Nest (protein structural motif)
ಗೂಡು ಒಂದು ರೀತಿಯ ಪ್ರೋಟೀನ್ ರಚನಾತ್ಮಕ ಲಕ್ಷಣವಾಗಿದೆ. ಇದು ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳು ಮತ್ತು ಪೆಪ್ಟೈಡ್ಗಳೆರಡರ ಸಣ್ಣ ಪುನರಾವರ್ತಿತ ಅಯಾನು-ಬಂಧಿಸುವ ಲಕ್ಷಣವಾಗಿದೆ. ಪ್ರತಿಯೊಂದೂ ಅನುಕ್ರಮವಾಗಿ ಮೂರು ಅಮೈನೊ ಆಮ್ಲ ಅವಶೇಷಗಳ ಮುಖ್ಯ ಸರಪಳಿ ಪರಮಾಣುಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುತ್ತದೆ. ಮುಖ್ಯ ಸರಪಳಿ ಎನ್ಎಚ್ ಗುಂಪುಗಳು ಅಯಾನುಗಳನ್ನು ಬಂಧಿಸುತ್ತವೆ, ಆದರೆ ಅಡ್ಡ ಸರಪಳಿ ಪರಮಾಣುಗಳು ಹೆಚ್ಚಾಗಿ ಒಳಗೊಂಡಿರುವುದಿಲ್ಲ. ಪ್ರೊಲೈನ್ ಅವಶೇಷಗಳು ಎನ್ಎಚ್ ಗುಂಪುಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವುದಿಲ್ಲ ಆದ್ದರಿಂದ ಗೂಡುಗಳಲ್ಲಿ ಅಪರೂಪ. ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳಲ್ಲಿನ 12ರಷ್ಟು ಅಮೈನೋ ಆಮ್ಲದ ಅವಶೇಷಗಳಲ್ಲಿ ಸರಾಸರಿ ಒಂದು ಗೂಡಿಗೆ ಸೇರಿದೆ. ಗೂಡಿನ ಸಂರಚನೆಗಳು ಗೂಡಿನ ಸಂರಚನೆಯು ಮೊದಲ ಮತ್ತು ಮೂರನೇ ಅಮೈನೋ ಆಮ್ಲ ಅವಶೇಷಗಳ ಎನ್ಎಚ್ ಗುಂಪುಗಳು ಋಣಾತ್ಮಕ ಆವೇಶದ, ಅಥವಾ ಭಾಗಶಃ ಋಣಾತ್ಮಕ ಆವೇಶದ, ಪರಮಾಣು, ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಆಮ್ಲಜನಕದ ಪರಮಾಣುಗೆ ಬಂಧಿಸಲ್ಪಟ್ಟ ಹೈಡ್ರೋಜನ್ ಆಗಿರಲು ಕಾರಣವಾಗುತ್ತದೆ. ಎರಡನೇ ಅವಶೇಷದ ಎನ್ಎಚ್ ಸಹ ಅದೇ ಪರಮಾಣುಗೆ ಬಂಧಿಸಲಾದ ಹೈಡ್ರೋಜನ್ ಆಗಿರಬಹುದು ಆದರೆ ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಸ್ವಲ್ಪ ದೂರವನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ. ಈ ಮುಖ್ಯ ಸರಪಳಿ ಪರಮಾಣುಗಳು ಗೂಡು ಎಂದು ಕರೆಯಲ್ಪಡುವ ಕುಹರವನ್ನು ರೂಪಿಸುತ್ತವೆ, ಅದರೊಳಗೆ ಅಯಾನಿಕ್ ಪರಮಾಣು ಹೊಂದಿಕೊಳ್ಳುತ್ತದೆ. ಅಂತಹ ಅಯಾನಿಕ್ ಪರಮಾಣುಗಳನ್ನು ಕೆಲವೊಮ್ಮೆ ಮೊಟ್ಟೆಗಳು ಎಂದು ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಗೂಡಿಗೆ ಬಂಧಿಸಿ ಒಂದಕ್ಕಿಂತ ಹೆಚ್ಚು ಮೊಟ್ಟೆಗಳು ಸಂಭವಿಸಬಹುದು. ಕರುಳಿನ ಸೆರಿನ್ ಪ್ರೋಟಿಯೇಸ್ಗಳ ಆಕ್ಸಿಯಾನಿಯನ್ ರಂಧ್ರವು ಗೂಡಿನ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಉದಾಹರಣೆಯಾಗಿದೆ. ಮತ್ತೊಂದು ಆಂಟಿಬಯೋಟಿಕ್ ಪೆಪ್ಟೈಡ್ ವ್ಯಾನ್ಕೊಮೈಸಿನ್ನ ಆಳವಾದ ಕುಹರದ ಕೆಳಭಾಗದಲ್ಲಿ ಸಂಭವಿಸುತ್ತದೆ, ಇದು ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಜೀವಕೋಶದ ಗೋಡೆಯ ಸಂಶ್ಲೇಷಣೆಯ ಅಂತಿಮ ಹಂತಗಳಲ್ಲಿ ಬಳಸಲಾಗುವ ಪ್ರಮುಖ ಕಾರ್ಬಾಕ್ಸಿಲೇಟ್ ಗುಂಪನ್ನು ಬಂಧಿಸುತ್ತದೆ, ಇದರಿಂದಾಗಿ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಕೋಶಗಳು ಹೆಚ್ಚಾಗುವುದನ್ನು ತಡೆಯುತ್ತದೆ. ಗೂಡುಗಳನ್ನು ಮುಖ್ಯ ಸರಪಳಿ ಪರಮಾಣುಗಳ ಸಂರಚನೆಯಿಂದ ವ್ಯಾಖ್ಯಾನಿಸಲಾಗಿದೆ, ಅವುಗಳೆಂದರೆ ಗೂಡಿನಲ್ಲಿನ ಮೊದಲ ಎರಡು ಅಮೈನೋ ಆಮ್ಲಗಳ ಫೈ, ಸೈ ಡೈಹೆಡ್ರಲ್ ಕೋನಗಳು. ಒಂದು ವಿಶಿಷ್ಟವಾದ (ಆರ್ಎಲ್) ಗೂಡಿಗೆ ಫೈ =-90°; ಸೈ = 0°; ಫೈ + 1 = 80°; ಸೈ + 1 = 20°. ಗೂಡುಗಳು ಅವುಗಳ ಕುಹರದ ಮಟ್ಟದಲ್ಲಿ ಬದಲಾಗುತ್ತವೆ. ಕೆಲವು ಕಣಜತ್ವವು ಕಳೆದುಹೋಗುವಷ್ಟು ಕಡಿಮೆ ಹೊಂದಿರುತ್ತವೆ; ಈ ಪೆಪ್ಟೈಡ್ಗಳು ಆಗಾಗ್ಗೆ ತಮ್ಮ ಎನ್ಎಚ್ ಗುಂಪುಗಳ ಮೂಲಕ ಅಯಾನುಗಳ ಬದಲಿಗೆ ತಮ್ಮ ಮುಖ್ಯ ಸರಪಳಿ ಸಿಒ ಗುಂಪುಗಳ ಮೂಲಕ ಕ್ಯಾಟಯಾನುಗಳನ್ನು ಬಂಧಿಸುತ್ತವೆ. ಪೊಟ್ಯಾಸಿಯಮ್ ಕಾಲುವೆಯ ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಶೋಧಕ ಮತ್ತು ಆಕ್ವಾಪೊರಿನ್ನ ನೀರಿನ ಕಾಲುವೆಯು ಈ ಹೆಚ್ಚು ರೇಖೀಯ ರಚನೆಯನ್ನು ಪ್ರದರ್ಶಿಸುತ್ತದೆ, ಇದರಲ್ಲಿ ಕಾರ್ಬೊನಿಲ್ ಗುಂಪುಗಳನ್ನು ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳು ಪೊರೆಗಳಾದ್ಯಂತ ಅಣುಗಳನ್ನು ಸಾಗಿಸಲು ಬಳಸುತ್ತವೆ. ಈ ನಿಕಟ-ರೇಖೀಯ ಸಂರಚನೆಯು ಆಲ್ಫಾ ಶೀಟ್ ಸಂಯುಕ್ತ ಗೂಡುಗಳ ಒಂದು ಎಳೆಗಳಲ್ಲಿ ಕಂಡುಬರುತ್ತದೆ, ಮೊದಲ ಗೂಡಿನ i + 1 ಶೇಷವು ಎರಡನೇ ಗೂಡಿನ i ಶೇಷವಾಗಿರುವಂತೆ ಎರಡು ಗೂಡುಗಳು ಅತಿಕ್ರಮಿಸಿದರೆ, ಸಂಯುಕ್ತ ಗೂಡು ರೂಪುಗೊಳ್ಳುತ್ತದೆ. ಇದು ಮೂರು ಎನ್ಎಚ್ ಗುಂಪುಗಳ ಬದಲಿಗೆ ನಾಲ್ಕು ಎನ್ಎಚ್ ಗುಂಪುಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ. ಮೊದಲ ಗೂಡಿನ ಅವಶೇಷಗಳಾದ i + 1 ಮತ್ತು i + 2 ಗಳು ಎರಡನೇ ಮತ್ತು ಮೂರನೇ ಗೂಡಿನ ಅವಶೇಷಗಳಾಗಿರುವಂತೆ ಮೂರು ಗೂಡುಗಳು ಒಂದಕ್ಕೊಂದು ಅಂಟಿಕೊಂಡರೆ, ಐದು ಎನ್ಎಚ್ ಗುಂಪುಗಳೊಂದಿಗೆ ವಿಶಾಲವಾದ ಸಂಯುಕ್ತ ಗೂಡು ರೂಪುಗೊಳ್ಳುತ್ತದೆ. ಮುಖ್ಯ ಸರಪಳಿ ಪರಮಾಣುಗಳು ಅಪೂರ್ಣವಾದ ಉಂಗುರದ ಭಾಗವಾಗಿದ್ದು, ಎನ್ಎಚ್ ಗುಂಪುಗಳೆಲ್ಲವೂ ಉಂಗುರದ ಕೇಂದ್ರದ ಕಡೆಗೆ ಸ್ಥೂಲವಾಗಿ ತೋರಿಸುತ್ತವೆ. ಅವುಗಳ ಕುಹರಗಳು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಸರಳ ಗೂಡುಗಳಿಗಿಂತ ಅಗಲವಾಗಿರುವುದರಿಂದ, ಸಂಯುಕ್ತ ಗೂಡುಗಳನ್ನು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳು ಫಾಸ್ಫೇಟ್ಗಳಂತಹ ಬಹು-ಪರಮಾಣು ಅಯಾನುಗಳನ್ನು ಬಂಧಿಸಲು, ಪಿ-ಲೂಪ್ ಅಥವಾ ವಾಕರ್ ಮೋಟಿಫ್ಗಳಲ್ಲಿರುವಂತೆ ಮತ್ತು ಕಬ್ಬಿಣ-ಸಲ್ಫರ್ ಸಮೂಹಗಳಲ್ಲಿ ಬಳಸುತ್ತವೆ. ಕನಿಷ್ಠ ಪೆಪ್ಟೈಡ್ ಪಿ-ಲೂಪ್ನಂತೆ ವಿನ್ಯಾಸಗೊಳಿಸಲಾದ ಸಂಶ್ಲೇಷಿತ ಪೆಪ್ಟೈಡ್ ಸೆರ್-ಗ್ಲೈ-ಅಲಾ-ಗ್ಲೈ-ಲೈಸ್-ಥರ್, ತಟಸ್ಥ ಪಿಹೆಚ್ನಲ್ಲಿ ಅಜೈವಿಕ ಫಾಸ್ಫೇಟ್ ಅನ್ನು ಬಲವಾಗಿ ಬಂಧಿಸುತ್ತದೆ ಎಂದು ತೋರಿಸಲಾಗಿದೆ. ಗೂಡಿನ ಪ್ರಕಾರಗಳು ಸರಳ ಗೂಡುಗಳು ಮೊದಲ ಎರಡು ಗೂಡಿನ ಅವಶೇಷಗಳ ಫೈ ಕೋನಗಳ ಚಿಹ್ನೆಯನ್ನು ಅವಲಂಬಿಸಿ ಆರ್ಎಲ್ ಮತ್ತು ಎಲ್ಆರ್ ಎಂದು ಕರೆಯಲ್ಪಡುವ ಎರಡು ವಿಧಗಳಾಗಿವೆ. ಆರ್ ಅವಶೇಷಗಳು ಋಣಾತ್ಮಕ ಫೈ ಮೌಲ್ಯಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿವೆ (ಬಲಗೈ ಆಲ್ಫಾ-ಹೆಲಿಕ್ಸ್ನಲ್ಲಿರುವಂತೆ) ಮತ್ತು ಎಲ್ ಅವಶೇಷಗಳು ಧನಾತ್ಮಕ ಫೈ ಮೌಲ್ಯಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿವೆ (ಎಡಗೈ ಆಲ್ಫಾ ಹೆಲಿಕ್ಸ್ನಲ್ಲಿರುವಂತೆ). ಎಂಭತ್ತು ಪ್ರತಿಶತ ಗೂಡುಗಳು ಆರ್ಎಲ್ ಮತ್ತು 20 ಪ್ರತಿಶತ ಎಲ್ಆರ್ ಆಗಿವೆ. ಎರಡು ಗೂಡುಗಳು ಒಂದಕ್ಕೊಂದು ಅಂಟಿಕೊಂಡಾಗ ಅವು ಆರ್ಎಲ್ಆರ್ ಅಥವಾ ಎಲ್ಆರ್ಎಲ್ ಆಗಿರಬಹುದು. ಮೂರು ಗೂಡುಗಳು ಒಂದಕ್ಕೊಂದು ಅಂಟಿಕೊಂಡಾಗ ಅವು ಆರ್ಎಲ್ಆರ್ಎಲ್ ಅಥವಾ ಎಲ್ಆರ್ಎಲ್ಆರ್ ಆಗಿರಬಹುದು. ಪ್ರತಿ ಷೆಲ್ಮನ್ ಲೂಪ್ ಅದರ ಆರು ಅವಶೇಷಗಳಲ್ಲಿ ಕೊನೆಯ ಮೂರರಲ್ಲಿ ಆರ್ಎಲ್ ಗೂಡುಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುತ್ತದೆ. ಗೂಡು ಅದರ ಹಿಂದಿನ ಕಾರ್ಬೊನಿಲ್ ಆಮ್ಲಜನಕದ ಪರಮಾಣುಗಳನ್ನು ಅನುಕ್ರಮವಾಗಿ ಬಂಧಿಸುತ್ತದೆ. ಹಲವಾರು ಪ್ರತಿಕಾಯ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳು ಕಾರ್ಬಾಕ್ಸಿಲೇಟ್ ಸೈಡ್ ಚೈನ್ಗೆ ಬಂಧಿಸಲಾದ ತಮ್ಮ ಎಚ್-ಚೈನ್ ಸಿ. ಡಿ. ಆರ್ಗಳ (ಪೂರಕತೆಯನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸುವ ಪ್ರದೇಶಗಳು) ಹೇರ್ಪಿನ್ ಲೂಪ್ಗಳಲ್ಲಿ ಆರ್. ಎಲ್. ಆರ್ ಗೂಡುಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುತ್ತವೆ. ಫಾಸ್ಫೊರಿಲೇಟೆಡ್ ಸೆರಿನ್ಗಳು ಮತ್ತು ಥ್ರೆಯೊನಿನ್ಗಳೊಂದಿಗೆ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳಿಗೆ ನಿರ್ದಿಷ್ಟವಾದ ಮೊನೊಕ್ಲೋನಲ್ ಗೂಡು-ಹೊಂದಿರುವ ಪ್ರತಿಕಾಯಗಳನ್ನು ಉಂಟುಮಾಡಲು ಇವುಗಳನ್ನು ವಿನ್ಯಾಸಗೊಳಿಸಲಾಗಿದೆ. ಹೆಚ್ಚಿನ ಪಿಡಿಝಡ್ ಡೊಮೇನ್ಗಳು ಮೊದಲ ಬೀಟಾ-ಸ್ಟ್ರಾಂಡ್ನ ಆರಂಭದಲ್ಲಿ ಆರ್ಎಲ್ ಗೂಡುಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿದ್ದು, ಡೊಮೇನ್ನ ಪೆಪ್ಟೈಡ್ ಅಥವಾ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಲಿಗ್ಯಾಂಡ್ನ ಸಿ-ಟರ್ಮಿನಸ್ನಲ್ಲಿ ಕಾರ್ಬಾಕ್ಸಿಲೇಟ್ ಗುಂಪನ್ನು ಗುರುತಿಸುವ ಕಾರ್ಯವನ್ನು ಹೊಂದಿವೆ. ಉಲ್ಲೇಖಗಳು ಬಾಹ್ಯ ಕೊಂಡಿಗಳು ಪ್ರೇರಿತ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳುಃ; PDBeMotif:. ಪ್ರೋಟೀನ್ ರಚನಾತ್ಮಕ ಲಕ್ಷಣಗಳು ಟ್ರಿಪೆಪ್ಟೈಡ್ಗಳು