In silico PCR
ಸಿಲಿಕೋ ಪಿಸಿಆರ್ನಲ್ಲಿ ಅನುಕ್ರಮ ಜೀನೋಮ್ ಅಥವಾ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮ್ನಿಂದ ಡಿಎನ್ಎ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ವರ್ಧಿಸಲು ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಪ್ರೈಮರ್ಗಳನ್ನು (ಪ್ರೋಬ್ಗಳು) ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಸೈದ್ಧಾಂತಿಕ ಪಾಲಿಮರೇಸ್ ಚೈನ್ ರಿಯಾಕ್ಷನ್ (ಪಿಸಿಆರ್) ಫಲಿತಾಂಶಗಳನ್ನು ಲೆಕ್ಕಹಾಕಲು ಬಳಸುವ ಕಂಪ್ಯೂಟೇಶನಲ್ ಸಾಧನಗಳನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ. ಗುರಿ ಡಿಎನ್ಎ ಅಥವಾ ಸಿಡಿಎನ್ಎ ಅನುಕ್ರಮಗಳಿಗಾಗಿ ಪ್ರೈಮರ್ಗಳ ವಿನ್ಯಾಸವನ್ನು ಅತ್ಯುತ್ತಮವಾಗಿಸಲು ಈ ಸಾಧನಗಳನ್ನು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಪ್ರೈಮರ್ ಆಪ್ಟಿಮೈಸೇಶನ್ ಎರಡು ಗುರಿಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿದೆಃ ದಕ್ಷತೆ ಮತ್ತು ಆಯ್ಕೆ. ದಕ್ಷತೆಯು ಜಿಸಿ-ವಿಷಯ, ಬಂಧಿಸುವಿಕೆಯ ದಕ್ಷತೆ, ಪೂರಕತೆ, ದ್ವಿತೀಯಕ ರಚನೆ ಮತ್ತು ಅನೀಲಿಂಗ್ ಮತ್ತು ಕರಗುವ ಬಿಂದು (ಟಿಎಂ) ಮುಂತಾದ ಅಂಶಗಳನ್ನು ಗಣನೆಗೆ ತೆಗೆದುಕೊಳ್ಳುವುದನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುತ್ತದೆ. ಪ್ರೈಮರ್ ಆಯ್ಕೆಗೆ ಪ್ರೈಮರ್ ಜೋಡಿಗಳು ಆಸಕ್ತಿಯ ಗುರಿಯನ್ನು ಹೊರತುಪಡಿಸಿ ಯಾದೃಚ್ಛಿಕ ತಾಣಗಳಿಗೆ ಆಕಸ್ಮಿಕವಾಗಿ ಬಂಧಿಸಬಾರದು, ಅಥವಾ ಪ್ರೈಮರ್ ಜೋಡಿಗಳು ಜೀನ್ ಕುಟುಂಬದ ಸಂರಕ್ಷಿತ ಪ್ರದೇಶಗಳಿಗೆ ಬಂಧಿಸಬಾರದು. ಆಯ್ಕೆಯು ಕಳಪೆಯಾಗಿದ್ದರೆ, ಪ್ರೈಮರ್ಗಳ ಒಂದು ಸೆಟ್ ಬಡ್ಡಿಯ ಗುರಿಯ ಜೊತೆಗೆ ಅನೇಕ ಉತ್ಪನ್ನಗಳನ್ನು ವರ್ಧಿಸುತ್ತದೆ. ಸೂಕ್ತವಾದ ಸಣ್ಣ ಅಥವಾ ಉದ್ದವಾದ ಪ್ರೈಮರ್ ಜೋಡಿಗಳ ವಿನ್ಯಾಸವು ಪಿಸಿಆರ್ ಉತ್ಪನ್ನ ಮುನ್ಸೂಚನೆಯ ಒಂದು ಗುರಿಯಾಗಿದೆ. ಸಿಲಿಕೋ ಪಿಸಿಆರ್ ಉಪಕರಣಗಳಲ್ಲಿ ಒದಗಿಸಲಾದ ಇತರ ಮಾಹಿತಿಯು ಪ್ರೈಮರ್ ಸ್ಥಳ, ದೃಷ್ಟಿಕೋನ, ಪ್ರತಿ ಆಂಪ್ಲಿಕಾನ್ನ ಉದ್ದ, ಎಲೆಕ್ಟ್ರೋಫೋರೆಟಿಕ್ ಚಲನಶೀಲತೆಯ ಅನುಕರಣೆ, ತೆರೆದ ಓದುವ ಚೌಕಟ್ಟುಗಳ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆ ಮತ್ತು ಇತರ ವೆಬ್ ಸಂಪನ್ಮೂಲಗಳಿಗೆ ಲಿಂಕ್ಗಳನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸುವುದನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರಬಹುದು. ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳ ಸೆಟ್, ಬಳಕೆಯ ಸುಲಭತೆ, ದಕ್ಷತೆ ಮತ್ತು ವೆಚ್ಚದ ವಿಭಿನ್ನ ಸಮತೋಲನಗಳನ್ನು ನೀಡುವ ಅನೇಕ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ಪ್ಯಾಕೇಜುಗಳು ಲಭ್ಯವಿವೆ. ಪ್ರೈಮರ್-ಬ್ಲಾಸ್ಟ್ ಅನ್ನು ವ್ಯಾಪಕವಾಗಿ ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ನ್ಯಾಷನಲ್ ಸೆಂಟರ್ ಫಾರ್ ಬಯೋಟೆಕ್ನಾಲಜಿ ಇನ್ಫರ್ಮೇಷನ್ (ಎನ್. ಸಿ. ಬಿ. ಐ) ಜಾಲತಾಣದಿಂದ ಉಚಿತವಾಗಿ ಪ್ರವೇಶಿಸಬಹುದು. ಮತ್ತೊಂದೆಡೆ, ಫಾಸ್ಟ್ಪಿಸಿಆರ್, ಒಂದು ವಾಣಿಜ್ಯ ಅಪ್ಲಿಕೇಶನ್, ಮಲ್ಟಿಪ್ಲೆಕ್ಸ್ ಗುರಿ ಅನುಕ್ರಮಗಳಿಗಾಗಿ ವಿನ್ಯಾಸಗೊಳಿಸಲಾದ ಒಂದೇ ಪ್ರೈಮರ್ ಅಥವಾ ಪ್ರೈಮರ್ಗಳ ಗುಂಪನ್ನು ಏಕಕಾಲದಲ್ಲಿ ಪರೀಕ್ಷಿಸಲು ಅನುಮತಿಸುತ್ತದೆ. ಗುರಿ ಅನುಕ್ರಮಗಳಿಗೆ ಪ್ರೈಮರ್ಗಳ ಪೂರಕತೆಯನ್ನು ಪರೀಕ್ಷಿಸಲು ಇದು ವೇಗದ, ಅಂತರವಿಲ್ಲದ ಜೋಡಣೆಯನ್ನು ಮಾಡುತ್ತದೆ. ಪ್ರಮಾಣಿತ ಅಥವಾ ವಿಲೋಮ ಪಿಸಿಆರ್ ಮತ್ತು ಮಲ್ಟಿಪ್ಲೆಕ್ಸ್ ಪಿಸಿಆರ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ರೇಖೀಯ ಮತ್ತು ವೃತ್ತಾಕಾರದ ಟೆಂಪ್ಲೆಟ್ಗಳಿಗೆ ಸಂಭವನೀಯ ಪಿಸಿಆರ್ ಉತ್ಪನ್ನಗಳನ್ನು ಕಾಣಬಹುದು. ವಿಪಿಸಿಆರ್ ಮಲ್ಟಿಪ್ಲೆಕ್ಸ್ ಪಿಸಿಆರ್ನ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಸಿಮ್ಯುಲೇಶನ್ ಅನ್ನು ನಡೆಸುತ್ತದೆ, ಇದು ಒಂದು ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಯಲ್ಲಿ ಅನೇಕ ಆಂಪ್ಲಿಕಾನ್ಗಳ ನಡುವಿನ ಪರಿಮಾಣಾತ್ಮಕ ಸ್ಪರ್ಧೆಯ ಪರಿಣಾಮಗಳ ಅಂದಾಜು ಮಾಡಲು ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ. ಯುಸಿಎಸ್ಸಿ ಜೀನೋಮ್ ಬ್ರೌಸರ್ ಇಸ್ಪಿಸಿಆರ್ ಅನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ, ಇದು 100 ಕ್ಕೂ ಹೆಚ್ಚು ಅನುಕ್ರಮ ಜೀನೋಮ್ಗಳಲ್ಲಿ ಪಿಸಿಆರ್ ಉತ್ಪನ್ನಗಳನ್ನು ವೀಕ್ಷಿಸಲು ಚಿತ್ರಾತ್ಮಕ ಮತ್ತು ಪಠ್ಯ-ಕಡತದ ಔಟ್ಪುಟ್ ಅನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ. ಪ್ರೈಮರ್ ಅನೇಕ ಊಹಿಸಲಾದ ಅನುಕ್ರಮಗಳೊಂದಿಗೆ ಬಂಧಿಸಬಹುದು, ಆದರೆ ಪ್ರೈಮರ್ನ 3 'ತುದಿಯಲ್ಲಿ ಯಾವುದೇ ಅಥವಾ ಕೆಲವು ಹೊಂದಾಣಿಕೆಗಳಿಲ್ಲದ (1 ಅಥವಾ 2, ಸ್ಥಳ ಮತ್ತು ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಅನ್ನು ಅವಲಂಬಿಸಿ) ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಮಾತ್ರ ಪಾಲಿಮರೇಸ್ ವಿಸ್ತರಣೆಗೆ ಬಳಸಬಹುದು. ಪ್ರೈಮರ್ನ 3 'ತುದಿಯಲ್ಲಿರುವ ಕೊನೆಯ 10-12 ಬೇಸ್ಗಳು ಪಾಲಿಮರೇಸ್ ವಿಸ್ತರಣೆಯ ಪ್ರಾರಂಭ ಮತ್ತು ಟೆಂಪ್ಲೇಟ್ ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಸೈಟ್ನಲ್ಲಿ ಸಾಮಾನ್ಯ ಪ್ರೈಮರ್ ಸ್ಥಿರತೆಗೆ ಸೂಕ್ಷ್ಮವಾಗಿರುತ್ತವೆ. ಪ್ರೈಮರ್ನ 3 'ತುದಿಯಲ್ಲಿರುವ ಈ ಕೊನೆಯ 10 ಬೇಸ್ಗಳಲ್ಲಿ ಒಂದೇ ಹೊಂದಾಣಿಕೆಯಾಗದ ಪರಿಣಾಮವು ಅದರ ಸ್ಥಾನ ಮತ್ತು ಸ್ಥಳೀಯ ರಚನೆಯನ್ನು ಅವಲಂಬಿಸಿರುತ್ತದೆ, ಇದು ಪ್ರೈಮರ್ ಬೈಂಡಿಂಗ್, ಸೆಲೆಕ್ಟಿವಿಟಿ ಮತ್ತು ಪಿಸಿಆರ್ ದಕ್ಷತೆಯನ್ನು ಕಡಿಮೆ ಮಾಡುತ್ತದೆ. ಉಲ್ಲೇಖಗಳು ಬಾಹ್ಯ ಕೊಂಡಿಗಳು ಸಿಲಿಕೋ ಪಿಸಿಆರ್ ಮತ್ತು ಒಲಿಗೋನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ಗಳಲ್ಲಿನ ಪಿಸಿಆರ್, ಕ್ಯುಪಿಸಿಆರ್ಗಾಗಿ ವೆಬ್ಟೂಲ್ಗಳು ಆಣ್ವಿಕ ಜೀವಶಾಸ್ತ್ರ ಪ್ರಯೋಗಗಳ ಸಿಲಿಕೋ ಸಿಮ್ಯುಲೇಶನ್ನಲ್ಲಿ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಿಕ್ ಆಮ್ಲಗಳು ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್