ChIP-exo
ಚಿಐಪಿ-ಎಕ್ಸೋ ಎಂಬುದು ಆಸಕ್ತಿಯ ಪ್ರೋಟೀನ್ (ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಷನ್ ಫ್ಯಾಕ್ಟರ್) ಜೀನೋಮ್ಗೆ ಬಂಧಿಸುವ ಸ್ಥಳಗಳನ್ನು ಮ್ಯಾಪ್ ಮಾಡಲು ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಇಮ್ಯುನೊಪ್ರೆಸಿಪಿಟೇಶನ್ ಆಧಾರಿತ ವಿಧಾನವಾಗಿದೆ. ಇದು ಚಿಐಪಿ-ಸೆಕ್ ಶಿಷ್ಟಾಚಾರದ ಮಾರ್ಪಾಡಾಗಿದ್ದು, ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಸೈಟ್ಗಳ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ ಅನ್ನು ನೂರಾರು ಬೇಸ್ ಜೋಡಿಗಳಿಂದ ಬಹುತೇಕ ಒಂದು ಬೇಸ್ ಜೋಡಿಗೆ ಸುಧಾರಿಸುತ್ತದೆ. ಇದು ಪ್ರೋಟೀನ್-ಬೌಂಡ್ ಡಿಎನ್ಎಯ ಎಳೆಗಳನ್ನು 5 '-3' ದಿಕ್ಕಿನಲ್ಲಿ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಸೈಟ್ನ ಸಣ್ಣ ಸಂಖ್ಯೆಯ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ಗಳೊಳಗೆ ಕೆಳಮಟ್ಟಕ್ಕಿಳಿಸಲು ಎಕ್ಸೋನ್ಯೂಕ್ಲೀಸ್ಗಳ ಬಳಕೆಯನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಳ್ಳುತ್ತದೆ. ಎಕ್ಸೋನ್ಯೂಕ್ಲೀಸ್-ಸಂಸ್ಕರಿಸಿದ ತುದಿಗಳ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ಗಳನ್ನು ಡಿಎನ್ಎ ಅನುಕ್ರಮ, ಮೈಕ್ರೋಅರೇಗಳು ಮತ್ತು ಪಿಸಿಆರ್ನ ಕೆಲವು ಸಂಯೋಜನೆಯನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ನಿರ್ಧರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಈ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ನಂತರ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಬಂಧಿಸುವ ಜೀನೋಮ್ನ ಸ್ಥಳಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಜೀನೋಮ್ಗೆ ಮ್ಯಾಪ್ ಮಾಡಲಾಗುತ್ತದೆ. ಪ್ರೋಟೀನ್-ಡಿಎನ್ಎ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲು ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಇಮ್ಯುನೊಪ್ರೆಸಿಪಿಟೇಶನ್ (ಚಿಐಪಿ) ತಂತ್ರಗಳು 1984ರಿಂದ ಬಳಕೆಯಲ್ಲಿವೆ. ಫಲಿತಾಂಶಗಳ ಗುಣಮಟ್ಟವನ್ನು ಸುಧಾರಿಸಲು ಚಿಪ್ಪಿನಲ್ಲಿ ಅನೇಕ ಮಾರ್ಪಾಡುಗಳಿವೆ. ಅಂತಹ ಒಂದು ಸುಧಾರಣೆ, ಚಿಪ್-ಆನ್-ಚಿಪ್ (ಚಿಪ್-ಚಿಪ್), ಚಿಪ್ ಅನ್ನು ಮೈಕ್ರೋಅರೇ ತಂತ್ರಜ್ಞಾನದೊಂದಿಗೆ ಸಂಯೋಜಿಸುತ್ತದೆ. ಈ ತಂತ್ರವು ಸೀಮಿತ ಸೂಕ್ಷ್ಮತೆ ಮತ್ತು ನಿರ್ದಿಷ್ಟತೆಯನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ, ವಿಶೇಷವಾಗಿ ವಿವೋದಲ್ಲಿ ಮೈಕ್ರೋಅರೇಗಳು ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯರ್ ಕಂಪಾರ್ಟ್ಮೆಂಟ್ನಲ್ಲಿರುವ ಸಾವಿರಾರು ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳಿಂದ ನಿರ್ಬಂಧಿತವಾಗಿರುತ್ತವೆ, ಇದರ ಪರಿಣಾಮವಾಗಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ಪ್ರಮಾಣದ ತಪ್ಪು ಧನಾತ್ಮಕತೆಗಳು ಕಂಡುಬರುತ್ತವೆ. ಮುಂದೆ ಚಿಐಪಿ-ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ (ಚಿಐಪಿ-ಸೆಕ್) ಬಂದಿತು, ಇದು ಚಿಐಪಿಯನ್ನು ಹೈ-ಥ್ರೋಪುಟ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ನೊಂದಿಗೆ ಸಂಯೋಜಿಸುತ್ತದೆ. ಆದಾಗ್ಯೂ, ಕತ್ತರಿಸಿದ ಡಿಎನ್ಎ ತುಣುಕುಗಳ ವೈವಿಧ್ಯಮಯ ಸ್ವರೂಪವು ಬಂಧಿಸುವ ತಾಣಗಳನ್ನು ±300 ಬೇಸ್ ಜೋಡಿಗಳೊಳಗೆ ನಕ್ಷೆ ಮಾಡುತ್ತದೆ, ಇದು ನಿರ್ದಿಷ್ಟತೆಯನ್ನು ಸೀಮಿತಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ. ಎರಡನೆಯದಾಗಿ, ಡಿಎನ್ಎಯನ್ನು ಕಲುಷಿತಗೊಳಿಸುವುದು ಗಂಭೀರವಾದ ಸಮಸ್ಯೆಯನ್ನು ಪ್ರಸ್ತುತಪಡಿಸುತ್ತದೆ, ಏಕೆಂದರೆ ಕೆಲವೇ ಕೆಲವು ಆನುವಂಶಿಕ ಸ್ಥಳಗಳು ಆಸಕ್ತಿಯ ಪ್ರೋಟೀನ್ನೊಂದಿಗೆ ಅಡ್ಡ-ಸಂಬಂಧ ಹೊಂದಿದ್ದು, ಯಾವುದೇ ನಿರ್ದಿಷ್ಟವಲ್ಲದ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಡಿಎನ್ಎಯನ್ನು ಹಿನ್ನೆಲೆ ಶಬ್ದದ ಗಮನಾರ್ಹ ಮೂಲವನ್ನಾಗಿ ಮಾಡುತ್ತದೆ. ಈ ಸಮಸ್ಯೆಗಳನ್ನು ಪರಿಹರಿಸಲು, ರೀ ಮತ್ತು ಪಗ್ ಅವರು ಚಿಐಪಿ-ಎಕ್ಸೋವನ್ನು ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಲು ಕ್ಲಾಸಿಕ್ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಸ್ ಪ್ರೊಟೆಕ್ಷನ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಪರಿಷ್ಕರಿಸಿದರು. ಈ ಹೊಸ ಚಿಐಪಿ ತಂತ್ರವು ಲ್ಯಾಂಬ್ಡಾ ಎಕ್ಸೋನ್ಯೂಕ್ಲೀಸ್ನ ಮೇಲೆ ಅವಲಂಬಿತವಾಗಿದೆ, ಅದು ಕೇವಲ ಅವನತಿ ಹೊಂದುತ್ತದೆ, ಮತ್ತು ಎಲ್ಲಾ, 5′-3′ ದಿಕ್ಕಿನಲ್ಲಿ ಬಂಧಿಸದ ಡಬಲ್-ಸ್ಟ್ರಾಂಡೆಡ್ ಡಿಎನ್ಎ. ಸಂಕ್ಷಿಪ್ತವಾಗಿ ಹೇಳುವುದಾದರೆ, ಆಸಕ್ತಿಯ ಪ್ರೋಟೀನ್ (ಎಪಿಟೋಪ್ ಟ್ಯಾಗ್ ಹೊಂದಿರುವ ಎಂಜಿನಿಯರಿಂಗ್ ಇಮ್ಯುನೊಪ್ರೆಸಿಪಿಟೇಶನ್ಗೆ ಉಪಯುಕ್ತವಾಗಬಹುದು) ಅನ್ನು ಫಾರ್ಮಾಲ್ಡಿಹೈಡ್ ಬಳಸಿ ಜೀನೋಮ್ನ ಉದ್ದಕ್ಕೂ ಅದರ ನೈಸರ್ಗಿಕ ಬಂಧಿಸುವ ಸ್ಥಳಗಳಿಗೆ ವಿವೋದಲ್ಲಿ ಅಡ್ಡಲಾಗಿ ಜೋಡಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ನಂತರ ಜೀವಕೋಶಗಳನ್ನು ಸಂಗ್ರಹಿಸಿ, ಒಡೆದು, ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಅನ್ನು ಕತ್ತರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಸೋನಿಕೇಶನ್ ಮೂಲಕ ಕರಗಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಪ್ರತಿಜೀವಕವನ್ನು ನಂತರ ಅಡ್ಡ-ಸಂಯೋಜಿತ ಡಿಎನ್ಎ ಜೊತೆಗೆ ಆಸಕ್ತಿಯ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅನ್ನು ಪ್ರತಿರಕ್ಷಿಸಲು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಡಿಎನ್ಎ ಪಿಸಿಆರ್ ಅಡಾಪ್ಟರುಗಳನ್ನು ನಂತರ ತುದಿಗಳಿಗೆ ಜೋಡಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಇದು ಎಕ್ಸೋನ್ಯೂಕ್ಲೀಸ್ ಜೀರ್ಣಕ್ರಿಯೆಯ ನಂತರ ಎರಡನೇ ಸ್ಟ್ರಾಂಡ್ ಡಿಎನ್ಎ ಸಂಶ್ಲೇಷಣೆಗೆ ಪ್ರಾಥಮಿಕ ಬಿಂದುವಾಗಿ ಕಾರ್ಯನಿರ್ವಹಿಸುತ್ತದೆ. ಲ್ಯಾಂಬ್ಡಾ ಎಕ್ಸೋನ್ಯೂಕ್ಲೀಸ್ ನಂತರ ಪ್ರೋಟೀನ್-ಡಿಎನ್ಎ ಕೋವೆಲೆಂಟ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಯ ಗಡಿಯಲ್ಲಿ ಜೀರ್ಣಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು ನಿರ್ಬಂಧಿಸುವವರೆಗೆ 5 'ತುದಿಯಿಂದ ಡಬಲ್ ಡಿಎನ್ಎ ಎಳೆಗಳನ್ನು ಜೀರ್ಣಿಸಿಕೊಳ್ಳುತ್ತದೆ. ಎರಡನೇ ಸಿಂಗಲ್-ಸ್ಟ್ರಾಂಡ್ ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಎಕ್ಸೋನ್ಯೂಕ್ಲೀಸ್ನ ಸೇರ್ಪಡೆಯಿಂದ ಹೆಚ್ಚಿನ ಕಲುಷಿತ ಡಿಎನ್ಎ ಅವನತಿಗೊಳ್ಳುತ್ತದೆ. ಕ್ರಾಸ್-ಲಿಂಕಿಂಗ್ ಅನ್ನು ಹಿಮ್ಮುಖಗೊಳಿಸಿದ ನಂತರ, ಪಿಸಿಆರ್ ಅಡಾಪ್ಟರ್ಗಳಿಗೆ ಪ್ರೈಮರ್ಗಳನ್ನು ಡಬಲ್ ಸ್ಟ್ರ್ಯಾಂಡೆಡ್ ಡಿಎನ್ಎ ರೂಪಿಸಲು ವಿಸ್ತರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಮತ್ತು ಎಕ್ಸೋನ್ಯೂಕ್ಲೀಸ್ ಜೀರ್ಣಕ್ರಿಯೆಯ ನಿಲುಗಡೆ ನಿಖರವಾದ ಸ್ಥಳವನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಎರಡನೇ ಅಡಾಪ್ಟರ್ ಅನ್ನು 5 'ತುದಿಗಳಿಗೆ ಜೋಡಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಗ್ರಂಥಾಲಯವನ್ನು ನಂತರ ಪಿಸಿಆರ್ ಮೂಲಕ ವರ್ಧಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಮತ್ತು ಉತ್ಪನ್ನಗಳನ್ನು ಹೆಚ್ಚಿನ ಥ್ರೋಪುಟ್ ಅನುಕ್ರಮದಿಂದ ಗುರುತಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಈ ವಿಧಾನವು ಯಾವುದೇ ಜೀನೋಮ್ನೊಳಗಿನ ಯಾವುದೇ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಸೈಟ್ಗೆ ಒಂದೇ ಬೇಸ್ ಜೋಡಿಯವರೆಗೆ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ ಮಾಡಲು ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ, ಇದು ಚಿಪ್-ಚಿಪ್ ಅಥವಾ ಚಿಪ್-ಸೆಕ್ಗಿಂತ ಹೆಚ್ಚಿನ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ ಆಗಿದೆ. ಪ್ರಯೋಜನಗಳು ಚಿಪ್-ಎಕ್ಸೋ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಬಂಧಿಸುವ ಸ್ಥಳಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸುವಲ್ಲಿ ಏಕ ಬೇಸ್ ಜೋಡಿ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ ಅನ್ನು ನೀಡುತ್ತದೆ ಎಂದು ತೋರಿಸಲಾಗಿದೆ. ಇದು ಚಿಐಪಿ-ಸೆಕ್ಗೆ ವ್ಯತಿರಿಕ್ತವಾಗಿದೆ, ಇದು ಪ್ರೋಟೀನ್ನ ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಸೈಟ್ ಅನ್ನು ±300 ಬೇಸ್ ಜೋಡಿಗಳೊಂದಿಗೆ ಮಾತ್ರ ಪತ್ತೆಹಚ್ಚುತ್ತದೆ. ಪ್ರೋಟೀನ್-ಬದ್ಧವಲ್ಲದ ಡಿಎನ್ಎ ತುಣುಕುಗಳ ಮಾಲಿನ್ಯವು ಚಿಐಪಿ ಪ್ರಯೋಗಗಳಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ಪ್ರಮಾಣದ ಸುಳ್ಳು ಧನಾತ್ಮಕ ಮತ್ತು ಋಣಾತ್ಮಕ ಪರಿಣಾಮಗಳಿಗೆ ಕಾರಣವಾಗಬಹುದು. ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಗೆ ಎಕ್ಸೋನ್ಯೂಕ್ಲೀಸ್ಗಳನ್ನು ಸೇರಿಸುವುದರಿಂದ ಬೈಂಡಿಂಗ್-ಸೈಟ್ ಕಾಲಿಂಗ್ನ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ ಅನ್ನು ಸುಧಾರಿಸುವುದಲ್ಲದೆ, ಅನುಕ್ರಮಗೊಳಿಸುವ ಮೊದಲು ದ್ರಾವಣದಿಂದ ಕಲುಷಿತಗೊಳ್ಳುವ ಡಿಎನ್ಎಯನ್ನು ತೆಗೆದುಹಾಕುತ್ತದೆ. ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ತುಣುಕುಗೆ ಅಸಮರ್ಥವಾಗಿ ಬಂಧಿಸಲ್ಪಟ್ಟಿರುವ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳನ್ನು ಚಿಐಪಿ-ಎಕ್ಸೋ ಪತ್ತೆಹಚ್ಚುವ ಸಾಧ್ಯತೆಯಿದೆ. ಇದು, ಉದಾಹರಣೆಗೆ, ಈ ಹಿಂದೆ ಕಂಡುಹಿಡಿದಿದ್ದಕ್ಕಿಂತ ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಿಟಿಸಿಎಫ್ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಅಂಶದ ಬಂಧಿಸುವ ತಾಣಗಳ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆಗೆ ಅವಕಾಶ ಮಾಡಿಕೊಟ್ಟಿದೆ. ಹೆಚ್ಚಿನ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ ಮತ್ತು ಕಡಿಮೆ ಹಿನ್ನೆಲೆಯಿಂದಾಗಿ, ಚಿಪ್-ಎಕ್ಸೋವನ್ನು ಬಳಸುವಾಗ ಕಡಿಮೆ ಆಳದ ಅನುಕ್ರಮ ವ್ಯಾಪ್ತಿಯ ಅಗತ್ಯವಿರುತ್ತದೆ. ಒಂದು ಪ್ರೋಟೀನ್-ಡಿಎನ್ಎ ಸಂಕೀರ್ಣವು ಒಂದೇ ಬಂಧಿಸುವ ಘಟನೆಯೊಳಗೆ ಅಡ್ಡ-ಜೋಡಣೆಯ ಅನೇಕ ಸ್ಥಳಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿದ್ದರೆ, ಅದು ಅನೇಕ ವಿಭಿನ್ನ ಬಂಧಿಸುವ ಘಟನೆಗಳಿರುವಂತೆ ಕಾಣಿಸಬಹುದು. ಒಂದೇ ಘಟನೆಯೊಳಗೆ ಲಭ್ಯವಿರುವ ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಸೈಟ್ಗಳಲ್ಲಿ ಒಂದರಲ್ಲಿ ಈ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳನ್ನು ವಿಕೃತೀಕರಿಸುವುದರಿಂದ ಮತ್ತು ಅಡ್ಡ-ಸಂಪರ್ಕಿಸುವುದರಿಂದ ಇದು ಸಂಭವಿಸಬಹುದು. ಪ್ರೊಟೀನ್ ಯಾವ ಸ್ಥಳಕ್ಕೆ ಅಡ್ಡ-ಸಂಪರ್ಕಿತವಾಗಿದೆ ಎಂಬುದರ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ಎಕ್ಸೋನ್ಯೂಕ್ಲೀಸ್ ನಂತರ ಬೌಂಡ್ ಸೈಟ್ಗಳಲ್ಲಿ ಒಂದನ್ನು ನಿಲ್ಲಿಸುತ್ತದೆ. ಯಾವುದೇ ಚಿಐಪಿ-ಆಧಾರಿತ ವಿಧಾನದಂತೆ, ಈ ತಂತ್ರವನ್ನು ಬಳಸಲು ಆಸಕ್ತಿಯ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗೆ ಸೂಕ್ತವಾದ ಪ್ರತಿಕಾಯವು ಲಭ್ಯವಿರಬೇಕು. ರೀ ಮತ್ತು ಪಗ್ ಅಪ್ಲಿಕೇಶನ್ಗಳು ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಅಂಶಗಳ ಒಂದು ಸಣ್ಣ ಸಂಗ್ರಹದ ಮೇಲೆ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಳನ್ನು ಮಾಡುವ ಮೂಲಕ ಚಿಪ್-ಎಕ್ಸೋವನ್ನು ಪರಿಚಯಿಸುತ್ತವೆಃ ರೀಬ್1, ಗ್ಯಾಲ4, ಪಿಎಚ್ಡಿ1, ಯೀಸ್ಟ್ನಲ್ಲಿ ರಾಪ್1 ಮತ್ತು ಮಾನವರಲ್ಲಿ ಸಿಟಿಸಿಎಫ್. ರೆಬ್1 ತಾಣಗಳು ಅನೇಕವೇಳೆ ಸಮೂಹಗಳಲ್ಲಿ ಕಂಡುಬಂದಿವೆ ಮತ್ತು ಈ ಸಮೂಹಗಳು ನಿರೀಕ್ಷೆಗಿಂತ 10 ಪಟ್ಟು ಹೆಚ್ಚಿನ ಆಕ್ಯುಪೆನ್ಸಿಯನ್ನು ಹೊಂದಿದ್ದವು. ಪ್ರಾಥಮಿಕ ಬಂಧಿಸುವ ತಾಣದಿಂದ ಸಮೂಹಗಳಲ್ಲಿನ ದ್ವಿತೀಯಕ ತಾಣಗಳು ~ 40 ಬಿಪಿ ಕಂಡುಬಂದಿವೆ. ಗ್ಯಾಲ್ 4 ರ ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಮೋಟಿಫ್ಗಳು ನಾಲ್ಕು ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ಗಳಲ್ಲಿ ಮೂರಕ್ಕೆ ಬಲವಾದ ಆದ್ಯತೆಯನ್ನು ತೋರಿಸಿದವು, ಇದು ಗ್ಯಾಲ್ 4 ಮತ್ತು ಹೊರಗಿಡಲಾದ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ನಡುವಿನ ನಕಾರಾತ್ಮಕ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ. ಪಿಎಚ್ಡಿ1 ಮೂರು ವಿಭಿನ್ನ ಲಕ್ಷಣಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸುತ್ತದೆ, ಇದು ಪಿಎಚ್ಡಿ1ನ ಬಂಧಿಸುವ ಲಕ್ಷಣದ ಅಸ್ಪಷ್ಟತೆಯ ಹಿಂದಿನ ವರದಿಗಳನ್ನು ವಿವರಿಸುತ್ತದೆ. ರಾಪ್1 ನಾಲ್ಕು ವಿಶಿಷ್ಟ ಲಕ್ಷಣಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸುವುದು ಕಂಡುಬಂದಿದೆ. ಈ ಪ್ರೋಟೀನ್ನಿಂದ ಬಂಧಿಸಲ್ಪಟ್ಟಿರುವ ರೈಬೋಸೋಮಲ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಜೀನ್ಗಳು ಬಲವಾದ ಒಮ್ಮತದ ಅನುಕ್ರಮದೊಂದಿಗೆ ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಲಕ್ಷಣವನ್ನು ಬಳಸುವ ಪ್ರವೃತ್ತಿಯನ್ನು ಹೊಂದಿದ್ದವು. ಇತರ ವಂಶವಾಹಿಗಳು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ದುರ್ಬಲ ಒಮ್ಮತದ ಲಕ್ಷಣಗಳ ಸಮೂಹಗಳನ್ನು ಬಳಸಿದವು, ಬಹುಶಃ ಇದೇ ರೀತಿಯ ಆಕ್ಯುಪೆನ್ಸಿಯನ್ನು ಸಾಧಿಸಲು. ಸಿಟಿಸಿಎಫ್ನ ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಮೋಟಿಫ್ಗಳು ನಾಲ್ಕು "ಮಾಡ್ಯೂಲ್ಗಳನ್ನು" ಬಳಸಿಕೊಂಡಿವೆ. ಅರ್ಧದಷ್ಟು ಬೌಂಡ್ ಸಿಟಿಸಿಎಫ್ ತಾಣಗಳು ಮಾಡ್ಯೂಲ್ 1 ಮತ್ತು 2 ಅನ್ನು ಬಳಸಿದರೆ, ಉಳಿದವು ನಾಲ್ಕು ಸಂಯೋಜನೆಗಳನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡಿವೆ. ಈ ಘಟಕಗಳ ವಿವಿಧ ಸಂಯೋಜನೆಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಸಿಟಿಸಿಎಫ್ ತನ್ನ ಸತುವಿನ ಬೆರಳುಗಳನ್ನು ಬಳಸುತ್ತದೆ ಎಂದು ನಂಬಲಾಗಿದೆ. ರೀ ಮತ್ತು ಪಗ್ ಅವರು ಸ್ಯಾಕರೊಮೈಸಿಸ್ ಜೀನೋಮ್ಗಳಲ್ಲಿನ ಪೂರ್ವ-ಆರಂಭದ ಸಂಕೀರ್ಣ (ಪಿಐಸಿ) ರಚನೆ ಮತ್ತು ಸಂಘಟನೆಯನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಿದರು. ಚಿಪ್-ಎಕ್ಸೋವನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು, ಇತರ ಆವಿಷ್ಕಾರಗಳ ಜೊತೆಗೆ, ಟಾಟಾ-ಕಡಿಮೆ ಎಂದು ವರದಿಯಾದ ಪ್ರವರ್ತಕರಲ್ಲಿ ಟಾಟಾದಂತಹ ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳನ್ನು ನಿಖರವಾಗಿ ಗುರುತಿಸಲು ಅವರಿಗೆ ಸಾಧ್ಯವಾಯಿತು. ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಇಮ್ಯುನೊಪ್ರೆಸಿಪಿಟೇಶನ್ ಚಿಪ್-ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ಚಿಪ್-ಆನ್-ಚಿಪ್ ಪ್ರೋಟೀನ್-ಡಿಎನ್ಎ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆ ಉಲ್ಲೇಖಗಳು ಬಾಹ್ಯ ಕೊಂಡಿಗಳು ಡಿಎನ್ಎ-ಪ್ರೋಟೀನ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಹೈ ಡೆಫಿನಿಷನ್ನಲ್ಲಿ ಪರಿಹರಿಸುವುದು ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಷನ್ ಫ್ಯಾಕ್ಟರ್ ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಹೈ-ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಇಮ್ಯುನೊಪ್ರೆಸಿಪಿಟೇಶನ್ ಪ್ರಮುಖ ಜೀನ್-ರೆಗ್ಯುಲೇಷನ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳನ್ನು ಹೊಸ ವಿಧಾನದಿಂದ ಗುರುತಿಸಲಾಗಿದೆ ಸೆಕ್ಸೋಆರ್ಃ ಚಿಐಪಿ-ಎಕ್ಸೋ ಪ್ರತಿಕೃತಿಗಳಲ್ಲಿ ಹೈ-ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ ಪ್ರೋಟೀನ್-ಡಿಎನ್ಎ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸಲು ಆರ್/ಬಯೋಕಂಡಕ್ಟರ್ ಪ್ಯಾಕೇಜ್ ಪೆಕೋನಿಕ್ ಜೀನೋಮಿಕ್ಸ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ ವಿಧಾನಗಳು ಆಣ್ವಿಕ ಜೀವಶಾಸ್ತ್ರ ಜೀನೋಮಿಕ್ಸ್ ಡಿಎನ್ಎ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್