RefDB (chemistry)
ರೀ-ರೆಫೆರೆನ್ಸ್ಡ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಕೆಮಿಕಲ್ ಶಿಫ್ಟ್ ಡೇಟಾಬೇಸ್ (ಆರ್ಎಫ್ಡಿಬಿ) ಎಂಬುದು ಬಯೋಮ್ಯಾಗ್ರೆಸ್ ಬ್ಯಾಂಕ್ (ಬಿಎಂಆರ್ಬಿ) ನಿಂದ ಪಡೆದ ಎಚ್ಚರಿಕೆಯಿಂದ ಸರಿಪಡಿಸಿದ ಅಥವಾ ರೀ-ರೆಫೆರೆನ್ಸ್ಡ್ ರಾಸಾಯನಿಕ ವರ್ಗಾವಣೆಗಳ ಎನ್ಎಂಆರ್ ಸ್ಪೆಕ್ಟ್ರೋಸ್ಕೋಪಿ ಡೇಟಾಬೇಸ್ ಆಗಿದೆ. 1). ಬಿಎಂಆರ್ಬಿಯಲ್ಲಿ ವರದಿಯಾದ ಹಿಂದೆ ನಿಯೋಜಿಸಲಾದ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳ ಎಕ್ಸ್-ರೇ ಅಥವಾ ಎನ್ಎಂಆರ್ ನಿರ್ದೇಶಾಂಕ ದತ್ತಾಂಶದಿಂದ ನಿರೀಕ್ಷಿತ ಪ್ರೋಟೀನ್ (1) ಎಚ್, (13) ಸಿ ಮತ್ತು (15) ಎನ್ ರಾಸಾಯನಿಕ ಬದಲಾವಣೆಗಳನ್ನು ಲೆಕ್ಕಹಾಕಲು ರಚನೆ ಆಧಾರಿತ ರಾಸಾಯನಿಕ ಶಿಫ್ಟ್ ಲೆಕ್ಕಾಚಾರ ಕಾರ್ಯಕ್ರಮವನ್ನು (ಶಿಫ್ಟ್ಎಕ್ಸ್ ಎಂದು ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ) ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಡೇಟಾಬೇಸ್ ಅನ್ನು ಜೋಡಿಸಲಾಗಿದೆ. ಹೋಲಿಕೆಯನ್ನು ಸ್ವಯಂಚಾಲಿತವಾಗಿ ಶಿಫ್ಟ್ಕೋರ್ ಎಂಬ ಪ್ರೋಗ್ರಾಂನಿಂದ ನಡೆಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ರೆಫ್ಡಿಬಿ ದತ್ತಸಂಚಯವು ಪ್ರಸ್ತುತ 2000 ಕ್ಕೂ ಹೆಚ್ಚು ಗೊತ್ತುಪಡಿಸಿದ ಪೆಪ್ಟೈಡ್ಗಳು ಮತ್ತು ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳ ಮೇಲೆ ಉಲ್ಲೇಖ-ಸರಿಪಡಿಸಿದ ರಾಸಾಯನಿಕ ಶಿಫ್ಟ್ ಡೇಟಾವನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ. (13) ಸಿ ಪ್ರೋಟೀನ್ ನಿಯೋಜನೆಗಳೊಂದಿಗೆ ಸುಮಾರು ಶೇಕಡಾ 25ರಷ್ಟು ಬಿಎಂಆರ್ಬಿ ನಮೂದುಗಳು ಮತ್ತು (15) ಎನ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ ನಿಯೋಜನೆಗಳೊಂದಿಗೆ ಶೇಕಡಾ 27ರಷ್ಟು ಬಿಎಂಆರ್ಬಿ ನಮೂದುಗಳಿಗೆ ಗಮನಾರ್ಹ ರಾಸಾಯನಿಕ ಶಿಫ್ಟ್ ರೆಫರೆನ್ಸ್ ರೀಅಡ್ಜಸ್ಟ್ಮೆಂಟ್ಗಳ ಅಗತ್ಯವಿರುತ್ತದೆ ಎಂದು ಡೇಟಾಬೇಸ್ನ ದತ್ತಾಂಶವು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ. ಹೆಚ್ಚುವರಿಯಾಗಿ, ಬಯೋಮ್ಯಾಗ್ರೆಸ್ ಬ್ಯಾಂಕ್ನಲ್ಲಿ ಠೇವಣಿ ಮಾಡಲಾದ ಸುಮಾರು 40 ಪ್ರತಿಶತ ಪ್ರೋಟೀನ್ ನಮೂದುಗಳು ಕನಿಷ್ಠ ಒಂದು ನಿಯೋಜನೆ ದೋಷವನ್ನು ಹೊಂದಿರುವಂತೆ ತೋರುತ್ತದೆ. ಬಳಕೆದಾರರು ರೆಫ್ಡಿಬಿ ಜಾಲತಾಣದ ಮೂಲಕ ಲಭ್ಯವಿರುವ ಹಲವಾರು ವಿಧಾನಗಳ ಮೂಲಕ ಡೇಟಾಬೇಸ್ ಅನ್ನು ಡೌನ್ಲೋಡ್ ಮಾಡಬಹುದು, ಹುಡುಕಬಹುದು ಅಥವಾ ಬ್ರೌಸ್ ಮಾಡಬಹುದು. ಪೆಪ್ಟೈಡ್ಗಳು ಮತ್ತು ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳಲ್ಲಿ ರಾಸಾಯನಿಕ ಬದಲಾವಣೆಯ ಪ್ರವೃತ್ತಿಯನ್ನು ಪಡೆಯಲು ಅಥವಾ ಲೆಕ್ಕಾಚಾರ ಮಾಡಲು ಬಯಸುವ ಜೈವಿಕ ಆಣ್ವಿಕ ಎನ್ಎಂಆರ್ ಸ್ಪೆಕ್ಟ್ರೋಸ್ಕೋಪಿಸ್ಟ್ಗಳಿಗೆ ರೆಫ್ಡಿಬಿ ಪ್ರಮಾಣಿತ ರಾಸಾಯನಿಕ ಶಿಫ್ಟ್ ಸಂಪನ್ಮೂಲವನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ. ವ್ಯಾಪ್ತಿ ಮತ್ತು ಪ್ರವೇಶ ರೆಫ್ಡಿಬಿಯಲ್ಲಿನ ಎಲ್ಲಾ ದತ್ತಾಂಶವು ಸ್ವಾಮ್ಯರಹಿತವಾಗಿದೆ ಅಥವಾ ಸ್ವಾಮ್ಯರಹಿತ ಮೂಲದಿಂದ ಪಡೆಯಲಾಗಿದೆ. ಇದು ಉಚಿತವಾಗಿ ಲಭ್ಯವಿದೆ ಮತ್ತು ಯಾರಿಗಾದರೂ ಲಭ್ಯವಿದೆ. ಇದರ ಜೊತೆಗೆ, ಬಹುತೇಕ ಪ್ರತಿಯೊಂದು ದತ್ತಾಂಶ ಐಟಂ ಅನ್ನು ಸಂಪೂರ್ಣವಾಗಿ ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಬಹುದು ಮತ್ತು ಸ್ಪಷ್ಟವಾಗಿ ಮೂಲ ಮೂಲಕ್ಕೆ ಉಲ್ಲೇಖಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ರೆಫ್ಡಿಬಿ ದತ್ತಾಂಶವು ಸಾರ್ವಜನಿಕ ವೆಬ್ ಇಂಟರ್ಫೇಸ್ ಮತ್ತು ಡೌನ್ಲೋಡ್ಗಳ ಮೂಲಕ ಲಭ್ಯವಿದೆ. ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳು ರೆಫ್ಡಿಬಿಯಲ್ಲಿನ ಎಲ್ಲಾ ರಾಸಾಯನಿಕ ಬದಲಾವಣೆಗಳನ್ನು ಡಿಎಸ್ಎಸ್ (ಸಾಮಾನ್ಯ ಎನ್ಎಂಆರ್ ರಾಸಾಯನಿಕ ಶಿಫ್ಟ್ ಸ್ಟ್ಯಾಂಡರ್ಡ್) ಗೆ ಗಣನೆಗೆ ಮರು-ಉಲ್ಲೇಖಿಸಲಾಗಿದೆ. ರೆಫ್ಡಿಬಿ ನಿರಂತರವಾಗಿ ನವೀಕರಿಸಿದ ಸಂಪನ್ಮೂಲವಾಗಿದ್ದು, ಸಾರ್ವಜನಿಕ ದತ್ತಸಂಚಯಗಳನ್ನು (ಬಿಎಂಆರ್ಬಿ, ಜೆನ್ಬ್ಯಾಂಕ್, ಪ್ರೋಟೀನ್ ಡೇಟಾ ಬ್ಯಾಂಕ್) ಪ್ರಶ್ನಿಸಲು ಮತ್ತು ವಾರಕ್ಕೊಮ್ಮೆ ನಿಯೋಜನೆ, ಅನುಕ್ರಮ ಮತ್ತು ರಚನೆಯ ದತ್ತಾಂಶವನ್ನು ಪಡೆಯಲು ವೆಬ್-ಬಾಟ್ಗಳನ್ನು ಬಳಸುತ್ತದೆ. ಇದು ನಂತರ ದತ್ತಾಂಶ ಪರಿಶೀಲನಾ ದಿನಚರಿಗಳ ಸರಣಿಯನ್ನು ಅನ್ವಯಿಸುತ್ತದೆ (ಪ್ಯಾರಾಮ್ಯಾಗ್ನೆಟಿಕ್ ಅಥವಾ ವಿಕೃತ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳನ್ನು ತೆಗೆದುಹಾಕಲು ಕೀವರ್ಡ್ಗಳನ್ನು ಬಳಸುವುದು) ನಂತರ ರಾಸಾಯನಿಕ ಶಿಫ್ಟ್ ಉಲ್ಲೇಖ ದೋಷಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಮತ್ತು ಸರಿಪಡಿಸಲು ಲೆಕ್ಕಾಚಾರಗಳ ಸರಣಿಯನ್ನು ಅನ್ವಯಿಸುತ್ತದೆ. ರೆಫ್ಡಿಬಿ ಸಂಪೂರ್ಣವಾಗಿ ವೆಬ್-ಶಕ್ತಗೊಂಡ ದತ್ತಸಂಚಯವಾಗಿದೆ, ಇದು ದತ್ತಾಂಶವನ್ನು ಎರಡು ಪ್ರಮಾಣಿತ ಸ್ವರೂಪಗಳಲ್ಲಿ (ಎನ್ಎಂಆರ್-ಸ್ಟಾರ್ ಮತ್ತು ಶಿಫ್ಟಿ) ಸಂಗ್ರಹಿಸುತ್ತದೆ, ಇದು ಸ್ವಯಂಚಾಲಿತ ದತ್ತಾಂಶ ನವೀಕರಣ, ಪರಿಶೀಲನೆ ಮತ್ತು ಊರ್ಜಿತಗೊಳಿಸುವಿಕೆಯನ್ನು ಮಾಡುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಇದು ಸಂಪೂರ್ಣವಾಗಿ ಡೌನ್ಲೋಡ್ ಮಾಡಬಹುದಾದ ಫ್ಲಾಟ್ ಫೈಲ್ ಸ್ವರೂಪದಲ್ಲಿ ಔಟ್ಪುಟ್ ಡೇಟಾಗೆ ಮುಕ್ತ ಪ್ರವೇಶವನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ. 2). ರೆಫ್ಡಿಬಿ ಕೀವರ್ಡ್ ಪ್ರಶ್ನೆಗಳು ಮತ್ತು ಅನುಕ್ರಮ ಹುಡುಕಾಟಗಳನ್ನು ಸಹ ಬೆಂಬಲಿಸುತ್ತದೆ (ಸ್ಥಳೀಯ ಬ್ಲಾಸ್ಟ್ ಬಳಸಿ). ರೆಫ್ಡಿಬಿಯನ್ನು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ವಾರಕ್ಕೊಮ್ಮೆ ನವೀಕರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ರೆಫ್ಡಿಬಿ ದತ್ತಸಂಚಯವು, ಅದರ ಸಂಬಂಧಿತ ತಂತ್ರಾಂಶದೊಂದಿಗೆ, http://refdb.wishartlab.com ಮತ್ತು ಬಿಎಂಆರ್ಬಿ ಜಾಲತಾಣದಲ್ಲಿ ಉಚಿತವಾಗಿ ಲಭ್ಯವಿದೆ. ಮೂರು ವಿಭಿನ್ನ ಕಂಪ್ಯೂಟರ್ ಪ್ರೋಗ್ರಾಂಗಳ ಸಂಯೋಜನೆಯನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಪ್ರೋಟೋಕಾಲ್ಗಳಾದ ರೆಫ್ಡಿಬಿಯನ್ನು ಸಿದ್ಧಪಡಿಸಲಾಗಿದೆ. ಮೊದಲ ಪ್ರೋಗ್ರಾಂ (ಶಿಫ್ಟ್ಎಕ್ಸ್) ಪ್ರೋಟೀನ್ 3ಡಿ ನಿರ್ದೇಶಾಂಕ ದತ್ತಾಂಶದಿಂದ ಬೆನ್ನೆಲುಬಿನ 1ಎಚ್, 13ಸಿ ಮತ್ತು 15ಎನ್ ರಾಸಾಯನಿಕ ಬದಲಾವಣೆಗಳನ್ನು ಲೆಕ್ಕ ಹಾಕುತ್ತದೆ. ಎರಡನೇ ಪ್ರೋಗ್ರಾಂ (SHIFTCOR) ಲೆಕ್ಕ ಹಾಕಿದ ಶಿಫ್ಟ್ಗಳನ್ನು ಗಮನಿಸಿದ ಶಿಫ್ಟ್ಗಳೊಂದಿಗೆ ಹೋಲಿಸುತ್ತದೆ, ಯಾವುದೇ ಸಂಖ್ಯಾಶಾಸ್ತ್ರೀಯವಾಗಿ ಗಮನಾರ್ಹವಾದ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳನ್ನು ಮೌಲ್ಯಮಾಪನ ಮಾಡುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಅಗತ್ಯ ರಾಸಾಯನಿಕ ಶಿಫ್ಟ್ ತಿದ್ದುಪಡಿಗಳನ್ನು ಮಾಡುತ್ತದೆ. ಮೂರನೇ ಪ್ರೋಗ್ರಾಂ (ಯುಪಿಡಿಎಟಿಇ) ಸ್ವಯಂಚಾಲಿತವಾಗಿ ಹೊಸದಾಗಿ ಠೇವಣಿ ಮಾಡಲಾದ ಬಿಎಂಆರ್ಬಿ ಡೇಟಾವನ್ನು ಯಾವುದೇ ಅನುಗುಣವಾದ ಪಿಡಿಬಿ ಡೇಟಾದೊಂದಿಗೆ ಹಿಂಪಡೆಯುತ್ತದೆ. ಅಪ್ಡೇಟ್ ಡೇಟಾವನ್ನು ಶಿಫ್ಟ್ಕೋರ್ಗೆ ನಿರ್ದೇಶಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು 'ಸರಿಪಡಿಸಿದ' ರಾಸಾಯನಿಕ ಶಿಫ್ಟ್ ಫೈಲ್ ಅನ್ನು ರೆಫ್ಡಿಬಿ ಡೇಟಾಬೇಸ್ಗೆ ಸೇರಿಸುತ್ತದೆ. 2162 ಮರು-ಉಲ್ಲೇಖಿತ ಪ್ರೋಟೀನ್ ರಾಸಾಯನಿಕ ಶಿಫ್ಟ್ ಕಡತಗಳ ಡೌನ್ಲೋಡ್ ಮಾಡಬಹುದಾದ ದತ್ತಸಂಚಯವು ಬಿಎಂಆರ್ಬಿ ಮತ್ತು ಮರು-ಉಲ್ಲೇಖಿತ ಬಿಎಂಆರ್ಬಿ ನಮೂದುಗಳ ಸಮಗ್ರ ಪಟ್ಟಿಯನ್ನು ಅನುಗುಣವಾದ ಪಿಡಿಬಿ ನಮೂದುಗಳೊಂದಿಗೆ ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ (ಚಿತ್ರವನ್ನು ನೋಡಿ. 2) ಎಲ್ಲಾ ರಿಫಡಿಬಿ ನಮೂದುಗಳ ಟ್ಯಾಬ್-ಸೀಮಿತ ಸಾರಾಂಶ ಪ್ರತಿ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅನುಕ್ರಮಕ್ಕೆ ಶಿಫ್ಟಿ ಸ್ವರೂಪದಲ್ಲಿ ಸೆಕೆಂಡರಿ ಸ್ಟ್ರಕ್ಚರ್ ಮಾಹಿತಿ ಬೆನ್ನೆಲುಬಿನ ಪರಮಾಣುಗಳಿಗೆ ಸಂಖ್ಯಾಶಾಸ್ತ್ರೀಯ ಉಲ್ಲೇಖ ದೋಷಗಳು (ಪಿಪಿಎಂನಲ್ಲಿ) ಸೆಕೆಂಡರಿ ಸ್ಟ್ರಕ್ಚರ್ ಅಸೈನ್ಮೆಂಟ್ಗಳಿಗಾಗಿ ಸರಾಸರಿ ಬೆನ್ನೆಲುಬಿನ ರಾಸಾಯನಿಕ ಶಿಫ್ಟ್ ಮೌಲ್ಯಗಳು (ಆಲ್ಫಾ-ಹೆಲಿಕ್ಸ್, ಬೀಟಾ ಮತ್ತು ಕಾಯಿಲ್) ರಾಸಾಯನಿಕ ಶಿಫ್ಟ್ ಶಿಫ್ಟ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸ್ಟ್ರಕ್ಚರ್ ಡೇಟಾಬೇಸ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ ರಾಸಾಯನಿಕ ಶಿಫ್ಟ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸೆಕೆಂಡರಿ ಸ್ಟ್ರಕ್ಚರ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ ರಾಸಾಯನಿಕ ಶಿಫ್ಟ್ ಪ್ರಿಡಿಕ್ಷನ್ ರಾಸಾಯನಿಕ ಶಿಫ್ಟ್ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಎನ್ಎಂಆರ್ ಉಲ್ಲೇಖಗಳು ಸಾಮಾನ್ಯ ಉಲ್ಲೇಖಗಳು ರಾಸಾಯನಿಕ ಡೇಟಾಬೇಸ್ಗಳು ಪರಮಾಣು ಕಾಂತೀಯ ಅನುರಣನ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ ವಿಧಾನಗಳು ಜೈವಿಕ ಡೇಟಾಬೇಸ್ಗಳು