Lumi (software)
ಲುಮಿ ಎಂಬುದು ಇಲ್ಯೂಮಿನಾ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ಮತ್ತು ಮೀಥೈಲೇಷನ್ ಮೈಕ್ರೋಅರೇ ಡೇಟಾದ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ ಮತ್ತು ಗ್ರಹಿಕೆಗಾಗಿ ಉಚಿತ, ಮುಕ್ತ ಮೂಲ ಮತ್ತು ಮುಕ್ತ ಅಭಿವೃದ್ಧಿ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ಯೋಜನೆಯಾಗಿದೆ. ಈ ಯೋಜನೆಯನ್ನು 2006ರ ಬೇಸಿಗೆಯಲ್ಲಿ ಪ್ರಾರಂಭಿಸಲಾಯಿತು ಮತ್ತು ಬಯೋಕಂಡಕ್ಟರ್ನ ಚೌಕಟ್ಟಿನಲ್ಲಿ ಇಲ್ಯೂಮಿನಾದ ಕ್ರಮಾವಳಿಗಳು ಮತ್ತು ದತ್ತಾಂಶ ನಿರ್ವಹಣಾ ಸಾಧನಗಳನ್ನು ಒದಗಿಸಲು ಹೊರಟಿತು. ಇದು ಸಂಖ್ಯಾಶಾಸ್ತ್ರೀಯ ಆರ್ ಪ್ರೋಗ್ರಾಮಿಂಗ್ ಭಾಷೆಯನ್ನು ಆಧರಿಸಿದೆ. ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳು ಲುಮಿ ಪ್ಯಾಕೇಜ್ ಪ್ರೋಬ್-ಐಡೆಂಟಿಫೈಯರ್ ಮ್ಯಾನೇಜ್ಮೆಂಟ್ (ಎನ್. ಯು. ಐ. ಡಿ), ನವೀಕರಿಸಿದ ಪ್ರೋಬ್-ಟು-ಜೀನ್ ಮ್ಯಾಪಿಂಗ್ ಮತ್ತು ರೆಫ್ಸೆಕ್ (ಎನ್. ಯು. ಐ. ಡಿ. ಬ್ಲಾಸ್ಟ್), ಪ್ರೋಬ್-ಇಂಟೆನ್ಸಿಟಿ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಫರ್ಮೇಷನ್ (ವಿ. ಎಸ್. ಟಿ) ಮತ್ತು ನಾರ್ಮಲೈಸೇಶನ್ (ಆರ್. ಎಸ್. ಎನ್), ಗುಣಮಟ್ಟ ನಿಯಂತ್ರಣ (ಕ್ಯೂ. ಎ/ಕ್ಯೂ. ಸಿ) ಮತ್ತು ಇಲ್ಯೂಮಿನಾ ಮೆತಿಲೀಕರಣ ದತ್ತಾಂಶಕ್ಕೆ ನಿರ್ದಿಷ್ಟವಾದ ಪೂರ್ವ ಸಂಸ್ಕರಣೆ ವಿಧಾನಗಳನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಟಿಪ್ಪಣಿಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಂತೆ ಪ್ರೋಬ್-ಮಟ್ಟದ ಇಲ್ಯೂಮಿನಾ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ಮತ್ತು ಮೆತಿಲೀಕರಣ ಮೈಕ್ರೋಅರೇ ದತ್ತಾಂಶಕ್ಕಾಗಿ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯ ಪೈಪ್ಲೈನ್ ಅನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ. ಇಲ್ಯೂಮಿನಾ-ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳೊಂದಿಗೆ ಎಕ್ಸ್ಪರ್ಸೆಟ್ ವಸ್ತುವನ್ನು ವಿಸ್ತರಿಸುವ ಮೂಲಕ, ಡಿಫರೆನ್ಷಿಯಲ್ ಜೀನ್ಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲು ಮತ್ತು ಜೀನ್ ಆಂಟಾಲಜಿ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ನಡೆಸಲು ಲಿಮ್ಮಾ ಮತ್ತು ಗೋಸ್ಟಾಟ್ಸ್ನಂತಹ ಇತರ ಬಯೋಕಂಡಕ್ಟರ್ ಪ್ಯಾಕೇಜ್ಗಳೊಂದಿಗೆ ಕೆಲಸ ಮಾಡಲು ಲುಮಿಯನ್ನು ವಿನ್ಯಾಸಗೊಳಿಸಲಾಗಿದೆ. ಲುಮಿ ಯೋಜನೆಯನ್ನು 2006ರ ಬೇಸಿಗೆಯಲ್ಲಿ ನಾರ್ತ್ವೆಸ್ಟರ್ನ್ ಯೂನಿವರ್ಸಿಟಿಯ ರಾಬರ್ಟ್ ಎಚ್. ಲೂರಿ ಕಾಂಪ್ರಹೆನ್ಸಿವ್ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಸೆಂಟರ್ನ ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್ ಕೋರ್ ಫೆಸಿಲಿಟಿಯಲ್ಲಿ ಪ್ರಾರಂಭಿಸಲಾಯಿತು. ಮೂಲತಃ ಇಲ್ಯೂಮಿನಾ ಎಕ್ಸ್ಪ್ರೆಶನ್ ಬೀಡ್ಅರೇ ದತ್ತಾಂಶದ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಾಗಿ ಲುಮಿಯನ್ನು ವಿನ್ಯಾಸಗೊಳಿಸಲಾಗಿತ್ತು. 2010ರಿಂದ ಪ್ರಾರಂಭಿಸಿ (ಆವೃತ್ತಿ> 2), ಇಲ್ಯೂಮಿನಾ ಮೆತಿಲೀಕರಣ ಮೈಕ್ರೋಅರೇ ದತ್ತಾಂಶವನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸುವ ಕಾರ್ಯಗಳನ್ನು ಸೇರಿಸಲಾಯಿತು. ಈ ಯೋಜನಾ ತಂಡದಲ್ಲಿ ಡಾ. ಪ್ಯಾನ್ ಡು, ಸೈಮನ್ ಎಮ್. ಲಿನ್ ಮತ್ತು ವಾರೆನ್ ಎ. ಕಿಬ್ಬೆ. ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ಗಳ ಮೇಲೆ ರೆಟಿನೋಯಿಕ್ ಆಮ್ಲಗಳ ಪರಿಣಾಮದ ಅಧ್ಯಯನದ ಮೇಲೆ ತನ್ನ ಪ್ರಯೋಗಾಲಯದಲ್ಲಿ ಪಡೆದ ಹೊಸ ಇಲ್ಯೂಮಿನಾ ಮೈಕ್ರೋಅರೇ ದತ್ತಾಂಶವನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಲು ಡಾ. ಸೆರ್ಡಾರ್ ಇ. ಬುಲುನ್ ಅವರ ಸಹಯೋಗದ ಕೋರಿಕೆಯ ಮೇರೆಗೆ ಈ ಯೋಜನೆಯನ್ನು ಪ್ರಾರಂಭಿಸಲಾಯಿತು. ಡಾ. ಪ್ಯಾನ್ ಡು ಈ ಯೋಜನೆಯ ತಂತ್ರಾಂಶ ಅಭಿವೃದ್ಧಿಯ ನೇತೃತ್ವ ವಹಿಸಿದರು. ದತ್ತಾಂಶ ಪರಿವರ್ತನೆ ಮತ್ತು ಸಾಮಾನ್ಯೀಕರಣ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಗಳಿಗಾಗಿ ಬೀಡ್ಅರೇಗಳ ಪುನರಾವರ್ತನೆಯ ವಿಶಿಷ್ಟ ವಿನ್ಯಾಸವನ್ನು ಬಳಸಿದ ಮೊದಲ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ಪ್ಯಾಕೇಜ್ ಲುಮಿ ಆಗಿದೆ. ಲುಮಿಯ ಮೊದಲ ಬಿಡುಗಡೆಯು 2007ರ ಜನವರಿ 3ರಂದು ಬಯೋಕಂಡಕ್ಟರ್ ಜಾಲತಾಣದ ಮೂಲಕ ನಡೆಯಿತು. ಅದರ ಔಪಚಾರಿಕ ಬಿಡುಗಡೆಯ ಮೊದಲು, ಇದನ್ನು ನಾರ್ವೇಜಿಯನ್ ರೇಡಿಯಂ ಹಾಸ್ಪಿಟಲ್, ಲೈಡೆನ್ ಯೂನಿವರ್ಸಿಟಿ ಮೆಡಿಕಲ್ ಸೆಂಟರ್, ಯೂನಿವರ್ಸಿಟೈಟ್ ವ್ಯಾನ್ ಆಮ್ಸ್ಟರ್ಡ್ಯಾಮ್, ಯೂನಿವರ್ಸಿಟಾ ಡೆಗ್ಲಿ ಸ್ಟಡಿ ಡಿ ಬ್ರೆಸ್ಸಿಯಾ, ಯುಸಿ ಡೇವಿಸ್, ವೇಯ್ನ್ ಸ್ಟೇಟ್ ಯೂನಿವರ್ಸಿಟಿ, ಎನ್ಐಎಚ್, ಎಮ್. ಡಿ. ಯಲ್ಲಿ ಬೀಟಾ-ಪರೀಕ್ಷಿಸಲಾಯಿತು. ಆಂಡರ್ಸನ್ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಸೆಂಟರ್, ಕೇಸ್ ವೆಸ್ಟರ್ನ್ ರಿಸರ್ವ್ ಯೂನಿವರ್ಸಿಟಿ, ಹಾರ್ವರ್ಡ್ ಯೂನಿವರ್ಸಿಟಿ, ವಾಷಿಂಗ್ಟನ್ ಯೂನಿವರ್ಸಿಟಿ, ಮತ್ತು ವಾಲ್ಟರ್ ಮತ್ತು ಎಲಿಜಾ ಹಾಲ್ ಇನ್ಸ್ಟಿಟ್ಯೂಟ್ ಆಫ್ ಮೆಡಿಕಲ್ ರಿಸರ್ಚ್. ಬಯೋಕಂಡಕ್ಟರ್, ಆಣ್ವಿಕ ಜೀವಶಾಸ್ತ್ರದಲ್ಲಿ ವೆಟ್ ಲ್ಯಾಬ್ ಡೇಟಾದ ಸಂಖ್ಯಾಶಾಸ್ತ್ರೀಯ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಾಗಿ ಸಂಯೋಜಿತ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ಇಲ್ಯೂಮಿನಾ ಇಂಕ್ ಮತ್ತು ಅದರ ಬೀಡ್ಅರೇ ತಂತ್ರಜ್ಞಾನ ಬಾಹ್ಯ ಕೊಂಡಿಗಳು ಲುಮಿ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ಬಿಡುಗಡೆ ವೆಬ್ಸೈಟ್ ಓಲ್ಡ್ ಲುಮಿ ವೆಬ್ಸೈಟ್ ಅಧಿಕೃತ ಬಯೋಕಂಡಕ್ಟರ್ ವೆಬ್ಸೈಟ್ ಉಚಿತ ವಿಜ್ಞಾನ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ಫ್ರೀ ಆರ್ (ಪ್ರೋಗ್ರಾಮಿಂಗ್ ಭಾಷೆ) ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ಮೈಕ್ರೊಅರೇಸ್ ಅನ್ನು ಸಹ ನೋಡಿ.