SHIFTCOR
ಶಿಫ್ಟ್ಕೋರ್ (ಶಿಫ್ಟ್ ಕರೆಕ್ಷನ್) ಉಚಿತವಾಗಿ ಲಭ್ಯವಿರುವ ವೆಬ್ ಸರ್ವರ್ ಮತ್ತು ಪ್ರೋಟೀನ್ ರಾಸಾಯನಿಕ ಶಿಫ್ಟ್ ಮರು-ಉಲ್ಲೇಖಕ್ಕಾಗಿ ಸ್ವತಂತ್ರ ಕಂಪ್ಯೂಟರ್ ಪ್ರೋಗ್ರಾಂ ಆಗಿದೆ. ಜೈವಿಕ ಆಣ್ವಿಕ ಎನ್. ಎಂ. ಆರ್. ನಲ್ಲಿ ರಾಸಾಯನಿಕ ಶಿಫ್ಟ್ ಉಲ್ಲೇಖವು ವಿಶೇಷವಾಗಿ ವ್ಯಾಪಕವಾದ ಸಮಸ್ಯೆಯಾಗಿದ್ದು, ಅಸ್ತಿತ್ವದಲ್ಲಿರುವ ಎನ್. ಎಂ. ಆರ್. ರಾಸಾಯನಿಕ ಶಿಫ್ಟ್ ಕಾರ್ಯಯೋಜನೆಗಳಲ್ಲಿ 25 ಪ್ರತಿಶತದಷ್ಟು ಅಸಮರ್ಪಕವಾಗಿ ಉಲ್ಲೇಖಿಸಲಾಗಿದೆ. ಈ ಕೆಲವು ಉಲ್ಲೇಖ ಸಮಸ್ಯೆಗಳು 1 ರಿಂದ 2.5 ಪಿಪಿಎಂ (ವಿಶೇಷವಾಗಿ 13ಸಿ ಮತ್ತು 15ಎನ್ ರಾಸಾಯನಿಕ ವರ್ಗಾವಣೆಗಳಲ್ಲಿ) ನಡುವಿನ ವ್ಯವಸ್ಥಿತ ದೋಷಗಳಿಗೆ ಕಾರಣವಾಗಬಹುದು. ಈ ಪ್ರಮಾಣದ ದೋಷಗಳು ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳ ನಡುವಿನ ನಿಯೋಜನೆಗಳನ್ನು ಹೋಲಿಸುವ ಅಥವಾ ರಾಸಾಯನಿಕ ಬದಲಾವಣೆಗಳನ್ನು ರಚನಾತ್ಮಕವಾಗಿ ಅರ್ಥೈಸಿಕೊಳ್ಳುವ ಯಾವುದೇ ಪ್ರಯತ್ನದಲ್ಲಿ ವಿನಾಶವನ್ನು ಉಂಟುಮಾಡಬಹುದು. ಯಾವ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳನ್ನು ತಪ್ಪಾಗಿ ನಿಯೋಜಿಸಲಾಗಿದೆ ಅಥವಾ ಸರಿಯಾಗಿ ಉಲ್ಲೇಖಿಸಲಾಗಿಲ್ಲ ಎಂಬುದನ್ನು ಗುರುತಿಸುವುದು ಸವಾಲಾಗಿರಬಹುದು, ಏಕೆಂದರೆ ದೋಷಗಳು ಕಂಡುಬಂದ ನಂತರ ಅವುಗಳನ್ನು ಸರಿಪಡಿಸಬಹುದು. ಈ ರಾಸಾಯನಿಕ ಬದಲಾವಣೆಯ ಉಲ್ಲೇಖದ ಸಮಸ್ಯೆಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಮತ್ತು ಸರಿಪಡಿಸಲು ಸಹಾಯ ಮಾಡಲು ಶಿಫ್ಟ್ಕೋರ್ ಕಾರ್ಯಕ್ರಮವನ್ನು ವಿನ್ಯಾಸಗೊಳಿಸಲಾಗಿದೆ. ನಿರ್ದಿಷ್ಟವಾಗಿ ಇದು ಪೆಪ್ಟೈಡ್ಗಳು ಮತ್ತು ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳ 1H, 13C ಮತ್ತು 15N ಬೆನ್ನೆಲುಬಿನ ರಾಸಾಯನಿಕ ಬದಲಾವಣೆಗಳನ್ನು ಹೋಲಿಸುತ್ತದೆ, ಗುರುತಿಸುತ್ತದೆ, ಸರಿಪಡಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಮರು-ಉಲ್ಲೇಖಿಸುತ್ತದೆ, ಗಮನಿಸಿದ ರಾಸಾಯನಿಕ ಬದಲಾವಣೆಗಳನ್ನು ಆಸಕ್ತಿಯ ಪ್ರೋಟೀನ್ (ಗಳ) 3D ರಚನೆಯಿಂದ (PDB ನಿರ್ದೇಶಾಂಕಗಳನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು) ಪಡೆದ ಊಹಿಸಲಾದ ರಾಸಾಯನಿಕ ಬದಲಾವಣೆಗಳೊಂದಿಗೆ ಹೋಲಿಸುತ್ತದೆ. ಊಹಿಸಲಾದ ರಾಸಾಯನಿಕ ಬದಲಾವಣೆಗಳನ್ನು ಶಿಫ್ಟ್ಎಕ್ಸ್ ಪ್ರೋಗ್ರಾಂ ಬಳಸಿ ಲೆಕ್ಕಹಾಕಲಾಗುತ್ತದೆ. ಷಿಫ್ಟ್ಕೋರ್ ಪ್ರೋಗ್ರಾಂ ಅನ್ನು ಮೂಲತಃ ರೆಫ್ಡಿಬಿ ಎಂದು ಕರೆಯಲಾಗುವ ಸರಿಯಾಗಿ ಮರು-ಉಲ್ಲೇಖಿತ ಪ್ರೋಟೀನ್ ರಾಸಾಯನಿಕ ಶಿಫ್ಟ್ ಕಾರ್ಯಯೋಜನೆಗಳ ದತ್ತಸಂಚಯವನ್ನು ನಿರ್ಮಿಸಲು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತಿತ್ತು. ರೆಫ್ಡಿಬಿ 2000 ಕ್ಕೂ ಹೆಚ್ಚು ಸರಿಯಾಗಿ ಉಲ್ಲೇಖಿಸಲಾದ ಪ್ರೋಟೀನ್ ರಾಸಾಯನಿಕ ಶಿಫ್ಟ್ ಕಾರ್ಯಯೋಜನೆಗಳ ವೆಬ್-ಪ್ರವೇಶಿಸಬಹುದಾದ ದತ್ತಸಂಚಯವಾಗಿದೆ. ಮೂಲತಃ ಸ್ಟ್ಯಾಂಡ್-ಅಲೋನ್ ಪ್ರೋಗ್ರಾಂ ಆಗಿ ಮಾತ್ರ ಲಭ್ಯವಿದ್ದರೂ, ನಂತರ ಶಿಫ್ಟ್ಕೋರ್ ಅನ್ನು ವೆಬ್ ಸರ್ವರ್ ಆಗಿ ಸಾಮಾನ್ಯ ಬಳಕೆಗಾಗಿ ಬಿಡುಗಡೆ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ. ಕೆಮಿಕಲ್ ಶಿಫ್ಟ್ ಎನ್ಎಂಆರ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸ್ಟ್ರಕ್ಚರ್ ಡೇಟಾಬೇಸ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಕೆಮಿಕಲ್ ಶಿಫ್ಟ್ ರೀ-ರಿಫರೆನ್ಸಿಂಗ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸೆಕೆಂಡರಿ ಸ್ಟ್ರಕ್ಚರ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಕೆಮಿಕಲ್ ಶಿಫ್ಟ್ ಪ್ರಿಡಿಕ್ಷನ್ ಕೆಮಿಕಲ್ ಶಿಫ್ಟ್ ಇಂಡೆಕ್ಸ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಎನ್ಎಂಆರ್ ರೆಫೆರೆನ್ಸ್ ಬಾಹ್ಯ ಕೊಂಡಿಗಳು ಶಿಫ್ಟ್ಎಕ್ಸ್ ರೆಫ್ಡಿಬಿ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯರ್ ಮ್ಯಾಗ್ನೆಟಿಕ್ ರೆಸೋನೆನ್ಸ್ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ ವಿಧಾನಗಳು ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸ್ಟ್ರಕ್ಚರ್ ಬಯೋಫಿಸಿಕ್ಸ್ ಕೆಮಿಸ್ಟ್ರಿ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ಜೈವಿಕ ದತ್ತಸಂಚಯಗಳನ್ನು ನೋಡಿ.