನವು ಬಳಕೆದಾರರಿಗೆ ತಮ್ಮದೇ ಆದ ಗುರಿ-ಟೆಂಪ್ಲೇಟ್ ಜೋಡಣೆಗಳನ್ನು ಇನ್ಪುಟ್ ಮಾಡಲು ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ, ಅಲ್ಲಿಂದ ಮಾಡೆಲಿಂಗ್ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಯು ಪ್ರಾರಂಭವಾಗುತ್ತದೆ (ಅಂದರೆ. ಟೆಂಪ್ಲೆಟ್ಗಳ ಹಂತಕ್ಕಾಗಿ ಹುಡುಕಾಟವನ್ನು ಬಿಟ್ಟುಬಿಡಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ವಿರಳವಾಗಿ ಒದಗಿಸಿದ ಜೋಡಣೆಯಲ್ಲಿ ಸಣ್ಣ ಬದಲಾವಣೆಗಳನ್ನು ಮಾತ್ರ ಮಾಡಲಾಗುತ್ತದೆ). ಫಲಿತಾಂಶದ ಮಾದರಿಯ ಗುಣಮಟ್ಟವನ್ನು ಸುಧಾರಿಸಲು ಗುರಿ-ಟೆಂಪ್ಲೇಟ್ ಜೋಡಣೆಗಳ ಹಸ್ತಚಾಲಿತ ತಿದ್ದುಪಡಿಗಳು ಅಗತ್ಯವಿದ್ದಾಗ, ಹೆಚ್ಚು ಕಷ್ಟಕರ ಸಂದರ್ಭಗಳಲ್ಲಿ ಪ್ರಾಜೆಕ್ಟ್ ಮೋಡ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಈ ಕ್ರಮದಲ್ಲಿ ಇನ್ಪುಟ್ ಎನ್ನುವುದು ಡೀಪ್ ವ್ಯೂ (ಸ್ವಿಸ್ ಪಿ. ಡಿ. ಬಿ. ವೀಕ್ಷಕ) ದೃಶ್ಯೀಕರಣ ಮತ್ತು ರಚನಾತ್ಮಕ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ ಸಾಧನದಿಂದ ಉತ್ಪಾದಿಸಬಹುದಾದ ಪ್ರಾಜೆಕ್ಟ್ ಫೈಲ್ ಆಗಿದ್ದು, ಬಳಕೆದಾರರಿಗೆ ಅದರ ರಚನಾತ್ಮಕ ಸನ್ನಿವೇಶದಲ್ಲಿ ಗುರಿ-ಟೆಂಪ್ಲೇಟ್ ಜೋಡಣೆಯನ್ನು ಪರೀಕ್ಷಿಸಲು ಮತ್ತು ಕುಶಲತೆಯಿಂದ ನಿರ್ವಹಿಸಲು ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ. ಎಲ್ಲಾ ಮೂರು ಸಂದರ್ಭಗಳಲ್ಲಿ ಔಟ್ಪುಟ್ ಮಾದರಿಯ ಪರಮಾಣು ನಿರ್ದೇಶಾಂಕಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಪಿ. ಡಿ. ಬಿ. ಕಡತ ಅಥವಾ ಡೀಪ್ ವ್ಯೂ ಪ್ರಾಜೆಕ್ಟ್ ಕಡತವಾಗಿದೆ. ಹೋಮೋಲಜಿ ಮಾಡೆಲಿಂಗ್ನ ನಾಲ್ಕು ಪ್ರಮುಖ ಹಂತಗಳನ್ನು ತೃಪ್ತಿದಾಯಕ ಮಾದರಿಯನ್ನು ಸಾಧಿಸುವವರೆಗೆ ಪುನರಾವರ್ತಿಸಬಹುದು. ಸ್ವಿಸ್-ಮಾಡೆಲ್ ಕಾರ್ಯಕ್ಷೇತ್ರವನ್ನು ಎಕ್ಸ್ಪೇಸಿ ವೆಬ್ ಸರ್ವರ್ ಮೂಲಕ ಪ್ರವೇಶಿಸಬಹುದು, ಅಥವಾ ಇದನ್ನು ಡೀಪ್ ವ್ಯೂ (ಸ್ವಿಸ್ ಪಿಡಿಬಿ-ವ್ಯೂವರ್) ಕಾರ್ಯಕ್ರಮದ ಭಾಗವಾಗಿ ಬಳಸಬಹುದು. ಸೆಪ್ಟೆಂಬರ್ 2015 ರ ಹೊತ್ತಿಗೆ ಇದನ್ನು ವೈಜ್ಞಾನಿಕ ಸಾಹಿತ್ಯದಲ್ಲಿ 20000 ಬಾರಿ ಉಲ್ಲೇಖಿಸಲಾಗಿದೆ, ಇದು ಪ್ರೋಟೀನ್ ರಚನೆಯ ಮಾದರಿಯಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚು ವ್ಯಾಪಕವಾಗಿ ಬಳಸಲಾಗುವ ಸಾಧನಗಳಲ್ಲಿ ಒಂದಾಗಿದೆ. ಈ ಸಾಧನವು ಶೈಕ್ಷಣಿಕ ಬಳಕೆಗಾಗಿ ಉಚಿತವಾಗಿದೆ. ಸ್ವಿಸ್-ಮಾದರಿ ಭಂಡಾರವು ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಾಮಾನ್ಯ ಆಸಕ್ತಿಯ ಮಾದರಿ ಜೀವಿಗಳ ಗುಂಪಿಗಾಗಿ ಟಿಪ್ಪಣಿ ಮಾಡಲಾದ ಮೂರು ಆಯಾಮದ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಮಾದರಿಗಳ ನವೀಕೃತ ಸಂಗ್ರಹಕ್ಕೆ ಪ್ರವೇಶವನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ. ಮಾದರಿ ಜೀವಿಗಳಲ್ಲಿ ಮಾನವ, ಇಲಿ, C.elegans, E.coli, ಮತ್ತು ತೀವ್ರವಾದ ಉಸಿರಾಟದ ಸಿಂಡ್ರೋಮ್ ಕೊರೊನಾವೈರಸ್ 2 (SARS-CoV-2) ಸೇರಿದಂತೆ ವಿವಿಧ ರೋಗಕಾರಕಗಳು ಸೇರಿವೆ. ಸ್ವಿಸ್-ಮಾದರಿ ಭಂಡಾರವು ಯುನಿಪ್ರೋಟ್, ಇಂಟರ್ಪ್ರೋ, ಸ್ಟ್ರಿಂಗ್ ಮತ್ತು ನೇಚರ್ ಪಿಎಸ್ಐ ಎಸ್ಬಿಕೆಬಿಯಂತಹ ಹಲವಾರು ಬಾಹ್ಯ ಸಂಪನ್ಮೂಲಗಳೊಂದಿಗೆ ಸಂಯೋಜಿಸಲ್ಪಟ್ಟಿದೆ. ಸ್ವಿಸ್-ಮಾಡೆಲ್ ತಜ್ಞರ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯ ಹೊಸ ಬೆಳವಣಿಗೆಗಳು (1) ಹೋಮೋ-ಒಲಿಗೊಮೆರಿಕ್ ಜೋಡಣೆಗಳ ಸ್ವಯಂಚಾಲಿತ ಮಾದರಿ; (2) ಪ್ರೋಟೀನ್ ರಚನೆಗಳಲ್ಲಿ ಅಗತ್ಯ ಲೋಹದ ಅಯಾನುಗಳು ಮತ್ತು ಜೈವಿಕವಾಗಿ ಸೂಕ್ತವಾದ ಲಿಗಂಡ್ಗಳ ಮಾದರಿ; (3) ಕ್ಯೂಎಂಇಎಎನ್ ಸ್ಥಳೀಯ ಸ್ಕೋರ್ ಕಾರ್ಯದ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ಸ್ಥಳೀಯ (ಪ್ರತಿ-ಅವಶೇಷ) ಮಾದರಿ ವಿಶ್ವಾಸಾರ್ಹತೆಯ ಅಂದಾಜುಗಳು; (4) ಮಾದರಿಗಳಿಗೆ ಯುನಿಪ್ರೋಟ್ ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳ ಮ್ಯಾಪಿಂಗ್. (1) ಮತ್ತು (2) ಸ್ವಿಸ್-ಮಾಡೆಲ್ ಕಾರ್ಯಕ್ಷೇತ್ರದ ಸ್ವಯಂಚಾಲಿತ ವಿಧಾನವನ್ನು ಬಳಸುವಾಗ ಲಭ್ಯವಿವೆ; (3) ಸ್ವಿಸ್-ಮಾಡೆಲ್ ಕಾರ್ಯಕ್ಷೇತ್ರವನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಹೋಮೋಲಜಿ ಮಾದರಿಯನ್ನು ಲೆಕ್ಕಾಚಾರ ಮಾಡುವಾಗ ಯಾವಾಗಲೂ ಒದಗಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಮತ್ತು (4) ಸ್ವಿಸ್-ಮಾಡೆಲ್ ಭಂಡಾರದಲ್ಲಿ ಲಭ್ಯವಿದೆ. ವಿಧಾನದ ನಿಖರತೆ ಮತ್ತು ವಿಶ್ವಾಸಾರ್ಹತೆ ಹಿಂದೆ, ಸ್ವಿಸ್-ಮಾಡೆಲ್ ಸರ್ವರ್ ಪೈಪ್ಲೈನ್ನ ನಿಖರತೆ, ಸ್ಥಿರತೆ ಮತ್ತು ವಿಶ್ವಾಸಾರ್ಹತೆಯನ್ನು ಇ. ವಿ. ಎ.-ಸಿ. ಎಂ. ಮಾನದಂಡ ಯೋಜನೆಯಿಂದ ದೃಢೀಕರಿಸಲಾಗಿತ್ತು. ಪ್ರಸ್ತುತ, ಸ್ವಿಸ್-ಮಾಡೆಲ್ ಸರ್ವರ್ ಪೈಪ್ಲೈನ್ CAMEO3D (ನಿರಂತರ ಸ್ವಯಂಚಾಲಿತ ಮಾದರಿ ಮೌಲ್ಯಮಾಪನ) ಯೋಜನೆಯಲ್ಲಿ ಭಾಗವಹಿಸುತ್ತಿದೆ, ಇದು ಪ್ರೋಟೀನ್ ರಚನೆಯ ಮುನ್ಸೂಚನೆ ಸೇವೆಗಳ ನಿಖರತೆ ಮತ್ತು ವಿಶ್ವಾಸಾರ್ಹತೆಯನ್ನು ಸಂಪೂರ್ಣವಾಗಿ ಸ್ವಯಂಚಾಲಿತ ರೀತಿಯಲ್ಲಿ ನಿರಂತರವಾಗಿ ಮೌಲ್ಯಮಾಪನ ಮಾಡುತ್ತದೆ. ಉಲ್ಲೇಖಗಳು ಬಾಹ್ಯ ಕೊಂಡಿಗಳು ಸ್ವಿಸ್-ಮಾದರಿ ಸಹ ನೋಡಿ ಹೋಮೋಲಜಿ ಮಾಡೆಲಿಂಗ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ ರಚನೆ ಮುನ್ಸೂಚನೆ ಪ್ರೋಟೀನ್ ರಚನೆ ಮುನ್ಸೂಚನೆ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ಸಿಎಎಸ್ಪಿ (ಪ್ರೋಟೀನ್ ರಚನೆ ಮುನ್ಸೂಚನೆಗಾಗಿ ತಂತ್ರಗಳ ವಿಮರ್ಶಾತ್ಮಕ ಮೌಲ್ಯಮಾಪನ) ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್ ಮಾಲಿಕ್ಯುಲರ್ ಮಾಡೆಲಿಂಗ್ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್