Rule-based modeling
ರೂಲ್-ಬೇಸ್ಡ್ ಮಾಡೆಲಿಂಗ್ ಎನ್ನುವುದು ಗಣಿತದ ಮಾದರಿಯನ್ನು ಪರೋಕ್ಷವಾಗಿ ನಿರ್ದಿಷ್ಟಪಡಿಸುವ ನಿಯಮಗಳ ಗುಂಪನ್ನು ಬಳಸುವ ಮಾಡೆಲಿಂಗ್ ವಿಧಾನವಾಗಿದೆ. ನಿಯಮ-ಸೆಟ್ ಅನ್ನು ಮಾರ್ಕೊವ್ ಸರಪಳಿಗಳು ಅಥವಾ ಭೇದಾತ್ಮಕ ಸಮೀಕರಣಗಳಂತಹ ಮಾದರಿಗಳಿಗೆ ಅನುವಾದಿಸಬಹುದು, ಅಥವಾ ಅನುವಾದಿತ ಮಾದರಿಯ ಬದಲಿಗೆ ನಿಯಮ-ಸೆಟ್ನಲ್ಲಿ ನೇರವಾಗಿ ಕಾರ್ಯನಿರ್ವಹಿಸುವ ಸಾಧನಗಳನ್ನು ಬಳಸಿ ಪರಿಗಣಿಸಬಹುದು, ಏಕೆಂದರೆ ಎರಡನೆಯದು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ತುಂಬಾ ದೊಡ್ಡದಾಗಿದೆ. ನಿಯಮ-ಆಧಾರಿತ ಮಾದರಿಯು ನಿಯಮ-ಸೆಟ್ ಅದು ಸೂಚಿಸುವ ಮಾದರಿಗಿಂತ ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ ಸರಳವಾಗಿರುವ ಸಂದರ್ಭಗಳಲ್ಲಿ ವಿಶೇಷವಾಗಿ ಪರಿಣಾಮಕಾರಿಯಾಗಿದೆ, ಅಂದರೆ ಮಾದರಿಯು ಸೀಮಿತ ಸಂಖ್ಯೆಯ ಮಾದರಿಗಳ ಪುನರಾವರ್ತಿತ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯಾಗಿದೆ. ಇದು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಕಂಡುಬರುವ ಒಂದು ಪ್ರಮುಖ ಕ್ಷೇತ್ರವೆಂದರೆ ಜೀವಿಗಳ ಜೀವರಾಸಾಯನಿಕ ಮಾದರಿಗಳು. ಪರಸ್ಪರ ಅನುಗುಣವಾದ ಪದಾರ್ಥಗಳ ಗುಂಪುಗಳು ಪರಸ್ಪರ ಅನುಗುಣವಾದ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳಿಗೆ ಒಳಪಟ್ಟಿರುತ್ತವೆ. ಬಯೋನೆಟ್ ಜೆನ್ ಎಂಬುದು ಸಮೀಕರಣಗಳನ್ನು ನೇರವಾಗಿ ಉತ್ಪಾದಿಸದೆ ಸಾಮಾನ್ಯ ಭೇದಾತ್ಮಕ ಸಮೀಕರಣಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ಗಣಿತದ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ರಚಿಸಲು ಬಳಸುವ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ಉಪಕರಣಗಳ ಒಂದು ಸೂಟ್ ಆಗಿದೆ. ಉದಾಹರಣೆಗೆ ಬಯೋ ನೆಟ್ ಜೆನ್ ಸ್ವರೂಪದಲ್ಲಿ ಒಂದು ಉದಾಹರಣೆ ನಿಯಮವನ್ನು ಕೆಳಗೆ ನೀಡಲಾಗಿದೆಃ ಅಲ್ಲಿಃ ಎ (ಎ, ಎ): ಎರಡು ಮುಕ್ತ ಬಂಧಿಸುವ ತಾಣಗಳೊಂದಿಗೆ ಮಾದರಿ ಪ್ರಭೇದ ಎ ಅನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುತ್ತದೆ ಎ ಬಿ (ಬಿ): ಒಂದು ಮುಕ್ತ ಬಂಧಿಸುವ ತಾಣದೊಂದಿಗೆ ಮಾದರಿ ಪ್ರಭೇದ ಬಿ ಅನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುತ್ತದೆ ಎ (ಎ! 1). ಬಿ (ಬಿ! 1): ಮಾದರಿ ಪ್ರಭೇದಗಳನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುತ್ತದೆ, ಅಲ್ಲಿ ಕನಿಷ್ಠ ಒಂದು ಬಂಧಿಸುವ ತಾಣವು ಬಿ ನ ಬಂಧಿಸುವ ತಾಣಕ್ಕೆ ಬದ್ಧವಾಗಿದೆ ಮೇಲಿನ ಸಾಲಿನ ಸಂಕೇತದೊಂದಿಗೆ, ಬಯೋ ನೆಟ್ ಜೆನ್ ಸ್ವಯಂಚಾಲಿತವಾಗಿ ಪ್ರತಿ ಮಾದರಿ ಪ್ರಭೇದಗಳಿಗೆ ಸರಿಯಾದ ದ್ರವ್ಯರಾಶಿ ಸಮತೋಲನದೊಂದಿಗೆ ಒಡಿಇ ಅನ್ನು ರಚಿಸುತ್ತದೆ. ಹೆಚ್ಚುವರಿಯಾಗಿ, ಹೆಚ್ಚುವರಿ ಪ್ರಭೇದವನ್ನು ರಚಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ ಏಕೆಂದರೆ ಮೇಲಿನ ನಿಯಮವು ಎರಡು ಬಿ ಅಣುಗಳು ಒಂದೇ ಎ ಅಣುವಿಗೆ ಬಂಧಿಸಬಲ್ಲವು ಎಂದು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ ಏಕೆಂದರೆ ಎರಡು ಬಂಧಿಸುವ ತಾಣಗಳಿವೆ. ಆದ್ದರಿಂದ, ಈ ಕೆಳಗಿನ ಪ್ರಭೇದಗಳನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸಲಾಗುತ್ತದೆಃ 4. ಎ (ಎ! 1, ಎ! 2). ಬಿ (ಬಿ! 1). ಬಿ (ಬಿ! 2): ಎರಡು ವಿಭಿನ್ನ ಬಿ ಅಣುಗಳು ಎರಡೂ ಬಂಧಿಸುವ ತಾಣಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಅಣು ಎ. ಜೀವರಾಸಾಯನಿಕ ವ್ಯವಸ್ಥೆಗಳಿಗಾಗಿ ಜೀವರಾಸಾಯನಿಕ ವ್ಯವಸ್ಥೆಗಳ ಅನುಕರಣೆಯಲ್ಲಿ ನಿಯಮ-ಆಧಾರಿತ ಮಾದರಿಯನ್ನು ಬಳಸುವ ಆರಂಭಿಕ ಪ್ರಯತ್ನಗಳಲ್ಲಿ ಸಂಭವನೀಯ ಸಿಮ್ಯುಲೇಶನ್ ವ್ಯವಸ್ಥೆಗಳು ಸೇರಿವೆ ಸ್ಟೋಚ್ಸಿಮ್ ಜೀವರಾಸಾಯನಿಕ ಜಾಲಗಳ ನಿಯಮ-ಆಧಾರಿತ ಮಾದರಿಗಾಗಿ ವ್ಯಾಪಕವಾಗಿ ಬಳಸಲಾಗುವ ಸಾಧನವೆಂದರೆ ಬಯೋನೆಟ್ಜೆನ್ ಇದು ಜಿ. ಎನ್. ಯು. ಜಿ. ಪಿ. ಎಲ್, ಆವೃತ್ತಿ 3ರ ಅಡಿಯಲ್ಲಿ ಬಿಡುಗಡೆಯಾಗಿದೆ. ಬಯೋ ನೆಟ್ ಜೆನ್ ರಾಸಾಯನಿಕ ಪದಾರ್ಥಗಳನ್ನು ವಿವರಿಸಲು ಒಂದು ಭಾಷೆಯನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ, ಇದರಲ್ಲಿ ಅವು ಊಹಿಸಬಹುದಾದ ಸ್ಥಿತಿಗಳು ಮತ್ತು ಅವು ಒಳಗಾಗಬಹುದಾದ ಬಂಧಗಳು ಸೇರಿವೆ. ಈ ನಿಯಮಗಳನ್ನು ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಯ ಜಾಲಬಂಧ ಮಾದರಿಯನ್ನು ರಚಿಸಲು ಅಥವಾ ನಿಯಮದ ಸೆಟ್ನಲ್ಲಿ ನೇರವಾಗಿ ಕಂಪ್ಯೂಟರ್ ಸಿಮ್ಯುಲೇಶನ್ಗಳನ್ನು ನಿರ್ವಹಿಸಲು ಬಳಸಬಹುದು. ಬಯೋಕೆಮಿಕಲ್ ಮಾಡೆಲಿಂಗ್ ಫ್ರೇಮ್ವರ್ಕ್ ವರ್ಚುವಲ್ ಸೆಲ್ ಬಯೋನೆಟ್ ಜೆನ್ ಇಂಟರ್ಪ್ರಿಟರ್ ಅನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ. ಇದಕ್ಕೆ ಹತ್ತಿರದ ಪರ್ಯಾಯ ಭಾಷೆಯು ಕಪ್ಪಾ ಭಾಷೆಯಾಗಿದೆ. ಮತ್ತೊಂದು ಪರ್ಯಾಯವೆಂದರೆ ಜೈವಿಕ ರಾಸಾಯನಿಕ ಬಾಹ್ಯಾಕಾಶ ಭಾಷೆ. ಉಲ್ಲೇಖಗಳು ವ್ಯವಸ್ಥೆಗಳು ಜೀವಶಾಸ್ತ್ರ ಆಣ್ವಿಕ ಜೀವಶಾಸ್ತ್ರ ಸಂಭವನೀಯ ಸಿಮ್ಯುಲೇಶನ್ ಉಚಿತ ವಿಜ್ಞಾನ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್