SABIO-Reaction Kinetics Database
SABIO-RK (ಸಿಸ್ಟಂ ಫಾರ್ ದಿ ಅನಾಲಿಸಿಸ್ ಆಫ್ ಬಯೋಕೆಮಿಕಲ್ ಪಾಥ್ವೇಸ್-ರಿಯಾಕ್ಷನ್ ಕೈನೆಟಿಕ್ಸ್) ಎಂಬುದು ಜೀವರಾಸಾಯನಿಕ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಗಳು ಮತ್ತು ಅವುಗಳ ಚಲನಶೀಲ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳ ಬಗ್ಗೆ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಸಂಗ್ರಹಿಸುವ ವೆಬ್-ಪ್ರವೇಶಿಸಬಹುದಾದ ದತ್ತಸಂಚಯವಾಗಿದೆ. SABIO-RK ನಿರ್ದಿಷ್ಟವಾದ ಆಯ್ದ ಪ್ರಕಟಣೆಯ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆ ಡೈನಾಮಿಕ್ಸ್ನ ಪರಿಮಾಣಾತ್ಮಕ ಮಾಹಿತಿಯ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆ-ಆಧಾರಿತ ಪ್ರಾತಿನಿಧ್ಯವನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ. ಇದು ಲಭ್ಯವಿರುವ ಎಲ್ಲಾ ಚಲನೆಯ ನಿಯತಾಂಕಗಳನ್ನು ಅವುಗಳ ಅನುಗುಣವಾದ ದರ ಸಮೀಕರಣಗಳೊಂದಿಗೆ, ಜೊತೆಗೆ ಚಲನೆಯ ನಿಯಮ ಮತ್ತು ನಿಯತಾಂಕ ಪ್ರಕಾರಗಳು ಮತ್ತು ಚಲನೆಯ ದತ್ತಾಂಶವನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸುವ ಪ್ರಾಯೋಗಿಕ ಮತ್ತು ಪರಿಸರ ಪರಿಸ್ಥಿತಿಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ. ಹೆಚ್ಚುವರಿಯಾಗಿ, ಎಸ್. ಎ. ಬಿ. ಐ. ಓ-ಆರ್. ಕೆ. ಯು ಅವುಗಳ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಯಲ್ಲಿ ಭಾಗವಹಿಸುವವರು, ಜೀವಕೋಶದ ಸ್ಥಳ ಮತ್ತು ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ವೇಗವರ್ಧಿಸುವ ಕಿಣ್ವಗಳ ಬಗ್ಗೆ ವಿವರವಾದ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಂತೆ ಆಧಾರವಾಗಿರುವ ಜೀವರಾಸಾಯನಿಕ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಗಳು ಮತ್ತು ಮಾರ್ಗಗಳ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ. SABIO-RK ದತ್ತಾಂಶದ ವಿಷಯ SABIO-RKಯಲ್ಲಿ ಸಮಗ್ರ ರೀತಿಯಲ್ಲಿ ಸಂಗ್ರಹಿಸಲಾದ ದತ್ತಾಂಶವನ್ನು ಮುಖ್ಯವಾಗಿ ಸಾಹಿತ್ಯದಿಂದ ಕೈಯಿಂದ ಹೊರತೆಗೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ. ಇದು ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಗಳು, ಅವುಗಳ ಭಾಗವಹಿಸುವವರು (ತಲಾಧಾರಗಳು, ಉತ್ಪನ್ನಗಳು), ಮಾರ್ಪಾಡುಗಳು (ಪ್ರತಿರೋಧಕಗಳು, ಸಕ್ರಿಯಕಗಳು, ಸಹಘಟಕಗಳು), ವೇಗವರ್ಧಕ ವಿವರಗಳನ್ನು (ಉದಾಹರಣೆಗೆ. ಇಸಿ ಕಿಣ್ವ ವರ್ಗೀಕರಣ, ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸಂಕೀರ್ಣ ಸಂಯೋಜನೆ, ಕಾಡು ಪ್ರಕಾರ/ರೂಪಾಂತರಿತ ಮಾಹಿತಿ), ಅನುಗುಣವಾದ ದರ ಸಮೀಕರಣದೊಂದಿಗೆ ಚಲನೆಯ ನಿಯತಾಂಕಗಳು, ಜೈವಿಕ ಮೂಲಗಳು (ಜೀವಿ, ಅಂಗಾಂಶ, ಸೆಲ್ಯುಲಾರ್ ಸ್ಥಳ), ಪರಿಸರ ಪರಿಸ್ಥಿತಿಗಳು (ಪಿಹೆಚ್, ತಾಪಮಾನ, ಬಫರ್) ಮತ್ತು ಉಲ್ಲೇಖ ವಿವರಗಳು. ಕೆಇಜಿಜಿ, ಯುನಿಪ್ರೋಟ್, ಚೆಬಿ, ಪಬ್ಚೆಮ್, ಎನ್ಸಿಬಿಐ, ರಿಯಾಕ್ಟೋಮ್, ಬ್ರೆಂಡಾ, ಮೆಟಾಸೈಕ್, ಬಯೋ ಮಾಡೆಲ್ಗಳು ಮತ್ತು ಪಬ್ಮೆಡ್ ಸೇರಿದಂತೆ ನಿಯಂತ್ರಿತ ಶಬ್ದಕೋಶಗಳು, ಆಂಟಾಲಜಿಗಳು ಮತ್ತು ಬಾಹ್ಯ ದತ್ತಾಂಶ ಮೂಲಗಳಿಗೆ ಡೇಟಾವನ್ನು ಅಳವಡಿಸಿಕೊಳ್ಳಲಾಗುತ್ತದೆ, ಸಾಮಾನ್ಯೀಕರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಟಿಪ್ಪಣಿ ಮಾಡಲಾಗುತ್ತದೆ. ಅಕ್ಟೋಬರ್ 2021 ರ ಹೊತ್ತಿಗೆ SABIO-RK ಯು 7.300 ಕ್ಕೂ ಹೆಚ್ಚು ಪ್ರಕಟಣೆಗಳಿಂದ ಹೊರತೆಗೆಯಲಾದ ಸುಮಾರು 71.000 ಕ್ಯೂರೇಟೆಡ್ ಸಿಂಗಲ್ ನಮೂದುಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ. ಸಿಸ್ಟಮ್ಸ್ ಬಯಾಲಜಿಯಲ್ಲಿನ ಹಲವಾರು ಉಪಕರಣಗಳು, ದತ್ತಸಂಚಯಗಳು ಮತ್ತು ಕೆಲಸದ ಹರಿವುಗಳು ಸ್ಯಾಬಿಯೋ-ಆರ್ಕೆ ಜೀವರಾಸಾಯನಿಕ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಯ ದತ್ತಾಂಶವನ್ನು ತಮ್ಮ ಚೌಕಟ್ಟಿನಲ್ಲಿ ಸಂಯೋಜಿಸುವ ಮೂಲಕ ಬಳಸುತ್ತವೆ, ಇದರಲ್ಲಿ ಸಿಕಾಮೋರ್, ಮೆಮೊ-ಆರ್ಕೆ, ಸೆಲ್ ಡಿಸೈನರ್, ಪೆರಾಕ್ಸಿಸೋಮ್ ಡಿಬಿ, ಟಾವೆರ್ನಾ ವರ್ಕ್ಫ್ಲೋಗಳು ಅಥವಾ ದತ್ತಾಂಶ ಸೆರೆಹಿಡಿಯುವಿಕೆ ಮತ್ತು ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಾಗಿ ಕೈನೆಟಿಕ್ಸ್ ವಿಝಾರ್ಡ್ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ನಂತಹ ಸಾಧನಗಳು ಸೇರಿವೆ. ಹೆಚ್ಚುವರಿಯಾಗಿ, SABIO-RKಯು ಮಿರಿಯಮ್ ನೋಂದಣಿಯ ಭಾಗವಾಗಿದೆ, ಇದು SABIO-RK ದತ್ತಾಂಶ ಪ್ರವೇಶದ ಗಣನೆಯ ಮಾದರಿಗಳ ಟಿಪ್ಪಣಿ ಮತ್ತು ಕ್ಯುರೇಶನ್ಗಾಗಿ ಮಾರ್ಗಸೂಚಿಗಳ ಒಂದು ಗುಂಪಾಗಿದೆ. ವಾಣಿಜ್ಯ ಬಳಕೆದಾರರಿಗೆ ಪರವಾನಗಿ ಅಗತ್ಯವಿದೆ. SABIO-RK ದತ್ತಾಂಶ ಪ್ರವೇಶಕ್ಕಾಗಿ ಹಲವಾರು ಮಾರ್ಗಗಳನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆಃ ಪ್ರೋಗ್ರಾಮ್ಯಾಟಿಕ್ ಪ್ರವೇಶಕ್ಕಾಗಿ ಬ್ರೌಸರ್-ಆಧಾರಿತ ಇಂಟರ್ಫೇಸ್ REST ಫುಲ್-ಆಧಾರಿತ ವೆಬ್ ಸೇವೆಗಳು ಫಲಿತಾಂಶ ದತ್ತಾಂಶ ಸೆಟ್ಗಳನ್ನು SBML, BioPAX/SBPAX ಮತ್ತು ಟೇಬಲ್ ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್ ಸೇರಿದಂತೆ ವಿವಿಧ ಸ್ವರೂಪಗಳಲ್ಲಿ ರಫ್ತು ಮಾಡಬಹುದು. ಉಲ್ಲೇಖಗಳು ಬಾಹ್ಯ ಉಲ್ಲೇಖಗಳು SABIO-RK ಮುಖಪುಟ ವ್ಯವಸ್ಥೆಗಳ ಜೀವಶಾಸ್ತ್ರ ಜೀವರಸಾಯನಶಾಸ್ತ್ರ ಆಣ್ವಿಕ ಜೀವಶಾಸ್ತ್ರ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳ ಜೈವಿಕ ದತ್ತಸಂಚಯಗಳು