Dissipative particle dynamics
ಡಿಸಿಪೇಟಿವ್ ಪಾರ್ಟಿಕಲ್ ಡೈನಾಮಿಕ್ಸ್ (ಡಿಪಿಡಿ) ಒಂದು ಆಫ್-ಲ್ಯಾಟಿಸ್ ಮೆಸೊಸ್ಕೋಪಿಕ್ ಸಿಮ್ಯುಲೇಶನ್ ತಂತ್ರವಾಗಿದ್ದು, ಇದು ನಿರಂತರ ಬಾಹ್ಯಾಕಾಶ ಮತ್ತು ಪ್ರತ್ಯೇಕ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಚಲಿಸುವ ಕಣಗಳ ಗುಂಪನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುತ್ತದೆ. ಕಣಗಳು ಏಕ ಪರಮಾಣುಗಳಿಗಿಂತ ಸಂಪೂರ್ಣ ಅಣುಗಳು ಅಥವಾ ದ್ರವ ಪ್ರದೇಶಗಳನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುತ್ತವೆ, ಮತ್ತು ಪರಮಾಣು ವಿವರಗಳನ್ನು ಉದ್ದೇಶಿತ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಗಳಿಗೆ ಸೂಕ್ತವೆಂದು ಪರಿಗಣಿಸಲಾಗುವುದಿಲ್ಲ. ಸ್ಥಳೀಯವಾಗಿ ಆವೇಗವನ್ನು ಸಂರಕ್ಷಿಸಲು ಮತ್ತು ಸರಿಯಾದ ಹೈಡ್ರೋಡೈನಮಿಕ್ ನಡವಳಿಕೆಯನ್ನು ಖಚಿತಪಡಿಸಿಕೊಳ್ಳಲು ಕಣಗಳ ಆಂತರಿಕ ಮಟ್ಟದ ಸ್ವಾತಂತ್ರ್ಯವನ್ನು ಸಂಯೋಜಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಸರಳೀಕೃತ ಜೋಡಿಯಾಗಿ ಪ್ರಸರಣ ಮತ್ತು ಯಾದೃಚ್ಛಿಕ ಶಕ್ತಿಗಳಿಂದ ಬದಲಾಯಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಈ ವಿಧಾನದ ಮುಖ್ಯ ಪ್ರಯೋಜನವೆಂದರೆ ಇದು ಸಾಂಪ್ರದಾಯಿಕ ಎಂಡಿ ಸಿಮ್ಯುಲೇಶನ್ಗಳನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಸಾಧ್ಯವಾದಷ್ಟು ದೀರ್ಘ ಸಮಯ ಮತ್ತು ಉದ್ದದ ಮಾಪಕಗಳಿಗೆ ಪ್ರವೇಶವನ್ನು ನೀಡುತ್ತದೆ. ಹತ್ತಾರು ಮೈಕ್ರೊ ಸೆಕೆಂಡುಗಳ ಕಾಲ ರೇಖೀಯ ಆಯಾಮದಲ್ಲಿ 100 ಎನ್ಎಂ ವರೆಗಿನ ಸಂಪುಟಗಳಲ್ಲಿ ಪಾಲಿಮರಿಕ್ ದ್ರವಗಳ ಸಿಮ್ಯುಲೇಶನ್ಗಳು ಈಗ ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿವೆ. ಲ್ಯಾಟಿಸ್ ಗ್ಯಾಸ್ ಆಟೋಮ್ಯಾಟಾ ಎಂದು ಕರೆಯಲ್ಪಡುವ ಲ್ಯಾಟಿಸ್ ಕಲಾಕೃತಿಗಳನ್ನು ತಪ್ಪಿಸಲು ಮತ್ತು ಆಣ್ವಿಕ ಡೈನಾಮಿಕ್ಸ್ (ಎಮ್ಡಿ) ಯೊಂದಿಗೆ ಲಭ್ಯವಿರುವ ಹೈಡ್ರೋಡೈನಮಿಕ್ ಸಮಯ ಮತ್ತು ಬಾಹ್ಯಾಕಾಶ ಮಾಪಕಗಳನ್ನು ನಿಭಾಯಿಸಲು ಡಿಪಿಡಿಯನ್ನು ಆರಂಭದಲ್ಲಿ ಹೂಗರ್ಬ್ರಗ್ ಮತ್ತು ಕೋಯೆಲ್ಮನ್ ರೂಪಿಸಿದರು. ಸರಿಯಾದ ಉಷ್ಣ ಸಮತೋಲನ ಸ್ಥಿತಿಯನ್ನು ಖಚಿತಪಡಿಸಿಕೊಳ್ಳಲು ಇದನ್ನು ತರುವಾಯ ಪಿ. ಎಸ್ಪಾನೋಲ್ನಿಂದ ಮರುರೂಪಿಸಲಾಯಿತು ಮತ್ತು ಸ್ವಲ್ಪಮಟ್ಟಿಗೆ ಮಾರ್ಪಡಿಸಲಾಯಿತು. ಕಡಿಮೆ ಕಂಪ್ಯೂಟೇಶನಲ್ ಸಂಕೀರ್ಣತೆ ಮತ್ತು ಸಾರಿಗೆ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳ ಉತ್ತಮ ನಿಯಂತ್ರಣದೊಂದಿಗೆ ಹೊಸ ಡಿಪಿಡಿ ಕ್ರಮಾವಳಿಗಳ ಸರಣಿಯನ್ನು ಪ್ರಸ್ತುತಪಡಿಸಲಾಗಿದೆ. ಈ ಲೇಖನದಲ್ಲಿ ಪ್ರಸ್ತುತಪಡಿಸಲಾದ ಕ್ರಮಾವಳಿಗಳು ಡಿಪಿಡಿ ಥರ್ಮೋಸ್ಟೇಟಿಂಗ್ ಅನ್ನು ಅನ್ವಯಿಸಲು ಯಾದೃಚ್ಛಿಕವಾಗಿ ಜೋಡಿ ಕಣವನ್ನು ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡುತ್ತವೆ, ಹೀಗಾಗಿ ಕಂಪ್ಯೂಟೇಶನಲ್ ಸಂಕೀರ್ಣತೆಯನ್ನು ಕಡಿಮೆ ಮಾಡುತ್ತದೆ. ಸಮೀಕರಣಗಳು ಡಿಪಿಡಿ ಕಣ iಯ ಮೇಲೆ ಕಾರ್ಯನಿರ್ವಹಿಸುವ ಒಟ್ಟು ಬಂಧರಹಿತ ಬಲವನ್ನು ಸ್ಥಿರ ಕಟ್-ಆಫ್ ಅಂತರದೊಳಗೆ ಇರುವ ಎಲ್ಲಾ ಕಣಗಳ ಮೇಲೆ ಮೂರು ಜೋಡಿಯಾಗಿ-ಸಂಯೋಜಕ ಬಲಗಳ ಮೊತ್ತದಿಂದ ನೀಡಲಾಗುತ್ತದೆಃ ಇಲ್ಲಿ ಮೇಲಿನ ಸಮೀಕರಣದಲ್ಲಿ ಮೊದಲ ಪದವು ಸಂಪ್ರದಾಯವಾದಿ ಬಲವಾಗಿದೆ, ಎರಡನೆಯದು ವಿಸರ್ಜಕ ಬಲ ಮತ್ತು ಮೂರನೆಯದು ಯಾದೃಚ್ಛಿಕ ಬಲವಾಗಿದೆ. ಕನ್ಸರ್ವೇಟಿವ್ ಫೋರ್ಸ್ ಮಣಿಗಳಿಗೆ ರಾಸಾಯನಿಕ ಗುರುತನ್ನು ನೀಡಲು ಕಾರ್ಯನಿರ್ವಹಿಸುತ್ತದೆ, ಆದರೆ ಡಿಸಿಪೇಟಿವ್ ಮತ್ತು ಯಾದೃಚ್ಛಿಕ ಶಕ್ತಿಗಳು ಒಟ್ಟಾಗಿ ಥರ್ಮೋಸ್ಟಾಟ್ ಅನ್ನು ರೂಪಿಸುತ್ತವೆ, ಇದು ವ್ಯವಸ್ಥೆಯ ಸರಾಸರಿ ತಾಪಮಾನವನ್ನು ಸ್ಥಿರವಾಗಿರಿಸುತ್ತದೆ. ಎಲ್ಲಾ ಬಂಧಿಸದ ಬಲಗಳ ಒಂದು ಪ್ರಮುಖ ಲಕ್ಷಣವೆಂದರೆ ಅವು ಸ್ಥಳೀಯವಾಗಿ ಆವೇಗವನ್ನು ಸಂರಕ್ಷಿಸುತ್ತವೆ, ಇದರಿಂದಾಗಿ ದ್ರವದ ಹೈಡ್ರೋಡೈನಮಿಕ್ ವಿಧಾನಗಳು ಸಣ್ಣ ಕಣ ಸಂಖ್ಯೆಗಳಿಗೂ ಸಹ ಹೊರಹೊಮ್ಮುತ್ತವೆ. ಸ್ಥಳೀಯ ಆವೇಗದ ಸಂರಕ್ಷಣೆಗೆ ಎರಡು ಪರಸ್ಪರ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯಿಸುವ ಮಣಿಗಳ ನಡುವಿನ ಯಾದೃಚ್ಛಿಕ ಬಲವು ಅಸಮಮಿತಿಯಾಗಿರಬೇಕು. ಆದ್ದರಿಂದ ಪರಸ್ಪರ ಸಂವಹನ ನಡೆಸುವ ಪ್ರತಿಯೊಂದು ಜೋಡಿ ಕಣಗಳಿಗೆ ಒಂದೇ ಯಾದೃಚ್ಛಿಕ ಬಲದ ಲೆಕ್ಕಾಚಾರದ ಅಗತ್ಯವಿರುತ್ತದೆ. ಇದು ಡಿಪಿಡಿಯನ್ನು ಬ್ರೌನಿಯನ್ ಡೈನಾಮಿಕ್ಸ್ನಿಂದ ಪ್ರತ್ಯೇಕಿಸುತ್ತದೆ, ಇದರಲ್ಲಿ ಪ್ರತಿ ಕಣವು ಇತರ ಎಲ್ಲಾ ಕಣಗಳಿಂದ ಸ್ವತಂತ್ರವಾಗಿ ಯಾದೃಚ್ಛಿಕ ಬಲವನ್ನು ಅನುಭವಿಸುತ್ತದೆ. ಮಣಿಗಳನ್ನು ಮೃದುವಾದ (ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಹುಕಿಯನ್) ಬುಗ್ಗೆಗಳೊಂದಿಗೆ ಜೋಡಿಸುವ ಮೂಲಕ 'ಅಣು' ಗಳಾಗಿ ಜೋಡಿಸಬಹುದು. ಡಿಪಿಡಿಯ ಅತ್ಯಂತ ಸಾಮಾನ್ಯ ಅನ್ವಯಗಳು ಕಣಗಳ ಸಂಖ್ಯೆ, ಪರಿಮಾಣ ಮತ್ತು ತಾಪಮಾನವನ್ನು ಸ್ಥಿರವಾಗಿರಿಸುತ್ತವೆ ಮತ್ತು ಆದ್ದರಿಂದ ಎನ್ವಿಟಿ ಸಮೂಹದಲ್ಲಿ ನಡೆಯುತ್ತವೆ. ಪರ್ಯಾಯವಾಗಿ, ಪರಿಮಾಣದ ಬದಲು ಒತ್ತಡವನ್ನು ಸ್ಥಿರವಾಗಿ ಇಡಲಾಗುತ್ತದೆ, ಇದರಿಂದಾಗಿ ಸಿಮ್ಯುಲೇಶನ್ ಎನ್ಪಿಟಿ ಸಮೂಹದಲ್ಲಿದೆ. ಸಮಾನಾಂತರಗೊಳಿಸುವಿಕೆ ತಾತ್ವಿಕವಾಗಿ, ಬಿಯೊವುಲ್ಫ್-ಶೈಲಿಯ ಕ್ಲಸ್ಟರ್ನಲ್ಲಿ ಅನೇಕ ಪ್ರೊಸೆಸರ್ಗಳಲ್ಲಿ ಚಾಲನೆಯಲ್ಲಿರುವ ಡಿಪಿಡಿಯ ಸಮಾನಾಂತರ ಅನುಷ್ಠಾನವನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಮಿಲಿಸೆಕೆಂಡುಗಳಿಗೆ ಘನ ಮೈಕ್ರಾನ್ ಅನ್ನು ಸಮೀಪಿಸುವ ದೊಡ್ಡ ವ್ಯವಸ್ಥೆಗಳ ಸಿಮ್ಯುಲೇಶನ್ಗಳು ಸಾಧ್ಯ. ಬಂಧಿಸದ ಬಲಗಳು ಡಿಪಿಡಿಯಲ್ಲಿ ಕಡಿಮೆ-ವ್ಯಾಪ್ತಿಯದ್ದಾಗಿರುವುದರಿಂದ, ಪ್ರಾದೇಶಿಕ ಡೊಮೇನ್ ವಿಭಜನೆ ತಂತ್ರವನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಡಿಪಿಡಿ ಕೋಡ್ ಅನ್ನು ಬಹಳ ಪರಿಣಾಮಕಾರಿಯಾಗಿ ಸಮಾನಾಂತರಗೊಳಿಸಲು ಸಾಧ್ಯವಿದೆ. ಈ ಯೋಜನೆಯಲ್ಲಿ, ಒಟ್ಟು ಸಿಮ್ಯುಲೇಶನ್ ಜಾಗವನ್ನು ಹಲವಾರು ಕ್ಯೂಬಾಯ್ಡಲ್ ಪ್ರದೇಶಗಳಾಗಿ ವಿಂಗಡಿಸಲಾಗಿದೆ, ಪ್ರತಿಯೊಂದನ್ನೂ ಕ್ಲಸ್ಟರ್ನಲ್ಲಿನ ವಿಶಿಷ್ಟ ಪ್ರೊಸೆಸರ್ಗೆ ನಿಗದಿಪಡಿಸಲಾಗಿದೆ. ಪ್ರತಿ ಪ್ರೊಸೆಸರ್ ಎಲ್ಲಾ ಮಣಿಗಳ ಚಲನೆಯ ಸಮೀಕರಣಗಳನ್ನು ಸಂಯೋಜಿಸುವ ಜವಾಬ್ದಾರಿಯನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ, ಅವುಗಳ ದ್ರವ್ಯರಾಶಿಯ ಕೇಂದ್ರಗಳು ಅದರ ಪ್ರದೇಶದೊಳಗೆ ಇರುತ್ತವೆ. ಪ್ರತಿ ಪ್ರೊಸೆಸರ್ನ ಸ್ಥಳದ ಗಡಿಯ ಬಳಿ ಇರುವ ಮಣಿಗಳಿಗೆ ಮಾತ್ರ ಪ್ರೊಸೆಸರ್ಗಳ ನಡುವೆ ಸಂವಹನದ ಅಗತ್ಯವಿರುತ್ತದೆ. ಸಿಮ್ಯುಲೇಶನ್ ಪರಿಣಾಮಕಾರಿಯಾಗಿದೆ ಎಂದು ಖಚಿತಪಡಿಸಿಕೊಳ್ಳಲು, ನಿರ್ಣಾಯಕ ಅವಶ್ಯಕತೆಯೆಂದರೆ, ಅಂತರ-ಪ್ರೊಸೆಸರ್ ಸಂವಹನದ ಅಗತ್ಯವಿರುವ ಕಣ-ಕಣ ಸಂವಹನಗಳ ಸಂಖ್ಯೆಯು ಪ್ರತಿ ಪ್ರೊಸೆಸರ್ನ ಜಾಗದ ಪ್ರದೇಶದ ಬಹುಪಾಲು ಕಣ-ಕಣ ಸಂವಹನಗಳ ಸಂಖ್ಯೆಗಿಂತ ತುಂಬಾ ಚಿಕ್ಕದಾಗಿರಬೇಕು. ಸ್ಥೂಲವಾಗಿ ಹೇಳುವುದಾದರೆ, ಇದರರ್ಥ ಪ್ರತಿ ಪ್ರೊಸೆಸರ್ಗೆ ನಿಗದಿಪಡಿಸಲಾದ ಜಾಗದ ಪರಿಮಾಣವು ಅದರ ಮೇಲ್ಮೈ ವಿಸ್ತೀರ್ಣವು (ಬಲ ಕಡಿತದ ದೂರಕ್ಕೆ ಹೋಲಿಸಬಹುದಾದ ದೂರದಿಂದ ಗುಣಿಸಿದಾಗ) ಅದರ ಪರಿಮಾಣಕ್ಕಿಂತ ತುಂಬಾ ಕಡಿಮೆಯಾಗಿರುತ್ತದೆ. ವಿವಿಧ ರೀತಿಯ ಸಂಕೀರ್ಣ ಹೈಡ್ರೋಡೈನಮಿಕ್ ವಿದ್ಯಮಾನಗಳನ್ನು ಡಿಪಿಡಿ ಬಳಸಿ ಅನುಕರಿಸಲಾಗಿದೆ, ಇಲ್ಲಿ ಪಟ್ಟಿ ಅಪೂರ್ಣವಾಗಿದೆ. ದ್ರವದ ಮ್ಯಾಕ್ರೋಸ್ಕೋಪಿಕ್ ನ್ಯೂಟೋನಿಯನ್ ಅಲ್ಲದ ಹರಿವಿನ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳನ್ನು ಅದರ ಸೂಕ್ಷ್ಮ ರಚನೆಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸುವುದು ಈ ಸಿಮ್ಯುಲೇಶನ್ಗಳ ಗುರಿಯಾಗಿದೆ. ಅಂತಹ ಡಿಪಿಡಿ ಅನ್ವಯಿಕೆಗಳು ಕಾಂಕ್ರೀಟ್ನ ರಿಯೋಲಾಜಿಕಲ್ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳನ್ನು ರೂಪಿಸುವುದರಿಂದ ಹಿಡಿದು ಜೈವಿಕ ಭೌತಶಾಸ್ತ್ರದಲ್ಲಿ ಲಿಪೊಸೋಮ್ ರಚನೆಯನ್ನು ಅನುಕರಿಸುವವರೆಗೆ ಮತ್ತು ಡೈನಾಮಿಕ್ ವೆಟ್ಟಿಂಗ್ನಂತಹ ಇತರ ಇತ್ತೀಚಿನ ಮೂರು-ಹಂತದ ವಿದ್ಯಮಾನಗಳವರೆಗೆ ಇರುತ್ತವೆ. ಡಿಪಿಡಿ ವಿಧಾನವು ರಕ್ತ ಕಣಗಳು ಮತ್ತು ಪಾಲಿಮರ್ ಮೈಸೆಲ್ಗಳಂತಹ ವಿರೂಪಗೊಳಿಸಬಹುದಾದ ವಸ್ತುಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ವೈವಿಧ್ಯಮಯ ಬಹು-ಹಂತದ ಹರಿವುಗಳನ್ನು ರೂಪಿಸುವಲ್ಲಿ ಜನಪ್ರಿಯತೆಯನ್ನು ಕಂಡುಕೊಂಡಿದೆ. 1990 ರ ದಶಕದ ಆರಂಭದಲ್ಲಿ ಇದನ್ನು ಮೊದಲು ಪ್ರಸ್ತಾಪಿಸಿದಾಗಿನಿಂದ ಡಿಪಿಡಿ ವಿಧಾನದ ವಿವಿಧ ಪ್ರಮುಖ ಅಂಶಗಳ ಬೆಳವಣಿಗೆಗಳ ಸಂಪೂರ್ಣ ಕುರುಹುಗಳನ್ನು "ಡಿಸಿಪೇಟಿವ್ ಪಾರ್ಟಿಕಲ್ ಡೈನಾಮಿಕ್ಸ್ಃ ಇಂಟ್ರೊಡಕ್ಷನ್, ಮೆಥಡಾಲಜಿ ಮತ್ತು ಕಾಂಪ್ಲೆಕ್ಸ್ ಫ್ಲೂಯಿಡ್ ಅಪ್ಲಿಕೇಷನ್ಸ್-ಎ ರಿವ್ಯೂ" ನಲ್ಲಿ ಕಾಣಬಹುದು. ಡಿಪಿಡಿಯಲ್ಲಿನ ಅತ್ಯಾಧುನಿಕತೆಯನ್ನು 2008ರಲ್ಲಿ ಸಿಇಸಿಎಎಂ ಕಾರ್ಯಾಗಾರದಲ್ಲಿ ಸೆರೆಹಿಡಿಯಲಾಯಿತು. ಅಲ್ಲಿ ಪ್ರಸ್ತುತಪಡಿಸಲಾದ ತಂತ್ರದ ನಾವೀನ್ಯತೆಗಳಲ್ಲಿ ಇಂಧನ ಸಂರಕ್ಷಣೆಯೊಂದಿಗೆ ಡಿಪಿಡಿ; ದ್ರವದ ಸ್ನಿಗ್ಧತೆಯನ್ನು ಹೊಂದಿಸಲು ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುವ ಕೇಂದ್ರವಲ್ಲದ ಘರ್ಷಣಾ ಶಕ್ತಿಗಳು; ಪಾಲಿಮರ್ಗಳ ನಡುವಿನ ಬಂಧ ದಾಟುವಿಕೆಯನ್ನು ತಡೆಗಟ್ಟುವ ಅಲ್ಗಾರಿದಮ್; ಮತ್ತು ಪರಮಾಣು ಆಣ್ವಿಕ ಡೈನಾಮಿಕ್ಸ್ನಿಂದ ಡಿಪಿಡಿ ಪರಸ್ಪರ ನಿಯತಾಂಕಗಳ ಸ್ವಯಂಚಾಲಿತ ಮಾಪನಾಂಕ ನಿರ್ಣಯ ಸೇರಿವೆ. ಇತ್ತೀಚೆಗೆ, ಪ್ರಾಯೋಗಿಕ ವೀಕ್ಷಣೆಗಳ ವಿರುದ್ಧ ಸ್ವಯಂಚಾಲಿತ ಮಾಪನಾಂಕ ನಿರ್ಣಯ ಮತ್ತು ನಿಯತಾಂಕಗಳ ಉದಾಹರಣೆಗಳನ್ನು ತೋರಿಸಲಾಗಿದೆ. ಹೆಚ್ಚುವರಿಯಾಗಿ, ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಯ ಸಂಭಾವ್ಯ ಮಾಪನಾಂಕ ನಿರ್ಣಯ ಮತ್ತು ನಿಯತಾಂಕಗಳ ಉದ್ದೇಶಕ್ಕಾಗಿ ದತ್ತಾಂಶಗಳನ್ನು ಅನ್ವೇಷಿಸಲಾಗಿದೆ. ಸ್ವೋಪ್ ಮತ್ತು ಇತರರು, ಸಾಹಿತ್ಯ ದತ್ತಾಂಶದ ವಿವರವಾದ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ ಮತ್ತು ಕ್ರಿಟಿಕಲ್ ಮೈಸೆಲ್ ಕಾನ್ಸಂಟ್ರೇಶನ್ (ಸಿಎಮ್ಸಿ) ಮತ್ತು ಮೈಸೆಲರ್ ಮೀನ್ ಅಗ್ರಿಗೇಷನ್ ನಂಬರ್ (ಎನ್ಎಜಿಜಿ) ಅನ್ನು ಆಧರಿಸಿದ ಪ್ರಾಯೋಗಿಕ ದತ್ತಾಂಶವನ್ನು ಒದಗಿಸಿದ್ದಾರೆ. ಡಿಪಿಡಿ ಬಳಸುವ ಮೈಸೆಲ್ಲರ್ ಸಿಮ್ಯುಲೇಶನ್ಗಳ ಉದಾಹರಣೆಗಳನ್ನು ಈ ಹಿಂದೆ ಉತ್ತಮವಾಗಿ ದಾಖಲಿಸಲಾಗಿದೆ. ಉಲ್ಲೇಖಗಳು ಲಭ್ಯವಿರುವ ಪ್ಯಾಕೇಜುಗಳು ಡಿಪಿಡಿ ಸಿಮ್ಯುಲೇಶನ್ಗಳನ್ನು (ಸಹ) ನಿರ್ವಹಿಸಬಲ್ಲ ಕೆಲವು ಲಭ್ಯವಿರುವ ಸಿಮ್ಯುಲೇಶನ್ ಪ್ಯಾಕೇಜುಗಳೆಂದರೆಃ ಸಿಯುಎಲ್ಜಿಐಃ ದಿ ಕೆಮಿಸ್ಟ್ರಿ ಯುನಿಫೈಡ್ ಲ್ಯಾಂಗ್ವೇಜ್ ಇಂಟರ್ಫೇಸ್, ಕುಲ್ಗಿ ಬಿ. ವಿ., ದಿ ನೆದರ್ಲ್ಯಾಂಡ್ಸ್ ಡಿಎಲ್ _ ಮೆಸೊಃ ಓಪನ್-ಸೋರ್ಸ್ ಮೆಸೊಸ್ಕೇಲ್ ಸಿಮ್ಯುಲೇಶನ್ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್. DPDmacs ESPResSo: ಸಾಫ್ಟ್ ಮ್ಯಾಟರ್ ಸಿಸ್ಟಮ್ಸ್ನ ಸಂಶೋಧನೆಗಾಗಿ ಎಕ್ಸ್ಟೆನ್ಸಿಬಲ್ ಸಿಮ್ಯುಲೇಶನ್ ಪ್ಯಾಕೇಜ್-ಓಪನ್-ಸೋರ್ಸ್ ಫ್ಲೂಯಿಡಿಕ್ಸ್ಃ ಒನ್ ಝೀರೋ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ನಿಂದ ಲಭ್ಯವಿರುವ ಫ್ಲೂಯಿಡಿಕ್ಸ್ ಸಿಮ್ಯುಲೇಶನ್ ಸೂಟ್. ಜಿಪಿಐಯುಟಿಎಂಡಿಃ ಮೆನಿ-ಪಾರ್ಟಿಕಲ್ ಡೈನಾಮಿಕ್ಸ್ಗಾಗಿ ಗ್ರಾಫಿಕಲ್ ಪ್ರೊಸೆಸರ್ಗಳು ಗ್ರೊಮ್ಯಾಕ್ಸ್-ಡಿಪಿಡಿಃ ಡಿಪಿಡಿ ಸೇರಿದಂತೆ ಗ್ರೊಮ್ಯಾಕ್ಸ್ನ ಮಾರ್ಪಡಿಸಿದ ಆವೃತ್ತಿ. ಹೂಮ್ಡ್-ಬ್ಲೂಃ ಹೆಚ್ಚು ಆಪ್ಟಿಮೈಸ್ಡ್ ಆಬ್ಜೆಕ್ಟ್-ಓರಿಯೆಂಟೆಡ್ ಮಲ್ಟಿ-ಪಾರ್ಟಿಕಲ್ ಡೈನಾಮಿಕ್ಸ್-ಬ್ಲೂ ಎಡಿಷನ್ ಲ್ಯಾಂಪ್ಸ್ ಮೆಟೀರಿಯಲ್ಸ್ ಸ್ಟುಡಿಯೋಃ ಮೆಟೀರಿಯಲ್ಸ್ ಸ್ಟುಡಿಯೋ-ರಾಸಾಯನಿಕಗಳು ಮತ್ತು ವಸ್ತುಗಳನ್ನು ಅಧ್ಯಯನ ಮಾಡಲು ಮಾಡೆಲಿಂಗ್ ಮತ್ತು ಸಿಮ್ಯುಲೇಶನ್, ಆಕ್ಸೆಲ್ರಿಸ್ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ಇಂಕ್. ಆಸ್ಪ್ರಿ-ಡಿಪಿಡಿಃ ಓಪನ್ ಸೋರ್ಸ್ ಪಾಲಿಮರ್ ರಿಸರ್ಚ್ ಎಂಜಿನ್-ಡಿಪಿಡಿ ಸಿಂಪ್ಲರ್ಃ ಫ್ರೀಬರ್ಗ್ ವಿಶ್ವವಿದ್ಯಾಲಯದ ಫ್ರೀವೇರ್ ಸಿಂಬೋಲಿಕ್ ಪಾರ್ಟಿಕಲ್ ಸಿಮ್ಯುಲೇಟರ್. ಸನ್ಲೈಟ್ ಡಿಪಿಡಿಃ ಓಪನ್ ಸೋರ್ಸ್ (ಜಿಪಿಎಲ್) ಡಿಪಿಡಿ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್. ಬಾಹ್ಯ ಕೊಂಡಿಗಳು ಮ್ಯಾಟ್ ಡಿಎಲ್ (ಮೆಟೀರಿಯಲ್ಸ್ ಡಿಜಿಟಲ್ ಲೈಬ್ರರಿ ಪಾಥ್ವೇ) (ಮ್ಯಾಟ್ ಡಿಎಲ್) ನಿಂದ ಡಿಪಿಡಿ ಸಿಮ್ಯುಲೇಶನ್ ತಂತ್ರ ಮಂದಗೊಳಿಸಿದ ದ್ರವ್ಯ ಭೌತಶಾಸ್ತ್ರ ಮೃದು ದ್ರವ್ಯ ಕಂಪ್ಯೂಟೇಶನಲ್ ಫ್ಲೂಯಿಡ್ ಡೈನಾಮಿಕ್ಸ್ ನ್ಯೂಟೋನಿಯನ್ ಅಲ್ಲದ ದ್ರವಗಳು