Αr9 RNA
αr9 ಎಂಬುದು ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಸಣ್ಣ ನಾನ್-ಕೋಡಿಂಗ್ ಆರ್ಎನ್ಎಗಳ ಒಂದು ಕುಟುಂಬವಾಗಿದ್ದು, ಹೈಫೋಮೈಕ್ರೊಬಿಯಲ್ಗಳ ಕ್ರಮದಿಂದ α-ಪ್ರೋಟಿಯೋಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ವಿಶಾಲ ಗುಂಪಿನಲ್ಲಿ ಪ್ರತಿನಿಧಿಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ. ಈ ಕುಟುಂಬದ ಮೊದಲ ಸದಸ್ಯ (ಎಸ್ಎಂಆರ್9ಸಿ) ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್ (ಸಿ) ನಲ್ಲಿರುವ ಸಿನೋರ್ಹಿಝೋಬಿಯಮ್ ಮೆಲಿಲೋಟಿ 1021 ಲೋಕಸ್ನಲ್ಲಿ ಕಂಡುಬಂದಿದೆ. ಮತ್ತಷ್ಟು ಹೋಮೋಲಜಿ ಮತ್ತು ರಚನೆಯ ಸಂರಕ್ಷಣಾ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು ಹಲವಾರು ಸಾರಜನಕ-ಸ್ಥಿರೀಕರಣದ ಸಹಜೀವೀಯ ರೈಜೋಬಿಯಾದಲ್ಲಿ ಪೂರ್ಣ-ಉದ್ದದ ಎಸ್ಎಂಆರ್9ಸಿ ಹೋಮೋಲಾಗ್ಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಿದೆ (ಅಂದರೆ. ಆರ್. ಲೆಗುಮಿನೋಸಾರಮ್ bv.viciae, ಆರ್. ಲೆಗುಮಿನೋಸಾರಮ್ ಬಿವಿ. ಟ್ರೈಫೋಲಿ, ಆರ್. ಎಟ್ಲಿ, ಮತ್ತು ಹಲವಾರು ಮೆಸೋರ್ಹಿಝೋಬಿಯಮ್ ಪ್ರಭೇದಗಳು), ಅಗ್ರೋಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಂ ಪ್ರಭೇದಗಳಿಗೆ ಸೇರಿದ ಸಸ್ಯ ರೋಗಕಾರಕಗಳಲ್ಲಿ (ಅಂದರೆ. ಎ. ಟ್ಯೂಮೆಫಾಸಿಯನ್ಸ್, ಎ. ವಿಟಿಸ್, ಎ. ರೇಡಿಯೋಬ್ಯಾಕ್ಟರ್, ಮತ್ತು ಅಗ್ರೋಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಂ ಎಚ್13) ಜೊತೆಗೆ ಬ್ರೂಸೆಲ್ಲಾ ಪ್ರಭೇದಗಳ (ಬಿ. ಓವಿಸ್, ಬಿ. ಕ್ಯಾನಿಸ್, ಬಿ. ಅಬಾರ್ಟಸ್ ಮತ್ತು ಬಿ. ಮೈಕ್ರೋಟಿಸ್, ಮತ್ತು ಬಿ. ಮೆಲಿಟೆನ್ಸಿಸ್ನ ಹಲವಾರು ಬಯೋವರ್ಗಳು) ವಿಶಾಲ ವರ್ಣಪಟಲದಲ್ಲಿ. αr9C ಆರ್ಎನ್ಎ ಪ್ರಭೇದಗಳು 144-158 nt ಉದ್ದವಾಗಿವೆ (ಕೋಷ್ಟಕ 1) ಮತ್ತು ಏಳು ಸಂರಕ್ಷಿತ ಪ್ರದೇಶಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ಉತ್ತಮವಾಗಿ ವ್ಯಾಖ್ಯಾನಿಸಲಾದ ಸಾಮಾನ್ಯ ದ್ವಿತೀಯಕ ರಚನೆಯನ್ನು ಹಂಚಿಕೊಳ್ಳುತ್ತವೆ (ಚಿತ್ರ 1). ಹೆಚ್ಚಿನ αr9 ಪ್ರತಿಲೇಖನಗಳನ್ನು α-ಪ್ರೋಟಿಯೋಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಲ್ ಜೀನೋಮ್ಗಳ (ಚಿತ್ರ 5) ಇಂಟರ್ಜೆನಿಕ್ ಪ್ರದೇಶಗಳ (ಐಜಿಆರ್)ೊಳಗಿನ ಸ್ವತಂತ್ರ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಘಟಕಗಳ ಉತ್ತಮವಾಗಿ ವ್ಯಾಖ್ಯಾನಿಸಲಾದ ಪ್ರವರ್ತಕ ಪ್ರದೇಶಗಳಿಂದ ವ್ಯಕ್ತಪಡಿಸಲಾದ ಟ್ರಾನ್ಸ್-ಆಕ್ಟಿಂಗ್ ಎಸ್ಆರ್ಎನ್ಎಗಳಾಗಿ ಪಟ್ಟಿ ಮಾಡಬಹುದು. ಅನ್ವೇಷಣೆ ಮತ್ತು ರಚನೆ ಎಸ್ಎಂಆರ್9ಸಿ ಎಸ್ಆರ್ಎನ್ಎಯನ್ನು ಡೆಲ್ ವ್ಯಾಲ್ ಮತ್ತು ಇತರರು ವಿವರಿಸಿದ್ದಾರೆ. ಉಲ್ಲೇಖ ಎಸ್. ಮೆಲಿಲೋಟಿ 1021 ತಳಿ (http://iant.toulouse.inra.fr/bacteria/annotation/cgi/rhime.cgi) ಯ ಅಂತರಜನಾಂಗೀಯ ಪ್ರದೇಶಗಳಲ್ಲಿ (ಐಜಿಆರ್). ಊಹಿಸಲ್ಪಟ್ಟ ಎಸ್ಎಂಆರ್9ಸಿ ಲೋಕಸ್ ನಿರೀಕ್ಷಿತ ಗಾತ್ರದ ಒಂದೇ ಪ್ರತಿಲೇಖನವನ್ನು ವ್ಯಕ್ತಪಡಿಸುತ್ತದೆ ಎಂದು ಉತ್ತರದ ಸಂಕರೀಕರಣ ಪ್ರಯೋಗಗಳು ದೃಢಪಡಿಸಿದವು, ಇದು ಮುಕ್ತ-ಜೀವಂತ ಮತ್ತು ಎಂಡೋಸಿಂಬಯೋಟಿಕ್ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾಗಳಲ್ಲಿ ವಿಭಿನ್ನವಾಗಿ ಸಂಗ್ರಹಗೊಳ್ಳುತ್ತದೆ. ಟಿಎಪಿ-ಆಧಾರಿತ 5 '-ಆರ್ಎಸಿಇ ಪ್ರಯೋಗಗಳು ಪೂರ್ಣ-ಉದ್ದದ ಎಸ್ಎಂಆರ್9ಸಿ ಪ್ರತಿಲೇಖನದ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಪ್ರಾರಂಭ ತಾಣವನ್ನು (ಟಿಎಸ್ಎಸ್) ಎಸ್. ಮೆಲಿಲೋಟಿ 1021 ಜೀನೋಮ್ (http://iant.toulouse.inra.fr/bacteria/annotation/cgi/rhime.cgi) ನಲ್ಲಿರುವ 1,398,425 ಎನ್ಟಿ ಸ್ಥಾನಕ್ಕೆ ಮ್ಯಾಪ್ ಮಾಡಿದ್ದರೆ, 3'-ಅಂತ್ಯವು ಅಸ್ ನ ಸತತ ವಿಸ್ತರಣೆಯ ಕೊನೆಯ ಅವಶೇಷಕ್ಕೆ ಹೊಂದಿಕೆಯಾಗುವ 1,398,277 ಎನ್ಟಿ ಸ್ಥಾನದಲ್ಲಿದೆ ಎಂದು ಭಾವಿಸಲಾಗಿದೆ. ಎಸ್ಎಂಆರ್9ಸಿ ಪ್ರತಿಲೇಖನವನ್ನು Igr#3 ಅಥವಾ ಎಸ್ಆರ್ಎ32 ಎಂದು ಉಲ್ಲೇಖಿಸಲಾಗಿರುವ ಸಮಾನಾಂತರ ಮತ್ತು ನಂತರದ ಅಧ್ಯಯನಗಳು ಎಸ್. ಮೆಲಿಲೋಟಿಯಲ್ಲಿ ಮತ್ತು ಅದರ ನಿಕಟ ಸಂಬಂಧಿತ ತಳಿ 2011ರಲ್ಲಿ ಈ ಎಸ್ಆರ್ಎನ್ಎ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯನ್ನು ಸ್ವತಂತ್ರವಾಗಿ ದೃಢಪಡಿಸಿದವು. ಎಸ್. ಮೆಲಿಲೋಟಿ 2011ರ ಸಣ್ಣ ಆರ್ಎನ್ಎ ಭಾಗ (50-350 ಎನ್ಟಿ) ದ ಇತ್ತೀಚಿನ ಆಳವಾದ ಅನುಕ್ರಮ-ಆಧಾರಿತ ಗುಣಲಕ್ಷಣವು ಎಸ್ಎಂಆರ್9ಸಿ ಯ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯನ್ನು ಮತ್ತಷ್ಟು ದೃಢಪಡಿಸಿತು (ಇಲ್ಲಿ ಸ್ಮೆಲ್ಸಿ289 ಎಂದು ಉಲ್ಲೇಖಿಸಲಾಗಿದೆ), ಮತ್ತು ಪೂರ್ಣ-ಉದ್ದದ ಪ್ರತಿಲೇಖನದ 5 '-ಮತ್ತು 3'-ತುದಿಗಳನ್ನು ಎಸ್. ಮೆಲಿಲೋಟಿ 1021 ಜೀನೋಮ್ನಲ್ಲಿ ಅನುಕ್ರಮವಾಗಿ 1,398,423 ಮತ್ತು 1,398,279 ಸ್ಥಾನಗಳಿಗೆ ಮ್ಯಾಪ್ ಮಾಡಿದೆ. ಎಸ್ಎಂಆರ್9ಸಿ ಯ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಆರಂಭದಲ್ಲಿ ಆರ್ಫಾಮ್ ದತ್ತಸಂಚಯದ ವಿರುದ್ಧ ಹುಡುಕಲು ಪ್ರಶ್ನೆಯಾಗಿ ಬಳಸಲಾಯಿತು (ಆವೃತ್ತಿ 10.0; http://www.sanger.ac.uk/Software/Rfam). ಈ ಹೋಮೋಲಜಿ ಹುಡುಕಾಟವು ಈ ದತ್ತಸಂಚಯದಲ್ಲಿ ತಿಳಿದಿರುವ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಎಸ್ಆರ್ಎನ್ಎಗೆ ಯಾವುದೇ ಹೊಂದಾಣಿಕೆಗಳನ್ನು ಒದಗಿಸಲಿಲ್ಲ. ಪ್ರಸ್ತುತ ಲಭ್ಯವಿರುವ ಎಲ್ಲಾ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಜೀನೋಮ್ಗಳ ವಿರುದ್ಧ ಡೀಫಾಲ್ಟ್ ನಿಯತಾಂಕಗಳೊಂದಿಗೆ ಎಸ್ಎಂಆರ್9ಸಿ ಮುಂದಿನ ಬ್ಲಾಸ್ಟ್ ಆಗಿತ್ತು (20 ಏಪ್ರಿಲ್ 2011 ರಂದು 1,615 ಅನುಕ್ರಮಗಳು; https://www.ncbi.nlm.nih.gov). ಪ್ರಶ್ನೆಯ ಅನುಕ್ರಮಕ್ಕೆ (78-89% ಹೋಲಿಕೆ) ಗಮನಾರ್ಹ ಏಕರೂಪತೆಯನ್ನು ಪ್ರದರ್ಶಿಸುವ ಪ್ರದೇಶಗಳನ್ನು ಇನ್ಫರ್ನಲ್ (version1.0) (ಚಿತ್ರ 2) ಬಳಸಿ ಬೀಜ ಜೋಡಣೆಯಿಂದ ಕೋವೇರಿಯನ್ಸ್ ಮಾಡೆಲ್ (CM) ಅನ್ನು ರಚಿಸಲು ಹೊರತೆಗೆಯಲಾಗಿದೆ. ಅಸ್ತಿತ್ವದಲ್ಲಿರುವ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಜೀನೋಮಿಕ್ ದತ್ತಸಂಚಯಗಳಲ್ಲಿ αr9 ಕುಟುಂಬದ ಹೊಸ ಸದಸ್ಯರಿಗಾಗಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ಹುಡುಕಾಟದಲ್ಲಿ ಈ CM ಅನ್ನು ಬಳಸಲಾಯಿತು. ಕುಟುಂಬದ ಒಮ್ಮತದ ದ್ವಿತೀಯ ರಚನೆಯನ್ನು ಕಂಡುಹಿಡಿಯಲು ಫಲಿತಾಂಶಗಳನ್ನು ಕೈಯಿಂದ ಪರಿಶೀಲಿಸಲಾಗಿದೆ (ಚಿತ್ರ 1 ಮತ್ತು ಚಿತ್ರ 2). ಒಂದೇ ರೀತಿಯ ಮುನ್ಸೂಚನೆಗಳೊಂದಿಗೆ ಲೋಕಾರ್ನೇಟ್ ಪ್ರೋಗ್ರಾಂನೊಂದಿಗೆ ಒಮ್ಮತದ ರಚನೆಯನ್ನು ಸಹ ಸ್ವತಂತ್ರವಾಗಿ ಊಹಿಸಲಾಗಿದೆ. ಇನ್ಫರ್ನಲ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಸಿಎಮ್ನೊಂದಿಗೆ ಕಂಡುಬರುವ ಅನುಕ್ರಮಗಳ ಹಸ್ತಚಾಲಿತ ತಪಾಸಣೆಯು 26 ನಿಜವಾದ ಹೋಮೋಲಾಗ್ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಕಂಡುಹಿಡಿಯಲು ಅವಕಾಶ ಮಾಡಿಕೊಟ್ಟಿತು, ಇವೆಲ್ಲವೂ α-ಪ್ರೋಟಿಯೋಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಲ್ ಜೀನೋಮ್ಗಳಲ್ಲಿ ಏಕ ವರ್ಣತಂತು ಪ್ರತಿಗಳಾಗಿ ಕಂಡುಬರುತ್ತವೆ. ಎರಡು ಆರ್. ಲೆಗುಮಿನೋಸಾರಮ್ ಟ್ರೈಫೋಲಿ ತಳಿಗಳು (ಡಬ್ಲ್ಯುಎಸ್ಎಂ2304 ಮತ್ತು ಡಬ್ಲ್ಯುಎಸ್ಎಂ1235), ಎರಡು ಆರ್. ಎಟ್ಲಿ ತಳಿಗಳು ಸಿಎಫ್ಎನ್ 42 ಮತ್ತು ಸಿಐಎಟಿ 652, ಉಲ್ಲೇಖ ಆರ್. ಲೆಗುಮಿನೋಸಾರಮ್ ಬಿವಿ. ವಿಸಿಯಾ 3841 ತಳಿ, ರೈಝೋಬಿಯಮ್ ಎನ್. ಜಿ. ಆರ್. 234, ಮತ್ತು ಅಗ್ರೋಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಂ ಪ್ರಭೇದಗಳು ಎ. ವಿಟಿಸ್, ಎ. ಟ್ಯೂಮಫೇಸಿಯನ್ಸ್, ಎ. ರೇಡಿಯೋಬ್ಯಾಕ್ಟರ್ ಮತ್ತು ಎ. ಎಚ್13. ಈ ಎಲ್ಲಾ ಅನುಕ್ರಮಗಳು ಗಮನಾರ್ಹವಾದ ಇನ್ಫರ್ನಲ್ ಇ-ಮೌಲ್ಯಗಳನ್ನು (1.50e-39-14.02e-21) ಮತ್ತು ಬಿಟ್-ಸ್ಕೋರ್ಗಳನ್ನು ತೋರಿಸಿದವು. ಮಾದರಿಯೊಂದಿಗೆ ಕಂಡುಬರುವ ಉಳಿದ ಅನುಕ್ರಮಗಳು (3.40e-12 ಮತ್ತು 2.62e-04) ನಡುವೆ ಹೆಚ್ಚಿನ ಇ-ಮೌಲ್ಯಗಳನ್ನು ತೋರಿಸಿದವು ಆದರೆ ಕಡಿಮೆ ಬಿಟ್-ಸ್ಕೋರ್ಗಳನ್ನು ತೋರಿಸಿದವು ಮತ್ತು ಬ್ರೂಸೆಲ್ಲಾ ಪ್ರಭೇದಗಳು (ಬಿ. ಓವಿಸ್, ಬಿ. ಕ್ಯಾನಿಸ್, ಬಿ. ಅಬೋರ್ಟಸ್, ಬಿ. ಮೈಕ್ರೋಟಿಸ್, ಮತ್ತು ಬಿ. ಮೆಲಿಟೆನ್ಸಿಸ್ನ ಹಲವಾರು ಬಯೋಬಾರ್ಗಳು), ಬ್ರೂಸೆಲ್ಲಾ ಆಂಥ್ರೋಪಿ ಮತ್ತು ಮೆಸೊರ್ಹಿಜೋಬಮ್ ಪ್ರಭೇದಗಳಾದ ಎಂ. ಲೋಟಿ, ಎಂ. ಸಿಸೆರಿ ಮತ್ತು ಎಂ. ಬಿ. ಎನ್. ಸಿ. ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ಮಾಹಿತಿ ಸಮಾನಾಂತರ ಅಧ್ಯಯನಗಳು ಎಸ್. ಮೆಲಿಲೋಟಿ 1021 ರಲ್ಲಿ ವಿವಿಧ ಜೈವಿಕ ಪರಿಸ್ಥಿತಿಗಳಲ್ಲಿ ಎಸ್ಎಂಆರ್9ಸಿ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯನ್ನು ಮೌಲ್ಯಮಾಪನ ಮಾಡಿವೆ; ಅಂದರೆ. ಟಿ. ವೈ. ಯಲ್ಲಿ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಬೆಳವಣಿಗೆ, ಕನಿಷ್ಠ ಮಧ್ಯಮ (ಎಂ. ಎಂ.) ಮತ್ತು ಲ್ಯುಟಿಯೋಲಿನ್-ಎಂ. ಎಂ. ಸಾರು ಮತ್ತು ಎಂಡೋಸಿಂಬಯೋಟಿಕ್ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾ (ಅಂದರೆ. ಪ್ರೌಢ ಸಹಜೀವನದ ಆಲ್ಫಾಲ್ಫಾ ಗಂಟುಗಳು) ಮತ್ತು ಹೆಚ್ಚಿನ ಉಪ್ಪಿನ ಒತ್ತಡ, ಆಕ್ಸಿಡೇಟಿವ್ ಒತ್ತಡ ಮತ್ತು ಶೀತ ಮತ್ತು ಬಿಸಿ ಆಘಾತದ ಒತ್ತಡಗಳು. ಸ್ವತಂತ್ರವಾಗಿ ಬದುಕುವ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದಲ್ಲಿ ಎಸ್ಎಂಆರ್9ಸಿ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯು ಬೆಳವಣಿಗೆಯ ಮೇಲೆ ಅವಲಂಬಿತವಾಗಿದೆ ಎಂದು ಕಂಡುಬಂದಿದೆ, ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾಗಳು ಸ್ಥಾಯಿ ಹಂತವನ್ನು ಪ್ರವೇಶಿಸಿದಾಗ ಜೀನ್ ಅನ್ನು ಬಲವಾಗಿ ಕಡಿಮೆ-ನಿಯಂತ್ರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಆದರೆ ಎಂಡೋಸಿಂಬಯೋಟಿಕ್ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದಲ್ಲಿ ಯಾವುದೇ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ಕಂಡುಬಂದಿಲ್ಲ. ಇತ್ತೀಚಿನ ಆಳವಾದ ಅನುಕ್ರಮ ದತ್ತಾಂಶವು ಉಪ್ಪು, ಆಮ್ಲೀಯ, ಕೋಲ್ಡ್-ಶಾಕ್ ಮತ್ತು ಶಾಖ ಆಘಾತದ ಒತ್ತಡಗಳ ಮೇಲೆ ಎಸ್ಎಂಆರ್9ಸಿ ಯ ನಿಯಂತ್ರಣವನ್ನು ಮತ್ತಷ್ಟು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸಿದೆ. ಇತ್ತೀಚಿನ ಸಹ-ಪ್ರತಿರಕ್ಷಣಾ ಮಳೆಯ ಪ್ರಯೋಗಗಳು ಎಸ್ಎಂಆರ್9ಸಿ, ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಎಚ್ಎಫ್ಕ್ಯು ಅನ್ನು ಸಮರ್ಥ ಗುರಿ ಬಂಧಕ್ಕಾಗಿ ಬಂಧಿಸುತ್ತದೆ ಎಂದು ದೃಢೀಕರಿಸುತ್ತವೆ. ಪ್ರವರ್ತಕ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ ಇಲ್ಲಿಯವರೆಗೆ ಪರಿಶೀಲಿಸಿದ αr9 ಕುಟುಂಬದ ಸದಸ್ಯರ ಎಲ್ಲಾ ಪ್ರವರ್ತಕ ಪ್ರದೇಶಗಳು ಎಸ್ಆರ್ಎನ್ಎಯ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಪ್ರಾರಂಭದ ಸ್ಥಳದ 80 ಬಿಪಿ ಅಪ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್ನವರೆಗೆ ವಿಸ್ತರಿಸಿರುವ ಅನುಕ್ರಮ ವಿಸ್ತರಣೆಯಲ್ಲಿ ಬಹಳವಾಗಿ ಸಂರಕ್ಷಿಸಲ್ಪಟ್ಟಿವೆ. ಎಲ್ಲಾ ಪ್ರದೇಶಗಳು ಗುರುತಿಸಬಹುದಾದ σ70-ಅವಲಂಬಿತ ಪ್ರವರ್ತಕರನ್ನು ಹೊಂದಿದ್ದು, ಇದು-35/- 10 ಒಮ್ಮತದ ಲಕ್ಷಣವಾದ ಸಿಟಿಟಿಎಜಿಎಸಿ-ಎನ್17-ಸಿಟಿಎಟಿಎಟಿಯನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ, ಇದನ್ನು ಈ ಹಿಂದೆ ಪ್ರೋಟಿಯೋಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ α-ಉಪಗುಂಪಿನಲ್ಲಿನ ಹಲವಾರು ಇತರ ಕುಲಗಳಲ್ಲಿ ವ್ಯಾಪಕವಾಗಿ ಸಂರಕ್ಷಿಸಲಾಗಿದೆ ಎಂದು ತೋರಿಸಲಾಗಿದೆ. ಇತರ ತಿಳಿದಿರುವ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಅಂಶಗಳಿಗೆ ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಸೈಟ್ಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ನಾವು ರೆಗ್ಪ್ರೆಡಿಕ್ಷನ್ (http://regpredict.lbl.gov/regpredict/help.html) ಒದಗಿಸಿದ ಫಾಸ್ಟಾ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಬಳಸಿದ್ದೇವೆ ಮತ್ತು ರೆಗ್ಯುಲಾನ್ಡಿಬಿ (http://regulondb.ccg.unam.mx) ಒದಗಿಸಿದ ಸ್ಥಾನ ತೂಕದ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ಗಳನ್ನು (ಪಿಎಸ್ಡಬ್ಲ್ಯೂಎಂ) ಬಳಸಿದ್ದೇವೆ. ನಾವು ಒಮ್ಮತ/ಪ್ಯಾಟ್ಸರ್ ಪ್ರೋಗ್ರಾಂ ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ರೆಗ್ಪ್ರೆಡಿಕ್ಷನ್ ಅನುಕ್ರಮಗಳಿಂದ ಪ್ರತಿ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಅಂಶಕ್ಕೆ ಪಿಎಸ್ಡಬ್ಲ್ಯೂಎಂ ಅನ್ನು ನಿರ್ಮಿಸಿದೆವು, 14 ಮತ್ತು 30 ರ ನಡುವಿನ ಉದ್ದೇಶದ ಉದ್ದಗಳಿಗೆ ಅತ್ಯುತ್ತಮ ಅಂತಿಮ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ ಅನ್ನು ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡಿ, ಪ್ರತಿ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ಗೆ ಮಿತಿ ಸರಾಸರಿ ಇ-ಮೌಲ್ಯ <10ಇ-10 ಅನ್ನು ಸ್ಥಾಪಿಸಲಾಗಿದೆ, (http://gps-tools2.its.yale.edu ನಲ್ಲಿ "ಥ್ರೆಶೋಲ್ಡ್ ಒಮ್ಮತ" ಅನ್ನು ನೋಡಿ). ಇದಲ್ಲದೆ, ನಾವು ಎಮ್ಇಎಂಇ (http://meme.sdsc.edu/meme4_6_1/intro.html) ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಸಂರಕ್ಷಿತ ಅಜ್ಞಾತ ಲಕ್ಷಣಗಳನ್ನು ಹುಡುಕಿದೆವು ಮತ್ತು ಶಾಂತವಾದ ನಿಯಮಿತ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಗಳನ್ನು ಬಳಸಿದ್ದೇವೆ (ಅಂದರೆ. ಮಾದರಿ ಹೊಂದಾಣಿಕೆ) ಎಲ್ಲಾ ಎಸ್ಎಂಆರ್9ಸಿ ಹೋಮೋಲಾಗ್ಸ್ ಪ್ರವರ್ತಕರ ಮೇಲೆ. ಈ ಅಧ್ಯಯನಗಳು-40 ಮತ್ತು-75 ಸ್ಥಾನಗಳ ನಡುವೆ ಸಂರಕ್ಷಿಸಲ್ಪಟ್ಟ 30 ಬಿಪಿ ಉದ್ದದ ಪ್ರದೇಶದ ಉಪಸ್ಥಿತಿಯನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸಿದವು, ಸಂರಕ್ಷಿತ ಎಂಇಎಂಇ ಮೋಟಿಫ್, (ಚಿತ್ರ 5). ಈ ಅನುಕ್ರಮವು ಕಂಡುಬರುವ ಎಸ್. ಎಂ. ಆರ್. ಸಿ9 ಹೋಮೋಲಾಗ್ಗಳಲ್ಲಿ ಒಂದನ್ನು ಹೊರತುಪಡಿಸಿ ಎಲ್ಲದರಲ್ಲೂ ಅಸ್ತಿತ್ವದಲ್ಲಿತ್ತು, ಆದರೆ ತಿಳಿದಿರುವ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಷನ್ ಫ್ಯಾಕ್ಟರ್ ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಸೈಟ್ಗಳ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ಗಳಿಗೆ ಯಾವುದೇ ಗಮನಾರ್ಹ ಹೋಲಿಕೆಯನ್ನು ಸ್ಥಾಪಿಸಲಾಗಿಲ್ಲ. ಜೆನೋಮಿಕ್ ಸನ್ನಿವೇಶ αr9 ಕುಟುಂಬದ ಹೆಚ್ಚಿನ ಸದಸ್ಯರು ಕ್ರೋಮೋಸೋಮಲ್ ಐಜಿಆರ್ಗಳಲ್ಲಿನ ಸ್ವತಂತ್ರ ಪ್ರವರ್ತಕರಿಂದ ಲಿಪ್ಯಂತರಗೊಂಡ ಟ್ರಾನ್ಸ್-ಎನ್ಕೋಡ್ ಮಾಡಲಾದ ಎಸ್ಆರ್ಎನ್ಎಗಳಾಗಿವೆ. ಎ. ಟ್ಯೂಮಫೇಸಿಯನ್ಸ್ ಮತ್ತು ಬಿ. ಮೈಕ್ರೋಟಿಯ ಸಿಸ್-ಎನ್ಕೋಡೆಡ್ ಆಂಟಿಸೆನ್ಸ್ ಎಸ್ಎಂಆರ್9ಸಿ ಹೋಮೋಲಾಗ್ಗಳು ವಿನಾಯಿತಿಗಳಾಗಿವೆ, ಇವು ಟಿಪ್ಪಣಿ ಮಾಡಲಾದ ವಂಶವಾಹಿಗಳ ವಿರುದ್ಧ ಎಳೆಗಳಲ್ಲಿ ನೆಲೆಗೊಂಡಿವೆ, ಭಾಗಶಃ ಒಆರ್ಎಫ್ಗಳನ್ನು ಅತಿಕ್ರಮಿಸುತ್ತವೆ. ಬೀಜ ಜೋಡಣೆಯ ಸದಸ್ಯರ ಹೆಚ್ಚಿನ ನೆರೆಯ ವಂಶವಾಹಿಗಳನ್ನು ಟಿಪ್ಪಣಿ ಮಾಡಲಾಗಿಲ್ಲ ಮತ್ತು ಆದ್ದರಿಂದ ಅವುಗಳನ್ನು ಹಸ್ತಚಾಲಿತವಾಗಿ ಸಂಗ್ರಹಿಸಲಾಗಿದೆ. ಈ ಅತಿಕ್ರಮಿಸುವ ಒಆರ್ಎಫ್ಗಳ ಮುನ್ಸೂಚನೆಯ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಉತ್ಪನ್ನಗಳನ್ನು ಅಮೈನೋ ಆಸಿಡ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಹೋಮೋಲಜಿಯ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ಯಾವುದೇ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ವರ್ಗಕ್ಕೆ ನಿಯೋಜಿಸಲು ಸಾಧ್ಯವಾಗಲಿಲ್ಲ. ಆದಾಗ್ಯೂ, ಬಹುತೇಕ ಎಲ್ಲಾ αr9 ಎಸ್ಆರ್ಎನ್ಎಗಳ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಪ್ರದೇಶಗಳು ಎಸ್ಆರ್ಎನ್ಎ-ಕೋಡಿಂಗ್ ಅನುಕ್ರಮ ಮತ್ತು ಅಪ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್ ಮತ್ತು ಡೌನ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್ ಜೀನ್ಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಂತೆ ಹೆಚ್ಚಿನ ಮಟ್ಟದ ಸಂರಕ್ಷಣೆಯನ್ನು ಪ್ರದರ್ಶಿಸಿದವು, ಇವು ಕ್ರಮವಾಗಿ ಪ್ರೋಲೈಲ್-ಟಿಆರ್ಎನ್ಎ ಸಿಂಟೆಥೇಸ್ (ಪ್ರೋಎಸ್) ಮತ್ತು ಟ್ರಾನ್ಸ್ಮೆಂಬ್ರೇನ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗೆ ಕೋಡ್ ಮಾಡುತ್ತವೆ ಎಂದು ಊಹಿಸಲಾಗಿದೆ. ಪ್ರೋಎಸ್ ಜೀನ್ನ ಬದಲಿಗೆ ಎಫ್ಎಡಿ-ಅವಲಂಬಿತ ಪಿರಿಡಿನ್ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್-ಡೈಸಲ್ಫೈಡ್ ಆಕ್ಸಿಡೊರೆಡಕ್ಟೇಸ್ ಎನ್ಕೋಡಿಂಗ್ ಜೀನ್ αr9 ಲೋಕಸ್ನ ಮೇಲ್ಭಾಗದಲ್ಲಿ ಕಂಡುಬಂದಿದೆ ಮತ್ತು ಎಸ್ಆರ್ಎನ್ಎ ಜೀನ್ನ ಕೆಳಭಾಗದಲ್ಲಿ ಯಾವುದೇ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಮೆಂಬ್ರೇನ್ ಕೋಡಿಂಗ್ ಜೀನ್ ಗುರುತಿಸಲಾಗದ ಮೆಸೋರ್ಹಿಝೋಬಿಯಮ್ ಲೋಟಿಯಂತಹ ಕೆಲವು ಸಂದರ್ಭಗಳಲ್ಲಿ αr9 ಜೀನೋಮಿಕ್ ಪ್ರದೇಶಗಳ ಭಾಗಶಃ ಸಿಂಟೆನಿಯನ್ನು ಗಮನಿಸಲಾಗಿದೆ. ಒಂದು ವಿಶೇಷ ಪ್ರಕರಣವೆಂದರೆ ಬ್ರೂಸೆಲ್ಲಾ ಗುಂಪು, ಅಲ್ಲಿ ಅವರ ಜೀನೋಮ್ಗಳ ಮೇಲೆ ಪ್ರಾಥಮಿಕ ಸ್ವಯಂಚಾಲಿತ ಟಿಪ್ಪಣಿಗಳು 30 ಎಎ ಗಿಂತ ಚಿಕ್ಕದಾದ ಒಆರ್ಎಫ್ಗಳನ್ನು ಅದೇ ಸ್ಟ್ರಾಂಡ್ನಲ್ಲಿನ ಊಹಿಸಲಾದ αr9 ಎಸ್ಆರ್ಎನ್ಎಯೊಂದಿಗೆ ಅತಿಕ್ರಮಿಸುತ್ತವೆ ಎಂದು ಗುರುತಿಸುತ್ತವೆ. ಈ ಮುನ್ಸೂಚನೆಯ ಒಆರ್ಎಫ್ಗಳು, ದತ್ತಸಂಚಯ ನಮೂದುಗಳೊಂದಿಗೆ ಯಾವುದೇ ಹೋಲಿಕೆಯನ್ನು ತೋರಿಸುವುದಿಲ್ಲ ಅಥವಾ ಇಂಟರ್ಪ್ರೋ, ಪಿಎಫ್ಎಎಂ ಅಥವಾ ಸ್ಮಾರ್ಟ್ನಂತಹ ಕುಟುಂಬ ಮತ್ತು ಮೋಟಿಫ್ನ ದತ್ತಸಂಚಯಗಳ ವಿರುದ್ಧ ಹುಡುಕಿದಾಗ ಯಾವುದೇ ಮೋಟಿಫನ್ನು ಅಥವಾ ಸಹಿಯನ್ನು ತೋರಿಸುವುದಿಲ್ಲ ಮತ್ತು ಆದ್ದರಿಂದ, ಇಲ್ಲಿ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಸಂದರ್ಭ ಗ್ರಾಫ್ನಲ್ಲಿ ನೋಂದಾಯಿಸದ ತಪ್ಪಾದ ಟಿಪ್ಪಣಿಗಳೆಂದು ಪರಿಗಣಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಉಲ್ಲೇಖಗಳು ಆರ್ಎನ್ಎ