The Proteolysis Map
ಪ್ರೋಟಿಯೋಲಿಸಿಸ್ ಎಂಎಪಿ (ಪಿಎಂಎಪಿ) ಪ್ರೋಟಿಯೇಸ್ಗಳ ಮೇಲೆ ಕೇಂದ್ರೀಕರಿಸಿದ ಸಮಗ್ರ ವೆಬ್ ಸಂಪನ್ಮೂಲವಾಗಿದೆ. ಇದರ ಡೊಮೇನ್ ಈಗ ಸ್ಕ್ಯಾಮ್/ಸ್ಪ್ಯಾಮ್ ಬ್ರೌಸರ್ ಎಕ್ಸ್ಟೆಂಡರ್ಗೆ ಸಂಪರ್ಕ ಹೊಂದಿದೆ. ಪ್ರೋಟಿಯೋಲೈಟಿಕ್ ಜಾಲಗಳು ಮತ್ತು ಚಯಾಪಚಯ ಮಾರ್ಗಗಳ ಬಗ್ಗೆ ತಾರ್ಕಿಕವಾಗಿ ಪ್ರೋಟೀಸ್ ಸಂಶೋಧಕರಿಗೆ ಸಹಾಯ ಮಾಡಲು ರೇಷನಲ್ ಪಿಎಂಎಪಿ ಅನ್ನು ವಿನ್ಯಾಸಗೊಳಿಸಲಾಗಿದೆ. ಕ್ಯಾಲಿಫೋರ್ನಿಯಾದ ಲಾ ಜೊಲ್ಲಾದಲ್ಲಿರುವ ಬರ್ನ್ಹ್ಯಾಮ್ ಇನ್ಸ್ಟಿಟ್ಯೂಟ್ ಫಾರ್ ಮೆಡಿಕಲ್ ರಿಸರ್ಚ್ನಲ್ಲಿ ಇತಿಹಾಸ ಮತ್ತು ಧನಸಹಾಯ ಪಿಎಂಎಪಿಯನ್ನು ಮೂಲತಃ ರಚಿಸಲಾಯಿತು. 2004ರಲ್ಲಿ ನ್ಯಾಷನಲ್ ಇನ್ಸ್ಟಿಟ್ಯೂಟ್ ಆಫ್ ಹೆಲ್ತ್ (ಎನ್ಐಎಚ್) ಜೆಫ್ರಿ ಡಬ್ಲ್ಯೂ. ಸ್ಮಿತ್ ನೇತೃತ್ವದ ತಂಡವನ್ನು ಸೆಂಟರ್ ಆನ್ ಪ್ರೋಟಿಯೋಲಿಟಿಕ್ ಪಾಥ್ವೇಸ್ (ಸಿಪಿಪಿ) ಅನ್ನು ಸ್ಥಾಪಿಸಲು ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡಿತು. ಬಯೋಮೆಡಿಕಲ್ ಸಂಶೋಧನೆಗಾಗಿ ಎನ್ಐಎಚ್ ಮಾರ್ಗಸೂಚಿಯ ಭಾಗವಾಗಿ, ಕೇಂದ್ರವು ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳ ನಡವಳಿಕೆಯನ್ನು ಅಧ್ಯಯನ ಮಾಡಲು ಮತ್ತು ಆ ಜ್ಞಾನವನ್ನು ದೊಡ್ಡ ಪ್ರಮಾಣದಲ್ಲಿ ವೈಜ್ಞಾನಿಕ ಸಮುದಾಯಕ್ಕೆ ವಿತರಿಸಲು ತಂತ್ರಜ್ಞಾನವನ್ನು ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸುತ್ತದೆ. ಫೋಕಲ್ ಪಾಯಿಂಟ್ ಪ್ರೋಟಿಯೇಸ್ಗಳು ಕಿಣ್ವಗಳ ಒಂದು ವರ್ಗವಾಗಿದ್ದು, ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳಲ್ಲಿನ ಪೆಪ್ಟೈಡ್ ಬಂಧಗಳನ್ನು ಬೇರ್ಪಡಿಸುವ ಮೂಲಕ ಜೀವಕೋಶದ ಒಳಗೆ ಮತ್ತು ಹೊರಗೆ ಮಾನವ ದೇಹದಲ್ಲಿ ಏನಾಗುತ್ತದೆ ಎಂಬುದನ್ನು ನಿಯಂತ್ರಿಸುತ್ತದೆ. ಈ ಚಟುವಟಿಕೆಯ ಮೂಲಕ, ಅವು ನಾಲ್ಕು ಅಗತ್ಯ ಜೀವಕೋಶದ ಕಾರ್ಯಗಳನ್ನು ನಿಯಂತ್ರಿಸುತ್ತವೆಃ ವ್ಯತ್ಯಾಸ, ಚಲನಶೀಲತೆ, ವಿಭಜನೆ ಮತ್ತು ಜೀವಕೋಶದ ಸಾವು-ಮತ್ತು ರಕ್ತ ಹೆಪ್ಪುಗಟ್ಟುವಿಕೆಯಲ್ಲಿ ಜೀವರಾಸಾಯನಿಕ ಕ್ಯಾಸ್ಕೇಡ್ ಪರಿಣಾಮದಂತಹ ಪ್ರಮುಖ ಬಾಹ್ಯಕೋಶೀಯ ಪ್ರಸಂಗಗಳನ್ನು ಸಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸುತ್ತವೆ. ಅವರಿಲ್ಲದೇ ಜೀವನ ನಡೆಯಲು ಸಾಧ್ಯವಿಲ್ಲ. ಪ್ರೋಟಿಯೇಸ್ಗಳಿಗೆ (ಪೆಪ್ಟಿಡೇಸ್ ಎಂದೂ ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ) ವ್ಯಾಪಕವಾದ ಆನ್-ಲೈನ್ ವರ್ಗೀಕರಣ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯನ್ನು ಮೆರೋಪ್ಸ್ ದತ್ತಸಂಚಯದಲ್ಲಿ ಸಂಗ್ರಹಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಗೋಲ್ ಪ್ರೋಟಿಯೋಲಿಟಿಕ್ ಮಾರ್ಗಗಳು, ಅಥವಾ ಪ್ರೋಟಿಯೋಲಿಸಿಸ್, ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಪ್ರಚೋದಕಗಳಿಗೆ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಯಾಗಿ ಸಂಭವಿಸುವ ಪ್ರೋಟಿಯೇಸ್ಗಳಿಂದ ನಿಯಂತ್ರಿಸಲ್ಪಡುವ ಘಟನೆಗಳ ಸರಣಿಗಳಾಗಿವೆ. ರಕ್ತ ಹೆಪ್ಪುಗಟ್ಟುವಿಕೆ ಮತ್ತು ಇನ್ಸುಲಿನ್ ಉತ್ಪಾದನೆಯನ್ನು ಪ್ರೋಟಿಯೋಲೈಟಿಕ್ ಮಾರ್ಗಗಳೆಂದು ಪರಿಗಣಿಸಬಹುದು. ಪ್ರೋಟೀನ್ನ ಸಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸುವಿಕೆ, ನಿಯಂತ್ರಣ ಮತ್ತು ಪ್ರತಿಬಂಧವು ಬದಲಾಗುತ್ತಿರುವ ಗ್ಲುಕೋಸ್ ಮಟ್ಟಗಳಿಗೆ ಪ್ರೋಟಿಯೇಸ್ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಗಳು ಮತ್ತು ಕೆಳಮುಖವಾಗಿ ಇತರ ಪ್ರೋಟಿಯೇಸ್ಗಳನ್ನು ಪ್ರಚೋದಿಸುತ್ತದೆ. ಡೇಟಾಬೇಸ್ ವಿಷಯ ಪಿಎಂಎಪಿ ಐದು ಡೇಟಾಬೇಸ್ಗಳನ್ನು ಸಂಯೋಜಿಸುತ್ತದೆ. ಪ್ರೋಟಿಯೇಸ್ ಡಿಬಿ ಮತ್ತು ಸಬ್ಸ್ಟ್ರೇಟ್ ಡಿಬಿ, ಆಣ್ವಿಕ ಮಾಹಿತಿಯಿಂದ ಸಮೃದ್ಧವಾಗಿರುವ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ 'ಅಣು ಪುಟಗಳನ್ನು' ಉತ್ಪಾದಿಸುವ ಸ್ವಯಂಚಾಲಿತ ಟಿಪ್ಪಣಿ ಪೈಪ್ಲೈನ್ನಿಂದ ನಡೆಸಲ್ಪಡುತ್ತವೆ. ಕಟ್ ಡಿಬಿ 6,600 ಕ್ಕೂ ಹೆಚ್ಚು ಪ್ರೋಟಿಯೋಲೈಟಿಕ್ ಘಟನೆಗಳ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ, ಮತ್ತು ಪ್ರೊಫೈಲ್ ಡಿಬಿ ಪ್ರೋಟಿಯೇಸ್ಗಳ ತಲಾಧಾರ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆಯ ನಿರ್ದಿಷ್ಟತೆಯ ಮಾಹಿತಿಗೆ ಮೀಸಲಾಗಿದೆ. ಪಾಥ್ವೇ ಡಿಬಿ ಚಯಾಪಚಯ ಮಾರ್ಗಗಳ ಶೇಖರಣೆಯನ್ನು ಪ್ರಾರಂಭಿಸಿದೆ, ಅದರ ಕಾರ್ಯವನ್ನು ನಿಯಮ-ಆಧಾರಿತ ರೀತಿಯಲ್ಲಿ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕವಾಗಿ ರೂಪಿಸಬಹುದು. ಕಾಲ್ಪನಿಕ ಜಾಲಗಳನ್ನು ಸಾಹಿತ್ಯದಿಂದ ಅರೆ-ಸ್ವಯಂಚಾಲಿತವಾಗಿ ತೆಗೆದುಹಾಕುವಿಕೆಯಿಂದ ಊಹಿಸಲಾಗಿದೆ. ಪ್ರೋಟಿಯೇಸ್ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ಉಪಕರಣಗಳು ಪ್ರತ್ಯೇಕ ಪ್ರೋಟಿಯೇಸ್ಗಳು ಮತ್ತು ಪ್ರೋಟಿಯೋಮ್-ವೈಡ್ ಡೇಟಾಸೆಟ್ಗಳನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಲು ಸಹಾಯ ಮಾಡಬಹುದು. ಪ್ರೋಟಿಯೇಸ್ ಮಾಲಿಕ್ಯೂಲ್ ಪುಟಗಳು ಮತ್ತು ಸಬ್ಸ್ಟ್ರೇಟ್ ಮಾಲಿಕ್ಯೂಲ್ ಪುಟಗಳು ಪಿಎಂಎಪಿಯ ಜನಪ್ರಿಯ ತಾಣಗಳಾಗಿವೆ. ಪ್ರೋಟೀಸ್ ಮಾಲಿಕ್ಯೂಲ್ ಪುಟಗಳು ಪ್ರೋಟೀಸ್ನ ಪಬ್ಮೆಡ್ ಸಾಹಿತ್ಯದಲ್ಲಿ ಇತ್ತೀಚಿನ ಸುದ್ದಿಗಳನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತವೆ, ತಿಳಿದಿರುವ ಪ್ರೋಟೀಲಿಟಿಕ್ ಘಟನೆಗಳು, ಪ್ರೋಟೀನ್ ಡೊಮೇನ್ ಸ್ಥಳ ಮತ್ತು ಪ್ರೋಟೀನ್ ರಚನೆಯ ನೋಟ, ಜೊತೆಗೆ ಇತರ ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ ಡೇಟಾಬೇಸ್ಗಳ ವಿಭಾಗದಲ್ಲಿ ಅಡ್ಡ ಟಿಪ್ಪಣಿಗಳನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತವೆ. ಸಬ್ಸ್ಟ್ರೇಟ್ ಮಾಲಿಕ್ಯೂಲ್ ಪುಟಗಳು ಪ್ರೋಟೀನ್ ಡೊಮೇನ್ಗಳನ್ನು ಪ್ರದರ್ಶಿಸುತ್ತವೆ ಮತ್ತು ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಆಸಕ್ತಿಯ ಗುರಿಗಾಗಿ ಪ್ರಾಯೋಗಿಕವಾಗಿ ಪಡೆದ ಪ್ರೋಟೀಸ್ ಕಟ್-ಸೈಟ್ಗಳನ್ನು ಪ್ರದರ್ಶಿಸುತ್ತವೆ. ಸೈಟೋಸ್ಕೇಪ್ ಕಂಪ್ಯೂಟೇಶನಲ್ ಜೀನೋಮಿಕ್ಸ್ ಮೆಟಾಬಾಲಿಕ್ ನೆಟ್ವರ್ಕ್ ಮಾಡೆಲಿಂಗ್ ಪ್ರೋಟೀನ್-ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸಂವಹನ ಮುನ್ಸೂಚನೆ ಉಲ್ಲೇಖಗಳು ಬಾಹ್ಯ ಕೊಂಡಿಗಳು ಅಧಿಕೃತ ವೆಬ್ಸೈಟ್ ಪ್ರೋಟಿಯೋಲಿಸಿಸ್ ಕಟ್ ಸೈಟ್ ಡೇಟಾಬೇಸ್-ಬಳಕೆದಾರರಿಂದ ಕ್ಯುರೇಟೆಡ್ ಎಕ್ಸ್ಪರ್ಟ್ ಟಿಪ್ಪಣಿ ಪ್ರೊಟೀಸ್ ಕಟ್ ಸೈಟ್ಗಳ ಗ್ರಾಫಿಕಲ್ ಇಂಟರ್ಫೇಸ್ ಪ್ರೊಟೀಸ್ ಕಟಿಂಗ್ ಪ್ರಿಡಿಕ್ಟರ್ ಮೆರೋಪ್ಸ್-ಪೆಪ್ಟಿಡೇಸ್ ಡೇಟಾಬೇಸ್ ಮಾಲಿಕ್ಯುಲರ್ ಬಯಾಲಜಿ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ಸಿಸ್ಟಮ್ಸ್ ಬಯೋಲಾಜಿಕಲ್ ಡೇಟಾಬೇಸ್ಗಳು ಬಯೋಲಾಜಿಕಲ್ ಬಯಾಲಜಿ ಸಿಸ್ಟಮ್ಸ್ ಬಯೋಲಾಜಿಕಲ್ ಬಯಾಲಜಿ ಮ್ಯಾಥಮೆಟಿಕಲ್ ಮತ್ತು ಥಿಯೊರೆಟಿಕಲ್ ಬಯಾಲಜಿ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಡೊಮೇನ್ಗಳು ಪ್ರೋಟೀನ್ ಕುಟುಂಬಗಳು ಪೆರಿಫೆರಲ್ ಮೆಂಬ್ರೇನ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳು ಪೋಸ್ಟ್-ಟ್ರಾನ್ಸ್ಲೇಶನಲ್ ಮಾರ್ಪಾಡು ಪ್ರೊಗ್ರಾಮ್ಡ್ ಸೆಲ್ ಡೆತ್ ಅಪೊಪ್ಟೋಸಿಸ್