Bisulfite sequencing
ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ (ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ಎಂದೂ ಕರೆಯಲ್ಪಡುತ್ತದೆ) ಎಂಬುದು ಮೀಥೈಲೇಷನ್ ಮಾದರಿಯನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸಲು ವಾಡಿಕೆಯ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ಗೆ ಮೊದಲು ಡಿಎನ್ಎಯ ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್ ಚಿಕಿತ್ಸೆಯನ್ನು ಬಳಸುವುದು. ಡಿಎನ್ಎ ಮೆತಿಲೀಕರಣವು ಕಂಡುಹಿಡಿದ ಮೊದಲ ಎಪಿಜೆನೆಟಿಕ್ ಗುರುತು, ಮತ್ತು ಹೆಚ್ಚು ಅಧ್ಯಯನ ಮಾಡಲ್ಪಟ್ಟಿದೆ. ಪ್ರಾಣಿಗಳಲ್ಲಿ ಇದು ಪ್ರಧಾನವಾಗಿ ಡೈನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಸಿ. ಪಿ. ಜಿ ಯ ಸೈಟೋಸಿನ್ ಅವಶೇಷಗಳ ಕಾರ್ಬನ್-5 ಸ್ಥಾನಕ್ಕೆ ಮೀಥೈಲ್ ಗುಂಪನ್ನು ಸೇರಿಸುವುದನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಚಟುವಟಿಕೆಯ ದಮನದಲ್ಲಿ ತೊಡಗಿದೆ. ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್ನೊಂದಿಗಿನ ಡಿಎನ್ಎ ಚಿಕಿತ್ಸೆಯು ಸೈಟೋಸಿನ್ ಅವಶೇಷಗಳನ್ನು ಯುರಾಸಿಲ್ ಆಗಿ ಪರಿವರ್ತಿಸುತ್ತದೆ, ಆದರೆ 5-ಮೀಥೈಲ್ಸೈಟೋಸಿನ್ ಅವಶೇಷಗಳನ್ನು ಪರಿಣಾಮ ಬೀರದಂತೆ ಮಾಡುತ್ತದೆ. ಆದ್ದರಿಂದ, ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್ನೊಂದಿಗೆ ಚಿಕಿತ್ಸೆ ನೀಡಲಾದ ಡಿಎನ್ಎ ಕೇವಲ ಮೀಥೈಲೇಟೆಡ್ ಸೈಟೋಸಿನ್ಗಳನ್ನು ಮಾತ್ರ ಉಳಿಸಿಕೊಳ್ಳುತ್ತದೆ. ಹೀಗಾಗಿ, ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್ ಚಿಕಿತ್ಸೆಯು ಡಿಎನ್ಎ ಅನುಕ್ರಮದಲ್ಲಿ ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಬದಲಾವಣೆಗಳನ್ನು ಪರಿಚಯಿಸುತ್ತದೆ, ಇದು ಪ್ರತ್ಯೇಕ ಸೈಟೋಸಿನ್ ಅವಶೇಷಗಳ ಮೀಥೈಲೇಷನ್ ಸ್ಥಿತಿಯನ್ನು ಅವಲಂಬಿಸಿರುತ್ತದೆ, ಇದು ಡಿಎನ್ಎ ವಿಭಾಗದ ಮೀಥೈಲೇಷನ್ ಸ್ಥಿತಿಯ ಬಗ್ಗೆ ಏಕ-ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೊಟೈಡ್ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ನೀಡುತ್ತದೆ. ಈ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಹಿಂಪಡೆಯಲು ಬದಲಾದ ಅನುಕ್ರಮದಲ್ಲಿ ವಿವಿಧ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಳನ್ನು ಮಾಡಬಹುದು. ಆದ್ದರಿಂದ ಈ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯ ಉದ್ದೇಶವು ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್ ಪರಿವರ್ತನೆಯಿಂದ ಉಂಟಾಗುವ ಏಕ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಬಹುರೂಪತೆಗಳ (ಸೈಟೋಸಿನ್ಗಳು ಮತ್ತು ಥೈಮಿಡಿನ್) ನಡುವಿನ ವ್ಯತ್ಯಾಸಕ್ಕೆ ಸೀಮಿತವಾಗಿದೆ (ಚಿತ್ರ 1). ವಿಧಾನಗಳು ಬಿಸಲ್ಫೈಟ್ ಅನುಕ್ರಮವು ಸಿಪಿಜಿ ಡೈನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ಗಳಲ್ಲಿ ಮೆತಿಲೀಕರಣದ ಸ್ಥಿತಿಯನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸಲು ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್-ಸಂಸ್ಕರಿಸಿದ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಡಿಎನ್ಎ ಮೇಲೆ ವಾಡಿಕೆಯ ಅನುಕ್ರಮ ವಿಧಾನಗಳನ್ನು ಅನ್ವಯಿಸುತ್ತದೆ. ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಸ್ಥಳದಲ್ಲಿ ಅಥವಾ ಜೀನೋಮ್-ವೈಡ್ ಮಟ್ಟದಲ್ಲಿ ಮೆತಿಲೀಕರಣವನ್ನು ಪ್ರಶ್ನಿಸಲು ಇತರ ಅನುಕ್ರಮವಲ್ಲದ ತಂತ್ರಗಳನ್ನು ಸಹ ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಎಲ್ಲಾ ತಂತ್ರಗಳು ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್-ಪ್ರೇರಿತವಾಗಿ ಮೀಥೈಲೇಟೆಡ್ ಸೈಟೋಸಿನ್ಗಳನ್ನು ಯುರಾಸಿಲ್ ಆಗಿ ಪರಿವರ್ತಿಸುವುದು ಪೂರ್ಣಗೊಂಡಿದೆ ಎಂದು ಭಾವಿಸುತ್ತವೆ ಮತ್ತು ಇದು ನಂತರದ ಎಲ್ಲಾ ತಂತ್ರಗಳಿಗೆ ಆಧಾರವಾಗಿ ಕಾರ್ಯನಿರ್ವಹಿಸುತ್ತದೆ. ಆದರ್ಶಪ್ರಾಯವಾಗಿ, ಬಳಸಿದ ವಿಧಾನವು ಪ್ರತಿ ಆಲೀಲ್ಗೆ ಮೀಥೈಲೇಷನ್ ಸ್ಥಿತಿಯನ್ನು ಪ್ರತ್ಯೇಕವಾಗಿ ನಿರ್ಧರಿಸುತ್ತದೆ. ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್ ಅನುಕ್ರಮಕ್ಕೆ ಪರ್ಯಾಯ ವಿಧಾನಗಳಲ್ಲಿ ಕಂಬೈನ್ಡ್ ಬಿಸಲ್ಫೈಟ್ ರಿಸ್ಟ್ರಿಕ್ಷನ್ ಅನಾಲಿಸಿಸ್ ಮತ್ತು ಮೀಥೈಲೇಟೆಡ್ ಡಿಎನ್ಎ ಇಮ್ಯುನೊಪ್ರೆಸಿಪಿಟೇಶನ್ (ಎಂಇಡಿಐಪಿ) ಸೇರಿವೆ. ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್-ಸಂಸ್ಕರಿಸಿದ ಡಿಎನ್ಎಯನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸುವ ವಿಧಾನಗಳನ್ನು ನಿರಂತರವಾಗಿ ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಲಾಗುತ್ತಿದೆ. ವೇಗವಾಗಿ ವಿಕಸನಗೊಳ್ಳುತ್ತಿರುವ ಈ ವಿಧಾನಗಳನ್ನು ಸಂಕ್ಷಿಪ್ತವಾಗಿ ಹೇಳುವುದಾದರೆ, ಹಲವಾರು ವಿಮರ್ಶಾತ್ಮಕ ಲೇಖನಗಳನ್ನು ಬರೆಯಲಾಗಿದೆ. ವಿಧಾನಗಳನ್ನು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಮೀಥೈಲೇಷನ್-ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಪಿಸಿಆರ್ (ಎಂಎಸ್ಪಿ) (ಚಿತ್ರ 4) ಮತ್ತು ಮೀಥೈಲೇಷನ್-ನಿರ್ದಿಷ್ಟವಲ್ಲದ ಪರಿಸ್ಥಿತಿಗಳಲ್ಲಿ ನಡೆಸಲಾಗುವ ಪಾಲಿಮರೇಸ್ ಚೈನ್ ರಿಯಾಕ್ಷನ್ (ಪಿಸಿಆರ್) ಅನ್ನು ಬಳಸುವ ಕಾರ್ಯತಂತ್ರಗಳ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ವಿಂಗಡಿಸಬಹುದು (ಚಿತ್ರ 3). ಮೈಕ್ರೋ-ಅರೇ-ಆಧಾರಿತ ವಿಧಾನಗಳು ಮೀಥೈಲೇಷನ್-ಅಲ್ಲದ-ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಪರಿಸ್ಥಿತಿಗಳ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ಪಿಸಿಆರ್ ಅನ್ನು ಬಳಸುತ್ತವೆ. ಮೀಥೈಲೇಷನ್-ನಿರ್ದಿಷ್ಟವಲ್ಲದ ಪಿಸಿಆರ್ ಆಧಾರಿತ ವಿಧಾನಗಳು ನೇರ ಅನುಕ್ರಮ ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್-ಸಂಸ್ಕರಿಸಿದ ಡಿಎನ್ಎಯನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಮೀಥೈಲೇಷನ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯ ಮೊದಲ ವರದಿಯಾದ ವಿಧಾನವು ಪಿಸಿಆರ್ ಮತ್ತು ಪ್ರಮಾಣಿತ ಡೈಡಿಯೋಕ್ಸಿನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಡಿಎನ್ಎ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಬಳಸಿ ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್ ಪರಿವರ್ತನೆಗೆ ನಿರೋಧಕವಾಗಿರುವ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ಗಳನ್ನು ನೇರವಾಗಿ ನಿರ್ಧರಿಸುತ್ತದೆ. ಪ್ರೈಮರ್ಗಳನ್ನು ಸ್ಟ್ರಾಂಡ್-ನಿರ್ದಿಷ್ಟವಾಗಿ ಮತ್ತು ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್-ನಿರ್ದಿಷ್ಟವಾಗಿ ವಿನ್ಯಾಸಗೊಳಿಸಲಾಗಿದೆ (ಅಂದರೆ, ಸಿ. ಪಿ. ಜಿ. ಅಲ್ಲದ ಸೈಟೋಸಿನ್ಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಪ್ರೈಮರ್ಗಳು ಅವು ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್-ಸಂಸ್ಕರಿಸದ ಡಿಎನ್ಎಗೆ ಪೂರಕವಾಗಿಲ್ಲ), ಆಸಕ್ತಿಯ ಮೆತಿಲೀಕರಣ ತಾಣವನ್ನು ಸುತ್ತುವರೆದಿವೆ (ಆದರೆ ಒಳಗೊಂಡಿಲ್ಲ). ಆದ್ದರಿಂದ, ಇದು ಮೀಥೈಲೇಷನ್-ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಪಿಸಿಆರ್ಗೆ ವ್ಯತಿರಿಕ್ತವಾಗಿ ಮೀಥೈಲೇಟೆಡ್ ಮತ್ತು ಅನ್ಮೀಥೈಲೇಟೆಡ್ ಅನುಕ್ರಮಗಳೆರಡನ್ನೂ ವರ್ಧಿಸುತ್ತದೆ. ಮೀಥೈಲೇಟೆಡ್ ಸೈಟೋಸಿನ್ಗಳ ಎಲ್ಲಾ ತಾಣಗಳನ್ನು ಇಂದ್ರಿಯ ಎಳೆಗಳ ಪರಿಣಾಮವಾಗಿ ವರ್ಧಿತ ಅನುಕ್ರಮದಲ್ಲಿ ಥೈಮಿನ್ಗಳಾಗಿ ಮತ್ತು ವರ್ಧಿತ ಆಂಟಿಸೆನ್ಸ್ ಎಳೆಗಳಲ್ಲಿ ಅಡೆನಿನ್ಗಳಾಗಿ ಪ್ರದರ್ಶಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಪಿಸಿಆರ್ ಪ್ರೈಮರ್ಗಳಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ಥ್ರೋಪುಟ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ಅಡಾಪ್ಟರ್ಗಳನ್ನು ಸೇರಿಸುವ ಮೂಲಕ, ಪಿಸಿಆರ್ ಉತ್ಪನ್ನಗಳನ್ನು ಬೃಹತ್ ಸಮಾನಾಂತರ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ನೊಂದಿಗೆ ಅನುಕ್ರಮಗೊಳಿಸಬಹುದು. ಪರ್ಯಾಯವಾಗಿ, ಮತ್ತು ಕಾರ್ಮಿಕ-ತೀವ್ರವಾಗಿ, ಪಿಸಿಆರ್ ಉತ್ಪನ್ನವನ್ನು ಅಬೀಜ ಸಂತಾನೋತ್ಪತ್ತಿ ಮಾಡಬಹುದು ಮತ್ತು ಅನುಕ್ರಮಗೊಳಿಸಬಹುದು. ಅನುಕ್ರಮಕ್ಕಾಗಿ ಉತ್ಪನ್ನವನ್ನು ಹೆಚ್ಚಿಸಲು ನೆಸ್ಟೆಡ್ ಪಿಸಿಆರ್ ವಿಧಾನಗಳನ್ನು ಬಳಸಬಹುದು. ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್-ಸಂಸ್ಕರಿಸಿದ ಡಿಎನ್ಎಯನ್ನು ಬಳಸುವ ಎಲ್ಲಾ ನಂತರದ ಡಿಎನ್ಎ ಮೆತಿಲೀಕರಣ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ ತಂತ್ರಗಳು ಫ್ರಾಮರ್ ಮತ್ತು ಇತರರು ನೀಡಿದ ಈ ವರದಿಯನ್ನು ಆಧರಿಸಿವೆ. (ಚಿತ್ರ 2). ಹೆಚ್ಚಿನ ಇತರ ವಿಧಾನಗಳು ನಿಜವಾದ ಅನುಕ್ರಮ-ಆಧಾರಿತ ತಂತ್ರಗಳಲ್ಲದಿದ್ದರೂ, "ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್ ಅನುಕ್ರಮ" ಎಂಬ ಪದವನ್ನು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್-ಪರಿವರ್ತನೆ ಡಿಎನ್ಎ ಮೆತಿಲೀಕರಣ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ ತಂತ್ರಗಳನ್ನು ವಿವರಿಸಲು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಮೀಥೈಲೇಷನ್-ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಪಿಸಿಆರ್ ಅನ್ನು ಬಳಸದೆ ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್-ಸಂಸ್ಕರಿಸಿದ ಡಿಎನ್ಎಯನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಲು ಪೈರೋಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ಅನ್ನು ಸಹ ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಆಸಕ್ತಿಯ ಪ್ರದೇಶದ ಪಿಸಿಆರ್ ವರ್ಧನೆಯ ನಂತರ, ಆ ಪ್ರದೇಶದ ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಸಿಪಿಜಿ ತಾಣಗಳ ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್-ಪರಿವರ್ತಿತ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸಲು ಪೈರೋಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಅನುಕ್ರಮ ವಿಸ್ತರಣೆಯ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಸಿ ಮತ್ತು ಟಿ ಸಂಯೋಜನೆಯ ಪ್ರಮಾಣವನ್ನು ಆಧರಿಸಿ ಪ್ರತ್ಯೇಕ ಸ್ಥಳಗಳಲ್ಲಿ ಸಿ-ಟು-ಟಿ ಅನುಪಾತವನ್ನು ಪರಿಮಾಣಾತ್ಮಕವಾಗಿ ನಿರ್ಧರಿಸಬಹುದು. ಈ ವಿಧಾನದ ಮುಖ್ಯ ಮಿತಿಯೆಂದರೆ ತಂತ್ರಜ್ಞಾನದ ವೆಚ್ಚ. ಆದಾಗ್ಯೂ, ಪೈರೋಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ಹೆಚ್ಚಿನ-ಥ್ರೋಪುಟ್ ಸ್ಕ್ರೀನಿಂಗ್ ವಿಧಾನಗಳಿಗೆ ವಿಸ್ತರಣೆಗೆ ಅವಕಾಶ ನೀಡುತ್ತದೆ. ವಾಂಗ್ ಮತ್ತು ಇತರರು ವಿವರಿಸಿದ ಈ ತಂತ್ರದ ಒಂದು ರೂಪಾಂತರವು ಆಲೀಲ್-ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಪ್ರೈಮರ್ಗಳನ್ನು ಬಳಸುತ್ತದೆ, ಇದು ಏಕ-ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೊಟೈಡ್ ಬಹುರೂಪತೆಗಳನ್ನು ಅನುಕ್ರಮ ಪ್ರೈಮರ್ನ ಅನುಕ್ರಮದಲ್ಲಿ ಅಳವಡಿಸುತ್ತದೆ, ಹೀಗಾಗಿ ತಾಯಿಯ ಮತ್ತು ತಂದೆಯ ಆಲೀಲ್ಗಳ ಪ್ರತ್ಯೇಕ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗೆ ಅವಕಾಶ ನೀಡುತ್ತದೆ. ಈ ತಂತ್ರವು ಜೀನೋಮಿಕ್ ಮುದ್ರಣ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗೆ ನಿರ್ದಿಷ್ಟವಾಗಿ ಉಪಯುಕ್ತವಾಗಿದೆ. ಮೀಥೈಲೇಷನ್-ಸೆನ್ಸಿಟಿವ್ ಸಿಂಗಲ್-ಸ್ಟ್ರಾಂಡ್ ಕಾನ್ಫರ್ಮೇಷನ್ ಅನಾಲಿಸಿಸ್ (ಎಂಎಸ್-ಎಸ್ಎಸ್ಸಿಎ) ಈ ವಿಧಾನವು ಸಿಂಗಲ್-ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೊಟೈಡ್ ಪಾಲಿಮಾರ್ಫಿಸಮ್ (ಎಸ್ಎನ್ಪಿ) ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಾಗಿ ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಲಾದ ಸಿಂಗಲ್-ಸ್ಟ್ರಾಂಡ್ ಕಾನ್ಫರ್ಮೇಷನ್ ಪಾಲಿಮಾರ್ಫಿಸಮ್ ಅನಾಲಿಸಿಸ್ (ಎಸ್ಎಸ್ಸಿಎ) ವಿಧಾನವನ್ನು ಆಧರಿಸಿದೆ. ಡಿನಾಚುರೇಟಿಂಗ್ ಅಲ್ಲದ ಎಲೆಕ್ಟ್ರೋಫೋರೆಸಿಸ್ನಲ್ಲಿ ಭೇದಾತ್ಮಕ ವಲಸೆಯ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ಒಂದೇ ಗಾತ್ರದ ಆದರೆ ವಿಭಿನ್ನ ಅನುಕ್ರಮದ ಏಕ-ಎಳೆ ಡಿಎನ್ಎ ತುಣುಕುಗಳ ನಡುವೆ ಎಸ್ಎಸ್ಸಿಎ ವ್ಯತ್ಯಾಸವನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ. ಎಂ. ಎಸ್.-ಎಸ್. ಎಸ್. ಸಿ. ಎ. ಯಲ್ಲಿ, ಆಸಕ್ತಿಯ ಸಿಪಿಜಿ ತಾಣಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್-ಸಂಸ್ಕರಿಸಿದ, ಪಿಸಿಆರ್-ವರ್ಧಿತ ಪ್ರದೇಶಗಳ ನಡುವಿನ ವ್ಯತ್ಯಾಸವನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಇದನ್ನು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಒಂದೇ ಒಂದು ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ವ್ಯತ್ಯಾಸವಿದ್ದಾಗ ಎಸ್ಎಸ್ಸಿಎ ಸೂಕ್ಷ್ಮತೆಯನ್ನು ಹೊಂದಿರದಿದ್ದರೂ, ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್ ಚಿಕಿತ್ಸೆಯು ಆಗಾಗ್ಗೆ ಆಸಕ್ತಿಯ ಹೆಚ್ಚಿನ ಪ್ರದೇಶಗಳಲ್ಲಿ ಹಲವಾರು ಸಿ-ಟು-ಟಿ ಪರಿವರ್ತನೆಗಳನ್ನು ಮಾಡುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಪರಿಣಾಮವಾಗಿ ಸೂಕ್ಷ್ಮತೆಯು 100% ಅನ್ನು ತಲುಪುತ್ತದೆ. ಎಂಎಸ್-ಎಸ್ಎಸ್ಸಿಎ ಬ್ಯಾಂಡ್ ತೀವ್ರತೆಗಳ ಅನುಪಾತದ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ಡಿಎನ್ಎ ಮೆತಿಲೀಕರಣದ ಮಟ್ಟದ ಅರೆ-ಪರಿಮಾಣಾತ್ಮಕ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಸಹ ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ. ಆದಾಗ್ಯೂ, ಈ ವಿಧಾನವನ್ನು ವೈಯಕ್ತಿಕ ಮೆತಿಲೀಕರಣ ತಾಣಗಳಿಗಿಂತ ಹೆಚ್ಚಾಗಿ ಆಸಕ್ತಿಯ ಪ್ರದೇಶದಲ್ಲಿ ಒಟ್ಟಾರೆಯಾಗಿ ಎಲ್ಲಾ ಸಿಪಿಜಿ ತಾಣಗಳನ್ನು ನಿರ್ಣಯಿಸಲು ವಿನ್ಯಾಸಗೊಳಿಸಲಾಗಿದೆ. ಹೈ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ ಮೆಲ್ಟಿಂಗ್ ಅನಾಲಿಸಿಸ್ (ಎಚ್. ಆರ್. ಎಂ.)-ಪರಿವರ್ತಿತವಾಗದ ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್-ಸಂಸ್ಕರಿಸಿದ ಡಿ. ಎನ್. ಎ. ಯಿಂದ ಪ್ರತ್ಯೇಕಿಸಲು ಮತ್ತೊಂದು ವಿಧಾನವೆಂದರೆ ಹೈ-ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ ಮೆಲ್ಟಿಂಗ್ ಅನಾಲಿಸಿಸ್ (ಎಚ್. ಆರ್. ಎಂ.) ಅನ್ನು ಬಳಸುವುದು, ಇದು ಆರಂಭದಲ್ಲಿ ಎಸ್. ಎನ್. ಪಿ. ಗಳನ್ನು ಪ್ರತ್ಯೇಕಿಸಲು ವಿನ್ಯಾಸಗೊಳಿಸಲಾದ ಪರಿಮಾಣಾತ್ಮಕ ಪಿ. ಸಿ. ಆರ್ ಆಧಾರಿತ ತಂತ್ರವಾಗಿದೆ. ಪಿಸಿಆರ್ ಆಂಪ್ಲಿಕಾನ್ಗಳನ್ನು ತಾಪಮಾನವನ್ನು ಹೆಚ್ಚಿಸುವ ಮೂಲಕ ನೇರವಾಗಿ ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಕರಗುವ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಇಂಟರ್ಕ್ಯಾಲೇಟಿಂಗ್ ಪ್ರತಿದೀಪಕ ಬಣ್ಣವನ್ನು ಬಿಡುಗಡೆ ಮಾಡುತ್ತದೆ. ಆಂಪ್ಲಿಕಾನ್ನಲ್ಲಿನ ಸಿ-ಟು-ಟಿ ಅಂಶದಿಂದ ಪ್ರತಿನಿಧಿಸಲ್ಪಡುವ ಮೆತಿಲೀಕರಣದ ಮಟ್ಟವು, ಕರಗುವಿಕೆಯ ವೇಗವನ್ನು ಮತ್ತು ಅದರ ಪರಿಣಾಮವಾಗಿ ಬಣ್ಣದ ಬಿಡುಗಡೆಯನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸುತ್ತದೆ. ಈ ವಿಧಾನವು ಏಕ-ಕೊಳವೆ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯಲ್ಲಿ ನೇರ ಪರಿಮಾಣವನ್ನು ಅನುಮತಿಸುತ್ತದೆ, ಆದರೆ ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಸಿ. ಪಿ. ಜಿ ತಾಣಗಳಿಗಿಂತ ಹೆಚ್ಚಾಗಿ ವರ್ಧಿತ ಪ್ರದೇಶದಲ್ಲಿ ಮೆತಿಲೀಕರಣವನ್ನು ನಿರ್ಣಯಿಸುತ್ತದೆ. ಮೀಥೈಲೇಷನ್-ಸೆನ್ಸಿಟಿವ್ ಸಿಂಗಲ್-ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೊಟೈಡ್ ಪ್ರೈಮರ್ ಎಕ್ಸ್ಟೆನ್ಶನ್ (ಎಂಎಸ್-ಸ್ನೂಪಿಇ) ಎಂಎಸ್-ಸ್ನೂಪಿಇ ಏಕ-ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೊಟೈಡ್ ಪಾಲಿಮಾರ್ಫಿಸಮ್ಗಳನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಲು ಆರಂಭದಲ್ಲಿ ವಿನ್ಯಾಸಗೊಳಿಸಲಾದ ಪ್ರೈಮರ್ ಎಕ್ಸ್ಟೆನ್ಶನ್ ವಿಧಾನವನ್ನು ಬಳಸುತ್ತದೆ. ಡಿ. ಎನ್. ಎ. ಯು ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್-ಪರಿವರ್ತಿತವಾಗಿದೆ, ಮತ್ತು ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್-ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಪ್ರೈಮರ್ಗಳನ್ನು ಆಸಕ್ತಿಯ ಸಿ. ಪಿ. ಜಿ. ಗೆ ತಕ್ಷಣವೇ ಮುಂಚಿತವಾಗಿ ಬೇಸ್ ಜೋಡಿಯವರೆಗೆ ಅನುಕ್ರಮಕ್ಕೆ ಅನಿಲ್ ಮಾಡಲಾಗುತ್ತದೆ. ಡೈಡಿಯೋಕ್ಸಿನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ಗಳನ್ನು ಕೊನೆಗೊಳಿಸುವ ಡಿಎನ್ಎ ಪಾಲಿಮರೇಸ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಸಿ (ಅಥವಾ ಟಿ) ಗೆ ಒಂದು ಬೇಸ್ ಜೋಡಿಯನ್ನು ವಿಸ್ತರಿಸಲು ಪ್ರೈಮರ್ಗೆ ಅವಕಾಶ ನೀಡಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಸಿ ಯಿಂದ ಟಿ ಅನುಪಾತವನ್ನು ಪರಿಮಾಣಾತ್ಮಕವಾಗಿ ನಿರ್ಧರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಈ ಸಿಃ ಟಿ ಅನುಪಾತವನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸಲು ಹಲವಾರು ವಿಧಾನಗಳನ್ನು ಬಳಸಬಹುದು. ಆರಂಭದಲ್ಲಿ, ಎಂಎಸ್-ಸ್ನೂಪ್ ಪ್ರೈಮರ್ ವಿಸ್ತರಣೆಯ ವರದಿಗಾರರಾಗಿ ವಿಕಿರಣಶೀಲ ಡಿಡಿಎನ್ಟಿಪಿಗಳನ್ನು ಅವಲಂಬಿಸಿತ್ತು. ಫ್ಲೋರೊಸೆನ್ಸ್-ಆಧಾರಿತ ವಿಧಾನಗಳು ಅಥವಾ ಪೈರೋಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ಅನ್ನು ಸಹ ಬಳಸಬಹುದು. ಆದಾಗ್ಯೂ, ಎರಡು ಪಾಲಿಮಾರ್ಫಿಕ್ ಪ್ರೈಮರ್ ಎಕ್ಸ್ಟೆನ್ಶನ್ ಉತ್ಪನ್ನಗಳ ನಡುವೆ ವ್ಯತ್ಯಾಸವನ್ನು ಕಂಡುಹಿಡಿಯಲು ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್-ಅಸಿಸ್ಟೆಡ್ ಲೇಸರ್ ಡಿಸಾರ್ಪ್ಷನ್ ಅಯಾನೀಕರಣ/ಟೈಮ್-ಆಫ್-ಫ್ಲೈಟ್ (ಎಂಎಎಲ್ಡಿಐ-ಟಿಒಎಫ್) ಮಾಸ್ ಸ್ಪೆಕ್ಟ್ರೋಮೆಟ್ರಿ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು, ಮೂಲಭೂತವಾಗಿ, ಎಸ್ಎನ್ಪಿ ಜೀನೋಟೈಪಿಂಗ್ಗಾಗಿ ವಿನ್ಯಾಸಗೊಳಿಸಲಾದ ಗುಡ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ಬಳಸಬಹುದು. ಅಯಾನ್ ಜೋಡಿ ರಿವರ್ಸ್-ಫೇಸ್ ಹೈ-ಪರ್ಫಾರ್ಮೆನ್ಸ್ ಲಿಕ್ವಿಡ್ ಕ್ರೊಮ್ಯಾಟೋಗ್ರಫಿಯನ್ನು (ಐಪಿ-ಆರ್ಪಿ-ಎಚ್. ಪಿ. ಎಲ್. ಸಿ) ಪ್ರೈಮರ್ ಎಕ್ಸ್ಟೆನ್ಶನ್ ಉತ್ಪನ್ನಗಳನ್ನು ಪ್ರತ್ಯೇಕಿಸಲು ಸಹ ಬಳಸಲಾಗಿದೆ. ಎಹ್ರಿಚ್ ಮತ್ತು ಇತರರು ಇತ್ತೀಚೆಗೆ ವಿವರಿಸಿದ ಬೇಸ್-ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಸೀಳು/ಮಾಲ್ಡಿ-ಟಿಒಎಫ್ ಎ ವಿಧಾನ. ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಬದಲಾವಣೆಗಳಿಂದ ಪಡೆದ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಹೆಚ್ಚಿಸಲು ಬೇಸ್-ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಸೀಳು ಹಂತವನ್ನು ಸೇರಿಸುವ ಮೂಲಕ ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್-ಪರಿವರ್ತನೆಗಳ ಲಾಭವನ್ನು ಪಡೆಯುತ್ತದೆ. ಮೊದಲು ಆಸಕ್ತಿಯ ಪ್ರದೇಶದ ಇನ್ ವಿಟ್ರೊ ಪ್ರತಿಲೇಖನವನ್ನು ಆರ್ಎನ್ಎಗೆ ಬಳಸುವ ಮೂಲಕ (ಆರಂಭಿಕ ವರ್ಧನೆಯಲ್ಲಿ ಪಿಸಿಆರ್ ಪ್ರೈಮರ್ಗೆ ಆರ್ಎನ್ಎ ಪಾಲಿಮರೇಸ್ ಪ್ರವರ್ತಕ ತಾಣವನ್ನು ಸೇರಿಸುವ ಮೂಲಕ), ಬೇಸ್-ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ತಾಣಗಳಲ್ಲಿ ಆರ್ಎನ್ಎ ಪ್ರತಿಲೇಖನವನ್ನು ಬೇರ್ಪಡಿಸಲು ಆರ್ಎನ್ಎ ಎ ಅನ್ನು ಬಳಸಬಹುದು. ಆರ್ನೇಸ್ ಎ ಆರ್ಎನ್ಎಯನ್ನು ನಿರ್ದಿಷ್ಟವಾಗಿ ಸೈಟೋಸಿನ್ ಮತ್ತು ಯುರಾಸಿಲ್ ರಿಬೋನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ಗಳಲ್ಲಿ ಬೇರ್ಪಡಿಸುವುದರಿಂದ, ಸೈಟೋಸಿನ್-ನಿರ್ದಿಷ್ಟ (ಸಿ-ನಿರ್ದಿಷ್ಟ) ಸೀಳು ಬಯಸಿದಾಗ ಸೀಳು-ನಿರೋಧಕ ಡಿಟಿಟಿಪಿಯನ್ನು ಸೇರಿಸುವ ಮೂಲಕ ಮತ್ತು ಯುರಾಸಿಲ್-ನಿರ್ದಿಷ್ಟ (ಯು-ನಿರ್ದಿಷ್ಟ) ಸೀಳು ಬಯಸಿದಾಗ ಡಿಸಿಟಿಪಿಯನ್ನು ಸೇರಿಸುವ ಮೂಲಕ ಬೇಸ್-ನಿರ್ದಿಷ್ಟತೆಯನ್ನು ಸಾಧಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಸೀಳಿರುವ ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ನಂತರ ಮಾಲ್ಡಿ-ಟಿಒಎಫ್ ಮೂಲಕ ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಬಹುದು. ಬಿಸಲ್ಫೈಟ್ ಚಿಕಿತ್ಸೆಯು ಸಿ-ಟು-ಯು ಪರಿವರ್ತನೆಗಳಿಂದ ಸೀಳು ತಾಣಗಳ ಪರಿಚಯ/ತೆಗೆದುಹಾಕುವಿಕೆಗೆ ಕಾರಣವಾಗುತ್ತದೆ ಅಥವಾ ವರ್ಧಿತ ಹಿಮ್ಮುಖ ಎಳೆಗಳಲ್ಲಿ ಜಿ-ಟು-ಎ ಪರಿವರ್ತನೆಗಳಿಂದ ತುಣುಕು ದ್ರವ್ಯರಾಶಿಯಲ್ಲಿ ಬದಲಾವಣೆಗೆ ಕಾರಣವಾಗುತ್ತದೆ. ಸಿ-ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಸೀಳು ನಿರ್ದಿಷ್ಟವಾಗಿ ಎಲ್ಲಾ ಮೀಥೈಲೇಟೆಡ್ ಸಿಪಿಜಿ ತಾಣಗಳಲ್ಲಿ ಕತ್ತರಿಸುತ್ತದೆ. ಫಲಿತಾಂಶದ ತುಣುಕುಗಳ ಗಾತ್ರವನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸುವ ಮೂಲಕ, ಇಡೀ ಪ್ರದೇಶದ ಮೆತಿಲೀಕರಣದ ವ್ಯಾಪ್ತಿಯನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸುವ ಬದಲು, ಪ್ರದೇಶದೊಳಗಿನ ಸಿಪಿಜಿ ತಾಣಗಳ ಡಿಎನ್ಎ ಮೆತಿಲೀಕರಣದ ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಮಾದರಿಯನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸಲು ಸಾಧ್ಯವಿದೆ. ಈ ವಿಧಾನವು ಹೆಚ್ಚಿನ-ಥ್ರೋಪುಟ್ ಸ್ಕ್ರೀನಿಂಗ್ಗೆ ಪರಿಣಾಮಕಾರಿತ್ವವನ್ನು ಪ್ರದರ್ಶಿಸಿತು, ಇದು ಅನೇಕ ಸಿ. ಪಿ. ಜಿ ತಾಣಗಳನ್ನು ಅನೇಕ ಅಂಗಾಂಶಗಳಲ್ಲಿ ವೆಚ್ಚ-ಸಮರ್ಥ ರೀತಿಯಲ್ಲಿ ವಿಚಾರಣೆಗೆ ಅವಕಾಶ ಮಾಡಿಕೊಟ್ಟಿತು. ಮೀಥೈಲೇಷನ್-ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಪಿಸಿಆರ್ (ಎಂಎಸ್ಪಿ) ಮೀಥೈಲೇಷನ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯ ಈ ಪರ್ಯಾಯ ವಿಧಾನವು ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್-ಸಂಸ್ಕರಿಸಿದ ಡಿಎನ್ಎಯನ್ನು ಸಹ ಬಳಸುತ್ತದೆ ಆದರೆ ಆಸಕ್ತಿಯ ಪ್ರದೇಶವನ್ನು ಅನುಕ್ರಮಗೊಳಿಸುವ ಅಗತ್ಯವನ್ನು ತಪ್ಪಿಸುತ್ತದೆ. ಬದಲಾಗಿ, ಪರಿವರ್ತನೆಗೊಳ್ಳದ 5-ಮೀಥೈಲ್ಸೈಟೋಸಿನ್ಗಳಿಗೆ ಮಾತ್ರ ಪೂರಕವಾದ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಸೇರಿಸುವ ಮೂಲಕ ಪ್ರೈಮರ್ ಜೋಡಿಗಳನ್ನು "ಮೀಥೈಲೇಟೆಡ್-ನಿರ್ದಿಷ್ಟ" ಎಂದು ವಿನ್ಯಾಸಗೊಳಿಸಲಾಗಿದೆ, ಅಥವಾ, ಇದಕ್ಕೆ ವಿರುದ್ಧವಾಗಿ, "ಮೀಥೈಲೇಟೆಡ್-ನಿರ್ದಿಷ್ಟ", ಮೀಥೈಲೇಟೆಡ್ ಸೈಟೋಸಿನ್ಗಳಿಂದ ಪರಿವರ್ತಿಸಲಾದ ಥೈಮಿನ್ಗಳಿಗೆ ಪೂರಕವಾಗಿದೆ. ವರ್ಧನೆಯನ್ನು ಸಾಧಿಸುವ ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಪ್ರೈಮರ್ನ ಸಾಮರ್ಥ್ಯದಿಂದ ಮೆತಿಲೀಕರಣವನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಪ್ರಾಯಶಃ ಹೆಚ್ಚಿನ ಮೆತಿಲೀಕರಣ ಸಾಂದ್ರತೆಯನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಸಿ. ಪಿ. ಜಿ ದ್ವೀಪಗಳನ್ನು ಪ್ರಶ್ನಿಸಲು ಈ ವಿಧಾನವು ವಿಶೇಷವಾಗಿ ಉಪಯುಕ್ತವಾಗಿದೆ, ಏಕೆಂದರೆ ಪ್ರೈಮರ್ನಲ್ಲಿನ ಸಿ. ಪಿ. ಜಿ ಜೋಡಿಗಳ ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಂಖ್ಯೆಯು ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯ ನಿರ್ದಿಷ್ಟತೆಯನ್ನು ಹೆಚ್ಚಿಸುತ್ತದೆ. ಸಿ. ಪಿ. ಜಿ ಜೋಡಿಯನ್ನು ಪ್ರೈಮರ್ನ 3 'ತುದಿಯಲ್ಲಿ ಇರಿಸುವುದರಿಂದ ಸೂಕ್ಷ್ಮತೆಯನ್ನು ಸುಧಾರಿಸುತ್ತದೆ. ಎಂಎಸ್ಪಿಯನ್ನು ಬಳಸುವ ಆರಂಭಿಕ ವರದಿಯು 0.1% ಆಲೀಲ್ಗಳ ಮೆತಿಲೀಕರಣವನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲು ಸಾಕಷ್ಟು ಸೂಕ್ಷ್ಮತೆಯನ್ನು ವಿವರಿಸಿದೆ. ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ, ಒಂದು ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಸ್ಥಳದಲ್ಲಿ ಮೀಥೈಲೇಷನ್ ಸ್ಥಿತಿಯನ್ನು ಪ್ರಶ್ನಿಸುವಾಗ ಎಂಎಸ್ಪಿ ಮತ್ತು ಅದರ ಸಂಬಂಧಿತ ಶಿಷ್ಟಾಚಾರಗಳನ್ನು ಅತ್ಯಂತ ಸೂಕ್ಷ್ಮವೆಂದು ಪರಿಗಣಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಮೆಥಿಲೈಟ್ ವಿಧಾನವು ಎಂಎಸ್ಪಿಯನ್ನು ಆಧರಿಸಿದೆ, ಆದರೆ ಪರಿಮಾಣಾತ್ಮಕ ಪಿಸಿಆರ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಪರಿಮಾಣಾತ್ಮಕ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ. ಮೀಥೈಲೇಟೆಡ್-ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಪ್ರೈಮರ್ಗಳನ್ನು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಮತ್ತು ಮೀಥೈಲೇಟೆಡ್-ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಫ್ಲೋರೊಸೆನ್ಸ್ ರಿಪೋರ್ಟರ್ ಪ್ರೋಬ್ ಅನ್ನು ಸಹ ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಅದು ವರ್ಧಿತ ಪ್ರದೇಶಕ್ಕೆ ತಲುಪುತ್ತದೆ. ಪರ್ಯಾಯ ಶೈಲಿಯಲ್ಲಿ, ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ಅನುಕ್ರಮಗಳಲ್ಲಿ ಸಿ. ಪಿ. ಜಿ ಜೋಡಿಗಳ ನಡುವೆ ತಾರತಮ್ಯ ಅಗತ್ಯವಿದ್ದರೆ ಪ್ರೈಮರ್ಗಳು ಅಥವಾ ಪ್ರೋಬ್ ಅನ್ನು ಮೀಥೈಲೇಷನ್ ನಿರ್ದಿಷ್ಟತೆಯಿಲ್ಲದೆ ವಿನ್ಯಾಸಗೊಳಿಸಬಹುದು. ಮೀಥೈಲೇಟೆಡ್ ರೆಫರೆನ್ಸ್ ಡಿಎನ್ಎಯನ್ನು ಉಲ್ಲೇಖಿಸಿ ಪರಿಮಾಣವನ್ನು ಮಾಡಲಾಗುತ್ತದೆ. ಯಶಸ್ವಿಯಾಗಿ ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್-ಪರಿವರ್ತಿತ ಡಿಎನ್ಎ (ಕಾನ್ಲೈಟ್-ಎಂಎಸ್ಪಿ) ಗಾಗಿ ಪಿಸಿಆರ್ನ ನಿರ್ದಿಷ್ಟತೆಯನ್ನು ಹೆಚ್ಚಿಸಲು ಈ ಶಿಷ್ಟಾಚಾರದ ಮಾರ್ಪಾಡು ಈ ನಿರ್ದಿಷ್ಟವಲ್ಲದ ವರ್ಧನೆಯನ್ನು ಪ್ರಮಾಣೀಕರಿಸಲು ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್-ಪರಿವರ್ತಿತ ಡಿಎನ್ಎಗೆ ಹೆಚ್ಚುವರಿ ತನಿಖೆಯನ್ನು ಬಳಸುತ್ತದೆ. ಎಂಎಸ್ಪಿ-ವರ್ಧಿತ ಡಿಎನ್ಎಯನ್ನು ಬಳಸುವ ಮುಂದಿನ ವಿಧಾನವು ಮೆಲ್ಟಿಂಗ್ ಕರ್ವ್ ಅನಾಲಿಸಿಸ್ (ಮ್ಯಾಕ್-ಎಂಎಸ್ಪಿ) ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಉತ್ಪನ್ನಗಳನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸುತ್ತದೆ. ಈ ವಿಧಾನವು ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್-ಪರಿವರ್ತಿತ ಡಿಎನ್ಎಯನ್ನು ಮೀಥೈಲೇಟೆಡ್-ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಮತ್ತು ಅನ್ಮೀಥೈಲೇಟೆಡ್-ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಪ್ರೈಮರ್ಗಳೆರಡರಿಂದಲೂ ವರ್ಧಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಕರಗುವ ವಕ್ರರೇಖೆಯ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯಲ್ಲಿ ಉತ್ಪತ್ತಿಯಾಗುವ ಭೇದಾತ್ಮಕ ಶಿಖರಗಳನ್ನು ಹೋಲಿಸುವ ಮೂಲಕ ಎರಡು ಉತ್ಪನ್ನಗಳ ಪರಿಮಾಣಾತ್ಮಕ ಅನುಪಾತವನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸುತ್ತದೆ. ಪರಿಮಾಣಾತ್ಮಕ ಪಿಸಿಆರ್ ಮತ್ತು ಕರಗುವ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ ಎರಡನ್ನೂ ಬಳಸುವ ಉನ್ನತ-ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ ಕರಗುವ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ ವಿಧಾನವನ್ನು ಪರಿಚಯಿಸಲಾಗಿದೆ, ನಿರ್ದಿಷ್ಟವಾಗಿ, ಕಡಿಮೆ-ಮಟ್ಟದ ಮೆತಿಲೀಕರಣದ ಸೂಕ್ಷ್ಮ ಪತ್ತೆಗಾಗಿ ಮೈಕ್ರೋ-ಅರೇ-ಆಧಾರಿತ ವಿಧಾನಗಳು ಮೈಕ್ರೊ-ಅರೇ-ಆಧಾರಿತ ವಿಧಾನಗಳು ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್-ಸಂಸ್ಕರಿಸಿದ ಡಿಎನ್ಎಯನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಲು ಲಭ್ಯವಿರುವ ತಂತ್ರಜ್ಞಾನಗಳ ತಾರ್ಕಿಕ ವಿಸ್ತರಣೆಯಾಗಿದ್ದು, ಇದು ಮಿಥಿಲೀಕರಣದ ಜೀನೋಮ್-ವೈಡ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗೆ ಅವಕಾಶ ನೀಡುತ್ತದೆ. ಒಲಗೋನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಮೈಕ್ರೋಅರೇಗಳನ್ನು ಒಲಗೋನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಹೈಬ್ರಿಡೈಸೇಶನ್ ಪ್ರೋಬ್ಗಳ ಜೋಡಿಗಳನ್ನು ಬಳಸಿ ಸಿ. ಪಿ. ಜಿ ತಾಣಗಳನ್ನು ಗುರಿಯಾಗಿಸಿಕೊಂಡು ವಿನ್ಯಾಸಗೊಳಿಸಲಾಗಿದೆ. ಒಂದು ಬದಲಾಗದ ಮೀಥೈಲೇಟೆಡ್ ಅನುಕ್ರಮಕ್ಕೆ ಪೂರಕವಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ಇನ್ನೊಂದು ಸಿ-ಟು-ಯು-ಪರಿವರ್ತಿತ ಮೀಥೈಲೇಟೆಡ್ ಅನುಕ್ರಮಕ್ಕೆ ಪೂರಕವಾಗಿದೆ. ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್ನಿಂದ ಅಪೂರ್ಣವಾಗಿ ಪರಿವರ್ತಿಸಲಾದ ಡಿಎನ್ಎಗೆ ಬಂಧಿಸುವುದನ್ನು ತಡೆಯಲು ಶೋಧಕಗಳು ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್-ನಿರ್ದಿಷ್ಟವಾಗಿವೆ. ಇಲ್ಯೂಮಿನಾ ಮೆತಿಲೀಕರಣ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು ಅಂತಹ ಒಂದು ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯಾಗಿದ್ದು, ಜೀನೋಮ್-ವೈಡ್ ಮೆತಿಲೀಕರಣ ದತ್ತಾಂಶವನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸಲು ಮೈಕ್ರೋಅರೇ ಮಟ್ಟದಲ್ಲಿ ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ತಂತ್ರಜ್ಞಾನವನ್ನು ಅನ್ವಯಿಸುತ್ತದೆ. ಮಿತಿಗಳು 5-ಹೈಡ್ರಾಕ್ಸಿಮೆಥೈಲ್ಸೈಟೋಸಿನ್ ಬಿಸಲ್ಫೈಟ್ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಸಸ್ತನಿಗಳ ಜೀನೋಮ್ಗಳಲ್ಲಿ ವ್ಯಾಪಕವಾಗಿ ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಆದಾಗ್ಯೂ ಹೊಸ ಸಸ್ತನಿ ಡಿಎನ್ಎ ಮಾರ್ಪಾಡು 5-ಹೈಡ್ರಾಕ್ಸಿಮೆಥೈಲ್ಸೈಟೋಸಿನ್ ಆವಿಷ್ಕಾರದೊಂದಿಗೆ ತೊಡಕುಗಳು ಉದ್ಭವಿಸಿವೆ. 5-ಹೈಡ್ರಾಕ್ಸಿಮೆಥೈಲ್ಸೈಟೋಸಿನ್ ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್ ಚಿಕಿತ್ಸೆಯ ಮೇಲೆ ಸೈಟೋಸಿನ್-5-ಮೀಥೈಲ್ಸಲ್ಫೋನೇಟ್ ಆಗಿ ಪರಿವರ್ತಿಸುತ್ತದೆ, ನಂತರ ಅದನ್ನು ಅನುಕ್ರಮಗೊಳಿಸಿದಾಗ ಸಿ ಎಂದು ಓದಲಾಗುತ್ತದೆ. ಆದ್ದರಿಂದ, ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್ ಅನುಕ್ರಮವು 5-ಮೀಥೈಲ್ಸೈಟೋಸಿನ್ ಮತ್ತು 5-ಹೈಡ್ರಾಕ್ಸಿಮೀಥೈಲ್ಸೈಟೋಸಿನ್ ನಡುವೆ ತಾರತಮ್ಯವನ್ನು ತೋರಿಸುವುದಿಲ್ಲ. ಇದರರ್ಥ ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್ ಅನುಕ್ರಮದಿಂದ ಬರುವ ಉತ್ಪಾದನೆಯನ್ನು ಇನ್ನು ಮುಂದೆ ಕೇವಲ ಡಿಎನ್ಎ ಮೆತಿಲೀಕರಣ ಎಂದು ವ್ಯಾಖ್ಯಾನಿಸಲಾಗುವುದಿಲ್ಲ, ಏಕೆಂದರೆ ಇದು 5-ಮೀಥೈಲ್ಸೈಟೋಸಿನ್ ಮತ್ತು 5-ಹೈಡ್ರಾಕ್ಸಿಮೀಥೈಲ್ಸೈಟೋಸಿನ್ಗಳ ಸಂಯೋಜನೆಯಾಗಿದೆ. ಚಿಕಾಗೊ ವಿಶ್ವವಿದ್ಯಾಲಯದಲ್ಲಿ ಚುವಾನ್ ಹೇ ಅವರು ಟೆಟ್-ನೆರವಿನ ಆಕ್ಸಿಡೇಟಿವ್ ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಿದ್ದು, ಈಗ ಒಂದೇ ಬೇಸ್ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ನಲ್ಲಿ ಎರಡು ಮಾರ್ಪಾಡುಗಳ ನಡುವೆ ವ್ಯತ್ಯಾಸವನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಸಾಧ್ಯವಾಗಿದೆ. ಅಪೂರ್ಣವಾದ ಪರಿವರ್ತನೆ ಬಿಸಲ್ಫೈಟ್ ಅನುಕ್ರಮವು ಪ್ರತಿಯೊಂದು ಮಿಥೈಲೇತರ ಸೈಟೋಸಿನ್ ಶೇಷವನ್ನು ಯುರಾಸಿಲ್ ಆಗಿ ಪರಿವರ್ತಿಸುವುದರ ಮೇಲೆ ಅವಲಂಬಿತವಾಗಿದೆ. ಪರಿವರ್ತನೆ ಅಪೂರ್ಣವಾಗಿದ್ದರೆ, ನಂತರದ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು ಬದಲಾಗದ ಮೀಥೈಲೇಟೆಡ್ ಸೈಟೋಸಿನ್ಗಳನ್ನು ಮೀಥೈಲೇಟೆಡ್ ಸೈಟೋಸಿನ್ಗಳೆಂದು ತಪ್ಪಾಗಿ ಅರ್ಥೈಸುತ್ತದೆ, ಇದು ಮೀಥೈಲೇಷನ್ಗೆ ತಪ್ಪು ಧನಾತ್ಮಕ ಫಲಿತಾಂಶಗಳಿಗೆ ಕಾರಣವಾಗುತ್ತದೆ. ಸಿಂಗಲ್-ಸ್ಟ್ರಾಂಡೆಡ್ ಡಿಎನ್ಎಯಲ್ಲಿರುವ ಸೈಟೋಸಿನ್ಗಳು ಮಾತ್ರ ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್ನಿಂದ ದಾಳಿಗೊಳಗಾಗುತ್ತವೆ, ಆದ್ದರಿಂದ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗೆ ಒಳಗಾಗುವ ಡಿಎನ್ಎಯ ವಿಕೃತೀಕರಣವು ನಿರ್ಣಾಯಕವಾಗಿದೆ. ತಾಪಮಾನ ಮತ್ತು ಉಪ್ಪಿನ ಸಾಂದ್ರತೆಯಂತಹ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಯ ನಿಯತಾಂಕಗಳು ಡಿಎನ್ಎಯನ್ನು ಏಕ-ಎಳೆ ರಚನೆಯಲ್ಲಿ ನಿರ್ವಹಿಸಲು ಮತ್ತು ಸಂಪೂರ್ಣ ಪರಿವರ್ತನೆಗೆ ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡಲು ಸೂಕ್ತವೆಂದು ಖಚಿತಪಡಿಸಿಕೊಳ್ಳುವುದು ಮುಖ್ಯವಾಗಿದೆ. ಅಗರೋಸ್ ಜೆಲ್ನಲ್ಲಿ ಡಿಎನ್ಎ ಅನ್ನು ಹುದುಗಿಸುವುದರಿಂದ ಡಿಎನ್ಎ ಎಳೆಗಳನ್ನು ದೈಹಿಕವಾಗಿ ಪ್ರತ್ಯೇಕವಾಗಿಡುವ ಮೂಲಕ ಪರಿವರ್ತನೆಯ ಪ್ರಮಾಣವನ್ನು ಸುಧಾರಿಸುತ್ತದೆ ಎಂದು ವರದಿಯಾಗಿದೆ. ಅಪೂರ್ಣ ಪರಿವರ್ತನೆ ದರಗಳನ್ನು ಅಂದಾಜು ಮಾಡಬಹುದು ಮತ್ತು ಸರಿಹೊಂದಿಸಬಹುದು-ಅನುಕ್ರಮ ಗ್ರಂಥಾಲಯದಲ್ಲಿ ಆಂತರಿಕ ನಿಯಂತ್ರಣವನ್ನು ಸೇರಿಸುವ ಮೂಲಕ, ಉದಾಹರಣೆಗೆ ಲ್ಯಾಂಬ್ಡಾ ಫೇಜ್ ಡಿಎನ್ಎ (ಇದು ಅನ್ಮೀಥೈಲೇಟೆಡ್ ಎಂದು ಕರೆಯಲ್ಪಡುತ್ತದೆ) ಅಥವಾ ಕ್ಲೋರೋಪ್ಲಾಸ್ಟ್ ಜೀನೋಮ್ನಂತಹ ಜೀವಿಗಳಲ್ಲಿನ ತಿಳಿದಿರುವ ಅನ್ಮೀಥೈಲೇಟೆಡ್ ಪ್ರದೇಶಕ್ಕೆ ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ರೀಡ್ಗಳನ್ನು ಜೋಡಿಸುವ ಮೂಲಕ. ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್ ಚಿಕಿತ್ಸೆಯ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಡಿಎನ್ಎಯ ಅವನತಿಯು ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್ ಅನುಕ್ರಮದಲ್ಲಿ ಒಂದು ಪ್ರಮುಖ ಸವಾಲಾಗಿದ್ದು, ಪರಿವರ್ತನೆಯೊಂದಿಗೆ ಏಕಕಾಲದಲ್ಲಿ ನಡೆಯುವ ಡಿಎನ್ಎಯ ಅವನತಿಯಾಗಿದೆ. ಸಂಪೂರ್ಣ ಪರಿವರ್ತನೆಗೆ ಅಗತ್ಯವಾದ ಪರಿಸ್ಥಿತಿಗಳು, ಉದಾಹರಣೆಗೆ ದೀರ್ಘವಾದ ಕಾವುಕೊಡುವ ಸಮಯಗಳು, ಹೆಚ್ಚಿದ ತಾಪಮಾನ ಮತ್ತು ಹೆಚ್ಚಿನ ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್ ಸಾಂದ್ರತೆಯು ಕಾವುಕೊಟ್ಟ ಡಿಎನ್ಎಯ ಸುಮಾರು 90 ಪ್ರತಿಶತದಷ್ಟು ಅವನತಿಗೆ ಕಾರಣವಾಗಬಹುದು. ಡಿ. ಎನ್. ಎ. ಯ ಆರಂಭಿಕ ಪ್ರಮಾಣವು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಸೀಮಿತವಾಗಿರುವುದರಿಂದ, ಅಂತಹ ವ್ಯಾಪಕವಾದ ಅವನತಿಯು ಸಮಸ್ಯಾತ್ಮಕವಾಗಬಹುದು. ಅಪವ್ಯಯಗಳು ಯಾದೃಚ್ಛಿಕ ಎಳೆ ಒಡೆಯುವಿಕೆಗೆ ಕಾರಣವಾಗುವುದರಿಂದ ಅವನತಿ ಸಂಭವಿಸುತ್ತದೆ. ಆದ್ದರಿಂದ, ಅಪೇಕ್ಷಿತ ಪಿಸಿಆರ್ ಆಂಪ್ಲಿಕಾನ್ ಎಷ್ಟು ಉದ್ದವಾಗುತ್ತದೆಯೋ, ಹಾಗೇ ಇರುವ ಟೆಂಪ್ಲೇಟ್ ಅಣುಗಳ ಸಂಖ್ಯೆಯು ಹೆಚ್ಚು ಸೀಮಿತವಾಗಿರುತ್ತದೆ. ಇದು ಪಿಸಿಆರ್ ವರ್ಧನೆಯ ವೈಫಲ್ಯಕ್ಕೆ ಕಾರಣವಾಗಬಹುದು, ಅಥವಾ ಟೆಂಪ್ಲೇಟ್ ಅಣುಗಳ ಸೀಮಿತ ಮಾದರಿಯ ಪರಿಣಾಮವಾಗಿ ಮೀಥೈಲೇಷನ್ ಮಟ್ಟಗಳ ಬಗ್ಗೆ ಪರಿಮಾಣಾತ್ಮಕವಾಗಿ ನಿಖರವಾದ ಮಾಹಿತಿಯ ನಷ್ಟಕ್ಕೆ ಕಾರಣವಾಗಬಹುದು. ಹೀಗಾಗಿ, ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಯ ಪರಿಸ್ಥಿತಿಗಳಿಂದ ಉಂಟಾಗುವ ಡಿಎನ್ಎ ಅವನತಿಯ ಪ್ರಮಾಣವನ್ನು ನಿರ್ಣಯಿಸುವುದು ಮತ್ತು ಇದು ಅಪೇಕ್ಷಿತ ಆಂಪ್ಲಿಕನ್ ಮೇಲೆ ಹೇಗೆ ಪರಿಣಾಮ ಬೀರುತ್ತದೆ ಎಂಬುದನ್ನು ಪರಿಗಣಿಸುವುದು ಮುಖ್ಯವಾಗಿದೆ. ಡಿಎನ್ಎ ಅವನತಿಯನ್ನು ಕಡಿಮೆ ಮಾಡಲು ತಂತ್ರಗಳನ್ನು ಸಹ ಬಳಸಬಹುದು, ಉದಾಹರಣೆಗೆ ಕಾವು ತಾಪಮಾನವನ್ನು ಸೈಕ್ಲಿಂಗ್ ಮಾಡುವುದು. 2020ರಲ್ಲಿ, ನ್ಯೂ ಇಂಗ್ಲೆಂಡ್ ಬಯೋಲ್ಯಾಬ್ಸ್ ಡಿಎನ್ಎ ಹಾನಿಯನ್ನು ಕಡಿಮೆ ಮಾಡಲು ಪರ್ಯಾಯ ಕಿಣ್ವ ವಿಧಾನವಾದ ಎನ್ಇಬಿ ನೆಕ್ಸ್ಟ್ ಎಂಜೈಮ್ಯಾಟಿಕ್ ಮೀಥೈಲ್-ಸೆಕ್ ಅನ್ನು ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಿತು. ಇತರ ಕಳವಳಗಳು ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್ ಚಿಕಿತ್ಸೆಯ ನಂತರದ ಸಂಭಾವ್ಯ ಮಹತ್ವದ ಸಮಸ್ಯೆಯೆಂದರೆ ದ್ರಾವಣದ ಅಸಮರ್ಪಕ ಕ್ಷಾರೀಕರಣದಿಂದಾಗಿ ಪಿರಿಮಿಡಿನ್ ಅವಶೇಷಗಳ ಅಪೂರ್ಣ ಸಲ್ಫೋನೇಶನ್. ಇದು ಕೆಲವು ಡಿಎನ್ಎ ಪಾಲಿಮರೇಸ್ಗಳನ್ನು ಪ್ರತಿಬಂಧಿಸಬಹುದು, ಇದು ನಂತರದ ಪಿಸಿಆರ್ ಅನ್ನು ಕಷ್ಟಕರವಾಗಿಸುತ್ತದೆ. ಆದಾಗ್ಯೂ, ಸಲ್ಫೋನೇಶನ್ ಪೂರ್ಣಗೊಳ್ಳುತ್ತದೆ ಎಂದು ಖಚಿತಪಡಿಸಿಕೊಳ್ಳಲು ದ್ರಾವಣದ pH ಅನ್ನು ಮೇಲ್ವಿಚಾರಣೆ ಮಾಡುವ ಮೂಲಕ ಈ ಪರಿಸ್ಥಿತಿಯನ್ನು ತಪ್ಪಿಸಬಹುದು. ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್ ಚಿಕಿತ್ಸೆಯು ಮಾದರಿಯಲ್ಲಿನ ಸಂಕೀರ್ಣತೆಯ ಮಟ್ಟವನ್ನು ಬಹಳವಾಗಿ ಕಡಿಮೆ ಮಾಡುತ್ತದೆ ಎಂಬುದು ಅಂತಿಮ ಕಾಳಜಿಯಾಗಿದೆ, ಇದು ಅನೇಕ ಪಿಸಿಆರ್ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ನಡೆಸಿದರೆ ಸಮಸ್ಯೆಯಾಗಬಹುದು (2006). ಪ್ರೈಮರ್ ವಿನ್ಯಾಸವು ಹೆಚ್ಚು ಕಷ್ಟಕರವಾಗಿದೆ, ಮತ್ತು ಸೂಕ್ತವಲ್ಲದ ಅಡ್ಡ-ಸಂಕರೀಕರಣವು ಹೆಚ್ಚಾಗಿ ಕಂಡುಬರುತ್ತದೆ. ಅನ್ವಯಿಕೆಗಳುಃ ಜೀನೋಮ್-ವೈಡ್ ಮೆತಿಲೀಕರಣ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್ ಅನುಕ್ರಮದಲ್ಲಿನ ಪ್ರಗತಿಗಳು ಅವುಗಳನ್ನು ಜೀನೋಮ್-ವೈಡ್ ಪ್ರಮಾಣದಲ್ಲಿ ಅನ್ವಯಿಸುವ ಸಾಧ್ಯತೆಗಳಿಗೆ ಕಾರಣವಾಗಿವೆ, ಅಲ್ಲಿ, ಈ ಹಿಂದೆ, ಡಿಎನ್ಎ ಮೆತಿಲೀಕರಣದ ಜಾಗತಿಕ ಅಳತೆಯು ನಿರ್ಬಂಧದ ಹೆಗ್ಗುರುತು ಜೀನೋಮಿಕ್ ಸ್ಕ್ಯಾನಿಂಗ್ನಂತಹ ಇತರ ತಂತ್ರಗಳನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಮಾತ್ರ ಕಾರ್ಯಸಾಧ್ಯವಾಗಿತ್ತು. ಮಾನವನ ಎಪಿಜೆನೋಮ್ನ ನಕ್ಷೆಯನ್ನು ಅನೇಕ ವಿಜ್ಞಾನಿಗಳು ಹ್ಯೂಮನ್ ಜೀನೋಮ್ ಪ್ರಾಜೆಕ್ಟ್ ಪೂರ್ಣಗೊಳ್ಳುವ ತಾರ್ಕಿಕ ಅನುಸರಣೆಯಾಗಿ ನೋಡುತ್ತಾರೆ. ಆನುವಂಶಿಕ ಅನುಕ್ರಮದ ಕಾರ್ಯವನ್ನು ಹೇಗೆ ಕಾರ್ಯಗತಗೊಳಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ನಿಯಂತ್ರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ ಎಂಬುದನ್ನು ಅರ್ಥಮಾಡಿಕೊಳ್ಳಲು ಈ ಎಪಿಜೆನೊಮಿಕ್ ಮಾಹಿತಿಯು ಮುಖ್ಯವಾಗಿರುತ್ತದೆ. ಎಪಿಜೆನೋಮ್ ಜೀನೋಮ್ಗಿಂತ ಕಡಿಮೆ ಸ್ಥಿರವಾಗಿರುವುದರಿಂದ, ಜೀನ್-ಪರಿಸರ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳಲ್ಲಿ ಇದು ಮುಖ್ಯವಾಗಿದೆ ಎಂದು ಭಾವಿಸಲಾಗಿದೆ. ಆದಾಗ್ಯೂ, ಎಪಿಜೆನೋಮ್ ಜೀನೋಮ್ಗಿಂತ ಹೆಚ್ಚು ಬದಲಾಗುವುದರಿಂದ, ಎಪಿಜೆನೊಮಿಕ್ ಮ್ಯಾಪಿಂಗ್ ಜೀನೋಮ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ಗಿಂತ ಅಂತರ್ಗತವಾಗಿ ಹೆಚ್ಚು ಸಂಕೀರ್ಣವಾಗಿದೆ. ಒಬ್ಬರ ಎಪಿಜೆನೋಮ್ ವಯಸ್ಸಿನೊಂದಿಗೆ ಬದಲಾಗುತ್ತದೆ, ಅಂಗಾಂಶಗಳ ನಡುವೆ ಭಿನ್ನವಾಗಿರುತ್ತದೆ, ಪರಿಸರದ ಅಂಶಗಳಿಂದ ಬದಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ರೋಗಗಳಲ್ಲಿನ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ. ಆದಾಗ್ಯೂ, ವಿವಿಧ ವಯಸ್ಸಿನ, ಅಂಗಾಂಶಗಳ ಪ್ರಕಾರಗಳು ಮತ್ತು ರೋಗದ ಸ್ಥಿತಿಗಳನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುವ ಅಂತಹ ಸಮೃದ್ಧ ಎಪಿಜೆನೊಮಿಕ್ ಮ್ಯಾಪಿಂಗ್, ಎಪಿಜೆನೆಟಿಕ್ ಗುರುತುಗಳ ಸಾಮಾನ್ಯ ಕಾರ್ಯ ಮತ್ತು ವಯಸ್ಸಾದ ಮತ್ತು ರೋಗಕ್ಕೆ ಕಾರಣವಾಗುವ ಕಾರ್ಯವಿಧಾನಗಳ ಬಗ್ಗೆ ಅಮೂಲ್ಯವಾದ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ನೀಡುತ್ತದೆ. ಎಪಿಜೆನೊಮಿಕ್ ಮ್ಯಾಪಿಂಗ್ನ ನೇರ ಪ್ರಯೋಜನಗಳು ಅಬೀಜ ಸಂತಾನೋತ್ಪತ್ತಿ ತಂತ್ರಜ್ಞಾನದಲ್ಲಿನ ಸಂಭಾವ್ಯ ಪ್ರಗತಿಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿವೆ. ಎಪಿಜೆನೆಟಿಕ್ ಗುರುತುಗಳ ಸೂಕ್ತವಲ್ಲದ ಮಾದರಿಗಳಿಂದಾಗಿ ಸಾಮಾನ್ಯ ಕಾರ್ಯಸಾಧ್ಯತೆ ಮತ್ತು ಜೀವಿತಾವಧಿಯೊಂದಿಗೆ ಅಬೀಜ ಸಂತಾನೋತ್ಪತ್ತಿ ಮಾಡಿದ ಪ್ರಾಣಿಗಳನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸುವಲ್ಲಿನ ವೈಫಲ್ಯಗಳು ಉಂಟಾಗುತ್ತವೆ ಎಂದು ನಂಬಲಾಗಿದೆ. ಅಲ್ಲದೆ, ಅಸಹಜ ಮೀಥೈಲೇಷನ್ ಮಾದರಿಗಳು ಅನೇಕ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ಗಳಲ್ಲಿ ಉತ್ತಮವಾಗಿ ನಿರೂಪಿಸಲ್ಪಟ್ಟಿವೆ. ಜಾಗತಿಕ ಹೈಪೋಮೆಥೈಲೇಷನ್ ಜೆನೋಮಿಕ್ ಸ್ಥಿರತೆಯನ್ನು ಕಡಿಮೆ ಮಾಡುತ್ತದೆ, ಆದರೆ ಟ್ಯೂಮರ್ ನಿರೋಧಕ ಜೀನ್ ಪ್ರವರ್ತಕರ ಸ್ಥಳೀಯ ಹೈಪರ್ಮೆಥೈಲೇಷನ್ ಆಗಾಗ್ಗೆ ಅವುಗಳ ಕಾರ್ಯಕ್ಷಮತೆಯ ನಷ್ಟಕ್ಕೆ ಕಾರಣವಾಗುತ್ತದೆ. ಮೆತಿಲೀಕರಣದ ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಮಾದರಿಗಳು ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಪ್ರಕಾರಗಳನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತವೆ, ಪೂರ್ವಭಾವಿ ಮೌಲ್ಯವನ್ನು ಹೊಂದಿವೆ ಮತ್ತು ಉತ್ತಮ ಚಿಕಿತ್ಸೆಯ ಮಾರ್ಗವನ್ನು ನಿರ್ದೇಶಿಸಲು ಸಹಾಯ ಮಾಡುತ್ತದೆ. ಪ್ರಪಂಚದಾದ್ಯಂತ ದೊಡ್ಡ ಪ್ರಮಾಣದ ಎಪಿಜೆನೋಮ್ ಮ್ಯಾಪಿಂಗ್ ಪ್ರಯತ್ನಗಳು ನಡೆಯುತ್ತಿವೆ ಮತ್ತು ಹ್ಯೂಮನ್ ಎಪಿಜೆನೋಮ್ ಪ್ರಾಜೆಕ್ಟ್ ಅಡಿಯಲ್ಲಿ ಆಯೋಜಿಸಲಾಗಿದೆ. ಇದು ಬಹು-ಹಂತದ ಕಾರ್ಯತಂತ್ರವನ್ನು ಆಧರಿಸಿದೆ, ಅದರ ಮೂಲಕ ಸೀಮಿತ ಸಂಖ್ಯೆಯ ಉಲ್ಲೇಖ ಎಪಿಜೆನೋಮ್ಗಳಿಗೆ ಹೆಚ್ಚಿನ-ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ ಮೆತಿಲೀಕರಣ ಪ್ರೊಫೈಲ್ಗಳನ್ನು ಪಡೆಯಲು ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಆದರೆ ಮಾದರಿಗಳ ವ್ಯಾಪಕ ವರ್ಣಪಟಲದ ಮೇಲೆ ಕಡಿಮೆ ಸಮಗ್ರ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ನಡೆಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಈ ವಿಧಾನವು ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಪ್ರಮಾಣದ ಸಂಪನ್ಮೂಲಗಳಿಂದ ಪಡೆದ ಒಳನೋಟವನ್ನು ಗರಿಷ್ಠಗೊಳಿಸುವ ಉದ್ದೇಶವನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ, ಏಕೆಂದರೆ ಹೆಚ್ಚಿನ-ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ ಜೀನೋಮ್-ವೈಡ್ ಮ್ಯಾಪಿಂಗ್ ದುಬಾರಿ ಕಾರ್ಯವಾಗಿ ಉಳಿದಿದೆ. ಜೀನ್-ಸೆಟ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ (ಉದಾಹರಣೆಗೆ ಡೇವಿಡ್ ಮತ್ತು ಗೋಸೆಕ್ನಂತಹ ಸಾಧನಗಳನ್ನು ಬಳಸುವುದು) ಹೆಚ್ಚಿನ-ಥ್ರೋಪುಟ್ ಮೆತಿಲೀಕರಣ ದತ್ತಾಂಶಕ್ಕೆ ಅನ್ವಯಿಸಿದಾಗ ತೀವ್ರವಾಗಿ ಪಕ್ಷಪಾತವನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ ಎಂದು ತೋರಿಸಲಾಗಿದೆ (ಉದಾಹರಣೆಗೆ. ಜೀನೋಮ್-ವೈಡ್ ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್); ಇದನ್ನು ಮಾದರಿ ಲೇಬಲ್ ಕ್ರಮಪಲ್ಲಟನೆಗಳನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಅಥವಾ ಪ್ರತಿ ಜೀನ್ ಅನ್ನು ಗುರಿಯಾಗಿಸುವ ಸಿಪಿಜಿ ಶೋಧಕಗಳು/ಸಿಪಿಜಿ ತಾಣಗಳ ಸಂಖ್ಯೆಗಳಲ್ಲಿನ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳನ್ನು ನಿಯಂತ್ರಿಸಲು ಸಂಖ್ಯಾಶಾಸ್ತ್ರೀಯ ಮಾದರಿಯನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಸರಿಪಡಿಸಬಹುದು ಎಂದು ಸೂಚಿಸಲಾಗಿದೆ. ಆಕ್ಸಿಡೇಟಿವ್ ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ 5-ಮೀಥೈಲ್ಸೈಟೋಸಿನ್ ಮತ್ತು 5-ಹೈಡ್ರಾಕ್ಸಿಮೀಥೈಲ್ಸೈಟೋಸಿನ್ ಎರಡೂ ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ನಲ್ಲಿ ಸಿ ಎಂದು ಓದಲ್ಪಡುತ್ತವೆ. ಆಕ್ಸಿಡೇಟಿವ್ ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ಎಂಬುದು 5-ಮೀಥೈಲ್ಸೈಟೋಸಿನ್ ಮತ್ತು 5-ಹೈಡ್ರಾಕ್ಸಿಮೀಥೈಲ್ಸೈಟೋಸಿನ್ ಅನ್ನು ಒಂದೇ ಬೇಸ್ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ನಲ್ಲಿ ಪ್ರತ್ಯೇಕಿಸುವ ಒಂದು ವಿಧಾನವಾಗಿದೆ. ಈ ವಿಧಾನವು 5-ಹೈಡ್ರಾಕ್ಸಿಮೆಥೈಲ್ಸೈಟೋಸಿನ್ನ ನಿರ್ದಿಷ್ಟ (ಟೆಟ್-ನೆರವಿನ) ರಾಸಾಯನಿಕ ಉತ್ಕರ್ಷಣೆಯನ್ನು 5-ಫಾರ್ಮೈಲ್ಸೈಟೋಸಿನ್ಗೆ ಬಳಸಿಕೊಳ್ಳುತ್ತದೆ, ಇದು ತರುವಾಯ ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್ ಚಿಕಿತ್ಸೆಯ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಯುರಾಸಿಲ್ ಆಗಿ ಬದಲಾಗುತ್ತದೆ. ನಂತರ ಸಿ ಎಂದು ಓದುವ ಏಕೈಕ ಬೇಸ್ 5-ಮೀಥೈಲ್ಸೈಟೋಸಿನ್ ಆಗಿದ್ದು, ಡಿಎನ್ಎ ಮಾದರಿಯಲ್ಲಿ ನಿಜವಾದ ಮೀಥೈಲೇಷನ್ ಸ್ಥಿತಿಯ ನಕ್ಷೆಯನ್ನು ನೀಡುತ್ತದೆ. ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್ ಮತ್ತು ಆಕ್ಸಿಡೇಟಿವ್ ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್ ಅನುಕ್ರಮದ ನಡುವಿನ ವ್ಯತ್ಯಾಸವನ್ನು ಅಳೆಯುವ ಮೂಲಕ 5-ಹೈಡ್ರಾಕ್ಸಿಮೆಥೈಲ್ಸೈಟೋಸಿನ್ನ ಮಟ್ಟವನ್ನು ಸಹ ಪ್ರಮಾಣೀಕರಿಸಬಹುದು. ಕಡಿಮೆ ಪ್ರಾತಿನಿಧ್ಯದ ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್ ಅನುಕ್ರಮ ಉಲ್ಲೇಖಗಳನ್ನು ಸಹ ನೋಡಿ ಬಾಹ್ಯ ಕೊಂಡಿಗಳು ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್ ಪರಿವರ್ತನೆ ಪ್ರೋಟೋಕಾಲ್ ಹ್ಯೂಮನ್ ಎಪಿಜೆನೋಮ್ ಪ್ರಾಜೆಕ್ಟ್ (ಎಚ್ಇಪಿ)-ಡೇಟಾ-ಸ್ಯಾಂಗರ್ ಇನ್ಸ್ಟಿಟ್ಯೂಟ್ ದಿ ಎಪಿಜೆನೋಮ್ ನೆಟ್ವರ್ಕ್ ಆಫ್ ಎಕ್ಸಲೆನ್ಸ್ ಮಾಲಿಕ್ಯುಲರ್ ಬಯಾಲಜಿ ಎಪಿಜೆನೆಟಿಕ್ಸ್ ಜೀನೋಮಿಕ್ಸ್ ತಂತ್ರಗಳು