Maximal unique match
ಸಂಕ್ಷಿಪ್ತವಾಗಿ ಹೇಳುವುದಾದರೆ, ಮ್ಯಾಕ್ಸಿಮಲ್ ಯುನಿಕ್ ಮ್ಯಾಚ್ ಅಥವಾ ಎಂಯುಎಂ, ಕಂಪ್ಯೂಟೇಶನಲ್ ಬಯಾಲಜಿಯಲ್ಲಿ ಜೀನೋಮ್ಗಳ ಬಹು ಅನುಕ್ರಮ ಜೋಡಣೆಯ ಪ್ರಮುಖ ಹಂತದ ಭಾಗವಾಗಿದೆ. ಎಂ. ಯು. ಎಂ. ಗಳು ಮತ್ತು ಇತರ ಸಂಭಾವ್ಯ ಲಂಗರುಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸುವುದು, ಎಂ. ಯು. ಎಂ. ಎಂ. ನಂತಹ ದೊಡ್ಡ ಜೋಡಣೆ ವ್ಯವಸ್ಥೆಗಳಲ್ಲಿ ಮೊದಲ ಹಂತವಾಗಿದೆ. ಲಂಗರುಗಳು ಎರಡು ಜೀನೋಮ್ಗಳ ನಡುವಿನ ಪ್ರದೇಶಗಳಾಗಿವೆ, ಅಲ್ಲಿ ಅವು ಹೆಚ್ಚು ಹೋಲುತ್ತವೆ. ಎಂ. ಯು. ಎಂ ಎಂದರೇನು ಎಂಬುದನ್ನು ಅರ್ಥಮಾಡಿಕೊಳ್ಳಲು, ಸಂಕ್ಷಿಪ್ತ ರೂಪದಲ್ಲಿರುವ ಪ್ರತಿಯೊಂದು ಪದವನ್ನೂ ಪ್ರತ್ಯೇಕವಾಗಿ ವಿಂಗಡಿಸಬಹುದು. ಹೊಂದಾಣಿಕೆಯು ಜೋಡಿಸಬೇಕಾದ ಎರಡೂ ಅನುಕ್ರಮಗಳಲ್ಲಿ ಸಬ್ಸ್ಟ್ರಿಂಗ್ ಸಂಭವಿಸುತ್ತದೆ ಎಂದು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ. ವಿಶಿಷ್ಟ ಎಂದರೆ ಪ್ರತಿ ಅನುಕ್ರಮದಲ್ಲಿ ಸಬ್ಸ್ಟ್ರಿಂಗ್ ಒಮ್ಮೆ ಮಾತ್ರ ಸಂಭವಿಸುತ್ತದೆ. ಅಂತಿಮವಾಗಿ, ಸಬ್ಸ್ಟ್ರಿಂಗ್ ಹಿಂದಿನ ಎರಡೂ ಅವಶ್ಯಕತೆಗಳನ್ನು ಪೂರೈಸುವ ಮತ್ತೊಂದು ದೊಡ್ಡ ಸ್ಟ್ರಿಂಗ್ನ ಭಾಗವಲ್ಲ ಎಂದು ಮ್ಯಾಕ್ಸಿಮಲ್ ಹೇಳುತ್ತದೆ. ಇದರ ಹಿಂದಿನ ಕಲ್ಪನೆಯೆಂದರೆ, ನಿಖರವಾಗಿ ಹೊಂದಿಕೊಳ್ಳುವ ಮತ್ತು ಪ್ರತಿ ಜೀನೋಮ್ನಲ್ಲಿ ಒಮ್ಮೆ ಮಾತ್ರ ಸಂಭವಿಸುವ ದೀರ್ಘ ಅನುಕ್ರಮಗಳು ಬಹುತೇಕವಾಗಿ ಜಾಗತಿಕ ಜೋಡಣೆಯ ಭಾಗವಾಗಿದೆ. ಔಪಚಾರಿಕ ವ್ಯಾಖ್ಯಾನ "ಎ ಮತ್ತು ಬಿ ಎಂಬ ಎರಡು ಜೀನೋಮ್ಗಳನ್ನು ನೀಡಿದರೆ, ಮ್ಯಾಕ್ಸಿಮಲ್ ಯುನಿಕ್ ಮ್ಯಾಚ್ (ಎಂಯುಎಂ) ಸಬ್ಸ್ಟ್ರಿಂಗ್ ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಕನಿಷ್ಠ ಉದ್ದ ಡಿ (ಪೂರ್ವನಿಯೋಜಿತವಾಗಿ ಡಿ = 20) ಗಿಂತ ಉದ್ದವಿರುವ ಎ ಮತ್ತು ಬಿ ಯ ಸಾಮಾನ್ಯ ಸಬ್ಸ್ಟ್ರಿಂಗ್ ಆಗಿದ್ದು, ಅದು ಗರಿಷ್ಠವಾಗಿರುತ್ತದೆ, ಅಂದರೆ, ಹೊಂದಾಣಿಕೆಯಾಗದೆಯೇ ಅದನ್ನು ಎರಡೂ ತುದಿಗಳಲ್ಲಿ ವಿಸ್ತರಿಸಲಾಗುವುದಿಲ್ಲ; ಮತ್ತು ಇದು ಎರಡೂ ಅನುಕ್ರಮಗಳಲ್ಲಿ ವಿಶಿಷ್ಟವಾಗಿದೆ" ಅಲ್ಗಾರಿದಮ್ ಎರಡು ಸುದೀರ್ಘ ಜೀನೋಮ್ ಅನುಕ್ರಮಗಳಲ್ಲಿ ಎಂಯುಎಂಗಳ ಗುಂಪನ್ನು ಗುರುತಿಸುವುದು ಗಣನೆಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದಂತೆ ಕ್ಷುಲ್ಲಕವಲ್ಲ. ಬಹು ಅನುಕ್ರಮ ಜೋಡಣೆಯಲ್ಲಿ ಎಂ. ಯು. ಎಂ. ಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಹಲವಾರು ಕ್ರಮಾವಳಿ ಮಾರ್ಗಗಳಿವೆ. ಅತ್ಯಂತ ಸರಳವಾದ ಮತ್ತು ನಿಧಾನವಾದ ವಿಧಾನವೆಂದರೆ ಬ್ರೂಟ್ ಫೋರ್ಸ್ ಅನ್ನು ಬಳಸುವುದು, ಅಲ್ಲಿ ಜೀನೋಮ್ನಲ್ಲಿನ ಪ್ರತಿ ಸೂಚ್ಯಂಕ ಮತ್ತು ಜೀನೋಮ್ನಲ್ಲಿನ ಪ್ರತಿ ಸೂಚ್ಯಂಕಕ್ಕೆ, ನೀವು ಮತ್ತು ನ ದೀರ್ಘವಾದ ಸಾಮಾನ್ಯ ಪೂರ್ವಪ್ರತ್ಯಯವನ್ನು ಲೆಕ್ಕ ಹಾಕುತ್ತೀರಿ. ಮುಂದೆ, ಕನಿಷ್ಠ ಎಂ. ಯು. ಎಂ ಗಾತ್ರವನ್ನು ಎಲ್ಲಿ ನಿರ್ದಿಷ್ಟಪಡಿಸಲಾಗಿದೆ ಎಂಬುದರ ಉದ್ದವನ್ನು ನೀವು ಖಾತರಿಪಡಿಸಬೇಕು. ಅಂತಿಮವಾಗಿ ನೀವು ಎರಡೂ ಜೀನೋಮ್ಗಳಲ್ಲಿ ಅದು ಅನನ್ಯವಾಗಿದೆ ಎಂದು ಖಚಿತಪಡಿಸಿಕೊಳ್ಳಬೇಕು. ಬ್ರೂಟ್ ಫೋರ್ಸ್ ವಿಧಾನದ ಸಂಕೀರ್ಣತೆಯು ಹೀಗಿದೆ. ವಾಸ್ತವದಲ್ಲಿ ಎಂ. ಯು. ಎಂ. ಗಳನ್ನು ಮತ್ತು ಗಾಗಿ ಸಾಮಾನ್ಯೀಕೃತ ಪ್ರತ್ಯಯ ಮರವನ್ನು ನಿರ್ಮಿಸುವ ಮೂಲಕ ಗುರುತಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ನಂತರ ಪ್ರತಿ ಜೀನೋಮ್ ಅನುಕ್ರಮದಿಂದ ನಿಖರವಾಗಿ ಒಂದು ಮಗುವಿನೊಂದಿಗೆ ಎಲ್ಲಾ ಆಂತರಿಕ ಗ್ರಂಥಿಗಳಿಗೆ ಒಂದು ಪಟ್ಟಿಯನ್ನು ರಚಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಈ ಪ್ರತಿಯೊಂದು ನೋಡ್ಗಳಿಗೆ (ನಾವು ಜೀನೋಮ್ನಿಂದ ಮಕ್ಕಳನ್ನು ಮತ್ತು ಜೀನೋಮ್ನಿಂದ ಮಕ್ಕಳನ್ನು ಗುರುತಿಸುತ್ತೇವೆ) ಅದನ್ನು ಪರಿಶೀಲಿಸಿ ಮತ್ತು ಈ ಪರಿಸ್ಥಿತಿಗಳು ಇರುವವರಿಗೆ, ಇದು ಎಂಯುಎಂ ಎಂದು ನಮಗೆ ತಿಳಿದಿದೆ. ಈ ಸಂದರ್ಭದಲ್ಲಿ ಸಂಕೀರ್ಣತೆ ಕಡಿಮೆಯಾಗುತ್ತದೆ. ಕೆಳಗಿನ ವಿವರಣೆಯಲ್ಲಿ ನೀಡಲಾದ ಆರಂಭಿಕ ತಂತಿಗಳು ಮತ್ತು 1 ರ ಎ, ಎಂಯುಎಂಗಳು ಜಿ ಮತ್ತು ಟಿಎ ಆಗಿರಬೇಕು. ಕೆಂಪು ಎಲೆಯು ಸ್ಟ್ರಿಂಗ್ ಎಸ್ ನಿಂದ ಬಂದಿದೆ ಮತ್ತು ನೀಲಿ ಎಲೆಯು ಸ್ಟ್ರಿಂಗ್ ಅನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ. ಎ ನಲ್ಲಿನ ಆಂತರಿಕ ನೋಡ್ ಅನ್ನು ತಿರಸ್ಕರಿಸಲಾಗಿದೆ ಏಕೆಂದರೆ ಎ ಎರಡರ ಮೊದಲು ಬರುವ ಅಕ್ಷರವು ಒಂದೇ (ಟಿ) ಆಗಿದೆ, ಇದು ಅನುಕ್ರಮಗಳು ದೊಡ್ಡ ವಿಶಿಷ್ಟ ಅನುಕ್ರಮಕ್ಕೆ ಸೇರಿದ ಸ್ಥಿತಿಯಾಗಿದೆ. ಸಿ ಯಲ್ಲಿರುವ ಆಂತರಿಕ ನೋಡ್ ಅನ್ನು ತಿರಸ್ಕರಿಸಲಾಗಿದೆ ಏಕೆಂದರೆ ಇದು ಎಸ್ ನಿಂದ ಇಬ್ಬರು ಮಕ್ಕಳನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ. ಇದು ನಮಗೆ ಜಿ ಮತ್ತು ಟಿಎ ಯ ಎಂಯುಎಂಗಳನ್ನು ನೀಡುತ್ತದೆ. ಉದಾಹರಣೆ ಎಂ. ಯು. ಎಂ. ಗಳನ್ನು ಮತ್ತಷ್ಟು ವಿವರಿಸಲು, ನಾವು ಈ ಕೆಳಗಿನ ಉದಾಹರಣೆಯನ್ನು ತೆಗೆದುಕೊಳ್ಳುತ್ತೇವೆ. ಡಿ = 3 ಮತ್ತು ನಮ್ಮ ಎರಡು ಜೀನೋಮ್ಗಳು ಈ ಕೆಳಗಿನಂತಿವೆ ಎಂದು ಹೇಳೋಣ. ಎಸ್ = ಸಿಟಿಎಸಿಟಿಜಿಟಿಸಿಎಟಿಸಿಜಿಜಿಟಿಜಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಜಿಟಿಜಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಜಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿ ನಮ್ಮ ಎಂಯುಎಂ ದೊಡ್ಡ ಅನುಕ್ರಮದ ಭಾಗವಲ್ಲ ಮತ್ತು ಅನನ್ಯವಾಗಿದೆ ಎಂದು ಖಚಿತಪಡಿಸಿಕೊಳ್ಳಲು ವಿಸ್ತರಣೆಯ ಅಗತ್ಯವಿರುವ ಉದಾಹರಣೆಯನ್ನು ವಿವರಿಸಲು, ಈ ಕೆಳಗಿನವುಗಳನ್ನು ತೆಗೆದುಕೊಳ್ಳಿಃ ಎಸ್ = ಸಿಟಿಎಸಿಸಿಸಿಟಿಜಿಜಿಜಿಜಿಜಿಟಿಟಿಟಿ #ಟಿ = ಸಿಟಿಜಿಜಿಸಿಟಿಜಿಜಿಟಿಜಿಟಿಜಿಟಿಜಿಟಿಜಿಟಿಜಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿ $ಎಟಿಜಿಯನ್ನು ಎಂಯುಎಂ ಎಂದು ಪರೀಕ್ಷಿಸುವ ಸಂದರ್ಭದಲ್ಲಿ ಎರಡು ಸಮಸ್ಯೆಗಳಿವೆ ಏಕೆಂದರೆ ಎಟಿಜಿ ಅನನ್ಯವಾಗಿಲ್ಲ ಮತ್ತು ಇದು ಇಲ್ಲಿ ವಿವರಿಸಿದಂತೆ ದೊಡ್ಡ ನಂತರದ ಭಾಗವಾಗಿದೆಃ ಎಸ್ = ಸಿಟಿಎಸಿಸಿಸಿಟಿಜಿಜಿಟಿಜಿಟಿಜಿಟಿಜಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿಟಿ ಈ ವಿಧಾನವನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಪುನರಾವರ್ತಿತವಾಗಿ ಅಂತಿಮ ಉತ್ಪನ್ನವನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸುತ್ತದೆ, ಅಲ್ಲಿ ಪ್ರತಿ ಎಂಯುಎಂ ಅನ್ನು ಸ್ಪಷ್ಟತೆಗಾಗಿ ಗುರುತಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಪ್ರತಿ ಎಂಯುಎಂ ಅನ್ನು ಬಣ್ಣದ ಕೋಡೆಡ್ ಮಾಡಲಾಗುತ್ತದೆಃ ಎಸ್ = ಸಿಟಿಎಸಿಸಿಜಿ #ಟಿ = ಎಸಿಟಿಟಿಜಿಟಿ $ಮ್ಯಾಕ್ಸಿಮಲ್ ಎಕ್ಸಾಕ್ಟ್ ಮ್ಯಾಚ್ (ಎಂಇಎಂ) ಎಂಯುಎಂಗಳು ಮ್ಯಾಕ್ಸಿಮಲ್ ಎಕ್ಸಾಕ್ಟ್ ಮ್ಯಾಚ್ಗಳು ಅಥವಾ ಎಂಇಎಂಎಸ್ ಎಂದು ಕರೆಯಲ್ಪಡುವ ದೊಡ್ಡ ಗುಂಪಿನ ಉಪವಿಭಾಗವಾಗಿದೆ. ಎಂ. ಇ. ಎಂ. ನಲ್ಲಿ ಎಂ. ಯು. ಎಂ. ಗಳ ಅನನ್ಯತೆಯ ಸ್ಥಿತಿಯು ಸಡಿಲಗೊಳ್ಳುತ್ತದೆ. ಎಂಇಎಂಗಳು ಸ್ಥಳೀಯ ಜೋಡಣೆಯಂತೆ ಇರುತ್ತವೆ ಆದರೆ ಈ ಸಂದರ್ಭದಲ್ಲಿ ಯಾವುದೇ ಅಂತರಗಳಿಲ್ಲದ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಮಾತ್ರ ಗುರುತಿಸುತ್ತವೆ. ಎಂ. ಯು. ಎಮ್. ಎಮ್. ಆರ್. ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಜೋಡಣೆ ಬಹು ಅನುಕ್ರಮ ಜೋಡಣೆ ಉಲ್ಲೇಖಗಳು ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ಜೋಡಣೆ ಕ್ರಮಾವಳಿಗಳನ್ನು ಸಹ ನೋಡಿ.