Αr15 RNA
αr15 ಎಂಬುದು ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಸಣ್ಣ ನಾನ್-ಕೋಡಿಂಗ್ ಆರ್ಎನ್ಎಗಳ ಒಂದು ಕುಟುಂಬವಾಗಿದ್ದು, ರೈಝೋಬಿಯಲ್ಸ್ ಕ್ರಮದಿಂದ α-ಪ್ರೋಟಿಯೋಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ವಿಶಾಲ ಗುಂಪಿನಲ್ಲಿ ಪ್ರತಿನಿಧಿಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ. ಈ ಕುಟುಂಬದ ಮೊದಲ ಸದಸ್ಯರು (ಎಸ್ಎಂಆರ್15ಸಿ1 ಮತ್ತು ಎಸ್ಎಂಆರ್ಸಿ15ಸಿ2) ಸಿನೋರ್ಹಿಜೋಬಿಯಂ ಮೆಲಿಲೋಟಿ 1021 ವರ್ಣತಂತು (ಸಿ) ಯ ಅದೇ ಇಂಟರ್ಜೆನಿಕ್ ಪ್ರದೇಶದಲ್ಲಿ (ಐಜಿಆರ್) ಜೋಡಿಸಲ್ಪಟ್ಟಿರುವುದು ಕಂಡುಬಂದಿದೆ. ಮತ್ತಷ್ಟು ಹೋಮೋಲಜಿ ಮತ್ತು ರಚನೆಯ ಸಂರಕ್ಷಣಾ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು ಹಲವಾರು ಸಾರಜನಕ-ಸ್ಥಿರೀಕರಣದ ಸಹಜೀವೀಯ ರೈಜೋಬಿಯಾದಲ್ಲಿ (ಅಂದರೆ, ಪೂರ್ಣ-ಉದ್ದದ ಎಸ್ಎಂಆರ್15ಸಿ1 ಮತ್ತು ಎಸ್ಎಂಆರ್15ಸಿ2 ಹೋಮೋಲಾಗ್ಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಿದೆ. ಆರ್. ಲೆಗುಮಿನೋಸಾರಮ್ ಬಿವಿ. ವಿಸಿಯಾ, ಆರ್. ಲೆಗುಮಿನೋಸಾರಮ್ ಬಿವಿ. ಟ್ರೈಫೋಲಿ, ಆರ್. ಎಟ್ಲಿ, ಮತ್ತು ಹಲವಾರು ಮೆಸೋರ್ಹಿಝೋಬಿಯಮ್ ಪ್ರಭೇದಗಳು), ಅಗ್ರೋಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಂ ಪ್ರಭೇದಗಳಿಗೆ ಸೇರಿದ ಸಸ್ಯ ರೋಗಕಾರಕಗಳಲ್ಲಿ (ಅಂದರೆ. ಎ. ಟ್ಯೂಮೆಫಾಸಿಯನ್ಸ್, ಎ. ವಿಟಿಸ್, ಎ. ರೇಡಿಯೋಬ್ಯಾಕ್ಟರ್, ಮತ್ತು ಅಗ್ರೋಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಂ ಎಚ್13) ಜೊತೆಗೆ ಬ್ರೂಸೆಲ್ಲಾ ಪ್ರಭೇದಗಳ (ಬಿ. ಓವಿಸ್, ಬಿ. ಕ್ಯಾನಿಸ್, ಬಿ. ಅಬಾರ್ಟಸ್ ಮತ್ತು ಬಿ. ಮೈಕ್ರೋಟಿಸ್, ಮತ್ತು ಬಿ. ಮೆಲಿಟೆನ್ಸಿಸ್ನ ಹಲವಾರು ಬಯೋವರ್ಗಳು) ವಿಶಾಲ ವರ್ಣಪಟಲದಲ್ಲಿ. ಎಸ್ಎಂಆರ್15ಸಿ1 (115 ಎನ್ಟಿ) ಮತ್ತು ಎಸ್ಎಂಆರ್15ಸಿ2 (121 ಎನ್ಟಿ) ಹೋಮೋಲಾಗ್ಗಳನ್ನು ಸಹ ರೈಝೋಬಿಯಮ್ ಮತ್ತು ಅಗ್ರೋಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಂ ಪ್ರಭೇದಗಳ ಅದೇ ಐಜಿಆರ್ ಪ್ರದೇಶದೊಳಗೆ ಎನ್ಕೋಡ್ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ, ಆದರೆ ಬ್ರೂಸೆಲ್ಲಾ ಪ್ರಭೇದಗಳಲ್ಲಿ αr15ಸಿ ಲೋಕಿಯು ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್ Iನ ಐಜಿಆರ್ಗಳಲ್ಲಿ ಹರಡಿದೆ. ಇದಲ್ಲದೆ, ಈ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು ಉಲ್ಲೇಖಿಸಲಾದ ಸಾರಜನಕ-ಸ್ಥಿರೀಕರಣ α-ಪ್ರೋಟಿಯೋಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಎಕ್ಸ್ಟ್ರಾ ಕ್ರೋಮೋಸೋಮಲ್ ಪ್ರತಿಕೃತಿಗಳಲ್ಲಿ ಮತ್ತು ಬ್ರೂಸೆಲ್ಲಾ ಪ್ರಭೇದದ ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್ II ರಲ್ಲಿ ಮೂರನೇ αr15 ಲೋಕಿಯನ್ನು ಸಹ ಗುರುತಿಸಿದೆ. αr15 ಆರ್ಎನ್ಎ ಪ್ರಭೇದಗಳು 99-121 ಎನ್ಟಿ ಉದ್ದವಾಗಿವೆ (ಕೋಷ್ಟಕ 1) ಮತ್ತು ಮೂರು ಕಾಂಡದ ಕುಣಿಕೆಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ಉತ್ತಮವಾಗಿ ವ್ಯಾಖ್ಯಾನಿಸಲಾದ ಸಾಮಾನ್ಯ ದ್ವಿತೀಯಕ ರಚನೆಯನ್ನು ಹಂಚಿಕೊಳ್ಳುತ್ತವೆ (ಚಿತ್ರ 1). αr15 ಕುಟುಂಬದ ನಕಲುಗಳನ್ನು α-ಪ್ರೋಟಿಯೋಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಲ್ ಜೀನೋಮ್ಗಳ ಇಂಟರ್ಜೆನಿಕ್ ಪ್ರದೇಶಗಳಲ್ಲಿ (ಐಜಿಆರ್) ಗುರುತಿಸಬಹುದಾದ ಪ್ರವರ್ತಕ ಮತ್ತು ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಮುಕ್ತಾಯ ಸಹಿಗಳೊಂದಿಗೆ ಸ್ವತಂತ್ರ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಘಟಕಗಳಿಂದ ಎನ್ಕೋಡ್ ಮಾಡಲಾದ ಟ್ರಾನ್ಸ್-ಆಕ್ಟಿಂಗ್ ಎಸ್ಆರ್ಎನ್ಎಗಳಾಗಿ ಪಟ್ಟಿ ಮಾಡಬಹುದು (ಚಿತ್ರ 5). ಆವಿಷ್ಕಾರ ಮತ್ತು ರಚನೆ ಎಸ್ಎಂಆರ್15ಸಿ1 ವೈ ಎಸ್ಎಂಆರ್15ಸಿ2 ಎಸ್ಆರ್ಎನ್ಎಗಳನ್ನು ಡೆಲ್ ವ್ಯಾಲ್ ಮತ್ತು ಇತರರು ವಿವರಿಸಿದ್ದಾರೆ, ಇದು ಎಸ್. ಮೆಲಿಲೋಟಿ 1021 ಸ್ಟ್ರೈನ್ (http://iant.toulouse.inra.fr/bacteria/annotation/cgi/rhime.cgi) ಉಲ್ಲೇಖದ ಇಂಟರ್ಜೆನಿಕ್ ಪ್ರದೇಶಗಳಲ್ಲಿ (ಐಜಿಆರ್) ಕಂಪ್ಯೂಟೇಶನಲ್ ತುಲನಾತ್ಮಕ ಜೀನೋಮಿಕ್ ವಿಧಾನದ ಪರಿಣಾಮವಾಗಿದೆ. ಎಸ್ಎಂಆರ್15ಸಿ1 ವೈ ಎಸ್ಎಂಆರ್15ಸಿ2ನ ಪ್ರಾಥಮಿಕ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಅನುಕ್ರಮವು ಹೆಚ್ಚಿನ ಹೋಲಿಕೆಯನ್ನು (84 ಪ್ರತಿಶತ ಗುರುತು) ತೋರಿಸಿದರೂ, ಪ್ರತಿ ಎಸ್ಆರ್ಎನ್ಎಗೆ ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಶೋಧಕಗಳನ್ನು ವಿನ್ಯಾಸಗೊಳಿಸಬಹುದು, ಇದು ವಿಭಿನ್ನ ಗಾತ್ರ ಮತ್ತು ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ಪ್ರೊಫೈಲ್ಗಳ ನಕಲುಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆ ಮಾಡುತ್ತದೆ. ಟಿಎಪಿ-ಆಧಾರಿತ 5 '-ಆರ್ಎಸಿಇ ಪ್ರಯೋಗಗಳು ಎಸ್. ಮೆಲಿಲೋಟಿ 1021 ಜೀನೋಮ್ನಲ್ಲಿ (http://iant.toulouse.inra.fr/bacteria/annotation/cgi/rhime.cgi) ಎಸ್ಎಂಆರ್15ಸಿ1 ಮತ್ತು ಎಸ್ಎಂಆರ್15ಸಿ2 ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಷನ್ ಸ್ಟಾರ್ಟ್ ಸೈಟ್ಗಳನ್ನು (ಟಿಎಸ್ಎಸ್) ಮ್ಯಾಪ್ ಮಾಡಿವೆ. ಎಸ್ಎಂಆರ್15ಸಿ1 ಟಿಎಸ್ಎಸ್ ಅನ್ನು ಕ್ರೋಮೋಸೋಮಲ್ ಸ್ಥಾನ 1698731 ಎನ್ಟಿ ಮತ್ತು ಎಸ್ಎಂಆರ್15ಸಿ2ನ ಟಿಎಸ್ಎಸ್ ಅನ್ನು ಎನ್ಟಿ 1698937 ಗೆ ಮ್ಯಾಪ್ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ. 3 '-ತುದಿಗಳು ಕ್ರಮವಾಗಿ 1698617 nt ಮತ್ತು 1698817 nt ನಲ್ಲಿವೆ ಎಂದು ಭಾವಿಸಲಾಗಿತ್ತು, ಇದು ಪ್ರಾಮಾಣಿಕವಾದ ರೋ-ಸ್ವತಂತ್ರ ಟರ್ಮಿನೇಟರ್ (ಚಿತ್ರ 5) ನ ಸತತ ಯು. ಎಸ್. ವಿಸ್ತರಣೆಯ ಕೊನೆಯ ಅವಶೇಷಕ್ಕೆ ಹೊಂದಿಕೆಯಾಗುತ್ತದೆ. ಸಮಾನಾಂತರ ಮತ್ತು ನಂತರದ ಅಧ್ಯಯನಗಳು, ಇದರಲ್ಲಿ ಎಸ್ಎಂಆರ್15ಸಿ1 ಮತ್ತು ಎಸ್ಎಂಆರ್15ಸಿ2 ನಕಲುಗಳನ್ನು ಎಸ್ಆರ್ಎ41 ಅಥವಾ ಎಸ್ಎಂ3/ಎಸ್ಎಂ3 'ನ ಎರಡು ಪ್ರತಿಗಳು ಎಂದು ಉಲ್ಲೇಖಿಸಲಾಗಿದೆ, ಎಸ್. ಮೆಲಿಲ್ಲೋಟಿ ಮತ್ತು ಅದರ ನಿಕಟ ಸಂಬಂಧಿತ ತಳಿ 2011ರಲ್ಲಿ ಈ ಎಸ್ಆರ್ಎನ್ಎಗಳ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯನ್ನು ಸ್ವತಂತ್ರವಾಗಿ ದೃಢಪಡಿಸಿದೆ. ಎಸ್. ಮೆಲಿಲೋಟಿ 2011 ರ ಸಣ್ಣ ಆರ್ಎನ್ಎ ಭಾಗ (50-350 ಎನ್ಟಿ) ದ ಇತ್ತೀಚಿನ ಆಳವಾದ ಅನುಕ್ರಮ-ಆಧಾರಿತ ಗುಣಲಕ್ಷಣವು ಎಸ್ಎಂಆರ್15ಸಿ1 ಮತ್ತು ಎಸ್ಎಂಆರ್15ಸಿ2 ನ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯನ್ನು ಸಹ ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸಿದೆ, ಇಲ್ಲಿ ಅನುಕ್ರಮವಾಗಿ ಎಸ್ಎಂಇಎಲ್ಸಿ411 ಮತ್ತು ಎಸ್ಎಂಇಎಲ್ಸಿ412 ಎಂದು ಉಲ್ಲೇಖಿಸಲಾಗಿದೆ, ಇದು ಪೂರ್ಣ-ಉದ್ದದ ನಕಲುಗಳ 5 '-ಮತ್ತು 3'-ತುದಿಗಳನ್ನು ಮೂಲಭೂತವಾಗಿ ಡೆಲ್ ವ್ಯಾಲ್ ಮತ್ತು ಇತರರಂತೆಯೇ ಅದೇ ಸ್ಥಾನಗಳಿಗೆ ಮ್ಯಾಪ್ ಮಾಡುತ್ತದೆ. ಎಸ್. ಮೆಲಿಲೋಟಿ 1021 ವರ್ಣತಂತು. ಆದಾಗ್ಯೂ, ಈ ಅಧ್ಯಯನವು 1698948ನೇ ಸ್ಥಾನದಲ್ಲಿ ಎಸ್ಎಂಆರ್15ಸಿ2ಗೆ ಹೆಚ್ಚುವರಿ ಟಿಎಸ್ಎಸ್ ಅನ್ನು ಗುರುತಿಸಿದೆ. ಎಸ್. ಎಂ. ಆರ್. 15ಸಿ1 ಮತ್ತು ಎಸ್. ಎಂ. ಆರ್. 15ಸಿ2 ಗಳ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಆರಂಭದಲ್ಲಿ ಆರ್ಫಾಮ್ ದತ್ತಸಂಚಯದ ವಿರುದ್ಧ ಹುಡುಕಲು ಪ್ರಶ್ನೆಯಾಗಿ ಬಳಸಲಾಗುತ್ತಿತ್ತು (ಆವೃತ್ತಿ 10; <ಐ. ಡಿ. 1>). ಈ ಹುಡುಕಾಟವು ಎರಡನೇ ಹೇರ್ ಪಿನ್ ಮತ್ತು ರೋ-ಇಂಡಿಪೆಂಡೆಂಟ್ ಟರ್ಮಿನೇಟರ್ಗೆ ಸೀಮಿತವಾದ ಎರಡೂ ನಕಲುಗಳ ಭಾಗಶಃ ಏಕರೂಪತೆಯನ್ನು ಸುಹ್ಬಿ (http://rfam.xfam.org/family/RF00519) ಎಂದು ಕರೆಯಲಾಗುವ ಆರ್. ಎಫ್. 0519 ಕುಟುಂಬದ ಆರ್. ಎನ್. ಎ. ಗಳಿಗೆ ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸಿತು. ಆದಾಗ್ಯೂ, ಈ ದತ್ತಸಂಚಯದಲ್ಲಿ ಪೂರ್ಣ-ಉದ್ದದ ಎಸ್ಆರ್ಎನ್ಎಗಳ ಯಾವುದೇ ರಚನಾತ್ಮಕ ಹೋಮೋಲಾಗ್ಗಳು ಕಂಡುಬಂದಿಲ್ಲ. ಪ್ರಸ್ತುತ ಲಭ್ಯವಿರುವ ಎಲ್ಲಾ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಜೀನೋಮ್ಗಳ ವಿರುದ್ಧ ಪೂರ್ವನಿಯೋಜಿತ ನಿಯತಾಂಕಗಳೊಂದಿಗೆ ಎರಡೂ S.melilloti αr15 sRNAಗಳನ್ನು ಸಹ ಬ್ಲಾಸ್ಟ್ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ (20 ಏಪ್ರಿಲ್ 2011 ರಂದು 1,615 ಅನುಕ್ರಮಗಳು; https://www.ncbi.nlm.nih.gov). ಪ್ರಶ್ನೆಯ ಅನುಕ್ರಮಕ್ಕೆ (78-89% ಹೋಲಿಕೆ) ಗಮನಾರ್ಹ ಏಕರೂಪತೆಯನ್ನು ಪ್ರದರ್ಶಿಸುವ ಪ್ರದೇಶಗಳನ್ನು ಇನ್ಫರ್ನಲ್ (version1.0) (ಚಿತ್ರ 2) ಬಳಸಿ ಬೀಜ ಜೋಡಣೆಯಿಂದ ಕೋವೇರಿಯನ್ಸ್ ಮಾಡೆಲ್ (CM) ಅನ್ನು ರಚಿಸಲು ಹೊರತೆಗೆಯಲಾಗಿದೆ. ಅಸ್ತಿತ್ವದಲ್ಲಿರುವ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಜೀನೋಮಿಕ್ ದತ್ತಸಂಚಯಗಳಲ್ಲಿ αr15 ಕುಟುಂಬದ ಹೊಸ ಸದಸ್ಯರಿಗಾಗಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ಹುಡುಕಾಟದಲ್ಲಿ ಈ CM ಅನ್ನು ಬಳಸಲಾಯಿತು. ಕುಟುಂಬದ ಒಮ್ಮತದ ದ್ವಿತೀಯ ರಚನೆಯನ್ನು ಕಂಡುಹಿಡಿಯಲು ಫಲಿತಾಂಶಗಳನ್ನು ಕೈಯಿಂದ ಪರಿಶೀಲಿಸಲಾಗಿದೆ (ಚಿತ್ರ 1 ಮತ್ತು ಚಿತ್ರ 2). ಪಡೆದ ಮುನ್ಸೂಚನೆಗಳನ್ನು ಹೋಲಿಸಿ ಲೋಕಾರ್ನೇಟ್ ಪ್ರೋಗ್ರಾಂನೊಂದಿಗೆ ಒಮ್ಮತದ ರಚನೆಯನ್ನು ಸಹ ಸ್ವತಂತ್ರವಾಗಿ ಊಹಿಸಲಾಗಿದೆ. ಇನ್ಫರ್ನಲ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಸಿಎಮ್ನೊಂದಿಗೆ ಕಂಡುಬರುವ ಅನುಕ್ರಮಗಳ ಹಸ್ತಚಾಲಿತ ತಪಾಸಣೆಯು ಜಾತಿಜನ್ಯವಾಗಿ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ α-ಪ್ರೋಟಿಯೋಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಲ್ ಜೀನೋಮ್ಗಳಲ್ಲಿ 38 ನಿಜವಾದ ಹೋಮೋಲಾಗ್ಗಳನ್ನು ಕಂಡುಹಿಡಿಯಲು ಅವಕಾಶ ಮಾಡಿಕೊಟ್ಟಿತು. 26 ಹತ್ತಿರದ αr15 ಕುಟುಂಬದ ಸದಸ್ಯರು ಎಸ್. ಮೆಲಿಲ್ಲೋಟಿಯನ್ನು ಹೊರತುಪಡಿಸಿ ಈ ಕೆಳಗಿನ ಪ್ರಭೇದಗಳಿಗೆ ಒಂದೇ ವರ್ಣತಂತು ಐಜಿಆರ್ಗಳಲ್ಲಿ ಅನುಕ್ರಮವಾಗಿ ಕಂಡುಬಂದಿವೆಃ ಸಿನೋರಿಝೋಬಿಯಮ್ ಪ್ರಭೇದಗಳುಃ ಎಸ್. ಮೆಡಿಕೇ ಮತ್ತು ಎಸ್. ಫ್ರೆಡಿ ರೈಝೋಬಿಯಮ್ ಪ್ರಭೇದಗಳುಃ ಎರಡು ಆರ್. ಲೆಗುಮಿನೋಸರಮ್ ಟ್ರೈಫೋಲಿ ಪ್ರಭೇದಗಳು (ಡಬ್ಲ್ಯುಎಸ್ಎಂ304 ಮತ್ತು ಡಬ್ಲ್ಯುಎಸ್ಎಂ35), ಎರಡು ಆರ್. ಎಟ್ಲಿ ಪ್ರಭೇದಗಳು ಸಿಎಫ್ಎನ್ 42 ಮತ್ತು ಸಿಐಎಟಿ 652, ಉಲ್ಲೇಖ ಆರ್. ಲೆಗುಮಿನೋಸರಮ್ ಬಿವಿ. ವಿಸಿಯಾ 3841 ಅಗ್ರೋಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಂ ಪ್ರಭೇದಗಳುಃ ಎ. ವಿಟಿಸ್, ಎ. ಟ್ಯೂಮ್ಫೇಸಿಯನ್ಸ್, ಎ. ರೇಡಿಯೋಬ್ಯಾಕ್ಟರ್ ಮತ್ತು ಎ. ಎಚ್13 ಈ ಎಲ್ಲಾ ಅನುಕ್ರಮಗಳು ಗಮನಾರ್ಹ ಬಿಟ್ ಸ್ಕೋರ್ಗಳು ಮತ್ತು ಇನ್ಫರ್ನಲ್ ಇ-ಮೌಲ್ಯಗಳನ್ನು (1.71e-28-2.03e-20) ತೋರಿಸಿದವು. ಆದಾಗ್ಯೂ, ಉಲ್ಲೇಖಿಸಲಾದ ಎಲ್ಲಾ α-ಪ್ರೋಟಿಯೋಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಲ್ ಜೀನೋಮ್ಗಳ ಪ್ಲಾಸ್ಮಿಡಿಕ್ ಪ್ರತಿಗಳು ಮತ್ತು ಬ್ರೂಸೆಲ್ಲಾ ಪ್ರಭೇದಗಳಿಂದ (ಬಿ. ಓವಿಸ್, ಬಿ. ಕ್ಯಾನಿಸ್, ಬಿ. ಅಬಾರ್ಟಸ್, ಬಿ. ಮೈಕ್ರೋಟಿಸ್, ಮತ್ತು ಬಿ. ಮೆಲಿಟೆನ್ಸಿಸ್ನ ಹಲವಾರು ಬಯೋವರ್ಗಳು) ಎನ್ಕೋಡ್ ಮಾಡಲಾದ ಆ αr15 ಸದಸ್ಯರ ಪ್ಲಾಸ್ಮಿಡಿಕ್ ಪ್ರತಿಗಳು, ಬ್ರೂಸೆಲ್ಲಾ ಆಂಥ್ರೋಪಿ ಮತ್ತು ಮೆಸೋರ್ಹಿಝೋಬಿಯಮ್ ಹೆಚ್ಚಿನ ಇ-ಮೌಲ್ಯಗಳನ್ನು (1e-19 ಮತ್ತು 8e-03) ನಡುವೆ ನೀಡಿತು ಆದರೆ ಬಹಳ ಕಡಿಮೆ ಬಿಟ್-ಸ್ಕೋರ್ಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿತ್ತು. ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ಮತ್ತು ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಮಾಹಿತಿ ಹಲವಾರು ಅಧ್ಯಯನಗಳು ಎಸ್. ಮೆಲಿಲೋಟಿ 1021 ರಲ್ಲಿ ವಿವಿಧ ಜೈವಿಕ ಪರಿಸ್ಥಿತಿಗಳಲ್ಲಿ ಎಸ್ಎಂಆರ್15ಸಿ1 ಮತ್ತು ಎಸ್ಎಂಆರ್15ಸಿ2 ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯನ್ನು ಮೌಲ್ಯಮಾಪನ ಮಾಡಿವೆ; ಅಂದರೆ. ಟಿ. ವೈ. ಯಲ್ಲಿ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಬೆಳವಣಿಗೆ, ಕನಿಷ್ಠ ಮಧ್ಯಮ (ಎಂ. ಎಂ.) ಮತ್ತು ಲ್ಯುಟಿಯೋಲಿನ್-ಎಂ. ಎಂ. ಸಾರು ಮತ್ತು ಎಂಡೋಸಿಂಬಯೋಟಿಕ್ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾ (ಅಂದರೆ. ಪ್ರೌಢ ಸಹಜೀವನದ ಆಲ್ಫಾಲ್ಫಾ ಗಂಟುಗಳು), ಹೆಚ್ಚಿನ ಉಪ್ಪಿನ ಒತ್ತಡ, ಆಕ್ಸಿಡೇಟಿವ್ ಒತ್ತಡ ಮತ್ತು ಶೀತ ಮತ್ತು ಬಿಸಿ ಆಘಾತದ ಒತ್ತಡಗಳು. ಫಲಿತಾಂಶಗಳು ಎರಡೂ ಎಸ್ಆರ್ಎನ್ಎಗಳಿಗೆ ವಿಭಿನ್ನ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ಪ್ರೊಫೈಲ್ಗಳನ್ನು ತೋರಿಸಿದವು, ಇದು ಒಂದೇ ಐಜಿಆರ್ (ಚಿತ್ರ 4 ಮತ್ತು ಚಿತ್ರ 5) ಒಳಗೆ ಸ್ವತಂತ್ರ ಮತ್ತು ವಿಭಿನ್ನವಾಗಿ ನಿಯಂತ್ರಿತ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಘಟಕಗಳಲ್ಲಿ ಅವರ ಸಂಸ್ಥೆಗೆ ಅನುಗುಣವಾಗಿದೆ. ಸ್ವತಂತ್ರವಾಗಿ ಬದುಕುವ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾಗಳಲ್ಲಿನ ಎಸ್. ಎಂ. ಆರ್. 15ಸಿ1 ಮತ್ತು ಎಸ್. ಎಂ. ಆರ್. 15ಸಿ2 ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಗಳು ಬೆಳವಣಿಗೆಯ ಮೇಲೆ ಅವಲಂಬಿತವಾಗಿವೆ ಆದರೆ ವಿರುದ್ಧವಾದ ರೀತಿಯಲ್ಲಿ ಕಂಡುಬರುತ್ತವೆ. ಎಸ್. ಎಂ. ಆರ್. 15ಸಿ1 ಸ್ಥಿರ ಹಂತದಲ್ಲಿ ಸಂಗ್ರಹವಾಗಿದ್ದರೆ, ಎಸ್. ಎಂ. ಆರ್. 15ಸಿ2 ಎಂಬುದು ಸ್ವತಂತ್ರವಾಗಿ ಬದುಕುವ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾಗಳಲ್ಲಿರುವ ಎಸ್. ಎಂ. ಆರ್. 15ಸಿ1 ಮತ್ತು ಎಸ್. ಎಂ. ಆರ್. 15ಸಿ2 ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಗಳು ಬೆಳವಣಿಗೆಯ ಮೇಲೆ ಅವಲಂಬಿತವಾಗಿವೆ ಆದರೆ ವಿರುದ್ಧವಾದ ರೀತಿಯಲ್ಲಿ ಕಂಡುಬರುತ್ತವೆ. ಎಸ್. ಎಂ. ಆರ್. 15ಸಿ1 ಸ್ಥಿರ ಹಂತದಲ್ಲಿ ಸಂಗ್ರಹವಾಗಿದ್ದರೆ, ಎಸ್. ಎಂ. ಆರ್. 15ಸಿ2 ಅನ್ನು ಲಾಗ್ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಕಲ್ಚರ್ಗಳಲ್ಲಿ ಆದ್ಯತೆಯಾಗಿ ವ್ಯಕ್ತಪಡಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಹೆಚ್ಚುವರಿಯಾಗಿ, ಷ್ಲುಟರ್ ಮತ್ತು ಇತರರು. ಇತ್ತೀಚೆಗೆ ಕೋಲ್ಡ್ ಶಾಕ್ ಒತ್ತಡದಲ್ಲಿ ಎಸ್. ಎಂ. ಆರ್. 15ಸಿ2ನ ಅಪ್-ರೆಗ್ಯುಲೇಷನ್ ಅನ್ನು ವಿವರಿಸಲಾಗಿದೆ, ಆದರೆ ಎಸ್. ಎಂ. ಆರ್. 15ಸಿ1 ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯಲ್ಲಿ ತಾಪಮಾನದ ಕುಸಿತದ ಯಾವುದೇ ಪರಿಣಾಮಗಳು ಕಂಡುಬಂದಿಲ್ಲ. ಎಸ್. ಎಂ. ಆರ್. 15ಸಿ1 ಮತ್ತು ಎಸ್. ಎಂ. ಆರ್. 15ಸಿ2ಗಳ ಬೆಳವಣಿಗೆ-ಅವಲಂಬಿತ ವಿರುದ್ಧ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ಪ್ರೊಫೈಲ್ಗಳನ್ನು, ವಿಲ್ಮ್ಸ್ ಮತ್ತು ಇತರರು ಕ್ರಮವಾಗಿ ಅಬ್ಸಿಆರ್1 ಮತ್ತು ಅಬ್ಸಿಆರ್2 ಎಂದು ಉಲ್ಲೇಖಿಸಿರುವ ಏಗ್ರೋಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಂ ಟ್ಯೂಮ್ಫೇಸಿಯನ್ಸ್ ಪ್ರತಿರೂಪಗಳಲ್ಲಿ ಗಮನಿಸಲಾಗಿಲ್ಲ. (ಈ ಕೃತಿಯಲ್ಲಿ ATr15C1 ಮತ್ತು ATr15C2). ಎ. ಬಿ. ಸಿ. ಆರ್. 1 ಮತ್ತು ಎ. ಬಿ. ಸಿ. ಆರ್. 2 ಏಕಕಾಲದಲ್ಲಿ ಪ್ರಚೋದಿಸಲ್ಪಡುತ್ತವೆ ಮತ್ತು ಎರಡೂ ಸ್ಥಿರ ಹಂತದಲ್ಲಿ ಸಂಗ್ರಹವಾಗುತ್ತವೆ. ಈ ನಡವಳಿಕೆಯು ಎ. ಬಿ. ಸಿ. ಆರ್. 1 ಮತ್ತು ಎ. ಬಿ. ಸಿ. ಆರ್. 2 ಒಂದೇ ರೀತಿಯ ಪ್ರವರ್ತಕ-ರೀತಿಯ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿವೆ ಎಂಬ ಅಂಶವನ್ನು ಒಪ್ಪುತ್ತದೆ, ಇವು ಎಸ್. ಎಂ. ಆರ್. 15ಸಿ2 ಅನ್ನು ಹೋಲುತ್ತವೆ, ಆದರೆ ಎಸ್. ಎಂ. ಆರ್. 15ಸಿ1 ನ ಪ್ರವರ್ತಕ ಅನುಕ್ರಮಕ್ಕೆ ಹೋಲುವುದಿಲ್ಲ (ಪ್ರವರ್ತಕ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ನೋಡಿ). ಇದಲ್ಲದೆ, ಎಬಿಸಿಆರ್ ವಂಶವಾಹಿಗಳ ಕಾರ್ಯಚಟುವಟಿಕೆಯ ಮೊದಲ ವಿಧಾನವು ಈ ಎಸ್ಆರ್ಎನ್ಎಗಳು ಎಚ್ಎಫ್ಕ್ಯು-ಅವಲಂಬಿತ ರೀತಿಯಲ್ಲಿ ಅನುಗುಣವಾದ ಎಬಿಸಿ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಪೋರ್ಟರ್ ವಂಶವಾಹಿಗಳ ಡೌನ್-ರೆಗ್ಯುಲೇಷನ್ ಮೂಲಕ ಜಿಎಬಿಎ ಅಪ್ ಟೇಕ್ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯನ್ನು ಮೌನಗೊಳಿಸುತ್ತವೆ ಎಂದು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸಿತು. ಕೆಲವು ಸಸ್ಯ-ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳಲ್ಲಿ ರೈಜೋಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದಿಂದ ಗುರುತಿಸಲ್ಪಟ್ಟ ಸಸ್ಯ ಸಂಕೇತಗಳಲ್ಲಿ ಜಿಎಬಿಎ ಒಂದಾಗಿದೆ. ಹೀಗಾಗಿ, ಈ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು, ಸಸ್ಯ ರಕ್ಷಣಾ ಕಾರ್ಯವಿಧಾನವನ್ನು ಬುಡಮೇಲು ಮಾಡಲು ಎ. ಟ್ಯೂಮೆಫೇಸಿಯನ್ಸ್ ಬಳಸುವ ಮಾರ್ಗವಾಗಿ ಜಿಎಬಿಎ ಅಪ್ ಟೇಕ್ ಸಿಸ್ಟಮ್ನ ಸಂಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಸ್ಥಗಿತಗೊಳಿಸುವುದನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತವೆ. ಇತ್ತೀಚಿನ ಸಹ-ಇಮ್ಯುನೊಪ್ರೆಸಿಪಿಟೇಶನ್ ಪ್ರಯೋಗವು, ಎಸ್ಎಂಆರ್15ಸಿ1 ಮತ್ತು ಎಸ್ಎಂಆರ್15ಸಿ2 ಎರಡೂ ಎಸ್. ಮೆಲಿಲೋಟಿ ಆರ್ಎನ್ಎ ಚಾಪೆರೋನ್ ಎಚ್ಎಫ್ಕ್ಯು ಅನ್ನು ಬಂಧಿಸುತ್ತವೆ ಎಂದು ತೋರಿಸಿದೆ, ಈ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದಲ್ಲಿನ ಈ ನಕಲುಗಳಿಗೆ ಸಹ ಒಂದು ಪಾತ್ರವನ್ನು ಬೆಂಬಲಿಸುತ್ತದೆ, ಏಕೆಂದರೆ ಟ್ರಾನ್ಸ್-ಆಕ್ಟಿಂಗ್ ಆಂಟಿಸೆನ್ಸ್ riboregulators.They ಸಹ ಉತ್ತಮ-ಟ್ಯೂನ್ ಪೋಷಕಾಂಶಗಳನ್ನು ತೆಗೆದುಕೊಳ್ಳುತ್ತದೆ ಎಂದು ತೋರಿಸಲಾಗಿದೆ. ಪ್ರವರ್ತಕ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ ಎಲ್ಲಾ αr15 ಲೋಕಿಯು ಗುರುತಿಸಬಹುದಾದ σ70-ಅವಲಂಬಿತ ಪ್ರವರ್ತಕರನ್ನು ಹೊಂದಿದ್ದು, ಇದು-35/- 10 ಒಮ್ಮತದ ಲಕ್ಷಣವಾದ ಸಿಟಿಟಿಜಿಎಸಿ-ಎನ್17-ಸಿಟಿಎಟಿಎಟಿಯನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ, ಇದನ್ನು ಈ ಹಿಂದೆ ಪ್ರೋಟಿಯೋಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ α-ಉಪಗುಂಪಿನಲ್ಲಿನ ಹಲವಾರು ಇತರ ಕುಲಗಳಲ್ಲಿ ವ್ಯಾಪಕವಾಗಿ ಸಂರಕ್ಷಿಸಲಾಗಿದೆ ಎಂದು ತೋರಿಸಲಾಗಿದೆ. ಈ ಪ್ರವರ್ತಕ ಪ್ರದೇಶಗಳ ಬಹು ಅನುಕ್ರಮ ಜೋಡಣೆಯು ಎಸ್. ಮೆಲಿಲೋಟಿ, S.fredii ಮತ್ತು ಎಸ್. ಮೆಡಿಕೇ αr15ಸಿ1 ಪ್ರವರ್ತಕರನ್ನು ಹೊರತುಪಡಿಸಿ ಎಲ್ಲಾ αr15 ಲೋಕಿಯಲ್ಲಿ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಪ್ರಾರಂಭದ ಸ್ಥಳದ 80 ಬಿಪಿ ಅಪ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್ ವರೆಗೆ ವಿಸ್ತರಿಸಿರುವ ಸಂರಕ್ಷಿತ ಅನುಕ್ರಮ ವಿಸ್ತರಣೆಯನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸಿತು. ಇತರ ತಿಳಿದಿರುವ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಅಂಶಗಳಿಗೆ ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಸೈಟ್ಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ನಾವು ರೆಗ್ಪ್ರೆಡಿಕ್ಷನ್ (http://regpredict.lbl.gov/regpredict/help.html) ಒದಗಿಸಿದ ಫಾಸ್ಟಾ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಬಳಸಿದ್ದೇವೆ ಮತ್ತು ರೆಗ್ಯುಲಾನ್ಡಿಬಿ (http://regulondb.ccg.unam.mx) ಒದಗಿಸಿದ ಸ್ಥಾನ ತೂಕದ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ಗಳನ್ನು (ಪಿಎಸ್ಡಬ್ಲ್ಯೂಎಂ) ಬಳಸಿದ್ದೇವೆ. ನಾವು ಒಮ್ಮತ/ಪ್ಯಾಟ್ಸರ್ ಪ್ರೋಗ್ರಾಂ ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ರೆಗ್ಪ್ರೆಡಿಕ್ಷನ್ ಅನುಕ್ರಮಗಳಿಂದ ಪ್ರತಿ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಅಂಶಕ್ಕೆ ಪಿಎಸ್ಡಬ್ಲ್ಯೂಎಂ ಅನ್ನು ನಿರ್ಮಿಸಿದೆವು, 14 ಮತ್ತು 30 ರ ನಡುವಿನ ಉದ್ದೇಶದ ಉದ್ದಗಳಿಗೆ ಅತ್ಯುತ್ತಮ ಅಂತಿಮ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ ಅನ್ನು ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡಿ, ಪ್ರತಿ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ಗೆ ಮಿತಿ ಸರಾಸರಿ ಇ-ಮೌಲ್ಯ <10ಇ-10 ಅನ್ನು ಸ್ಥಾಪಿಸಲಾಗಿದೆ, (http://gps-tools2.its.yale.edu ನಲ್ಲಿ "ಥ್ರೆಶೋಲ್ಡ್ ಒಮ್ಮತ" ಅನ್ನು ನೋಡಿ). ಇದಲ್ಲದೆ, ನಾವು ಎಮ್ಇಎಂಇ (http://meme.sdsc.edu/meme4_6_1/intro.html) ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಸಂರಕ್ಷಿತ ಅಜ್ಞಾತ ಲಕ್ಷಣಗಳನ್ನು ಹುಡುಕಿದೆವು ಮತ್ತು ಶಾಂತವಾದ ನಿಯಮಿತ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಗಳನ್ನು ಬಳಸಿದ್ದೇವೆ (ಅಂದರೆ. ಮಾದರಿ ಹೊಂದಾಣಿಕೆ) ಎಲ್ಲಾ αr15 ಹೋಮೋಲಾಗ್ಸ್ ಪ್ರವರ್ತಕರ ಮೇಲೆ. ಈ ಅಧ್ಯಯನಗಳು ಎಸ್. ಮೆಲಿಲ್ಲೋಟಿ, S.fredii ಮತ್ತು ಎಸ್. ಮೆಡಿಕೈ αr15ಸಿ1 ಎಸ್ಆರ್ಎನ್ಎಗಳು ಮತ್ತು ಉಳಿದ αr15 ಕುಟುಂಬದ ಸದಸ್ಯರ ನಡುವಿನ ನಿಯಂತ್ರಣದಲ್ಲಿನ ವ್ಯತ್ಯಾಸವನ್ನು ಅವುಗಳ ಮೂಲದ ಗುಂಪು (ರೈಝೋಬಿಯಮ್ ಅಥವಾ ಅಗ್ರೋಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಂ) ಮತ್ತು ಜೀನೋಮಿಕ್ ಸ್ಥಳ (αr15ಸಿ1, αr15ಸಿ2, αr15ಪ್ಲಾಸ್ಮಿಡ್) (ಚಿತ್ರ 4) ಸ್ವತಂತ್ರವಾಗಿ ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸಿದವು. ಕುಟುಂಬದ ಉಳಿದ ಸದಸ್ಯರು-36 ಮತ್ತು-75 ಸ್ಥಾನಗಳ ನಡುವೆ 30 ಬಿಪಿ ಉದ್ದದ ಪ್ರದೇಶವನ್ನು ಚೆನ್ನಾಗಿ ಸಂರಕ್ಷಿಸಿದರು. ಈ ಸಂರಕ್ಷಿತ ಪ್ರದೇಶವನ್ನು ಟಾಮ್ಟಾಮ್ನೊಂದಿಗೆ ತಿಳಿದಿರುವ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಅಂಶದ ವಿಶಿಷ್ಟ ಲಕ್ಷಣಗಳ ದತ್ತಸಂಚಯಗಳನ್ನು ಪ್ರಶ್ನಿಸಲು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತಿತ್ತು, ಅತ್ಯುತ್ತಮ ಹೊಂದಾಣಿಕೆಯ ವಿಶಿಷ್ಟ ಲಕ್ಷಣವೆಂದರೆ ಎಸ್ಎಂಬಿ20667 _ ರೈಝೋಬಿಯಲ್ಸ್, ಇದು ರೆಗ್ಟ್ರಾನ್ಸ್ಬೇಸ್ಗೆ (http://regtransbase.lbl.gov/cgi-bin/regtransbase?page=main) ಸೇರಿದೆ. ಎಸ್ಎಂಬಿ20667 ಲ್ಯಾಸಿ ಕುಟುಂಬಕ್ಕೆ ಸೇರಿದ ರೈಝೋಬಿಯಲ್ಸ್ನಲ್ಲಿನ ಡೈಕಾರ್ಬಾಕ್ಸಿಲೇಟ್ ಮೆಟಾಬಾಲಿಸಮ್ ರೆಗ್ಯುಲೇಟರ್ಗೆ ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಸೈಟ್ಗೆ ಅನುರೂಪವಾಗಿದೆ. ಈ ವಿಶಿಷ್ಟ ಲಕ್ಷಣವನ್ನು ಟಾರ್ಟ್ರೇಟ್ ಡಿಹೈಡ್ರೋಜಿನೇಸ್, ಸಕ್ಸಿನೇಟ್ ಸೆಮಿಯಾಲ್ಡಿಹೈಡ್ ಡಿಹೈಡ್ರೋಜಿನೇಸ್, 3-ಹೈಡ್ರಾಕ್ಸಿಐಸೋಬ್ಯುಟೈರೇಟ್ ಡಿಹೈಡ್ರೋಜಿನೇಸ್ ಮತ್ತು ಎಸ್. ಮೆಲಿಲೋಟಿಯಲ್ಲಿ ಹೈಡ್ರಾಕ್ಸಿಪೈರುವೇಟ್ ಐಸೊಮೆರೇಸ್ ಮತ್ತು ಹಲವಾರು ರೈಝೋಬಿಯಮ್ಗಳ ಕ್ಲಸ್ಟರಿಂಗ್ ಜೀನ್ಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ಇದನ್ನು ಪ್ರವರ್ತಕ ಜೋಡಣೆ ಚಿತ್ರದಲ್ಲಿ (ಚಿತ್ರ 5) ಕಿತ್ತಳೆ ಬಣ್ಣದ ಪೆಟ್ಟಿಗೆಯೊಂದಿಗೆ ಗುರುತಿಸಲಾಗಿದೆ. ಇದಲ್ಲದೆ, ಸಿನೋರಿಝೋಬಿಯಮ್ ಪ್ರಭೇದ αr15C1 ನ ಪ್ರವರ್ತಕ ಪ್ರದೇಶದಲ್ಲಿ ಎಂಇಎಂಇ ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಮತ್ತೊಂದು ಸಂರಕ್ಷಿತ ಅನುಕ್ರಮವು ಕಂಡುಬಂದಿದೆ. ಈ ಸಂರಕ್ಷಿತ ಪ್ರದೇಶವನ್ನು ಟಾಮ್ಟಾಮ್ನೊಂದಿಗೆ ತಿಳಿದಿರುವ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಅಂಶದ ವಿಶಿಷ್ಟ ಲಕ್ಷಣಗಳ ದತ್ತಸಂಚಯಗಳನ್ನು ಪ್ರಶ್ನಿಸಲು ಬಳಸಲಾಯಿತು, ಮತ್ತು ಅತ್ಯುತ್ತಮ ಹೊಂದಾಣಿಕೆಯ ವಿಶಿಷ್ಟ ಲಕ್ಷಣವೆಂದರೆ ಎಸ್ಎಂಬಿ20537 _ ರೈಝೋಬಿಯಲ್ಸ್ (ಕೆಂಪು ಬಣ್ಣದಲ್ಲಿ ಚಿತ್ರ 5), ಇದು ಲ್ಯಾಸಿ ಕುಟುಂಬದಿಂದ ರೈಝೋಬಿಯಲ್ಸ್ನಲ್ಲಿನ ಸಕ್ಕರೆ ಬಳಕೆಯ ನಿಯಂತ್ರಕಕ್ಕಾಗಿ ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಸೈಟ್ ಅನ್ನು ಗುರುತಿಸುತ್ತದೆ. ಜೆನೋಮಿಕ್ ಸನ್ನಿವೇಶವು αr15 ಕುಟುಂಬದ ಹೆಚ್ಚಿನ ಸದಸ್ಯರು ಕ್ರೋಮೋಸೋಮಲ್ ಐಜಿಆರ್ಗಳಲ್ಲಿನ ಸ್ವತಂತ್ರ ಪ್ರವರ್ತಕರಿಂದ ಲಿಪ್ಯಂತರಗೊಂಡ ಟ್ರಾನ್ಸ್-ಎನ್ಕೋಡ್ ಮಾಡಲಾದ ಎಸ್ಆರ್ಎನ್ಎಗಳಾಗಿವೆ. ನೆರೆಯ ವಂಶವಾಹಿಗಳ ಅನೇಕ αr15 ಸದಸ್ಯರನ್ನು ಟಿಪ್ಪಣಿ ಮಾಡಲಾಗಿಲ್ಲ, ಹೀಗಾಗಿ ಅವುಗಳನ್ನು ಮತ್ತಷ್ಟು ಕೈಯಿಂದ ಸಂಗ್ರಹಿಸಲಾಗಿದೆ. ಇದರ ಪರಿಣಾಮವಾಗಿ, ನಾವು ಕುಟುಂಬದ ಸದಸ್ಯರನ್ನು ಅವರ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಸಂದರ್ಭಕ್ಕೆ ಅನುಗುಣವಾಗಿ ನಾಲ್ಕು ಉಪಗುಂಪುಗಳಾಗಿ ವರ್ಗೀಕರಿಸಬಹುದು. ಮೊದಲ ಗುಂಪಿನಲ್ಲಿ ರೈಝೋಬಿಯಮ್, ಸಿನೋರಿಝೋಬಿಯಮ್ ಮತ್ತು ಅಗ್ರೋಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಂ ಪ್ರಭೇದಗಳ ಟಂಡೆಮ್ αr15C1 ಮತ್ತು αr15C2 ಸ್ಥಳಗಳಿವೆ. ಅವರು ಅಪ್ ಮತ್ತು ಡೌನ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್ ಜೀನ್ಗಳಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ಮಟ್ಟದ ಸಂರಕ್ಷಣೆಯನ್ನು ಪ್ರದರ್ಶಿಸಿದರು, ಇವು ಕ್ರಮವಾಗಿ ಎಲ್. ಐ. ಎಸ್. ಆರ್ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಷನಲ್ ರೆಗ್ಯುಲೇಟರ್ ಮತ್ತು ಎ. ಎಸ್. ಆರ್ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಷನಲ್ ರೆಗ್ಯುಲೇಟರ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗೆ ಕೋಡ್ ಮಾಡುತ್ತವೆ ಎಂದು ಊಹಿಸಲಾಗಿದೆ (ಚಿತ್ರ 5). ಈ ಗುಂಪಿನಲ್ಲಿ ಕಂಡುಬರುವ ಏಕೈಕ ವಿನಾಯಿತಿಯೆಂದರೆ ಎಸ್. ಫ್ರೆಡಿಯು ಬಹಳ ವಿಭಿನ್ನವಾದ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಸನ್ನಿವೇಶವನ್ನು ಪ್ರಸ್ತುತಪಡಿಸಿತು. ಎರಡನೇ ಗುಂಪು ಬ್ರೂಸೆಲ್ಲಾ ಪ್ರಭೇದಗಳಲ್ಲಿನ αr15CI1 ಸ್ಥಳವನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ (ಹೆಚ್ಚುವರಿ ಕಡತ 2), ಇದು ಮೊದಲ ಗುಂಪಿಗೆ ಭಾಗಶಃ ಸಿಂಟೆನಿಯೊಂದಿಗೆ ಚೆನ್ನಾಗಿ ಸಂರಕ್ಷಿಸಲ್ಪಟ್ಟ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಸನ್ನಿವೇಶವನ್ನು (ಆಸ್ಪರ್ಟೇಟ್ ಅಮೈನೊ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಫರೇಸ್ ಮತ್ತು LysR/ಅಜ್ಞಾತ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಷನಲ್ ರೆಗ್ಯುಲೇಟರ್) ಪ್ರಸ್ತುತಪಡಿಸಿತು. ಅತ್ಯಂತ ವಿಭಿನ್ನವಾದ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಸನ್ನಿವೇಶವು, ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಂದರ್ಭಗಳಲ್ಲಿ ಭಾಗಶಃ ಸಹ ಸಂರಕ್ಷಿಸಲ್ಪಟ್ಟಿಲ್ಲ, ಎಲ್ಲಾ ಪ್ಲಾಸ್ಮಿಡ್-ಹರಡುವ αr15 ಲೋಕಿಯಲ್ಲಿ (ಹೆಚ್ಚುವರಿ ಫೈಲ್ 1) ಅಸ್ತಿತ್ವದಲ್ಲಿತ್ತು, ಇದು ವ್ಯಾಖ್ಯಾನಿಸಲಾದ ಗುಂಪು ಮೂರನ್ನು ಸಂಯೋಜಿಸುತ್ತದೆ, ಅಲ್ಲಿ ಪಾರ್ಶ್ವದ ವಂಶವಾಹಿಗಳು ಎಬಿಸಿ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಪೋರ್ಟರ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳು, ಎಕ್ಸಿಸೋನೇಸ್ ಅಥವಾ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಪೊಸೇಸ್ಗೆ ಅನುಗುಣವಾಗಿರುತ್ತವೆ. ಬ್ರೂಸೆಲ್ಲಾ ಪ್ರಭೇದಗಳಲ್ಲಿನ αr15CI2 ಸ್ಥಳವು (ಹೆಚ್ಚುವರಿ ಕಡತ 3) ನಾಲ್ಕನೇ ಗುಂಪಿಗೆ ಅನುಗುಣವಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ಯುಡಿಪಿ-3-ಓ-ಹೈಡ್ರಾಕ್ಸಿಮೈರಿಸ್ಟಾಯ್ಲ್ ಎನ್-ಅಸೆಟೈಲ್ಗ್ಲುಕೋಸಮೈನ್ ಡೀಸೆಟೈಲೇಸ್ ಮತ್ತು ಜಿಟಿಪಿಎಎಸ್ ಜೀವಕೋಶ ವಿಭಾಗದ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಎಫ್. ಟಿ. ಎಸ್. ಜೆಡ್ಗಾಗಿ ಎಲ್ಲಾ ಪ್ರದೇಶಗಳನ್ನು ಸಂಕೇತಿಸುವ ಮೂಲಕ ಅಪ್ ಮತ್ತು ಡೌನ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್ ಸಂರಕ್ಷಿತ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಸಂದರ್ಭವನ್ನು ಪ್ರಸ್ತುತಪಡಿಸುತ್ತದೆ. ಕೊನೆಯ ಗುಂಪಿಗೆ ಅನುಗುಣವಾದ ಬ್ರೂಸೆಲ್ಲಾ ಗುಂಪಿನಲ್ಲಿನ αr15CII ಸ್ಥಳವು (ಹೆಚ್ಚುವರಿ ಕಡತ 4) ಅಲ್ಲಿ ಜೀನ್ಗಳಲ್ಲಿ ಒಂದನ್ನು ಮಾತ್ರ ಯಾವಾಗಲೂ ಗ್ಲೈಸಿನ್ ಡೆಶಿಡ್ರೋಜಿನೇಸ್ ಎಂದು ವ್ಯಾಖ್ಯಾನಿಸಬಹುದು, ಇತರ ಎಸ್ಆರ್ಎನ್ಎ ಪಾರ್ಶ್ವದ ಸ್ಥಾನವನ್ನು ಹೆಚ್ಚಾಗಿ ಬ್ರೂಸೆಲ್ಲಾ ಗುಂಪಿನಲ್ಲಿ ಸಂರಕ್ಷಿಸಲಾದ ಕಾಲ್ಪನಿಕ ಪ್ರೋಟೀನ್ನಿಂದ ನಿಭಾಯಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಇದಕ್ಕೆ ಯಾವುದೇ ಡೊಮೇನ್, ಮೋಟಿಫ್ ಅಥವಾ ಜಿಒ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಟಿಪ್ಪಣಿಗಳನ್ನು ನಿಯೋಜಿಸಲಾಗುವುದಿಲ್ಲ. ಹೆಚ್ಚುವರಿ ಕಡತಗಳುಃ αr15 ಕುಟುಂಬದ ಪ್ಲಾಸ್ಮಿಡ್ ಪ್ರತಿಗಳ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಸಂದರ್ಭದ ಗ್ರಾಫ್ಃ ಚಿತ್ರಃ ಬ್ರೂಸೆಲ್ಲಾ ಗುಂಪಿನಲ್ಲಿರುವ αr15CI1 ಸ್ಥಳದ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಸಂದರ್ಭದ ಗ್ರಾಫ್ಃ ಚಿತ್ರಃ ಬ್ರೂಸೆಲ್ಲಾ ಗುಂಪಿನಲ್ಲಿರುವ αr15CI2 ಸ್ಥಳದ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಸಂದರ್ಭದ ಗ್ರಾಫ್ಃ ಚಿತ್ರಃ ಬ್ರೂಸೆಲ್ಲಾ ಗುಂಪಿನಲ್ಲಿರುವ αr15CII ಸ್ಥಳದ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಸಂದರ್ಭದ ಗ್ರಾಫ್ಃ ಚಿತ್ರಃ smbr15 3.png ಬ್ರೂಸೆಲ್ಲಾ ಗುಂಪಿನಲ್ಲಿರುವ αr15CII ಸ್ಥಳದ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಸಂದರ್ಭದ ಗ್ರಾಫ್ಃ ಚಿತ್ರಃ smbr15 4.png ಉಲ್ಲೇಖಗಳು RNA