HMMER
ಎಚ್ಎಂಎಂಇಆರ್ ಎಂಬುದು ಸೀನ್ ಎಡ್ಡಿ ಬರೆದ ಅನುಕ್ರಮ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಾಗಿ ಉಚಿತ ಮತ್ತು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಬಳಸುವ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ಪ್ಯಾಕೇಜ್ ಆಗಿದೆ. ಏಕರೂಪದ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅಥವಾ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸುವುದು ಮತ್ತು ಅನುಕ್ರಮ ಜೋಡಣೆಗಳನ್ನು ಮಾಡುವುದು ಇದರ ಸಾಮಾನ್ಯ ಬಳಕೆಯಾಗಿದೆ. ಇದು ಪ್ರೊಫೈಲ್-ಎಚ್ಎಂಎಂ (ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಹುಡುಕಾಟಕ್ಕಾಗಿ ಸ್ಪಷ್ಟವಾಗಿ ನಿರ್ಮಿಸಲಾದ ಹಿಡನ್ ಮಾರ್ಕೋವ್ ಮಾದರಿ) ಅನ್ನು ಒಂದೇ ಅನುಕ್ರಮ ಅಥವಾ ಅನುಕ್ರಮಗಳ ದತ್ತಸಂಚಯಕ್ಕೆ ಹೋಲಿಸುವ ಮೂಲಕ ಹೋಮೋಲಜಿಯನ್ನು ಪತ್ತೆ ಮಾಡುತ್ತದೆ. ಶೂನ್ಯ ಮಾದರಿಗೆ ಹೋಲಿಸಿದರೆ ಪ್ರೊಫೈಲ್-ಎಚ್. ಎಂ. ಎಂ. ಗೆ ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ ಉತ್ತಮ ಅಂಕಗಳನ್ನು ಗಳಿಸುವ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಪ್ರೊಫೈಲ್-ಎಚ್. ಎಂ. ಎಂ. ಅನ್ನು ನಿರ್ಮಿಸಲು ಬಳಸಲಾದ ಅನುಕ್ರಮಗಳಿಗೆ ಏಕರೂಪವೆಂದು ಪರಿಗಣಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಪ್ರೊಫೈಲ್-ಎಚ್ಎಂಎಂಗಳನ್ನು ಎಚ್ಎಂಎಂಇಆರ್ ಪ್ಯಾಕೇಜಿನಲ್ಲಿ ಎಚ್ಎಂಎಂಬಿಲ್ಡ್ ಪ್ರೋಗ್ರಾಂ ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಬಹು ಅನುಕ್ರಮ ಜೋಡಣೆಯಿಂದ ನಿರ್ಮಿಸಲಾಗಿದೆ. ಎಚ್ಎಂಎಂಇಆರ್ ತಂತ್ರಾಂಶದಲ್ಲಿ ಬಳಸಲಾದ ಪ್ರೊಫೈಲ್-ಎಚ್ಎಂಎಂ ಅನುಷ್ಠಾನವು ಕ್ರೋಗ್ ಮತ್ತು ಸಹೋದ್ಯೋಗಿಗಳ ಕೆಲಸವನ್ನು ಆಧರಿಸಿದೆ. ಎಚ್ಎಂಎಂಇಆರ್ ಎನ್ನುವುದು ಲಿನಕ್ಸ್, ವಿಂಡೋಸ್ ಮತ್ತು ಮ್ಯಾಕ್ಓಎಸ್ನ ವಿವಿಧ ಆವೃತ್ತಿಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಂತೆ ಪ್ರತಿಯೊಂದು ಪ್ರಮುಖ ಕಾರ್ಯಾಚರಣಾ ವ್ಯವಸ್ಥೆಗೆ ಪೋರ್ಟ್ ಮಾಡಲಾದ ಕನ್ಸೋಲ್ ಉಪಯುಕ್ತತೆಯಾಗಿದೆ. ಎಚ್ಎಂಎಂಇಆರ್ ಎಂಬುದು ಪ್ರೋಟೀನ್ ಕುಟುಂಬದ ದತ್ತಸಂಚಯಗಳಾದ ಪ್ಫಾಮ್ ಮತ್ತು ಇಂಟರ್ಪ್ರೋಗಳನ್ನು ಆಧರಿಸಿದ ಪ್ರಮುಖ ಉಪಯುಕ್ತತೆಯಾಗಿದೆ. ಯುಜಿಇಎನ್ಇಯಂತಹ ಕೆಲವು ಇತರ ಜೈವಿಕ ಮಾಹಿತಿ ಸಾಧನಗಳು ಸಹ ಎಚ್ಎಂಎಂಇಆರ್ ಅನ್ನು ಬಳಸುತ್ತವೆ. ಎಚ್ಎಂಎಂಇಆರ್3 ಗಣನೆಯ ವೇಗವನ್ನು ಹೆಚ್ಚಿಸಲು ವಾಹಕ ಸೂಚನೆಗಳನ್ನು ವ್ಯಾಪಕವಾಗಿ ಬಳಸುತ್ತದೆ. ಈ ಕೃತಿಯು ಎರಡು ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಜೋಡಿಸಲು ಸ್ಮಿತ್-ವಾಟರ್ಮ್ಯಾನ್ ಅಲ್ಗಾರಿದಮ್ನ ಗಮನಾರ್ಹ ವೇಗವರ್ಧನೆಯನ್ನು ತೋರಿಸುವ ಹಿಂದಿನ ಪ್ರಕಟಣೆಯನ್ನು ಆಧರಿಸಿದೆ. ಪ್ರೊಫೈಲ್ ಎಚ್ಎಂಎಂ ಒಂದು ಪ್ರೊಫೈಲ್ ಎಚ್ಎಂಎಂ ನಿರ್ದಿಷ್ಟವಾಗಿ ಜೈವಿಕ ಅನುಕ್ರಮಗಳಿಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಎಚ್ಎಂಎಂನ ರೂಪಾಂತರವಾಗಿದೆ. ಪ್ರೊಫೈಲ್ ಎಚ್ಎಂಎಂಗಳು ಬಹು ಅನುಕ್ರಮ ಜೋಡಣೆಯನ್ನು ಸ್ಥಾನ-ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಸ್ಕೋರಿಂಗ್ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯಾಗಿ ಪರಿವರ್ತಿಸುತ್ತವೆ, ಇದನ್ನು ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಜೋಡಿಸಲು ಮತ್ತು ದೂರಸ್ಥ ಏಕರೂಪದ ಅನುಕ್ರಮಗಳಿಗಾಗಿ ಡೇಟಾಬೇಸ್ಗಳನ್ನು ಹುಡುಕಲು ಬಳಸಬಹುದು. ಅನುಕ್ರಮ ಜೋಡಣೆಯಲ್ಲಿನ ಕೆಲವು ಸ್ಥಾನಗಳು ಪಕ್ಷಪಾತಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುತ್ತವೆ, ಅದರಲ್ಲಿ ಅವಶೇಷಗಳು ಸಂಭವಿಸುವ ಸಾಧ್ಯತೆಯಿದೆ ಮತ್ತು ಅಳವಡಿಕೆ ಅಥವಾ ಅಳಿಸುವಿಕೆಯನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ಸಂಭವನೀಯತೆಯಲ್ಲಿ ಅವು ಭಿನ್ನವಾಗಿರುತ್ತವೆ ಎಂಬ ಅಂಶವನ್ನು ಅವು ಲಾಭ ಮಾಡಿಕೊಳ್ಳುತ್ತವೆ. ಈ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಸೆರೆಹಿಡಿಯುವುದು ಅವರಿಗೆ ಸಾಂಪ್ರದಾಯಿಕ ಬ್ಲಾಸ್ಟ್-ಆಧಾರಿತ ವಿಧಾನಗಳಿಗಿಂತ ನಿಜವಾದ ಹೋಮೋಲಾಗ್ಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚುವ ಉತ್ತಮ ಸಾಮರ್ಥ್ಯವನ್ನು ನೀಡುತ್ತದೆ, ಇದು ಪರ್ಯಾಯಗಳು, ಅಳವಡಿಕೆಗಳು ಮತ್ತು ಅಳಿಸುವಿಕೆಗಳನ್ನು ಸಮನಾಗಿ ದಂಡಿಸುತ್ತದೆ, ಅವು ಜೋಡಣೆಯಲ್ಲಿ ಎಲ್ಲಿ ಸಂಭವಿಸುತ್ತವೆ ಎಂಬುದನ್ನು ಲೆಕ್ಕಿಸದೆ. ಪ್ರೊಫೈಲ್ ಎಚ್ಎಂಎಂಗಳು ಹೊಂದಾಣಿಕೆಯ (ಎಂ) ಸ್ಥಿತಿಗಳ ರೇಖೀಯ ಗುಂಪಿನ ಸುತ್ತ ಕೇಂದ್ರೀಕೃತವಾಗಿರುತ್ತವೆ, ಅನುಕ್ರಮ ಜೋಡಣೆಯಲ್ಲಿ ಪ್ರತಿ ಒಮ್ಮತದ ಅಂಕಣಕ್ಕೆ ಅನುಗುಣವಾದ ಒಂದು ಸ್ಥಿತಿ ಇರುತ್ತದೆ. ಪ್ರತಿಯೊಂದು ಎಂ ಸ್ಥಿತಿಯು ಒಂದೇ ಒಂದು ಶೇಷವನ್ನು (ಅಮೈನೋ ಆಮ್ಲ ಅಥವಾ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್) ಹೊರಸೂಸುತ್ತದೆ. ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಅವಶೇಷವನ್ನು ಹೊರಸೂಸುವ ಸಂಭವನೀಯತೆಯನ್ನು ಹೆಚ್ಚಾಗಿ ಜೋಡಣೆಯ ಆ ಕಾಲಮ್ನಲ್ಲಿ ಆ ಅವಶೇಷವನ್ನು ಗಮನಿಸಿದ ಆವರ್ತನದಿಂದ ನಿರ್ಧರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಆದರೆ ಅನುಕ್ರಮ ಜೋಡಣೆಯ ಅದೇ ಕಾಲಮ್ಗಳಲ್ಲಿ ಸಹ-ಸಂಭವಿಸುವ ಅವಶೇಷಗಳ ಮಾದರಿಗಳ ಬಗ್ಗೆ ಪೂರ್ವ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಸಹ ಒಳಗೊಂಡಿದೆ. ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಆವರ್ತನಗಳಲ್ಲಿ ಅಮೈನೋ ಆಮ್ಲಗಳನ್ನು ಹೊರಸೂಸುವ ಹೊಂದಾಣಿಕೆಯ ಸ್ಥಿತಿಗಳ ಈ ಸರಣಿಯು ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಸ್ಕೋರ್ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ ಅಥವಾ ತೂಕದ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ಗಳನ್ನು ಇರಿಸಲು ಹೋಲುತ್ತದೆ. ಪ್ರೊಫೈಲ್ ಎಚ್ಎಂಎಂ ಅನುಕ್ರಮ ಜೋಡಣೆಗಳ ಈ ಮಾದರಿಯನ್ನು ಅನುಕ್ರಮವಾಗಿ ಐ ಮತ್ತು ಡಿ ಸ್ಥಿತಿಗಳನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಅಳವಡಿಕೆಗಳು ಮತ್ತು ಅಳಿಸುವಿಕೆಗಳನ್ನು ಮಾಡೆಲಿಂಗ್ ಮಾಡುವ ಮೂಲಕ ಮತ್ತಷ್ಟು ತೆಗೆದುಕೊಳ್ಳುತ್ತದೆ. ಡಿ ಸ್ಥಿತಿಗಳು ಅವಶೇಷವನ್ನು ಹೊರಸೂಸುವುದಿಲ್ಲ, ಆದರೆ ನಾನು ಅವಶೇಷವನ್ನು ಹೊರಸೂಸುತ್ತೇನೆ ಎಂದು ಹೇಳುತ್ತೇನೆ. ಬಹು I ಸ್ಥಿತಿಯು ಅನುಕ್ರಮವಾಗಿ ಸಂಭವಿಸಬಹುದು, ಇದು ಜೋಡಣೆಯಲ್ಲಿನ ಒಮ್ಮತದ ಕಾಲಮ್ಗಳ ನಡುವಿನ ಅನೇಕ ಅವಶೇಷಗಳಿಗೆ ಅನುಗುಣವಾಗಿರುತ್ತದೆ. ಎಂ, ಐ ಮತ್ತು ಡಿ ಸ್ಥಿತಿಗಳನ್ನು ಸ್ಥಿತಿ ಪರಿವರ್ತನೆಯ ಸಂಭವನೀಯತೆಗಳಿಂದ ಸಂಪರ್ಕಿಸಲಾಗಿದೆ, ಇದು ಅನುಕ್ರಮ ಜೋಡಣೆಯಲ್ಲಿನ ಸ್ಥಾನದಿಂದ ಬದಲಾಗುತ್ತದೆ, ಅನುಕ್ರಮ ಜೋಡಣೆಗಳಾದ್ಯಂತ ಒಳಸೇರಿಸುವಿಕೆ ಮತ್ತು ಅಳಿಸುವಿಕೆಯ ವಿಭಿನ್ನ ಆವರ್ತನಗಳನ್ನು ಪ್ರತಿಬಿಂಬಿಸುತ್ತದೆ. ಎಚ್ಎಂಎಂಇಆರ್2 ಮತ್ತು ಎಚ್ಎಂಎಂಇಆರ್3 ಬಿಡುಗಡೆಗಳು ಪ್ರೊಫೈಲ್ ಎಚ್ಎಂಎಂಗಳನ್ನು ನಿರ್ಮಿಸಲು ವಿನ್ಯಾಸವನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡವು, ಇದನ್ನು ಪ್ಲಾನ್ 7 ಆರ್ಕಿಟೆಕ್ಚರ್ ಎಂದು ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ, ಈ ಮಾದರಿಯು ವಶಪಡಿಸಿಕೊಂಡ ಏಳು ರಾಜ್ಯಗಳ ಹೆಸರನ್ನು ಇಡಲಾಗಿದೆ. ಮೂರು ಪ್ರಮುಖ ಸ್ಥಿತಿಗಳ (ಎಂ, ಐ ಮತ್ತು ಡಿ) ಜೊತೆಗೆ, ಆರು ಹೆಚ್ಚುವರಿ ಸ್ಥಿತಿಗಳು ಜೋಡಣೆಯಲ್ಲಿ ಏಕರೂಪವಲ್ಲದ ಪಾರ್ಶ್ವದ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಸೆರೆಹಿಡಿಯುತ್ತವೆ. ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಮಾದರಿಗೆ ಹೇಗೆ ಜೋಡಿಸಲಾಗಿದೆ ಎಂಬುದನ್ನು ನಿಯಂತ್ರಿಸಲು ಈ 6 ಸ್ಥಿತಿಗಳು ಒಟ್ಟಾಗಿ ಮುಖ್ಯವಾಗಿವೆ, ಉದಾಹರಣೆಗೆ. ಒಂದು ಅನುಕ್ರಮವು ಒಂದೇ ಮಾದರಿಗೆ ಅನೇಕ ಅನುಕ್ರಮ ಹಿಟ್ಗಳನ್ನು ಹೊಂದಬಹುದೇ (ಒಂದೇ ಡೊಮೇನ್ನ ಅನೇಕ ನಿದರ್ಶನಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಅನುಕ್ರಮಗಳ ಸಂದರ್ಭದಲ್ಲಿ). ಎಚ್ಎಂಎಂಇಆರ್ ಪ್ಯಾಕೇಜಿನಲ್ಲಿನ ಪ್ರೋಗ್ರಾಂಗಳು ಎಚ್ಎಂಎಂಇಆರ್ ಪ್ಯಾಕೇಜ್ ಪ್ರೊಫೈಲ್ ಹಿಡನ್ ಮಾರ್ಕೋವ್ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಕಾರ್ಯಗಳನ್ನು ನಿರ್ವಹಿಸಲು ಪ್ರೋಗ್ರಾಂಗಳ ಸಂಗ್ರಹವನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ. ಪ್ರೋಗ್ರಾಂಗಳು ಈ ಕೆಳಗಿನವುಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿವೆಃ ಪ್ರೊಫೈಲ್ ಎಚ್. ಎಂ. ಎಂ. ಬಿಲ್ಡಿಂಗ್ ಎಚ್. ಎಂ. ಬಿಲ್ಡಿಂಗ್-ಅನೇಕ ಅನುಕ್ರಮ ಜೋಡಣೆಗಳಿಂದ ಪ್ರೊಫೈಲ್ ಎಚ್. ಎಂ. ಎಂ. ಗಳನ್ನು ನಿರ್ಮಿಸಿ ಹೋಮೋಲಜಿ ಸರ್ಚಿಂಗ್ ಎಚ್. ಎಂ. ಎಂ. ಸ್ಕ್ಯಾನ್-ಪ್ರೊಫೈಲ್ ಎಚ್. ಎಂ. ಎಂ. ಡೇಟಾಬೇಸ್ ಎಚ್. ಎಂ. ಎಂ. ಗಳ ವಿರುದ್ಧ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಹುಡುಕಿ-ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಡೇಟಾಬೇಸ್ ಜ್ಯಾಕ್ಮರ್ ವಿರುದ್ಧ ಪ್ರೊಫೈಲ್ ಎಚ್. ಎಂ. ಎಂ. ಗಳನ್ನು ಹುಡುಕಿ-ಪ್ರೋಟೀನ್ ಡೇಟಾಬೇಸ್ ಎನ್. ಎಚ್. ಎಂ. ಎಂ. ವಿರುದ್ಧ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಪುನರಾವರ್ತಿತವಾಗಿ ಹುಡುಕಿ-ಡಿ. ಎನ್. ಎ/ಆರ್. ಎನ್. ಎ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಡೇಟಾಬೇಸ್ ಎನ್. ಎಚ್. ಎಂ. ಸ್ಕ್ಯಾನ್ ವಿರುದ್ಧ ಡಿ. ಎನ್. ಎ/ಆರ್. ಎನ್. ಎ. ಪ್ರಶ್ನೆಗಳನ್ನು ಹುಡುಕಿ-ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಪ್ರೊಫೈಲ್ ಪಿಎಚ್. ಎಂ. ಎಂ. ವಿರುದ್ಧ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಹುಡುಕಿ-ಪ್ರೋಟೀನ್ ಡೇಟಾಬೇಸ್ ಎಚ್ಎಂಎಂಇಆರ್ ವೆಬ್ ಸರ್ವರ್ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ಪ್ಯಾಕೇಜ್ ಜೊತೆಗೆ, ಎಚ್ಎಂಎಂಇಆರ್ ಸರ್ಚ್ ಫಂಕ್ಷನ್ ವೆಬ್ ಸರ್ವರ್ ರೂಪದಲ್ಲಿ ಲಭ್ಯವಿದೆ. ಈ ಸೇವೆಯು ಯುನಿಪ್ರೋಟ್, ಸ್ವಿಸ್ಪ್ರಾಟ್ ಮತ್ತು ಪ್ರೋಟೀನ್ ಡೇಟಾ ಬ್ಯಾಂಕ್ನಂತಹ ಅನುಕ್ರಮ ದತ್ತಸಂಚಯಗಳು ಮತ್ತು ಪ್ಫಾಮ್, ಟಿಐಜಿಆರ್ಎಫ್ಎಎಮ್ಗಳು ಮತ್ತು ಸೂಪರ್ಫಾಮಿಲಿಯಂತಹ ಎಚ್ಎಂಎಂ ದತ್ತಸಂಚಯಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಂತೆ ದತ್ತಸಂಚಯಗಳ ಶ್ರೇಣಿಯಾದ್ಯಂತ ಹುಡುಕಾಟಗಳನ್ನು ಸುಗಮಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ. ನಾಲ್ಕು ಹುಡುಕಾಟ ಪ್ರಕಾರಗಳಾದ Phmmer, hmmsearch, hmmscan ಮತ್ತು ಜ್ಯಾಕ್ಹ್ಮರ್ ಅನ್ನು ಬೆಂಬಲಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ (ಪ್ರೋಗ್ರಾಂಗಳನ್ನು ನೋಡಿ). ಹುಡುಕಾಟ ಕಾರ್ಯವು ಏಕ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಹಾಗೆಯೇ ಅನುಕ್ರಮ ಜೋಡಣೆಗಳನ್ನು ಅಥವಾ ಪ್ರೊಫೈಲ್ ಎಚ್. ಎಂ. ಎಂ. ಗಳನ್ನು ಸ್ವೀಕರಿಸುತ್ತದೆ. ಹುಡುಕಾಟದ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು ಟ್ಯಾಕ್ಸಾನಮಿಕ್ ಬ್ರೇಕ್ಡೌನ್ ಮತ್ತು ಹಿಟ್ಗಳ ಡೊಮೇನ್ ಆರ್ಗನೈಸೇಶನ್ ಕುರಿತ ವರದಿಯೊಂದಿಗೆ ಇರುತ್ತವೆ. ಹುಡುಕಾಟ ಫಲಿತಾಂಶಗಳನ್ನು ನಂತರ ಎರಡೂ ನಿಯತಾಂಕಗಳ ಪ್ರಕಾರ ಫಿಲ್ಟರ್ ಮಾಡಬಹುದು. ವೆಬ್ ಸೇವೆಯು ಪ್ರಸ್ತುತ ಯುನೈಟೆಡ್ ಕಿಂಗ್ಡಂನಲ್ಲಿರುವ ಯುರೋಪಿಯನ್ ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್ ಇನ್ಸ್ಟಿಟ್ಯೂಟ್ (ಇ. ಬಿ. ಐ) ನಿಂದ ಖಾಲಿಯಾಗಿದೆ, ಆದರೆ ಅಲ್ಗಾರಿದಮ್ನ ಅಭಿವೃದ್ಧಿಯನ್ನು ಇನ್ನೂ ಯುನೈಟೆಡ್ ಸ್ಟೇಟ್ಸ್ನಲ್ಲಿರುವ ಸೀನ್ ಎಡ್ಡಿ ಅವರ ತಂಡವು ನಿರ್ವಹಿಸುತ್ತಿದೆ. ವೆಬ್ ಸೇವೆಯನ್ನು ಸ್ಥಳಾಂತರಿಸಲು ಪ್ರಮುಖ ಕಾರಣಗಳೆಂದರೆ ಇ. ಬಿ. ಐ. ಯಲ್ಲಿ ಕಂಪ್ಯೂಟಿಂಗ್ ಮೂಲಸೌಕರ್ಯವನ್ನು ಸದುಪಯೋಗಪಡಿಸಿಕೊಳ್ಳುವುದು ಮತ್ತು ಇ. ಬಿ. ಐ. ನಿರ್ವಹಿಸುತ್ತಿರುವ ಸಂಬಂಧಿತ ದತ್ತಸಂಚಯಗಳೊಂದಿಗೆ ಎಚ್. ಎಂ. ಎಂ. ಇ. ಆರ್. ಹುಡುಕಾಟಗಳನ್ನು ಪರಸ್ಪರ ಸಂಪರ್ಕಿಸುವುದು. ಎಚ್ಎಂಎಂಇಆರ್ 3 ಬಿಡುಗಡೆ ಎಚ್ಎಂಎಂಇಆರ್ನ ಇತ್ತೀಚಿನ ಸ್ಥಿರವಾದ ಬಿಡುಗಡೆಯು ಆವೃತ್ತಿ 3 ಆಗಿದೆ. ಪ್ರೊಫೈಲ್-ಎಚ್ಎಂಎಂ ಹುಡುಕಾಟಗಳ ವೇಗವನ್ನು ಸುಧಾರಿಸುವ ಗುರಿಯೊಂದಿಗೆ ಎಚ್ಎಂಎಂಇಆರ್3 ಹಿಂದಿನ ಎಚ್ಎಂಎಂಇಆರ್2 ಪ್ಯಾಕೇಜಿನ ಸಂಪೂರ್ಣ ಮರುಬರಹವಾಗಿದೆ. ಪ್ರಮುಖ ಬದಲಾವಣೆಗಳನ್ನು ಕೆಳಗೆ ವಿವರಿಸಲಾಗಿದೆಃ ವೇಗದಲ್ಲಿನ ಸುಧಾರಣೆಗಳು 2004ರಲ್ಲಿ ಪ್ರಾರಂಭವಾದ ಎಚ್ಎಂಎಂಇಆರ್3 ಯೋಜನೆಯ ಪ್ರಮುಖ ಉದ್ದೇಶವೆಂದರೆ ಎಚ್ಎಂಎಂಇಆರ್ ಹುಡುಕಾಟಗಳ ವೇಗವನ್ನು ಸುಧಾರಿಸುವುದು. ಪ್ರೊಫೈಲ್ ಎಚ್ಎಂಎಂ-ಆಧಾರಿತ ಹೋಮೋಲಜಿ ಹುಡುಕಾಟಗಳು ಬ್ಲಾಸ್ಟ್-ಆಧಾರಿತ ವಿಧಾನಗಳಿಗಿಂತ ಹೆಚ್ಚು ನಿಖರವಾಗಿದ್ದರೂ, ಅವುಗಳ ನಿಧಾನಗತಿಯ ವೇಗವು ಅವುಗಳ ಅನ್ವಯವನ್ನು ಸೀಮಿತಗೊಳಿಸಿತು. ಮುಖ್ಯ ಕಾರ್ಯಕ್ಷಮತೆಯ ಲಾಭವು ಹ್ಯೂರಿಸ್ಟಿಕ್ ಫಿಲ್ಟರ್ನಿಂದಾಗಿರುತ್ತದೆ, ಇದು ಕ್ವೆರಿ ಪ್ರೊಫೈಲ್ಗೆ ಡೇಟಾಬೇಸ್ ಅನುಕ್ರಮಗಳಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚಿನ-ಸ್ಕೋರಿಂಗ್ ಅನ್-ಗ್ಯಾಪ್ ಮಾಡಲಾದ ಹೊಂದಾಣಿಕೆಗಳನ್ನು ಕಂಡುಕೊಳ್ಳುತ್ತದೆ. ಈ ಶೋಧಕವು ನಿಖರತೆಯ ಮೇಲೆ ಕಡಿಮೆ ಪರಿಣಾಮ ಬೀರುವ ಬ್ಲಾಸ್ಟ್ಗೆ ಹೋಲಿಸಬಹುದಾದ ಗಣನೆಯ ಸಮಯಕ್ಕೆ ಕಾರಣವಾಗುತ್ತದೆ. ಕಾರ್ಯಕ್ಷಮತೆಯಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ಲಾಭಗಳು ಇ-ಮೌಲ್ಯಗಳನ್ನು ಅಂದಾಜು ಮಾಡಲು ಯಾವುದೇ ಮಾಪನಾಂಕ ನಿರ್ಣಯದ ಅಗತ್ಯವಿಲ್ಲದ ಲಾಗ್-ಲೈಕ್ಲಿಹುಡ್ ಮಾದರಿಯ ಕಾರಣದಿಂದಾಗಿ ಮತ್ತು ಏಕರೂಪದ ಅನುಕ್ರಮದ ಮಹತ್ವವನ್ನು ಲೆಕ್ಕಾಚಾರ ಮಾಡಲು ಹೆಚ್ಚು ನಿಖರವಾದ ಫಾರ್ವರ್ಡ್ ಸ್ಕೋರ್ಗಳನ್ನು ಬಳಸಲು ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ. ಡಿಎನ್ಎ-ಆಧಾರಿತ ಹುಡುಕಾಟಗಳ ವೇಗದಲ್ಲಿ ಎಚ್ಎಂಎಂಇಆರ್ ಇನ್ನೂ ಬ್ಲಾಸ್ಟ್ಗಿಂತ ಹಿಂದುಳಿದಿದೆ; ಆದಾಗ್ಯೂ, ಡಿಎನ್ಎ-ಆಧಾರಿತ ಹುಡುಕಾಟಗಳನ್ನು ನಿಖರತೆಯ ವೆಚ್ಚದಲ್ಲಿ ವೇಗದಲ್ಲಿ ಸುಧಾರಣೆ ಬರುವ ರೀತಿಯಲ್ಲಿ ಟ್ಯೂನ್ ಮಾಡಬಹುದು. ರಿಮೋಟ್ ಹೋಮೋಲಜಿ ಸರ್ಚಿಂಗ್ನಲ್ಲಿ ಸುಧಾರಣೆಗಳು ಸಂಭವನೀಯ ಜೋಡಣೆಗಳ ವ್ಯಾಪ್ತಿಯಲ್ಲಿ ಸಂಯೋಜಿಸಲಾದ ಫಲಿತಾಂಶಗಳ ಮಹತ್ವವನ್ನು ಲೆಕ್ಕಾಚಾರ ಮಾಡುವ ವಿಧಾನದ ಅಭಿವೃದ್ಧಿಯಿಂದ ವೇಗದಲ್ಲಿ ಪ್ರಮುಖ ಪ್ರಗತಿ ಸಾಧ್ಯವಾಯಿತು. ದೂರಸ್ಥ ಹೋಮೋಲಾಗ್ಗಳನ್ನು ಕಂಡುಹಿಡಿಯುವಲ್ಲಿ, ಕ್ವೆರಿ ಮತ್ತು ಹಿಟ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳ ನಡುವಿನ ಜೋಡಣೆಗಳು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಬಹಳ ಅನಿಶ್ಚಿತವಾಗಿರುತ್ತವೆ. ಹೆಚ್ಚಿನ ಅನುಕ್ರಮ ಜೋಡಣೆ ಸಾಧನಗಳು ಅತ್ಯುತ್ತಮ ಸ್ಕೋರಿಂಗ್ ಜೋಡಣೆಯನ್ನು ಮಾತ್ರ ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಪಂದ್ಯದ ಅಂಕಗಳನ್ನು ಲೆಕ್ಕ ಹಾಕುತ್ತವೆಯಾದರೂ, ಯಾವ ಜೋಡಣೆಯು ಅತ್ಯುತ್ತಮವಾದುದು ಎಂಬ ಅನಿಶ್ಚಿತತೆಯನ್ನು ಗಣನೆಗೆ ತೆಗೆದುಕೊಳ್ಳಲು ಎಚ್ಎಂಎಂಇಆರ್3 ಎಲ್ಲಾ ಸಂಭಾವ್ಯ ಜೋಡಣೆಗಳಲ್ಲಿ ಸಂಯೋಜಿಸುವ ಮೂಲಕ ಪಂದ್ಯದ ಅಂಕಗಳನ್ನು ಲೆಕ್ಕ ಹಾಕುತ್ತದೆ. ಎಚ್ಎಂಎಂಇಆರ್ ಅನುಕ್ರಮ ಜೋಡಣೆಗಳು ಹಿಂಭಾಗದ ಸಂಭವನೀಯತೆಯ ಟಿಪ್ಪಣಿಗಳೊಂದಿಗೆ ಇರುತ್ತವೆ, ಇದು ಜೋಡಣೆಯ ಯಾವ ಭಾಗಗಳಿಗೆ ಹೆಚ್ಚಿನ ವಿಶ್ವಾಸವನ್ನು ನೀಡಲಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ಯಾವುದು ಹೆಚ್ಚು ಅನಿಶ್ಚಿತವಾಗಿದೆ ಎಂಬುದನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ. ಡಿಎನ್ಎ ಅನುಕ್ರಮ ಹೋಲಿಕೆ ಡಿಎನ್ಎ/ಡಿಎನ್ಎ ಹೋಲಿಕೆ ಸಾಧನಗಳ ಸೇರ್ಪಡೆಯು ಎಚ್ಎಂಎಂಇಆರ್3ನಲ್ಲಿ ಒಂದು ಪ್ರಮುಖ ಸುಧಾರಣೆಯಾಗಿದೆ. HMMER2 ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಹೋಲಿಸಲು ಮಾತ್ರ ಕಾರ್ಯವನ್ನು ಹೊಂದಿತ್ತು. ಸ್ಥಳೀಯ ಜೋಡಣೆಗಳಿಗೆ ನಿರ್ಬಂಧ HMMER2 ಸ್ಥಳೀಯ ಜೋಡಣೆ (ಗುರಿಯ ಅನುಕ್ರಮಕ್ಕೆ ಸಂಪೂರ್ಣ ಮಾದರಿಯನ್ನು ಜೋಡಿಸುವುದು) ಮತ್ತು ಜಾಗತಿಕ ಜೋಡಣೆಯನ್ನು (ಸಂಪೂರ್ಣ ಮಾದರಿಯನ್ನು ಸಂಪೂರ್ಣ ಗುರಿ ಅನುಕ್ರಮಕ್ಕೆ ಜೋಡಿಸುವುದು) ನಿರ್ವಹಿಸಬಹುದಾದರೂ, HMMER3 ಸ್ಥಳೀಯ ಜೋಡಣೆಯನ್ನು ಮಾತ್ರ ನಿರ್ವಹಿಸುತ್ತದೆ. ಹೊಸ ಅಲ್ಗಾರಿದಮ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಸ್ಥಳೀಯ/ಜಾಗತಿಕ ಜೋಡಣೆಗಳನ್ನು ಮಾಡುವಾಗ ಹಿಟ್ಗಳ ಮಹತ್ವವನ್ನು ಲೆಕ್ಕಾಚಾರ ಮಾಡುವಲ್ಲಿನ ತೊಂದರೆ ಈ ನಿರ್ಬಂಧಕ್ಕೆ ಕಾರಣವಾಗಿದೆ. ಹಿಡನ್ ಮಾರ್ಕೋವ್ ಮಾದರಿ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಅಲೈನ್ಮೆಂಟ್ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ಪ್ಫಾಮ್ ಯುಜೀನ್ ಅನ್ನು ಸಹ ನೋಡಿ ಪ್ರೊಫೈಲ್ ಎಚ್ಎಂಎಂ ವಿಧಾನಗಳ ಹಲವಾರು ಅನುಷ್ಠಾನಗಳು ಮತ್ತು ಸಂಬಂಧಿತ ಸ್ಥಾನ-ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಸ್ಕೋರಿಂಗ್ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ ವಿಧಾನಗಳು ಲಭ್ಯವಿವೆ. ಕೆಲವನ್ನು ಕೆಳಗೆ ಪಟ್ಟಿ ಮಾಡಲಾಗಿದೆಃ ಎಚ್. ಎಚ್.-ಸೂಟ್ ಎಸ್. ಎ. ಎಂ. ಪಿ. ಎಸ್. ಐ.-ಬ್ಲಾಸ್ಟ್ ಎಂ. ಎಂ. ಎಸ್. ಇ. ಕ್ಯು. ಎಸ್. 2 ಪಿ. ಎಫ್. ಟಿ. ಓ. ಓ. ಓ. ಎಲ್. ಗಳು ಜೆನೆವೈಸ್ ಪ್ರೊಬ್ ಮೆಟಾ-ಎಮ್. ಇ. ಎಂ. ಇ. ಬ್ಲಾಕ್ಗಳು ಜಿ. ಪಿ. ಯು.-ಎಚ್. ಎಂ. ಎಂ. ಇ. ಆರ್. ಡೆಸಿಫರ್ ಎಚ್. ಎಂ. ಎಂ. ಉಲ್ಲೇಖಗಳು ಬಾಹ್ಯ ಕೊಂಡಿಗಳು ಎಚ್. ಎಂ. ಎಂ. ಇ. ಆರ್. 3 ಪ್ರಕಟಣೆ ಟ್ರೇಡ್ಮಾರ್ಕ್, ಹಕ್ಕುಸ್ವಾಮ್ಯ, ಪೇಟೆಂಟ್ಗಳು ಮತ್ತು ಪರವಾನಗಿ ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ಕುರಿತು ಎಚ್. ಎಂ. ಎಂ. ಇ. ಆರ್ ನೀತಿಯ ಮೇಲೆ ಬ್ಲಾಗ್ ಪೋಸ್ಟ್ ಮಾಡುವ ಉಚಿತ ವಿಜ್ಞಾನ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ಸಿ ಕಂಪ್ಯೂಟೇಶನಲ್ ವಿಜ್ಞಾನದಲ್ಲಿ ಪ್ರೋಗ್ರಾಮ್ ಮಾಡಲಾದ ಉಚಿತ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್