Palindromic sequence
ಪಾಲಿಂಡ್ರೋಮಿಕ್ ಅನುಕ್ರಮವು ಡಬಲ್-ಸ್ಟ್ರಾಂಡೆಡ್ ಡಿಎನ್ಎ ಅಥವಾ ಆರ್ಎನ್ಎ ಅಣುವಿನಲ್ಲಿರುವ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಿಕ್ ಆಮ್ಲದ ಅನುಕ್ರಮವಾಗಿದ್ದು, ಅದರ ಮೂಲಕ ಒಂದು ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ದಿಕ್ಕಿನಲ್ಲಿ ಓದುತ್ತದೆ (ಉದಾಹರಣೆಗೆ. ಒಂದು ತಂತಿಯ ಮೇಲೆ 5 'ರಿಂದ 3') ಒಂದೇ ದಿಕ್ಕಿನಲ್ಲಿರುವ ಅನುಕ್ರಮಕ್ಕೆ ಹೋಲುತ್ತದೆ (ಉದಾಹರಣೆಗೆ. ಪೂರಕ ಎಳೆ ಮೇಲೆ 5 'ರಿಂದ 3'). ಪಾಲಿಂಡ್ರೋಮ್ನ ಈ ವ್ಯಾಖ್ಯಾನವು ಪೂರಕ ಎಳೆಗಳು ಪರಸ್ಪರ ಪಾಲಿಂಡ್ರೋಮಿಕ್ ಆಗಿರುವುದನ್ನು ಅವಲಂಬಿಸಿರುತ್ತದೆ. ಜೆನೆಟಿಕ್ಸ್ನ ಸಂದರ್ಭದಲ್ಲಿ ಪಾಲಿಂಡ್ರೋಮ್ನ ಅರ್ಥವು ಪದಗಳು ಮತ್ತು ವಾಕ್ಯಗಳಿಗೆ ಬಳಸುವ ವ್ಯಾಖ್ಯಾನಕ್ಕಿಂತ ಸ್ವಲ್ಪ ಭಿನ್ನವಾಗಿದೆ. ಎರಡು ಹೆಲಿಕ್ಸ್ಗಳು ವಿರುದ್ಧ ದಿಕ್ಕುಗಳಲ್ಲಿ ಚಲಿಸುವ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ಗಳ ಎರಡು ಜೋಡಿ ಸಮಾನಾಂತರವಾದ ಎಳೆಗಳಿಂದ ರೂಪುಗೊಳ್ಳುವುದರಿಂದ, ಮತ್ತು ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ಗಳು ಯಾವಾಗಲೂ ಅದೇ ರೀತಿಯಲ್ಲಿ ಜೋಡಿಯಾಗಿರುತ್ತವೆ (ಡಿಎನ್ಎಯಲ್ಲಿ ಥೈಮಿನ್ (ಟಿ) ಯೊಂದಿಗೆ ಅಡೆನಿನ್ (ಎ) ಅಥವಾ ಆರ್ಎನ್ಎಯಲ್ಲಿ ಯುರಾಸಿಲ್ (ಯು); ಗ್ವಾನೈನ್ (ಜಿ) ಯೊಂದಿಗೆ ಸೈಟೋಸಿನ್ (ಸಿ), (ಏಕ-ಎಳೆ) ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಅನುಕ್ರಮವು ಅದರ ಹಿಮ್ಮುಖ ಪೂರಕಕ್ಕೆ ಸಮನಾಗಿದ್ದರೆ ಪಾಲಿಂಡ್ರೋಮ್ ಎಂದು ಹೇಳಲಾಗುತ್ತದೆ. ಉದಾಹರಣೆಗೆ, ಡಿಎನ್ಎ ಅನುಕ್ರಮವಾದ ಎಸಿಸಿಟಿಎಜಿಟಿಯು ಅದರ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್-ಬೈ-ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಪೂರಕವಾದ ಟಿಜಿಜಿಎಟಿಸಿಸಿಎಯೊಂದಿಗೆ ಪಾಲಿಂಡ್ರೋಮಿಕ್ ಆಗಿದೆ ಏಕೆಂದರೆ ಪೂರಕದಲ್ಲಿರುವ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ಗಳ ಕ್ರಮವನ್ನು ಹಿಮ್ಮುಖಗೊಳಿಸುವುದರಿಂದ ಮೂಲ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ನೀಡುತ್ತದೆ. ಪಾಲಿಂಡ್ರೋಮಿಕ್ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಅನುಕ್ರಮವು ಹೇರ್ಪಿನ್ ಅನ್ನು ರೂಪಿಸುವ ಸಾಮರ್ಥ್ಯವನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ. ಹೇರ್ಪಿನ್ನ ಕಾಂಡದ ಭಾಗವು ಹುಸಿ-ಡಬಲ್ ಸ್ಟ್ರ್ಯಾಂಡೆಡ್ ಭಾಗವಾಗಿದೆ ಏಕೆಂದರೆ ಇಡೀ ಹೇರ್ಪಿನ್ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಿಕ್ ಆಮ್ಲದ ಒಂದೇ (ಏಕ) ಎಳೆಗಳ ಭಾಗವಾಗಿದೆ. ಪಾಲಿಂಡ್ರೋಮಿಕ್ ಲಕ್ಷಣಗಳು ಹೆಚ್ಚಿನ ಜೀನೋಮ್ಗಳು ಅಥವಾ ಆನುವಂಶಿಕ ಸೂಚನೆಗಳ ಸೆಟ್ಗಳಲ್ಲಿ ಕಂಡುಬರುತ್ತವೆ. ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ವರ್ಣತಂತುಗಳಲ್ಲಿ ಮತ್ತು ಅವುಗಳ ಮೇಲೆ ಹರಡಿದ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಲ್ ಇಂಟರ್ಸ್ಪೆರ್ಡ್ ಮೊಸಾಯಿಕ್ ಎಲಿಮೆಂಟ್ಸ್ (ಬಿಐಎಂಇ) ಎಂದು ಕರೆಯಲ್ಪಡುವವುಗಳಲ್ಲಿ ಅವುಗಳನ್ನು ವಿಶೇಷವಾಗಿ ಸಂಶೋಧಿಸಲಾಗಿದೆ. 2008ರಲ್ಲಿ, ಜೀನೋಮ್ ಅನುಕ್ರಮ ಯೋಜನೆಯು ಮಾನವನ ಎಕ್ಸ್ ಮತ್ತು ವೈ ವರ್ಣತಂತುಗಳ ದೊಡ್ಡ ಭಾಗಗಳನ್ನು ಪಾಲಿಂಡ್ರೋಮ್ಗಳಾಗಿ ಜೋಡಿಸಲಾಗಿದೆ ಎಂದು ಕಂಡುಹಿಡಿದಿದೆ. ಪಾಲಿಂಡ್ರೋಮಿಕ್ ರಚನೆಯು ಒಂದು ಬದಿಗೆ ಹಾನಿಯಾದರೆ Y ವರ್ಣತಂತು ಮಧ್ಯದಲ್ಲಿ ಬಾಗುವ ಮೂಲಕ ತನ್ನನ್ನು ತಾನು ಸರಿಪಡಿಸಿಕೊಳ್ಳಲು ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ. ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳನ್ನು ರೂಪಿಸುವ ಪೆಪ್ಟೈಡ್ ಅನುಕ್ರಮಗಳಲ್ಲಿ ಪಾಲಿಂಡ್ರೋಮ್ಗಳು ಆಗಾಗ್ಗೆ ಕಂಡುಬರುತ್ತವೆ, ಆದರೆ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಕಾರ್ಯದಲ್ಲಿ ಅವುಗಳ ಪಾತ್ರವು ಸ್ಪಷ್ಟವಾಗಿ ತಿಳಿದಿಲ್ಲ. ಪೆಪ್ಟೈಡ್ಗಳಲ್ಲಿನ ಪಾಲಿಂಡ್ರೋಮ್ಗಳ ಅಸ್ತಿತ್ವವು ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳಲ್ಲಿನ ಕಡಿಮೆ-ಸಂಕೀರ್ಣತೆಯ ಪ್ರದೇಶಗಳ ಹರಡುವಿಕೆಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿರಬಹುದು ಎಂದು ಸೂಚಿಸಲಾಗಿದೆ, ಏಕೆಂದರೆ ಪಾಲಿಂಡ್ರೋಮ್ಗಳು ಆಗಾಗ್ಗೆ ಕಡಿಮೆ-ಸಂಕೀರ್ಣತೆಯ ಅನುಕ್ರಮಗಳೊಂದಿಗೆ ಸಂಬಂಧ ಹೊಂದಿವೆ. ಅವುಗಳ ಹರಡುವಿಕೆಯು ಆಲ್ಫಾ ಹೆಲಿಕ್ಸ್ ಅಥವಾ ಪ್ರೋಟೀನ್/ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸಂಕೀರ್ಣಗಳನ್ನು ರೂಪಿಸುವ ಅಂತಹ ಅನುಕ್ರಮಗಳ ಪ್ರವೃತ್ತಿಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿರಬಹುದು. ಉದಾಹರಣೆಗಳು ನಿರ್ಬಂಧ ಕಿಣ್ವ ತಾಣಗಳು ಪಾಲಿಂಡ್ರೋಮಿಕ್ ಅನುಕ್ರಮಗಳು ಆಣ್ವಿಕ ಜೀವಶಾಸ್ತ್ರದಲ್ಲಿ ಪ್ರಮುಖ ಪಾತ್ರ ವಹಿಸುತ್ತವೆ. ಡಿಎನ್ಎ ಅನುಕ್ರಮವು ಡಬಲ್ ಸ್ಟ್ರ್ಯಾಂಡೆಡ್ ಆಗಿರುವುದರಿಂದ, ಪಾಲಿಂಡ್ರೋಮ್ ಅನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸಲು ಬೇಸ್ ಜೋಡಿಗಳನ್ನು ಓದಲಾಗುತ್ತದೆ (ಕೇವಲ ಒಂದು ಸ್ಟ್ರಾಂಡ್ನ ಮೇಲಿನ ಬೇಸ್ಗಳಲ್ಲ). ಅನೇಕ ನಿರ್ಬಂಧಿತ ಎಂಡೋನ್ಯೂಕ್ಲೀಸ್ಗಳು (ನಿರ್ಬಂಧಿತ ಕಿಣ್ವಗಳು) ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಪಾಲಿಂಡ್ರೋಮಿಕ್ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸುತ್ತವೆ ಮತ್ತು ಅವುಗಳನ್ನು ಕತ್ತರಿಸುತ್ತವೆ. ನಿರ್ಬಂಧಿತ ಕಿಣ್ವ ಇಕೋಆರ್1 ಈ ಕೆಳಗಿನ ಪಾಲಿಂಡ್ರೋಮಿಕ್ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಗುರುತಿಸುತ್ತದೆಃ 5 '-ಜಿಎಎಟಿಟಿಸಿ-3' 3 '-ಸಿಟಿಟಿಸಿಎಜಿ-5' ಮೇಲಿನ ಸ್ಟ್ರಾಂಡ್ 5 '-ಜಿಎಎಟಿಟಿಸಿ-3' ಅನ್ನು ಓದುತ್ತದೆ, ಆದರೆ ಕೆಳಗಿನ ಸ್ಟ್ರಾಂಡ್ 3 '-ಸಿಟಿಟಿಎಎಜಿ-5' ಅನ್ನು ಓದುತ್ತದೆ. ಡಿಎನ್ಎ ಸ್ಟ್ರಾಂಡ್ ಅನ್ನು ತಿರುಗಿಸಿದರೆ, ಅನುಕ್ರಮಗಳು ನಿಖರವಾಗಿ ಒಂದೇ ಆಗಿರುತ್ತವೆ (5 'ಜಿಎಎಟಿಟಿಸಿ-3' ಮತ್ತು 3 '-ಸಿಟಿಟಿಎಎಜಿ-5'). ಇಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚು ನಿರ್ಬಂಧಿತ ಕಿಣ್ವಗಳು ಮತ್ತು ಅವು ಗುರುತಿಸುವ ಪಾಲಿಂಡ್ರೋಮಿಕ್ ಅನುಕ್ರಮಗಳಿವೆಃ ಮೀಥೈಲೇಷನ್ ತಾಣಗಳು ಪಾಲಿಂಡ್ರೋಮಿಕ್ ಅನುಕ್ರಮಗಳು ಮೀಥೈಲೇಷನ್ ತಾಣಗಳನ್ನು ಸಹ ಹೊಂದಿರಬಹುದು. ಪ್ಯಾಲಿಂಡ್ರೋಮಿಕ್ ಅನುಕ್ರಮಕ್ಕೆ ಮೀಥೈಲ್ ಗುಂಪನ್ನು ಜೋಡಿಸಬಹುದಾದ ತಾಣಗಳು ಇವು. ಮೆತಿಲೀಕರಣವು ನಿರೋಧಕ ವಂಶವಾಹಿಯನ್ನು ನಿಷ್ಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ; ಇದನ್ನು ಇನ್ಸರ್ಷನಲ್ ನಿಷ್ಕ್ರಿಯತೆ ಅಥವಾ ಇನ್ಸರ್ಷನಲ್ ಮ್ಯುಟಜೆನೆಸಿಸ್ ಎಂದು ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ. ಉದಾಹರಣೆಗೆ, ಟೆಟ್ರಾಸೈಕ್ಲಿನ್ ನಿರೋಧಕ ಜೀನ್ನಲ್ಲಿನ ಪಿಬಿಆರ್322 ಮೆತಿಲೀಕರಣವು ಪ್ಲಾಸ್ಮಿಡ್ ಅನ್ನು ಟೆಟ್ರಾಸೈಕ್ಲಿನ್ಗೆ ಗುರಿಯಾಗುವಂತೆ ಮಾಡುತ್ತದೆ; ಟೆಟ್ರಾಸೈಕ್ಲಿನ್ ನಿರೋಧಕ ಜೀನ್ನಲ್ಲಿ ಮೆತಿಲೀಕರಣದ ನಂತರ ಪ್ಲಾಸ್ಮಿಡ್ ಪ್ರತಿಜೀವಕ ಟೆಟ್ರಾಸೈಕ್ಲಿನ್ಗೆ ಒಡ್ಡಿಕೊಂಡರೆ, ಅದು ಬದುಕುಳಿಯುವುದಿಲ್ಲ. ಟಿ ಕೋಶ ಗ್ರಾಹಕಗಳಲ್ಲಿ ಪಾಲಿಂಡ್ರೋಮಿಕ್ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ಗಳು ಟಿ ಕೋಶ ಗ್ರಾಹಕ (ಟಿಸಿಆರ್) ವಂಶವಾಹಿಗಳ ವೈವಿಧ್ಯತೆಯು ಅವುಗಳ ಜರ್ಮ್ಲೈನ್-ಎನ್ಕೋಡೆಡ್ ವಿ, ಡಿ ಮತ್ತು ಜೆ ವಿಭಾಗಗಳಿಂದ ವಿ (ಡಿ) ಜೆ ಮರುಸಂಯೋಜನೆಯ ಮೇಲೆ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಅಳವಡಿಕೆಯಿಂದ ಉತ್ಪತ್ತಿಯಾಗುತ್ತದೆ. ವಿ-ಡಿ ಮತ್ತು ಡಿ-ಜೆ ಜಂಕ್ಷನ್ಗಳಲ್ಲಿ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೊಟೈಡ್ ಅಳವಡಿಕೆಗಳು ಯಾದೃಚ್ಛಿಕವಾಗಿರುತ್ತವೆ, ಆದರೆ ಈ ಅಳವಡಿಕೆಗಳ ಕೆಲವು ಸಣ್ಣ ಉಪಗುಂಪುಗಳು ಅಸಾಧಾರಣವಾಗಿವೆ, ಅದರಲ್ಲಿ ಒಂದರಿಂದ ಮೂರು ಬೇಸ್ ಜೋಡಿಗಳು ಜರ್ಮ್ಲೈನ್ ಡಿಎನ್ಎ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ವಿಲೋಮವಾಗಿ ಪುನರಾವರ್ತಿಸುತ್ತವೆ. ಈ ಸಣ್ಣ ಪೂರಕ ಪಾಲಿಂಡ್ರೋಮಿಕ್ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಪಿ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ಗಳು ಎಂದು ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ. ಉಲ್ಲೇಖಗಳು ಡಿಎನ್ಎ ಪಾಲಿಂಡ್ರೋಮ್ಸ್