ChIP-on-chip
ಚಿಪ್-ಆನ್-ಚಿಪ್ (ಚಿಪ್-ಚಿಪ್ ಎಂದೂ ಕರೆಯಲ್ಪಡುತ್ತದೆ) ಎಂಬುದು ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಇಮ್ಯುನೊಪ್ರೆಸಿಪಿಟೇಶನ್ ('ಚಿಪ್') ಅನ್ನು ಡಿಎನ್ಎ ಮೈಕ್ರೋಅರೇ (ಚಿಪ್) ಯೊಂದಿಗೆ ಸಂಯೋಜಿಸುವ ತಂತ್ರಜ್ಞಾನವಾಗಿದೆ. ಸಾಮಾನ್ಯ ಚಿಪ್ ನಂತೆ, ಚಿಪ್-ಆನ್-ಚಿಪ್ ಅನ್ನು ವಿವೋದಲ್ಲಿ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳು ಮತ್ತು ಡಿಎನ್ಎ ನಡುವಿನ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ತನಿಖೆ ಮಾಡಲು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ನಿರ್ದಿಷ್ಟವಾಗಿ ಹೇಳುವುದಾದರೆ, ಇದು ಜೀನೋಮ್-ವೈಡ್ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ಡಿಎನ್ಎ-ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳಿಗಾಗಿ ಸಿಸ್ಟ್ರೋಮ್, ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಸೈಟ್ಗಳ ಮೊತ್ತವನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ. ಆಸಕ್ತಿಯ ಯಾವುದೇ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗೆ ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಸೈಟ್ಗಳ ಸ್ಥಳಗಳನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸಲು ಸಂಪೂರ್ಣ ಜೀನೋಮ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಮಾಡಬಹುದು. ತಂತ್ರದ ಹೆಸರೇ ಸೂಚಿಸುವಂತೆ, ಅಂತಹ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ವಿಷಯದಲ್ಲಿ ಕಾರ್ಯನಿರ್ವಹಿಸುತ್ತವೆ. ಈ ವರ್ಗದ ಅತ್ಯಂತ ಪ್ರಮುಖ ಪ್ರತಿನಿಧಿಗಳೆಂದರೆ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಅಂಶಗಳು, ಮೂಲ ಗುರುತಿಸುವ ಸಂಕೀರ್ಣ ಪ್ರೋಟೀನ್ (ಒಆರ್ಸಿ), ಹಿಸ್ಟೋನ್ಗಳು, ಅವುಗಳ ರೂಪಾಂತರಗಳು ಮತ್ತು ಹಿಸ್ಟೋನ್ ಮಾರ್ಪಾಡುಗಳಂತಹ ಪ್ರತಿಕೃತಿ-ಸಂಬಂಧಿತ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳು. ಜೀನೋಮ್ನಲ್ಲಿನ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಅಂಶಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಸಹಾಯ ಮಾಡುವ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಸೈಟ್ಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚುವುದು ಚಿಪ್-ಆನ್-ಚಿಪ್ನ ಗುರಿಯಾಗಿದೆ. ಉದಾಹರಣೆಗೆ, ಆಸಕ್ತಿಯ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಆಗಿ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಅಂಶದ ಸಂದರ್ಭದಲ್ಲಿ, ಜೀನೋಮ್ನ ಉದ್ದಕ್ಕೂ ಅದರ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಅಂಶವನ್ನು ಬಂಧಿಸುವ ತಾಣಗಳನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸಬಹುದು. ಇತರ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳು ಪ್ರವರ್ತಕ ಪ್ರದೇಶಗಳು, ವರ್ಧಕಗಳು, ನಿರೋಧಕಗಳು ಮತ್ತು ಮೌನಗೊಳಿಸುವ ಅಂಶಗಳು, ಅವಾಹಕಗಳು, ಗಡಿ ಅಂಶಗಳು ಮತ್ತು ಡಿಎನ್ಎ ಪ್ರತಿಕೃತಿಯನ್ನು ನಿಯಂತ್ರಿಸುವ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತವೆ. ಹಿಸ್ಟೋನ್ಗಳು ಆಸಕ್ತಿಯ ವಿಷಯವಾಗಿದ್ದರೆ, ಮಾರ್ಪಾಡುಗಳ ವಿತರಣೆ ಮತ್ತು ಅವುಗಳ ಸ್ಥಳೀಕರಣಗಳು ನಿಯಂತ್ರಣದ ಕಾರ್ಯವಿಧಾನಗಳ ಬಗ್ಗೆ ಹೊಸ ಒಳನೋಟಗಳನ್ನು ನೀಡಬಹುದು ಎಂದು ನಂಬಲಾಗಿದೆ. ವಿವಿಧ ದೈಹಿಕ ಪರಿಸ್ಥಿತಿಗಳಲ್ಲಿ ಎಲ್ಲಾ ಪ್ರೋಟೀನ್-ಡಿಎನ್ಎ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಪಟ್ಟಿ ಮಾಡುವ (ಆಯ್ದ) ಜೀವಿಗಳ ಪಟ್ಟಿಯನ್ನು ಸ್ಥಾಪಿಸುವುದು ದೀರ್ಘಕಾಲದ ಗುರಿಗಳಲ್ಲಿ ಒಂದಾದ ಚಿಪ್-ಆನ್-ಚಿಪ್ ಅನ್ನು ವಿನ್ಯಾಸಗೊಳಿಸಲಾಗಿದೆ. ಈ ಜ್ಞಾನವು ಅಂತಿಮವಾಗಿ ವಂಶವಾಹಿ ನಿಯಂತ್ರಣ, ಜೀವಕೋಶದ ಪ್ರಸರಣ ಮತ್ತು ರೋಗದ ಪ್ರಗತಿಯ ಹಿಂದಿನ ಯಂತ್ರೋಪಕರಣಗಳನ್ನು ಅರ್ಥಮಾಡಿಕೊಳ್ಳಲು ಸಹಾಯ ಮಾಡುತ್ತದೆ. ಆದ್ದರಿಂದ, ಚಿಪ್-ಆನ್-ಚಿಪ್ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಮಟ್ಟದಲ್ಲಿ ಜೀನೋಮ್ನ ವಾದ್ಯವೃಂದದ ಬಗ್ಗೆ ನಮ್ಮ ಜ್ಞಾನವನ್ನು ಮತ್ತು ಉನ್ನತ ಮಟ್ಟದ ಮಾಹಿತಿ ಮತ್ತು ನಿಯಂತ್ರಣದ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಎಪಿಜೆನೆಟಿಕ್ಸ್ನ ಸಂಶೋಧನೆಯಿಂದ ಪ್ರಚಾರ ಮಾಡುವ ಸಾಮರ್ಥ್ಯವನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ. ತಾಂತ್ರಿಕ ವೇದಿಕೆಗಳು ಚಿಪ್-ಆನ್-ಚಿಪ್ ಪ್ರಯೋಗಗಳನ್ನು ನಡೆಸುವ ತಾಂತ್ರಿಕ ವೇದಿಕೆಗಳೆಂದರೆ ಡಿಎನ್ಎ ಮೈಕ್ರೋಅರೇಗಳು ಅಥವಾ ಚಿಪ್ಸ್. ಅವುಗಳನ್ನು ವಿವಿಧ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳ ಪ್ರಕಾರ ವರ್ಗೀಕರಿಸಬಹುದು ಮತ್ತು ಪ್ರತ್ಯೇಕಿಸಬಹುದುಃ ಪ್ರೋಬ್ ಪ್ರಕಾರಃ ಡಿಎನ್ಎ ಸರಣಿಗಳು ಯಾಂತ್ರಿಕವಾಗಿ ಚುಕ್ಕೆಗಳಿರುವ ಸಿಡಿಎನ್ಎಗಳು ಅಥವಾ ಪಿಸಿಆರ್-ಉತ್ಪನ್ನಗಳು, ಯಾಂತ್ರಿಕವಾಗಿ ಚುಕ್ಕೆಗಳಿರುವ ಒಲಿಗೋನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ಗಳು ಅಥವಾ ಸ್ಥಳದಲ್ಲೇ ಸಂಶ್ಲೇಷಿಸಲಾಗುವ ಒಲಿಗೋನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರಬಹುದು. ಮೈಕ್ರೋಅರೇಗಳ ಆರಂಭಿಕ ಆವೃತ್ತಿಗಳನ್ನು ವ್ಯಕ್ತಪಡಿಸಿದ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಪ್ರದೇಶಗಳಿಂದ ಆರ್ಎನ್ಎಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲು ವಿನ್ಯಾಸಗೊಳಿಸಲಾಗಿದೆ (ಓಪನ್ ರೀಡಿಂಗ್ ಫ್ರೇಮ್ಗಳು ಅಥವಾ ಒಆರ್ಎಫ್ಗಳು). ಜೀನ್ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ಪ್ರೊಫೈಲ್ಗಳನ್ನು ಅಧ್ಯಯನ ಮಾಡಲು ಅಂತಹ ಸರಣಿಗಳು ಸಂಪೂರ್ಣವಾಗಿ ಸೂಕ್ತವಾಗಿದ್ದರೂ, ಚಿಐಪಿ ಪ್ರಯೋಗಗಳಲ್ಲಿ ಅವು ಸೀಮಿತ ಪ್ರಾಮುಖ್ಯತೆಯನ್ನು ಹೊಂದಿವೆ ಏಕೆಂದರೆ ಈ ತಂತ್ರಕ್ಕೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದಂತೆ ಹೆಚ್ಚಿನ "ಆಸಕ್ತಿದಾಯಕ" ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳು ಇಂಟರ್ಜೆನಿಕ್ ಪ್ರದೇಶಗಳಲ್ಲಿ ಬಂಧಿಸುತ್ತವೆ. ಇತ್ತೀಚಿನ ದಿನಗಳಲ್ಲಿ, ಕಸ್ಟಮ್-ನಿರ್ಮಿತ ಸರಣಿಗಳನ್ನು ಸಹ ಪ್ರಯೋಗದ ಅವಶ್ಯಕತೆಗಳಿಗೆ ಸರಿಹೊಂದುವಂತೆ ವಿನ್ಯಾಸಗೊಳಿಸಬಹುದು ಮತ್ತು ಉತ್ತಮಗೊಳಿಸಬಹುದು. ಅಲ್ಲದೆ, ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ಗಳ ಯಾವುದೇ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಜೆನಿಕ್ ಮತ್ತು ಇಂಟರ್ಜೆನಿಕ್ ಪ್ರದೇಶಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಳ್ಳಲು ಸಂಶ್ಲೇಷಿಸಬಹುದು. ಪ್ರೋಬ್ ಗಾತ್ರಃ ಸಿಡಿಎನ್ಎ ಸರಣಿಗಳ ಆರಂಭಿಕ ಆವೃತ್ತಿಯು ಸುಮಾರು 200 ಬಿಪಿ ಯಷ್ಟು ಪ್ರೋಬ್ ಉದ್ದವನ್ನು ಹೊಂದಿತ್ತು. ಇತ್ತೀಚಿನ ಶ್ರೇಣಿಯ ಆವೃತ್ತಿಗಳು ಒಲಿಗೊಗಳನ್ನು 70-(ಮೈಕ್ರೋಅರೇಸ್, ಇಂಕ್.) ನಿಂದ 25-ಮೆರ್ಸ್ (ಅಫಿಮೆಟ್ರಿಕ್ಸ್) ವರೆಗೆ ಚಿಕ್ಕದಾಗಿ ಬಳಸುತ್ತವೆ. (ಫೆಬ್ರವರಿ 2007) ಪ್ರೋಬ್ ಸಂಯೋಜನೆಃ ಟೈಲ್ಡ್ ಮತ್ತು ಟೈಲ್ ಮಾಡದ ಡಿಎನ್ಎ ಸರಣಿಗಳಿವೆ. ಟೈಲ್ ಮಾಡದ ಸರಣಿಗಳು ಪ್ರಾದೇಶಿಕವಲ್ಲದ ಮಾನದಂಡಗಳ ಪ್ರಕಾರ ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡಲಾದ ಶೋಧಕಗಳನ್ನು ಬಳಸುತ್ತವೆ, ಅಂದರೆ, ಶೋಧಕಗಳಾಗಿ ಬಳಸಲಾಗುವ ಡಿಎನ್ಎ ಅನುಕ್ರಮಗಳು ಜೀನೋಮ್ನಲ್ಲಿ ಯಾವುದೇ ಸ್ಥಿರ ಅಂತರವನ್ನು ಹೊಂದಿರುವುದಿಲ್ಲ. ಆದಾಗ್ಯೂ, ಟೈಲ್ಡ್ ಸರಣಿಗಳು, ಜೀನೋಮಿಕ್ ಪ್ರದೇಶವನ್ನು (ಅಥವಾ ಇಡೀ ಜೀನೋಮ್ ಅನ್ನು ಸಹ) ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡುತ್ತವೆ ಮತ್ತು ಅದನ್ನು ಸಮಾನ ತುಂಡುಗಳಾಗಿ ವಿಭಜಿಸುತ್ತವೆ. ಅಂತಹ ಪ್ರದೇಶವನ್ನು ಟೈಲ್ಡ್ ಮಾರ್ಗ ಎಂದು ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ. ಪ್ರತಿ ಜೋಡಿ ನೆರೆಯ ತುಂಡುಗಳ ನಡುವಿನ ಸರಾಸರಿ ಅಂತರವು (ಪ್ರತಿ ತುಂಡುಗಳ ಮಧ್ಯಭಾಗದಿಂದ ಅಳೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ) ಹೆಂಚಿನ ಮಾರ್ಗದ ನಿರ್ಣಯವನ್ನು ನೀಡುತ್ತದೆ. ಒಂದು ಮಾರ್ಗವು ಅತಿಕ್ರಮಿಸಬಹುದು, ಕೊನೆಯಿಂದ ಕೊನೆಯವರೆಗೆ ಅಥವಾ ಅಂತರವಿರಬಹುದು. ವ್ಯೂಹದ ಗಾತ್ರಃ ಚಿಪ್-ಆನ್-ಚಿಪ್ಗಾಗಿ ಬಳಸಲಾದ ಮೊದಲ ಮೈಕ್ರೋಅರೇಗಳು ಯೀಸ್ಟ್ ಜೀನೋಮ್ನ ಎಲ್ಲಾ ಒಆರ್ಎಫ್ಗಳು ಮತ್ತು ಇಂಟರ್ಜೆನಿಕ್ ಪ್ರದೇಶಗಳನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುವ ಸುಮಾರು 13,000 ಚುಕ್ಕೆಗಳ ಡಿಎನ್ಎ ವಿಭಾಗಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿವೆ. ಇತ್ತೀಚಿನ ದಿನಗಳಲ್ಲಿ, ಅಫಿಮೆಟ್ರಿಕ್ಸ್ 5 ಬಿಪಿ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ನೊಂದಿಗೆ ಸಂಪೂರ್ಣ-ಜೀನೋಮ್ ಟೈಲ್ಡ್ ಯೀಸ್ಟ್ ಸರಣಿಗಳನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ (ಎಲ್ಲಾ 3.2 ಮಿಲಿಯನ್ ಪ್ರೋಬ್ಗಳಲ್ಲಿ). ಮಾನವ ಜೀನೋಮ್ಗಾಗಿ ಟೈಲ್ಡ್ ಸರಣಿಗಳು ಹೆಚ್ಚು ಹೆಚ್ಚು ಶಕ್ತಿಯುತವಾಗುತ್ತವೆ. ಕೇವಲ ಒಂದು ಉದಾಹರಣೆಯನ್ನು ಹೆಸರಿಸಲು, ಅಫಿಮೆಟ್ರಿಕ್ಸ್ ಸುಮಾರು 90 ದಶಲಕ್ಷ ಶೋಧಕಗಳೊಂದಿಗೆ ಏಳು ಸರಣಿಗಳ ಗುಂಪನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ, ಇದು ಮಾನವ ಜೀನೋಮ್ನ ಸಂಪೂರ್ಣ ಪುನರಾವರ್ತಿತವಲ್ಲದ ಭಾಗವನ್ನು ಸುಮಾರು 35 ಬಿಪಿ ಅಂತರದೊಂದಿಗೆ ವ್ಯಾಪಿಸುತ್ತದೆ. (ಫೆಬ್ರವರಿ 2007) ನಿಜವಾದ ಮೈಕ್ರೋಅರೇ ಜೊತೆಗೆ, ಇತರ ಹಾರ್ಡ್ ಮತ್ತು ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ಉಪಕರಣಗಳು ಚಿಪ್-ಆನ್-ಚಿಪ್ ಪ್ರಯೋಗಗಳನ್ನು ನಡೆಸಲು ಅಗತ್ಯವಾಗಿವೆ. ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಒಂದು ಕಂಪನಿಯ ಮೈಕ್ರೋಅರೇಗಳನ್ನು ಮತ್ತೊಂದು ಕಂಪನಿಯ ಸಂಸ್ಕರಣಾ ಯಂತ್ರಾಂಶದಿಂದ ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಲಾಗುವುದಿಲ್ಲ. ಆದ್ದರಿಂದ, ಒಂದು ಶ್ರೇಣಿಯನ್ನು ಖರೀದಿಸಲು ಸಂಬಂಧಿತ ವರ್ಕ್ಫ್ಲೋ ಉಪಕರಣಗಳನ್ನು ಸಹ ಖರೀದಿಸಬೇಕಾಗುತ್ತದೆ. ಅತ್ಯಂತ ಪ್ರಮುಖ ಅಂಶಗಳೆಂದರೆ, ಇತರವುಗಳಲ್ಲಿ, ಹೈಬ್ರಿಡೈಸೇಶನ್ ಓವನ್ಗಳು, ಚಿಪ್ ಸ್ಕ್ಯಾನರ್ಗಳು ಮತ್ತು ಕಚ್ಚಾ ದತ್ತಾಂಶದ ನಂತರದ ಸಂಖ್ಯಾತ್ಮಕ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಾಗಿ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ಪ್ಯಾಕೇಜುಗಳು. ಜೈವಿಕ ಪ್ರಶ್ನೆಯಿಂದ ಪ್ರಾರಂಭಿಸಿ, ಚಿಪ್-ಆನ್-ಚಿಪ್ ಪ್ರಯೋಗವನ್ನು ಮೂರು ಪ್ರಮುಖ ಹಂತಗಳಾಗಿ ವಿಂಗಡಿಸಬಹುದುಃ ಮೊದಲನೆಯದು ಸೂಕ್ತವಾದ ಶ್ರೇಣಿಯನ್ನು ಮತ್ತು ಪ್ರೋಬ್ ಪ್ರಕಾರವನ್ನು ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡುವ ಮೂಲಕ ಪ್ರಯೋಗವನ್ನು ಸ್ಥಾಪಿಸುವುದು ಮತ್ತು ವಿನ್ಯಾಸಗೊಳಿಸುವುದು. ಎರಡನೆಯದಾಗಿ, ನಿಜವಾದ ಪ್ರಯೋಗವನ್ನು ವೆಟ್-ಲ್ಯಾಬ್ನಲ್ಲಿ ನಡೆಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಕೊನೆಯದಾಗಿ, ಚಕ್ರದ ಡ್ರೈ-ಲ್ಯಾಬ್ ಭಾಗದಲ್ಲಿ, ಸಂಗ್ರಹಿಸಿದ ದತ್ತಾಂಶವನ್ನು ಆರಂಭಿಕ ಪ್ರಶ್ನೆಗೆ ಉತ್ತರಿಸಲು ಅಥವಾ ಹೊಸ ಪ್ರಶ್ನೆಗಳಿಗೆ ಕಾರಣವಾಗಲು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಇದರಿಂದಾಗಿ ಚಕ್ರವು ಮತ್ತೆ ಪ್ರಾರಂಭವಾಗುತ್ತದೆ. ವರ್ಕ್ಫ್ಲೋದ ವೆಟ್-ಲ್ಯಾಬ್ ಭಾಗ ಮೊದಲ ಹಂತದಲ್ಲಿ, ಆಸಕ್ತಿಯ ಪ್ರೋಟೀನ್ (ಪಿಒಐ) ಅನ್ನು ಇನ್ ವಿಟ್ರೊ ಪರಿಸರದಲ್ಲಿ ಬಂಧಿಸುವ ಡಿಎನ್ಎ ಸೈಟ್ನೊಂದಿಗೆ ಅಡ್ಡ-ಸಂಪರ್ಕಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಇದನ್ನು ಶಾಖದೊಂದಿಗೆ ಹಿಂತಿರುಗಿಸಬಹುದಾದ ಸೌಮ್ಯವಾದ ಫಾರ್ಮಾಲ್ಡಿಹೈಡ್ ಸ್ಥಿರೀಕರಣದಿಂದ ಮಾಡಲಾಗುತ್ತದೆ. ನಂತರ, ಜೀವಕೋಶಗಳನ್ನು ಒರೆಸಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಡಿಎನ್ಎಯನ್ನು ಸೋನಿಕೇಶನ್ ಅಥವಾ ಮೈಕ್ರೋಕೊಕಲ್ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೇಸ್ ಬಳಸಿ ಕತ್ತರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಇದು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ 1 ಕೆಬಿ ಅಥವಾ ಅದಕ್ಕಿಂತ ಕಡಿಮೆ ಉದ್ದದ ಡಿಎನ್ಎ ತುಣುಕುಗಳ ಎರಡು-ಎಳೆಗಳ ತುಂಡುಗಳಿಗೆ ಕಾರಣವಾಗುತ್ತದೆ. ಪಿಒಐಗೆ ಅಡ್ಡ-ಸಂಪರ್ಕ ಹೊಂದಿದ್ದವು ಪಿಒಐ-ಡಿಎನ್ಎ ಸಂಕೀರ್ಣವನ್ನು ರೂಪಿಸುತ್ತವೆ. ಮುಂದಿನ ಹಂತದಲ್ಲಿ, ಪಿಒಐಗೆ ನಿರ್ದಿಷ್ಟವಾದ ಪ್ರತಿಕಾಯವನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಡಿಎನ್ಎ ತುಣುಕುಗಳ ಗುಂಪಿನಿಂದ ಈ ಸಂಕೀರ್ಣಗಳನ್ನು ಮಾತ್ರ ಫಿಲ್ಟರ್ ಮಾಡಲಾಗುತ್ತದೆ. ಪ್ರತಿಕಾಯಗಳನ್ನು ಘನ ಮೇಲ್ಮೈಗೆ ಜೋಡಿಸಬಹುದು, ಕಾಂತೀಯ ಮಣಿ ಅಥವಾ ಅಡ್ಡ-ಸಂಪರ್ಕಿತ ಸಂಕೀರ್ಣಗಳು ಮತ್ತು ಬಂಧಿಸದ ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಬೇರ್ಪಡಿಸಲು ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುವ ಇತರ ಕೆಲವು ಭೌತಿಕ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರಬಹುದು. ಈ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಯು ಮೂಲಭೂತವಾಗಿ ಪ್ರೋಟೀನ್ನ ಇಮ್ಯುನೊಪ್ರೆಸಿಪಿಟೇಶನ್ (ಐಪಿ) ಆಗಿದೆ. ಟ್ಯಾಗ್ನ ವಿರುದ್ಧ ಪ್ರತಿಕಾಯವನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಟ್ಯಾಗ್ ಮಾಡಲಾದ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅನ್ನು ಬಳಸುವ ಮೂಲಕ ಇದನ್ನು ಮಾಡಬಹುದು (ಉದಾ. ಎಫ್ಎಲ್ಎಜಿ, ಎಚ್ಎ, ಸಿ-ಮೈಕ್) ಅಥವಾ ಸ್ಥಳೀಯ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗೆ ಪ್ರತಿಕಾಯದೊಂದಿಗೆ. ಪಿಒಐ-ಡಿಎನ್ಎ ಸಂಕೀರ್ಣಗಳ ಅಡ್ಡ-ಜೋಡಣೆಯನ್ನು ಹಿಮ್ಮುಖಗೊಳಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ (ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಬಿಸಿ ಮಾಡುವ ಮೂಲಕ) ಮತ್ತು ಡಿಎನ್ಎ ಎಳೆಗಳನ್ನು ಶುದ್ಧೀಕರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಉಳಿದ ಕೆಲಸದ ಹರಿವಿಗೆ, ಪಿಒಐ ಇನ್ನು ಮುಂದೆ ಅಗತ್ಯವಿಲ್ಲ. ವರ್ಧನೆ ಮತ್ತು ವಿಕೃತೀಕರಣ ಹಂತದ ನಂತರ, ಏಕ-ಎಳೆ ಡಿಎನ್ಎ ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಸೈ5 ಅಥವಾ ಅಲೆಕ್ಸಾ 647 ನಂತಹ ಪ್ರತಿದೀಪಕ ಟ್ಯಾಗ್ನೊಂದಿಗೆ ಲೇಬಲ್ ಮಾಡಲಾಗುತ್ತದೆ. ಅಂತಿಮವಾಗಿ, ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಡಿಎನ್ಎ ಮೈಕ್ರೋಅರೇ ಮೇಲ್ಮೈಯಲ್ಲಿ ಸುರಿಯಲಾಗುತ್ತದೆ, ಇದು ಆಸಕ್ತಿಯ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಭಾಗವನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ಸಣ್ಣ, ಏಕ-ಎಳೆ ಅನುಕ್ರಮಗಳೊಂದಿಗೆ ಗುರುತಿಸಲ್ಪಡುತ್ತದೆ. ಲೇಬಲ್ ಮಾಡಲಾದ ತುಣುಕು ರಚನೆಯ ಮೇಲೆ ಪೂರಕ ತುಣುಕನ್ನು "ಕಂಡುಕೊಂಡಾಗಲೆಲ್ಲಾ", ಅವು ಹೈಬ್ರಿಡೈಸ್ ಆಗುತ್ತವೆ ಮತ್ತು ಮತ್ತೆ ಡಬಲ್-ಸ್ಟ್ರಾಂಡೆಡ್ ಡಿಎನ್ಎ ತುಣುಕನ್ನು ರೂಪಿಸುತ್ತವೆ. ಕೆಲಸದ ಹರಿವಿನ ಒಣ-ಪ್ರಯೋಗಾಲಯದ ಭಾಗವು ಸಂಕರೀಕರಣವನ್ನು ಅನುಮತಿಸಲು ಸಾಕಷ್ಟು ದೊಡ್ಡ ಸಮಯದ ಚೌಕಟ್ಟಿನ ನಂತರ, ರಚನೆಯನ್ನು ಪ್ರತಿದೀಪಕ ಬೆಳಕಿನಿಂದ ಬೆಳಗಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಲೇಬಲ್ ಮಾಡಲಾದ ತುಣುಕುಗಳಲ್ಲಿ ಒಂದಕ್ಕೆ ಹೈಬ್ರಿಡೈಸ್ ಮಾಡಲಾದ ಶ್ರೇಣಿಯಲ್ಲಿರುವ ಶೋಧಕಗಳು ಕ್ಯಾಮರಾದಿಂದ ಸೆರೆಹಿಡಿಯಲ್ಪಟ್ಟ ಬೆಳಕಿನ ಸಂಕೇತವನ್ನು ಹೊರಸೂಸುತ್ತವೆ. ಈ ಚಿತ್ರವು ಕೆಲಸದ ಹರಿವಿನ ಉಳಿದ ಭಾಗದ ಎಲ್ಲಾ ಕಚ್ಚಾ ದತ್ತಾಂಶವನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ. ಸುಳ್ಳು-ಬಣ್ಣದ ಚಿತ್ರವಾಗಿ ಎನ್ಕೋಡ್ ಮಾಡಲಾದ ಈ ಕಚ್ಚಾ ದತ್ತಾಂಶವನ್ನು ನಿಜವಾದ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ ಮಾಡುವ ಮೊದಲು ಸಂಖ್ಯಾತ್ಮಕ ಮೌಲ್ಯಗಳಾಗಿ ಪರಿವರ್ತಿಸಬೇಕಾಗಿದೆ. ಕಚ್ಚಾ ದತ್ತಾಂಶದ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ ಮತ್ತು ಮಾಹಿತಿ ಹೊರತೆಗೆಯುವಿಕೆಯು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಚಿಪ್-ಆನ್-ಚಿಪ್ ಪ್ರಯೋಗಗಳಿಗೆ ಅತ್ಯಂತ ಸವಾಲಿನ ಭಾಗವಾಗಿ ಉಳಿದಿದೆ. ಕೆಲಸದ ಹರಿವಿನ ಈ ಭಾಗದಾದ್ಯಂತ ಸಮಸ್ಯೆಗಳು ಉದ್ಭವಿಸುತ್ತವೆ, ಆರಂಭಿಕ ಚಿಪ್ ರೀಡ್-ಔಟ್ನಿಂದ ಹಿಡಿದು, ಹಿನ್ನೆಲೆ ಶಬ್ದವನ್ನು ಕಳೆಯಲು ಸೂಕ್ತವಾದ ವಿಧಾನಗಳವರೆಗೆ, ಮತ್ತು ಅಂತಿಮವಾಗಿ ಡೇಟಾವನ್ನು ಸಾಮಾನ್ಯಗೊಳಿಸುವ ಮತ್ತು ನಂತರದ ಸಂಖ್ಯಾಶಾಸ್ತ್ರೀಯ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗೆ ಲಭ್ಯವಾಗುವಂತೆ ಮಾಡುವ ಸೂಕ್ತ ಕ್ರಮಾವಳಿಗಳವರೆಗೆ, ಇದು ಪ್ರಯೋಗವು ಪರಿಹರಿಸಲು ಪ್ರಯತ್ನಿಸುವ ಜೈವಿಕ ಪ್ರಶ್ನೆಯ ಉತ್ತಮ ತಿಳುವಳಿಕೆಗೆ ಕಾರಣವಾಗುತ್ತದೆ. ಇದಲ್ಲದೆ, ವಿವಿಧ ಶ್ರೇಣಿಯ ವೇದಿಕೆಗಳು ಮತ್ತು ಅವುಗಳ ನಡುವೆ ಪ್ರಮಾಣೀಕರಣದ ಕೊರತೆಯಿಂದಾಗಿ, ದತ್ತಾಂಶ ಸಂಗ್ರಹಣೆ ಮತ್ತು ವಿನಿಮಯವು ದೊಡ್ಡ ಸಮಸ್ಯೆಯಾಗಿದೆ. ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಹೇಳುವುದಾದರೆ, ದತ್ತಾಂಶ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಮೂರು ಪ್ರಮುಖ ಹಂತಗಳಾಗಿ ವಿಂಗಡಿಸಬಹುದುಃ ಮೊದಲ ಹಂತದಲ್ಲಿ, ಅದೇ ಅಥವಾ ಎರಡನೇ ಚಿಪ್ನಿಂದ ಪಡೆದ ನಿಯಂತ್ರಣ ಸಂಕೇತಗಳನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಶ್ರೇಣಿಯಿಂದ ಸೆರೆಹಿಡಿಯಲಾದ ಪ್ರತಿದೀಪಕ ಸಂಕೇತಗಳನ್ನು ಸಾಮಾನ್ಯೀಕರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಅಂತಹ ನಿಯಂತ್ರಣ ಸಂಕೇತಗಳು ರಚನೆಯ ಮೇಲಿನ ಯಾವ ಶೋಧಕಗಳನ್ನು ಸರಿಯಾಗಿ ಹೈಬ್ರಿಡೈಸ್ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ಯಾವುದನ್ನು ಅನಿರ್ದಿಷ್ಟವಾಗಿ ಬಂಧಿಸಲಾಗಿದೆ ಎಂಬುದನ್ನು ತಿಳಿಸುತ್ತವೆ. ಎರಡನೇ ಹಂತದಲ್ಲಿ, ಜೀನೋಮ್ನ ಉದ್ದಕ್ಕೂ ಪಿಒಐ-ಸಮೃದ್ಧ ಪ್ರದೇಶಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ದತ್ತಾಂಶ ಮತ್ತು ಐಪಿ ಭಿನ್ನಾಂಶ ದತ್ತಾಂಶವನ್ನು ನಿಯಂತ್ರಿಸಲು ಸಂಖ್ಯಾತ್ಮಕ ಮತ್ತು ಸಂಖ್ಯಾಶಾಸ್ತ್ರೀಯ ಪರೀಕ್ಷೆಗಳನ್ನು ಅನ್ವಯಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಈ ಕೆಳಗಿನ ಮೂರು ವಿಧಾನಗಳನ್ನು ವ್ಯಾಪಕವಾಗಿ ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆಃ ಮಧ್ಯಮ ಶೇಕಡಾವಾರು ಶ್ರೇಣಿ, ಏಕ-ಶ್ರೇಣಿಯ ದೋಷ ಮತ್ತು ಸ್ಲೈಡಿಂಗ್-ವಿಂಡೋ. ಈ ವಿಧಾನಗಳು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಕಡಿಮೆ-ತೀವ್ರತೆಯ ಸಂಕೇತಗಳನ್ನು ಹೇಗೆ ನಿರ್ವಹಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಎಷ್ಟು ಹಿನ್ನೆಲೆ ಶಬ್ದವನ್ನು ಸ್ವೀಕರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಗಣನೆಯ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ದತ್ತಾಂಶದ ಯಾವ ಗುಣಲಕ್ಷಣವನ್ನು ಒತ್ತಿಹೇಳಲಾಗುತ್ತದೆ ಎಂಬುದರಲ್ಲಿ ಭಿನ್ನವಾಗಿರುತ್ತವೆ. ಇತ್ತೀಚಿನ ದಿನಗಳಲ್ಲಿ, ಸ್ಲೈಡಿಂಗ್-ವಿಂಡೋ ವಿಧಾನವು ಒಲವು ತೋರುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಇದನ್ನು ಹೆಚ್ಚಾಗಿ ಅತ್ಯಂತ ಶಕ್ತಿಶಾಲಿ ಎಂದು ವಿವರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಮೂರನೇ ಹಂತದಲ್ಲಿ, ಈ ಪ್ರದೇಶಗಳನ್ನು ಮತ್ತಷ್ಟು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಉದಾಹರಣೆಗೆ, ಪಿಒಐ ಒಂದು ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಅಂಶವಾಗಿದ್ದರೆ, ಅಂತಹ ಪ್ರದೇಶಗಳು ಅದರ ಬಂಧಿಸುವ ತಾಣಗಳನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುತ್ತವೆ. ನಂತರದ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು ಜೀನೋಮ್ನ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಟಿಪ್ಪಣಿಗಳನ್ನು ಅನುಮತಿಸಲು ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಲಕ್ಷಣಗಳು ಮತ್ತು ಇತರ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಊಹಿಸಲು ಬಯಸಬಹುದು. ಬಲ ಮತ್ತು ದೌರ್ಬಲ್ಯಗಳು ಹೆಂಚಿನ ಸರಣಿಗಳನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು, ಚಿಪ್-ಆನ್-ಚಿಪ್ ಜೀನೋಮ್-ವೈಡ್ ನಕ್ಷೆಗಳ ಹೆಚ್ಚಿನ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ಗೆ ಅವಕಾಶ ನೀಡುತ್ತದೆ. ಈ ನಕ್ಷೆಗಳು ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಅಂಶಗಳು ಮತ್ತು ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಮಾರ್ಪಾಡುಗಳಂತಹ ಅನೇಕ ಡಿಎನ್ಎ-ಬಂಧಿಸುವ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳ ಬಂಧಿಸುವ ಸ್ಥಳಗಳನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸಬಹುದು. ಜೀನೋಮಿಕ್ಸ್ ಕ್ಷೇತ್ರದಲ್ಲಿ ಚಿಪ್-ಆನ್-ಚಿಪ್ ಪ್ರಬಲ ತಂತ್ರವಾಗಿದ್ದರೂ, ಇದು ತುಂಬಾ ದುಬಾರಿಯಾಗಿದೆ. ಜೈವಿಕವಾಗಿ ಅರ್ಥಪೂರ್ಣವಾದ ನಕ್ಷೆಗಳನ್ನು ಖಚಿತಪಡಿಸಿಕೊಳ್ಳಲು ಚಿಪ್-ಆನ್-ಚಿಪ್ ಅನ್ನು ಬಳಸುವ ಹೆಚ್ಚಿನ ಪ್ರಕಟಿತ ಅಧ್ಯಯನಗಳು ತಮ್ಮ ಪ್ರಯೋಗಗಳನ್ನು ಕನಿಷ್ಠ ಮೂರು ಬಾರಿ ಪುನರಾವರ್ತಿಸುತ್ತವೆ. ಪ್ರಯೋಗಾಲಯವು ಚಿಪ್-ಆನ್-ಚಿಪ್ ಪ್ರಯೋಗದೊಂದಿಗೆ ಮುಂದುವರಿಯಬೇಕೇ ಎಂಬುದಕ್ಕೆ ಡಿಎನ್ಎ ಮೈಕ್ರೋಅರೇಗಳ ವೆಚ್ಚವು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಸೀಮಿತ ಅಂಶವಾಗಿದೆ. ಸಾಧಿಸಬಹುದಾದ ಡಿಎನ್ಎ ತುಣುಕುಗಳ ಗಾತ್ರವು ಮತ್ತೊಂದು ಮಿತಿಯಾಗಿದೆ. ಹೆಚ್ಚಿನ ಚಿಪ್-ಆನ್-ಚಿಪ್ ಶಿಷ್ಟಾಚಾರಗಳು ಡಿಎನ್ಎಯನ್ನು ಸಣ್ಣ ತುಂಡುಗಳಾಗಿ ವಿಭಜಿಸುವ ವಿಧಾನವಾಗಿ ಸೋನಿಕೇಶನ್ ಅನ್ನು ಬಳಸುತ್ತವೆ. ಆದಾಗ್ಯೂ, ಸೋನಿಕೇಶನ್ ಕನಿಷ್ಠ 200 ಬಿಪಿ ತುಣುಕು ಗಾತ್ರಕ್ಕೆ ಸೀಮಿತವಾಗಿದೆ. ಹೆಚ್ಚಿನ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ ನಕ್ಷೆಗಳಿಗೆ, ಸಣ್ಣ ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಸಾಧಿಸಲು ಈ ಮಿತಿಯನ್ನು ಮೀರಿಸಬೇಕು, ಆದ್ಯತೆಯಾಗಿ ಏಕ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೊಸೋಮ್ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್. ಹಿಂದೆ ಹೇಳಿದಂತೆ, ಸರಣಿಗಳಿಂದ ಉತ್ಪತ್ತಿಯಾಗುವ ದೊಡ್ಡ ಪ್ರಮಾಣದ ದತ್ತಾಂಶದ ಸಂಖ್ಯಾಶಾಸ್ತ್ರೀಯ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು ಒಂದು ಸವಾಲಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ಸಾಮಾನ್ಯೀಕರಣ ಕಾರ್ಯವಿಧಾನಗಳು ಕಲಾಕೃತಿಗಳನ್ನು ಕಡಿಮೆ ಮಾಡುವ ಮತ್ತು ನಿಜವಾಗಿಯೂ ಜೈವಿಕವಾಗಿ ಮಹತ್ವದ್ದಾಗಿದೆ ಎಂಬುದನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸುವ ಗುರಿಯನ್ನು ಹೊಂದಿರಬೇಕು. ಇಲ್ಲಿಯವರೆಗೆ, ಸಸ್ತನಿಗಳ ಜೀನೋಮ್ಗಳಿಗೆ ಅನ್ವಯಿಸುವಿಕೆಯು ಒಂದು ಪ್ರಮುಖ ಮಿತಿಯಾಗಿದೆ, ಉದಾಹರಣೆಗೆ, ಪುನರಾವರ್ತನೆಯಿಂದ ಆವರಿಸಲ್ಪಟ್ಟಿರುವ ಜೀನೋಮ್ನ ಗಮನಾರ್ಹ ಶೇಕಡಾವಾರು ಪ್ರಮಾಣದಿಂದಾಗಿ. ಆದಾಗ್ಯೂ, ಚಿಪ್-ಆನ್-ಚಿಪ್ ತಂತ್ರಜ್ಞಾನವು ಮುಂದುವರೆದಂತೆ, ಹೆಚ್ಚಿನ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ ಹೊಂದಿರುವ ಸಂಪೂರ್ಣ ಸಸ್ತನಿಗಳ ಜೀನೋಮ್ ನಕ್ಷೆಗಳನ್ನು ಸಾಧಿಸಬಹುದಾಗಿದೆ. ಚಿಪ್-ಆನ್-ಚಿಪ್ಗೆ ಬಳಸುವ ಪ್ರತಿಕಾಯಗಳು ಪ್ರಮುಖ ಸೀಮಿತಗೊಳಿಸುವ ಅಂಶವಾಗಿರಬಹುದು. ಚಿಪ್-ಆನ್-ಚಿಪ್ಗೆ ಹೆಚ್ಚು ನಿರ್ದಿಷ್ಟವಾದ ಪ್ರತಿಕಾಯಗಳು ಬೇಕಾಗುತ್ತವೆ, ಅದು ಅದರ ಎಪಿಟೋಪ್ ಅನ್ನು ಮುಕ್ತ ದ್ರಾವಣದಲ್ಲಿ ಮತ್ತು ಸ್ಥಿರ ಪರಿಸ್ಥಿತಿಗಳಲ್ಲಿಯೂ ಗುರುತಿಸಬೇಕು. ಕ್ರಾಸ್-ಲಿಂಕ್ಡ್ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಅನ್ನು ಯಶಸ್ವಿಯಾಗಿ ಇಮ್ಯುನೊಪ್ರೆಸಿಪಿಟೇಟ್ ಮಾಡುವುದನ್ನು ತೋರಿಸಿದರೆ, ಅದನ್ನು "ಚಿಪ್-ಗ್ರೇಡ್" ಎಂದು ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ. ಚಿಐಪಿ-ದರ್ಜೆಯ ಪ್ರತಿಕಾಯಗಳನ್ನು ಒದಗಿಸುವ ಕಂಪನಿಗಳಲ್ಲಿ ಅಬ್ಕ್ಯಾಮ್, ಸೆಲ್ ಸಿಗ್ನಲಿಂಗ್ ಟೆಕ್ನಾಲಜಿ, ಸಾಂತಾ ಕ್ರೂಜ್ ಮತ್ತು ಅಪ್ಸ್ಟೇಟ್ ಸೇರಿವೆ. ನಿರ್ದಿಷ್ಟತೆಯ ಸಮಸ್ಯೆಯನ್ನು ನಿವಾರಿಸಲು, ಆಸಕ್ತಿಯ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅನ್ನು ಪ್ರತಿಕಾಯಗಳಿಂದ ಗುರುತಿಸಲಾದ ಎಫ್ಎಲ್ಎಜಿ ಅಥವಾ ಎಚ್ಎಯಂತಹ ಟ್ಯಾಗ್ಗೆ ಬೆಸೆಯಬಹುದು. ಪ್ರತಿಕಾಯಗಳ ಅಗತ್ಯವಿಲ್ಲದ ಚಿಪ್-ಆನ್-ಚಿಪ್ಗೆ ಪರ್ಯಾಯವಾದುದೆಂದರೆ ಡ್ಯಾಮಿಡ್. H3 ಟ್ರೈ ಮೀಥೈಲ್ K4 ನಂತಹ ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಹಿಸ್ಟೋನ್ ಮಾರ್ಪಾಡಿನ ವಿರುದ್ಧ ಪ್ರತಿಕಾಯಗಳು ಸಹ ಲಭ್ಯವಿವೆ. ಮೊದಲೇ ಹೇಳಿದಂತೆ, ಈ ಪ್ರತಿಕಾಯಗಳು ಮತ್ತು ಚಿಪ್-ಆನ್-ಚಿಪ್ಗಳ ಸಂಯೋಜನೆಯು ಹಿಸ್ಟೋನ್ ಮಾರ್ಪಾಡು ಮಾದರಿಗಳ ಸಂಪೂರ್ಣ ಜೀನೋಮ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸುವಲ್ಲಿ ಅತ್ಯಂತ ಶಕ್ತಿಯುತವಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ಹಿಸ್ಟೋನ್ ಕೋಡ್ ಮತ್ತು ಎಪಿಜೆನೆಟಿಕ್ಸ್ ಬಗ್ಗೆ ನಮ್ಮ ತಿಳುವಳಿಕೆಗೆ ಮಹತ್ತರವಾದ ಕೊಡುಗೆ ನೀಡುತ್ತದೆ. ಡಿಎನ್ಎ ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳ ನಿರ್ದಿಷ್ಟವಲ್ಲದ ಸ್ವರೂಪವನ್ನು ಪ್ರದರ್ಶಿಸುವ ಅಧ್ಯಯನವನ್ನು ಪಿಎಲ್ಓಎಸ್ ಬಯಾಲಜಿಯಲ್ಲಿ ಪ್ರಕಟಿಸಲಾಗಿದೆ. ಯಾವುದೇ ಚಿಪ್-ಚಿಪ್ ಪ್ರಯೋಗದಲ್ಲಿ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಪ್ರಸ್ತುತತೆಯ ಪರ್ಯಾಯ ದೃಢೀಕರಣವು ಅಗತ್ಯ ಹಂತವಾಗಿದೆ ಎಂದು ಇದು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ. ಮೊಳಕೆಯೊಡೆಯುವ ಯೀಸ್ಟ್ ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್ III ರ ಉದ್ದಕ್ಕೂ ಕೊಹೆಸಿನ್ನ ವಿತರಣೆಯನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಲು 1999 ರಲ್ಲಿ ಮೊದಲ ಚಿಪ್-ಆನ್-ಚಿಪ್ ಪ್ರಯೋಗವನ್ನು ನಡೆಸಲಾಯಿತು. ಜೀನೋಮ್ ಅನ್ನು ಸಂಪೂರ್ಣವಾಗಿ ಪ್ರತಿನಿಧಿಸದಿದ್ದರೂ, ಈ ಅಧ್ಯಯನದಲ್ಲಿನ ಶಿಷ್ಟಾಚಾರವು ನಂತರದ ಅಧ್ಯಯನಗಳಲ್ಲಿ ಬಳಸಿದಂತೆ ಸಮಾನವಾಗಿ ಉಳಿದಿದೆ. ಜೀನೋಮ್ನ ಎಲ್ಲಾ ಒಆರ್ಎಫ್ಗಳನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಚಿಪ್-ಆನ್-ಚಿಪ್ ತಂತ್ರವನ್ನು (ಆದಾಗ್ಯೂ ಅಪೂರ್ಣವಾಗಿ ಉಳಿದಿದೆ, ಅಂತರಜನಾಂಗೀಯ ಪ್ರದೇಶಗಳು ಕಾಣೆಯಾಗಿವೆ) ನಂತರ 2000 ಮತ್ತು 2001ರಲ್ಲಿ ಪ್ರಕಟವಾದ ಮೂರು ಪ್ರಬಂಧಗಳಲ್ಲಿ ಯಶಸ್ವಿಯಾಗಿ ಅನ್ವಯಿಸಲಾಯಿತು. ಉದಯೋನ್ಮುಖ ಯೀಸ್ಟ್ ಸ್ಯಾಕರೊಮೈಸಿಸ್ ಸೆರೆವಿಸಿಯಾದಲ್ಲಿ ಪ್ರತ್ಯೇಕ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಅಂಶಗಳಿಗೆ ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಸೈಟ್ಗಳನ್ನು ಲೇಖಕರು ಗುರುತಿಸಿದ್ದಾರೆ. 2002ರಲ್ಲಿ, ರಿಚರ್ಡ್ ಯಂಗ್ನ ಗುಂಪು ಯೀಸ್ಟ್ನಲ್ಲಿ ಸಿ-ಮೈಕ್ ಟ್ಯಾಗಿಂಗ್ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು 106 ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಅಂಶಗಳ ಜೀನೋಮ್-ವೈಡ್ ಸ್ಥಾನಗಳನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸಿತು. ಸಸ್ತನಿ ಚಿಐಪಿ-ಆನ್-ಚಿಪ್ ತಂತ್ರದ ಮೊದಲ ಪ್ರದರ್ಶನವು ದುರ್ಬಲ ಮತ್ತು ಬಲವಾದ ಇ2ಎಫ್ ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಸೈಟ್ ಹೊಂದಿರುವ ಒಂಬತ್ತು ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಬೇರ್ಪಡಿಸುವುದನ್ನು ಪೆಗ್ಗಿ ಫಾರ್ನ್ಹ್ಯಾಮ್ನ ಪ್ರಯೋಗಾಲಯವು ಮೈಕೆಲ್ ಝಾಂಗ್ನ ಪ್ರಯೋಗಾಲಯದ ಸಹಯೋಗದೊಂದಿಗೆ ಮಾಡಿತು ಮತ್ತು 2001ರಲ್ಲಿ ಪ್ರಕಟಿಸಿತು. ಈ ಅಧ್ಯಯನವನ್ನು ಹಲವಾರು ತಿಂಗಳುಗಳ ನಂತರ ಬ್ರಿಯಾನ್ ಡೈನ್ಲ್ಯಾಚ್ಟ್ನ ಪ್ರಯೋಗಾಲಯದೊಂದಿಗೆ ಯಂಗ್ ಲ್ಯಾಬ್ನ ಸಹಯೋಗದೊಂದಿಗೆ ಅನುಸರಿಸಲಾಯಿತು, ಇದು ಚಿಪ್-ಆನ್-ಚಿಪ್ ತಂತ್ರವನ್ನು ಬಳಸಿ ಮೊದಲ ಬಾರಿಗೆ ಇ2ಎಫ್ ಡಿಎನ್ಎ ಹಾನಿ ಚೆಕ್ಪಾಯಿಂಟ್ ಮತ್ತು ದುರಸ್ತಿ ಮಾರ್ಗಗಳ ಎನ್ಕೋಡ್ ಘಟಕಗಳನ್ನು ಗುರಿಯಾಗಿಸುತ್ತದೆ ಎಂದು ತೋರಿಸಿತು, ಜೊತೆಗೆ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಜೋಡಣೆ/ಘನೀಕರಣ, ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್ ಪ್ರತ್ಯೇಕತೆ ಮತ್ತು ಮೈಟೋಟಿಕ್ ಸ್ಪಿಂಡಲ್ ಚೆಕ್ಪಾಯಿಂಟ್ನಲ್ಲಿ ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ಅಂಶಗಳು ಚಿಪ್-ಆನ್-ಚಿಪ್ನ ಇತರ ಅನ್ವಯಗಳಲ್ಲಿ ಡಿಎನ್ಎ ಪುನರಾವರ್ತನೆ, ಮರುಸಂಯೋಜನೆ ಮತ್ತು ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ರಚನೆ ಸೇರಿವೆ. ಅಂದಿನಿಂದ, ಹಿಸ್ಟೋನ್ ಮಾರ್ಪಾಡುಗಳು ಮತ್ತು ಇನ್ನೂ ಅನೇಕ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಅಂಶಗಳ ಜೀನೋಮ್-ವೈಡ್ ನಕ್ಷೆಗಳನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸುವಲ್ಲಿ ಚಿಪ್-ಆನ್-ಚಿಪ್ ಪ್ರಬಲ ಸಾಧನವಾಗಿದೆ. ದೊಡ್ಡ ಮತ್ತು ಪುನರಾವರ್ತಿತ ಜೀನೋಮ್ಗಳಿಂದಾಗಿ ಸಸ್ತನಿ ವ್ಯವಸ್ಥೆಗಳಲ್ಲಿ ಚಿಪ್-ಆನ್-ಚಿಪ್ ಕಷ್ಟವಾಗಿದೆ. ಹೀಗಾಗಿ, ಸಸ್ತನಿ ಜೀವಕೋಶಗಳಲ್ಲಿನ ಅನೇಕ ಅಧ್ಯಯನಗಳು ಆಯ್ದ ಪ್ರವರ್ತಕ ಪ್ರದೇಶಗಳ ಮೇಲೆ ಕೇಂದ್ರೀಕರಿಸಿವೆ, ಅವು ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಅಂಶಗಳನ್ನು ಬಂಧಿಸುತ್ತವೆ ಎಂದು ಊಹಿಸಲಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ಇಡೀ ಜೀನೋಮ್ ಅನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಿಲ್ಲ. ಆದಾಗ್ಯೂ, ಸಂಪೂರ್ಣ ಸಸ್ತನಿಗಳ ಜೀನೋಮ್ ಸರಣಿಗಳು ಇತ್ತೀಚೆಗೆ ನಿಂಬಲ್ಜೆನ್ನಂತಹ ಕಂಪನಿಗಳಿಂದ ವಾಣಿಜ್ಯಿಕವಾಗಿ ಲಭ್ಯವಾಗಿವೆ. ಭವಿಷ್ಯದಲ್ಲಿ, ಚಿಪ್-ಆನ್-ಚಿಪ್ ಸರಣಿಗಳು ಹೆಚ್ಚು ಮುಂದುವರಿದಂತೆ, ಸಸ್ತನಿಗಳಿಗೆ ಡಿಎನ್ಎ-ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳು ಮತ್ತು ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಘಟಕಗಳ ಹೆಚ್ಚಿನ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ ಸಂಪೂರ್ಣ ಜೀನೋಮ್ ನಕ್ಷೆಗಳನ್ನು ಹೆಚ್ಚು ವಿವರವಾಗಿ ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. 2007ರಲ್ಲಿ ಪರಿಚಯಿಸಲಾದ ಪರ್ಯಾಯಗಳು, ಚಿಐಪಿ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ (ಚಿಐಪಿ-ಸೆಕ್) ಎಂಬುದು ಡಿಎನ್ಎಗೆ ಆಸಕ್ತಿಯ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳನ್ನು ಕ್ರಾಸ್ಲಿಂಕ್ ಮಾಡಲು ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಇಮ್ಯುನೊಪ್ರೆಸಿಪಿಟೇಶನ್ ಅನ್ನು ಬಳಸುವ ತಂತ್ರಜ್ಞಾನವಾಗಿದೆ, ಆದರೆ ನಂತರ ಮೈಕ್ರೋ-ಅರೇ ಅನ್ನು ಬಳಸುವ ಬದಲು, ಇದು ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಸ್ಥಳೀಕರಿಸಲು ಹೆಚ್ಚು ನಿಖರವಾದ, ಹೆಚ್ಚಿನ ಥ್ರೋಪುಟ್ ಅನುಕ್ರಮ ವಿಧಾನವನ್ನು ಬಳಸುತ್ತದೆ. ಡ್ಯಾಮಿಡ್ ಎಂಬುದು ಪ್ರತಿಕಾಯಗಳ ಅಗತ್ಯವಿಲ್ಲದ ಪರ್ಯಾಯ ವಿಧಾನವಾಗಿದೆ. ಚಿಐಪಿ-ಎಕ್ಸೋ ಏಕ ಬೇಸ್ ಜೋಡಿ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ ಅನ್ನು ಸಾಧಿಸಲು ಎಕ್ಸೋನ್ಯೂಕ್ಲೀಸ್ ಚಿಕಿತ್ಸೆಯನ್ನು ಬಳಸುತ್ತದೆ. CUT & RUN ಅನುಕ್ರಮವು ಚಿಪ್ಪಿನ ಕೆಲವು ತಾಂತ್ರಿಕ ಮಿತಿಗಳನ್ನು ಪರಿಹರಿಸಲು ಉದ್ದೇಶಿತ ಕಿಣ್ವಕ ಸೀಳುಗಳೊಂದಿಗೆ ಪ್ರತಿಕಾಯ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆಯನ್ನು ಬಳಸುತ್ತದೆ. ಹೆಚ್ಚಿನ ಓದುವ ಉಲ್ಲೇಖಗಳು ಬಾಹ್ಯ ಕೊಂಡಿಗಳು http://www.genome.gov/10005107 ENCODE ಪ್ರಾಜೆಕ್ಟ್ ಚಿಪ್-ಆನ್-ಚಿಪ್ (CoC) ಪ್ಯಾಕೇಜ್ ಮಾಹಿತಿ ಆಮ್ಕೋರ್ ತಂತ್ರಜ್ಞಾನ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ ಮತ್ತು ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ CoCAS: ಚುರುಕಾದ ಚಿಪ್-ಆನ್-ಚಿಪ್ ಪ್ರಯೋಗಗಳಿಗಾಗಿ ಉಚಿತ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ rMAT: ಟೈಲಿಂಗ್ ಸರಣಿಗಳು ಮತ್ತು ಚಿಪ್-ಚಿಪ್ ಡೇಟಾವನ್ನು ಸಾಮಾನ್ಯಗೊಳಿಸಲು ಮತ್ತು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಲು MAT ಪ್ರೋಗ್ರಾಂನಿಂದ R ಅನುಷ್ಠಾನ. ಜೀನೋಮಿಕ್ಸ್ ತಂತ್ರಗಳು ಆಣ್ವಿಕ ಜೀವಶಾಸ್ತ್ರ ಆಣ್ವಿಕ ಜೀವಶಾಸ್ತ್ರ ತಂತ್ರಗಳು ಪ್ರೋಟೀನ್ ವಿಧಾನಗಳು ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್ ಮೈಕ್ರೋಅರೇಗಳು