Accessible surface area
ಪ್ರವೇಶಿಸಬಹುದಾದ ಮೇಲ್ಮೈ ವಿಸ್ತೀರ್ಣ (ಎ. ಎಸ್. ಎ.) ಅಥವಾ ದ್ರಾವಕ-ಪ್ರವೇಶಿಸಬಹುದಾದ ಮೇಲ್ಮೈ ವಿಸ್ತೀರ್ಣ (ಎಸ್. ಎ. ಎಸ್. ಎ.) ಎಂಬುದು ದ್ರಾವಕಕ್ಕೆ ಪ್ರವೇಶಿಸಬಹುದಾದ ಜೈವಿಕ ಅಣುವಿನ ಮೇಲ್ಮೈ ವಿಸ್ತೀರ್ಣವಾಗಿದೆ. ಎಎಸ್ಎಯ ಮಾಪನವನ್ನು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಚದರ ಆಂಗ್ಸ್ಟ್ರಾಮ್ಗಳ ಘಟಕಗಳಲ್ಲಿ ವಿವರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ (ಆಣ್ವಿಕ ಜೀವಶಾಸ್ತ್ರದಲ್ಲಿ ಮಾಪನದ ಪ್ರಮಾಣಿತ ಘಟಕ). ಎಎಸ್ಎಯನ್ನು ಮೊದಲ ಬಾರಿಗೆ 1971ರಲ್ಲಿ ಲೀ ಮತ್ತು ರಿಚರ್ಡ್ಸ್ ಅವರು ವಿವರಿಸಿದ್ದಾರೆ ಮತ್ತು ಇದನ್ನು ಕೆಲವೊಮ್ಮೆ ಲೀ-ರಿಚರ್ಡ್ಸ್ ಆಣ್ವಿಕ ಮೇಲ್ಮೈ ಎಂದು ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ. ಎಎಸ್ಎಯನ್ನು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ 1973ರಲ್ಲಿ ಶ್ರ್ಯಾಕ್ ಮತ್ತು ರೂಪ್ಲಿ ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಿದ 'ರೋಲಿಂಗ್ ಬಾಲ್' ಅಲ್ಗಾರಿದಮ್ ಬಳಸಿ ಲೆಕ್ಕಹಾಕಲಾಗುತ್ತದೆ. ಈ ಕ್ರಮಾವಳಿಯು ಅಣುವಿನ ಮೇಲ್ಮೈಯನ್ನು 'ಶೋಧಿಸಲು' ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ತ್ರಿಜ್ಯದ ಗೋಳವನ್ನು (ದ್ರಾವಕದ) ಬಳಸುತ್ತದೆ. ಎ. ಎಸ್. ಎ. ಶ್ರ್ಯಾಕ್-ರುಪ್ಲಿ ಅಲ್ಗಾರಿದಮ್ ಅನ್ನು ಲೆಕ್ಕಾಚಾರ ಮಾಡುವ ವಿಧಾನಗಳು ಶ್ರ್ಯಾಕ್-ರೂಪ್ಲಿ ಅಲ್ಗಾರಿದಮ್ ಒಂದು ಸಂಖ್ಯಾತ್ಮಕ ವಿಧಾನವಾಗಿದ್ದು, ಇದು ಅಣುವಿನ ಪ್ರತಿ ಪರಮಾಣುವಿನಿಂದ ಸಮಾನವಾದ ಬಿಂದುಗಳ ಜಾಲರಿಯನ್ನು ಸೆಳೆಯುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಮೇಲ್ಮೈ ವಿಸ್ತೀರ್ಣವನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸಲು ಪ್ರವೇಶಿಸಬಹುದಾದ ದ್ರಾವಕವಾಗಿರುವ ಈ ಬಿಂದುಗಳ ಸಂಖ್ಯೆಯನ್ನು ಬಳಸುತ್ತದೆ. ವ್ಯಾನ್ ಡೆರ್ ವಾಲ್ಸ್ ತ್ರಿಜ್ಯವನ್ನು ಮೀರಿದ ನೀರಿನ ಅಣುವಿನ ಅಂದಾಜು ತ್ರಿಜ್ಯದಲ್ಲಿ ಬಿಂದುಗಳನ್ನು ಎಳೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ, ಇದು ಮೇಲ್ಮೈಯಲ್ಲಿ ಚೆಂಡನ್ನು ರೋಲಿಂಗ್ ಮಾಡುವುದಕ್ಕೆ ಪರಿಣಾಮಕಾರಿಯಾಗಿ ಹೋಲುತ್ತದೆ. ಎಲ್ಲಾ ಬಿಂದುಗಳನ್ನು ನೆರೆಯ ಪರಮಾಣುಗಳ ಮೇಲ್ಮೈಯಲ್ಲಿ ಪರಿಶೀಲಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಅವು ಹೂತುಹೋಗಿವೆಯೇ ಅಥವಾ ಪ್ರವೇಶಿಸಬಹುದೆ ಎಂದು ನಿರ್ಧರಿಸಲು. ಪ್ರವೇಶಿಸಬಹುದಾದ ಬಿಂದುಗಳ ಸಂಖ್ಯೆಯನ್ನು ಮೇಲ್ಮೈ ವಿಸ್ತೀರ್ಣದ ಭಾಗದಿಂದ ಗುಣಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಪ್ರತಿ ಬಿಂದುವು ಎಎಸ್ಎಯನ್ನು ಲೆಕ್ಕ ಹಾಕಲು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುತ್ತದೆ. 'ಪ್ರೋಬ್ ತ್ರಿಜ್ಯ' ದ ಆಯ್ಕೆಯು ವೀಕ್ಷಿಸಿದ ಮೇಲ್ಮೈ ಪ್ರದೇಶದ ಮೇಲೆ ಪರಿಣಾಮ ಬೀರುತ್ತದೆ, ಏಕೆಂದರೆ ಸಣ್ಣ ಪ್ರೋಬ್ ತ್ರಿಜ್ಯವನ್ನು ಬಳಸುವುದರಿಂದ ಹೆಚ್ಚಿನ ಮೇಲ್ಮೈ ವಿವರಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಆದ್ದರಿಂದ ದೊಡ್ಡ ಮೇಲ್ಮೈಯನ್ನು ವರದಿ ಮಾಡುತ್ತದೆ. ಒಂದು ವಿಶಿಷ್ಟ ಮೌಲ್ಯವು 1.4 Å ಆಗಿದೆ, ಇದು ನೀರಿನ ಅಣುವಿನ ತ್ರಿಜ್ಯವನ್ನು ಅಂದಾಜು ಮಾಡುತ್ತದೆ. ಫಲಿತಾಂಶಗಳ ಮೇಲೆ ಪರಿಣಾಮ ಬೀರುವ ಮತ್ತೊಂದು ಅಂಶವೆಂದರೆ ಅಧ್ಯಯನದಲ್ಲಿರುವ ಅಣುವಿನಲ್ಲಿನ ಪರಮಾಣುಗಳ ವಿ. ಡಿ. ಡಬ್ಲ್ಯೂ ತ್ರಿಜ್ಯಗಳ ವ್ಯಾಖ್ಯಾನ. ಉದಾಹರಣೆಗೆ, ಅಣುವು ಆಗಾಗ್ಗೆ ಹೈಡ್ರೋಜನ್ ಪರಮಾಣುಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವುದಿಲ್ಲ, ಅವು ರಚನೆಯಲ್ಲಿ ಸೂಚ್ಯವಾಗಿರುತ್ತವೆ. ಹೈಡ್ರೋಜನ್ ಪರಮಾಣುಗಳನ್ನು 'ಭಾರೀ' ಪರಮಾಣುಗಳ ಪರಮಾಣು ತ್ರಿಜ್ಯಗಳಲ್ಲಿ ಸೂಚ್ಯವಾಗಿ ಸೇರಿಸಿಕೊಳ್ಳಬಹುದು, ಇದನ್ನು 'ಗುಂಪು ತ್ರಿಜ್ಯ' ಎಂದು ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ. ಇದರ ಜೊತೆಗೆ, ಪ್ರತಿ ಪರಮಾಣುವಿನ ವ್ಯಾನ್ ಡರ್ ವಾಲ್ಸ್ ಮೇಲ್ಮೈಯಲ್ಲಿ ರಚಿಸಲಾದ ಬಿಂದುಗಳ ಸಂಖ್ಯೆಯು ವಿವೇಚನೆಯ ಮತ್ತೊಂದು ಅಂಶವನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸುತ್ತದೆ, ಅಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ಬಿಂದುಗಳು ಹೆಚ್ಚಿನ ಮಟ್ಟದ ವಿವರಗಳನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತವೆ. ಎಲ್. ಸಿ. ಪಿ. ಓ ವಿಧಾನವು ಎ. ಎಸ್. ಎ. ಯ ತ್ವರಿತ ವಿಶ್ಲೇಷಣಾತ್ಮಕ ಲೆಕ್ಕಾಚಾರಕ್ಕಾಗಿ ಎರಡು-ದೇಹದ ಸಮಸ್ಯೆಯ ರೇಖೀಯ ಅಂದಾಜು ವಿಧಾನವನ್ನು ಬಳಸುತ್ತದೆ. ಎಲ್. ಸಿ. ಪಿ. ಓ. ನಲ್ಲಿ ಬಳಸಲಾದ ಅಂದಾಜುಗಳು 1-3 Å2 ವ್ಯಾಪ್ತಿಯಲ್ಲಿ ದೋಷವನ್ನು ಉಂಟುಮಾಡುತ್ತವೆ. ಪವರ್ ರೇಖಾಚಿತ್ರ ವಿಧಾನವನ್ನು ಇತ್ತೀಚೆಗೆ, ಪವರ್ ರೇಖಾಚಿತ್ರವನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಎಎಸ್ಎಯನ್ನು ವೇಗವಾಗಿ ಮತ್ತು ವಿಶ್ಲೇಷಣಾತ್ಮಕವಾಗಿ ಲೆಕ್ಕಾಚಾರ ಮಾಡುವ ವಿಧಾನವನ್ನು ಪ್ರಸ್ತುತಪಡಿಸಲಾಯಿತು. ಜೈವಿಕ ಅಣುವನ್ನು ಜಲೀಯ ದ್ರಾವಕದಿಂದ ಲಿಪಿಡ್ ಪರಿಸರದಂತಹ ಧ್ರುವೀಯವಲ್ಲದ ದ್ರಾವಕಕ್ಕೆ ಸ್ಥಳಾಂತರಿಸಲು ಅಗತ್ಯವಾದ ವರ್ಗಾವಣೆ ಮುಕ್ತ ಶಕ್ತಿಯನ್ನು ಲೆಕ್ಕ ಹಾಕುವಾಗ ಪ್ರವೇಶಿಸಬಹುದಾದ ಮೇಲ್ಮೈ ವಿಸ್ತೀರ್ಣವನ್ನು ಹೆಚ್ಚಾಗಿ ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಆಣ್ವಿಕ ಡೈನಾಮಿಕ್ಸ್ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ಪ್ಯಾಕೇಜ್ ಎ. ಎಂ. ಬಿ. ಇ. ಆರ್. ನಲ್ಲಿ ಸೂಚ್ಯ ದ್ರಾವಕ ಪರಿಣಾಮಗಳನ್ನು ಲೆಕ್ಕ ಹಾಕುವಾಗ ಎಲ್. ಸಿ. ಪಿ. ಓ ವಿಧಾನವನ್ನು ಸಹ ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸೆಕೆಂಡರಿ ರಚನೆಯ ಮುನ್ಸೂಚನೆಯನ್ನು ಸುಧಾರಿಸಲು (ಊಹಿಸಲಾದ) ಪ್ರವೇಶಿಸಬಹುದಾದ ಮೇಲ್ಮೈ ವಿಸ್ತೀರ್ಣವನ್ನು ಬಳಸಬಹುದು ಎಂದು ಇತ್ತೀಚೆಗೆ ಸೂಚಿಸಲಾಗಿದೆ. ದ್ರಾವಕ-ಹೊರಗಿಡಲಾದ ಮೇಲ್ಮೈಗೆ ಸಂಬಂಧ ಎ. ಎಸ್. ಎ. ಯು ದ್ರಾವಕ-ಹೊರಗಿಡಲಾದ ಮೇಲ್ಮೈಯ ಪರಿಕಲ್ಪನೆಯೊಂದಿಗೆ ನಿಕಟ ಸಂಬಂಧವನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ (ಇದನ್ನು ಕೊನೊಲ್ಲಿಯ ಆಣ್ವಿಕ ಮೇಲ್ಮೈ ಪ್ರದೇಶ ಅಥವಾ ಸರಳವಾಗಿ ಕೊನೊಲ್ಲಿ ಮೇಲ್ಮೈ ಎಂದೂ ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ), ಇದನ್ನು ಬೃಹತ್ ದ್ರಾವಕದಲ್ಲಿ ಕುಹರವೆಂದು ಕಲ್ಪಿಸಲಾಗಿದೆ. ಇದನ್ನು ಫ್ರೆಡೆರಿಕ್ ರಿಚರ್ಡ್ಸ್ ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಿದ ರೋಲಿಂಗ್-ಬಾಲ್ ಅಲ್ಗಾರಿದಮ್ ಮೂಲಕ ಅಭ್ಯಾಸದಲ್ಲಿ ಲೆಕ್ಕ ಹಾಕಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು 1983 ರಲ್ಲಿ ಮೈಕೆಲ್ ಕೊನೊಲ್ಲಿ ಮತ್ತು 1984 ರಲ್ಲಿ ಟಿಮ್ ರಿಚ್ಮಂಡ್ ಅವರು ಮೂರು-ಆಯಾಮದಂತೆ ಜಾರಿಗೆ ತಂದರು. ಕೊನೊಲ್ಲಿ ಈ ವಿಧಾನವನ್ನು ಪರಿಪೂರ್ಣಗೊಳಿಸಲು ಇನ್ನೂ ಹಲವಾರು ವರ್ಷಗಳನ್ನು ಕಳೆದರು. ಪೆಪ್ಟೈಡ್ ಮತ್ತು ಪ್ರೋಟೀನ್ ರಚನೆಗಳನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಲು ಇಂಪ್ಲಿಸಿಟ್ ಸಾಲ್ವೇಷನ್ ವ್ಯಾನ್ ಡೆರ್ ವಾಲ್ಸ್ ಸರ್ಫೇಸ್ ವಾಡಾರ್ ಟೂಲ್ ಅನ್ನು ಸಹ ನೋಡಿ. NACCESS ದ್ರಾವಕವು ಪ್ರವೇಶಿಸಬಹುದಾದ ಪ್ರದೇಶದ ಲೆಕ್ಕಾಚಾರಗಳನ್ನು ಮಾಡುತ್ತದೆ. ಎಎಸ್ಎಯನ್ನು ಲೆಕ್ಕಾಚಾರ ಮಾಡಲು ಫ್ರೀಎಸ್ಎಎಸ್ಎ ಓಪನ್ ಸೋರ್ಸ್ ಕಮಾಂಡ್ ಲೈನ್ ಟೂಲ್, ಸಿ ಲೈಬ್ರರಿ ಮತ್ತು ಪೈಥಾನ್ ಮಾಡ್ಯೂಲ್. ಸರ್ಫೇಸ್ ರೇಸರ್ ಒಲೆಗ್ ಸೋಡಿಕೋವ್ ಅವರ ಸರ್ಫೇಸ್ ರೇಸರ್ ಪ್ರೋಗ್ರಾಂ. ದ್ರಾವಕ ಪ್ರವೇಶಿಸಬಹುದಾದ ಮತ್ತು ಆಣ್ವಿಕ ಮೇಲ್ಮೈ ವಿಸ್ತೀರ್ಣ ಮತ್ತು ಸರಾಸರಿ ವಕ್ರತೆಯ ಲೆಕ್ಕಾಚಾರ. ಶೈಕ್ಷಣಿಕ ಬಳಕೆಗೆ ಉಚಿತ. ASA.py-ಶ್ರ್ಯಾಕ್-ರೂಪ್ಲಿ ಅಲ್ಗಾರಿದಮ್ನ ಪೈಥಾನ್ ಆಧಾರಿತ ಅನುಷ್ಠಾನ. ಮೈಕೆಲ್ ಸಾನರ್ನ ಆಣ್ವಿಕ ಮೇಲ್ಮೈ-ಹೊರಗಿಡಲಾದ ಮೇಲ್ಮೈಯನ್ನು ಲೆಕ್ಕಾಚಾರ ಮಾಡುವ ಅತ್ಯಂತ ವೇಗದ ಪ್ರೋಗ್ರಾಂ. ಪಿಓವಿ4ಗ್ರಾಸ್ಪ್ ಆಣ್ವಿಕ ಮೇಲ್ಮೈಗಳನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ. ಆಣ್ವಿಕ ಮೇಲ್ಮೈ ಪ್ಯಾಕೇಜ್-ಮೈಕೆಲ್ ಕೊನೊಲ್ಲಿಯ ಪ್ರೋಗ್ರಾಂ. ವಾಲ್ಯೂಮ್ ವೋಕ್ಸೆಲೇಟರ್-ಹೊರಗಿಡಲಾದ ಮೇಲ್ಮೈಗಳನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸಲು ವೆಬ್ ಆಧಾರಿತ ಸಾಧನವಾಗಿದೆ. ಎ. ಎಸ್. ವಿ. ಫ್ರೀವೇರ್ ಎನ್ ಗೋಳಗಳ ಒಕ್ಕೂಟದ ಪರಿಮಾಣ ಮತ್ತು ಮೇಲ್ಮೈಯ ವಿಶ್ಲೇಷಣಾತ್ಮಕ ಲೆಕ್ಕಾಚಾರ (ಮಾಂಟೆ-ಕಾರ್ಲೋ ಲೆಕ್ಕಾಚಾರವನ್ನು ಸಹ ಒದಗಿಸಲಾಗಿದೆ). ವೋರ್ಲೂಮ್ ಕಂಪ್ಯೂಟಿಂಗ್ ಮೇಲ್ಮೈ ಪ್ರದೇಶ ಮತ್ತು 3ಡಿ ಬಾಲ್ಗಳ ಕುಟುಂಬದ ಪರಿಮಾಣ. ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳ ದ್ರಾವಕ ಲಭ್ಯವಿರುವ ಮೇಲ್ಮೈ ವಿಸ್ತೀರ್ಣವನ್ನು ಆನ್ಲೈನ್ನಲ್ಲಿ ಲೆಕ್ಕ ಹಾಕಿ. ಆಣ್ವಿಕ ಮಾದರಿ ಗಣಕೀಯ ರಸಾಯನಶಾಸ್ತ್ರ ಆಣ್ವಿಕ ಡೈನಾಮಿಕ್ಸ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ ರಚನೆ