Αr35 RNA
αr35 ಎಂಬುದು ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಸಣ್ಣ ನಾನ್-ಕೋಡಿಂಗ್ ಆರ್ಎನ್ಎಗಳ ಒಂದು ಕುಟುಂಬವಾಗಿದ್ದು, ಹೈಫೋಮೈಕ್ರೊಬಿಯಲ್ಸ್ ಕ್ರಮದಿಂದ ಆಲ್ಫಾಪ್ರೊಟೋಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಕಡಿಮೆ ಗುಂಪಿನ ಪ್ರತಿನಿಧಿಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ. ಈ ಕುಟುಂಬದ ಮೊದಲ ಸದಸ್ಯರು (ಎಸ್. ಎಂ. ಆರ್. 35ಬಿ) ಪ್ಲಾಸ್ಮಿಡ್ ಬಿ (ಪಿ. ಎಸ್. ಐ. ಎಂ. ಬಿ) ಎಂಬ ಸಹಜೀವನದಲ್ಲಿರುವ ಸಿನೋರ್ಹಿಝೋಬಿಯಂ ಮೆಲಿಲೋಟಿ 1021 ಲೋಕಸ್ನಲ್ಲಿ ಕಂಡುಬಂದರು. ಮತ್ತಷ್ಟು ಏಕರೂಪತೆ ಮತ್ತು ರಚನೆಯ ಸಂರಕ್ಷಣಾ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು ಇತರ ದ್ವಿದಳ ಧಾನ್ಯಗಳ ಸಂಕೇತಗಳಲ್ಲಿ ಪೂರ್ಣ-ಉದ್ದದ ಎಸ್. ಎಂ. ಆರ್. ಬಿ. 35 ಹೋಮೋಲಾಗ್ಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಿದೆ. ರೈಝೋಬಿಯಮ್ ಲೆಗುಮಿನೋಸರಮ್ bv.viciae, ಆರ್. ಲೆಗುಮಿನೋಸರಮ್ ಬಿವಿ. ಟ್ರೈಫೋಲಿ ಮತ್ತು ಆರ್. ಎಟ್ಲಿ), ಹಾಗೆಯೇ ಮಾನವ ಮತ್ತು ಸಸ್ಯ ರೋಗಕಾರಕಗಳಾದ ಬ್ರೂಸೆಲ್ಲಾ ಆಂಥ್ರೋಪಿ ಮತ್ತು ಅಗ್ರೋಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಂ ಟ್ಯೂಮ್ಫಾಸಿಯನ್ಸ್ನಲ್ಲಿ ಕ್ರಮವಾಗಿ. αr35 ಆರ್ಎನ್ಎ ಪ್ರಭೇದಗಳು 139-142 ಎನ್ಟಿ ಉದ್ದವಾಗಿವೆ (ಕೋಷ್ಟಕ 1) ಮತ್ತು ಎರಡು ಕಾಂಡದ ಕುಣಿಕೆಗಳು ಮತ್ತು ಉತ್ತಮವಾಗಿ ಸಂರಕ್ಷಿಸಲ್ಪಟ್ಟ ರೋ ಸ್ವತಂತ್ರ ಟರ್ಮಿನೇಟರ್ (ಚಿತ್ರ 1,2,3) ಅನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ಸಾಮಾನ್ಯ ದ್ವಿತೀಯ ರಚನೆಯನ್ನು ಹಂಚಿಕೊಳ್ಳುತ್ತವೆ. ಆಲ್ಫಾಪ್ರೋಟೊಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಲ್ ಜೀನೋಮ್ಗಳ ಇಂಟರ್ಜೆನಿಕ್ ಪ್ರದೇಶಗಳೊಳಗಿನ ಸ್ವತಂತ್ರ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಘಟಕಗಳ ಉತ್ತಮವಾಗಿ ವ್ಯಾಖ್ಯಾನಿಸಲಾದ ಪ್ರವರ್ತಕ ಪ್ರದೇಶಗಳಿಂದ ವ್ಯಕ್ತಪಡಿಸಲಾದ ಟ್ರಾನ್ಸ್-ಆಕ್ಟಿಂಗ್ ಎಸ್ಆರ್ಎನ್ಎಗಳಾಗಿ ಹೆಚ್ಚಿನ αr35 ಪ್ರತಿಲೇಖನಗಳನ್ನು ಪಟ್ಟಿ ಮಾಡಬಹುದು (ಚಿತ್ರ 5). ಎಸ್. ಮೆಲಿಲೋಟಿ 1021 ಪ್ರಭೇದದ ಇಂಟರ್ಜೆನಿಕ್ ಪ್ರದೇಶಗಳಲ್ಲಿ (ಐಜಿಆರ್) ಗಣನೆಯ ತುಲನಾತ್ಮಕ ಜೀನೋಮಿಕ್ ವಿಧಾನದ ಪರಿಣಾಮವಾಗಿ, ಡಿಸ್ಕವರಿ ಮತ್ತು ಸ್ಟ್ರಕ್ಚರ್ ಎಸ್ಎಂಆರ್35ಬಿ ಎಸ್ಆರ್ಎನ್ಎಯನ್ನು ಮೊದಲು ಡೆಲ್ ವ್ಯಾಲ್ ಮತ್ತು ಇತರರು ವಿವರಿಸಿದ್ದಾರೆ. ಊಹಿಸಲ್ಪಟ್ಟ ಎಸ್ಎಂಆರ್35ಬಿ ಲೋಕಸ್ ನಿರೀಕ್ಷಿತ ಗಾತ್ರದ ಒಂದೇ ಪ್ರತಿಲೇಖನವನ್ನು ವ್ಯಕ್ತಪಡಿಸುತ್ತದೆ ಎಂದು ಉತ್ತರದ ಸಂಕರೀಕರಣ ಪ್ರಯೋಗಗಳು ದೃಢಪಡಿಸಿದವು, ಇದು ಮುಕ್ತ-ಜೀವಂತ ಮತ್ತು ಎಂಡೋಸಿಂಬಯೋಟಿಕ್ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾಗಳಲ್ಲಿ ವಿಭಿನ್ನವಾಗಿ ಸಂಗ್ರಹಗೊಳ್ಳುತ್ತದೆ. ಟಿಎಪಿ-ಆಧಾರಿತ 5 '-ಆರ್ಎಸಿಇ ಪ್ರಯೋಗಗಳು ಪೂರ್ಣ-ಉದ್ದದ ಎಸ್ಎಂಆರ್35ಬಿ ಪ್ರತಿಲೇಖನದ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಪ್ರಾರಂಭ ತಾಣವನ್ನು (ಟಿಎಸ್ಎಸ್) ಎಸ್. ಮೆಲಿಲೋಟಿ 1021 ಜೀನೋಮ್ನ (http://iant.toulouse.inra.fr/bacteria/annotation/cgi/rhime.cgi) 577,730 ಎನ್ಟಿ ಸ್ಥಾನಕ್ಕೆ ಮ್ಯಾಪ್ ಮಾಡಿದವು, ಆದರೆ 3'-ಅಂತ್ಯವು 577,868 ಎನ್ಟಿ ಸ್ಥಾನದಲ್ಲಿದೆ ಎಂದು ಭಾವಿಸಲಾಗಿದೆ. ಎಸ್. ಮೆಲಿಲೋಟಿಯ ಸಣ್ಣ ಆರ್ಎನ್ಎ ಭಾಗ (50-350 ಎನ್ಟಿ) ದ ಇತ್ತೀಚಿನ ಆಳವಾದ ಅನುಕ್ರಮ-ಆಧಾರಿತ ಗುಣಲಕ್ಷಣವು ಎಸ್ಎಂಆರ್35ಬಿ (ಇಲ್ಲಿ ಎಸ್ಎಂಇಎಲ್ಬಿ053 ಎಂದು ಉಲ್ಲೇಖಿಸಲಾಗಿದೆ) ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯನ್ನು ಮತ್ತಷ್ಟು ದೃಢಪಡಿಸಿತು ಮತ್ತು ಅಣುವಿನ 5 '-ಮತ್ತು 3'-ತುದಿಗಳನ್ನು ಮೊದಲು ಪ್ರಸ್ತಾಪಿಸಿದ ಸ್ಥಾನಗಳಿಗೆ ಮ್ಯಾಪ್ ಮಾಡಿತು. ಎಸ್ಎಂಆರ್35ಬಿ ಯ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಆರಂಭದಲ್ಲಿ ಆರ್ಫಾಮ್ ದತ್ತಸಂಚಯದ ವಿರುದ್ಧ ಹುಡುಕಲು ಪ್ರಶ್ನೆಯಾಗಿ ಬಳಸಲಾಯಿತು. ಈ ಹೋಮೋಲಜಿ ಹುಡುಕಾಟವು ಈ ದತ್ತಸಂಚಯದಲ್ಲಿ ತಿಳಿದಿರುವ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಎಸ್ಆರ್ಎನ್ಎಗೆ ಯಾವುದೇ ಹೊಂದಾಣಿಕೆಗಳನ್ನು ಒದಗಿಸಲಿಲ್ಲ. ಪ್ರಸ್ತುತ ಲಭ್ಯವಿರುವ ಎಲ್ಲಾ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಜೀನೋಮ್ಗಳ ವಿರುದ್ಧ ಡೀಫಾಲ್ಟ್ ನಿಯತಾಂಕಗಳೊಂದಿಗೆ (20 ಏಪ್ರಿಲ್ 2011 ರಂದು 1,615 ಅನುಕ್ರಮಗಳು; https://www.ncbi.nlm.nih.gov;) ಎಸ್ಎಂಆರ್35ಬಿ ಅನ್ನು ಮುಂದಿನ ಬ್ಲಾಸ್ಟ್ ಮಾಡಲಾಯಿತು. ಪ್ರಶ್ನೆಯ ಅನುಕ್ರಮಕ್ಕೆ (78-89% ಹೋಲಿಕೆ) ಗಮನಾರ್ಹ ಏಕರೂಪತೆಯನ್ನು ಪ್ರದರ್ಶಿಸುವ ಪ್ರದೇಶಗಳನ್ನು ಇನ್ಫರ್ನಲ್ (version1.0) (ಚಿತ್ರ 2) ಬಳಸಿ ಬೀಜ ಜೋಡಣೆಯಿಂದ ಕೋವೇರಿಯನ್ಸ್ ಮಾಡೆಲ್ (CM) ಅನ್ನು ರಚಿಸಲು ಹೊರತೆಗೆಯಲಾಗಿದೆ. ಅಸ್ತಿತ್ವದಲ್ಲಿರುವ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಜೀನೋಮಿಕ್ ದತ್ತಸಂಚಯಗಳಲ್ಲಿ αr35 ಕುಟುಂಬದ ಹೊಸ ಸದಸ್ಯರಿಗಾಗಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ಹುಡುಕಾಟದಲ್ಲಿ ಈ CM ಅನ್ನು ಬಳಸಲಾಯಿತು. ಕುಟುಂಬದ ಒಮ್ಮತದ ದ್ವಿತೀಯ ರಚನೆಯನ್ನು ಕಂಡುಹಿಡಿಯಲು ಫಲಿತಾಂಶಗಳನ್ನು ಕೈಯಿಂದ ಪರಿಶೀಲಿಸಲಾಗಿದೆ (ಚಿತ್ರ 1 ಮತ್ತು ಚಿತ್ರ 2). ಒಂದೇ ರೀತಿಯ ಮುನ್ಸೂಚನೆಗಳೊಂದಿಗೆ ಲೋಕಾರ್ನೇಟ್ ಪ್ರೋಗ್ರಾಂನೊಂದಿಗೆ ಒಮ್ಮತದ ರಚನೆಯನ್ನು ಸಹ ಸ್ವತಂತ್ರವಾಗಿ ಊಹಿಸಲಾಗಿದೆ. ಇನ್ಫರ್ನಲ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಸಿಎಮ್ನಲ್ಲಿ ಕಂಡುಬರುವ 84 ಅನುಕ್ರಮಗಳ ಹಸ್ತಚಾಲಿತ ತಪಾಸಣೆಯು ಏಳು ನಿಜವಾದ ಹೋಮೋಲಾಗ್ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಕಂಡುಹಿಡಿಯಲು ಅವಕಾಶ ಮಾಡಿಕೊಟ್ಟಿತುಃ ರೈಝೋಬಿಯಮ್ ಲೆಗುಮಿನೋಸರಮ್ ಬಿವಿ ಯಲ್ಲಿ ಎರಡು ಪ್ರತಿಗಳು. ವಿಸಿಯಾ (ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್ ಮತ್ತು ಪ್ಲಾಸ್ಮಿಡ್ ಪಿಆರ್ಎಲ್11), ರೈಝೋಬಿಯಮ್ ಲೆಗುಮಿನೋಸಾರುಂಬ್ವಿನಲ್ಲಿ ಎರಡು ಪ್ರತಿಗಳು. ಟ್ರೈಫೋಲಿ ಡಬ್ಲ್ಯುಎಸ್ಎಮ್1325 (ಪ್ಲಾಸ್ಮಿಡ್ ಪಿಆರ್132504 ಮತ್ತು ಪ್ಲಾಸ್ಮಿಡ್ ಪಿಆರ್132502), ರೈಝೋಬಿಯಮ್ ಎಟ್ಲಿ ಸಿಎಫ್ಎನ್ 42 ಪ್ಲಾಸ್ಮಿಡ್ ಪಿ42ಎಫ್ ಮತ್ತು ಅಗ್ರೋಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಂ ಟುಮೆಫಾಸಿಯನ್ಸ್ ಮತ್ತು ಬ್ರೂಸೆಲ್ಲಾ ಆಂಥ್ರೋಪಿಗಳ ವರ್ಣತಂತುಗಳಲ್ಲಿ. ಈ ಎಲ್ಲಾ ಅನುಕ್ರಮಗಳು ಗಮನಾರ್ಹವಾದ ಇನ್ಫರ್ನಲ್ ಇ-ಮೌಲ್ಯಗಳನ್ನು (1.38e-33-1.05e-11) ಮತ್ತು ಬಿಟ್-ಸ್ಕೋರ್ಗಳನ್ನು ತೋರಿಸಿದವು. ಎಸ್. ಮೆಲಿಲೋಟಿಯ ವಿಷಯದಲ್ಲಿ ಎರಡನೇ ಪ್ರತಿಯನ್ನು ಸಹಜೀವಿ ಪ್ಲಾಸ್ಮಿಡ್ ಪಿಎಸ್ಐಎಂಬಿ (574630-574766) ಯಲ್ಲಿ ಗಮನಾರ್ಹ ಇ-ಮೌಲ್ಯದೊಂದಿಗೆ (3.73e-07) ಗುರುತಿಸಲಾಗಿದೆ ಆದರೆ ಯಾವುದೇ ಪರೀಕ್ಷಿತ ಪರಿಸ್ಥಿತಿಗಳಲ್ಲಿ (ಅಪ್ರಕಟಿತ ದತ್ತಾಂಶ) ಯಾವುದೇ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ಪತ್ತೆಯಾಗಿಲ್ಲ. ಮಾದರಿಯೊಂದಿಗೆ ಕಂಡುಬರುವ ಉಳಿದ ಅನುಕ್ರಮಗಳು (8.76e-12 ಮತ್ತು 1.e-3) ನಡುವೆ ಹೆಚ್ಚಿನ ಇ-ಮೌಲ್ಯಗಳನ್ನು ತೋರಿಸಿದವು ಆದರೆ ಬಹಳ ಕಡಿಮೆ ಬಿಟ್-ಸ್ಕೋರ್ಗಳನ್ನು ತೋರಿಸಿದವು, ಇದು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ದೂರಸ್ಥ ಹೋಮೋಲೋಗ್ನ ಸಂಕೇತವಾಗಿದೆ. ಆದಾಗ್ಯೂ, ಈ ಪ್ರಕರಣಗಳನ್ನು ಕೈಯಿಂದ ನಡೆಸಿದ ಪರಿಶೀಲನೆಯು ರೋ ಸ್ವತಂತ್ರ ಟರ್ಮಿನೇಟರ್ ಮತ್ತು ಎರಡನೇ ಕಾಂಡವು ಮಾತ್ರ ಸಂರಕ್ಷಿತ ಪ್ರದೇಶಗಳಾಗಿದ್ದು, ಮೊದಲ ಕಾಂಡವು ವಿಫಲವಾಗಿದೆ ಎಂದು ತೋರಿಸಿದೆ. ಬ್ರೂಸೆಲ್ಲಾ ಪ್ರಭೇದಗಳಲ್ಲಿ ವಿಶೇಷವಾಗಿ ಸಂರಕ್ಷಿಸಲಾಗಿರುವ ಎಲ್ಲಾ ಆಲ್ಫಾಪ್ರೋಟಿಯೋಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾಗಳಲ್ಲೂ ಈ ಎರಡು ಕಾಂಡಗಳ ರಚನೆಯನ್ನು ಹೆಚ್ಚಾಗಿ ವಿಸ್ತರಿಸಲಾಗಿದೆ. ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ಮಾಹಿತಿ ಎಸ್ಎಂಆರ್35ಬಿ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯನ್ನು ಮೊದಲು ಡೆಲ್ ವ್ಯಾಲ್ ಮತ್ತು ಇತರರು ಮೌಲ್ಯಮಾಪನ ಮಾಡಿದರು. ವಿವಿಧ ಜೈವಿಕ ಪರಿಸ್ಥಿತಿಗಳಲ್ಲಿ ಎಸ್. ಮೆಲಿಲೋಟಿ 1021 ರಲ್ಲಿ; ಅಂದರೆ. ಟಿ. ವೈ. ಯಲ್ಲಿ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಬೆಳವಣಿಗೆ, ಕನಿಷ್ಠ ಮಧ್ಯಮ (ಎಂ. ಎಂ.) ಮತ್ತು ಲ್ಯುಟಿಯೋಲಿನ್-ಎಂ. ಎಂ. ಸಾರು ಮತ್ತು ಎಂಡೋಸಿಂಬಯೋಟಿಕ್ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾ (ಅಂದರೆ. ಪ್ರೌಢ ಸಹಜೀವನದ ಆಲ್ಫಾಲ್ಫಾ ಗಂಟುಗಳು). ಸ್ವತಂತ್ರವಾಗಿ ಬದುಕುವ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದಲ್ಲಿ ಎಸ್. ಎಂ. ಆರ್. 35ಬಿ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯು ಬೆಳವಣಿಗೆಯ ಮೇಲೆ ಅವಲಂಬಿತವಾಗಿದೆ ಎಂದು ಕಂಡುಬಂದಿದೆ, ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾಗಳು ಸ್ಥಾಯಿ ಹಂತವನ್ನು ಪ್ರವೇಶಿಸಿದಾಗ ಜೀನ್ ಅನ್ನು ಕಡಿಮೆ-ನಿಯಂತ್ರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಎಸ್. ಮೆಲಿಲೋಟಿ ನೋಡುಲೇಶನ್ ವಂಶವಾಹಿಗಳ ಪ್ರತಿಲೇಖನವನ್ನು ನಿರ್ದಿಷ್ಟವಾಗಿ ಪ್ರೇರೇಪಿಸುವ ಸಸ್ಯದ ಫ್ಲೇವೊನ್ ಲ್ಯುಟೋಲಿನ್ನೊಂದಿಗೆ ಎಂಎಂನ ಪೂರಕತೆಯು ಎಸ್ಎಂಆರ್35ಬಿ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯನ್ನು ~ 4 ಪಟ್ಟು ಉತ್ತೇಜಿಸಿತು. ಇದಕ್ಕೆ ವ್ಯತಿರಿಕ್ತವಾಗಿ, ಪ್ರೌಢ ಗಂಟು ಅಂಗಾಂಶಗಳಲ್ಲಿ ಎಸ್. ಎಂ. ಆರ್. 35ಬಿ ಪ್ರತಿಲೇಖನವು ಪತ್ತೆಯಾಗಿಲ್ಲ. ಸ್ಲಟರ್ ಮತ್ತು ಇತರರು. ಆಸ್ಮೋಟಿಕ್ ಅಪ್ಶಿಫ್ಟ್ನ ಮೇಲೆ ಎಸ್. ಎಂ. ಆರ್. 35ಬಿ ಯ ಅಪ್-ರೆಗ್ಯುಲೇಷನ್ ಅನ್ನು ಮತ್ತಷ್ಟು ವಿವರಿಸಲಾಗಿದೆ. ಎಲ್ಲಾ αr35 ಸ್ಥಳಗಳು ಗುರುತಿಸಬಹುದಾದ σ70-ಅವಲಂಬಿತ ಪ್ರವರ್ತಕರನ್ನು ಹೊಂದಿದ್ದು,-35/- 10 ಒಮ್ಮತದ ಲಕ್ಷಣವಾದ ಸಿಟಿಟಿಎಜಿಎಸಿ-ಎನ್17-ಸಿಟಿಎಟಿಎಟಿಯನ್ನು ಈ ಹಿಂದೆ ಆಲ್ಫಾಪ್ರೋಟಿಯೋಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದಲ್ಲಿನ ಹಲವಾರು ಇತರ ಕುಲಗಳಲ್ಲಿ ವ್ಯಾಪಕವಾಗಿ ಸಂರಕ್ಷಿಸಲಾಗಿದೆ ಎಂದು ತೋರಿಸಲಾಗಿದೆ. ಇತರ ತಿಳಿದಿರುವ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಅಂಶಗಳಿಗೆ ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಸೈಟ್ಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ನಾವು ರೆಗ್ಪ್ರೆಡಿಕ್ಷನ್ (http://regpredict.lbl.gov/regpredict/help.html) ಒದಗಿಸಿದ ಫಾಸ್ಟಾ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಬಳಸಿದ್ದೇವೆ ಮತ್ತು ರೆಗ್ಯುಲಾನ್ಡಿಬಿ (http://regulondb.ccg.unam.mx) ಒದಗಿಸಿದ ಸ್ಥಾನ ತೂಕದ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ಗಳನ್ನು (ಪಿಎಸ್ಡಬ್ಲ್ಯೂಎಂ) ಬಳಸಿದ್ದೇವೆ. ನಾವು ಒಮ್ಮತ/ಪ್ಯಾಟ್ಸರ್ ಪ್ರೋಗ್ರಾಂ ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ರೆಗ್ಪ್ರೆಡಿಕ್ಷನ್ ಅನುಕ್ರಮಗಳಿಂದ ಪ್ರತಿ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಅಂಶಕ್ಕೆ ಪಿಎಸ್ಡಬ್ಲ್ಯೂಎಂ ಅನ್ನು ನಿರ್ಮಿಸಿದೆವು, ಅನುಗುಣವಾದ ಉದ್ದವನ್ನು ಈ ಹಿಂದೆ ನಿರ್ದಿಷ್ಟಪಡಿಸದಿದ್ದರೆ 14 ಮತ್ತು 30 ರ ನಡುವಿನ ಉದ್ದೇಶದ ಉದ್ದಗಳಿಗೆ ಅತ್ಯುತ್ತಮ ಅಂತಿಮ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ ಅನ್ನು ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡಿದ್ದೇವೆ (ಪ್ರತಿ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ಗೆ "ಒಮ್ಮತದ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್" ಮಿತಿ (ಸರಾಸರಿ ಇ-ಮೌಲ್ಯ <10ಇ-10) ಅನ್ನು ನೋಡಿ (http://gps-tools2.its.yale.edu ನಲ್ಲಿ "ಥ್ರೆಶೋಲ್ಡ್ ಒಮ್ಮತ" ನೋಡಿ). ಇದಲ್ಲದೆ, ನಾವು ಎಮ್ಇಎಂಇ (http://meme.sdsc.edu/meme4_6_1/intro.html) ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಸಂರಕ್ಷಿತ ಅಜ್ಞಾತ ಲಕ್ಷಣಗಳನ್ನು ಹುಡುಕಿದೆವು ಮತ್ತು ಶಾಂತವಾದ ನಿಯಮಿತ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಗಳನ್ನು ಬಳಸಿದ್ದೇವೆ (ಅಂದರೆ. ಮಾದರಿ ಹೊಂದಾಣಿಕೆ) ಎಲ್ಲಾ ಎಸ್. ಎಂ. ಆರ್. 35ಬಿ ಹೋಮೋಲಾಗ್ಸ್ ಪ್ರವರ್ತಕರ ಮೇಲೆ. ಟಿ-ಎನ್11-ಎ ಮೋಟಿಫ್ನ ಸುತ್ತಲೂ ನಿರ್ಮಿಸಲಾದ ತಲೆಕೆಳಗಾದ ಪುನರಾವರ್ತಿತ ರಚನೆಯು ಎಸ್. ಮೆಲಿಲೋಟಿಯಲ್ಲಿನ ಎಸ್ಎಂಆರ್ಬಿ35 ನ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಪ್ರಾರಂಭದ ಸ್ಥಳದ 55 ಎನ್ಟಿ ಅಪ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್ನಲ್ಲಿ ಕಂಡುಬಂದಿದೆ, ಇದು ತಿಳಿದಿರುವ ಸಂರಕ್ಷಿತ ನಾಡ್ ಪೆಟ್ಟಿಗೆಗಳ (ಚಿತ್ರ 4) ಕ್ಷೀಣಿಸಿದ ಮೋಟಿಫಾಗಿದೆ. ಈ ವಿಶಿಷ್ಟ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಎಲ್. ಐ. ಎಸ್. ಆರ್-ರೀತಿಯ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳಿಗೆ ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಬಂಧಿಸುವ ತಾಣವಾಗಿ ಪ್ರಸ್ತಾಪಿಸಲಾಗಿದೆ. ಎಸ್. ಎಂ. ಆರ್. ಬಿ. 35 ಹೋಮೋಲಾಗ್ಗಳ ಬೀಜದ ಎಲ್ಲಾ ಪ್ರವರ್ತಕ ಪ್ರದೇಶಗಳು ಸಹ ವಿಶಿಷ್ಟ ಲಕ್ಷಣವನ್ನು ಪ್ರಸ್ತುತಪಡಿಸಿದವು. ಜೆನೋಮಿಕ್ ಸನ್ನಿವೇಶ αr35 ಕುಟುಂಬದ ಹೆಚ್ಚಿನ ಸದಸ್ಯರು ರೈಜೋಬಿಯಲ್ ಮೆಗಾಪ್ಲಾಸ್ಮಿಡ್ಗಳ ಐಜಿಆರ್ಗಳಲ್ಲಿನ ಸ್ವತಂತ್ರ ಪ್ರವರ್ತಕರಿಂದ ಲಿಪ್ಯಂತರಗೊಂಡ ಟ್ರಾನ್ಸ್-ಎನ್ಕೋಡ್ ಮಾಡಲಾದ ಎಸ್ಆರ್ಎನ್ಎಗಳಾಗಿವೆ. ಆರ್. ಲೆಗುಮಿನೋಸಾರಮ್ ಬಿವಿ ಯ ಎಸ್ಎಂಆರ್ಬಿ35 ಹೋಮೋಲಾಗ್ಗಳು ಇದಕ್ಕೆ ಹೊರತಾಗಿವೆ. ವಿಸಿಯಾ (ಆರ್ಎಲ್ವಿಆರ್35ಸಿ), ಮತ್ತು ಆರ್. ಎಟ್ಲಿ ಸಿಎಫ್ಎನ್ 42 ಪ್ಲಾಸ್ಮಿಡ್ ಪಿ42ಎಫ್ (ಆರ್ಇಸಿಎಫ್ಎನ್ಆರ್35ಎಫ್), ಇವು ಟಿಪ್ಪಣಿ ಮಾಡಲಾದ ವಂಶವಾಹಿಗಳ ವಿರುದ್ಧ ಎಳೆಗಳಲ್ಲಿ ಎನ್ಕೋಡ್ ಮಾಡಲ್ಪಟ್ಟಿವೆ, ಭಾಗಶಃ ಒಆರ್ಎಫ್ಗಳನ್ನು ಅತಿಕ್ರಮಿಸುತ್ತವೆ. ಈ ಅತಿಕ್ರಮಿಸುವ ಒಆರ್ಎಫ್ಗಳ ಮುನ್ಸೂಚನೆಯ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಉತ್ಪನ್ನಗಳನ್ನು ಅಮೈನೋ ಆಸಿಡ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಹೋಮೋಲಜಿಯ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ಯಾವುದೇ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ವರ್ಗಕ್ಕೆ ನಿಯೋಜಿಸಲು ಸಾಧ್ಯವಾಗಲಿಲ್ಲ. ಹೀಗಾಗಿ, ಈ αr35 ಸದಸ್ಯರು ಊಹಾತ್ಮಕ ಸಿಸ್-ಎನ್ಕೋಡೆಡ್ ಆಂಟಿಸೆನ್ಸ್ ಎಸ್ಆರ್ಎನ್ಎಗಳಾಗಿರುತ್ತಾರೆ. ಟ್ರಾನ್ಸ್-ಎನ್ಕೋಡೆಡ್ αr35 sRNAಗಳ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಪ್ರದೇಶಗಳು ಭಾಗಶಃ ಸಂರಕ್ಷಣೆಯನ್ನು ಮುಖ್ಯವಾಗಿ sRNA-ಕೋಡಿಂಗ್ ಅನುಕ್ರಮ ಮತ್ತು ಒಂದು ಪಾರ್ಶ್ವದ ಜೀನ್ಗೆ ಸೀಮಿತಗೊಳಿಸುತ್ತವೆ. αr35 ಲೋಕಿಯ ಹೆಚ್ಚಿನ ಪಾರ್ಶ್ವದ ವಂಶವಾಹಿಗಳು ಸಾರಜನಕ ಮತ್ತು ಗ್ಲುಟಮೈನ್ ಚಯಾಪಚಯಕ್ಕೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಅಂಶಗಳು ಮತ್ತು ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳನ್ನು ಎನ್ಕೋಡ್ ಮಾಡುತ್ತವೆ. ಉಲ್ಲೇಖಗಳು ಆರ್ಎನ್ಎ