RAPTOR (software)
ರಾಪ್ಟರ್ ಎಂಬುದು ಪ್ರೋಟೀನ್ ರಚನೆಯ ಮುನ್ಸೂಚನೆಗಾಗಿ ಬಳಸಲಾಗುವ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಥ್ರೆಡಿಂಗ್ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ಆಗಿದೆ. ಇದನ್ನು ರಾಪ್ಟರ್ಎಕ್ಸ್ನಿಂದ ಬದಲಾಯಿಸಲಾಗಿದೆ, ಇದು ರಾಪ್ಟರ್ಗಿಂತ ಹೆಚ್ಚು ನಿಖರವಾಗಿದೆ. ಪ್ರೋಟೀನ್ ಥ್ರೆಡಿಂಗ್ ವರ್ಸಸ್ ಹೋಮೋಲಜಿ ಮಾಡೆಲಿಂಗ್ ತಂತ್ರಗಳ ಹೋಲಿಕೆ ಪ್ರೋಟೀನ್ನ ರಚನೆಯನ್ನು ಪರಿಹರಿಸಲು ಪ್ರಯತ್ನಿಸುತ್ತಿರುವ ಸಂಶೋಧಕರು ತಮ್ಮ ಅಧ್ಯಯನವನ್ನು ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅನುಕ್ರಮಕ್ಕಿಂತ ಸ್ವಲ್ಪ ಹೆಚ್ಚಿನದರೊಂದಿಗೆ ಪ್ರಾರಂಭಿಸುತ್ತಾರೆ. ಆರಂಭಿಕ ಹಂತಗಳು ಪ್ರೋಟೀನ್ ಡೇಟಾ ಬ್ಯಾಂಕ್ (ಪಿ. ಡಿ. ಬಿ) ನಲ್ಲಿ ತಿಳಿದಿರುವ ರಚನೆಯೊಂದಿಗೆ ಇದೇ ರೀತಿಯ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲು ಪಿ. ಎಸ್. ಐ-ಬ್ಲಾಸ್ಟ್ ಅಥವಾ ಪ್ಯಾಟರ್ನ್ಹಂಟರ್ ಹುಡುಕಾಟವನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರಬಹುದು. ತಿಳಿದಿರುವ ರಚನೆಗಳೊಂದಿಗೆ ಹೆಚ್ಚು ಹೋಲುವ ಅನುಕ್ರಮಗಳಿದ್ದರೆ, ಈ ಪ್ರೋಟೀನ್ನ ರಚನೆಯು ತಿಳಿದಿರುವ ರಚನೆಗಳು ಮತ್ತು ಕಾರ್ಯಗಳಿಗೆ ಹೋಲುತ್ತದೆ ಎಂಬ ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಂಭವನೀಯತೆ ಇರುತ್ತದೆ. ಯಾವುದೇ ಏಕರೂಪತೆ ಕಂಡುಬರದಿದ್ದರೆ, ಸಂಶೋಧಕರು ಎಕ್ಸ್-ರೇ ಸ್ಫಟಿಕಶಾಸ್ತ್ರ ಅಥವಾ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯರ್ ಮ್ಯಾಗ್ನೆಟಿಕ್ ರೆಸೋನೆನ್ಸ್ (ಎನ್ಎಂಆರ್) ಸ್ಪೆಕ್ಟ್ರೋಸ್ಕೋಪಿಯನ್ನು ನಿರ್ವಹಿಸಬೇಕು, ಇವೆರಡಕ್ಕೂ ರಚನೆಯನ್ನು ನೀಡಲು ಗಣನೀಯ ಸಮಯ ಮತ್ತು ಸಂಪನ್ಮೂಲಗಳು ಬೇಕಾಗುತ್ತವೆ. ಈ ತಂತ್ರಗಳು ತುಂಬಾ ದುಬಾರಿಯಾಗಿದ್ದರೆ, ಸಮಯ ತೆಗೆದುಕೊಳ್ಳುವ ಅಥವಾ ವ್ಯಾಪ್ತಿಯಲ್ಲಿ ಸೀಮಿತವಾಗಿದ್ದರೆ, ಸಂಶೋಧಕರು ಪ್ರೋಟೀನ್ನ ಅತ್ಯಂತ ವಿಶ್ವಾಸಾರ್ಹ ಮಾದರಿಯನ್ನು ರಚಿಸಲು ರಾಪ್ಟರ್ನಂತಹ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಥ್ರೆಡಿಂಗ್ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಬಹುದು. ಪ್ರೋಟೀನ್ ಥ್ರೆಡಿಂಗ್ ಹೋಮೋಲಜಿ ಮಾಡೆಲಿಂಗ್ಗಿಂತ ಹೆಚ್ಚು ಪರಿಣಾಮಕಾರಿಯಾಗಿದೆ, ವಿಶೇಷವಾಗಿ ಅನುಕ್ರಮ ಜೋಡಣೆಯಿಂದ ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಬಹುದಾದ ಕೆಲವು ಹೋಮೋಲಾಗ್ಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳಿಗೆ. ಎರಡೂ ವಿಧಾನಗಳು ಮಾದರಿಗಳಿಂದ ಪ್ರೋಟೀನ್ ರಚನೆಯನ್ನು ಊಹಿಸುತ್ತವೆ. ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ನೀಡಿದರೆ, ಪ್ರೋಟೀನ್ ಥ್ರೆಡಿಂಗ್ ಅನುಕ್ರಮ-ರಚನೆಯ ಜೋಡಣೆಯ ಯೋಗ್ಯತೆಯನ್ನು ಅಳೆಯುವ ಸ್ಕೋರಿಂಗ್ ಕಾರ್ಯವನ್ನು ಉತ್ತಮಗೊಳಿಸುವ ಮೂಲಕ ಸ್ಟ್ರಕ್ಚರ್ ಲೈಬ್ರರಿಯಲ್ಲಿನ ಪ್ರತಿ ಟೆಂಪ್ಲೇಟ್ಗೆ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಮೊದಲು ಜೋಡಿಸುತ್ತದೆ (ಥ್ರೆಡ್ಗಳನ್ನು). ರಚನೆಯ ಮಾದರಿಯನ್ನು ನಿರ್ಮಿಸಲು ಆಯ್ದ ಅತ್ಯುತ್ತಮ ಟೆಂಪ್ಲೇಟ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಸಂಪೂರ್ಣವಾಗಿ ಹೋಮೋಲಜಿ ಮಾಹಿತಿಯ (ಅನುಕ್ರಮ ಜೋಡಣೆಗಳು) ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ಟೆಂಪ್ಲೇಟ್ ಅನ್ನು ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡುವ ಹೋಮೋಲಜಿ ಮಾಡೆಲಿಂಗ್ನಂತಲ್ಲದೆ, ಪ್ರೋಟೀನ್ ಥ್ರೆಡಿಂಗ್ನಲ್ಲಿ ಬಳಸುವ ಸ್ಕೋರಿಂಗ್ ಕಾರ್ಯವು ಹೋಮೋಲಜಿ ಮತ್ತು ಸ್ಟ್ರಕ್ಚರ್ ಮಾಹಿತಿ (ಅನುಕ್ರಮ ರಚನೆಯ ಜೋಡಣೆಗಳು) ಎರಡನ್ನೂ ಬಳಸುತ್ತದೆ. ಒಂದು ಅನುಕ್ರಮವು ಯಾವುದೇ ಗಮನಾರ್ಹ ಹೋಲೋಲಜಿ ಅನ್ನು ಹೊಂದಿಲ್ಲದಿದ್ದರೆ, ಈ ಸಂದರ್ಭದಲ್ಲಿ ಹೋಲೋಲಜಿ ಮಾಡೆಲಿಂಗ್ ವಿಶ್ವಾಸಾರ್ಹ ಮುನ್ಸೂಚನೆಯನ್ನು ನೀಡದಿರಬಹುದು. ಹೋಮೋಲಜಿ ಮಾಹಿತಿಯಿಲ್ಲದೆ, ಪ್ರೋಟೀನ್ ಥ್ರೆಡಿಂಗ್ ಇನ್ನೂ ಉತ್ತಮ ಮುನ್ಸೂಚನೆಯನ್ನು ನೀಡಲು ರಚನೆಯ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಬಳಸಬಹುದು. ಬ್ಲಾಸ್ಟ್ನೊಂದಿಗೆ ಉತ್ತಮ ಟೆಂಪ್ಲೇಟ್ ಅನ್ನು ಪಡೆಯುವ ವಿಫಲ ಪ್ರಯತ್ನಗಳು ಆಗಾಗ್ಗೆ ಬಳಕೆದಾರರು ರಾಪ್ಟರ್ ಮೂಲಕ ಫಲಿತಾಂಶಗಳನ್ನು ಸಂಸ್ಕರಿಸಲು ಕಾರಣವಾಗುತ್ತವೆ. ಪೂರ್ಣಾಂಕ ಪ್ರೋಗ್ರಾಮಿಂಗ್ ವರ್ಸಸ್ ಡೈನಾಮಿಕ್ ಪ್ರೋಗ್ರಾಮಿಂಗ್ ರಾಪ್ಟರ್ಗೆ ಪೂರ್ಣಾಂಕ ಪ್ರೋಗ್ರಾಮಿಂಗ್ ವಿಧಾನವು ಇತರ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಥ್ರೆಡಿಂಗ್ ವಿಧಾನಗಳಿಗಿಂತ ಹೆಚ್ಚಿನ ಗುಣಮಟ್ಟದ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸುತ್ತದೆ. ಹೆಚ್ಚಿನ ಥ್ರೆಡಿಂಗ್ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ಗಳು ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಟೆಂಪ್ಲೇಟ್ನೊಂದಿಗೆ ಜೋಡಿಸುವಾಗ ತಮ್ಮ ಸ್ಕೋರಿಂಗ್ ಕಾರ್ಯಗಳನ್ನು ಅತ್ಯುತ್ತಮವಾಗಿಸಲು ಡೈನಾಮಿಕ್ ಪ್ರೋಗ್ರಾಮಿಂಗ್ ಅನ್ನು ಬಳಸುತ್ತವೆ. ಪೂರ್ಣಾಂಕ ಪ್ರೋಗ್ರಾಮಿಂಗ್ಗಿಂತ ಡೈನಾಮಿಕ್ ಪ್ರೋಗ್ರಾಮಿಂಗ್ ಅನ್ನು ಕಾರ್ಯಗತಗೊಳಿಸುವುದು ತುಂಬಾ ಸುಲಭ; ಆದಾಗ್ಯೂ ಸ್ಕೋರಿಂಗ್ ಕಾರ್ಯವು ಜೋಡಿಯಾಗಿ ಸಂಪರ್ಕ ಸಾಮರ್ಥ್ಯವನ್ನು ಹೊಂದಿದ್ದರೆ, ಡೈನಾಮಿಕ್ ಪ್ರೋಗ್ರಾಮಿಂಗ್ ಅಂತಹ ಸ್ಕೋರಿಂಗ್ ಕಾರ್ಯವನ್ನು ಜಾಗತಿಕವಾಗಿ ಅತ್ಯುತ್ತಮವಾಗಿಸಲು ಸಾಧ್ಯವಿಲ್ಲ ಮತ್ತು ಬದಲಿಗೆ ಸ್ಥಳೀಯ ಅತ್ಯುತ್ತಮ ಜೋಡಣೆಯನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸುತ್ತದೆ. ಜೋಡಿಯಾಗಿ ಸಂಪರ್ಕಗಳು ಪ್ರೋಟೀನ್ ರಚನೆಯಲ್ಲಿ ಬಹಳ ಸಂರಕ್ಷಿಸಲ್ಪಟ್ಟಿವೆ ಮತ್ತು ಮುನ್ಸೂಚನೆಯ ನಿಖರತೆಗೆ ನಿರ್ಣಾಯಕವಾಗಿವೆ. ಪೂರ್ಣಾಂಕ ಪ್ರೋಗ್ರಾಮಿಂಗ್ ಜಾಗತಿಕವಾಗಿ ಜೋಡಿಯಾಗಿ ಸಂಪರ್ಕ ಸಾಮರ್ಥ್ಯದೊಂದಿಗೆ ಸ್ಕೋರಿಂಗ್ ಕಾರ್ಯವನ್ನು ಅತ್ಯುತ್ತಮವಾಗಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಜಾಗತಿಕ ಅತ್ಯುತ್ತಮ ಜೋಡಣೆಯನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸುತ್ತದೆ. ಕಾಂಪೊನೆಂಟ್ಸ್ ಥ್ರೆಡಿಂಗ್ ಇಂಜಿನ್ಗಳಾದ ನೊಕೋರ್, ಎನ್ಪಿಸಿಒಆರ್ ಮತ್ತು ಐಪಿಗಳು ರಾಪ್ಟರ್ನಲ್ಲಿ ಅಳವಡಿಸಲಾಗಿರುವ ಮೂರು ವಿಭಿನ್ನ ಥ್ರೆಡಿಂಗ್ ಇಂಜಿನ್ಗಳಾಗಿವೆ. ನೊಕೋರ್ ಮತ್ತು ಎನ್ಪಿಸಿಒಆರ್ ಡೈನಾಮಿಕ್ ಪ್ರೋಗ್ರಾಮಿಂಗ್ ಅನ್ನು ಆಧರಿಸಿವೆ ಮತ್ತು ಐಪಿಗಿಂತ ವೇಗವಾಗಿವೆ. ಅವುಗಳ ನಡುವಿನ ವ್ಯತ್ಯಾಸವೆಂದರೆ ಎನ್. ಪಿ. ಸಿ. ಓರ್ನಲ್ಲಿ, ಟೆಂಪ್ಲೇಟ್ ಅನ್ನು ಅನೇಕ "ಕೋರ್" ಪ್ರದೇಶಗಳಾಗಿ ಪಾರ್ಸ್ ಮಾಡಲಾಗುತ್ತದೆ. ಕೋರ್ ಎಂಬುದು ರಚನಾತ್ಮಕವಾಗಿ ಸಂರಕ್ಷಿಸಲ್ಪಟ್ಟ ಪ್ರದೇಶವಾಗಿದೆ. ಐಪಿ ಎಂಬುದು ರಾಪ್ಟರ್ನ ವಿಶಿಷ್ಟ ಪೂರ್ಣಾಂಕ ಪ್ರೋಗ್ರಾಮಿಂಗ್-ಆಧಾರಿತ ಥ್ರೆಡಿಂಗ್ ಎಂಜಿನ್ ಆಗಿದೆ. ಇದು ಇತರ ಎರಡು ಥ್ರೆಡಿಂಗ್ ಎಂಜಿನ್ಗಳಿಗಿಂತ ಉತ್ತಮ ಜೋಡಣೆಗಳು ಮತ್ತು ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸುತ್ತದೆ. ಜನರು ಯಾವಾಗಲೂ ನೊಕೋರ್ ಮತ್ತು ಎನ್ಪಿಸೋರ್ನಿಂದ ಪ್ರಾರಂಭಿಸಬಹುದು. ಅವರ ಭವಿಷ್ಯವಾಣಿಗಳು ಸಾಕಷ್ಟು ಉತ್ತಮವಾಗಿಲ್ಲದಿದ್ದರೆ, ಐಪಿ ಉತ್ತಮ ಆಯ್ಕೆಯಾಗಿರಬಹುದು. ಎಲ್ಲಾ ಮೂರು ವಿಧಾನಗಳನ್ನು ಚಲಾಯಿಸಿದ ನಂತರ, ಸರಳವಾದ ಒಮ್ಮತವು ಅತ್ಯುತ್ತಮ ಭವಿಷ್ಯವನ್ನು ಕಂಡುಹಿಡಿಯಲು ಸಹಾಯ ಮಾಡುತ್ತದೆ. 3ಡಿ ಸ್ಟ್ರಕ್ಚರ್ ಮಾಡೆಲಿಂಗ್ ಮಾಡ್ಯೂಲ್ ರಾಪ್ಟರ್ನಲ್ಲಿ ಬಳಸಲಾಗುವ ಡೀಫಾಲ್ಟ್ 3ಡಿ ಸ್ಟ್ರಕ್ಚರ್ ಮಾಡೆಲಿಂಗ್ ಟೂಲ್ ಒಡಬ್ಲ್ಯೂಎಲ್ ಆಗಿದೆ. ಮೂರು ಆಯಾಮದ ರಚನೆಯ ಮಾದರಿಯು ಎರಡು ಹಂತಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುತ್ತದೆ. ಮೊದಲ ಹಂತವು ಲೂಪ್ ಮಾಡೆಲಿಂಗ್ ಆಗಿದ್ದು, ಇದು ಟೆಂಪ್ಲೇಟ್ನಲ್ಲಿ ಏನನ್ನೂ ಹೊಂದಿರದ ಗುರಿ ಅನುಕ್ರಮದಲ್ಲಿ ಪ್ರದೇಶಗಳನ್ನು ರೂಪಿಸುತ್ತದೆ. ಎಲ್ಲಾ ಲೂಪ್ಗಳನ್ನು ರೂಪಿಸಿದ ನಂತರ ಮತ್ತು ಬೆನ್ನೆಲುಬು ಸಿದ್ಧವಾದ ನಂತರ, ಸೈಡ್ ಚೈನ್ಗಳನ್ನು ಬೆನ್ನೆಲುಬಿಗೆ ಜೋಡಿಸಿ ಪ್ಯಾಕ್ ಮಾಡಲಾಗುತ್ತದೆ. ಲೂಪ್ ಮಾಡೆಲಿಂಗ್ಗಾಗಿ, ಲೂಪ್ಗಳನ್ನು ತುಂಬಲು ಮತ್ತು ಘರ್ಷಣೆಗಳನ್ನು ತಪ್ಪಿಸಲು ಸೈಕ್ಲಿಕ್ ಕೋಆರ್ಡಿನೇಟ್ ಡಿಸೆಂಟ್ ಅಲ್ಗಾರಿದಮ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಸೈಡ್ ಚೈನ್ ಪ್ಯಾಕಿಂಗ್ಗಾಗಿ, ಎಲ್ಲಾ ಸೈಡ್ ಚೈನ್ಗಳನ್ನು ಪ್ಯಾಕ್ ಮಾಡಲು ಮತ್ತು ಯಾವುದೇ ಘರ್ಷಣೆಗಳನ್ನು ತಪ್ಪಿಸಲು ಟ್ರೀ ಡಿಕಂಪೊಸಿಷನ್ ಅಲ್ಗಾರಿದಮ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. 3ಡಿ ಔಟ್ಪುಟ್ ಅನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸಲು OWL ಅನ್ನು ಸ್ವಯಂಚಾಲಿತವಾಗಿ ರಾಪ್ಟರ್ ಎಂದು ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ. ಸಂಶೋಧಕರು ಮಾಡೆಲರ್ ಹೊಂದಿದ್ದರೆ, ಅವರು ಸ್ವಯಂಚಾಲಿತವಾಗಿ ಮಾಡೆಲರ್ಗೆ ಕರೆ ಮಾಡಲು ರಾಪ್ಟರ್ ಅನ್ನು ಸಹ ಹೊಂದಿಸಬಹುದು. ರಾಪ್ಟರ್ ಐಸಿಎಂ-ಪ್ರೊ ಇನ್ಪುಟ್ ಫೈಲ್ಗಳನ್ನು ಸಹ ಉತ್ಪಾದಿಸಬಹುದು, ಅದರೊಂದಿಗೆ ಜನರು ಸ್ವತಃ ಐಸಿಎಂ-ಪ್ರೊ ಅನ್ನು ನಡೆಸುತ್ತಾರೆ. ಪಿಎಸ್ಐ-ಬ್ಲಾಸ್ಟ್ ಮಾಡ್ಯೂಲ್ ಇದನ್ನು ಸಮಗ್ರ ಟೂಲ್ ಸೆಟ್ ಮಾಡಲು, ಜನರಿಗೆ ಹೋಮೋಲಜಿ ಮಾಡೆಲಿಂಗ್ ಮಾಡಲು ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡಲು ಪಿಎಸ್ಐ-ಬ್ಲಾಸ್ಟ್ ಅನ್ನು ಸಹ ರಾಪ್ಟರ್ನಲ್ಲಿ ಸೇರಿಸಲಾಗಿದೆ. ಜನರು ಎಲ್ಲಾ ಅಗತ್ಯ ನಿಯತಾಂಕಗಳನ್ನು ಸ್ವತಃ ಹೊಂದಿಸಬಹುದು. ಪಿಎಸ್ಐ-ಬ್ಲಾಸ್ಟ್ ಅನ್ನು ನಡೆಸುವಲ್ಲಿ ಎರಡು ಹಂತಗಳಿವೆ. ಅನುಕ್ರಮ ಪ್ರೊಫೈಲ್ ಅನ್ನು ರಚಿಸುವುದು ಮೊದಲ ಹಂತವಾಗಿದೆ. ಈ ಹಂತಕ್ಕಾಗಿ, ಎನ್. ಆರ್. ಅನಗತ್ಯ ದತ್ತಸಂಚಯವನ್ನು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಮುಂದಿನ ಹಂತವೆಂದರೆ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಡೇಟಾ ಬ್ಯಾಂಕಿನ ಅನುಕ್ರಮಗಳ ವಿರುದ್ಧ ಗುರಿ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಹುಡುಕಲು ಪಿಎಸ್ಐ-ಬ್ಲಾಸ್ಟ್ಗೆ ಅವಕಾಶ ನೀಡುವುದು. ಬಳಕೆದಾರರು ಪ್ರತಿ ಹಂತಕ್ಕೂ ತಮ್ಮದೇ ಆದ ದತ್ತಸಂಚಯವನ್ನು ಸಹ ನಿರ್ದಿಷ್ಟಪಡಿಸಬಹುದು. ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸ್ಟ್ರಕ್ಚರ್ ವೀಕ್ಷಕರು ಅನೇಕ ವಿಭಿನ್ನ ಸ್ಟ್ರಕ್ಚರ್ ವೀಕ್ಷಕರಿದ್ದಾರೆ. ರಾಪ್ಟರ್ನಲ್ಲಿ, ರಚಿಸಲಾದ ಮುನ್ಸೂಚನೆಯನ್ನು ಪರೀಕ್ಷಿಸಲು ಜೆಮೋಲ್ ಅನ್ನು ಸ್ಟ್ರಕ್ಚರ್ ವ್ಯೂಯರ್ ಆಗಿ ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಔಟ್ಪುಟ್ ಥ್ರೆಡಿಂಗ್/ಪಿಎಸ್ಐ-ಬ್ಲಾಸ್ಟ್ ಕೆಲಸದ ನಂತರ, ಎಲ್ಲಾ ಟೆಂಪ್ಲೆಟ್ಗಳ ಶ್ರೇಯಾಂಕ ಪಟ್ಟಿಯನ್ನು ನೋಡಬಹುದು. ಪ್ರತಿ ಟೆಂಪ್ಲೇಟ್ಗೆ, ಜನರು ಜೋಡಣೆ, ಇ-ಮೌಲ್ಯ ಮತ್ತು ಹಲವಾರು ಇತರ ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಅಂಕಗಳನ್ನು ವೀಕ್ಷಿಸಬಹುದು. ಅಲ್ಲದೆ, ಟೆಂಪ್ಲೇಟ್ನ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಮಾಹಿತಿ ಮತ್ತು ಅದರ ಎಸ್ಸಿಒಪಿ ವರ್ಗೀಕರಣವನ್ನು ಒದಗಿಸಲಾಗಿದೆ. ಅನುಕ್ರಮದ ಪಿಎಸ್ಎಮ್ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ ಮತ್ತು ಸೆಕೆಂಡರಿ ಸ್ಟ್ರಕ್ಚರ್ ಮುನ್ಸೂಚನೆಯನ್ನು ಸಹ ನೋಡಬಹುದು. ಒಂದಕ್ಕಿಂತ ಹೆಚ್ಚು ವಿಧಾನಗಳಿಂದ ಟೆಂಪ್ಲೇಟ್ ಅನ್ನು ವರದಿ ಮಾಡಿದ್ದರೆ, ಅದನ್ನು ಎಷ್ಟು ಬಾರಿ ವರದಿ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ ಎಂದು ಗುರುತಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಇದು ಅತ್ಯುತ್ತಮ ಮಾದರಿಯನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಸಹಾಯ ಮಾಡುತ್ತದೆ. ಸಿಎಎಸ್ಪಿ ಸಿಎಎಸ್ಪಿ, ಕ್ರಿಟಿಕಲ್ ಅಸೆಸ್ಮೆಂಟ್ ಆಫ್ ಟೆಕ್ನಿಕ್ಸ್ ಫಾರ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸ್ಟ್ರಕ್ಚರ್ ಪ್ರಿಡಿಕ್ಷನ್, ಎನ್ಐಎಚ್ ಪ್ರಾಯೋಜಿಸಿದ ದ್ವೈವಾರ್ಷಿಕ ಪ್ರಯೋಗವಾಗಿದೆ. ಸಿಎಎಸ್ಪಿ ಪ್ರೋಟೀನ್ ರಚನೆ ಮುನ್ಸೂಚನೆ ಸಮುದಾಯದ ಒಲಿಂಪಿಕ್ ಕ್ರೀಡಾಕೂಟವನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಇದನ್ನು 1994 ರಲ್ಲಿ ಸ್ಥಾಪಿಸಲಾಯಿತು. ರ್ಯಾಪ್ಟರ್ ಮೊದಲ ಬಾರಿಗೆ 2002 ರಲ್ಲಿ CAFASP3 (CASP5) ನಲ್ಲಿ ಕಾಣಿಸಿಕೊಂಡಿತು ಮತ್ತು ಆ ವರ್ಷದಲ್ಲಿ ವೈಯಕ್ತಿಕ ಸರ್ವರ್ ಗುಂಪಿನಲ್ಲಿ ಮೊದಲ ಸ್ಥಾನದಲ್ಲಿತ್ತು. ಅಂದಿನಿಂದ, ರ್ಯಾಪ್ಟರ್ ಮೌಲ್ಯಮಾಪನ ಉದ್ದೇಶಕ್ಕಾಗಿ ಪ್ರತಿ ಸಿಎಎಸ್ಪಿ ಯಲ್ಲಿ ಸಕ್ರಿಯವಾಗಿ ಭಾಗವಹಿಸಿದೆ ಮತ್ತು ಸ್ಥಿರವಾಗಿ ಅಗ್ರ ಶ್ರೇಣಿಯಲ್ಲಿ ಸ್ಥಾನ ಪಡೆದಿದೆ. ಇತ್ತೀಚಿನ CASP8 ಮೇ 2008ರಿಂದ ಆಗಸ್ಟ್ 2008ರವರೆಗೆ ನಡೆಯಿತು. ಈ ಕಾರ್ಯಕ್ರಮಕ್ಕಾಗಿ ವಿಶ್ವಾದ್ಯಂತ 80 ಕ್ಕೂ ಹೆಚ್ಚು ಮುನ್ಸೂಚಕ ಸರ್ವರ್ಗಳು ಮತ್ತು 100 ಕ್ಕೂ ಹೆಚ್ಚು ಮಾನವ ತಜ್ಞರ ಗುಂಪುಗಳು ನೋಂದಾಯಿಸಿಕೊಂಡಿವೆ, ಅಲ್ಲಿ ಭಾಗವಹಿಸುವವರು ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅನುಕ್ರಮದಿಂದ 3D ರಚನೆಯನ್ನು ಊಹಿಸಲು ಪ್ರಯತ್ನಿಸುತ್ತಾರೆ. ಝಾಂಗ್ ಅವರ ಗುಂಪಿನ ಶ್ರೇಯಾಂಕದ ಪ್ರಕಾರ, ಎಲ್ಲಾ ಸರ್ವರ್ಗಳಲ್ಲಿ (ಮೆಟಾ ಸರ್ವರ್ ಮತ್ತು ವೈಯಕ್ತಿಕ ಸರ್ವರ್ಗಳು) ರಾಪ್ಟರ್ 2ನೇ ಸ್ಥಾನದಲ್ಲಿದೆ. ಬೇಕರ್ ಲ್ಯಾಬ್ನ ರೋಬೆಟ್ಟಾ ಅದೇ ಶ್ರೇಯಾಂಕ ಪಟ್ಟಿಯಲ್ಲಿ 5ನೇ ಸ್ಥಾನದಲ್ಲಿದೆ. CASP8 ಉಲ್ಲೇಖಗಳು Xu J (2005) ನಲ್ಲಿರುವ ಅಗ್ರ ಐದು ಮುನ್ಸೂಚಕ ಸರ್ವರ್ಗಳು. "ಪೂರ್ವಭಾವಿ ಜೋಡಣೆಯ ನಿಖರತೆಯಿಂದ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಮಡಿಕೆ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆ". ಐ. ಇ. ಇ. ಇ/ಎಸಿಎಂ ಟ್ರಾನ್ಸ್. ಕಂಪ್ಯೂಟೇಶನಲ್ ಬಯಾಲಜಿ ಮತ್ತು ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್. ಕ್ಸು ಜೆ (2005). "ಟ್ರೀ ಡಿಕಂಪೊಸಿಷನ್ ಮೂಲಕ ರ್ಯಾಪಿಡ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸೈಡ್-ಚೈನ್ ಪ್ಯಾಕಿಂಗ್". ರಿಕಾಂಬ್. ಬಾಹ್ಯ ಕೊಂಡಿಗಳು ರಾಪ್ಟರ್ಎಕ್ಸ್ ಜಾಲತಾಣ ರಾಪ್ಟರ್ ಲೇಖಕರ ಸಂಶೋಧನೆ CASP ಪ್ರಯೋಗಗಳ ಮುಖಪುಟ CASP8 CAFASP3 ಜೋಡಣೆಯ ನಿಖರತೆಯ ಮೌಲ್ಯಮಾಪನ ಆಣ್ವಿಕ ಮಾದರಿ ತಂತ್ರಾಂಶದಲ್ಲಿ ಪ್ರೋಟೀನ್ ರಚನೆಯ ಮುನ್ಸೂಚನೆಯ ಸ್ವಯಂಚಾಲಿತ ಮೌಲ್ಯಮಾಪನ