Chromosome conformation capture
ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್ ಕಾನ್ಫರ್ಮೇಷನ್ ಕ್ಯಾಪ್ಚರ್ ತಂತ್ರಗಳು (ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ 3ಸಿ ತಂತ್ರಜ್ಞಾನಗಳು ಅಥವಾ 3ಸಿ-ಆಧಾರಿತ ವಿಧಾನಗಳು ಎಂದು ಸಂಕ್ಷಿಪ್ತಗೊಳಿಸಲಾಗಿದೆ) ಜೀವಕೋಶದಲ್ಲಿ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ನ ಪ್ರಾದೇಶಿಕ ಸಂಘಟನೆಯನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಲು ಬಳಸುವ ಆಣ್ವಿಕ ಜೀವಶಾಸ್ತ್ರದ ವಿಧಾನಗಳ ಒಂದು ಗುಂಪಾಗಿದೆ. ಈ ವಿಧಾನಗಳು 3-ಡಿ ಜಾಗದಲ್ಲಿ ಹತ್ತಿರದಲ್ಲಿರುವ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಲೋಕಿಯ ನಡುವಿನ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳ ಸಂಖ್ಯೆಯನ್ನು ಪ್ರಮಾಣೀಕರಿಸುತ್ತವೆ, ಆದರೆ ರೇಖೀಯ ಜೀನೋಮ್ನಲ್ಲಿ ಅನೇಕ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ಗಳಿಂದ ಬೇರ್ಪಡಿಸಬಹುದು. ಅಂತಹ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳು ಪ್ರವರ್ತಕ-ವರ್ಧಕ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳಂತಹ ಜೈವಿಕ ಕ್ರಿಯೆಗಳಿಂದ ಅಥವಾ ಯಾದೃಚ್ಛಿಕ ಪಾಲಿಮರ್ ಲೂಪಿಂಗ್ನಿಂದ ಉಂಟಾಗಬಹುದು, ಅಲ್ಲಿ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ನ ದಿಕ್ಕಿಲ್ಲದ ಭೌತಿಕ ಚಲನೆಯು ಲೋಕಿಯು ಡಿಕ್ಕಿ ಹೊಡೆಯಲು ಕಾರಣವಾಗುತ್ತದೆ. ಸಂವಹನ ಆವರ್ತನಗಳನ್ನು ನೇರವಾಗಿ ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಬಹುದು, ಅಥವಾ ಅವುಗಳನ್ನು ದೂರಕ್ಕೆ ಪರಿವರ್ತಿಸಬಹುದು ಮತ್ತು 3-ಡಿ ರಚನೆಗಳನ್ನು ಪುನರ್ನಿರ್ಮಿಸಲು ಬಳಸಬಹುದು. 3ಸಿ-ಆಧಾರಿತ ವಿಧಾನಗಳ ನಡುವಿನ ಪ್ರಮುಖ ವ್ಯತ್ಯಾಸವೆಂದರೆ ಅವುಗಳ ವ್ಯಾಪ್ತಿ. ಉದಾಹರಣೆಗೆ, 3ಸಿ ಪ್ರಯೋಗದಲ್ಲಿ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲು ಪಿಸಿಆರ್ ಅನ್ನು ಬಳಸುವಾಗ, ಎರಡು ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ತುಣುಕುಗಳ ನಡುವಿನ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಪ್ರಮಾಣೀಕರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಇದಕ್ಕೆ ವ್ಯತಿರಿಕ್ತವಾಗಿ, ಹೈ-ಸಿ ಎಲ್ಲಾ ಸಂಭಾವ್ಯ ಜೋಡಿ ತುಣುಕುಗಳ ನಡುವಿನ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಏಕಕಾಲದಲ್ಲಿ ಪ್ರಮಾಣೀಕರಿಸುತ್ತದೆ. 3ಸಿ ಯಿಂದ ಉತ್ಪತ್ತಿಯಾಗುವ ವಸ್ತುಗಳ ಆಳವಾದ ಅನುಕ್ರಮವು ಜೀನೋಮ್-ವೈಡ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳ ನಕ್ಷೆಗಳನ್ನು ಸಹ ಉತ್ಪಾದಿಸುತ್ತದೆ. ಐತಿಹಾಸಿಕವಾಗಿ, ಸೂಕ್ಷ್ಮದರ್ಶಕವು ಪರಮಾಣು ಸಂಘಟನೆಯನ್ನು ತನಿಖೆ ಮಾಡುವ ಪ್ರಾಥಮಿಕ ವಿಧಾನವಾಗಿತ್ತು, ಇದು 1590ರಷ್ಟು ಹಿಂದಿನದ್ದೆಂದು ಹೇಳಬಹುದು. 1879ರಲ್ಲಿ, ವಾಲ್ಥರ್ ಫ್ಲೆಮಿಂಗ್ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಎಂಬ ಪದವನ್ನು ಸೃಷ್ಟಿಸಿದರು. 1883ರಲ್ಲಿ, ಆಗಸ್ಟ್ ವೀಸ್ಮನ್ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಅನ್ನು ಆನುವಂಶಿಕತೆಯೊಂದಿಗೆ ಜೋಡಿಸಿದರು. 1884ರಲ್ಲಿ, ಅಲ್ಬ್ರೆಕ್ಟ್ ಕೊಸೆಲ್ ಹಿಸ್ಟೋನ್ಗಳನ್ನು ಕಂಡುಹಿಡಿದನು. 1888ರಲ್ಲಿ, ಸುಟ್ಟನ್ ಮತ್ತು ಬೋವೆರಿ ಜೀವಕೋಶದ ಚಕ್ರದ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ನಿರಂತರತೆಯ ಸಿದ್ಧಾಂತವನ್ನು ಪ್ರಸ್ತಾಪಿಸಿದರು. 1889ರಲ್ಲಿ, ವಿಲ್ಹೆಲ್ಮ್ ವಾನ್ ವಾಲ್ಡೆಮೇಯರ್ "ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್" ಎಂಬ ಪದವನ್ನು ಸೃಷ್ಟಿಸಿದರು. 1928ರಲ್ಲಿ, ಎಮಿಲ್ ಹೈಟ್ಜ್ ಹೆಟೆರೋಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಮತ್ತು ಯೂಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಎಂಬ ಪದಗಳನ್ನು ಸೃಷ್ಟಿಸಿದರು. 1942 ರಲ್ಲಿ, ಕಾನ್ರಾಡ್ ವಾಡಿಂಗ್ಟನ್ ಅವರು ಎಪಿಜೆನೆಟಿಕ್ ಭೂದೃಶ್ಯಗಳನ್ನು ಪ್ರತಿಪಾದಿಸಿದರು. 1948ರಲ್ಲಿ, ರೋಲಿನ್ ಹಾಟ್ಚ್ಕಿಸ್ ಡಿಎನ್ಎ ಮೆತಿಲೀಕರಣವನ್ನು ಕಂಡುಹಿಡಿದನು. 1953ರಲ್ಲಿ, ವ್ಯಾಟ್ಸನ್ ಮತ್ತು ಕ್ರಿಕ್ ಅವರು ರೊಸಾಲಿಂಡ್ ಫ್ರಾಂಕ್ಲಿನ್ ಅವರ ಕ್ಷ-ಕಿರಣ ವಿವರ್ತನೆಯ ಚಿತ್ರಗಳನ್ನು ಆಧರಿಸಿ ಡಿಎನ್ಎಯ ಡಬಲ್ ಹೆಲಿಕ್ಸ್ ರಚನೆಯನ್ನು ವರದಿ ಮಾಡಿದರು. 1961ರಲ್ಲಿ, ಮೇರಿ ಲಿಯಾನ್ ಅವರು ಎಕ್ಸ್-ನಿಷ್ಕ್ರಿಯತೆಯ ತತ್ವವನ್ನು ಪ್ರತಿಪಾದಿಸಿದರು. 1973/1974 ನಲ್ಲಿ, ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಫೈಬರ್ ಅನ್ನು ಕಂಡುಹಿಡಿಯಲಾಯಿತು. 1975ರಲ್ಲಿ, ಪಿಯರೆ ಚಾಂಬನ್ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೊಸೋಮ್ಗಳು ಎಂಬ ಪದವನ್ನು ಸೃಷ್ಟಿಸಿದರು. 1982ರಲ್ಲಿ, ವರ್ಣತಂತು ಪ್ರದೇಶಗಳನ್ನು ಕಂಡುಹಿಡಿಯಲಾಯಿತು. 1984ರಲ್ಲಿ, ಜಾನ್ ಟಿ. ಲಿಸ್ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಇಮ್ಯುನೊಪ್ರೆಸಿಪಿಟೇಶನ್ ತಂತ್ರವನ್ನು ನವೀಕರಿಸಿದರು. 1993ರಲ್ಲಿ, ದ್ರಾವಣದಲ್ಲಿರುವ ಡಿ. ಎನ್. ಎ. ಯ ವೃತ್ತಾಕಾರದ ಆವರ್ತನಗಳನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸಬಲ್ಲ ಒಂದು ವಿಧಾನವಾದ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯರ್ ಲೈಗೇಷನ್ ಅಸ್ಸೇಯನ್ನು ಪ್ರಕಟಿಸಲಾಯಿತು. ಈಸ್ಟ್ರೊಜೆನ್ ಪ್ರೊಲ್ಯಾಕ್ಟಿನ್ ಜೀನ್ ಪ್ರವರ್ತಕ ಮತ್ತು ಹತ್ತಿರದ ವರ್ಧಕದ ನಡುವಿನ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು ಪ್ರೇರೇಪಿಸುತ್ತದೆ ಎಂದು ತೋರಿಸಲು ಈ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಬಳಸಲಾಯಿತು. 2002ರಲ್ಲಿ, ಜಿನೋಮ್ಗಳ ಪ್ರಾದೇಶಿಕ ಸಂಘಟನೆಯನ್ನು ಊಹಿಸಲು ಲೋಕಿಯ ನಡುವಿನ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆ ಆವರ್ತನಗಳ ದಟ್ಟವಾದ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ಗಳನ್ನು ಬಳಸಬಹುದೆಂಬ ಹೊಸ ಕಲ್ಪನೆಯನ್ನು ಜಾಬ್ ಡೆಕ್ಕರ್ ಪರಿಚಯಿಸಿದರು. ಈ ಕಲ್ಪನೆಯು 2002ರಲ್ಲಿ ಹಾರ್ವರ್ಡ್ ವಿಶ್ವವಿದ್ಯಾನಿಲಯದ ಕ್ಲೆಕ್ನರ್ ಪ್ರಯೋಗಾಲಯದಲ್ಲಿ ಜಾಬ್ ಡೆಕ್ಕರ್ ಮತ್ತು ಸಹೋದ್ಯೋಗಿಗಳು ಪ್ರಕಟಿಸಿದ ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್ ಕಾನ್ಫರ್ಮೇಷನ್ ಕ್ಯಾಪ್ಚರ್ (3ಸಿ) ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯ ಅಭಿವೃದ್ಧಿಗೆ ಆಧಾರವಾಗಿತ್ತು. 2003ರಲ್ಲಿ, ಹ್ಯೂಮನ್ ಜೀನೋಮ್ ಪ್ರಾಜೆಕ್ಟ್ ಪೂರ್ಣಗೊಂಡಿತು. 2006 ರಲ್ಲಿ, ಮೇರಿಕೆ ಸಿಮೋನಿಸ್ 4 ಸಿ ಅನ್ನು ಕಂಡುಹಿಡಿದರು, ದೋಸ್ತಿ, ಡೆಕ್ಕರ್ ಪ್ರಯೋಗಾಲಯದಲ್ಲಿ, 5 ಸಿ ಅನ್ನು ಕಂಡುಹಿಡಿದರು. 2007ರಲ್ಲಿ, ಬಿ. ಫ್ರಾಂಕ್ಲಿನ್ ಪಗ್ ಅವರು ಚಿಐಪಿ-ಸೆಕ್ ತಂತ್ರವನ್ನು ನವೀಕರಿಸಿದರು. 2009 ರಲ್ಲಿ, ಎರೆಜ್ ಲಿಬರ್ಮನ್ ಐಡೆನ್ ಮತ್ತು ಜಾಬ್ ಡೆಕ್ಕರ್ ಅವರು ಹೈ-ಸಿ ಅನ್ನು ಕಂಡುಹಿಡಿದರು, ಮೆಲಿಸ್ಸಾ ಜೆ. ಫುಲ್ವುಡ್ ಮತ್ತು ಯಿಜುನ್ ರುವಾನ್ ಅವರು ಚಿಯಾ-ಪಿಇಟಿಯನ್ನು ಕಂಡುಹಿಡಿದರು. 2012 ರಲ್ಲಿ, ದಿ ರೆನ್ ಗುಂಪು ಮತ್ತು ಎಡಿತ್ ಹರ್ಡ್ ಮತ್ತು ಜಾಬ್ ಡೆಕ್ಕರ್ ನೇತೃತ್ವದ ಗುಂಪುಗಳು ಸಸ್ತನಿಗಳಲ್ಲಿ ಟೋಪೋಲಾಜಿಕಲಿ ಅಸೋಸಿಯೇಟಿಂಗ್ ಡೊಮೈನ್ಗಳನ್ನು (ಟಿಎಡಿ) ಕಂಡುಹಿಡಿದವು. 2013ರಲ್ಲಿ, ತಕಾಶಿ ನಾಗಾನೋ ಮತ್ತು ಪೀಟರ್ ಫ್ರೇಸರ್ ಅವರು ಹೈ-ಸಿ ಮತ್ತು ಸಿಂಗಲ್-ಸೆಲ್ ಹೈ-ಸಿಗಾಗಿ ಇನ್-ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಿ ಬಂಧನವನ್ನು ಪರಿಚಯಿಸಿದರು. 2014ರಲ್ಲಿ, ಸುಹಾಸ್ ರಾವ್, ಮಿರಿಯಮ್ ಹಂಟ್ಲೆ ಮತ್ತು ಇತರರು. ಇನ್-ಸಿತು ಹೈ-ಸಿ ಮತ್ತು 4-ಕಟ್ಟರ್ ನಿರ್ಬಂಧದ ಕಿಣ್ವಗಳ ಬಳಕೆಯನ್ನು ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಲಾಯಿತು ಮತ್ತು ಹಲವಾರು ಮಾನವ ಜೀವಕೋಶದ ರೇಖೆಗಳಿಗೆ ಕಿಲೋಬೇಸ್ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ಗೆ ಮೊದಲ ಉನ್ನತ-ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ ಡೇಟಾಸೆಟ್ಗಳನ್ನು ಬಿಡುಗಡೆ ಮಾಡಿತು. ಅವರು ಹೈ-ಸಿ ನಕ್ಷೆಗಳಲ್ಲಿ ಸಿಟಿಸಿಎಫ್-ಕೊಹೆಸಿನ್ ಲೂಪಿಂಗ್ನ ಮೊದಲ ಸ್ಪಷ್ಟ ಪುರಾವೆಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಿದರು ಮತ್ತು ಈ ಲೂಪ್ಗಳಿಗೆ ಆಧಾರವಾಗಿರುವ ಒಮ್ಮುಖ ಸಿಟಿಸಿಎಫ್ ಮೋಟಿಫ್ನ ನಿಯಮವನ್ನು ಗುರುತಿಸಿದರು. ಪ್ರಾಯೋಗಿಕ ವಿಧಾನಗಳು ಎಲ್ಲಾ 3ಸಿ ವಿಧಾನಗಳು ಇದೇ ರೀತಿಯ ಹಂತಗಳೊಂದಿಗೆ ಪ್ರಾರಂಭವಾಗುತ್ತವೆ, ಇದನ್ನು ಜೀವಕೋಶಗಳ ಮಾದರಿಯ ಮೇಲೆ ನಡೆಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಮೊದಲನೆಯದಾಗಿ, ಜೀವಕೋಶದ ಜೀನೋಮ್ಗಳು ಫಾರ್ಮಾಲ್ಡಿಹೈಡ್ನೊಂದಿಗೆ ಅಡ್ಡ-ಸಂಪರ್ಕ ಹೊಂದಿವೆ, ಇದು ಜೀನೋಮಿಕ್ ಲೋಕಿಯ ನಡುವಿನ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು "ಫ್ರೀಜ್" ಮಾಡುವ ಬಂಧಗಳನ್ನು ಪರಿಚಯಿಸುತ್ತದೆ. ಕೋಣೆಯ ಉಷ್ಣಾಂಶದಲ್ಲಿ 10-30 ನಿಮಿಷಕ್ಕೆ 1-3% ಫಾರ್ಮಾಲ್ಡಿಹೈಡ್ನೊಂದಿಗೆ ಜೀವಕೋಶಗಳ ಚಿಕಿತ್ಸೆಯು ಅತ್ಯಂತ ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿದೆ, ಆದಾಗ್ಯೂ, ಹೆಚ್ಚಿನ ಪ್ರೋಟೀನ್-ಡಿಎನ್ಎ ಅಡ್ಡ ಸಂಪರ್ಕವನ್ನು ತಡೆಗಟ್ಟಲು ಪ್ರಮಾಣೀಕರಣವು ಅಗತ್ಯವಾಗಿದೆ, ಏಕೆಂದರೆ ಇದು ನಂತರದ ಹಂತದಲ್ಲಿ ನಿರ್ಬಂಧದ ಜೀರ್ಣಕ್ರಿಯೆಯ ದಕ್ಷತೆಯ ಮೇಲೆ ನಕಾರಾತ್ಮಕ ಪರಿಣಾಮ ಬೀರಬಹುದು. ನಂತರ ಜೀನೋಮ್ ಅನ್ನು ನಿರ್ಬಂಧಿತ ಎಂಡೋನ್ಯೂಕ್ಲೀಸ್ನೊಂದಿಗೆ ತುಣುಕುಗಳಾಗಿ ಕತ್ತರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ನಿರ್ಬಂಧದ ತುಣುಕುಗಳ ಗಾತ್ರವು ಪರಸ್ಪರ ಸಂವಹನದ ನಕ್ಷೆಯ ನಿರ್ಣಯವನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸುತ್ತದೆ. ಇಕೋಆರ್1 ಅಥವಾ ಹಿಂದ್III ನಂತಹ 6 ಬಿಪಿ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆ ಅನುಕ್ರಮಗಳಲ್ಲಿ ಕಡಿತಗಳನ್ನು ಮಾಡುವ ನಿರ್ಬಂಧಕ ಕಿಣ್ವಗಳನ್ನು (ಆರ್ಇಗಳು) ಈ ಉದ್ದೇಶಕ್ಕಾಗಿ ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಏಕೆಂದರೆ ಅವು ಪ್ರತಿ 4000 ಬಿಪಿಗೆ ಒಮ್ಮೆ ಜೀನೋಮ್ ಅನ್ನು ಕತ್ತರಿಸಿ, ಮಾನವನ ಜೀನೋಮ್ನಲ್ಲಿ ~ 1 ಮಿಲಿಯನ್ ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ನೀಡುತ್ತವೆ. ಹೆಚ್ಚು ನಿಖರವಾದ ಸಂವಹನ ಮ್ಯಾಪಿಂಗ್ಗಾಗಿ, ಆರ್ಇ ಅನ್ನು ಗುರುತಿಸುವ 4 ಬಿಪಿ ಅನ್ನು ಸಹ ಬಳಸಬಹುದು. ಮುಂದಿನ ಹಂತವೆಂದರೆ, ಸಾಮೀಪ್ಯ ಆಧಾರಿತ ಬಂಧನ. ಇದು ಕಡಿಮೆ ಡಿಎನ್ಎ ಸಾಂದ್ರತೆಗಳಲ್ಲಿ ಅಥವಾ ಟಿ4 ಡಿಎನ್ಎ ಲಿಗೇಸ್ನ ಉಪಸ್ಥಿತಿಯಲ್ಲಿ ಅಖಂಡವಾದ, ಪ್ರವೇಶಸಾಧ್ಯವಾದ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಸ್ಗಳಲ್ಲಿ ನಡೆಯುತ್ತದೆ, ಅಂದರೆ ಕ್ರಾಸ್-ಲಿಂಕ್ ಮಾಡದ ತುಣುಕುಗಳ ನಡುವಿನ ಬಂಧನಕ್ಕಿಂತ ಕ್ರಾಸ್-ಲಿಂಕ್ಡ್ ಇಂಟರಾಕ್ಟಿಂಗ್ ತುಣುಕುಗಳ ನಡುವಿನ ಬಂಧನವು ಅನುಕೂಲಕರವಾಗಿರುತ್ತದೆ. ತರುವಾಯ, ಪಿಸಿಆರ್ ವಿಧಾನಗಳಿಂದ ಲಗತ್ತಿಸಲಾದ ಜಂಕ್ಷನ್ಗಳನ್ನು ವರ್ಧಿಸುವ ಮೂಲಕ ಪರಸ್ಪರ ಸಂವಹನ ಮಾಡುವ ಸ್ಥಳಗಳನ್ನು ಪ್ರಮಾಣೀಕರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಮೂಲ ವಿಧಾನಗಳು 3ಸಿ (ಒನ್-ವರ್ಸಸ್-ಒನ್) ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್ ಕಾನ್ಫರ್ಮೇಷನ್ ಕ್ಯಾಪ್ಚರ್ (3ಸಿ) ಪ್ರಯೋಗವು ಒಂದೇ ಜೋಡಿ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಲೋಕಿಯ ನಡುವಿನ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಪ್ರಮಾಣೀಕರಿಸುತ್ತದೆ. ಉದಾಹರಣೆಗೆ, ಅಭ್ಯರ್ಥಿ ಪ್ರವರ್ತಕ-ವರ್ಧಕ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು ಪರೀಕ್ಷಿಸಲು 3ಸಿ ಅನ್ನು ಬಳಸಬಹುದು. ಗೊತ್ತಿರುವ ಪ್ರೈಮರ್ಗಳೊಂದಿಗೆ ಪಿಸಿಆರ್ ಬಳಸಿ ಲೇಪಿತ ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲಾಗುತ್ತದೆ. ಅದಕ್ಕಾಗಿಯೇ ಈ ತಂತ್ರಕ್ಕೆ ಪರಸ್ಪರ ಸಂವಹನ ನಡೆಸುವ ಪ್ರದೇಶಗಳ ಪೂರ್ವ ಜ್ಞಾನದ ಅಗತ್ಯವಿರುತ್ತದೆ. 4ಸಿ (ಒನ್-ವರ್ಸಸ್-ಆಲ್) ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್ ಕಾನ್ಫರ್ಮೇಷನ್ ಕ್ಯಾಪ್ಚರ್-ಆನ್-ಚಿಪ್ (4ಸಿ) (ವೃತ್ತಾಕಾರದ ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್ ಕಾನ್ಫರ್ಮೇಷನ್ ಕ್ಯಾಪ್ಚರ್ ಎಂದೂ ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ) ಒಂದು ಲೋಕಸ್ ಮತ್ತು ಇತರ ಎಲ್ಲಾ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಲೋಕಿಗಳ ನಡುವಿನ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಸೆರೆಹಿಡಿಯುತ್ತದೆ. ಇದು ಸ್ವಯಂ-ವೃತ್ತಾಕಾರದ ಡಿಎನ್ಎ ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ರಚಿಸಲು ಎರಡನೇ ಬಂಧನ ಹಂತವನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುತ್ತದೆ, ಇವುಗಳನ್ನು ವಿಲೋಮ ಪಿಸಿಆರ್ ಅನ್ನು ನಿರ್ವಹಿಸಲು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ವಿಲೋಮ ಪಿಸಿಆರ್ ತಿಳಿದಿರುವ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಅದಕ್ಕೆ ಜೋಡಿಸಲಾದ ಅಜ್ಞಾತ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ವರ್ಧಿಸಲು ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ. 3ಸಿ ಮತ್ತು 5ಸಿಗೆ ವ್ಯತಿರಿಕ್ತವಾಗಿ, 4ಸಿ ತಂತ್ರಕ್ಕೆ ಪರಸ್ಪರ ಸಂವಹನ ನಡೆಸುವ ವರ್ಣತಂತು ಪ್ರದೇಶಗಳೆರಡರ ಪೂರ್ವ ಜ್ಞಾನದ ಅಗತ್ಯವಿರುವುದಿಲ್ಲ. 4ಸಿ ಬಳಸಿ ಪಡೆದ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು ಒಂದಕ್ಕೊಂದು ಸಮೀಪದಲ್ಲಿರುವ ಪ್ರದೇಶಗಳ ನಡುವೆ ಕಂಡುಬರುವ ಹೆಚ್ಚಿನ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳೊಂದಿಗೆ ಹೆಚ್ಚು ಪುನರುತ್ಪಾದನೀಯವಾಗಿವೆ. ಒಂದೇ ಮೈಕ್ರೋಅರೇಯಲ್ಲಿ, ಸರಿಸುಮಾರು ಒಂದು ದಶಲಕ್ಷ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಬಹುದು. 5ಸಿ (ಅನೇಕ-ವರ್ಸಸ್-ಅನೇಕ) ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್ ಕಾನ್ಫರ್ಮೇಷನ್ ಕ್ಯಾಪ್ಚರ್ ಕಾರ್ಬನ್ ಕಾಪಿ (5ಸಿ) ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಪ್ರದೇಶದೊಳಗಿನ ಎಲ್ಲಾ ನಿರ್ಬಂಧದ ತುಣುಕುಗಳ ನಡುವಿನ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆ ಮಾಡುತ್ತದೆ, ಈ ಪ್ರದೇಶದ ಗಾತ್ರವು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಮೆಗಾಬೇಸ್ಗಿಂತ ಹೆಚ್ಚಾಗಿರುವುದಿಲ್ಲ. ಸಾರ್ವತ್ರಿಕ ಪ್ರೈಮರ್ಗಳನ್ನು ಎಲ್ಲಾ ತುಣುಕುಗಳಿಗೆ ಜೋಡಿಸುವ ಮೂಲಕ ಇದನ್ನು ಮಾಡಲಾಗುತ್ತದೆ. ಆದಾಗ್ಯೂ, 5ಸಿ ತುಲನಾತ್ಮಕವಾಗಿ ಕಡಿಮೆ ವ್ಯಾಪ್ತಿಯನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ. 5ಸಿ ತಂತ್ರವು ಇಂಟ್ರಾಮಾಲಿಕ್ಯುಲರ್ ಬಂಧನ ಹಂತದಲ್ಲಿ ಜಂಕ್ಷನಲ್ ಸಮಸ್ಯೆಗಳನ್ನು ನಿವಾರಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಆಸಕ್ತಿಯ ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಸ್ಥಳದ ಸಂಕೀರ್ಣ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ನಿರ್ಮಿಸಲು ಉಪಯುಕ್ತವಾಗಿದೆ. ಈ ವಿಧಾನವು ಜೀನೋಮ್-ವೈಡ್ ಸಂಕೀರ್ಣ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ನಡೆಸಲು ಸೂಕ್ತವಲ್ಲ ಏಕೆಂದರೆ ಇದಕ್ಕೆ ಲಕ್ಷಾಂತರ 5ಸಿ ಪ್ರೈಮರ್ಗಳನ್ನು ಬಳಸಬೇಕಾಗುತ್ತದೆ. ಹೈ-ಸಿ (ಆಲ್-ವರ್ಸಸ್-ಆಲ್) ಹೈ-ಸಿ ತುಣುಕುಗಳ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಕಂಡುಹಿಡಿಯಲು ಹೈ-ಥ್ರೋಪುಟ್ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಬಳಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಜೋಡಿಯಾದ ಅಂತಿಮ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಬಳಸುತ್ತದೆ, ಇದು ಪ್ರತಿ ಲಗತ್ತಿಸಲಾದ ತುಣುಕಿನ ಪ್ರತಿ ತುದಿಯಿಂದ ಒಂದು ಸಣ್ಣ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಹಿಂಪಡೆಯುತ್ತದೆ. ಅಂತೆಯೇ, ಒಂದು ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಬಂಧಿಸಲಾದ ತುಣುಕಿಗೆ, ಪಡೆದ ಎರಡು ಅನುಕ್ರಮಗಳು ಸಾಮೀಪ್ಯ ಆಧಾರಿತ ಬಂಧಿಸುವಿಕೆಯ ಹಂತದಲ್ಲಿ ಒಟ್ಟಿಗೆ ಜೋಡಿಸಲಾದ ಎರಡು ವಿಭಿನ್ನ ನಿರ್ಬಂಧದ ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸಬೇಕು. ಅನುಕ್ರಮಗಳ ಜೋಡಿಯು ಪ್ರತ್ಯೇಕವಾಗಿ ಜೀನೋಮ್ಗೆ ಜೋಡಿಸಲ್ಪಟ್ಟಿರುತ್ತದೆ, ಹೀಗಾಗಿ ಆ ಬಂಧನ ಘಟನೆಯಲ್ಲಿ ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸುತ್ತದೆ. ಆದ್ದರಿಂದ, ತುಣುಕುಗಳ ನಡುವಿನ ಎಲ್ಲಾ ಸಂಭಾವ್ಯ ಜೋಡಿವಾರು ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಪರೀಕ್ಷಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಅನುಕ್ರಮ ಸೆರೆಹಿಡಿಯುವ-ಆಧಾರಿತ ವಿಧಾನಗಳು ಆಸಕ್ತಿಯ ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಸ್ಥಳಕ್ಕಾಗಿ 3ಸಿ ಮತ್ತು ಹೈ-ಸಿ ಗ್ರಂಥಾಲಯಗಳನ್ನು ಸಮೃದ್ಧಗೊಳಿಸಲು ಹಲವಾರು ವಿಧಾನಗಳು ಒಲಿಗೋನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಸೆರೆಹಿಡಿಯುವಿಕೆಯನ್ನು ಬಳಸುತ್ತವೆ. ಈ ವಿಧಾನಗಳಲ್ಲಿ ಕ್ಯಾಪ್ಚರ್-ಸಿ, ಎನ್ಜಿ ಕ್ಯಾಪ್ಚರ್-ಸಿ, ಕ್ಯಾಪ್ಚರ್-3ಸಿ, ಹೈಕ್ಯಾಪ್, ಕ್ಯಾಪ್ಚರ್ ಹೈ-ಸಿ ಮತ್ತು ಮೈಕ್ರೋ ಕ್ಯಾಪ್ಚರ್-ಸಿ ಸೇರಿವೆ. ಈ ವಿಧಾನಗಳು 4ಸಿ ಆಧಾರಿತ ವಿಧಾನಗಳಿಗಿಂತ ಹೆಚ್ಚಿನ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ ಮತ್ತು ಸೂಕ್ಷ್ಮತೆಯನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸಲು ಸಮರ್ಥವಾಗಿವೆ, ಮೈಕ್ರೋ ಕ್ಯಾಪ್ಚರ್-ಸಿ ಲಭ್ಯವಿರುವ 3ಸಿ ತಂತ್ರಗಳ ಅತ್ಯುನ್ನತ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ ಅನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಬೇಸ್ ಜೋಡಿ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ ಡೇಟಾವನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸಲು ಸಾಧ್ಯವಿದೆ. ಏಕ-ಜೀವಕೋಶದ ವಿಧಾನಗಳು ಈ ವಿಧಾನಗಳ ಏಕ-ಜೀವಕೋಶದ ರೂಪಾಂತರಗಳಾದ ಚಿಐಪಿ-ಸೆಕ್ ಮತ್ತು ಹೈ-ಸಿಯನ್ನು ಪ್ರತ್ಯೇಕ ಜೀವಕೋಶಗಳಲ್ಲಿ ಸಂಭವಿಸುವ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ತನಿಖೆ ಮಾಡಲು ಬಳಸಬಹುದು. ಬಹು-ಸಂವಹನ ವಿಧಾನಗಳು ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ನ ಅನೇಕ ಪ್ರದೇಶಗಳು ಪರಸ್ಪರ ಸಂವಹನ ನಡೆಸುತ್ತಿರುವ ಉನ್ನತ-ಕ್ರಮಾಂಕದ ರಚನೆಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲು ಹಲವಾರು ವಿಧಾನಗಳು ಏಕಕಾಲದಲ್ಲಿ ಅನೇಕ ಬಂಧನ ಜಂಕ್ಷನ್ಗಳನ್ನು ಅನುಕ್ರಮಗೊಳಿಸುತ್ತವೆ. ಈ ವಿಧಾನಗಳಲ್ಲಿ ಟ್ರೈ-ಸಿ, 3-ವೇ 4ಸಿ/ಸಿ-ನಡಿಗೆಗಳು ಮತ್ತು ಬಹು-ಸಂಪರ್ಕ 4ಸಿ (ಎಂಸಿ-4ಸಿ) ಸೇರಿವೆ. ಇಮ್ಯುನೊಪ್ರೆಸಿಪಿಟೇಶನ್-ಆಧಾರಿತ ವಿಧಾನಗಳು ಚಿಐಪಿ-ಲೂಪ್ ಚಿಐಪಿ-ಲೂಪ್ 3ಸಿ ಅನ್ನು ಚಿಐಪಿ-ಸೆಕ್ನೊಂದಿಗೆ ಸಂಯೋಜಿಸುತ್ತದೆ, ಆಸಕ್ತಿಯ ಪ್ರೋಟೀನ್ನಿಂದ ಮಧ್ಯಸ್ಥಿಕೆಯಲ್ಲಿರುವ ಆಸಕ್ತಿಯ ಎರಡು ಸ್ಥಳಗಳ ನಡುವಿನ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚುತ್ತದೆ. ಆಗಾಗ್ಗೆ ಡಿಎನ್ಎ ಘರ್ಷಣೆಗಳು ಸಂಭವಿಸುವುದಿಲ್ಲವಾದ್ದರಿಂದ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳ ಮೂಲಕ ಮಧ್ಯಸ್ಥಿಕೆಯ ದೀರ್ಘ-ಶ್ರೇಣಿಯ ಸಿಸ್-ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳು ಮತ್ತು ಟ್ರಾನ್ಸ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಚಿಪ್-ಲೂಪ್ ಉಪಯುಕ್ತವಾಗಬಹುದು. ಜೀನೋಮ್ ವೈಡ್ ವಿಧಾನಗಳಾದ ಚಿಯಾ-ಪಿಇಟಿ, ಆಸಕ್ತಿಯ ಪ್ರೋಟೀನ್ನಿಂದ ಮಧ್ಯಸ್ಥಿಕೆಯಲ್ಲಿರುವ ಎಲ್ಲಾ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲು ಹೈ-ಸಿಯನ್ನು ಚಿಪ್-ಸೆಕ್ನೊಂದಿಗೆ ಸಂಯೋಜಿಸುತ್ತದೆ. ಕಡಿಮೆ ಇನ್ಪುಟ್ ವಸ್ತುಗಳೊಂದಿಗೆ ಚಿಯಾ-ಪಿಇಟಿಯಂತೆಯೇ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಅನುಮತಿಸಲು ಹೈಚಿಪ್ ಅನ್ನು ವಿನ್ಯಾಸಗೊಳಿಸಲಾಗಿದೆ. ಜೈವಿಕ ಪರಿಣಾಮ 3ಸಿ ವಿಧಾನಗಳು ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್ಗಳ ಹೊಸ ರಚನಾತ್ಮಕ ಲಕ್ಷಣಗಳ ಆವಿಷ್ಕಾರ, ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಲೂಪ್ಗಳ ಪಟ್ಟಿ ಮತ್ತು ಪ್ರತಿಲೇಖನ ನಿಯಂತ್ರಣ ಕಾರ್ಯವಿಧಾನಗಳ ಹೆಚ್ಚಿನ ತಿಳುವಳಿಕೆಯನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಂತೆ ಹಲವಾರು ಜೈವಿಕ ಒಳನೋಟಗಳಿಗೆ ಕಾರಣವಾಗಿವೆ (ಇದರ ಅಡ್ಡಿ ರೋಗಕ್ಕೆ ಕಾರಣವಾಗಬಹುದು). 3ಸಿ ವಿಧಾನಗಳು ಅವು ನಿಯಂತ್ರಿಸುವ ವಂಶವಾಹಿಗಳಿಗೆ ನಿಯಂತ್ರಕ ಅಂಶಗಳ ಪ್ರಾದೇಶಿಕ ಸಾಮೀಪ್ಯದ ಮಹತ್ವವನ್ನು ಪ್ರದರ್ಶಿಸಿವೆ. ಉದಾಹರಣೆಗೆ, ಗ್ಲೋಬಿನ್ ವಂಶವಾಹಿಗಳನ್ನು ವ್ಯಕ್ತಪಡಿಸುವ ಅಂಗಾಂಶಗಳಲ್ಲಿ, β-ಗ್ಲೋಬಿನ್ ಲೋಕಸ್ ನಿಯಂತ್ರಣ ಪ್ರದೇಶವು ಈ ವಂಶವಾಹಿಗಳೊಂದಿಗೆ ಒಂದು ಚಕ್ರವನ್ನು ರೂಪಿಸುತ್ತದೆ. ಜೀನ್ ಅನ್ನು ವ್ಯಕ್ತಪಡಿಸದ ಅಂಗಾಂಶಗಳಲ್ಲಿ ಈ ಲೂಪ್ ಕಂಡುಬರುವುದಿಲ್ಲ. ಈ ತಂತ್ರಜ್ಞಾನವು ಮಾದರಿ ಜೀವಿಗಳಲ್ಲಿ ಮತ್ತು ಮಾನವರಲ್ಲಿ ವರ್ಣತಂತುಗಳ ಆನುವಂಶಿಕ ಮತ್ತು ಎಪಿಜೆನೆಟಿಕ್ ಅಧ್ಯಯನಕ್ಕೆ ಮತ್ತಷ್ಟು ಸಹಾಯ ಮಾಡಿದೆ. ಈ ವಿಧಾನಗಳು ಜೀನೋಮ್ನ ದೊಡ್ಡ ಪ್ರಮಾಣದ ಸಂಘಟನೆಯನ್ನು ಟೋಪೋಲಾಜಿಕಲಿ ಅಸೋಸಿಯೇಟಿಂಗ್ ಡೊಮೇನ್ಗಳಾಗಿ (ಟಿಎಡಿ) ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸಿವೆ, ಇದು ಎಪಿಜೆನೆಟಿಕ್ ಮಾರ್ಕರ್ಗಳೊಂದಿಗೆ ಪರಸ್ಪರ ಸಂಬಂಧ ಹೊಂದಿದೆ. ಕೆಲವು ಟಿಎಡಿಗಳು ಪ್ರತಿಲೇಖನವಾಗಿ ಸಕ್ರಿಯವಾಗಿದ್ದರೆ, ಇತರವುಗಳನ್ನು ನಿಗ್ರಹಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಡಿ. ಮೆಲಾನೋಗಾಸ್ಟರ್, ಇಲಿ ಮತ್ತು ಮಾನವರಲ್ಲಿ ಅನೇಕ ಟಿಎಡಿಗಳು ಕಂಡುಬಂದಿವೆ. ಇದಲ್ಲದೆ, ಸಿಟಿಸಿಎಫ್ ಮತ್ತು ಕೊಹೆಸಿನ್ಗಳು ಟಿಎಡಿಗಳನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸುವಲ್ಲಿ ಮತ್ತು ವರ್ಧಕ-ಪ್ರವರ್ತಕ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳಲ್ಲಿ ಪ್ರಮುಖ ಪಾತ್ರವಹಿಸುತ್ತವೆ. ಎನ್ಹಾನ್ಸರ್-ಪ್ರೊಮೋಟರ್ ಲೂಪ್ನಲ್ಲಿ ಸಿಟಿಸಿಎಫ್ ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಮೋಟಿಫ್ಗಳ ದೃಷ್ಟಿಕೋನವು ಎನ್ಹಾನ್ಸರ್ ತನ್ನ ಸರಿಯಾದ ಗುರಿಯನ್ನು ಕಂಡುಕೊಳ್ಳುವ ಸಲುವಾಗಿ ಪರಸ್ಪರ ಎದುರಾಗಿರಬೇಕು ಎಂದು ಫಲಿತಾಂಶವು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ. ಮಾನವನ ಕಾಯಿಲೆ ಪ್ರವರ್ತಕ-ವರ್ಧಕ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳಲ್ಲಿನ ದೋಷಗಳಿಂದ ಉಂಟಾಗುವ ಹಲವಾರು ಕಾಯಿಲೆಗಳಿವೆ, ಅವುಗಳನ್ನು ಈ ಲೇಖನದಲ್ಲಿ ಪರಿಶೀಲಿಸಲಾಗಿದೆ. ಬೀಟಾ ಥಲಸ್ಸೆಮಿಯಾವು ಎಲ್ಸಿಆರ್ ವರ್ಧಕ ಅಂಶದ ಅಳಿಸುವಿಕೆಯಿಂದ ಉಂಟಾಗುವ ಒಂದು ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ರೀತಿಯ ರಕ್ತ ಅಸ್ವಸ್ಥತೆಯಾಗಿದೆ. ಹೋಲೋಪ್ರೊಸೆನ್ಸ್ಫಾಲಿ ಎಂಬುದು ಎಸ್. ಬಿ. ಇ. 2 ವರ್ಧಕ ಅಂಶದಲ್ಲಿನ ರೂಪಾಂತರದಿಂದ ಉಂಟಾಗುವ ಸೆಫಾಲಿಕ್ ಅಸ್ವಸ್ಥತೆಯಾಗಿದೆ, ಇದು ಎಸ್. ಎಚ್. ಎಚ್ ಜೀನ್ನ ಉತ್ಪಾದನೆಯನ್ನು ದುರ್ಬಲಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ. ಪಿಪಿಡಿ2 (ಟ್ರೈಫ್ಯಾಲೆಂಜಿಯಲ್ ಹೆಬ್ಬೆರಳಿನ ಪಾಲಿಡಾಕ್ಟೈಲಿ) ಜೆಡ್ಆರ್ಎಸ್ ವರ್ಧಕದ ರೂಪಾಂತರದಿಂದ ಉಂಟಾಗುತ್ತದೆ, ಇದು ಎಸ್ಎಚ್ಎಚ್ ಜೀನ್ನ ಉತ್ಪಾದನೆಯನ್ನು ಬಲಪಡಿಸುತ್ತದೆ. ಶ್ವಾಸಕೋಶದ ಅಡೆನೊಕಾರ್ಸಿನೋಮವು ಎಂವೈಸಿ ಜೀನ್ಗೆ ವರ್ಧಕ ಅಂಶದ ಪುನರಾವರ್ತನೆಯಿಂದ ಉಂಟಾಗಬಹುದು. ಟಿ-ಸೆಲ್ ತೀವ್ರವಾದ ಲಿಂಫೋಬ್ಲಾಸ್ಟಿಕ್ ಲ್ಯುಕೇಮಿಯಾವು ಹೊಸ ವರ್ಧಕದ ಪರಿಚಯದಿಂದ ಉಂಟಾಗುತ್ತದೆ. ದತ್ತಾಂಶ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ ವಿವಿಧ 3ಸಿ-ಶೈಲಿಯ ಪ್ರಯೋಗಗಳು ವಿಭಿನ್ನ ರಚನೆಗಳು ಮತ್ತು ಸಂಖ್ಯಾಶಾಸ್ತ್ರೀಯ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳೊಂದಿಗೆ ದತ್ತಾಂಶವನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸುತ್ತವೆ. ಅಂತೆಯೇ, ಪ್ರತಿ ಪ್ರಯೋಗ ಪ್ರಕಾರಕ್ಕೂ ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ ಪ್ಯಾಕೇಜುಗಳು ಅಸ್ತಿತ್ವದಲ್ಲಿವೆ. ಹೈ-ಸಿ ದತ್ತಾಂಶವನ್ನು ಹೆಚ್ಚಾಗಿ ಜೀನೋಮ್-ವೈಡ್ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಸಂಘಟನೆಯನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಲು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಉದಾಹರಣೆಗೆ ಟೋಪೋಲಾಜಿಕಲಿ ಅಸೋಸಿಯೇಟಿಂಗ್ ಡೊಮೇನ್ಗಳು (ಟಿಎಡಿಗಳು), 3-ಡಿ ಜಾಗದಲ್ಲಿ ಸಂಬಂಧಿಸಿರುವ ಜೀನೋಮ್ನ ರೇಖೀಯವಾಗಿ ಪಕ್ಕದ ಪ್ರದೇಶಗಳು. ಹೈ-ಸಿ ದತ್ತಾಂಶದಿಂದ ಟಿಎಡಿಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಹಲವಾರು ಕ್ರಮಾವಳಿಗಳನ್ನು ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಲಾಗಿದೆ. ಹೈ-ಸಿ ಮತ್ತು ಅದರ ನಂತರದ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಳು ವಿಕಸನಗೊಳ್ಳುತ್ತಿವೆ. ಫಿಟ್-ಹೈ-ಸಿ ಎಂಬುದು ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಯ ಅಂತರವನ್ನು (ಆರಂಭಿಕ ಸ್ಪ್ಲೈನ್ ಫಿಟ್ಟಿಂಗ್, ಅಕಾ ಸ್ಪ್ಲೈನ್-1) ಸೇರಿಸುವ ಮತ್ತು ಶೂನ್ಯ ಮಾದರಿಯನ್ನು (ಸ್ಪ್ಲೈನ್-2) ಪರಿಷ್ಕರಿಸುವ ಮಾರ್ಪಾಡುಗಳೊಂದಿಗೆ ಪ್ರತ್ಯೇಕವಾದ ಬೈನಿಂಗ್ ವಿಧಾನವನ್ನು ಆಧರಿಸಿದ ಒಂದು ವಿಧಾನವಾಗಿದೆ. ಫಿಟ್-ಹೈ-ಸಿಯ ಫಲಿತಾಂಶವು ಅವುಗಳ ಪಿ-ಮೌಲ್ಯಗಳು ಮತ್ತು ಕ್ಯೂ-ಮೌಲ್ಯಗಳೊಂದಿಗೆ ಜೋಡಿಯಾಗಿ ಇಂಟ್ರಾ-ಕ್ರೋಮೋಸೋಮಲ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳ ಪಟ್ಟಿಯಾಗಿದೆ. ಸಂಪರ್ಕ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ನ ಐಜೆಂಡೆ-ಸಂಯೋಜನೆಯ ಮೂಲಕವೂ ಜೀನೋಮ್ನ 3-ಡಿ ಸಂಘಟನೆಯನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಬಹುದು. ಪ್ರತಿಯೊಂದು ಐಗನ್ ವೆಕ್ಟರ್ ಒಂದು ಲೋಕಿಯ ಗುಂಪಿಗೆ ಅನುರೂಪವಾಗಿದೆ, ಇದು ಸಂರಚನಾತ್ಮಕ ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳನ್ನು ಹಂಚಿಕೊಳ್ಳುವ ರೇಖೀಯವಾಗಿ ಸನ್ನಿಹಿತವಾಗಿರಬೇಕಾಗಿಲ್ಲ. ಯಾದೃಚ್ಛಿಕ ಪಾಲಿಮರ್ ನಡವಳಿಕೆಯಿಂದಾಗಿ ಸಂಭವಿಸುವ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಲೋಕಿಯ ನಡುವಿನ ಆಗಾಗ್ಗೆ ನಿರ್ದಿಷ್ಟವಲ್ಲದ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳು 3ಸಿ ತಂತ್ರಜ್ಞಾನಗಳಲ್ಲಿ ಗಮನಾರ್ಹವಾದ ಗೊಂದಲದ ಅಂಶವಾಗಿದೆ. ಎರಡು ಸ್ಥಳಗಳ ನಡುವಿನ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು ಸಂಖ್ಯಾಶಾಸ್ತ್ರೀಯ ಪ್ರಾಮುಖ್ಯತೆಯ ಪರೀಕ್ಷೆಯ ಮೂಲಕ ನಿರ್ದಿಷ್ಟವೆಂದು ದೃಢೀಕರಿಸಬೇಕು. ಹೈ-ಸಿ ಸಂಪರ್ಕ ನಕ್ಷೆಯ ಸಾಮಾನ್ಯೀಕರಣ ಕಚ್ಚಾ ಹೈ-ಸಿ ಸಂಪರ್ಕ ಶಾಖ ನಕ್ಷೆಗಳನ್ನು ಸಾಮಾನ್ಯಗೊಳಿಸಲು ಎರಡು ಪ್ರಮುಖ ಮಾರ್ಗಗಳಿವೆ. ಮೊದಲ ಮಾರ್ಗವೆಂದರೆ ಸಮಾನ ಗೋಚರತೆಯನ್ನು ಊಹಿಸಿಕೊಳ್ಳುವುದು, ಅಂದರೆ ಪ್ರತಿ ವರ್ಣತಂತು ಸ್ಥಾನವು ಪರಸ್ಪರ ಸಂವಹನ ನಡೆಸಲು ಸಮಾನ ಅವಕಾಶವಿದೆ. ಆದ್ದರಿಂದ, ಹೈ-ಸಿ ಸಂಪರ್ಕ ನಕ್ಷೆಯ ನಿಜವಾದ ಸಂಕೇತವು ಸಮತೋಲಿತ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ ಆಗಿರಬೇಕು (ಸಮತೋಲಿತ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ ಸ್ಥಿರವಾದ ಸಾಲು ಮೊತ್ತಗಳು ಮತ್ತು ಕಾಲಮ್ ಮೊತ್ತಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುತ್ತದೆ). ಸಮಾನ ಗೋಚರತೆಯನ್ನು ಊಹಿಸಿಕೊಳ್ಳುವ ಕ್ರಮಾವಳಿಗಳ ಒಂದು ಉದಾಹರಣೆಯೆಂದರೆ ಸಿಂಕ್ಹಾರ್ನ್-ನೋಪ್ ಕ್ರಮಾವಳಿ, ಇದು ಕಚ್ಚಾ ಹೈ-ಸಿ ಸಂಪರ್ಕ ನಕ್ಷೆಯನ್ನು ಸಮತೋಲಿತ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ ಆಗಿ ಅಳೆಯುತ್ತದೆ. ಪ್ರತಿ ವರ್ಣತಂತು ಸ್ಥಾನದೊಂದಿಗೆ ಪಕ್ಷಪಾತವಿದೆ ಎಂದು ಭಾವಿಸುವುದು ಇನ್ನೊಂದು ಮಾರ್ಗವಾಗಿದೆ. ಪ್ರತಿ ನಿರ್ದೇಶಾಂಕದಲ್ಲಿನ ಸಂಪರ್ಕ ನಕ್ಷೆಯ ಮೌಲ್ಯವು ಎರಡು ಸಂಪರ್ಕ ಸ್ಥಾನಗಳಿಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಆ ಸ್ಥಾನದ ಸಮಯದ ಪಕ್ಷಪಾತದಲ್ಲಿ ನಿಜವಾದ ಸಂಕೇತವಾಗಿರುತ್ತದೆ. ಪಕ್ಷಪಾತದ ಈ ಮಾದರಿಯನ್ನು ಪರಿಹರಿಸುವ ಗುರಿಯನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಕ್ರಮಾವಳಿಗಳ ಒಂದು ಉದಾಹರಣೆಯೆಂದರೆ ಪುನರಾವರ್ತಿತ ತಿದ್ದುಪಡಿ, ಇದು ಕಚ್ಚಾ ಹೈ-ಸಿ ಸಂಪರ್ಕ ನಕ್ಷೆಯಿಂದ ಸಾಲು ಮತ್ತು ಕಾಲಮ್ ಪಕ್ಷಪಾತವನ್ನು ಪುನರಾವರ್ತಿತವಾಗಿ ಹಿಂತಿರುಗಿಸುತ್ತದೆ. ಹೈ-ಸಿ ದತ್ತಾಂಶದ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಾಗಿ ಹಲವಾರು ತಂತ್ರಾಂಶ ಸಾಧನಗಳು ಲಭ್ಯವಿವೆ. ಡಿಎನ್ಎ ಮೋಟಿಫ್ನ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ ಡಿಎನ್ಎ ಮೋಟಿಫ್ಗಳು ನಿರ್ದಿಷ್ಟವಾದ ಸಣ್ಣ ಡಿಎನ್ಎ ಅನುಕ್ರಮಗಳಾಗಿವೆ, ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ 8-20 ಉದ್ದದ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ಗಳು ಸಾಮಾನ್ಯ ಜೈವಿಕ ಕಾರ್ಯವನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಅನುಕ್ರಮಗಳ ಗುಂಪಿನಲ್ಲಿ ಸಂಖ್ಯಾಶಾಸ್ತ್ರೀಯವಾಗಿ ಅತಿಯಾಗಿ ಪ್ರತಿನಿಧಿಸಲ್ಪಡುತ್ತವೆ. ಪ್ರಸ್ತುತ, ದೀರ್ಘ-ಶ್ರೇಣಿಯ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳ ಮೇಲಿನ ನಿಯಂತ್ರಕ ಲಕ್ಷಣಗಳನ್ನು ವ್ಯಾಪಕವಾಗಿ ಅಧ್ಯಯನ ಮಾಡಲಾಗಿಲ್ಲ. ಹಲವಾರು ಅಧ್ಯಯನಗಳು ಪ್ರವರ್ತಕ-ವರ್ಧಕ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳಲ್ಲಿ ಡಿಎನ್ಎ ಲಕ್ಷಣಗಳ ಪ್ರಭಾವವನ್ನು ಸ್ಪಷ್ಟಪಡಿಸುವತ್ತ ಗಮನ ಹರಿಸಿವೆ. ಬೈಲಿ ಮತ್ತು ಇತರರು. ಪ್ರವರ್ತಕ ಪ್ರದೇಶಗಳಲ್ಲಿ ZNF143 ವಿಶಿಷ್ಟ ಲಕ್ಷಣವು ಪ್ರವರ್ತಕ-ವರ್ಧಕ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳಿಗೆ ಅನುಕ್ರಮ ನಿರ್ದಿಷ್ಟತೆಯನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ ಎಂದು ಗುರುತಿಸಿದೆ. ZNF143 ಮೋಟಿಫ್ನ ರೂಪಾಂತರವು ಪ್ರವರ್ತಕ-ವರ್ಧಕ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳ ಆವರ್ತನವನ್ನು ಕಡಿಮೆ ಮಾಡಿತು, ಇದು ZNF143 ಒಂದು ಹೊಸ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್-ಲೂಪಿಂಗ್ ಅಂಶವಾಗಿದೆ ಎಂದು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ. ಜೀನೋಮ್-ಸ್ಕೇಲ್ ಮೋಟಿಫ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಾಗಿ, 2016ರಲ್ಲಿ, ವಾಂಗ್ ಮತ್ತು ಇತರರು. ಪ್ರವರ್ತಕ-ವರ್ಧಕ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳ ಮೇಲೆ ಕೆ562 ಜೀವಕೋಶದ ರೇಖೆಗಾಗಿ 19,491 ಡಿಎನ್ಎ ಮೋಟಿಫ್ನ ಜೋಡಿಗಳ ಪಟ್ಟಿಯನ್ನು ವರದಿ ಮಾಡಿದೆ. ಇದರ ಪರಿಣಾಮವಾಗಿ, ಮೋಟಿಫ್ನ ಜೋಡಣೆಯ ಬಹುಸಂಖ್ಯೆಯು (ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಮೋಟಿಫ್ನೊಂದಿಗೆ ಜೋಡಿಸಲಾದ ಮೋಟಿಫ್ನ ಸಂಖ್ಯೆ) ಪರಸ್ಪರ ಸಂವಹನದ ದೂರ ಮತ್ತು ನಿಯಂತ್ರಕ ಪ್ರದೇಶದ ಪ್ರಕಾರಕ್ಕೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದೆ ಎಂದು ಅವರು ಪ್ರಸ್ತಾಪಿಸಿದರು. ಮುಂದಿನ ವರ್ಷದಲ್ಲಿ, 6 ಮಾನವ ಜೀವಕೋಶದ ರೇಖೆಗಳಲ್ಲಿ 18,879 ಮೋಟಿಫ್ನ ಜೋಡಿಗಳನ್ನು ವರದಿ ಮಾಡುವ ಮತ್ತೊಂದು ಲೇಖನವನ್ನು ವಾಂಗ್ ಪ್ರಕಟಿಸಿದರು. ಈ ಕೃತಿಯ ಒಂದು ನವೀನ ಕೊಡುಗೆಯೆಂದರೆ ಮೋಟಿಫ್ಹ್ಯಾಡೆಸ್, ಇದು ಜೋಡಿಯಾದ ಅನುಕ್ರಮಗಳಿಗೆ ನೇರವಾಗಿ ಅನ್ವಯಿಸಬಹುದಾದ ಒಂದು ವಿಶಿಷ್ಟ ಆವಿಷ್ಕಾರ ಸಾಧನವಾಗಿದೆ. ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಜೀನೋಮ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ 3ಸಿ-ಆಧಾರಿತ ತಂತ್ರಗಳು ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಜೀನೋಮ್ಗಳಲ್ಲಿನ ವರ್ಣತಂತುಗಳ ಮರುಜೋಡಣೆಗಳ ಬಗ್ಗೆ ಒಳನೋಟವನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತವೆ. ಇದಲ್ಲದೆ, ಅವು ನಿಯಂತ್ರಕ ಅಂಶಗಳು ಮತ್ತು ಅವುಗಳ ಗುರಿ ವಂಶವಾಹಿಗಳಿಗೆ ಪ್ರಾದೇಶಿಕ ಸಾಮೀಪ್ಯದ ಬದಲಾವಣೆಗಳನ್ನು ತೋರಿಸಬಹುದು, ಇದು ಜೀನೋಮ್ನ ರಚನಾತ್ಮಕ ಮತ್ತು ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಆಧಾರದ ಬಗ್ಗೆ ಆಳವಾದ ತಿಳುವಳಿಕೆಯನ್ನು ತರುತ್ತದೆ. ಹೆಚ್ಚಿನ ಓದುವ ಉಲ್ಲೇಖಗಳು ಸಹ ನೋಡಿ ಜೀವರಾಸಾಯನಿಕ ಬೇರ್ಪಡಿಸುವಿಕೆಯ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಗಳು ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್ಗಳ ಪರಮಾಣು ರಚನೆ