Scoring functions for docking
ಕಂಪ್ಯೂಟೇಶನಲ್ ಕೆಮಿಸ್ಟ್ರಿ ಮತ್ತು ಮಾಲಿಕ್ಯುಲರ್ ಮಾಡೆಲಿಂಗ್ ಕ್ಷೇತ್ರಗಳಲ್ಲಿ, ಸ್ಕೋರಿಂಗ್ ಕಾರ್ಯಗಳು ಎರಡು ಅಣುಗಳನ್ನು ಜೋಡಿಸಿದ ನಂತರ ಅವುಗಳ ನಡುವಿನ ಬಂಧಿಸುವ ಸಂಬಂಧವನ್ನು ಅಂದಾಜು ಊಹಿಸಲು ಬಳಸುವ ಗಣಿತದ ಕಾರ್ಯಗಳಾಗಿವೆ. ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಅಣುಗಳಲ್ಲಿ ಒಂದು ಔಷಧದಂತಹ ಸಣ್ಣ ಸಾವಯವ ಸಂಯುಕ್ತವಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ಎರಡನೆಯದು ಪ್ರೋಟೀನ್ ಗ್ರಾಹಕದಂತಹ ಔಷಧದ ಜೈವಿಕ ಗುರಿಯಾಗಿದೆ. ಎರಡು ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳ ನಡುವಿನ ಅಥವಾ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಮತ್ತು ಡಿಎನ್ಎಗಳ ನಡುವಿನ ಅಂತರ ಆಣ್ವಿಕ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳ ಬಲವನ್ನು ಊಹಿಸಲು ಸ್ಕೋರಿಂಗ್ ಕಾರ್ಯಗಳನ್ನು ಸಹ ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಲಾಗಿದೆ. ಯುಟಿಲಿಟಿ ಸ್ಕೋರಿಂಗ್ ಕಾರ್ಯಗಳನ್ನು ಔಷಧ ಅನ್ವೇಷಣೆ ಮತ್ತು ಇತರ ಆಣ್ವಿಕ ಮಾದರಿ ಅನ್ವಯಿಕೆಗಳಲ್ಲಿ ವ್ಯಾಪಕವಾಗಿ ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಇವುಗಳಲ್ಲಿ ಇವು ಸೇರಿವೆಃ ಆಸಕ್ತಿಯ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಗುರಿಯೊಂದಿಗೆ ಬಂಧಿಸುವ ಹೊಸ ಸಣ್ಣ ಅಣುಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಕ್ಯಾಂಡಿಡೇಟ್ ಲಿಗಂಡ್ಗಳ ಸಣ್ಣ ಅಣು ದತ್ತಸಂಚಯಗಳ ವರ್ಚುವಲ್ ಸ್ಕ್ರೀನಿಂಗ್ ಮತ್ತು ಆದ್ದರಿಂದ ಔಷಧ ಆವಿಷ್ಕಾರಕ್ಕೆ ಉಪಯುಕ್ತ ಆರಂಭಿಕ ಹಂತಗಳಾಗಿವೆ. ಪೂರ್ವಭಾವಿ ಅವಶ್ಯಕತೆಗಳು ಒಬ್ಬರು ಊಹಿಸಲು ಬಯಸುವ ಪ್ರಭೇದಗಳಂತೆಯೇ ಆಣ್ವಿಕ ಪ್ರಭೇದಗಳ ನಡುವೆ ಪ್ರಾಯೋಗಿಕವಾಗಿ ನಿರ್ಧರಿಸಲಾದ ಬಂಧಿಸುವ ಸಂಬಂಧಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ದತ್ತಾಂಶ ಗುಂಪಿನ ವಿರುದ್ಧ ಸ್ಕೋರಿಂಗ್ ಕಾರ್ಯಗಳನ್ನು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ನಿಯತಾಂಕಗೊಳಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ (ಅಥವಾ ತರಬೇತಿ ನೀಡಲಾಗುತ್ತದೆ). ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳಿಗೆ ಲಿಗಂಡ್ಗಳ ಸಂಬಂಧಗಳನ್ನು ಊಹಿಸುವ ಗುರಿಯನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಪ್ರಸ್ತುತ ಬಳಸಲಾಗುವ ವಿಧಾನಗಳಿಗೆ ಈ ಕೆಳಗಿನವುಗಳನ್ನು ಮೊದಲು ತಿಳಿದುಕೊಳ್ಳಬೇಕು ಅಥವಾ ಊಹಿಸಬೇಕುಃ ಪ್ರೋಟೀನ್ ತೃತೀಯ ರಚನೆ-ಮೂರು ಆಯಾಮದ ಜಾಗದಲ್ಲಿ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಪರಮಾಣುಗಳ ಜೋಡಣೆ. ಪ್ರೋಟೀನ್ ರಚನೆಗಳನ್ನು ಎಕ್ಸ್-ರೇ ಸ್ಫಟಿಕಶಾಸ್ತ್ರ ಅಥವಾ ದ್ರಾವಣ ಹಂತದ ಎನ್. ಎಂ. ಆರ್ ವಿಧಾನಗಳಂತಹ ಪ್ರಾಯೋಗಿಕ ತಂತ್ರಗಳಿಂದ ನಿರ್ಧರಿಸಬಹುದು ಅಥವಾ ಹೋಮೋಲಜಿ ಮಾಡೆಲಿಂಗ್ ಮೂಲಕ ಊಹಿಸಬಹುದು. ಲಿಗಂಡ್ ಸಕ್ರಿಯ ಸಂರಚನೆ-ಪ್ರೋಟೀನ್ ಬೈಂಡಿಂಗ್-ಮೋಡ್ಗೆ ಬಂಧಿಸಿದಾಗ ಲಿಗ್ಯಾಂಡ್ನ ಮೂರು ಆಯಾಮದ ಆಕಾರ-ಸಂಕೀರ್ಣದಲ್ಲಿ ಪರಸ್ಪರ ಸಂಬಂಧಿಸಿರುವ ಎರಡು ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಪಾಲುದಾರರ ದೃಷ್ಟಿಕೋನ ಮೇಲಿನ ಮಾಹಿತಿಯು ಸಂಕೀರ್ಣದ ಮೂರು ಆಯಾಮದ ರಚನೆಯನ್ನು ನೀಡುತ್ತದೆ. ಈ ರಚನೆಯ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ, ಸ್ಕೋರಿಂಗ್ ಕಾರ್ಯವು ಈ ಕೆಳಗಿನ ವಿಧಾನಗಳಲ್ಲಿ ಒಂದನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಸಂಕೀರ್ಣದಲ್ಲಿರುವ ಎರಡು ಅಣುಗಳ ನಡುವಿನ ಸಂಬಂಧದ ಬಲವನ್ನು ಅಂದಾಜು ಮಾಡಬಹುದು. ಅಂತಿಮವಾಗಿ ಸ್ಕೋರಿಂಗ್ ಕಾರ್ಯವನ್ನು ಸ್ವತಃ ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಮೋಡ್ ಮತ್ತು ಸಂಕೀರ್ಣದಲ್ಲಿನ ಸಣ್ಣ ಅಣುವಿನ ಸಕ್ರಿಯ ಸಂರಚನೆ ಎರಡನ್ನೂ ಊಹಿಸಲು ಸಹಾಯ ಮಾಡಲು ಬಳಸಬಹುದು, ಅಥವಾ ಪರ್ಯಾಯವಾಗಿ ಸರಳವಾದ ಮತ್ತು ಕಂಪ್ಯೂಟೇಶನಲ್ ವೇಗವಾದ ಕಾರ್ಯವನ್ನು ಡಾಕಿಂಗ್ ರನ್ ಒಳಗೆ ಬಳಸಬಹುದು. ವರ್ಗಗಳು ಸ್ಕೋರಿಂಗ್ ಕಾರ್ಯಗಳಲ್ಲಿ ನಾಲ್ಕು ಸಾಮಾನ್ಯ ವರ್ಗಗಳಿವೆಃ ಫೋರ್ಸ್ ಫೀಲ್ಡ್-ಅಫಿನಿಟಿಗಳನ್ನು ಇಂಟರ್ಮಾಲಿಕ್ಯುಲರ್ ವ್ಯಾನ್ ಡೆರ್ ವಾಲ್ಸ್ನ ಶಕ್ತಿ ಮತ್ತು ಸಂಕೀರ್ಣದಲ್ಲಿರುವ ಎರಡು ಅಣುಗಳ ಎಲ್ಲಾ ಪರಮಾಣುಗಳ ನಡುವಿನ ಸ್ಥಿರವಿದ್ಯುತ್ತಿನ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಬಲ ಕ್ಷೇತ್ರವನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಒಟ್ಟುಗೂಡಿಸುವ ಮೂಲಕ ಅಂದಾಜು ಮಾಡಲಾಗುತ್ತದೆ. ಎರಡು ಬಂಧಿಸುವ ಪಾಲುದಾರರ ಇಂಟ್ರಾಮಾಲಿಕ್ಯುಲರ್ ಶಕ್ತಿಗಳನ್ನು (ಸ್ಟ್ರೈನ್ ಎನರ್ಜಿ ಎಂದೂ ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ) ಸಹ ಆಗಾಗ್ಗೆ ಸೇರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಅಂತಿಮವಾಗಿ ಬಂಧನವು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ನೀರಿನ ಉಪಸ್ಥಿತಿಯಲ್ಲಿ ನಡೆಯುವುದರಿಂದ, ಲಿಗಂಡ್ ಮತ್ತು ಪ್ರೋಟೀನ್ನ ಡಿಸಾಲ್ವೇಷನ್ ಶಕ್ತಿಗಳನ್ನು ಕೆಲವೊಮ್ಮೆ ಜಿಬಿಎಸ್ಎ ಅಥವಾ ಪಿಬಿಎಸ್ಎಯಂತಹ ಸೂಚ್ಯ ದ್ರಾವಣ ವಿಧಾನಗಳನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಗಣನೆಗೆ ತೆಗೆದುಕೊಳ್ಳಲಾಗುತ್ತದೆ. ಪ್ರಾಯೋಗಿಕ-ಎರಡು ಬಂಧಿಸುವ ಪಾಲುದಾರರ ನಡುವಿನ ವಿವಿಧ ರೀತಿಯ ಸಂವಹನಗಳ ಸಂಖ್ಯೆಯನ್ನು ಎಣಿಸುವ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ. ಎಣಿಕೆ ಪರಸ್ಪರ ಸಂಪರ್ಕದಲ್ಲಿರುವ ಲಿಗಂಡ್ ಮತ್ತು ಗ್ರಾಹಕ ಪರಮಾಣುಗಳ ಸಂಖ್ಯೆಯನ್ನು ಆಧರಿಸಿರಬಹುದು ಅಥವಾ ಸಂಕೀರ್ಣವಲ್ಲದ ಲಿಗ್ಯಾಂಡ್ ಮತ್ತು ಪ್ರೋಟೀನ್ಗೆ ಹೋಲಿಸಿದರೆ ಸಂಕೀರ್ಣದಲ್ಲಿನ ದ್ರಾವಕ ಪ್ರವೇಶಿಸಬಹುದಾದ ಮೇಲ್ಮೈ ಪ್ರದೇಶದ (δSASA) ಬದಲಾವಣೆಯನ್ನು ಲೆಕ್ಕ ಹಾಕಬಹುದು. ಸ್ಕೋರಿಂಗ್ ಕಾರ್ಯದ ಗುಣಾಂಕಗಳು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಅನೇಕ ರೇಖೀಯ ಹಿಂಜರಿತ ವಿಧಾನಗಳನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಹೊಂದಿಕೊಳ್ಳುತ್ತವೆ. ಕಾರ್ಯದ ಈ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳ ಪದಗಳು ಉದಾಹರಣೆಗೆಃ ಹೈಡ್ರೋಫೋಬಿಕ್-ಹೈಡ್ರೋಫೋಬಿಕ್ ಸಂಪರ್ಕಗಳು (ಅನುಕೂಲಕರ), ಹೈಡ್ರೋಫೋಬಿಕ್-ಹೈಡ್ರೋಫಿಲಿಕ್ ಸಂಪರ್ಕಗಳು (ಪ್ರತಿಕೂಲ) (ಹೊಂದಾಣಿಕೆಯಾಗದ ಹೈಡ್ರೋಜನ್ ಬಂಧಗಳಿಗೆ ಖಾತೆಗಳು, ಇವು ಬಂಧಿಸುವಿಕೆಗೆ ಪ್ರಮುಖ ಎಂಥಾಲ್ಪಿಕ್ ಕೊಡುಗೆಯಾಗಿದೆ. ಒಂದು ಕಳೆದುಹೋದ ಹೈಡ್ರೋಜನ್ ಬಂಧವು ಬಂಧಿಸುವ ಸಂಬಂಧದಲ್ಲಿ 1 ರಿಂದ 2 ಪ್ರಮಾಣದ ಪ್ರಮಾಣಕ್ಕೆ ಕಾರಣವಾಗಬಹುದು. ), ಹೈಡ್ರೋಜನ್ ಬಂಧಗಳ ಸಂಖ್ಯೆ (ಸಂಬಂಧಕ್ಕೆ ಅನುಕೂಲಕರವಾದ ಕೊಡುಗೆ, ವಿಶೇಷವಾಗಿ ದ್ರಾವಕದಿಂದ ರಕ್ಷಿಸಲ್ಪಟ್ಟರೆ, ದ್ರಾವಕವು ಯಾವುದೇ ಕೊಡುಗೆಯನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸದಿದ್ದರೆ), ಸಂಕೀರ್ಣ ರಚನೆಯಲ್ಲಿ ಸ್ಥಿರವಾದ ತಿರುಗಿಸಬಹುದಾದ ಬಂಧಗಳ ಸಂಖ್ಯೆ (ಪ್ರತಿಕೂಲವಾದ ರಚನಾತ್ಮಕ ಎಂಟ್ರೊಪಿ ಕೊಡುಗೆ). ಜ್ಞಾನ-ಆಧಾರಿತ-ದೊಡ್ಡ 3ಡಿ ದತ್ತಸಂಚಯಗಳಲ್ಲಿನ (ಉದಾಹರಣೆಗೆ ಕೇಂಬ್ರಿಡ್ಜ್ ಸ್ಟ್ರಕ್ಚರಲ್ ಡೇಟಾಬೇಸ್ ಅಥವಾ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಡೇಟಾ ಬ್ಯಾಂಕ್) ಅಂತರ-ಆಣ್ವಿಕ ನಿಕಟ ಸಂಪರ್ಕಗಳ ಸಂಖ್ಯಾಶಾಸ್ತ್ರೀಯ ಅವಲೋಕನಗಳನ್ನು ಆಧರಿಸಿದೆ, ಇವುಗಳನ್ನು ಸಂಖ್ಯಾಶಾಸ್ತ್ರೀಯ "ಸರಾಸರಿ ಶಕ್ತಿಯ ಸಾಮರ್ಥ್ಯಗಳನ್ನು" ಪಡೆಯಲು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಯಾದೃಚ್ಛಿಕ ವಿತರಣೆಯಿಂದ ಒಬ್ಬರು ನಿರೀಕ್ಷಿಸುವುದಕ್ಕಿಂತ ಹೆಚ್ಚಾಗಿ ಸಂಭವಿಸುವ ಕೆಲವು ರೀತಿಯ ಪರಮಾಣುಗಳು ಅಥವಾ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಗುಂಪುಗಳ ನಡುವಿನ ನಿಕಟ ಅಂತರ ಆಣ್ವಿಕ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳು ಶಕ್ತಿಯುತವಾಗಿ ಅನುಕೂಲಕರವಾಗಿರುತ್ತವೆ ಮತ್ತು ಆದ್ದರಿಂದ ಬಂಧಿಸುವ ಸಂಬಂಧಕ್ಕೆ ಅನುಕೂಲಕರವಾಗಿ ಕೊಡುಗೆ ನೀಡುತ್ತವೆ ಎಂಬ ಊಹೆಯ ಮೇಲೆ ಈ ವಿಧಾನವನ್ನು ಸ್ಥಾಪಿಸಲಾಗಿದೆ. ಯಂತ್ರ-ಕಲಿಕೆ-ಈ ಶಾಸ್ತ್ರೀಯ ಸ್ಕೋರಿಂಗ್ ಕಾರ್ಯಗಳಿಗಿಂತ ಭಿನ್ನವಾಗಿ, ಯಂತ್ರ-ಕಲಿಕೆ ಸ್ಕೋರಿಂಗ್ ಕಾರ್ಯಗಳನ್ನು ಬಂಧಿಸುವ ಸಂಬಂಧ ಮತ್ತು ಪ್ರೋಟೀನ್-ಲಿಗ್ಯಾಂಡ್ ಸಂಕೀರ್ಣವನ್ನು ವಿವರಿಸುವ ರಚನಾತ್ಮಕ ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳ ನಡುವಿನ ಸಂಬಂಧಕ್ಕೆ ಪೂರ್ವನಿರ್ಧರಿತ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ರೂಪವನ್ನು ಊಹಿಸದಿರುವ ಮೂಲಕ ನಿರೂಪಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಈ ರೀತಿಯಲ್ಲಿ, ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ರೂಪವನ್ನು ದತ್ತಾಂಶದಿಂದ ನೇರವಾಗಿ ಊಹಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ವೈವಿಧ್ಯಮಯ ಪ್ರೋಟೀನ್-ಲಿಗ್ಯಾಂಡ್ ಸಂಕೀರ್ಣಗಳ ಬಂಧಿಸುವ ಸಂಬಂಧದ ಮುನ್ಸೂಚನೆಯಲ್ಲಿ ಯಂತ್ರ-ಕಲಿಕೆ ಸ್ಕೋರಿಂಗ್ ಕಾರ್ಯಗಳು ಶಾಸ್ತ್ರೀಯ ಸ್ಕೋರಿಂಗ್ ಕಾರ್ಯಗಳನ್ನು ಮೀರಿಸುತ್ತವೆ ಎಂದು ಸ್ಥಿರವಾಗಿ ಕಂಡುಬಂದಿದೆ. ಇದು ಗುರಿ-ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಸಂಕೀರ್ಣಗಳಿಗೂ ಅನ್ವಯಿಸುತ್ತದೆ, ಆದಾಗ್ಯೂ ಪ್ರಯೋಜನವು ಗುರಿ-ಅವಲಂಬಿತವಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ಮುಖ್ಯವಾಗಿ ಲಭ್ಯವಿರುವ ಸಂಬಂಧಿತ ದತ್ತಾಂಶದ ಪ್ರಮಾಣವನ್ನು ಅವಲಂಬಿಸಿರುತ್ತದೆ. ಸೂಕ್ತವಾದ ಕಾಳಜಿಯನ್ನು ತೆಗೆದುಕೊಂಡಾಗ, ಯಂತ್ರ-ಕಲಿಕೆ ಸ್ಕೋರಿಂಗ್ ಕಾರ್ಯಗಳು ರಚನೆ-ಆಧಾರಿತ ವರ್ಚುವಲ್ ಸ್ಕ್ರೀನಿಂಗ್ನ ಸಂಬಂಧಿತ ಸಮಸ್ಯೆಯಲ್ಲಿ ಶಾಸ್ತ್ರೀಯ ಸ್ಕೋರಿಂಗ್ ಕಾರ್ಯಗಳನ್ನು ಬಲವಾಗಿ ಮೀರಿಸುತ್ತವೆ. ಇದಲ್ಲದೆ, ಗುರಿಗಾಗಿ ನಿರ್ದಿಷ್ಟವಾದ ದತ್ತಾಂಶವು ಲಭ್ಯವಿದ್ದರೆ, ಈ ಕಾರ್ಯಕ್ಷಮತೆಯ ಅಂತರವು ಹೆಚ್ಚಾಗುತ್ತದೆ. ಈ ವಿಮರ್ಶೆಗಳು ರಚನೆ-ಆಧಾರಿತ ಔಷಧ ವಿನ್ಯಾಸಕ್ಕಾಗಿ ಯಂತ್ರ-ಕಲಿಕೆ ಸ್ಕೋರಿಂಗ್ ಕಾರ್ಯಗಳ ಬಗ್ಗೆ ವಿಶಾಲವಾದ ಅವಲೋಕನವನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತವೆ. ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಗುರಿಗಾಗಿ ಡಿಕೋಯ್ಗಳ ಆಯ್ಕೆಯು ಯಾವುದೇ ಸ್ಕೋರಿಂಗ್ ಕಾರ್ಯವನ್ನು ತರಬೇತಿ ಮಾಡಲು ಮತ್ತು ಪರೀಕ್ಷಿಸಲು ಪ್ರಮುಖ ಅಂಶಗಳಲ್ಲಿ ಒಂದಾಗಿದೆ. ಮೊದಲ ಮೂರು ವಿಧಗಳಾದ ಬಲ-ಕ್ಷೇತ್ರ, ಪ್ರಾಯೋಗಿಕ ಮತ್ತು ಜ್ಞಾನ-ಆಧಾರಿತಗಳನ್ನು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಶಾಸ್ತ್ರೀಯ ಸ್ಕೋರಿಂಗ್ ಕಾರ್ಯಗಳು ಎಂದು ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಬಂಧಿಸಲು ಅವುಗಳ ಕೊಡುಗೆಗಳನ್ನು ರೇಖೀಯವಾಗಿ ಸಂಯೋಜಿಸಲಾಗಿದೆ ಎಂದು ಭಾವಿಸುವ ಮೂಲಕ ನಿರೂಪಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಈ ನಿರ್ಬಂಧದಿಂದಾಗಿ, ಶಾಸ್ತ್ರೀಯ ಸ್ಕೋರಿಂಗ್ ಕಾರ್ಯಗಳು ಹೆಚ್ಚಿನ ಪ್ರಮಾಣದ ತರಬೇತಿ ದತ್ತಾಂಶದ ಲಾಭವನ್ನು ಪಡೆಯಲು ಸಾಧ್ಯವಾಗುವುದಿಲ್ಲ. ಪರಿಷ್ಕರಣೆ ವಿಭಿನ್ನ ಸ್ಕೋರಿಂಗ್ ಕಾರ್ಯಗಳು ತುಲನಾತ್ಮಕವಾಗಿ ಸಹ-ರೇಖೀಯವಾಗಿರುವುದರಿಂದ, ಒಮ್ಮತದ ಸ್ಕೋರಿಂಗ್ ಕಾರ್ಯಗಳು ನಿಖರತೆಯನ್ನು ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ ಸುಧಾರಿಸದಿರಬಹುದು. ಈ ಹೇಳಿಕೆಯು ಕ್ಷೇತ್ರದಲ್ಲಿ ಚಾಲ್ತಿಯಲ್ಲಿರುವ ದೃಷ್ಟಿಕೋನಕ್ಕೆ ವಿರುದ್ಧವಾಗಿತ್ತು, ಏಕೆಂದರೆ ಹಿಂದಿನ ಅಧ್ಯಯನಗಳು ಒಮ್ಮತದ ಅಂಕಗಳು ಪ್ರಯೋಜನಕಾರಿಯಾಗಿವೆ ಎಂದು ಸೂಚಿಸಿದ್ದವು. ಪರಿಪೂರ್ಣ ಸ್ಕೋರಿಂಗ್ ಕಾರ್ಯವು ಲಿಗಂಡ್ ಮತ್ತು ಅದರ ಗುರಿಯ ನಡುವಿನ ಬಂಧಿಸುವ ಮುಕ್ತ ಶಕ್ತಿಯನ್ನು ಊಹಿಸಲು ಸಾಧ್ಯವಾಗುತ್ತದೆ. ಆದರೆ ವಾಸ್ತವದಲ್ಲಿ ಗಣನೆಯ ವಿಧಾನಗಳು ಮತ್ತು ಗಣನೆಯ ಸಂಪನ್ಮೂಲಗಳೆರಡೂ ಈ ಗುರಿಯನ್ನು ನಿರ್ಬಂಧಿಸುತ್ತವೆ. ಆದ್ದರಿಂದ ಹೆಚ್ಚಾಗಿ ಫಾಲ್ಸ್ ಪಾಸಿಟಿವ್ ಮತ್ತು ಫಾಲ್ಸ್ ನೆಗೆಟಿವ್ ಲಿಗಂಡ್ಗಳ ಸಂಖ್ಯೆಯನ್ನು ಕಡಿಮೆ ಮಾಡುವ ವಿಧಾನಗಳನ್ನು ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡಲಾಗುತ್ತದೆ. ಬಂಧಿಸುವ ಸ್ಥಿರಾಂಕಗಳು ಮತ್ತು ರಚನೆಗಳ ದತ್ತಾಂಶದ ಪ್ರಾಯೋಗಿಕ ತರಬೇತಿ ಸೆಟ್ ಲಭ್ಯವಿರುವ ಸಂದರ್ಭಗಳಲ್ಲಿ ಆಣ್ವಿಕ ಡಾಕಿಂಗ್ನಲ್ಲಿ ಬಳಸುವ ಸ್ಕೋರಿಂಗ್ ಕಾರ್ಯವನ್ನು ಪರಿಷ್ಕರಿಸಲು ಸರಳ ವಿಧಾನವನ್ನು ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಲಾಗಿದೆ. ಡಾಕಿಂಗ್ ಕಂಪ್ಯೂಟೇಶನಲ್ ಕೆಮಿಸ್ಟ್ರಿ ಕೆಮಿನ್ ಇನ್ಫಾರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸ್ಟ್ರಕ್ಚರ್ ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್