Rfam
ಆರ್. ಎಫ್. ಎ. ಎಂ. ಎಂಬುದು ಸಂಕೇತವಲ್ಲದ ಆರ್. ಎನ್. ಎ. (ಎನ್. ಸಿ. ಆರ್. ಎನ್. ಎ.) ಕುಟುಂಬಗಳು ಮತ್ತು ಇತರ ರಚನಾತ್ಮಕ ಆರ್. ಎನ್. ಎ. ಅಂಶಗಳ ಬಗ್ಗೆ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ದತ್ತಸಂಚಯವಾಗಿದೆ. ಇದು ಮೂಲತಃ ವೆಲ್ಕಮ್ ಟ್ರಸ್ಟ್ ಸ್ಯಾಂಗರ್ ಇನ್ಸ್ಟಿಟ್ಯೂಟ್ನಲ್ಲಿ ಜಾನೆಲಿಯಾ ಫಾರ್ಮ್ನ ಸಹಯೋಗದೊಂದಿಗೆ ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಲಾದ ಟಿಪ್ಪಣಿ, ಮುಕ್ತ ಪ್ರವೇಶ ದತ್ತಸಂಚಯವಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ಪ್ರಸ್ತುತ ಯುರೋಪಿಯನ್ ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್ ಇನ್ಸ್ಟಿಟ್ಯೂಟ್ನಲ್ಲಿ ಆಯೋಜಿಸಲಾಗಿದೆ. ಪ್ರೋಟೀನ್ ಕುಟುಂಬಗಳನ್ನು ಟಿಪ್ಪಣಿ ಮಾಡಲು ಪಿಎಫ್ಎಎಂ ದತ್ತಸಂಚಯವನ್ನು ಹೋಲುವಂತೆ ಆರ್ಎಫ್ಎಎಂ ಅನ್ನು ವಿನ್ಯಾಸಗೊಳಿಸಲಾಗಿದೆ. ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳಿಗಿಂತ ಭಿನ್ನವಾಗಿ, ಎನ್. ಸಿ. ಆರ್. ಎನ್. ಎಗಳು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಪ್ರಾಥಮಿಕ ಅನುಕ್ರಮದಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ಹೋಲಿಕೆಯನ್ನು ಹಂಚಿಕೊಳ್ಳದೆ ಇದೇ ರೀತಿಯ ದ್ವಿತೀಯಕ ರಚನೆಯನ್ನು ಹೊಂದಿರುತ್ತವೆ. ಆರ್ಫಾಮ್ ಎನ್. ಸಿ. ಆರ್. ಎನ್. ಎ. ಗಳನ್ನು ಸಾಮಾನ್ಯ ಪೂರ್ವಜರ ವಿಕಾಸದ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ಕುಟುಂಬಗಳಾಗಿ ವಿಂಗಡಿಸುತ್ತದೆ. ಈ ಕುಟುಂಬಗಳ ಬಹು ಅನುಕ್ರಮ ಜೋಡಣೆಗಳನ್ನು (ಎಂ. ಎಸ್. ಎ.) ಉತ್ಪಾದಿಸುವುದರಿಂದ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಕುಟುಂಬಗಳಂತೆಯೇ ಅವುಗಳ ರಚನೆ ಮತ್ತು ಕಾರ್ಯದ ಬಗ್ಗೆ ಒಳನೋಟವನ್ನು ಒದಗಿಸಬಹುದು. ದ್ವಿತೀಯ ರಚನೆಯ ಮಾಹಿತಿಯ ಸೇರ್ಪಡೆಯೊಂದಿಗೆ ಈ ಎಂ. ಎಸ್. ಎ. ಗಳು ಹೆಚ್ಚು ಉಪಯುಕ್ತವಾಗುತ್ತವೆ. ಆರ್ಫಾಮ್ ಸಂಶೋಧಕರು ವಿಕಿಪೀಡಿಯಾದ ಆರ್ಎನ್ಎ ವಿಕಿಪ್ರಾಜೆಕ್ಟ್ಗೆ ಸಹ ಕೊಡುಗೆ ನೀಡುತ್ತಾರೆ. ಉಪಯೋಗಗಳು ಆರ್ಫಾಮ್ ದತ್ತಸಂಚಯವನ್ನು ವಿವಿಧ ಕಾರ್ಯಗಳಿಗಾಗಿ ಬಳಸಬಹುದು. ಪ್ರತಿ ಎನ್. ಸಿ. ಆರ್. ಎನ್. ಎ. ಕುಟುಂಬಕ್ಕೆ, ಇಂಟರ್ಫೇಸ್ ಬಳಕೆದಾರರಿಗೆ ಅನುಮತಿಸುತ್ತದೆಃ ಬಹು ಅನುಕ್ರಮ ಜೋಡಣೆಗಳನ್ನು ವೀಕ್ಷಿಸಲು ಮತ್ತು ಡೌನ್ಲೋಡ್ ಮಾಡಲು; ಟಿಪ್ಪಣಿಗಳನ್ನು ಓದಲು; ಮತ್ತು ಕುಟುಂಬ ಸದಸ್ಯರ ಪ್ರಭೇದಗಳ ವಿತರಣೆಯನ್ನು ಪರೀಕ್ಷಿಸಲು. ಸಾಹಿತ್ಯದ ಉಲ್ಲೇಖಗಳು ಮತ್ತು ಇತರ ಆರ್. ಎನ್. ಎ ದತ್ತಸಂಚಯಗಳಿಗೆ ಕೊಂಡಿಗಳನ್ನು ಸಹ ಒದಗಿಸಲಾಗಿದೆ. ಬಳಕೆದಾರರು ನಮೂದುಗಳನ್ನು ರಚಿಸಲು ಅಥವಾ ಸಂಪಾದಿಸಲು ಸಾಧ್ಯವಾಗುವಂತೆ ಆರ್ಫಾಮ್ ವಿಕಿಪೀಡಿಯಾದ ಕೊಂಡಿಗಳನ್ನು ಸಹ ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ. ಆರ್ಫಾಮ್ ವೆಬ್ಸೈಟ್ನಲ್ಲಿನ ಇಂಟರ್ಫೇಸ್ ಬಳಕೆದಾರರಿಗೆ ಎನ್. ಸಿ. ಆರ್. ಎನ್. ಎ. ಗಳನ್ನು ಕೀವರ್ಡ್, ಕುಟುಂಬದ ಹೆಸರು ಅಥವಾ ಜೀನೋಮ್ ಮೂಲಕ ಹುಡುಕಲು ಮತ್ತು ಎನ್. ಸಿ. ಆರ್. ಎನ್. ಎ ಅನುಕ್ರಮ ಅಥವಾ ಇ. ಎಂ. ಬಿ. ಎಲ್ ಪ್ರವೇಶ ಸಂಖ್ಯೆಯಿಂದ ಹುಡುಕಲು ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ. ಡೇಟಾಬೇಸ್ ಮಾಹಿತಿಯು ಇನ್ಫರ್ನಲ್ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ಪ್ಯಾಕೇಜ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಡೌನ್ಲೋಡ್ ಮಾಡಲು, ಸ್ಥಾಪಿಸಲು ಮತ್ತು ಬಳಸಲು ಸಹ ಲಭ್ಯವಿದೆ. ತಿಳಿದಿರುವ ಎನ್. ಸಿ. ಆರ್. ಎನ್. ಎಗಳಿಗೆ ಹೋಲೋಲಾಗ್ಗಳಿಗಾಗಿ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು (ಸಂಪೂರ್ಣ ಜೀನೋಮ್ಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಂತೆ) ಟಿಪ್ಪಣಿ ಮಾಡಲು ಇನ್ಫರ್ನಲ್ ಪ್ಯಾಕೇಜ್ ಅನ್ನು ಆರ್ಫಾಮ್ನೊಂದಿಗೆ ಬಳಸಬಹುದು. ವಿಧಾನಗಳು ದತ್ತಸಂಚಯದಲ್ಲಿ, ಎಮ್ಎಸ್ಎ ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುವ ದ್ವಿತೀಯಕ ರಚನೆ ಮತ್ತು ಪ್ರಾಥಮಿಕ ಅನುಕ್ರಮದ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಪ್ರೊಫೈಲ್ ಯಾದೃಚ್ಛಿಕ ಸಂದರ್ಭ-ಮುಕ್ತ ವ್ಯಾಕರಣಗಳು (ಎಸ್ಸಿಎಫ್ಜಿ) ಎಂದು ಕರೆಯಲಾಗುವ ಸಂಖ್ಯಾಶಾಸ್ತ್ರೀಯ ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ ಸಂಯೋಜಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಇದನ್ನು ಕೋವೇರಿಯನ್ಸ್ ಮಾದರಿಗಳು ಎಂದೂ ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ. ಇವು ಪ್ಫಾಮ್ ದತ್ತಸಂಚಯದಲ್ಲಿ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಕುಟುಂಬದ ಟಿಪ್ಪಣಿಗಾಗಿ ಬಳಸಲಾಗುವ ಗುಪ್ತ ಮಾರ್ಕೋವ್ ಮಾದರಿಗಳಿಗೆ ಹೋಲುತ್ತವೆ. ಡೇಟಾಬೇಸ್ನಲ್ಲಿರುವ ಪ್ರತಿಯೊಂದು ಕುಟುಂಬವನ್ನು ಸ್ಟಾಕ್ಹೋಮ್ ಸ್ವರೂಪದಲ್ಲಿ ಎರಡು ಬಹು ಅನುಕ್ರಮ ಜೋಡಣೆಗಳು ಮತ್ತು ಎಸ್ಸಿಎಫ್ಜಿ ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುತ್ತದೆ. ಮೊದಲ ಎಂ. ಎಸ್. ಎ. ಯು "ಬೀಜ" ಜೋಡಣೆಯಾಗಿದೆ. ಇದು ಎನ್. ಸಿ. ಆರ್. ಎನ್. ಎ ಕುಟುಂಬದ ಪ್ರತಿನಿಧಿ ಸದಸ್ಯರನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ಕೈ-ಕ್ಯೂರೇಟೆಡ್ ಜೋಡಣೆಯಾಗಿದ್ದು, ರಚನಾತ್ಮಕ ಮಾಹಿತಿಯೊಂದಿಗೆ ಟಿಪ್ಪಣಿ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ. ಈ ಬೀಜ ಜೋಡಣೆಯನ್ನು ಎಸ್ಸಿಎಫ್ಜಿಯನ್ನು ರಚಿಸಲು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಇದನ್ನು ಆರ್ಫಾಮ್ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ಇನ್ಫರ್ನಲ್ನೊಂದಿಗೆ ಹೆಚ್ಚುವರಿ ಕುಟುಂಬ ಸದಸ್ಯರನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಮತ್ತು ಜೋಡಣೆಗೆ ಸೇರಿಸಲು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಸುಳ್ಳು ಧನಾತ್ಮಕತೆಯನ್ನು ತಪ್ಪಿಸಲು ಕುಟುಂಬ-ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಮಿತಿ ಮೌಲ್ಯವನ್ನು ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡಲಾಗುತ್ತದೆ. 12ರ ಬಿಡುಗಡೆಯವರೆಗೆ, ಆರ್ಫಾಮ್ ಆರಂಭಿಕ ಬ್ಲಾಸ್ಟ್ ಫಿಲ್ಟರಿಂಗ್ ಹಂತವನ್ನು ಬಳಸಿತು ಏಕೆಂದರೆ ಪ್ರೊಫೈಲ್ ಎಸ್ಸಿಎಫ್ಜಿಗಳು ಗಣನೆಗೆ ತುಂಬಾ ದುಬಾರಿಯಾಗಿದ್ದವು. ಆದಾಗ್ಯೂ, ಇನ್ಫರ್ನಲ್ನ ಇತ್ತೀಚಿನ ಆವೃತ್ತಿಗಳು ಸಾಕಷ್ಟು ವೇಗವಾಗಿರುವುದರಿಂದ ಬ್ಲಾಸ್ಟ್ ಹಂತದ ಅಗತ್ಯವಿಲ್ಲ. ಎರಡನೇ ಎಂ. ಎಸ್. ಎ. ಯು "ಪೂರ್ಣ" ಜೋಡಣೆಯಾಗಿದೆ, ಮತ್ತು ಅನುಕ್ರಮ ದತ್ತಸಂಚಯದ ವಿರುದ್ಧ ಕೋವೇರಿಯನ್ಸ್ ಮಾದರಿಯನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಹುಡುಕಾಟದ ಪರಿಣಾಮವಾಗಿ ರಚಿಸಲಾಗಿದೆ. ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲಾದ ಎಲ್ಲಾ ಹೋಮೋಲಾಗ್ಗಳನ್ನು ಮಾದರಿಗೆ ಜೋಡಿಸಿ, ಸ್ವಯಂಚಾಲಿತವಾಗಿ ಉತ್ಪತ್ತಿಯಾಗುವ ಸಂಪೂರ್ಣ ಜೋಡಣೆಯನ್ನು ನೀಡಲಾಗುತ್ತದೆ. ಆರ್ಫಾಮ್ನ ಇತಿಹಾಸ ಆವೃತ್ತಿ 1 ಅನ್ನು 2003 ರಲ್ಲಿ ಪ್ರಾರಂಭಿಸಲಾಯಿತು ಮತ್ತು ಇದು 25 ಎನ್. ಸಿ. ಆರ್. ಎನ್. ಎ ಕುಟುಂಬಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿತ್ತು ಮತ್ತು ಸುಮಾರು 50,000 ಎನ್. ಸಿ. ಆರ್. ಎನ್. ಎ ವಂಶವಾಹಿಗಳನ್ನು ವ್ಯಾಖ್ಯಾನಿಸಿದೆ. 2005ರಲ್ಲಿ, ಆವೃತ್ತಿ 6.1 ಬಿಡುಗಡೆಯಾಯಿತು ಮತ್ತು 280,000ಕ್ಕೂ ಹೆಚ್ಚು ವಂಶವಾಹಿಗಳನ್ನು ವಿವರಿಸುವ 379 ಕುಟುಂಬಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿತ್ತು. ಆಗಸ್ಟ್ 2012 ರಲ್ಲಿ, ಆವೃತ್ತಿ 11.0 2208 ಆರ್ಎನ್ಎ ಕುಟುಂಬಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿದ್ದರೆ, ಪ್ರಸ್ತುತ ಆವೃತ್ತಿಯು (14.9, ನವೆಂಬರ್ 2022 ರಲ್ಲಿ ಬಿಡುಗಡೆಯಾಗಿದೆ) 4108 ಕುಟುಂಬಗಳನ್ನು ಟಿಪ್ಪಣಿ ಮಾಡುತ್ತದೆ. ಪ್ರಮುಖ ಬಿಡುಗಡೆಗಳು ಮತ್ತು ಪ್ರಕಟಣೆಗಳು 2003-ಆರ್ಫಾಮ್ಃ ಒಂದು ಆರ್ಎನ್ಎ ಕುಟುಂಬದ ದತ್ತಸಂಚಯ. 2005-ಆರ್ಫಾಮ್ಃ ಸಂಪೂರ್ಣ ಜೀನೋಮ್ಗಳಲ್ಲಿ ಕೋಡಿಂಗ್ ಅಲ್ಲದ ಆರ್ಎನ್ಎಗಳನ್ನು ಟಿಪ್ಪಣಿ ಮಾಡುವುದು. 2008-ಆರ್. ಎನ್. ಎ. ವಿಕಿಪ್ರಾಜೆಕ್ಟ್ಃ ಆರ್. ಎನ್. ಎ. ಕುಟುಂಬಗಳ ಸಮುದಾಯ ಟಿಪ್ಪಣಿ. 2008-ಆರ್ಫಾಮ್ಃ ಆರ್ಎನ್ಎ ಕುಟುಂಬಗಳ ದತ್ತಸಂಚಯಕ್ಕೆ ನವೀಕರಣಗಳು. 2011-Rfam: ವಿಕಿಪೀಡಿಯಾ, ಕುಲಗಳು ಮತ್ತು "ದಶಮಾಂಶ" ಬಿಡುಗಡೆ. 2012-Rfam 11.0:10 ವರ್ಷಗಳ ಆರ್ಎನ್ಎ ಕುಟುಂಬಗಳು. 2014-Rfam 12.0: ಆರ್. ಎನ್. ಎ. ಕುಟುಂಬಗಳ ದತ್ತಸಂಚಯಕ್ಕೆ ನವೀಕರಣಗಳು. 2017-Rfam 13.0: ಸಂಕೇತವಲ್ಲದ ಆರ್. ಎನ್. ಎ ಕುಟುಂಬಗಳಿಗೆ ಜೀನೋಮ್-ಕೇಂದ್ರಿತ ಸಂಪನ್ಮೂಲಕ್ಕೆ ಸ್ಥಳಾಂತರ. 2020-ಆರ್ಫಾಮ್ 14: ಮೆಟಾಜೆನೊಮಿಕ್, ವೈರಲ್ ಮತ್ತು ಮೈಕ್ರೋಆರ್ಎನ್ಎ ಕುಟುಂಬಗಳ ವಿಸ್ತರಿತ ವ್ಯಾಪ್ತಿ. ಸಮಸ್ಯೆಗಳು ಹೆಚ್ಚಿನ ಯುಕಾರ್ಯೋಟ್ಗಳ ಜೀನೋಮ್ಗಳು ಅನೇಕ ಎನ್. ಸಿ. ಆರ್. ಎನ್. ಎ-ಪಡೆದ ಸೂಡೋಜೆನ್ಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುತ್ತವೆ ಮತ್ತು ಪುನರಾವರ್ತಿಸುತ್ತವೆ. ಈ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕವಲ್ಲದ ಪ್ರತಿಗಳನ್ನು ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಎನ್. ಸಿ. ಆರ್. ಎನ್. ಎ ಯಿಂದ ಪ್ರತ್ಯೇಕಿಸುವುದು ಒಂದು ಅಸಾಧಾರಣ ಸವಾಲಾಗಿದೆ. ಇಂಟ್ರಾನ್ಗಳನ್ನು ಕೋವೇರಿಯನ್ಸ್ ಮಾದರಿಗಳಿಂದ ರೂಪಿಸಲಾಗಿಲ್ಲ. ಬಾಹ್ಯ ಕೊಂಡಿಗಳು ಯುರೋಪಿಯನ್ ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್ ಇನ್ಸ್ಟಿಟ್ಯೂಟ್ ಇನ್ಫೆರ್ನಲ್ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ಪ್ಯಾಕೇಜ್ ಮೈಆರ್ಬೇಸ್ ಜೆನೆಟಿಕ್ ಎಂಜಿನಿಯರಿಂಗ್ ಇನ್ ದಿ ಯುನೈಟೆಡ್ ಕಿಂಗ್ಡಮ್ ಜೆನೆಟಿಕ್ಸ್ ಡೇಟಾಬೇಸ್ಗಳು ಮಾಲಿಕ್ಯುಲರ್ ಬಯಾಲಜಿ ಪಬ್ಲಿಕ್-ಡೊಮೈನ್ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ಸೋರ್ಸ್ ಕೋಡ್ ಆರ್ಎನ್ಎ ಸೈನ್ಸ್ ಅಂಡ್ ಟೆಕ್ನಾಲಜಿ ಇನ್ ಕೇಂಬ್ರಿಡ್ಜ್ಷೈರ್ ಸೌತ್ ಕೇಂಬ್ರಿಡ್ಜ್ಷೈರ್ ಡಿಸ್ಟ್ರಿಕ್ಟ್ ವೆಲ್ಕಮ್ ಟ್ರಸ್ಟ್