Critical Assessment of Function Annotation
ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಟಿಪ್ಪಣಿಯ ವಿಮರ್ಶಾತ್ಮಕ ಮೌಲ್ಯಮಾಪನವು (ಸಿಎಎಫ್ಎ) ಪ್ರೋಟೀನ್ ಕಾರ್ಯವನ್ನು ಊಹಿಸಲು ಮೀಸಲಾಗಿರುವ ಗಣನೆಯ ವಿಧಾನಗಳ ದೊಡ್ಡ ಪ್ರಮಾಣದ ಮೌಲ್ಯಮಾಪನವನ್ನು ಒದಗಿಸಲು ವಿನ್ಯಾಸಗೊಳಿಸಲಾದ ಒಂದು ಪ್ರಯೋಗವಾಗಿದೆ. ಆಣ್ವಿಕ ಕ್ರಿಯೆ, ಜೈವಿಕ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆ ಮತ್ತು ಸೆಲ್ಯುಲಾರ್ ಕಾಂಪೊನೆಂಟ್ಗಳ ವಿಭಾಗಗಳಲ್ಲಿ ಜೀನ್ ಆಂಟಾಲಜಿ (ಜಿ. ಓ.) ಪದಗಳನ್ನು ಊಹಿಸುವ ಸಾಮರ್ಥ್ಯದಿಂದ ವಿವಿಧ ಕ್ರಮಾವಳಿಗಳನ್ನು ಮೌಲ್ಯಮಾಪನ ಮಾಡಲಾಗುತ್ತದೆ. ಈ ಪ್ರಯೋಗವು ಎರಡು ಪಥಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆಃ (i) ಯುಕಾರ್ಯೋಟಿಕ್ ಪಥ, (ii) ಪ್ರೋಕಾರ್ಯೋಟಿಕ್ ಪಥ. ಪ್ರತಿ ಟ್ರ್ಯಾಕ್ನಲ್ಲೂ, ಸಂಘಟಕರು ಗುರಿಗಳ ಗುಂಪನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತಾರೆ. ಭಾಗವಹಿಸುವವರು ಸಲ್ಲಿಕೆ ಗಡುವಿನೊಳಗೆ ತಮ್ಮ ಮುನ್ಸೂಚನೆಗಳನ್ನು ಸಲ್ಲಿಸುವ ನಿರೀಕ್ಷೆಯಿದೆ, ನಂತರ ಅವುಗಳನ್ನು ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಮಾಪನಗಳ ಪ್ರಕಾರ ಮೌಲ್ಯಮಾಪನ ಮಾಡಲಾಗುತ್ತದೆ. ಪ್ರೇರಣೆ ಒಂದು ಜೀವಿಯ ಜೀನೋಮ್ ನೂರಾರು ರಿಂದ ಹತ್ತಾರು ಸಾವಿರ ವಂಶವಾಹಿಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರಬಹುದು, ಇದು ನೂರಾರು ಸಾವಿರಾರು ವಿಭಿನ್ನ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅನುಕ್ರಮಗಳಿಗೆ ಎನ್ಕೋಡ್ ಮಾಡುತ್ತದೆ. ಜೀನೋಮ್ ಅನುಕ್ರಮದ ತುಲನಾತ್ಮಕವಾಗಿ ಕಡಿಮೆ ವೆಚ್ಚದಿಂದಾಗಿ, ಜೀನ್ ಮತ್ತು ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸುವುದು ವೇಗವಾಗಿ ಮತ್ತು ಅಗ್ಗವಾಗಿದೆ. ಇಲ್ಲಿಯವರೆಗೆ ಸಾವಿರಾರು ಪ್ರಭೇದಗಳನ್ನು ಅನುಕ್ರಮಗೊಳಿಸಲಾಗಿದೆ, ಆದರೂ ಅನೇಕ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳು ಉತ್ತಮವಾಗಿ ನಿರೂಪಿಸಲ್ಪಟ್ಟಿಲ್ಲ. ಜೀವಕೋಶದಲ್ಲಿ ಪ್ರೋಟೀನ್ನ ಪಾತ್ರವನ್ನು ಪ್ರಾಯೋಗಿಕವಾಗಿ ನಿರ್ಧರಿಸುವ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಯು ದುಬಾರಿ ಮತ್ತು ಸಮಯ ತೆಗೆದುಕೊಳ್ಳುವ ಕಾರ್ಯವಾಗಿದೆ. ಇದಲ್ಲದೆ, ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಳನ್ನು ನಡೆಸಿದಾಗಲೂ ಅವು ಪ್ರೋಟೀನ್ ಕಾರ್ಯದ ಬಗ್ಗೆ ಸಂಪೂರ್ಣ ಒಳನೋಟವನ್ನು ಒದಗಿಸುವ ಸಾಧ್ಯತೆಯಿಲ್ಲ. ಆದ್ದರಿಂದ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳನ್ನು ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕವಾಗಿ ಟಿಪ್ಪಣಿ ಮಾಡಲು ಕಂಪ್ಯೂಟೇಶನಲ್ ಸಾಧನಗಳನ್ನು ಬಳಸುವುದು ಮುಖ್ಯವಾಗಿದೆ. ವಿವಿಧ ಜೈವಿಕ ಮತ್ತು ವಿಕಸನೀಯ ದತ್ತಾಂಶಗಳನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಪ್ರೋಟೀನ್ ಕಾರ್ಯವನ್ನು ಊಹಿಸಬಹುದಾದ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಕ್ರಿಯೆಯ ಮುನ್ಸೂಚನೆಯ ಹಲವಾರು ಗಣನೆಯ ವಿಧಾನಗಳಿವೆ, ಆದರೆ ಸುಧಾರಣೆಗೆ ಗಮನಾರ್ಹ ಅವಕಾಶವಿದೆ. ಪ್ರೋಟೀನ್ ಕಾರ್ಯದ ನಿಖರವಾದ ಮುನ್ಸೂಚನೆಯು ಜೈವಿಕ ವೈದ್ಯಕೀಯ ಮತ್ತು ಔಷಧೀಯ ಸಂಶೋಧನೆಯ ಮೇಲೆ ದೀರ್ಘಕಾಲದ ಪರಿಣಾಮಗಳನ್ನು ಬೀರಬಹುದು. ಸಿಎಎಫ್ಎ ಪ್ರಯೋಗವನ್ನು ಕಂಪ್ಯೂಟೇಶನಲ್ ವಿಧಾನಗಳ ಪಕ್ಷಪಾತವಿಲ್ಲದ ಮೌಲ್ಯಮಾಪನವನ್ನು ಒದಗಿಸಲು, ಕಂಪ್ಯೂಟೇಶನಲ್ ಫಂಕ್ಷನ್ ಮುನ್ಸೂಚನೆಯಲ್ಲಿ ಸಂಶೋಧನೆಯನ್ನು ಉತ್ತೇಜಿಸಲು ಮತ್ತು ಕಾರ್ಯ ಮುನ್ಸೂಚನೆಯಲ್ಲಿ ಒಟ್ಟಾರೆ ಅತ್ಯಾಧುನಿಕ ಒಳನೋಟಗಳನ್ನು ಒದಗಿಸಲು ವಿನ್ಯಾಸಗೊಳಿಸಲಾಗಿದೆ. ಸಂಸ್ಥೆ ಪ್ರಯೋಗವು ಮೂರು ಹಂತಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆಃ ಮುನ್ಸೂಚನೆಯ ಹಂತಃ ~ 4 ತಿಂಗಳು ಸಂಘಟಕರು ಸಮುದಾಯಕ್ಕೆ ಅಜ್ಞಾತ ಅಥವಾ ಅಪೂರ್ಣ ಕಾರ್ಯದೊಂದಿಗೆ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತಾರೆ ಮತ್ತು ಮುನ್ಸೂಚನೆಗಳನ್ನು ಸಲ್ಲಿಸಲು ಗಡುವನ್ನು ನಿಗದಿಪಡಿಸುತ್ತಾರೆ ಗುರಿ ಶೇಖರಣೆಃ 6-12 ತಿಂಗಳುಗಳು ಎಲ್ಲಾ ಮುನ್ಸೂಚನೆಗಳನ್ನು ಸಂಗ್ರಹಿಸಿದ ನಂತರ ಮತ್ತು ಪ್ರಯೋಗವು ಕಾಯುವ ಅವಧಿಯನ್ನು ಪ್ರವೇಶಿಸುತ್ತದೆ, ಇದರಲ್ಲಿ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಕಾರ್ಯಗಳು ಸಾರ್ವಜನಿಕ ದತ್ತಸಂಚಯಗಳಲ್ಲಿ ಸಂಗ್ರಹಗೊಳ್ಳುವ ನಿರೀಕ್ಷೆಯಿದೆ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯ ಹಂತಃ 1 ತಿಂಗಳ ಮುನ್ಸೂಚಕಗಳನ್ನು ಅವುಗಳ ಕಾರ್ಯಕ್ಷಮತೆಗೆ ಅನುಗುಣವಾಗಿ ಶ್ರೇಣೀಕರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಫಲಿತಾಂಶಗಳನ್ನು ವೈಜ್ಞಾನಿಕ ಸಭೆಗಳಲ್ಲಿ ಸಾರ್ವಜನಿಕವಾಗಿ ಹಂಚಿಕೊಳ್ಳಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಪೀರ್ ಪರಿಶೀಲನೆಯ ನಂತರ ಪ್ರಕಟಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಸಿಎಎಫ್ಎ ಪ್ರಯೋಗವನ್ನು ಆಟೋಮೇಟೆಡ್ ಫಂಕ್ಷನ್ ಪ್ರಿಡಿಕ್ಷನ್ (ಎಎಫ್ಪಿ) ಸ್ಪೆಷಲ್ ಇಂಟರೆಸ್ಟ್ ಗ್ರೂಪ್ (ಎಎಫ್ಪಿ/ಎಸ್ಐಜಿ) ನಡೆಸುತ್ತದೆ. ಡಾ. ಇನ್ಬಲ್ (ಹಾಲ್ಪೆರಿನ್) ಲ್ಯಾಂಡ್ಸ್ಬರ್ಗ್ ಅವರು ಸಿಎಎಫ್ಎಯನ್ನು ರೂಪಿಸಿದರು ಮತ್ತು ಪ್ರೊ. ರುಸ್ ಆಲ್ಟ್ಮನ್ ಮತ್ತು ಡಾ. ಇಡ್ಡೋ ಫ್ರೀಡ್ಬರ್ಗ್ ಅವರೊಂದಿಗೆ ಅವರು ಇದನ್ನು ಆಯೋಜಿಸಿದರು. 2005, 2006, 2008, 2011 ಮತ್ತು 2012ರಲ್ಲಿ ಇಂಟೆಲಿಜೆಂಟ್ ಸಿಸ್ಟಮ್ಸ್ ಫಾರ್ ಮಾಲಿಕ್ಯುಲರ್ ಬಯಾಲಜಿ ಸಮಾವೇಶದ ಜೊತೆಗೆ ಎಎಫ್ಪಿ/ಎಸ್ಐಜಿ ಸಭೆಯನ್ನು ನಡೆಸಲಾಗಿದೆ. ಸಿಎಎಫ್ಎ 2010-2012 ಮೊದಲ ಸಿಎಎಫ್ಎ ಪ್ರಯೋಗವನ್ನು 2010ರ ಶರತ್ಕಾಲ ಮತ್ತು 2012ರ ವಸಂತಕಾಲದ ನಡುವೆ ಆಯೋಜಿಸಲಾಗಿತ್ತು. ಈ ಪ್ರತಿಯೊಂದು ಅನುಕ್ರಮಗಳಿಗೆ ಜೀನ್ ಆಂಟಾಲಜಿ ಟಿಪ್ಪಣಿಗಳನ್ನು ಊಹಿಸುವ ಕಾರ್ಯದೊಂದಿಗೆ ಸಂಘಟಕರು ಸಮುದಾಯಕ್ಕೆ 48,000 ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಒದಗಿಸಿದರು. ಆ 48,000 ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳಲ್ಲಿ, 866ನ್ನು ಗುರಿ ಶೇಖರಣೆಯ ಹಂತದಲ್ಲಿ ಪ್ರಾಯೋಗಿಕವಾಗಿ ವ್ಯಾಖ್ಯಾನಿಸಲಾಗಿದೆ. ಪ್ರಸ್ತುತ ಕಾರ್ಯ ಮುನ್ಸೂಚನೆ ಕ್ರಮಾವಳಿಗಳು ಸರಳ ಡೊಮೇನ್ ನಿಯೋಜನೆ ಅಥವಾ ಬ್ಲಾಸ್ಟ್ ಪ್ಯಾಕೇಜಿನ ನೇರ ಬಳಕೆಗಿಂತ ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ ಉತ್ತಮವಾಗಿ ಕಾರ್ಯನಿರ್ವಹಿಸುತ್ತವೆ ಎಂದು ಫಲಿತಾಂಶಗಳು ತೋರಿಸಿವೆ. ಆದಾಗ್ಯೂ, ಪ್ರೋಟೀನ್ನ ಜೈವಿಕ ಕ್ರಿಯೆಯ ನಿಖರವಾದ ಮುನ್ಸೂಚನೆಯು ಇನ್ನೂ ಮುಕ್ತ ಮತ್ತು ಸವಾಲಿನ ಸಮಸ್ಯೆಯಾಗಿದೆ ಎಂದು ಅವರು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸಿದರು. ಸಿಎಎಫ್ಎ 2013-2014 ಎರಡನೇ ಸಿಎಎಫ್ಎ ಪ್ರಯೋಗವು 2013ರ ಶರತ್ಕಾಲದಲ್ಲಿ ಪ್ರಾರಂಭವಾಯಿತು. ಆಗಸ್ಟ್ನಿಂದ, ಆಸಕ್ತ ಪಕ್ಷಗಳು 27 ಪ್ರಭೇದಗಳಲ್ಲಿ 100,000 ಕ್ಕೂ ಹೆಚ್ಚು ಗುರಿ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಡೌನ್ಲೋಡ್ ಮಾಡಬಹುದು. ನೋಂದಾಯಿತ ತಂಡಗಳಿಗೆ ಜೀನ್ ಆಂಟಾಲಜಿ ಪದಗಳೊಂದಿಗೆ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಟಿಪ್ಪಣಿ ಮಾಡಲು ಸವಾಲು ಹಾಕಲಾಗುತ್ತದೆ, ಜೊತೆಗೆ ಹ್ಯೂಮನ್ ಫಿನೋಟೈಪ್ ಆಂಟಾಲಜಿ ಪದಗಳೊಂದಿಗೆ ಮಾನವ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಟಿಪ್ಪಣಿ ಮಾಡಲು ಹೆಚ್ಚುವರಿ ಸವಾಲು ಹಾಕಲಾಗುತ್ತದೆ. ಸಲ್ಲಿಸುವ ಕೊನೆಯ ದಿನಾಂಕ ಜನವರಿ 15,2014 ಆಗಿತ್ತು. ಮುನ್ಸೂಚನೆಗಳ ಮೌಲ್ಯಮಾಪನವು 2014ರ ಜೂನ್ನಲ್ಲಿ ನಡೆಯಲಿದೆ. ಸಿಎಎಸ್ಪಿಃ ಪ್ರೋಟೀನ್ ರಚನೆಯ ಮುನ್ಸೂಚನೆಯ ನಿರ್ಣಾಯಕ ಮೌಲ್ಯಮಾಪನ ಸಿಎಪಿಆರ್ಐಃ ಸಂವಹನಗಳ ಮುನ್ಸೂಚನೆಯ ವಿಮರ್ಶಾತ್ಮಕ ಮೌಲ್ಯಮಾಪನ ಉಲ್ಲೇಖಗಳು ಬಾಹ್ಯ ಕೊಂಡಿಗಳು ಸ್ವಯಂಚಾಲಿತ ಕಾರ್ಯ ಮುನ್ಸೂಚನೆ ವಿಶೇಷ ಆಸಕ್ತಿಯ ಗುಂಪು-ಸಿಎಎಫ್ಎ ಚಾಲೆಂಜ್ ಭಾಗವಹಿಸುವಿಕೆಯ ಮಾಹಿತಿ ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್