Multi-Omics Profiling Expression Database
ಮಲ್ಟಿ-ಓಮಿಕ್ಸ್ ಪ್ರೊಫೈಲಿಂಗ್ ಎಕ್ಸ್ಪ್ರೆಶನ್ ಡೇಟಾಬೇಸ್ (ಎಂಓಪಿಇಡಿ) ವಿಸ್ತರಿಸುತ್ತಿರುವ ಮಲ್ಟಿ-ಓಮಿಕ್ಸ್ ಸಂಪನ್ಮೂಲವಾಗಿದ್ದು, ಮಾದರಿ ಜೀವಿಗಳು ಮತ್ತು ಮಾನವರ ಮೇಲೆ ಸಾರ್ವಜನಿಕವಾಗಿ ಲಭ್ಯವಿರುವ ಅಧ್ಯಯನಗಳಿಂದ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮಿಕ್ಸ್ ಮತ್ತು ಪ್ರೋಟಿಯೋಮಿಕ್ಸ್ ಮಾಹಿತಿಯ ತ್ವರಿತ ಬ್ರೌಸಿಂಗ್ ಅನ್ನು ಬೆಂಬಲಿಸುತ್ತದೆ. ಇಲ್ಲಿಯವರೆಗೆ (2021) ಇದು ಚಟುವಟಿಕೆಗಳನ್ನು ನಿಲ್ಲಿಸಿದೆ ಮತ್ತು ಆನ್ಲೈನ್ನಲ್ಲಿ ಬಳಕೆಯಲ್ಲಿಲ್ಲ. ವ್ಯವಸ್ಥಿತ ಪ್ರೋಟೀನ್ ತನಿಖಾ ಸಂಶೋಧನಾ ಪರಿಸರ ಎಂ. ಓ. ಪಿ. ಇ. ಡಿ. ಯನ್ನು ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಂಶೋಧನಾ ಸಮುದಾಯಕ್ಕೆ ದತ್ತಾಂಶದ ಹೋಲಿಕೆ ಮತ್ತು ಹಂಚಿಕೆಯನ್ನು ಸರಳಗೊಳಿಸಲು ವಿನ್ಯಾಸಗೊಳಿಸಲಾಗಿದೆ. ಪ್ರೋಟೀನ್ ಮಟ್ಟದ ಸಂಪೂರ್ಣ ಮತ್ತು ಸಾಪೇಕ್ಷ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ದತ್ತಾಂಶ, ಮೆಟಾ-ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ ಸಾಮರ್ಥ್ಯಗಳು ಮತ್ತು ಪರಿಮಾಣಾತ್ಮಕ ದತ್ತಾಂಶವನ್ನು ಅನನ್ಯವಾಗಿ ಒದಗಿಸಲು ಎಂಓಪಿಇಡಿ ಪ್ರಮಾಣೀಕೃತ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ ಪೈಪ್ಲೈನ್ ಸ್ಪೈರ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಳ್ಳುತ್ತದೆ. ಸಂಸ್ಕರಿಸಿದ ರಿಲೇಟಿವ್ ಎಕ್ಸ್ಪ್ರೆಶನ್ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮಿಕ್ಸ್ ಡೇಟಾವನ್ನು ಜೀನ್ ಎಕ್ಸ್ಪ್ರೆಶನ್ ಆಮ್ನಿಬಸ್ (ಜಿಇಒ) ನಿಂದ ಪಡೆಯಲಾಗಿದೆ. ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳು ಮತ್ತು ಜೀನ್ಗಳಿಗಾಗಿ ಡೇಟಾವನ್ನು ಪ್ರಶ್ನಿಸಬಹುದು, ಜೀವಿ, ಅಂಗಾಂಶ, ಸ್ಥಳೀಕರಣ ಮತ್ತು ಸ್ಥಿತಿಯ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ಬ್ರೌಸ್ ಮಾಡಬಹುದು ಮತ್ತು ತಪ್ಪು ಆವಿಷ್ಕಾರ ದರ ಮತ್ತು ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯಿಂದ ವಿಂಗಡಿಸಬಹುದು. ಎಂ. ಓ. ಪಿ. ಇ. ಡಿ. ಯು ಬಳಕೆದಾರರಿಗೆ ತಮ್ಮದೇ ಆದ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ದತ್ತಾಂಶವನ್ನು ದೃಶ್ಯೀಕರಿಸಲು ಮತ್ತು ಅದನ್ನು ಅಸ್ತಿತ್ವದಲ್ಲಿರುವ ಅಧ್ಯಯನಗಳೊಂದಿಗೆ ಹೋಲಿಸಲು ಅಧಿಕಾರ ನೀಡುತ್ತದೆ. ಇದಲ್ಲದೆ, ಜೀನ್ಕಾರ್ಡ್ಸ್, ಪ್ಯಾಂಥರ್, ಎಂಟ್ರೆಜ್, ಯುನಿಪ್ರೋಟ್, ಕೆಇಜಿಜಿ, ಸೀಡ್ ಮತ್ತು ರಿಯಾಕ್ಟೋಮ್ ಸೇರಿದಂತೆ ವಿವಿಧ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಮತ್ತು ಪಾಥ್ವೇ ಡೇಟಾ ಬೇಸ್ಗಳಿಗೆ ಎಂಓಪಿಇಡಿ ಸಂಪರ್ಕ ಕಲ್ಪಿಸುತ್ತದೆ. ಪ್ರೋಟೀನ್ ಮತ್ತು ಜೀನ್ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆಗಳನ್ನು ಜೀನ್ ಕಾರ್ಡ್ಗಳು (ಎಂಓಪಿಇಡಿಯೊಂದಿಗೆ ಅಡ್ಡ-ಉಲ್ಲೇಖಿಸಲಾಗಿದೆ), ಜೆನ್ಬ್ಯಾಂಕ್, ರೆಫ್ಸೆಕ್, ಯುನಿಪ್ರೋಟ್, ವರ್ಮ್ಬೇಸ್ ಮತ್ತು ಸ್ಯಾಕರೊಮೈಸಿಸ್ ಜೀನೋಮ್ ಡೇಟಾಬೇಸ್ (ಎಸ್ಜಿಡಿ) ನಿಂದ ಸಂಯೋಜಿಸಲಾಗಿದೆ. ಎಂ. ಓ. ಪಿ. ಇ. ಡಿ. ಯ ಪ್ರಸ್ತುತ ಆವೃತ್ತಿಯು (ಎಂ. ಓ. ಪಿ. ಇ. ಡಿ. 2.5,2014) ~ 260 ಪ್ರಯೋಗಗಳು ಮತ್ತು ~ 390 ಷರತ್ತುಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಂತೆ ಸುಮಾರು 5 ದಶಲಕ್ಷ ಒಟ್ಟು ದಾಖಲೆಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ. ಸಿಯಾಟಲ್ ಚಿಲ್ಡ್ರನ್ಸ್ ರಿಸರ್ಚ್ ಇನ್ಸ್ಟಿಟ್ಯೂಟ್ನಲ್ಲಿರುವ ಕೋಲ್ಕರ್ ತಂಡವು ಎಂ. ಓ. ಪಿ. ಇ. ಡಿ. ಯನ್ನು ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಿದೆ ಮತ್ತು ಬೆಂಬಲಿಸುತ್ತದೆ. ಮಾಡೆಲ್ ಆರ್ಗ್ಯಾನಿಸಮ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಎಕ್ಸ್ಪ್ರೆಶನ್ ಡೇಟಾಬೇಸ್ ಅನ್ನು ಈ ಹಿಂದೆ ಮಾಡೆಲ್ ಆರ್ಗ್ಯಾನಿಸಮ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಎಕ್ಸ್ಪ್ರೆಶನ್ ಡೇಟಾಬೇಸ್ ಎಂದು ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತಿತ್ತು, ಅದರ ಹೆಸರನ್ನು ಮಲ್ಟಿ-ಓಮಿಕ್ಸ್ ಪ್ರೊಫೈಲಿಂಗ್ ಎಕ್ಸ್ಪ್ರೆಶನ್ ಡೇಟಾಬೇಸ್ ಎಂದು ಬದಲಾಯಿಸುವ ಮೊದಲು. ಹೆಚ್ಚಿನ ಓದುವ ಜೈವಿಕ ದತ್ತಸಂಚಯಗಳು ಪ್ರೋಟಿಯೋಮಿಕ್ಸ್ ಓಮಿಕ್ಸ್