Genomic phylostratigraphy
ಜೀನೋಮಿಕ್ ಫೈಲೊಸ್ಟ್ರಾಟಿಗ್ರಫಿಯು ಒಂದು ಹೊಸ ಆನುವಂಶಿಕ ಸಂಖ್ಯಾಶಾಸ್ತ್ರೀಯ ವಿಧಾನವಾಗಿದ್ದು, ಜಾತಿಗಳಾದ್ಯಂತ ಅದರ ಹೋಮೋಲಾಗ್ಗಳನ್ನು ನೋಡುವ ಮೂಲಕ ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ವಂಶವಾಹಿಗಳ ಮೂಲವನ್ನು ಕಂಡುಹಿಡಿಯುವ ಸಲುವಾಗಿ ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಲಾಗಿದೆ. ಇದನ್ನು ಮೊದಲು ಕ್ರೊಯೇಷಿಯಾದ ಝಾಗ್ರೆಬ್ನಲ್ಲಿರುವ ರುಡರ್ ಬೊಸ್ಕೋವಿಕ್ ಇನ್ಸ್ಟಿಟ್ಯೂಟ್ ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಿತು. ಈ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯು ಜೀನ್ಗಳನ್ನು ಅವುಗಳ ಸ್ಥಾಪಕ ಜೀನ್ಗೆ ಸಂಪರ್ಕಿಸುತ್ತದೆ, ನಂತರ ಅವುಗಳ ವಯಸ್ಸನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸಲು ನಮಗೆ ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ. ವಿಕಾಸದ ಉದ್ದಕ್ಕೂ ವಂಶವಾಹಿ ಜನನದ ಮಾದರಿಗಳು ಅಥವಾ ಭ್ರೂಣದ ಬೆಳವಣಿಗೆಯ ಉದ್ದಕ್ಕೂ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮ್ನ ವಯಸ್ಸಿನ ನಡುವಿನ ಸಂಬಂಧದಂತಹ ಅನೇಕ ವಿಕಸನೀಯ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಚೆನ್ನಾಗಿ ಅರ್ಥಮಾಡಿಕೊಳ್ಳಲು ಇದು ನಮಗೆ ಸಹಾಯ ಮಾಡುತ್ತದೆ. ಜೀನೋಮಿಕ್ ಫೈಲೊಸ್ಟ್ರಾಟಿಗ್ರಫಿಯ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ಸಾಪೇಕ್ಷ ವಂಶವಾಹಿ ವಯಸ್ಸನ್ನು ಲೆಕ್ಕಹಾಕಲು ಜೆನೆರಾದಂತಹ ಜೈವಿಕ ಮಾಹಿತಿ ಸಾಧನಗಳನ್ನು ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಲಾಗಿದೆ. ವಿಧಾನ ಈ ತಂತ್ರವು ಜೀನೋಮ್ನ ವೈವಿಧ್ಯತೆಯು ಜೀನ್ ನಕಲುಗಳಿಂದ ಮಾತ್ರವಲ್ಲದೆ ನಿರಂತರವಾದ ಡಿ ನೊವೊ ಜೀನ್ ಜನನಗಳಿಂದಲೂ ಉಂಟಾಗುತ್ತದೆ ಎಂಬ ಊಹೆಯನ್ನು ಅವಲಂಬಿಸಿದೆ. ಈ ವಂಶವಾಹಿಗಳು ("ಸಂಸ್ಥಾಪಕ ವಂಶವಾಹಿಗಳು" ಎಂದು ಕರೆಯಲ್ಪಡುತ್ತವೆ) ಜೆನಿಕ್ ಅಲ್ಲದ ಡಿಎನ್ಎ ಅನುಕ್ರಮಗಳಿಂದ, ಹಾಗೆಯೇ ಓದುವ ಚೌಕಟ್ಟಿನಲ್ಲಿನ ಬದಲಾವಣೆಗಳಿಂದ (ಅಥವಾ ಅಸ್ತಿತ್ವದಲ್ಲಿರುವ ವಂಶವಾಹಿಗಳೊಳಗಿಂದ ಉದ್ಭವಿಸುವ ಇತರ ವಿಧಾನಗಳಿಂದ), ಅಥವಾ ಗುರುತಿಸಲಾಗದ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಮಾರ್ಪಡಿಸುವ ಪ್ರೋಟೀನ್ನ ಅತ್ಯಂತ ತ್ವರಿತ ವಿಕಾಸದಿಂದ ಸಹ ರೂಪುಗೊಳ್ಳುತ್ತವೆ. ಈ ಹೊಸ ವಂಶವಾಹಿಗಳು ಮೊದಲಿಗೆ ಹೆಚ್ಚಿನ ವಿಕಸನೀಯ ದರಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುತ್ತವೆ, ಅದು ಕಾಲಾನಂತರದಲ್ಲಿ ನಿಧಾನಗೊಳ್ಳುತ್ತದೆ, ಇದು ಅವರ ವಂಶಸ್ಥರಲ್ಲಿ ಅವರ ವಂಶಾವಳಿಯನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ನಮಗೆ ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ. ಸಂಸ್ಥಾಪಕ ವಂಶವಾಹಿಗಳನ್ನು ನಂತರ ಒಂದು ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಫೈಲೊಸ್ಟ್ರಾಟಮ್ನಲ್ಲಿ ಇರಿಸಬಹುದು. ಫೈಲೊಸ್ಟ್ರೇಟಮ್ ಅನ್ನು ಒಂದೇ ಸಂಸ್ಥಾಪಕ ವಂಶವಾಹಿಯಿಂದ ಪಡೆದ ಎಲ್ಲಾ ವಂಶವಾಹಿಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ವಂಶವಾಹಿಯಾಗಿ ಪ್ರತಿನಿಧಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಇದು ಈ ವಂಶವಾಹಿಯು ಈ ವಂಶವಾಹಿಯ ಸಾಮಾನ್ಯ ಪೂರ್ವಜರಲ್ಲಿ ರೂಪುಗೊಂಡಿದೆ ಎಂಬುದನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ (ಉದಾ. ಆರ್ಥ್ರೋಪೋಡಾ, ಸಸ್ತನಿ, ಮೆಟಾಜೋವಾ, ಇತ್ಯಾದಿ). ಈ ಸಂಸ್ಥಾಪಕ ವಂಶವಾಹಿಗಳನ್ನು ಮತ್ತು ಅವುಗಳ ವಂಶಸ್ಥರನ್ನು ವಿಭಿನ್ನ ಫೈಲೊಸ್ಟ್ರಾಟಾದಲ್ಲಿ ಇರಿಸುವುದರಿಂದ ಅವುಗಳಿಗೆ ವಯಸ್ಸಾಗಲು ನಮಗೆ ಅವಕಾಶ ನೀಡುತ್ತದೆ. ಕೆಲವು ವಂಶವಾಹಿಗಳ ನಡುವಿನ ಸಂಪರ್ಕಗಳನ್ನು ಗಮನಿಸುವ ಮೂಲಕ, ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳ ಕೆಲವು ಕಾರ್ಯಗಳ ಮೂಲ ಮತ್ತು ಬೆಳವಣಿಗೆಯ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಸ್ಥೂಲ ವಿಕಸನದ ಪ್ರಮಾಣದಲ್ಲಿ ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಲು ಇದನ್ನು ಬಳಸಬಹುದು. ಜೀನೋಮಿಕ್ ಫೈಲೊಸ್ಟ್ರಾಟಿಗ್ರಫಿಯ ಮೂಲ ವಿಧಾನವು 10−3 ಇ-ಮೌಲ್ಯದ ಕಡಿತದೊಂದಿಗೆ ಬ್ಲಾಸ್ಟ್ ಅನುಕ್ರಮ ಹೋಲಿಕೆ ಹುಡುಕಾಟದ ಬಳಕೆಯನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುತ್ತದೆ. ಅನುಕ್ರಮದಲ್ಲಿ ಸಾಕಷ್ಟು ಹೋಲುತ್ತದೆ ಎಂದು ಪರಿಗಣಿಸಲಾದ ವಂಶವಾಹಿಗಳನ್ನು ಸಂಗ್ರಹಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಆ ವಂಶವಾಹಿಗಳಿಂದ ಪ್ರತಿನಿಧಿಸಲ್ಪಡುವ ಎಲ್ಲಾ ವರ್ಗಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ವಂಶಾವಳಿಯನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಈ ವಂಶವು ನಂತರ ಈ ವಂಶವಾಹಿಗಳ ಫೈಲೊಸ್ಟ್ರಾಟಮ್ ಆಗುತ್ತದೆ. ಆಧುನಿಕ ಅನುಷ್ಠಾನಗಳು ಬ್ಲಾಸ್ಟ್ ಅನ್ನು ಡೈಮಂಡ್ಗೆ ಬದಲಾಯಿಸುತ್ತವೆ ಏಕೆಂದರೆ ಇದು ತೀವ್ರತೆಯ ಕ್ರಮಗಳು ಮತ್ತು ಅನುಕ್ರಮ ಮಾಲಿನ್ಯ, ಸಮತಲ ಜೀನ್ ವರ್ಗಾವಣೆ ಮತ್ತು ಹೋಮೋಲಜಿ ಪತ್ತೆ ವೈಫಲ್ಯದ ಘಟನೆಗೆ ಕಾರಣವಾಗುವಂತೆ ಈ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು ಪರಿಷ್ಕರಿಸಿದೆ. ಈ ವಂಶದ ಸಾಮಾನ್ಯ ಪೂರ್ವಜರನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸುವ ಮೂಲಕ, ನಾವು ಸಂಸ್ಥಾಪಕ ವಂಶವಾಹಿ ಮತ್ತು ಅದರ ಎಲ್ಲಾ ವಂಶಸ್ಥರಿಗೆ ಒಂದು ವಯಸ್ಸನ್ನು ನೀಡಬಹುದು. ಜೀನೋಮ್-ವೈಡ್ ಸ್ಕೇಲ್ನಲ್ಲಿ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು ಅನ್ವಯಿಸುವುದರಿಂದ ಸಂಸ್ಥಾಪಕ ವಂಶವಾಹಿಗಳ ಜನನದ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲು ಮತ್ತು ಕ್ಲೇಡ್-ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಬೆಳವಣಿಗೆಯ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಗಳು ಮತ್ತು ದೈಹಿಕ ಮಾರ್ಗಗಳಲ್ಲಿ ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ಕೆಲವು ವಂಶವಾಹಿಗಳ ಪಾತ್ರವನ್ನು ಮತ್ತು ಆ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳ ಮೂಲವನ್ನು ಊಹಿಸಲು ನಮಗೆ ಅವಕಾಶ ನೀಡುತ್ತದೆ. ಈ ವಿಧಾನದ ಅಭಿವರ್ಧಕರು ಮೂಲ ಪ್ರಬಂಧದಲ್ಲಿ ಡ್ರೊಸೊಫಿಲಾವನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಆಚರಣೆಯಲ್ಲಿ ಈ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯನ್ನು ಹೇಗೆ ಬಳಸಿಕೊಳ್ಳಬೇಕು ಎಂಬುದಕ್ಕೆ ಒಂದು ಉದಾಹರಣೆಯನ್ನು ನೀಡಿದರು. ಅವರು 13,000 ವಂಶವಾಹಿಗಳನ್ನು ಸಂಗ್ರಹಿಸಿದರು, ಇದಕ್ಕಾಗಿ ಅವರು ಸಂಸ್ಥಾಪಕ ವಂಶವಾಹಿಗಳನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸಿದರು, ಅವುಗಳನ್ನು ಆಯಾ ಫೈಲೊಸ್ಟ್ರಾಟಾದಲ್ಲಿ ಮರುಸಂಘಟಿಸಿದರು. ಅವರು ವಂಶವಾಹಿಗಳ ಕುಟುಂಬಗಳನ್ನು ಮುಖ್ಯವಾಗಿ ಮೂರು ಸೂಕ್ಷ್ಮಾಣು ಪದರಗಳಲ್ಲಿ (ಎಂಡೋಡರ್ಮ್, ಮೆಸೊಡರ್ಮ್, ಎಕ್ಟೋಡರ್ಮ್) ಯಾವುದಾದರೊಂದರಲ್ಲಿ ವ್ಯಕ್ತಪಡಿಸಲಾಗಿದೆಯೇ ಎಂಬುದರ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ಪ್ರತ್ಯೇಕಿಸಿದರು. ಆ ವಿಭಿನ್ನ ಫೈಲೊಸ್ಟ್ರಾಟಾದಲ್ಲಿ ವಂಶವಾಹಿಗಳ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯ ಆವರ್ತನಗಳನ್ನು ಅಧ್ಯಯನ ಮಾಡುವ ಮೂಲಕ, ವಿಕಸನೀಯ ಇತಿಹಾಸದಲ್ಲಿ ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಅವಧಿಗಳು ಮತ್ತು ಪೂರ್ವಜರ ಜೀವಿಗಳಿಗೆ ಆ ಸೂಕ್ಷ್ಮಾಣು ಪದರಗಳ ಸಂಭವನೀಯ ಮೂಲ ರಚನೆಯನ್ನು ಊಹಾತ್ಮಕವಾಗಿ ಗುರುತಿಸಲು ಅವರಿಗೆ ಸಾಧ್ಯವಾಯಿತು. ಇತರ ಅಧ್ಯಯನಗಳು ಜೀನ್ ಸ್ಥಾಪಕ ಘಟನೆಗಳ ಸ್ಫೋಟಗಳು ಪ್ರಾಣಿಗಳಲ್ಲಿ ದ್ವಿಪಕ್ಷೀಯ ಸಮ್ಮಿತಿಯ ಹೊರಹೊಮ್ಮುವಿಕೆ, ಸ್ಟ್ರೆಪ್ಟೋಫೈಟ್ ಪಾಚಿಗಳಲ್ಲಿ ಬಹುಕೋಶೀಯತೆಯ ಹೊರಹೊಮ್ಮುವಿಕೆ, ಸಸ್ಯಗಳಿಂದ ಭೂಮಿಯ ವಸಾಹತುಶಾಹಿ ಅಥವಾ ಹೂಬಿಡುವ ಸಸ್ಯಗಳ ಹೊರಹೊಮ್ಮುವಿಕೆಯಂತಹ ಪ್ರಮುಖ ವಿಕಸನೀಯ ಆವಿಷ್ಕಾರಗಳೊಂದಿಗೆ ಸಂಬಂಧ ಹೊಂದಿವೆ ಎಂದು ಕಂಡುಹಿಡಿದಿದೆ. ಅದರ ಆವಿಷ್ಕಾರದ ನಂತರ, ಜೀನೋಮಿಕ್ ಫೈಲೊಸ್ಟ್ರಾಟಿಗ್ರಫಿಯನ್ನು ಈ ಸಂಶೋಧನಾ ತಂಡವು ಮತ್ತು ಇತರರು ನಿಯಮಿತವಾಗಿ ಬಳಸುತ್ತಿದ್ದಾರೆ, ವಿಶೇಷವಾಗಿ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ವಂಶವಾಹಿಗಳ ಮೂಲವನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸುವ ಪ್ರಯತ್ನದಲ್ಲಿ, ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ವಂಶವಾಹಿಗಳ ರಚನೆಯಲ್ಲಿನ ಉತ್ತುಂಗ ಮತ್ತು ಬಹುಕೋಶೀಯ ಜೀವಿಗಳಿಗೆ ಪರಿವರ್ತನೆಯ ನಡುವಿನ ಬಲವಾದ ಸಂಪರ್ಕವನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ, ಈ ಸಂಬಂಧವನ್ನು ಈ ಹಿಂದೆ ಊಹಿಸಲಾಗಿತ್ತು ಮತ್ತು ಆದ್ದರಿಂದ ಇದನ್ನು ಫೈಲೊಸ್ಟ್ರಾಟಿಗ್ರಫಿಯಿಂದ ಮತ್ತಷ್ಟು ಬೆಂಬಲಿಸಲಾಗಿದೆ. ಅದರ ಬಳಕೆಯು ಬೆಳೆದಂತೆ, ವಿಧಾನವನ್ನು ಅನೇಕ ಸಂದರ್ಭಗಳಲ್ಲಿ ಮೌಲ್ಯಮಾಪನ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ಹೆಚ್ಚಿಸಲಾಗಿದೆ, ಮತ್ತು ಅದನ್ನು ಸ್ವಯಂಚಾಲಿತವಾಗಿ ಮತ್ತು ಹೆಚ್ಚು ಪರಿಣಾಮಕಾರಿಯಾಗಿ ನಡೆಸುವ ಪ್ರೋಗ್ರಾಂಗಳನ್ನು ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಲಾಗಿದೆ. ಜೀನೋಮಿಕ್ ಫೈಲೊಸ್ಟ್ರಾಟಿಗ್ರಫಿಯ ಅತ್ಯಂತ ಪ್ರಮುಖವಾದ ಬಳಕೆಯೆಂದರೆ ಫೈಲೋಜೆನಿ ಮತ್ತು ಬೆಳವಣಿಗೆಯ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಗಳ ನಡುವಿನ ಪರಸ್ಪರ ಸಂಬಂಧವನ್ನು ಊಹಿಸುವುದು (ಇದನ್ನು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಫೈಲೋಜೆನಿ-ಆಂಟೋಜೆನಿ ಪರಸ್ಪರ ಸಂಬಂಧ ಎಂದು ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ). ಜೀನೋಮಿಕ್ ಫೈಲೊಸ್ಟ್ರಾಟಿಗ್ರಫಿಯನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು, ಇಂದಿನವರೆಗೂ ವಿಜ್ಞಾನಿಗಳು ಪ್ರಾಣಿಗಳು, ಸಸ್ಯಗಳು, ಶಿಲೀಂಧ್ರಗಳು ಮತ್ತು ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಜೈವಿಕ ಚಲನಚಿತ್ರಗಳಲ್ಲಿ ಗಮನಾರ್ಹ ಫೈಲೋಜೆನಿ-ಆಂಟೋಜೆನಿ ಪರಸ್ಪರ ಸಂಬಂಧವನ್ನು ಕಂಡುಕೊಂಡಿದ್ದಾರೆ. ಟೀಕೆಗಳು ಈಗ ಇದನ್ನು ವೈಜ್ಞಾನಿಕ ಸಮುದಾಯವು ಆಗಾಗ್ಗೆ ಬಳಸುತ್ತಿದ್ದರೂ, ಜೀನೋಮಿಕ್ ಫೈಲೊಸ್ಟ್ರಾಟಿಗ್ರಫಿಯು ಅದರ ಅಳತೆಗಳು ವಿಶ್ವಾಸಾರ್ಹವಾಗಿರಲು ತುಂಬಾ ನಿಖರವಾಗಿಲ್ಲ ಎಂದು ಕೆಲವು ಟೀಕೆಗಳನ್ನು ಸಹ ಪಡೆದಿದೆ. ಮೊದಲನೆಯದಾಗಿ, ಕೆಲವು ಲೇಖಕರ ಪ್ರಕಾರ ಊಹೆಗಳಲ್ಲಿ ನಿಖರತೆಯ ಕೊರತೆಯಿದೆ. ಉದಾಹರಣೆಗೆ, ಕೇಂದ್ರೀಕೃತ ಜೀವಿಗಳನ್ನು ಮೀರಿದ ಎಲ್ಲಾ ಪ್ರಭೇದಗಳು ಒಂದೇ ಪ್ರೋಟೀನ್ ವಿಕಾಸ ದರವನ್ನು ಹಂಚಿಕೊಳ್ಳುತ್ತವೆ ಎಂದು ಭಾವಿಸುವುದು ತಪ್ಪಾಗಿದೆ, ಇದು ಜೀವಕೋಶದ ಚಕ್ರದ ವೇಗವನ್ನು ಅವಲಂಬಿಸಿ ಬದಲಾಗುವುದರಿಂದ ಇದು ನಿಜವಲ್ಲ, ಇದು ಒಂದೇ ಸಂಸ್ಥಾಪಕ ವಂಶವಾಹಿಯಿಂದ ಹುಟ್ಟಿದ ಎಲ್ಲಾ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳನ್ನು ಇಂಗ್ಲೀಷ್ ಮಾಡಲು ಬ್ಲಾಸ್ಟ್ ದೋಷದ ಮಿತಿಗಳನ್ನು ನಿಗದಿಪಡಿಸುವಲ್ಲಿ ಸಮಸ್ಯೆಗಳಿಗೆ ಕಾರಣವಾಗುತ್ತದೆ. ಮತ್ತೊಂದು ಅಂಶವೆಂದರೆ, BLAST ಹುಡುಕಾಟವು ಪ್ರೋಟೀನ್ ವಿಕಾಸ ದರಗಳು ಅದರ ಎಲ್ಲಾ ಸ್ಥಳಗಳಲ್ಲಿ ಸ್ಥಿರವಾಗಿವೆ ಎಂದು ಊಹಿಸುತ್ತದೆ, ಇದು ಕೂಡ ಸುಳ್ಳು. ಕೊನೆಯದಾಗಿ, ಈ ಮಾದರಿಯು ವಂಶವಾಹಿಗಳ ನಕಲುಗಳನ್ನು ಮತ್ತು ವಂಶವಾಹಿಗಳ ನಷ್ಟಗಳನ್ನು ಸರಿಯಾಗಿ ಲೆಕ್ಕಿಸುವುದಿಲ್ಲ ಎಂದು ಹೇಳಬಹುದುಃ ಹೊಸ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಬದಲಾವಣೆಗಳಿಂದಾಗಿ ವಂಶವಾಹಿಗಳ ನಕಲುಗಳಿಂದ ಉಂಟಾಗುವ ವಿಕಸನೀಯ ದರಗಳಲ್ಲಿನ ಬದಲಾವಣೆಗಳು ಬ್ಲಾಸ್ಟ್ ದೋಷ ಪ್ರಮಾಣವನ್ನು ಹೆಚ್ಚಿಸುತ್ತವೆ, ಮತ್ತು ಅಧ್ಯಯನ ಮಾಡಿದ ಒಂದಕ್ಕಿಂತ ದೂರದ ವರ್ಗದಲ್ಲಿನ ವಂಶವಾಹಿಗಳ ನಷ್ಟವು ಲೆಕ್ಕ ಹಾಕಿದ ವಂಶವಾಹಿಗಳ ವಯಸ್ಸು ಮತ್ತು ಸಂಸ್ಥಾಪಕ ವಂಶವಾಹಿಗಳ ಫೈಲೊಸ್ಟ್ರೇಟಮ್ನಲ್ಲಿ ಅವುಗಳ ನಿಜವಾದ ಮೌಲ್ಯಗಳಿಗೆ ಹೋಲಿಸಿದರೆ ಹೆಚ್ಚಿನ ಕಡಿಮೆ ಅಂದಾಜುಗಳಿಗೆ ಕಾರಣವಾಗಬಹುದು. ಆದಾಗ್ಯೂ, ವಿಧಾನವನ್ನು ಸರಳವಾಗಿ ತ್ಯಜಿಸಲು ಒತ್ತಾಯಿಸುವ ಬದಲು, ವಿಮರ್ಶಕರು ಇತರ ಸಂಭಾವ್ಯ ಗಣಿತ ಸೂತ್ರಗಳು ಅಥವಾ ಅನುಕ್ರಮ ಶೋಧ ಸಾಧನಗಳನ್ನು ಪರಿಚಯಿಸುವ ಮೂಲಕ ಅದನ್ನು ಅದರ ಮೂಲ ಸ್ಥಿತಿಯಿಂದ ಪರಿಷ್ಕರಿಸಲು ಪ್ರಯತ್ನಿಸುತ್ತಿದ್ದಾರೆ, ಆದಾಗ್ಯೂ ರುಡರ್ ಬೊಸ್ಕೋವಿಕ್ ಇನ್ಸ್ಟಿಟ್ಯೂಟ್ ಅಂತಹ ಟೀಕೆಗಳಿಗೆ ಉತ್ತರಿಸಿದೆ, ಅವರ ಮೂಲ ವಿಧಾನವು ಮಾನ್ಯವಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ವ್ಯಾಪಕವಾಗಿ ಪರಿಷ್ಕರಿಸುವ ಅಗತ್ಯವಿಲ್ಲ. ಆನುವಂಶಿಕ ವೈವಿಧ್ಯತೆಯನ್ನು ಸೃಷ್ಟಿಸುವಲ್ಲಿ ಡಿ ನೊವೊ ಜೀನ್ ಜನನಗಳ ಪ್ರಾಮುಖ್ಯತೆಯ ಕುರಿತು ವ್ಯಾಪಕ ಚರ್ಚೆಯ ಭಾಗವಾಗಿ ಈ ಚರ್ಚೆಯನ್ನು ಸೇರಿಸಲಾಗಿದೆ, ಇದರಲ್ಲಿ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಫೈಲೊಸ್ಟ್ರಾಟಿಗ್ರಫಿಯು ಅವು ಬಲವಾದ ಪರಿಣಾಮವನ್ನು ಬೀರುತ್ತವೆ ಎಂದು ಬೆಂಬಲಿಸುತ್ತದೆ. ವಂಶವಾಹಿ ಸ್ಥಾಪಕ ಘಟನೆಗಳು ಹೊಸ ವಂಶವಾಹಿ ಜನನದ ಘಟನೆಗಳನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುವುದಲ್ಲದೆ, ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅನುಕ್ರಮದಲ್ಲಿ ಗಮನಾರ್ಹ ಬದಲಾವಣೆಗಳನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತವೆ ಎಂದು ಪ್ರಸ್ತಾಪಿಸಲಾಗಿದೆ, ಅದು ಅವುಗಳನ್ನು ಇತರ ಸಂಬಂಧಿತ ವಂಶವಾಹಿಗಳೊಂದಿಗೆ ಗುರುತಿಸಲಾಗದಷ್ಟು ಬದಲಾಯಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಹೀಗಾಗಿ ಹೊಸ ಜೈವಿಕ ಚಟುವಟಿಕೆಗಳನ್ನು ಪಡೆಯುತ್ತದೆ. ಆದಾಗ್ಯೂ, ಜೀನೋಮಿಕ್ ಫೈಲೊಸ್ಟ್ರಾಟಿಗ್ರಫಿಯು ಅಂತಹ "ಸ್ಥಾಪಕ ಘಟನೆಗಳ" ಪತ್ತೆಯು ವಿಕಸನೀಯ ನವೀನತೆಯನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುತ್ತದೆ ಎಂದು ಊಹಿಸುತ್ತದೆ. ಆದಾಗ್ಯೂ, ಇತ್ತೀಚಿನ ಅಧ್ಯಯನಗಳು ಸೂಚಿಸುವ ಪ್ರಕಾರ, ಕೆಲವು ವರ್ಗೀಕರಣದ ಗುಂಪುಗಳಿಗೆ ಸೀಮಿತವಾಗಿರುವ ವಂಶವಾಹಿಗಳ ಪತ್ತೆಯನ್ನು (ವರ್ಗೀಕರಣದ ಪ್ರಕಾರ ನಿರ್ಬಂಧಿತ ವಂಶವಾಹಿಗಳು ಎಂದು ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ) ಹೋಮೋಲಜಿ ಪತ್ತೆ ವೈಫಲ್ಯದಿಂದ ವಿವರಿಸಬಹುದು, ಅಂದರೆ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅನುಕ್ರಮಗಳು ಚಿಕ್ಕದಾಗಿದ್ದರೆ ಮತ್ತು ವೇಗವಾಗಿ ವಿಕಸನಗೊಂಡಾಗ ಹೋಮೋಲಜಿಯನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲು ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ ಉಪಕರಣಗಳ (ಬ್ಲಾಸ್ಟ್ ಅಥವಾ ಅನುಕ್ರಮ ಹೋಮೋಲಜಿಯನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲು ಯಾವುದೇ ಸಾಧನ) ಅಸಾಮರ್ಥ್ಯ, ಇದು ಜೀನ್ ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲಾಗದ ಸ್ಥಿತಿಗೆ ಕಾರಣವಾಗುತ್ತದೆ. ಹೀಗಾಗಿ, ಜೀನೋಮಿಕ್ ಫೈಲೊಸ್ಟ್ರಾಟಿಗ್ರಫಿಯಿಂದ ಮೂಲತಃ ಪತ್ತೆಯಾದ ಹೆಚ್ಚಿನ ಪ್ರಸ್ತಾವಿತ "ಸ್ಥಾಪಕ ಘಟನೆಗಳನ್ನು" ಹೆಚ್ಚು ದೂರದ ಸಂಬಂಧಿತ ಹೋಮೋಲಾಗ್ಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚುವ ತಾಂತ್ರಿಕ ಮಿತಿಗಳಿಂದಾಗಿ ಕ್ರಮಶಾಸ್ತ್ರೀಯ ಕಲಾಕೃತಿ ಎಂದು ಮರು ವ್ಯಾಖ್ಯಾನಿಸಬಹುದು. ಅದೃಷ್ಟವಶಾತ್, ಹೋಮೋಲಜಿ ಪತ್ತೆ ವೈಫಲ್ಯವನ್ನು ಸ್ಪಷ್ಟವಾಗಿ ಪರೀಕ್ಷಿಸಬಹುದು. ಇತ್ತೀಚೆಗೆ ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಲಾದ ಸಾಧನವಾದ ಜೆನೆರಾ, ಜೀನ್ ಪತ್ತೆಯಾಗದಿರುವುದನ್ನು ಸ್ಪಷ್ಟವಾಗಿ ಪರೀಕ್ಷಿಸುವ ಮೂಲಕ ಸಂಭಾವ್ಯ ಜೀನ್ ಸಂಸ್ಥಾಪಕ ಘಟನೆಗಳಿಂದ ಹೋಮೋಲಜಿ ಪತ್ತೆ ವೈಫಲ್ಯವನ್ನು ಬೇರ್ಪಡಿಸಲು ಸಾಧ್ಯವಾಗುತ್ತದೆ. ಉಲ್ಲೇಖಗಳ ಜೀನೋಮಿಕ್ಸ್