BglII
ಬಿಜಿಎಲ್ಐಐ ಎಂಬುದು ಬ್ಯಾಸಿಲಸ್ ಗ್ಲೋಬಿಜಿಯ ಕೆಲವು ತಳಿಗಳಿಂದ ಪ್ರತ್ಯೇಕಿಸಲ್ಪಟ್ಟ ಎರಡನೇ ವಿಧದ ನಿರ್ಬಂಧದ ಎಂಡೋನ್ಯೂಕ್ಲೀಸ್ ಆಗಿದೆ. ನಿರ್ಬಂಧಿತ ಕಿಣ್ವಗಳ ಪ್ರಮುಖ ಕಾರ್ಯವೆಂದರೆ ವಿದೇಶಿ ಡಿಎನ್ಎ ವಿರುದ್ಧ ಆತಿಥೇಯ ಜೀನೋಮ್ನ ರಕ್ಷಣೆಯಾಗಿದೆ, ಆದರೆ ಅವು ಮರುಸಂಯೋಜನೆ ಮತ್ತು ವರ್ಗಾವಣೆಯಲ್ಲಿ ಸ್ವಲ್ಪ ಒಳಗೊಳ್ಳುವಿಕೆಯನ್ನು ಸಹ ಹೊಂದಿರಬಹುದು. ಹೆಚ್ಚಿನ ವಿಧ II ನಿರ್ಬಂಧ ಕಿಣ್ವಗಳಂತೆ, ಬಿ. ಜಿ. ಎಲ್. ಐ. ಐ. ಡಿ. ಎನ್. ಎ ಡಬಲ್ ಹೆಲಿಕ್ಸ್ನ ಸುತ್ತ ಹೋಮೋಡೈಮರ್ ಅನ್ನು ರೂಪಿಸುವ ಎರಡು ಒಂದೇ ರೀತಿಯ ಉಪಘಟಕಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುತ್ತದೆ. ಪ್ರತಿಯೊಂದು ಮೊನೊಮರ್ 223 ಅಮೈನೊ ಆಮ್ಲಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ವಿಶಿಷ್ಟವಾದ ಪಾಲಿಂಡ್ರೋಮಿಕ್ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಅನುಕ್ರಮವಾದ ಎಜಿಎಟಿಸಿಟಿಯ ಎರಡೂ ಬದಿಗಳನ್ನು ಸಮ್ಮಿತೀಯವಾಗಿ ಬಂಧಿಸುತ್ತದೆ, ಡಿಎನ್ಎ ಅಣುವಿನ ಎರಡೂ ಎಳೆಗಳ ಮೇಲೆ ಮೊದಲ ಅಡೆನಿನ್ ಮತ್ತು ಗ್ವಾನೈನ್ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ಗಳ ನಡುವಿನ ಸಿಸೈಲ್ ಫಾಸ್ಫೊಡೈಸ್ಟರ್ ಬಂಧವನ್ನು ಬೇರ್ಪಡಿಸುತ್ತದೆ, 5 'ಎಂಡ್ ಓವರ್ಹ್ಯಾಂಗ್ಗಳೊಂದಿಗೆ ಜಿಗುಟಾದ ತುದಿಗಳನ್ನು ಸೃಷ್ಟಿಸುತ್ತದೆ. ಟೈಪ್ II ನಿರ್ಬಂಧದ ಕಿಣ್ವವಾಗಿರುವುದರಿಂದ, BglII ಗೆ ಅದರ ಕಿಣ್ವಕ ಕಾರ್ಯಕ್ಕಾಗಿ ATP (ಅಡೆನೊಸಿನ್ ಟ್ರೈಫಾಸ್ಫೇಟ್) ಅಗತ್ಯವಿಲ್ಲ, ಆದರೆ ದ್ವಿಗುಣ ಲೋಹದ ಕ್ಯಾಟಯಾನ್ನೊಂದಿಗೆ ಮಾತ್ರ ಸಂಬಂಧದ ಅಗತ್ಯವಿರುತ್ತದೆ, ಬಹುಶಃ Mg2 +. ಅದರ ವರ್ಗದ ಇತರ ನಿರ್ಬಂಧದ ಕಿಣ್ವಗಳಿಗಿಂತ ಭಿನ್ನವಾಗಿ, ಬಿ. ಜಿ. ಎಲ್. ಐ. ಐ. ಯು β-ಸ್ಯಾಂಡ್ವಿಚ್ ಉಪ ಡೊಮೇನ್ನಂತಹ ಕೆಲವು ವಿಶಿಷ್ಟ ರಚನಾತ್ಮಕ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ ಎಂದು ತೋರಿಸಲಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ಡೈಮೆರೈಸೇಶನ್ನ ಮೇಲೆ ವಿಶಿಷ್ಟವಾದ ರಚನಾತ್ಮಕ ಬದಲಾವಣೆಗೆ ಒಳಗಾಗುತ್ತದೆ ಎಂದು ತೋರುತ್ತದೆ, ಆದರೆ ಅದರ ಒಟ್ಟಾರೆ ರಚನೆ ಮತ್ತು ವೇಗವರ್ಧನೆಯ ಕಾರ್ಯವಿಧಾನವು ಇತರ ಪ್ರಕಾರ II ನಿರ್ಬಂಧದ ಕಿಣ್ವಗಳೊಂದಿಗೆ ಸ್ಥಿರವಾಗಿರುತ್ತದೆ. ಆಧುನಿಕ ಆಣ್ವಿಕ ಅಬೀಜ ಸಂತಾನೋತ್ಪತ್ತಿ ತಂತ್ರಗಳಲ್ಲಿ ನಿರ್ಬಂಧದ ಎಂಡೋನ್ಯೂಕ್ಲೀಸ್ಗಳು ಬಹಳ ಮುಖ್ಯವಾದ ಪಾತ್ರವನ್ನು ವಹಿಸುತ್ತವೆ. ಅವುಗಳ ವಿಶಿಷ್ಟ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆ/ಕತ್ತರಿಸಿದ ತಾಣಗಳ ಕಾರಣದಿಂದಾಗಿ, ನಿರ್ಬಂಧಿತ ಕಿಣ್ವಗಳನ್ನು ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಸ್ಥಳಗಳಲ್ಲಿ ಡಿಎನ್ಎಯನ್ನು ನಿಖರವಾಗಿ ಊಹಿಸಬಹುದಾದ ರೀತಿಯಲ್ಲಿ ಕತ್ತರಿಸಲು ಬಳಸಬಹುದು. ಒಮ್ಮೆ ಕತ್ತರಿಸಿದ ನಂತರ, ಡಿಎನ್ಎ (ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ) "ಜಿಗುಟಾದ ತುದಿಗಳು" ಎಂದು ಕರೆಯಲ್ಪಡುತ್ತದೆ, ಇದು ಡಿಎನ್ಎ ತುಣುಕನ್ನು ಡಿಎನ್ಎ ವಾಹಕವಾಗಿ ಹೈಬ್ರಿಡೈಸ್ ಮಾಡಲು ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ. ನಂತರದ ಡಿಎನ್ಎ ಅಬೀಜ ಸಂತಾನೋತ್ಪತ್ತಿಗಾಗಿ ಅಪೇಕ್ಷಿತ ತುಣುಕನ್ನು ವಾಹಕಕ್ಕೆ ಕೋವೆಲೆಂಟ್ ಆಗಿ ಜೋಡಿಸಲು ಲಿಗೇಟಿಂಗ್ ಕಿಣ್ವಗಳನ್ನು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಕಾರ್ಯವಿಧಾನ ಬಿ. ಜಿ. ಎಲ್. ಐ. ಐ. ಡಿ. ಎನ್. ಎ. ಬೆನ್ನೆಲುಬಿನಲ್ಲಿರುವ ಫಾಸ್ಫೊಡೈಸ್ಟರ್ ಬಂಧದ ಸೀಳನ್ನು ನೀರಿಗೆ ಫಾಸ್ಫೊರಿಲ್ ವರ್ಗಾವಣೆಯ ಮೂಲಕ ವೇಗವರ್ಧಿಸುತ್ತದೆ. ನಿರ್ಬಂಧದ ಕಿಣ್ವಗಳ ಕಾರ್ಯವಿಧಾನದ ಮೇಲಿನ ಅಧ್ಯಯನಗಳು ಬಹುತೇಕ ಎಲ್ಲಾ ಸಂದರ್ಭಗಳಲ್ಲಿ ನಿಜವೆಂದು ತೋರುವ ಹಲವಾರು ಸಾಮಾನ್ಯ ಲಕ್ಷಣಗಳನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸಿವೆ, ಆದಾಗ್ಯೂ ಪ್ರತಿ ಕಿಣ್ವದ ನಿಜವಾದ ಕಾರ್ಯವಿಧಾನವು ಬಹುಶಃ ಈ ಸಾಮಾನ್ಯ ಕಾರ್ಯವಿಧಾನದ ಕೆಲವು ವ್ಯತ್ಯಾಸವಾಗಿದೆ. ಈ ಕಾರ್ಯವಿಧಾನಕ್ಕೆ ನೀರಿನಿಂದ ಹೈಡ್ರಾಕ್ಸೈಡ್ ಅಯಾನ್ ಅನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸಲು ಬೇಸ್ ಅಗತ್ಯವಿರುತ್ತದೆ, ಇದು ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಫೈಲ್ ಆಗಿ ಕಾರ್ಯನಿರ್ವಹಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಫಾಸ್ಫೊಡೈಸ್ಟರ್ ಬಂಧದಲ್ಲಿರುವ ರಂಜಕದ ಮೇಲೆ ದಾಳಿ ಮಾಡುತ್ತದೆ. ಪೆಂಟಾಕೋಆರ್ಡಿನೇಟೆಡ್ ಟ್ರಾನ್ಸಿಶನ್ ಸ್ಟೇಟ್ ರಂಜಕದ ಹೆಚ್ಚುವರಿ ಋಣಾತ್ಮಕ ಚಾರ್ಜ್ ಅನ್ನು ಸ್ಥಿರಗೊಳಿಸಲು ಲೂಯಿಸ್ ಆಮ್ಲವೂ ಸಹ ಅಗತ್ಯವಾಗಿರುತ್ತದೆ, ಜೊತೆಗೆ ಹೊರಹೋಗುವ ಗುಂಪನ್ನು (3 '-O−) ಸ್ಥಿರಗೊಳಿಸುವ ಸಾಮಾನ್ಯ ಆಮ್ಲ ಅಥವಾ ಲೋಹದ ಅಯಾನು ಕೂಡ ಅಗತ್ಯವಾಗಿರುತ್ತದೆ. ನಿರ್ಬಂಧದ ಎಂಡೋನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೇಸ್ಗಳು ಕಡಿಮೆ ಅನುಕ್ರಮ ಹೋಲಿಕೆಯನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತವೆಯಾದರೂ, ಸ್ಫಟಿಕ ರಚನೆಗಳು ಅವೆಲ್ಲವೂ ಐದು α-ಹೆಲಿಕ್ಸ್ಗಳಿಂದ ಸುತ್ತುವರಿದ ಆರು-ಎಳೆಗಳ β-ಶೀಟ್ ಅನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ಹೆಚ್ಚು ಹೋಲುವ α/β ಕೋರ್ ಅನ್ನು ಹಂಚಿಕೊಳ್ಳುತ್ತವೆ ಎಂದು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸುತ್ತವೆ, ಅವುಗಳಲ್ಲಿ ಎರಡು ಡೈಮೆರೈಸೇಶನ್ ಅನ್ನು ಮಧ್ಯಸ್ಥಿಕೆ ವಹಿಸುತ್ತವೆ. ಈ ಕೋರ್ ಸಕ್ರಿಯ ತಾಣವನ್ನು (ವೇಗವರ್ಧಕ ಕೇಂದ್ರ) ಮತ್ತು ಪ್ರಮುಖ ತೋಡುಗಳಲ್ಲಿ ಡಿಎನ್ಎಯನ್ನು ಸಂಪರ್ಕಿಸುವ ಅವಶೇಷಗಳನ್ನು ಒಯ್ಯುತ್ತದೆ. ಅದರ α/β ಕೋರ್ ಅನ್ನು β-ಸ್ಯಾಂಡ್ವಿಚ್ ಉಪ ಡೊಮೇನ್ನಿಂದ ವರ್ಧಿಸಲಾಗಿದೆ, ಇದು ಡಿಎನ್ಎಯನ್ನು ಹಿಡಿದಿಡಲು ಹೊರಕ್ಕೆ ವಿಸ್ತರಿಸುವ ಹಲವಾರು ಪ್ರಕ್ಷೇಪಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ, ಇದು ಡಿಎನ್ಎ ಅಣುವನ್ನು ಸಂಪೂರ್ಣವಾಗಿ ಸುತ್ತುವರೆಸಲು ಬಿಜಿಎಲ್ಐಐಗೆ ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ. ಬಿ. ಜಿ. ಎಲ್. ಐ. ಐ. ಯ ಈ ವಿಲಕ್ಷಣ ಲಕ್ಷಣವು ಡಿ. ಎನ್. ಎ. ಬಂಧಿಸುವಿಕೆ ಮತ್ತು ಬಿಡುಗಡೆಗೆ ವಿಶಿಷ್ಟವಾದ ಹಿಂಜ್ ಚಲನೆಯನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ. ಮುಕ್ತ ಕಿಣ್ವ ಮತ್ತು ಬಿ. ಜಿ. ಎಲ್. ಐ. ಐ-ಡಿ. ಎನ್. ಎ ಸಂಕೀರ್ಣದ ತುಲನಾತ್ಮಕ ರಚನಾತ್ಮಕ ಅಧ್ಯಯನಗಳು ಕಿಣ್ವವು ಡೈಮರ್ ಇಂಟರ್ಫೇಸ್ನಲ್ಲಿ α-ಹೆಲಿಕ್ಸ್ಗಳ ಸಂಪೂರ್ಣ ಮರುಜೋಡಣೆಯೊಂದಿಗೆ ನಾಟಕೀಯ ಕತ್ತರಿ ತರಹದ ಚಲನೆಯಿಂದ ತೆರೆಯುತ್ತದೆ ಎಂದು ತೋರಿಸಿದೆ. ಈ ರಚನಾತ್ಮಕ ಅಧ್ಯಯನಗಳು ಪ್ರತಿ ಮೊನೊಮರ್ನೊಳಗೆ ಅವಶೇಷಗಳ ಒಂದು ಗುಂಪನ್ನು ಕಡಿಮೆ ಮಾಡುತ್ತದೆ ಅಥವಾ ಹೆಚ್ಚಿಸುತ್ತದೆ, ಪರ್ಯಾಯವಾಗಿ ಸಕ್ರಿಯ ಸೈಟ್ ಅವಶೇಷಗಳನ್ನು ಬೇರ್ಪಡಿಸುತ್ತದೆ ಅಥವಾ ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸುತ್ತದೆ ಎಂದು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸಿದೆ. ಫ್ರೀ ವರ್ಸಸ್ ಬೌಂಡ್ ಕಿಣ್ವದಲ್ಲಿನ ರಚನೆಯಲ್ಲಿನ ಈ ನಾಟಕೀಯ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳನ್ನು ಬೇರೆ ಯಾವುದೇ ನಿರ್ಬಂಧದ ಎಂಡೋನ್ಯೂಕ್ಲೀಸ್ನಲ್ಲಿ ಇನ್ನೂ ಗಮನಿಸಲಾಗಿಲ್ಲ ಮತ್ತು ಡಿಎನ್ಎಯನ್ನು ಸುತ್ತುವರೆದಿರುವ ಇತರ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳಿಗೆ ವಿಸ್ತರಿಸಬಹುದಾದ ಡಿಎನ್ಎಯನ್ನು ಸೆರೆಹಿಡಿಯುವ ಹೊಸ ಕಾರ್ಯವಿಧಾನವನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸಬಹುದು. ಎಂಡೋನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೇಸ್ಗಳ ಸಕ್ರಿಯ ಸೈಟ್ ರಚನಾತ್ಮಕ ಅಧ್ಯಯನಗಳು ದುರ್ಬಲ ಒಮ್ಮತದ ಅನುಕ್ರಮವಾದ ಗ್ಲು/ಆಸ್ಪ್-(ಎಕ್ಸ್) 9-20-ಗ್ಲು/ಆಸ್ಪ್/ಸೆರ್-ಎಕ್ಸ್-ಲೈಸ್/ಗ್ಲು ಅನ್ನು ಅನುಸರಿಸುವ ಅವಶೇಷಗಳೊಂದಿಗೆ ಸಕ್ರಿಯ ಸೈಟ್ಗೆ ಇದೇ ರೀತಿಯ ವಾಸ್ತುಶಿಲ್ಪವನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸಿವೆ. ಬಿ. ಜಿ. ಎಲ್. ಐ. ಐ. ಯ ಸಕ್ರಿಯ ತಾಣವು ಆಸ್ಪ್-(ಎಕ್ಸ್) 9-ಗ್ಲೂ-ಎಕ್ಸ್-ಜಿಎಲ್ಎನ್ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಅನುಸರಿಸಿ ಇತರ ಎಂಡೋನ್ಯೂಕ್ಲೀಸ್ಗಳನ್ನು ಹೋಲುತ್ತದೆ. ಅದರ ಸಕ್ರಿಯ ಸ್ಥಳದಲ್ಲಿ ದ್ವಿಗುಣ ಲೋಹದ ಕ್ಯಾಟಯಾನ್ ಇರುತ್ತದೆ, ಬಹುಶಃ Mg2 +, ಇದು ಆಸ್ಪ್-84, ವ್ಯಾಲ್-94, ಫಾಸ್ಫೊರಿಲ್ ಆಮ್ಲಜನಕ ಮತ್ತು ಮೂರು ನೀರಿನ ಅಣುಗಳೊಂದಿಗೆ ಸಂವಹನ ನಡೆಸುತ್ತದೆ. ಈ ನೀರಿನ ಅಣುಗಳಲ್ಲಿ ಒಂದು, ಸಿಸೈಲ್ ಫಾಸ್ಫೊರಿಲ್ನ ಸಾಮೀಪ್ಯದಿಂದಾಗಿ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಫೈಲ್ ಆಗಿ ಕಾರ್ಯನಿರ್ವಹಿಸಲು ಸಾಧ್ಯವಾಗುತ್ತದೆ (ಅದರ ದೃಷ್ಟಿಕೋನವನ್ನು ಜಿಎಲ್ಎನ್-95 ರ ಸೈಡ್ ಚೈನ್ ಅಮೈಡ್ ಆಮ್ಲಜನಕದೊಂದಿಗೆ ಹೈಡ್ರೋಜನ್ ಬಂಧದಿಂದ ನಿಗದಿಪಡಿಸಲಾಗಿದೆ) ಮತ್ತು ಲೋಹದ ಕ್ಯಾಟಯಾನ್ನೊಂದಿಗೆ ಅದರ ಸಂಪರ್ಕ (ಇದು ಅದರ ಪಿಕೆಎ ಅನ್ನು ಕಡಿಮೆ ಮಾಡುತ್ತದೆ, ಇದು ನೀರಿನ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಫಿಲಿಸಿಟಿಯನ್ನು ಉತ್ತೇಜಿಸುತ್ತದೆ). ಇ. ಕೋಲಿ ಉಲ್ಲೇಖಗಳ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೇಸ್ ಕಿಣ್ವವಾದ ಫ್ಲಾವೊಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಂ ಓಕೆನೋಕೋಯಿಟ್ಸ್ ಇಕೋಆರ್ಐಯ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೇಸ್ ಕಿಣ್ವವಾದ ಬ್ಯಾಸಿಲಸ್ ಅಮೈಲೊಲಿಕ್ಫೇಸಿಯನ್ಸ್ ಫೋಕ್ಐಯ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೇಸ್ ಕಿಣ್ವವಾದ ಬಾಮ್ಹಿಐ ಅನ್ನು ಸಹ ನೋಡಿ. ಬಾಹ್ಯ ಕೊಂಡಿಗಳ ನಿರ್ಬಂಧ ಕಿಣ್ವ ಡೇಟಾಬೇಸ್ ಎನ್ಸಿಬಿಐ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಡೇಟಾಬೇಸ್ ಎಂಟ್ರಿ ಸ್ಟ್ರಕ್ಚರ್ ಸಾರಾಂಶ, ಎಂ. ಎಂ. ಡಿ. ಬಿ. ಬಿಜಿಎಲ್ಐಐ, ಅಣು ಜೀವಶಾಸ್ತ್ರ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಲ್ ಕಿಣ್ವಗಳ ನಿರ್ಬಂಧ ಕಿಣ್ವಗಳು.