Αr45 RNA
αr45 ಎಂಬುದು ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಸಣ್ಣ ನಾನ್-ಕೋಡಿಂಗ್ ಆರ್ಎನ್ಎಗಳ ಒಂದು ಕುಟುಂಬವಾಗಿದ್ದು, ಹೈಫೋಮೈಕ್ರೊಬಿಯಲ್ಗಳ ಕ್ರಮದಿಂದ α-ಪ್ರೋಟಿಯೋಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ವಿಶಾಲ ಗುಂಪಿನಲ್ಲಿ ಪ್ರತಿನಿಧಿಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ. ಈ ಕುಟುಂಬದ ಮೊದಲ ಸದಸ್ಯ (ಎಸ್. ಎಂ. ಆರ್. 45ಸಿ) ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್ (ಸಿ) ನಲ್ಲಿರುವ ಸಿನೋರ್ಹಿಝೋಬಿಯಮ್ ಮೆಲಿಲೋಟಿ 1021 ಲೋಕಸ್ನಲ್ಲಿ ಕಂಡುಬಂದಿದೆ. ಮತ್ತಷ್ಟು ಹೋಮೋಲಜಿ ಮತ್ತು ರಚನೆಯ ಸಂರಕ್ಷಣಾ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು ಹಲವಾರು ಸಾರಜನಕ-ಸ್ಥಿರೀಕರಣದ ಸಹಜೀವೀಯ ರೈಜೋಬಿಯಾದಲ್ಲಿ ಹೋಮೋಲಾಗ್ಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಿದೆ (ಅಂದರೆ. ಎಸ್. ಮೆಡಿಕೇ, ಎಸ್. ಫ್ರೆಡಿ, ರೈಝೋಬಿಯಮ್ ಲೆಗುಮಿನೋಸಾರಮ್ bv.viciae, ಆರ್. ಲೆಗುಮಿನೋಸಾರಮ್ ಬಿವಿ. ಟ್ರೈಫೋಲಿ, ಆರ್. ಎಟ್ಲಿ, ಮತ್ತು ಹಲವಾರು ಮೆಸೋರ್ಹಿಝೋಬಿಯಮ್ ಪ್ರಭೇದಗಳು), ಅಗ್ರೋಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಂ ಪ್ರಭೇದಗಳಿಗೆ ಸೇರಿದ ಸಸ್ಯ ರೋಗಕಾರಕಗಳಲ್ಲಿ (ಅಂದರೆ. ಎ. ಟ್ಯೂಮೆಫಾಸಿಯನ್ಸ್, ಎ. ವಿಟಿಸ್, ಎ. ರೇಡಿಯೋಬ್ಯಾಕ್ಟರ್, ಮತ್ತು ಅಗ್ರೋಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಂ ಎಚ್13) ಜೊತೆಗೆ ಬ್ರೂಸೆಲ್ಲಾ ಪ್ರಭೇದಗಳ ವಿಶಾಲ ವರ್ಣಪಟಲದಲ್ಲಿ (ಬಿ. ಓವಿಸ್, ಬಿ. ಕ್ಯಾನಿಸ್, ಬಿ. ಅಬಾರ್ಟಸ್ ಮತ್ತು ಬಿ. ಮೈಕ್ರೋಟಿಸ್, ಮತ್ತು ಬಿ. ಮೆಲಿಟೆನ್ಸಿಸ್ನ ಹಲವಾರು ಬಯೋವರ್ಗಳು), ಬಾರ್ಟೋನೆಲ್ಲಾ ಪ್ರಭೇದಗಳಲ್ಲಿ (ಅಂದರೆ. ಬಿ. ಹೆನ್ಸೆಲೇ, ಬಿ. ಕ್ಲಾರಿಜಿಯಾ, ಬಿ. ಟ್ರಿಬೋಕೋರಮ್, ಬಿ. ಕ್ವಿಂಟಾನಾ, ಬಿ. ಬ್ಯಾಸಿಲಿಫಾರ್ಮಿಸ್, ಬಿ. ಗ್ರಾಹಾಮಿ), ಕ್ಸಾಂಥೋಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾಸಿಯಾ ಕುಟುಂಬದ ಹಲವಾರು ಸದಸ್ಯರಲ್ಲಿ (ಅಂದರೆ. ಅಜೋರ್ಹಿಝೋಬಿಯಮ್ ಕಾಲಿನೋಡಾನ್ಸ್, ಸ್ಟಾರ್ಕಿ ಕಾದಂಬರಿ, ಕ್ಸಾಂಟೋಬ್ಯಾಕ್ಟರ್ ಆಟೋಟ್ರೊಫಿಕಸ್), ಮತ್ತು ಬೈಜೆರಿಂಕಿಯೇಸಿ ಕುಟುಂಬದ ಕೆಲವು ಪ್ರತಿನಿಧಿಗಳಲ್ಲಿ (ಅಂದರೆ. ಮೀಥೈಲೋಸೆಲ್ಲಾ ಸಿಲ್ವೆಸ್ಟ್ರಿಸ್, ಬೈಜೆರಿಂಕಿಯಾ ಇಂಡಿಕಾ ಉಪವಿಭಾಗ. ಇಂಡಿಕಾ). αr45C ಆರ್ಎನ್ಎ ಪ್ರಭೇದಗಳು 147-153 nt ಉದ್ದವಾಗಿವೆ (ಕೋಷ್ಟಕ 1) ಮತ್ತು ಉತ್ತಮವಾಗಿ ವ್ಯಾಖ್ಯಾನಿಸಲಾದ ಸಾಮಾನ್ಯ ದ್ವಿತೀಯಕ ರಚನೆಯನ್ನು ಹಂಚಿಕೊಳ್ಳುತ್ತವೆ (ಚಿತ್ರ 1). ಎಲ್ಲಾ αr45 ಪ್ರತಿಲೇಖನಗಳನ್ನು α-ಪ್ರೋಟಿಯೋಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಲ್ ಜೀನೋಮ್ಗಳ ಇಂಟರ್ಜೆನಿಕ್ ಪ್ರದೇಶಗಳ (ಐಜಿಆರ್)ೊಳಗಿನ ಸ್ವತಂತ್ರ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಘಟಕಗಳ ಉತ್ತಮವಾಗಿ ವ್ಯಾಖ್ಯಾನಿಸಲಾದ ಪ್ರವರ್ತಕ ಪ್ರದೇಶಗಳಿಂದ ವ್ಯಕ್ತಪಡಿಸಲಾದ ಟ್ರಾನ್ಸ್-ಆಕ್ಟಿಂಗ್ ಎಸ್ಆರ್ಎನ್ಎಗಳಾಗಿ ಪಟ್ಟಿ ಮಾಡಬಹುದು (ಚಿತ್ರ 5). ಡಿಸ್ಕವರಿ ಅಂಡ್ ಸ್ಟ್ರಕ್ಚರ್ ಎಸ್ಎಂಆರ್45ಸಿ ಎಸ್ಆರ್ಎನ್ಎಯನ್ನು ಡೆಲ್ ವ್ಯಾಲ್ ಮತ್ತು ಇತರರು ವಿವರಿಸಿದ್ದಾರೆ, ಇದು ಎಸ್. ಮೆಲಿಲೋಟಿ 1021 ಸ್ಟ್ರೈನ್ನ (http://iant.toulouse.inra.fr/bacteria/annotation/cgi/rhime.cgi) ಇಂಟರ್ಜೆನಿಕ್ ಪ್ರದೇಶಗಳಲ್ಲಿ (ಐಜಿಆರ್ಗಳು) ಗಣನೆಯ ತುಲನಾತ್ಮಕ ಜೀನೋಮಿಕ್ ವಿಧಾನದ ಪರಿಣಾಮವಾಗಿ ವಿವರಿಸಲಾಗಿದೆ. ಉತ್ತರದ ಸಂಕರೀಕರಣದ ಪ್ರಯೋಗಗಳು ಊಹಿಸಲಾದ ಎಸ್. ಎಂ. ಆರ್. 45ಸಿ ಲೋಕಸ್ <ಐ. ಡಿ. 1> ಎನ್. ಟಿ ಉದ್ದದ ಒಂದೇ ಪ್ರತಿಲೇಖನವನ್ನು ವ್ಯಕ್ತಪಡಿಸುತ್ತದೆ ಎಂದು ದೃಢಪಡಿಸಿತು, ಇದು ಸ್ವತಂತ್ರ-ಜೀವಂತ ಮತ್ತು ಎಂಡೋಸಿಂಬಯೋಟಿಕ್ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾಗಳಲ್ಲಿ ವಿಭಿನ್ನವಾಗಿ ಸಂಗ್ರಹಗೊಳ್ಳುತ್ತದೆ. ಟಿಎಪಿ-ಆಧಾರಿತ 5 '-ಆರ್ಎಸಿಇ ಪ್ರಯೋಗಗಳು ಪೂರ್ಣ-ಉದ್ದದ ಎಸ್ಎಂಆರ್45ಸಿ ಪ್ರತಿಲೇಖನದ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಪ್ರಾರಂಭ ತಾಣವನ್ನು (ಟಿಎಸ್ಎಸ್) ಎಸ್. ಮೆಲಿಲೋಟಿ 1021 ಜೀನೋಮ್ (http://iant.toulouse.inra.fr/bacteria/annotation/cgi/rhime.cgi) ನಲ್ಲಿರುವ 3,105,445 ಎನ್ಟಿ ಸ್ಥಾನಕ್ಕೆ ಮ್ಯಾಪ್ ಮಾಡಿದವು, ಆದರೆ 3'-ಅಂತ್ಯವು ಆರಂಭದಲ್ಲಿ ಯುಎಸ್ನ (ಚಿತ್ರ 2) ಒಂದು ಸಣ್ಣ ವಿಸ್ತರಣೆಯ ಕೊನೆಯ ಅವಶೇಷಕ್ಕೆ ಹೊಂದಿಕೆಯಾಗುವ 3,105,265 ಎನ್ಟಿ ಸ್ಥಾನದಲ್ಲಿದೆ ಎಂದು ಭಾವಿಸಲಾಗಿತ್ತು, ಆದರೆ ಕಡಿಮೆ-ದರದ, ರೋ-ಸ್ವತಂತ್ರ ಟರ್ಮಿನೇಟರ್. ಎಸ್. ಮೆಲಿಲೋಟಿ 2011ರ ಸಣ್ಣ ಆರ್ಎನ್ಎ ಭಾಗ (50-350 ಎನ್ಟಿ) ದ ಇತ್ತೀಚಿನ ಆಳವಾದ ಅನುಕ್ರಮ-ಆಧಾರಿತ ಗುಣಲಕ್ಷಣವು ಎಸ್ಎಂಆರ್45ಸಿ (ಇಲ್ಲಿ ಎಸ್ಎಂಇಎಲ್ಸಿ706 ಎಂದು ಉಲ್ಲೇಖಿಸಲಾಗಿದೆ) ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯನ್ನು ಮತ್ತಷ್ಟು ದೃಢಪಡಿಸಿತು ಮತ್ತು ಪೂರ್ಣ-ಉದ್ದದ ಪ್ರತಿಲೇಖನವನ್ನು ಅದೇ 5 'ತುದಿಗೆ ಮತ್ತು 3' ಕೊನೆಯ ಸ್ಥಾನಕ್ಕೆ ಮ್ಯಾಪ್ ಮಾಡಿತು. ಎಸ್ಎಂಆರ್45ಸಿ ಯ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಆರಂಭದಲ್ಲಿ ಆರ್ಫಾಮ್ ದತ್ತಸಂಚಯದ ವಿರುದ್ಧ ಹುಡುಕಲು ಪ್ರಶ್ನೆಯಾಗಿ ಬಳಸಲಾಯಿತು (ಆವೃತ್ತಿ 10.0; http://www.sanger.ac.uk/Software/Rfam). ಈ ಹೋಮೋಲಜಿ ಹುಡುಕಾಟವು ಈ ದತ್ತಸಂಚಯದಲ್ಲಿ ತಿಳಿದಿರುವ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಎಸ್ಆರ್ಎನ್ಎಗೆ ಯಾವುದೇ ಹೊಂದಾಣಿಕೆಗಳನ್ನು ಒದಗಿಸಲಿಲ್ಲ. ಪ್ರಸ್ತುತ ಲಭ್ಯವಿರುವ ಎಲ್ಲಾ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಜೀನೋಮ್ಗಳ ವಿರುದ್ಧ ಡೀಫಾಲ್ಟ್ ನಿಯತಾಂಕಗಳೊಂದಿಗೆ (20 ಏಪ್ರಿಲ್ 2011 ರಂದು 1,615 ಅನುಕ್ರಮಗಳು; https://www.ncbi.nlm.nih.gov) ಎಸ್ಎಂಆರ್45ಸಿ ಅನ್ನು ಮುಂದಿನ ಬ್ಲಾಸ್ಟ್ ಮಾಡಲಾಯಿತು. ಪ್ರಶ್ನೆಯ ಅನುಕ್ರಮಕ್ಕೆ (78-89% ಹೋಲಿಕೆ) ಗಮನಾರ್ಹ ಏಕರೂಪತೆಯನ್ನು ಪ್ರದರ್ಶಿಸುವ ಪ್ರದೇಶಗಳನ್ನು ಇನ್ಫರ್ನಲ್ (version1.0) (ಚಿತ್ರ 2) ಬಳಸಿ ಬೀಜ ಜೋಡಣೆಯಿಂದ ಕೋವೇರಿಯನ್ಸ್ ಮಾಡೆಲ್ (CM) ಅನ್ನು ರಚಿಸಲು ಹೊರತೆಗೆಯಲಾಗಿದೆ. ಅಸ್ತಿತ್ವದಲ್ಲಿರುವ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಜೀನೋಮಿಕ್ ದತ್ತಸಂಚಯಗಳಲ್ಲಿ αr45 ಕುಟುಂಬದ ಹೊಸ ಸದಸ್ಯರಿಗಾಗಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ಹುಡುಕಾಟದಲ್ಲಿ ಈ CM ಅನ್ನು ಬಳಸಲಾಯಿತು. ಕುಟುಂಬದ ಒಮ್ಮತದ ದ್ವಿತೀಯ ರಚನೆಯನ್ನು ಕಂಡುಹಿಡಿಯಲು ಫಲಿತಾಂಶಗಳನ್ನು ಕೈಯಿಂದ ಪರಿಶೀಲಿಸಲಾಗಿದೆ (ಚಿತ್ರ 1 ಮತ್ತು ಚಿತ್ರ 2). ಒಂದೇ ರೀತಿಯ ಮುನ್ಸೂಚನೆಗಳೊಂದಿಗೆ ಲೋಕಾರ್ನೇಟ್ ಪ್ರೋಗ್ರಾಂನೊಂದಿಗೆ ಒಮ್ಮತದ ರಚನೆಯನ್ನು ಸಹ ಸ್ವತಂತ್ರವಾಗಿ ಊಹಿಸಲಾಗಿದೆ. ಇನ್ಫರ್ನಲ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಸಿಎಮ್ನಲ್ಲಿ ಕಂಡುಬರುವ ಅನುಕ್ರಮಗಳ ಹಸ್ತಚಾಲಿತ ತಪಾಸಣೆಯು 39 ಹತ್ತಿರದ ಹೋಮೋಲಾಗ್ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಕಂಡುಹಿಡಿಯಲು ಅವಕಾಶ ಮಾಡಿಕೊಟ್ಟಿತು, ಇವೆಲ್ಲವೂ α-ಪ್ರೋಟಿಯೋಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಲ್ ಜೀನೋಮ್ಗಳಲ್ಲಿ ಏಕ ವರ್ಣತಂತು ಪ್ರತಿಗಳಾಗಿ ಕಂಡುಬರುತ್ತವೆ. ಈ ಹೋಮೋಲಾಗ್ಗಳನ್ನು ಎಸ್ಎಂಆರ್45ಸಿಗೆ ಸಂಕೇತಿಸುವ ರೈಜೋಬಿಯಲ್ ಪ್ರಭೇದಗಳೆಂದರೆಃ ಎಸ್. ಮೆಡಿಕೇ ಮತ್ತು ಎಸ್. ಫ್ರೆಡಿ, ಎರಡು ಆರ್. ಲೆಗುಮಿನೋಸಾರಮ್ ಟ್ರೈಫೋಲಿ ತಳಿಗಳು (ಡಬ್ಲ್ಯುಎಸ್ಎಂ304 ಮತ್ತು ಡಬ್ಲ್ಯುಎಸ್ಎಂ35), ಎರಡು ಆರ್. ಎಟ್ಲಿ ತಳಿಗಳು ಸಿಎಫ್ಎನ್ 42 ಮತ್ತು ಸಿಐಎಟಿ 652, ಉಲ್ಲೇಖ ಆರ್. ಲೆಗುಮಿನೋಸಾರಮ್ ಬಿವಿ. ವಿಸಿಯಾ 3841 ಪ್ರಭೇದ, ಮತ್ತು ಅಗ್ರೋಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಂ ಪ್ರಭೇದಗಳು ಎ. ವಿಟಿಸ್, ಎ. ಟ್ಯೂಮೆಫಾಸಿಯನ್ಸ್, ಎ. ರೇಡಿಯೋಬ್ಯಾಕ್ಟರ್ ಮತ್ತು ಎ. ಎಚ್13, ಬ್ರೂಸೆಲ್ಲಾ ಪ್ರಭೇದಗಳು (ಬಿ. ಓವಿಸ್, ಬಿ. ಕ್ಯಾನಿಸ್, ಬಿ. ಅಬಾರ್ಟಸ್, ಬಿ. ಮೈಕ್ರೋಟಿಸ್, ಮತ್ತು ಬಿ. ಮೆಲಿಟೆನ್ಸಿಸ್ನ ಹಲವಾರು ಬಯೋಬಾರ್ಗಳು), ಬ್ರೂಸೆಲ್ಲಾ ಆಂಥ್ರೋಪಿ, ಮೆಸೋರ್ಹಿಝೋಬಿಯಂ ಪ್ರಭೇದಗಳಾದ ಲೋಟಿ, ಎಂ. ಸಿಸೆರಿ ಮತ್ತು ಎಂ. ಬಿ. ಎನ್. ಸಿ., ಬಾರ್ಟೋನೆಲ್ಲಾ ಪ್ರಭೇದಗಳು (ಅಂದರೆ. ಬಿ. ಹೆನ್ಸೆಲೇ, ಬಿ. ಕ್ಲಾರಿಜಿಯಾ, ಬಿ. ಟ್ರಿಬೋಕೋರಮ್, ಬಿ. ಕ್ವಿಂಟಾನಾ, ಬಿ. ಬ್ಯಾಸಿಲಿಫಾರ್ಮಿಸ್, ಬಿ. ಗ್ರಾಹಾಮಿ). ಈ ಎಲ್ಲಾ ಅನುಕ್ರಮಗಳು ಗಮನಾರ್ಹವಾದ ಇನ್ಫರ್ನಲ್ ಇ-ಮೌಲ್ಯಗಳನ್ನು (8.93E-40-6.12E-36) ಮತ್ತು ಬಿಟ್-ಸ್ಕೋರ್ಗಳನ್ನು ತೋರಿಸಿದವು. ಮಾದರಿಯೊಂದಿಗೆ ಕಂಡುಬರುವ ಉಳಿದ ಅನುಕ್ರಮಗಳು (3.28E-06 ಮತ್ತು 4.56E-04) ನಡುವೆ ಹೆಚ್ಚಿನ ಇ-ಮೌಲ್ಯಗಳನ್ನು ತೋರಿಸಿದವು ಆದರೆ ಕಡಿಮೆ ಬಿಟ್-ಸ್ಕೋರ್ಗಳನ್ನು ತೋರಿಸಿದವು ಮತ್ತು ಅವುಗಳನ್ನು ಕ್ಸಾಂಥೋಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾಸಿಯಾ ಕುಟುಂಬದ ಹಲವಾರು ಸದಸ್ಯರು ಎನ್ಕೋಡ್ ಮಾಡಿದ್ದಾರೆ (ಅಂದರೆ. ಎ. ಕಾಲಿನೋದನ್ಸ್, ಸಾ. ನೊವೆಲ್ಲಾ, ಎಕ್ಸ್. ಆಟೋಟ್ರೊಫಿಕಸ್), ಮಿ. ಸಿಲ್ವೆಸ್ಟ್ರಿಸ್, ಮತ್ತು ಬಿ. ಇಂಡಿಕಾ ಸಬ್ಸ್ಪ್. ಇಂಡಿಕಾ. ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ಮಾಹಿತಿ ಎಸ್. ಮೆಲಿಲೋಟಿ 1021ರಲ್ಲಿ ಎಸ್ಎಂಆರ್45ಸಿ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯನ್ನು ವಿವಿಧ ಜೈವಿಕ ಪರಿಸ್ಥಿತಿಗಳಲ್ಲಿ ಮೌಲ್ಯಮಾಪನ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ; ಅಂದರೆ. ಟಿ. ವೈ. ಯಲ್ಲಿ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಬೆಳವಣಿಗೆ, ಕನಿಷ್ಠ ಮಧ್ಯಮ (ಎಂ. ಎಂ.) ಮತ್ತು ಲ್ಯುಟಿಯೋಲಿನ್-ಎಂ. ಎಂ. ಸಾರು ಮತ್ತು ಎಂಡೋಸಿಂಬಯೋಟಿಕ್ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾ (ಅಂದರೆ. ಪ್ರೌಢ ಸಹಜೀವನದ ಆಲ್ಫಾಲ್ಫಾ ಗಂಟುಗಳು). ಸ್ವತಂತ್ರವಾಗಿ ಬದುಕುವ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದಲ್ಲಿನ ಎಸ್. ಎಂ. ಆರ್. 45ಸಿ ಯ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯು ಬೆಳವಣಿಗೆಯ ಮೇಲೆ ಅವಲಂಬಿತವಾಗಿದೆ ಎಂದು ಕಂಡುಬಂದಿದೆ, ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾಗಳು ಸ್ಥಾಯಿ ಹಂತವನ್ನು ಪ್ರವೇಶಿಸಿದಾಗ ಜೀನ್ ಅನ್ನು ಬಲವಾಗಿ ಕಡಿಮೆ-ನಿಯಂತ್ರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಆದಾಗ್ಯೂ, ಲ್ಯುಟಿಯೋಲಿನ್ ಎಸ್ಎಂಆರ್45ಸಿ (2 ಪಟ್ಟು) ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯನ್ನು ಮಧ್ಯಮವಾಗಿ ಉತ್ತೇಜಿಸಿತು ಆದರೆ ಎಂಡೋಸಿಂಬಯೋಟಿಕ್ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದಲ್ಲಿ ಜೀನ್ ಅನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲು ಸಾಧ್ಯವಾಗಲಿಲ್ಲ. ಇತ್ತೀಚಿನ ಸಹ-ಪ್ರತಿರಕ್ಷಣಾ ಮಳೆಯ ಪ್ರಯೋಗಗಳು ಎಸ್ಎಂಆರ್45ಸಿ, ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಎಚ್ಎಫ್ಕ್ಯು ಅನ್ನು ಪರಿಣಾಮಕಾರಿ ಗುರಿ ಬಂಧಕ್ಕಾಗಿ ಬಂಧಿಸುತ್ತದೆ ಎಂದು ದೃಢೀಕರಿಸುತ್ತವೆ. ಇಲ್ಲಿಯವರೆಗೆ ಪರಿಶೀಲಿಸಿದ αr45 ಕುಟುಂಬದ ಸದಸ್ಯರ ಎಲ್ಲಾ ಪ್ರವರ್ತಕ ಪ್ರದೇಶಗಳು ಎಸ್. ಆರ್. ಎನ್. ಎ. ಯ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಪ್ರಾರಂಭದ ಸ್ಥಳದ 80 ಬಿಪಿ ಅಪ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್ ವರೆಗೆ ವಿಸ್ತರಿಸಿರುವ ಅನುಕ್ರಮ ವಿಸ್ತರಣೆಯಲ್ಲಿ ಬಹಳವಾಗಿ ಸಂರಕ್ಷಿಸಲ್ಪಟ್ಟಿವೆ. ಎಲ್ಲಾ ಹತ್ತಿರದ ಹೋಮೋಲಾಗ್ ಲೋಕಿಯು-35/- 10 ಒಮ್ಮತದ ಲಕ್ಷಣವಾದ ಸಿಟಿಟಿಎಜಿಎಸಿ-ಎನ್ 17-ಸಿಟಿಎಟಿಎಟಿಯನ್ನು ತೋರಿಸುವ ಗುರುತಿಸಬಹುದಾದ σ70-ಅವಲಂಬಿತ ಪ್ರವರ್ತಕರನ್ನು ಹೊಂದಿವೆ, ಇದನ್ನು ಈ ಹಿಂದೆ ಪ್ರೋಟಿಯೋಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ α-ಉಪಗುಂಪಿನಲ್ಲಿನ ಹಲವಾರು ಇತರ ಕುಲಗಳಲ್ಲಿ ವ್ಯಾಪಕವಾಗಿ ಸಂರಕ್ಷಿಸಲಾಗಿದೆ ಎಂದು ತೋರಿಸಲಾಗಿದೆ. ಇತರ ತಿಳಿದಿರುವ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಅಂಶಗಳಿಗೆ ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಸೈಟ್ಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ನಾವು ರೆಗ್ಪ್ರೆಡಿಕ್ಷನ್ (http://regpredict.lbl.gov/regpredict/help.html) ಒದಗಿಸಿದ ಫಾಸ್ಟಾ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಬಳಸಿದ್ದೇವೆ ಮತ್ತು ರೆಗ್ಯುಲಾನ್ಡಿಬಿ (http://regulondb.ccg.unam.mx) ಒದಗಿಸಿದ ಸ್ಥಾನ ತೂಕದ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ಗಳನ್ನು (ಪಿಎಸ್ಡಬ್ಲ್ಯೂಎಂ) ಬಳಸಿದ್ದೇವೆ. ನಾವು ಒಮ್ಮತ/ಪ್ಯಾಟ್ಸರ್ ಪ್ರೋಗ್ರಾಂ ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ರೆಗ್ಪ್ರೆಡಿಕ್ಷನ್ ಅನುಕ್ರಮಗಳಿಂದ ಪ್ರತಿ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಅಂಶಕ್ಕೆ ಪಿಎಸ್ಡಬ್ಲ್ಯೂಎಂ ಅನ್ನು ನಿರ್ಮಿಸಿದೆವು, 14 ಮತ್ತು 30 ರ ನಡುವಿನ ಉದ್ದೇಶದ ಉದ್ದಗಳಿಗೆ ಅತ್ಯುತ್ತಮ ಅಂತಿಮ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ ಅನ್ನು ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡಿ, ಪ್ರತಿ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ಗೆ ಮಿತಿ ಸರಾಸರಿ ಇ-ಮೌಲ್ಯ <10ಇ-10 ಅನ್ನು ಸ್ಥಾಪಿಸಲಾಗಿದೆ, (http://gps-tools2.its.yale.edu ನಲ್ಲಿ "ಥ್ರೆಶೋಲ್ಡ್ ಒಮ್ಮತ" ಅನ್ನು ನೋಡಿ). ಇದಲ್ಲದೆ, ನಾವು ಎಮ್ಇಎಂಇ (http://meme.sdsc.edu/meme4_6_1/intro.html) ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಸಂರಕ್ಷಿತ ಅಜ್ಞಾತ ಲಕ್ಷಣಗಳನ್ನು ಹುಡುಕಿದೆವು ಮತ್ತು ಶಾಂತವಾದ ನಿಯಮಿತ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಗಳನ್ನು ಬಳಸಿದ್ದೇವೆ (ಅಂದರೆ. ಮಾದರಿ ಹೊಂದಾಣಿಕೆ) ಎಲ್ಲಾ ಎಸ್. ಎಂ. ಆರ್. 45ಸಿ ಹೋಮೋಲಾಗ್ಸ್ ಪ್ರವರ್ತಕರ ಮೇಲೆ. ಈ ಅಧ್ಯಯನವು ವಿವಿಧ α-ಪ್ರೋಟಿಯೋಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಲ್ ಪ್ರಭೇದಗಳಲ್ಲಿ αr45 ಪ್ರತಿನಿಧಿಗಳ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯ ನಿಯಂತ್ರಣದಲ್ಲಿನ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳನ್ನು ಊಹಿಸುತ್ತದೆ. ಸಿನೋರಿಝೋಬಿಯಮ್, ರೈಝೋಬಿಯಮ್ ಮತ್ತು ಅಗ್ರೋಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಂ ಗುಂಪುಗಳು ಮಾಲ್ಟೋಸ್ ರಿಪ್ರೆಸರ್ ಮಾಲ್ ಗುರುತಿಸಿದ ಒಮ್ಮತದ ಅನುಕ್ರಮಕ್ಕೆ ಹೊಂದಿಕೆಯಾಗುವ ಅತ್ಯಂತ ಉತ್ತಮವಾಗಿ ಸಂರಕ್ಷಿಸಲಾದ ವಿಶಿಷ್ಟ ಲಕ್ಷಣವನ್ನು ಪ್ರಸ್ತುತಪಡಿಸಿದವು. ಇದಲ್ಲದೆ, αr45 ಸದಸ್ಯರ ಪ್ರವರ್ತಕರು. ಇದಲ್ಲದೆ, ಸಿನೋರಿಝೋಬಿಯಮ್ ಗುಂಪಿನ αr45 ಸದಸ್ಯರ ಪ್ರವರ್ತಕರು-60 ಮತ್ತು-85 ಸ್ಥಾನಗಳ ನಡುವೆ (ಚಿತ್ರ 4 ರಲ್ಲಿ ಕಿತ್ತಳೆ ಬಣ್ಣದಲ್ಲಿ ಪೆಟ್ಟಿಗೆಯಲ್ಲಿ) ಹೆಚ್ಚುವರಿ ಸಂರಕ್ಷಿತ ಪ್ರದೇಶವನ್ನು ಪ್ರಸ್ತುತಪಡಿಸಿದರು, ಇದು ರೆಗ್ _ ಪ್ರಿಡಿಕ್ಟ್ನಿಂದ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ ಎಸ್ಎಂಬಿ21598 _ ರೈಝೋಬಿಯಲ್ಸ್ಗೆ ಗಮನಾರ್ಹ ಹೋಲಿಕೆಯನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ. ಈ ಬಂಧಿಸುವ ತಾಣವು ಲಾಸಿ ಕುಟುಂಬದ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ನಿಯಂತ್ರಕಕ್ಕೆ ಅನುರೂಪವಾಗಿದೆ. ರೈಝೋಬಿಯಂ ಗುಂಪು, ಈ ಪ್ರದೇಶದಲ್ಲಿ ಚೆನ್ನಾಗಿ ಸಂರಕ್ಷಿಸಲ್ಪಟ್ಟ ವಿಶಿಷ್ಟ ಲಕ್ಷಣವನ್ನು ಪ್ರಸ್ತುತಪಡಿಸಿತು, ಇದಕ್ಕಾಗಿ ಯಾವುದೇ ಗಮನಾರ್ಹ ಹೋಲಿಕೆ ಕಂಡುಬಂದಿಲ್ಲ (ಚಿತ್ರ 4 ರಲ್ಲಿ ಹಸಿರು ಬಣ್ಣದಲ್ಲಿ ಗುರುತಿಸಲಾಗಿದೆ). ಈ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು ಬ್ರೂಸೆಲ್ಲಾ ಮತ್ತು ಬಾರ್ಟೋನೆಲ್ಲಾ αr45 sRNA ಲೋಕಿಯ ಪ್ರವರ್ತಕರ ನಡುವೆ ವಿಸ್ತೃತ ಸಂರಕ್ಷಿತ ಅನುಕ್ರಮ ವಿಸ್ತರಣೆಯನ್ನು ಸಹ ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸಿತು, ಆದರೆ ಈ ವಿಶಿಷ್ಟ ಲಕ್ಷಣಗಳಲ್ಲಿ ಯಾವುದೇ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಷನ್ ಫ್ಯಾಕ್ಟರ್ ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಸೈಟ್ಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲಾಗಿಲ್ಲ. ಜೆನೋಮಿಕ್ ಸನ್ನಿವೇಶ αr45 ಕುಟುಂಬದ ಎಲ್ಲಾ ಸದಸ್ಯರು ಕ್ರೋಮೋಸೋಮಲ್ ಐಜಿಆರ್ಗಳಲ್ಲಿನ ಸ್ವತಂತ್ರ ಪ್ರವರ್ತಕರಿಂದ ಲಿಪ್ಯಂತರಗೊಂಡ ಟ್ರಾನ್ಸ್-ಎನ್ಕೋಡ್ ಮಾಡಲಾದ ಎಸ್ಆರ್ಎನ್ಎಗಳಾಗಿವೆ. ಬೀಜ ಜೋಡಣೆಯ ಸದಸ್ಯರ ಹೆಚ್ಚಿನ ನೆರೆಯ ವಂಶವಾಹಿಗಳನ್ನು ಟಿಪ್ಪಣಿ ಮಾಡಲಾಗಿಲ್ಲ ಮತ್ತು ಆದ್ದರಿಂದ ಅವುಗಳನ್ನು ಹಸ್ತಚಾಲಿತವಾಗಿ ಸಂಗ್ರಹಿಸಲಾಗಿದೆ. ಸಿನೋರಿಝೋಬಿಯಮ್, ರೈಝೋಬಿಯಮ್, ಎ. ವಿಟಿಸ್ ಮತ್ತು ಎ. ರೇಡಿಯೋಬ್ಯಾಕ್ಟರ್ನ αr45 ಎಸ್ಆರ್ಎನ್ಎಗಳ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಪ್ರದೇಶಗಳು ಅಪ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್ ಮತ್ತು ಡೌನ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್ ಜೀನ್ಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಂತೆ ಹೆಚ್ಚಿನ ಮಟ್ಟದ ಸಂರಕ್ಷಣೆಯನ್ನು ಪ್ರದರ್ಶಿಸಿದವು, ಇವು ಅನುಕ್ರಮವಾಗಿ ಎಲ್ಐಎಸ್ಆರ್ ಕುಟುಂಬದ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಷನಲ್ ನಿಯಂತ್ರಕ ಮತ್ತು ಓರ್ನಿಥೈನ್ ಡೆಸ್ಕಾರ್ಬಾಕ್ಸಿಲೇಸ್ಗಾಗಿ ಕೋಡ್ ಮಾಡುತ್ತವೆ ಎಂದು ಊಹಿಸಲಾಗಿದೆ (ಸೋಲೋ ಕೋಮೋ ಅಕ್ಲಾರಾಸಿಯನ್, ಅಪ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್ ಮತ್ತು ಡೌನ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್ ಸೆ ರಿಫಿಯರೆನ್ ಅಲ್ ಸೆಂಟಿಡೋ ಡಿ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಸಿಯಾನ್). ಮೆಸೊರ್ಹಿಝೋಬಿಯಮ್ ಮತ್ತು ಬ್ರೂಸೆಲ್ಲಾ ಪ್ರಭೇದಗಳಲ್ಲಿ αr45 ಜೀನೋಮಿಕ್ ಪ್ರದೇಶಗಳ ಭಾಗಶಃ ಸಿಂಟೆನಿಯನ್ನು ಗಮನಿಸಲಾಗಿದೆ, ಅಲ್ಲಿ ಎ. ಎಲ್. ಐ. ಎಸ್. ಆರ್ ಕುಟುಂಬದ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಷನಲ್ ರೆಗ್ಯುಲೇಟರ್ ಜೀನ್ನ ಬದಲಿಗೆ ಅಮಿಡೇಸ್ ಕೋಡಿಂಗ್ ಜೀನ್ ಕಂಡುಬಂದಿದೆ. ಬಾರ್ಟೋನೆಲ್ಲಾ ಪ್ರಭೇದಗಳಲ್ಲಿ αr45 ಅಪ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್ ಜೀನ್ ಯಾವಾಗಲೂ ರೋಡನೇಸ್ ಡೊಮೇನ್ ಹೊಂದಿರುವ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗೆ ಸಂಕೇತವಾಗಿರುವುದು ಕಂಡುಬಂದಿದೆ. αr45 ಹೋಮೋಲಾಗ್ಗಳ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಪ್ರದೇಶಗಳಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚು ದೂರದ ಸಂಬಂಧಿತ α-ಪ್ರೋಟಿಯೋಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾಗಳಲ್ಲಿ (ಉದಾ. ಸ್ಟಾರ್ಕಿಯಾ, ಮೆಥೈಲೋಸೆಲ್ಲಾ ಅಥವಾ ಕ್ಸಾಂಥೋಬ್ಯಾಕ್ಟರ್ ಪ್ರಭೇದಗಳು) ಸಿಂಟೆನಿಯನ್ನು ಕೆಳಭಾಗದ ಆರ್ನಿಥೈನ್ ಡೆಸ್ಕಾರ್ಬಾಕ್ಸಿಲೇಸ್ ವಂಶವಾಹಿಗೆ ಸೀಮಿತಗೊಳಿಸಲಾಗಿತ್ತು. ಉಲ್ಲೇಖಗಳು ಆರ್ಎನ್ಎ