Αr7 RNA
αr7 ಎಂಬುದು ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಸಣ್ಣ ನಾನ್-ಕೋಡಿಂಗ್ ಆರ್ಎನ್ಎಗಳ ಒಂದು ಕುಟುಂಬವಾಗಿದ್ದು, ಹೈಫೋಮೈಕ್ರೊಬಿಯಲ್ಗಳ ಕ್ರಮದಿಂದ ಆಲ್ಫಾಪ್ರೋಟೊಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಲ್ ಪ್ರಭೇದಗಳ ವಿಶಾಲ ಗುಂಪಿನಲ್ಲಿ ಪ್ರತಿನಿಧಿಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ. ಈ ಕುಟುಂಬದ ಮೊದಲ ಸದಸ್ಯ (ಎಸ್ಎಂಆರ್7ಸಿ 150ಎನ್ಟಿ) ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್ (ಸಿ) ನಲ್ಲಿರುವ ಸಿನೋರ್ಹಿಝೋಬಿಯಮ್ ಮೆಲಿಲೋಟಿ 1021 ಲೋಕಸ್ನಲ್ಲಿ ಕಂಡುಬಂದಿದೆ. ಮತ್ತಷ್ಟು ಹೋಮೋಲಜಿ ಮತ್ತು ರಚನೆಯ ಸಂರಕ್ಷಣಾ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು ಹಲವಾರು ಸಾರಜನಕ-ಸ್ಥಿರೀಕರಣದ ಸಹಜೀವೀಯ ರೈಜೋಬಿಯಾದಲ್ಲಿ (ಅಂದರೆ. ಆರ್. ಲೆಗುಮಿನೋಸಾರಮ್ bv.viciae, ಆರ್. ಲೆಗುಮಿನೋಸಾರಮ್ ಬಿವಿ. ಟ್ರೈಫೋಲಿ, ಆರ್. ಎಟ್ಲಿ, ಮತ್ತು ಹಲವಾರು ಮೆಸೋರ್ಹಿಝೋಬಿಯಮ್ ಪ್ರಭೇದಗಳು), ಅಗ್ರೋಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಂ ಪ್ರಭೇದಗಳಿಗೆ ಸೇರಿದ ಸಸ್ಯ ರೋಗಕಾರಕಗಳಲ್ಲಿ (ಅಂದರೆ. ಎ. ಟ್ಯೂಮೆಫಾಸಿಯನ್ಸ್, ಎ. ವಿಟಿಸ್, ಎ. ರೇಡಿಯೊಬ್ಯಾಕ್ಟರ್, ಮತ್ತು ಅಗ್ರೋಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಂ ಎಚ್13) ಜೊತೆಗೆ ಬ್ರೂಸೆಲ್ಲಾ ಪ್ರಭೇದಗಳ ವಿಶಾಲ ವರ್ಣಪಟಲದಲ್ಲಿ (ಬಿ. ಓವಿಸ್, ಬಿ. ಕ್ಯಾನಿಸ್, ಬಿ. ಅಬಾರ್ಟಸ್ ಮತ್ತು ಬಿ. ಮೈಕ್ರೋಟಿಸ್, ಮತ್ತು ಬಿ. ಮೆಲಿಟೆನ್ಸಿಸ್ನ ಹಲವಾರು ಬಯೋಬಾರ್ಗಳು). αr7 ಆರ್ಎನ್ಎ ಪ್ರಭೇದಗಳು 134-159 ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ಗಳು (ಎನ್ಟಿ) ಉದ್ದವಾಗಿವೆ (ಕೋಷ್ಟಕ 1) ಮತ್ತು ಉತ್ತಮವಾಗಿ ವ್ಯಾಖ್ಯಾನಿಸಲಾದ ಸಾಮಾನ್ಯ ದ್ವಿತೀಯಕ ರಚನೆಯನ್ನು ಹಂಚಿಕೊಳ್ಳುತ್ತವೆ (ಚಿತ್ರ 1, ಚಿತ್ರ 2). ಆಲ್ಫಾಪ್ರೋಟೊಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಲ್ ಜೀನೋಮ್ಗಳ (ಚಿತ್ರ 4) ಇಂಟರ್ಜೆನಿಕ್ ಪ್ರದೇಶಗಳ (ಐಜಿಆರ್)ೊಳಗಿನ ಸ್ವತಂತ್ರ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಘಟಕಗಳ ಉತ್ತಮವಾಗಿ ವ್ಯಾಖ್ಯಾನಿಸಲಾದ ಪ್ರವರ್ತಕ ಪ್ರದೇಶಗಳಿಂದ ವ್ಯಕ್ತಪಡಿಸಲಾದ ಟ್ರಾನ್ಸ್-ಆಕ್ಟಿಂಗ್ ಎಸ್ಆರ್ಎನ್ಎಗಳಾಗಿ αr7 ಪ್ರತಿಲೇಖನಗಳನ್ನು ಪಟ್ಟಿ ಮಾಡಬಹುದು. ಅನ್ವೇಷಣೆ ಮತ್ತು ರಚನೆ ಎಸ್ಎಂಆರ್7ಸಿ ಎಸ್ಆರ್ಎನ್ಎಯನ್ನು ಡೆಲ್ ವ್ಯಾಲ್ ಮತ್ತು ಇತರರು ವಿವರಿಸಿದ್ದಾರೆ. ಉಲ್ಲೇಖ ಎಸ್. ಮೆಲಿಲೋಟಿ 1021 ತಳಿ (ಸಿನೋರಿಝೋಬಿಯಮ್ ಮೆಲಿಲೋಟಿ 1021) ಯ ಅಂತರಜನಾಂಗೀಯ ಪ್ರದೇಶಗಳಲ್ಲಿ (ಐಜಿಆರ್). ಉತ್ತರದ ಸಂಕರೀಕರಣ ಪ್ರಯೋಗಗಳು ಎಸ್. ಎಂ. ಆರ್. 7ಸಿ ಲೋಕಸ್ನಿಂದ ವ್ಯಕ್ತಪಡಿಸಲಾದ ಎರಡು ಆರ್. ಎನ್. ಎ ಪ್ರಭೇದಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಿದವು, ಅವು ಸ್ವತಂತ್ರ-ಜೀವಂತ ಮತ್ತು ಎಂಡೋಸಿಂಬಯೋಟಿಕ್ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾಗಳಲ್ಲಿ ವಿಭಿನ್ನವಾಗಿ ಸಂಗ್ರಹಗೊಂಡಿವೆ. ಟಿಎಪಿ-ಆಧಾರಿತ 5 '-ಆರ್ಎಸಿಇ ಪ್ರಯೋಗಗಳು ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಪ್ರಾರಂಭ ತಾಣವನ್ನು (ಟಿಎಸ್ಎಸ್) ಎರಡು ನಿಕಟ ಜಿ ಅವಶೇಷಗಳಿಗೆ ಮ್ಯಾಪ್ ಮಾಡಿವೆ. ಪಡೆದ ಆರು ಸ್ವತಂತ್ರ ಅನುಕ್ರಮಗಳಲ್ಲಿ, ಐದು ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್ನಲ್ಲಿ 201,681 ಮತ್ತು ಒಂದು ಅಪ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್ ಅವಶೇಷಕ್ಕೆ 201,679 ಎಂದು ಮ್ಯಾಪ್ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ. ಇದಲ್ಲದೆ, ಟಿಎಪಿ-ಮತ್ತು ಅಣಕು-ಸಂಸ್ಕರಿಸಿದ ಆರ್ಎನ್ಎ ಮಾದರಿಗಳೆರಡರಲ್ಲೂ ಈ ಪ್ರತಿಲೇಖನದಿಂದ ಹೆಚ್ಚುವರಿ 5 '-ರೇಸ್ ಉತ್ಪನ್ನವನ್ನು ಪಡೆಯಬಹುದು. ಈ ಎರಡನೇ ಆರ್. ಎ. ಸಿ. ಇ. ಉತ್ಪನ್ನದ ಅನುಕ್ರಮವು ಎಸ್. ಮೆಲಿಲೋಟಿ 1021 ಜೀನೋಮ್ನಲ್ಲಿ 201,723 ಎನ್. ಟಿ. ಅನ್ನು ಉಳಿಸಲು ಎಸ್. ಎಂ. ಆರ್. 7. ಸಿ. ಯ ಸಂಸ್ಕರಣಾ ಸ್ಥಳವನ್ನು ಮ್ಯಾಪ್ ಮಾಡಿದೆ. 3 '-ತುದಿಯು 201,828 ಎನ್. ಟಿ ಸ್ಥಾನದಲ್ಲಿದೆ ಎಂದು ಭಾವಿಸಲಾಗಿತ್ತು, ಇದು ಪ್ರಾಮಾಣಿಕವಾದ ರೋ-ಸ್ವತಂತ್ರ ಟರ್ಮಿನೇಟರ್ ನ ಅಸ್ ನ ಸತತ ವಿಸ್ತರಣೆಯ ಕೊನೆಯ ಅವಶೇಷಕ್ಕೆ ಹೊಂದಿಕೆಯಾಗುತ್ತದೆ. ಎಸ್ಎಂಆರ್7ಸಿ ಪ್ರತಿಲೇಖನವನ್ನು ಎಸ್ಆರ್ಏ03 ಅಥವಾ ಎಸ್ಎಂ13 ಎಂದು ಉಲ್ಲೇಖಿಸಲಾಗಿರುವ ಸಮಾನಾಂತರ ಮತ್ತು ನಂತರದ ಅಧ್ಯಯನಗಳು, ಎಸ್. ಮೆಲಿಲ್ಲೋಟಿ ಮತ್ತು ಅದರ ನಿಕಟ ಸಂಬಂಧಿತ ತಳಿ 2011ರಲ್ಲಿ ಈ ಎಸ್ಆರ್ಎನ್ಎ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯನ್ನು ಸ್ವತಂತ್ರವಾಗಿ ದೃಢಪಡಿಸಿದವು. ಎಸ್. ಮೆಲಿಲೋಟಿ 2021ರ ಸಣ್ಣ ಆರ್ಎನ್ಎ ಭಾಗ (50-350 ಎನ್ಟಿ) ದ ಇತ್ತೀಚಿನ ಆಳವಾದ ಅನುಕ್ರಮ-ಆಧಾರಿತ ಗುಣಲಕ್ಷಣವು ಎಸ್ಎಂಆರ್7ಸಿ (ಇಲ್ಲಿ ಸ್ಮೆಲ್ಸಿ023 ಎಂದು ಉಲ್ಲೇಖಿಸಲಾಗಿದೆ) ಯ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯನ್ನು ಮತ್ತಷ್ಟು ದೃಢಪಡಿಸಿತು ಮತ್ತು ಪೂರ್ಣ-ಉದ್ದದ ಪ್ರತಿಲೇಖನದ 5 '-ತುದಿಯನ್ನು ಎಸ್. ಮೆಲಿಲೋಟಿ 1021 ಜೀನೋಮ್ನಲ್ಲಿ ಅದೇ ಸ್ಥಾನಕ್ಕೆ ಮತ್ತು 3' ತುದಿಯಿಂದ 201,825 ಸ್ಥಾನಕ್ಕೆ ಮ್ಯಾಪ್ ಮಾಡಿತು. ಎಸ್. ಎಂ. ಆರ್. 7ಸಿ ಯ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಆರಂಭದಲ್ಲಿ ಆರ್ಫಾಮ್ ದತ್ತಸಂಚಯದ ವಿರುದ್ಧ ಹುಡುಕಲು ಪ್ರಶ್ನೆಯಾಗಿ ಬಳಸಲಾಯಿತು (ಆವೃತ್ತಿ 10.0;). ಈ ಹೋಮೋಲಜಿ ಹುಡುಕಾಟವು ಈ ದತ್ತಸಂಚಯದಲ್ಲಿ ತಿಳಿದಿರುವ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಎಸ್ಆರ್ಎನ್ಎಗೆ ಯಾವುದೇ ಹೊಂದಾಣಿಕೆಗಳನ್ನು ಒದಗಿಸಲಿಲ್ಲ. ಪ್ರಸ್ತುತ ಲಭ್ಯವಿರುವ ಎಲ್ಲಾ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಜೀನೋಮ್ಗಳ ವಿರುದ್ಧ ಡೀಫಾಲ್ಟ್ ನಿಯತಾಂಕಗಳೊಂದಿಗೆ ಎಸ್ಎಂಆರ್7ಸಿ ಅನ್ನು ಮುಂದಿನ ಬ್ಲಾಸ್ಟ್ ಮಾಡಲಾಯಿತು (20 ಏಪ್ರಿಲ್ 2011 ರಂದು 1,615 ಅನುಕ್ರಮಗಳು;). ಪ್ರಶ್ನೆಯ ಅನುಕ್ರಮಕ್ಕೆ (78-89% ಹೋಲಿಕೆ) ಗಮನಾರ್ಹ ಏಕರೂಪತೆಯನ್ನು ಪ್ರದರ್ಶಿಸುವ ಪ್ರದೇಶಗಳನ್ನು ಇನ್ಫರ್ನಲ್ (version1.0) ಬಳಸಿ ಬೀಜ ಜೋಡಣೆಯಿಂದ ಕೋವೇರಿಯನ್ಸ್ ಮಾದರಿಯನ್ನು (CM) ರಚಿಸಲು ಹೊರತೆಗೆಯಲಾಯಿತು. ಅಸ್ತಿತ್ವದಲ್ಲಿರುವ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಜೀನೋಮಿಕ್ ದತ್ತಸಂಚಯಗಳಲ್ಲಿ (ಕೋಷ್ಟಕ 1) αr7 ಕುಟುಂಬದ ಹೊಸ ಸದಸ್ಯರನ್ನು ಹುಡುಕಲು ಮತ್ತು ಅಂತಿಮ CM ಮಾದರಿಯನ್ನು (ಚಿತ್ರ 1) ರಚಿಸಲು ಈ CM ಅನ್ನು ಬಳಸಲಾಯಿತು. ಕುಟುಂಬದ ಒಮ್ಮತದ ದ್ವಿತೀಯ ರಚನೆಯನ್ನು ಕಂಡುಹಿಡಿಯಲು ಫಲಿತಾಂಶಗಳನ್ನು ಕೈಯಿಂದ ಪರಿಶೀಲಿಸಲಾಗಿದೆ (ಚಿತ್ರ 1 ಮತ್ತು ಚಿತ್ರ 2). ಒಂದೇ ರೀತಿಯ ಮುನ್ಸೂಚನೆಗಳೊಂದಿಗೆ ಲೋಕಾರ್ನೇಟ್ ಪ್ರೋಗ್ರಾಂನೊಂದಿಗೆ ಒಮ್ಮತದ ರಚನೆಯನ್ನು ಸಹ ಸ್ವತಂತ್ರವಾಗಿ ಊಹಿಸಲಾಗಿದೆ. ಇನ್ಫರ್ನಲ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಸಿಎಮ್ನೊಂದಿಗೆ ಕಂಡುಬರುವ ಅನುಕ್ರಮಗಳ ಹಸ್ತಚಾಲಿತ ತಪಾಸಣೆಯು 26 ನಿಜವಾದ ಹೋಮೋಲಾಗ್ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಕಂಡುಹಿಡಿಯಲು ಅವಕಾಶ ಮಾಡಿಕೊಟ್ಟಿತು, ಇವೆಲ್ಲವೂ ಆಲ್ಫಾಪ್ರೋಟೊಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಲ್ ಜೀನೋಮ್ಗಳಲ್ಲಿ ಏಕ ವರ್ಣತಂತು ಪ್ರತಿಗಳಾಗಿ ಕಂಡುಬರುತ್ತವೆ. ಎಸ್ಎಂಆರ್7ಸಿಗೆ ಹತ್ತಿರದ ಹೋಮೋಲಾಗ್ಗಳನ್ನು ಎನ್ಕೋಡಿಂಗ್ ಮಾಡುವ ರೈಜೋಬಿಯಲ್ ಪ್ರಭೇದಗಳೆಂದರೆಃ ಎಸ್. ಮೆಡಿಕೇ ಮತ್ತು ಎಸ್. ಫ್ರೆಡಿ, ಎರಡು ಆರ್. ಲೆಗುಮಿನೋಸಾರಮ್ ಟ್ರೈಫೋಲಿ ತಳಿಗಳು (ಡಬ್ಲ್ಯುಎಸ್ಎಂ2304 ಮತ್ತು ಡಬ್ಲ್ಯುಎಸ್ಎಂ1325), ಎರಡು ಆರ್. ಎಟ್ಲಿ ತಳಿಗಳು ಸಿಎಫ್ಎನ್ 42 ಮತ್ತು ಸಿಐಎಟಿ 652, ಉಲ್ಲೇಖ ಆರ್. ಲೆಗುಮಿನೋಸಾರಮ್ ಬಿವಿ. ವಿಸಿಯಾ 3841 ಪ್ರಭೇದ, ಮತ್ತು ಅಗ್ರೋಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಂ ಪ್ರಭೇದಗಳಾದ ಎ. ವಿಟಿಸ್, ಎ. ಟ್ಯೂಮ್ಫಾಸಿಯನ್ಸ್, ಎ. ರೇಡಿಯೊಬ್ಯಾಕ್ಟರ್ ಮತ್ತು ಎ. ಎಚ್13 ಮತ್ತು ಮೆಸೋರ್ಹಿಝೋಬಮ್ ಪ್ರಭೇದಗಳಾದ ಲೋಟಿ, ಎಂ. ಸಿಸೆರಿ ಮತ್ತು ಎಂ. ಬಿ. ಎನ್. ಸಿ. ಈ ಎಲ್ಲಾ ಅನುಕ್ರಮಗಳು ಗಮನಾರ್ಹವಾದ ಇನ್ಫರ್ನಲ್ ಇ-ಮೌಲ್ಯಗಳನ್ನು (3.66E-49-2.93E-12) ಮತ್ತು ಬಿಟ್-ಸ್ಕೋರ್ಗಳನ್ನು ತೋರಿಸಿದವು. ಮಾದರಿಯೊಂದಿಗೆ ಕಂಡುಬರುವ ಉಳಿದ ಅನುಕ್ರಮಗಳು (1.58E-10 ಮತ್ತು 2.88E-09) ನಡುವೆ ಹೆಚ್ಚಿನ ಇ-ಮೌಲ್ಯಗಳನ್ನು ತೋರಿಸಿದವು ಆದರೆ ಕಡಿಮೆ ಬಿಟ್-ಸ್ಕೋರ್ಗಳನ್ನು ತೋರಿಸಿದವು ಮತ್ತು ಬ್ರೂಸೆಲ್ಲಾ ಪ್ರಭೇದಗಳಿಂದ (ಬಿ. ಓವಿಸ್, ಬಿ. ಕ್ಯಾನಿಸ್, ಬಿ. ಅಬಾರ್ಟಸ್, ಬಿ. ಮೈಕ್ರೋಟಿಸ್, ಬಿ. ಮೆಲಿಟೆನ್ಸಿಸ್ನ ಹಲವಾರು ಬಯೋಬಾರ್ಗಳು ಮತ್ತು ಬಿ. ಆಂಥ್ರೋಪಿ) ಎನ್ಕೋಡ್ ಮಾಡಲ್ಪಟ್ಟಿವೆ. ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ಮಾಹಿತಿ ಸಮಾನಾಂತರ ಅಧ್ಯಯನಗಳು ಎಸ್. ಮೆಲಿಲೋಟಿ 1021 ರಲ್ಲಿ ವಿವಿಧ ಜೈವಿಕ ಪರಿಸ್ಥಿತಿಗಳಲ್ಲಿ ಎಸ್ಎಂಆರ್ 7ಸಿ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯನ್ನು ಮೌಲ್ಯಮಾಪನ ಮಾಡಿವೆ; ಅಂದರೆ. ಟಿ. ವೈ. ಯಲ್ಲಿ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಬೆಳವಣಿಗೆ, ಕನಿಷ್ಠ ಮಧ್ಯಮ (ಎಂ. ಎಂ.) ಮತ್ತು ಲ್ಯುಟಿಯೋಲಿನ್-ಎಂ. ಎಂ. ಸಾರು ಮತ್ತು ಎಂಡೋಸಿಂಬಯೋಟಿಕ್ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾ (ಅಂದರೆ. ಪ್ರೌಢ ಸಹಜೀವನದ ಆಲ್ಫಾಲ್ಫಾ ಗಂಟುಗಳು). ಸ್ವತಂತ್ರವಾಗಿ ಬದುಕುವ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದಲ್ಲಿ ಎಸ್ಎಂಆರ್7ಸಿ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯು ಬೆಳವಣಿಗೆಯ ಮೇಲೆ ಅವಲಂಬಿತವಾಗಿದೆ ಎಂದು ಕಂಡುಬಂದಿದೆ, ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾಗಳು ಸ್ಥಾಯಿ ಹಂತವನ್ನು ಪ್ರವೇಶಿಸಿದಾಗ ಜೀನ್ ಅನ್ನು ಬಲವಾಗಿ ಕಡಿಮೆ-ನಿಯಂತ್ರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಮುಕ್ತ-ಜೀವಂತ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದೊಂದಿಗೆ (ಲಾಗ್ ಹಂತ ಟಿ. ವೈ ಅಥವಾ ಎಂ. ಎಂ. ಸಂಸ್ಕೃತಿಗಳು) ಹೋಲಿಸಿದಾಗ ಎಸ್. ಎಂ. ಆರ್. ಸಿ. 7 ನ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯು ಗಂಟುಗಳಲ್ಲಿ 13 ಪಟ್ಟು ಹೆಚ್ಚಾಗಿದೆ, ಇದು ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಸೋಂಕು ಮತ್ತು/ಅಥವಾ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ವ್ಯತ್ಯಾಸದ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಈ ಎಸ್. ಆರ್. ಎನ್. ಎಗಳ ಪ್ರಚೋದನೆಯನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ. ಎಸ್. ಎಂ. ಆರ್. ಸಿ. 7 ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯು ಸಮಾನಾಂತರ ಅಧ್ಯಯನಗಳಲ್ಲಿಯೂ ಸಾಬೀತಾಗಿದೆ. ಪ್ರವರ್ತಕ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ ಇಲ್ಲಿಯವರೆಗೆ ಪರಿಶೀಲಿಸಿದ αr7 ಕುಟುಂಬದ ಸದಸ್ಯರ ಎಲ್ಲಾ ಪ್ರವರ್ತಕ ಪ್ರದೇಶಗಳು ಎಸ್. ಆರ್. ಎನ್. ಎ. ಯ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಪ್ರಾರಂಭದ ಸ್ಥಳದ 80 ಬಿಪಿ ಅಪ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್ ವರೆಗೆ ವಿಸ್ತರಿಸಿರುವ ಅನುಕ್ರಮ ವಿಸ್ತರಣೆಯಲ್ಲಿ ಬಹಳವಾಗಿ ಸಂರಕ್ಷಿಸಲ್ಪಟ್ಟಿವೆ. ಎಲ್ಲಾ ಹತ್ತಿರದ ಏಕರೂಪದ ಸ್ಥಳಗಳು ಗುರುತಿಸಬಹುದಾದ σ70-ಅವಲಂಬಿತ ಪ್ರವರ್ತಕರನ್ನು ಹೊಂದಿದ್ದು, ಇದು-35/- 10 ಒಮ್ಮತದ ಲಕ್ಷಣವಾದ ಸಿಟಿಟಿಎಜಿಎಸಿ-ಎನ್17-ಸಿಟಿಎಟಿಎಟಿಯನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ, ಇದನ್ನು ಆಲ್ಫಾಪ್ರೋಟಿಯೋಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದಲ್ಲಿನ ಹಲವಾರು ಇತರ ಕುಲಗಳಲ್ಲಿ ವ್ಯಾಪಕವಾಗಿ ಸಂರಕ್ಷಿಸಲಾಗಿದೆ ಎಂದು ಈ ಹಿಂದೆ ತೋರಿಸಲಾಗಿದೆ. ಇತರ ತಿಳಿದಿರುವ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಅಂಶಗಳಿಗೆ ಬಂಧಿಸುವ ತಾಣಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ನಾವು ರೆಗ್ಪ್ರೆಡಿಕ್ಷನ್ ಒದಗಿಸಿದ ಫಾಸ್ಟಾ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಬಳಸಿದ್ದೇವೆ ಮತ್ತು ರೆಗ್ಯುಲಾನ್ಡಿಬಿ ಒದಗಿಸಿದ ಸ್ಥಾನ ತೂಕದ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ಗಳನ್ನು (ಪಿಎಸ್ಡಬ್ಲ್ಯೂಎಂ) ಬಳಸಿದ್ದೇವೆ. ನಾವು ಒಮ್ಮತ/ಪ್ಯಾಟ್ಸರ್ ಪ್ರೋಗ್ರಾಂ ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ರೆಗ್ಪ್ರೆಡಿಕ್ಷನ್ ಅನುಕ್ರಮಗಳಿಂದ ಪ್ರತಿ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಅಂಶಕ್ಕೆ ಪಿಎಸ್ಡಬ್ಲ್ಯೂಎಂ ಅನ್ನು ನಿರ್ಮಿಸಿದೆವು, 14 ಮತ್ತು 30 ರ ನಡುವಿನ ಉದ್ದೇಶದ ಉದ್ದಗಳಿಗೆ ಅತ್ಯುತ್ತಮ ಅಂತಿಮ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ ಅನ್ನು ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡಿ, ಪ್ರತಿ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ಗೆ ಮಿತಿ ಸರಾಸರಿ ಇ-ಮೌಲ್ಯ <10ಇ-10 ಅನ್ನು ಸ್ಥಾಪಿಸಲಾಗಿದೆ, (gps-tools2.its.yale.edu ನಲ್ಲಿ "ಥ್ರೆಶೋಲ್ಡ್ ಒಮ್ಮತ" ಅನ್ನು ನೋಡಿ). ಇದಲ್ಲದೆ, ನಾವು ಎಮ್ಇಎಂಇ ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಸಂರಕ್ಷಿತ ಅಜ್ಞಾತ ಲಕ್ಷಣಗಳನ್ನು ಹುಡುಕಿದೆವು ಮತ್ತು ಶಾಂತವಾದ ನಿಯಮಿತ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಗಳನ್ನು ಬಳಸಿದ್ದೇವೆ (ಅಂದರೆ. ಮಾದರಿ ಹೊಂದಾಣಿಕೆ) ಎಸ್. ಎಂ. ಆರ್. 7ಸಿ ಹೋಮೋಲಾಗ್ಸ್ ಪ್ರವರ್ತಕರ ಎಲ್ಲಾ ಪ್ರವರ್ತಕರ ಮೇಲೆ. ಈ ಅಧ್ಯಯನಗಳು ಎಲ್ಎಲ್ ಪ್ರವರ್ತಕ ಪ್ರದೇಶಗಳಲ್ಲಿ 20 ಬಿಪಿ ಸಂರಕ್ಷಿತ ಮೋಟಿಫನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸಿದವು, ಇದನ್ನು ಕಿತ್ತಳೆ ಬಣ್ಣದಲ್ಲಿ ಎಂಇಎಂಇ ಸಂರಕ್ಷಿತ ಮೋಟಿಫ್ನಂತೆ ಗುರುತಿಸಲಾಗಿದೆ, (ಚಿತ್ರ 4), ಆದರೆ ತಿಳಿದಿರುವ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಷನ್ ಫ್ಯಾಕ್ಟರ್ ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಸೈಟ್ಗಳ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ಗಳಿಗೆ ಯಾವುದೇ ಗಮನಾರ್ಹ ಹೋಲಿಕೆಯನ್ನು ಸ್ಥಾಪಿಸಲಾಗಿಲ್ಲ. ಜೆನೋಮಿಕ್ ಸನ್ನಿವೇಶ αr7 ಕುಟುಂಬದ ಎಲ್ಲಾ ಗುರುತಿಸಲಾದ ಸದಸ್ಯರು ಕ್ರೋಮೋಸೋಮಲ್ ಐಜಿಆರ್ಗಳಲ್ಲಿನ ಸ್ವತಂತ್ರ ಪ್ರವರ್ತಕರಿಂದ ಲಿಪ್ಯಂತರಗೊಂಡ ಟ್ರಾನ್ಸ್-ಎನ್ಕೋಡ್ ಮಾಡಲಾದ ಎಸ್ಆರ್ಎನ್ಎಗಳಾಗಿವೆ. ಬೀಜ ಜೋಡಣೆಯ ಸದಸ್ಯರ ಹೆಚ್ಚಿನ ನೆರೆಯ ವಂಶವಾಹಿಗಳನ್ನು ಟಿಪ್ಪಣಿ ಮಾಡಲಾಗಿಲ್ಲ ಮತ್ತು ಆದ್ದರಿಂದ ಅವುಗಳನ್ನು ಹಸ್ತಚಾಲಿತವಾಗಿ ಸಂಗ್ರಹಿಸಲಾಗಿದೆ. ಸಿನೋರಿಝೋಬಿಯಮ್, ರೈಝೋಬಿಯಮ್ ಮತ್ತು ಅಗ್ರೋಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಂ ಗುಂಪಿನ ಸದಸ್ಯರ αr7 sRNAಗಳ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಪ್ರದೇಶಗಳು ಅನುಕ್ರಮವಾಗಿ ಡಿಎನ್ಎ ಪಾಲಿಮರೇಸ್ ಮತ್ತು ಮಾರ್ಆರ್ ಕುಟುಂಬದ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ನಿಯಂತ್ರಕಕ್ಕಾಗಿ ಅಪ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್ ಮತ್ತು ಡೌನ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್ ಜೀನ್ಗಳ ಕೋಡಿಂಗ್ನೊಂದಿಗೆ ಹೆಚ್ಚಿನ ಮಟ್ಟದ ಸಂರಕ್ಷಣೆಯನ್ನು ಪ್ರದರ್ಶಿಸಿದವು. ಮೆಸೋರ್ಹಿಝೋಬಿಯಮ್ ಮತ್ತು ಬ್ರೂಸೆಲ್ಲಾ ಗುಂಪುಗಳಲ್ಲಿ αr7 ಜೀನೋಮಿಕ್ ಪ್ರದೇಶಗಳ ಭಾಗಶಃ ಸಮನ್ವಯತೆ ಕಂಡುಬಂದಿದೆ, ಅಲ್ಲಿ ಮಾರ್ಆರ್ ಕುಟುಂಬದ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಷನಲ್ ನಿಯಂತ್ರಕ ಜೀನ್ನ ಬದಲಿಗೆ, ಪೆಪ್ಟಿಡೇಸ್ ಎನ್ಕೋಡಿಂಗ್ ಜೀನ್ ಕಂಡುಬಂದಿದೆ. ಸ್ಟಾಕ್ಹೋಮ್ ಸ್ವರೂಪದಲ್ಲಿರುವ ಡೇಟಾ ಡೌನ್ಲೋಡ್ ಕೋವೇರಿಯನ್ಸ್ ಮಾದರಿಯನ್ನು gps-tools2.its.yale.edu ನಲ್ಲಿ ಡೌನ್ಲೋಡ್ ಮಾಡಬಹುದು. ಉಲ್ಲೇಖಗಳು ಆರ್ಎನ್ಎ