XYZ file format
XYZ ಕಡತದ ಸ್ವರೂಪವು ರಾಸಾಯನಿಕ ಕಡತದ ಸ್ವರೂಪವಾಗಿದೆ. ಯಾವುದೇ ಔಪಚಾರಿಕ ಮಾನದಂಡವಿಲ್ಲ ಮತ್ತು ಹಲವಾರು ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳು ಅಸ್ತಿತ್ವದಲ್ಲಿವೆ, ಆದರೆ ಒಂದು ವಿಶಿಷ್ಟವಾದ XYZ ಸ್ವರೂಪವು ಕಾರ್ಟೇಶಿಯನ್ ನಿರ್ದೇಶಾಂಕಗಳೊಂದಿಗೆ ಪರಮಾಣುಗಳ ಸಂಖ್ಯೆಯನ್ನು ನೀಡುವ ಮೂಲಕ ಅಣುವಿನ ರೇಖಾಗಣಿತವನ್ನು ನಿರ್ದಿಷ್ಟಪಡಿಸುತ್ತದೆ, ಅದನ್ನು ಮೊದಲ ಸಾಲಿನಲ್ಲಿ ಓದಲಾಗುತ್ತದೆ, ಎರಡನೆಯದರ ಮೇಲೆ ಒಂದು ಟಿಪ್ಪಣಿ ಮತ್ತು ಕೆಳಗಿನ ಸಾಲುಗಳಲ್ಲಿ ಪರಮಾಣು ನಿರ್ದೇಶಾಂಕಗಳ ಸಾಲುಗಳನ್ನು ನೀಡಲಾಗುತ್ತದೆ. ಜ್ಯಾಮಿತಿಗಳನ್ನು ಆಮದು ಮಾಡಿಕೊಳ್ಳಲು ಮತ್ತು ರಫ್ತು ಮಾಡಲು ಕಂಪ್ಯೂಟೇಶನಲ್ ಕೆಮಿಸ್ಟ್ರಿ ಪ್ರೋಗ್ರಾಂಗಳಲ್ಲಿ ಕಡತದ ಸ್ವರೂಪವನ್ನು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಘಟಕಗಳು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಆಂಗ್ಟ್ರೋಮ್ಗಳಲ್ಲಿರುತ್ತವೆ. ಕೆಲವು ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳಲ್ಲಿ ಪರಮಾಣು ಚಿಹ್ನೆಗಳ ಬದಲಿಗೆ ಪರಮಾಣು ಸಂಖ್ಯೆಗಳನ್ನು ಬಳಸುವುದು ಅಥವಾ ಕಾಮೆಂಟ್ ಲೈನ್ ಅನ್ನು ಬಿಟ್ಟುಬಿಡುವುದು ಸೇರಿವೆ. XYZ ಸ್ವರೂಪವನ್ನು ಬಳಸುವ ಕಡತಗಳು ಸಾಂಪ್ರದಾಯಿಕವಾಗಿ ವಿಸ್ತರಣೆಯನ್ನು ಹೊಂದಿರುತ್ತವೆ. . xyz ಕಡತದ ಸ್ವರೂಪವು ಈ ಕೆಳಗಿನಂತಿರುತ್ತದೆಃ <ಪರಮಾಣುಗಳ ಸಂಖ್ಯೆ> ಕಾಮೆಂಟ್ ಲೈನ್ <ಅಂಶ> <X> <Y> <Z>. XYZ ಕಡತದ ಸ್ವರೂಪದಲ್ಲಿ ಸಂಪರ್ಕ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಸ್ಪಷ್ಟವಾಗಿ ಸೂಚಿಸುವ ಬದಲು ಸೂಚಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. XYZ (XMolನ ಭಾಗ) ದ ಮುಖ್ಯ ಪುಟದ ಪ್ರಕಾರ, XYZ ಸ್ವರೂಪವು ಸಂಪರ್ಕ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಹೊಂದಿಲ್ಲ ಎಂಬುದನ್ನು ಗಮನಿಸಿ. ಈ ಉದ್ದೇಶಪೂರ್ವಕ ಲೋಪವು ಹೆಚ್ಚಿನ ನಮ್ಯತೆಯನ್ನು ನೀಡುತ್ತದೆಃ XYZ ಕಡತವನ್ನು ರಚಿಸಲು, ಅಣುವಿನ ಬಂಧಗಳು ಎಲ್ಲಿವೆ ಎಂಬುದನ್ನು ನೀವು ತಿಳಿದುಕೊಳ್ಳಬೇಕಾಗಿಲ್ಲ; ಅದರ ಪರಮಾಣುಗಳು ಎಲ್ಲಿವೆ ಎಂಬುದನ್ನು ನೀವು ತಿಳಿದುಕೊಳ್ಳಬೇಕು. ಸಂಪರ್ಕ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು XYZ ಕಡತಗಳಿಗೆ ಸ್ವಯಂಚಾಲಿತವಾಗಿ ಉತ್ಪಾದಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ ಏಕೆಂದರೆ ಅವುಗಳನ್ನು XMol-ಸಂಬಂಧಿತ ಅಪ್ಲಿಕೇಶನ್ಗಳಲ್ಲಿ ಓದಲಾಗುತ್ತದೆ. ಸಂಕ್ಷಿಪ್ತವಾಗಿ ಹೇಳುವುದಾದರೆ, ಎರಡು ಪರಮಾಣುಗಳ ನಡುವಿನ ಅಂತರವು ಅವುಗಳ ಕೋವೆಲೆಂಟ್ ತ್ರಿಜ್ಯಗಳ ಮೊತ್ತಕ್ಕಿಂತ ಕಡಿಮೆಯಿದ್ದರೆ, ಅವುಗಳನ್ನು ಬಂಧವೆಂದು ಪರಿಗಣಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಉದಾಹರಣೆ 11 ಸಿ-0.180226841 0.360945118-1.120304970 ಸಿ-0.180226841 1.559292118-0.407860970 ಸಿ-0.180226841 1.503191118 0.986935030 ಎನ್-0.180226841-0.781300882 0.986935030 ಸಿ-0.180226841-0.837401882-0.407860970 ಎಚ್-0.180226841 0.360945118-2.206546970 ಎಚ್-0.180226841 2.517950118-0.917077970 ಎಚ್-0.180226841 2.421289118 1.572099030 ಎಚ್-0.180226841 ಈ ಕೆಳಗಿನವು m ಅನುಕ್ರಮ ಸ್ನ್ಯಾಪ್ಶಾಟ್ಗೆ ಅನಿಮೇಷನ್ ಆಗಿ ನಿರೂಪಿಸಬಹುದಾದ xyz ಸ್ವರೂಪದ ಒಂದು ಉದಾಹರಣೆಯಾಗಿದೆಃ <ಪರಮಾಣುಗಳ ಸಂಖ್ಯೆ> ಕಾಮೆಂಟ್ ಲೈನ್ ಪರಮಾಣು _ ಚಿಹ್ನೆ 11 x-ನಿರ್ದೇಶಾಂಕ 11 y-ನಿರ್ದೇಶಾಂಕ 11 z-ನಿರ್ದೇಶಾಂಕ 11 ಪರಮಾಣು _ ಚಿಹ್ನೆ 12 x-ನಿರ್ದೇಶಾಂಕ 12 y-ನಿರ್ದೇಶಾಂಕ 12 z-ನಿರ್ದೇಶಾಂಕ 12. ಪರಮಾಣು _ ಚಿಹ್ನೆ 1n x-ನಿರ್ದೇಶಾಂಕ 1n y-ನಿರ್ದೇಶಾಂಕ 1n z-ನಿರ್ದೇಶಾಂಕ 1n <ಪರಮಾಣುಗಳ ಸಂಖ್ಯೆ> ಕಾಮೆಂಟ್ ಲೈನ್ ಪರಮಾಣು _ ಚಿಹ್ನೆ 21 x-ನಿರ್ದೇಶಾಂಕ 21 y-ನಿರ್ದೇಶಾಂಕ 21 z-ನಿರ್ದೇಶಾಂಕ 21 ಪರಮಾಣು _ ಚಿಹ್ನೆ 22 x-ನಿರ್ದೇಶಾಂಕ 22 y-ನಿರ್ದೇಶಾಂಕ 22 z-ನಿರ್ದೇಶಾಂಕ 22. ಪರಮಾಣು _ ಚಿಹ್ನೆ 2n x-ನಿರ್ದೇಶಾಂಕ 2n y-ನಿರ್ದೇಶಾಂಕ .. .. <ಪರಮಾಣುಗಳ ಸಂಖ್ಯೆ> ಕಾಮೆಂಟ್ ಲೈನ್ ಪರಮಾಣು _ ಚಿಹ್ನೆ m1 x-ನಿರ್ದೇಶಾಂಕ 1 y-ನಿರ್ದೇಶಾಂಕ 1 z-ನಿರ್ದೇಶಾಂಕ 1 ಪರಮಾಣು _ ಸಂಕೇತ m2 x-ನಿರ್ದೇಶಾಂಕ 2 y-ನಿರ್ದೇಶಾಂಕ 2 z-ನಿರ್ದೇಶಾಂಕ 2. ಪರಮಾಣು _ ಸಂಕೇತ mn x-ನಿರ್ದೇಶಾಂಕ y-ನಿರ್ದೇಶಾಂಕ z-ನಿರ್ದೇಶಾಂಕ xyz ಮಾನದಂಡವು ನಂತರದ ಸ್ನ್ಯಾಪ್ಶಾಟ್ಗಳಲ್ಲಿ ಪರಮಾಣುಗಳ ಸಂಖ್ಯೆ ಅಥವಾ ರಾಸಾಯನಿಕ ಸ್ವರೂಪವು ಒಂದೇ ಆಗಿರಬೇಕಾಗಿಲ್ಲ ಎಂಬುದನ್ನು ಗಮನಿಸಿ, ಇದು ಅನಿಮೇಷನ್ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಪರಮಾಣುಗಳು ಕಣ್ಮರೆಯಾಗಲು ಅಥವಾ ವೀಕ್ಷಣೆಯ ಕ್ಷೇತ್ರಕ್ಕೆ ಬರಲು ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ. ಎಕ್ಸ್ಟೆಂಡೆಡ್ XYZ ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್ ಎಕ್ಸ್ಟೆಂಡೆಡ್ XYZ ಫೈಲ್ ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್ ರೆಫರೆನ್ಸಸ್ ಕೆಮಿಕಲ್ ಫೈಲ್ ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟ್ಗಳನ್ನು ಸಹ ನೋಡಿ.