16S ribosomal RNA
16S ರೈಬೋಸೋಮಲ್ ಆರ್ಎನ್ಎ (ಅಥವಾ 16S ಆರ್ಆರ್ಎನ್ಎ) ಪ್ರೊಕಾರ್ಯೋಟಿಕ್ ರೈಬೋಸೋಮ್ನ (ಎಸ್ಎಸ್ಯು ಆರ್ಆರ್ಎನ್ಎ) 30S ಉಪಘಟಕದ ಆರ್ಎನ್ಎ ಘಟಕವಾಗಿದೆ. ಇದು ಶೈನ್-ಡಾಲ್ಗಾರ್ನೋ ಅನುಕ್ರಮಕ್ಕೆ ಬಂಧಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಹೆಚ್ಚಿನ ಎಸ್ಎಸ್ಯು ರಚನೆಯನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ. ಇದಕ್ಕೆ ಕೋಡಿಂಗ್ ಮಾಡುವ ಜೀನ್ಗಳನ್ನು 16S rRNA ಜೀನ್ಗಳು ಎಂದು ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಜೀನ್ನ ಈ ಪ್ರದೇಶದ ವಿಕಾಸದ ನಿಧಾನಗತಿಯ ದರಗಳಿಂದಾಗಿ ಫೈಲೋಜೆನಿಗಳನ್ನು ಪುನರ್ನಿರ್ಮಿಸಲು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಕಾರ್ಲ್ ವೋಸ್ ಮತ್ತು ಜಾರ್ಜ್ ಇ. ಫಾಕ್ಸ್ 1977ರಲ್ಲಿ ಫೈಲೋಜೆನೆಟಿಕ್ಸ್ನಲ್ಲಿ 16ಎಸ್ ಆರ್ಆರ್ಎನ್ಎ ಬಳಕೆಯ ಪ್ರವರ್ತಕರಾಗಿದ್ದರು. 16S rRNA ವಂಶವಾಹಿಯ ಅನೇಕ ಅನುಕ್ರಮಗಳು ಒಂದೇ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದೊಳಗೆ ಅಸ್ತಿತ್ವದಲ್ಲಿರಬಹುದು. ಕಾರ್ಯಗಳು ದೊಡ್ಡ (23S) ರೈಬೋಸೋಮಲ್ ಆರ್ಎನ್ಎಯಂತೆ, ಇದು ರಚನಾತ್ಮಕ ಪಾತ್ರವನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ, ಇದು ರೈಬೋಸೋಮಲ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳ ಸ್ಥಾನಗಳನ್ನು ವ್ಯಾಖ್ಯಾನಿಸುವ ಸ್ಕ್ಯಾಫೋಲ್ಡ್ನಂತೆ ಕಾರ್ಯನಿರ್ವಹಿಸುತ್ತದೆ. 3-ತುದಿಯು ಆಂಟಿ-ಶೈನ್-ಡಾಲ್ಗಾರ್ನೋ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ, ಇದು ಎಂಆರ್ಎನ್ಎಯಲ್ಲಿ ಎಯುಜಿ ಸ್ಟಾರ್ಟ್ ಕೋಡಾನ್ಗೆ ಅಪ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್ ಅನ್ನು ಬಂಧಿಸುತ್ತದೆ. 16S RNAಯ 3-ತುದಿಯು ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸಂಶ್ಲೇಷಣೆಯ ಪ್ರಾರಂಭದಲ್ಲಿ ತೊಡಗಿರುವ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳಾದ S1 ಮತ್ತು S21ಗಳೊಂದಿಗೆ ಬಂಧಿಸುತ್ತದೆ, ಇದು 23Sನೊಂದಿಗೆ ಸಂವಹನ ನಡೆಸುತ್ತದೆ, ಇದು ಎರಡು ರೈಬೋಸೋಮಲ್ ಉಪಘಟಕಗಳ (50S ಮತ್ತು 30S) ಬಂಧನಕ್ಕೆ ಸಹಾಯ ಮಾಡುತ್ತದೆ, ಇದು 1492 ಮತ್ತು 1493ರ ಅಡೆನಿನ್ ಅವಶೇಷಗಳ N1 ಪರಮಾಣು ಮತ್ತು mRNA ಬೆನ್ನೆಲುಬಿನ 2OH ಗುಂಪಿನ ನಡುವೆ ಹೈಡ್ರೋಜನ್ ಬಂಧವನ್ನು ರೂಪಿಸುವ ಮೂಲಕ A-ಸೈಟ್ನಲ್ಲಿ ಸರಿಯಾದ ಕೋಡಾನ್-ಆಂಟಿಕೋಡಾನ್ ಜೋಡಣೆಯನ್ನು ಸ್ಥಿರಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ. ಸ್ಟ್ರಕ್ಚರ್ ಯೂನಿವರ್ಸಲ್ ಪ್ರೈಮರ್ಗಳು 16S rRNA ವಂಶವಾಹಿಯನ್ನು ಫೈಲೋಜೆನೆಟಿಕ್ ಅಧ್ಯಯನಗಳಿಗೆ ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ ಏಕೆಂದರೆ ಇದು ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾ ಮತ್ತು ಆರ್ಕಿಯಾದ ವಿವಿಧ ಪ್ರಭೇದಗಳ ನಡುವೆ ಹೆಚ್ಚು ಸಂರಕ್ಷಿಸಲ್ಪಟ್ಟಿದೆ. ಕಾರ್ಲ್ ವೋಸ್ 1977ರಲ್ಲಿ 16S rRNAಯ ಈ ಬಳಕೆಯ ಪ್ರವರ್ತಕರಾಗಿದ್ದರು. 16S rRNA ವಂಶವಾಹಿಯನ್ನು ವಿಶ್ವಾಸಾರ್ಹ ಆಣ್ವಿಕ ಗಡಿಯಾರವಾಗಿ ಬಳಸಬಹುದು ಎಂದು ಸೂಚಿಸಲಾಗಿದೆ ಏಕೆಂದರೆ ದೂರದ ಸಂಬಂಧಿತ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ವಂಶಾವಳಿಗಳಿಂದ 16S rRNA ಅನುಕ್ರಮಗಳು ಇದೇ ರೀತಿಯ ಕಾರ್ಯಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿವೆ ಎಂದು ತೋರಿಸಲಾಗಿದೆ. ಕೆಲವು ಥರ್ಮೋಫಿಲಿಕ್ ಆರ್ಕಿಯಾ (ಉದಾ. ಆರ್ಡರ್ ಥರ್ಮೋಪ್ರೋಟೀಲ್ಸ್) 16S ಆರ್ಆರ್ಎನ್ಎ ಜೀನ್ ಇಂಟ್ರಾನ್ಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುತ್ತದೆ, ಅವು ಹೆಚ್ಚು ಸಂರಕ್ಷಿತ ಪ್ರದೇಶಗಳಲ್ಲಿ ನೆಲೆಗೊಂಡಿವೆ ಮತ್ತು "ಸಾರ್ವತ್ರಿಕ" ಪ್ರೈಮರ್ಗಳ ಅನೀಲಿಂಗ್ ಮೇಲೆ ಪರಿಣಾಮ ಬೀರುತ್ತವೆ. ಮೈಟೊಕಾಂಡ್ರಿಯ ಮತ್ತು ಕ್ಲೋರೋಪ್ಲಾಸ್ಟಿಕ್ ಆರ್. ಆರ್. ಎನ್. ಎ. ಗಳು ಸಹ ವರ್ಧಿಸಲ್ಪಡುತ್ತವೆ. ಅತ್ಯಂತ ಸಾಮಾನ್ಯ ಪ್ರೈಮರ್ ಜೋಡಿಯನ್ನು ವೀಸ್ಬರ್ಗ್ ಮತ್ತು ಇತರರು ರೂಪಿಸಿದರು. (1991) ಮತ್ತು ಪ್ರಸ್ತುತ ಇದನ್ನು 27F ಮತ್ತು 1492R ಎಂದು ಉಲ್ಲೇಖಿಸಲಾಗಿದೆ; ಆದಾಗ್ಯೂ, ಕೆಲವು ಅನ್ವಯಗಳಿಗೆ ಸಣ್ಣ ಆಂಪ್ಲಿಕಾನ್ಗಳು ಅಗತ್ಯವಾಗಬಹುದು, ಉದಾಹರಣೆಗೆ ಟೈಟಾನಿಯಂ ರಸಾಯನಶಾಸ್ತ್ರದೊಂದಿಗೆ 454 ಅನುಕ್ರಮಕ್ಕೆ ಪ್ರೈಮರ್ ಜೋಡಿ 27F-534R V1 ರಿಂದ V3 ಅನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುತ್ತದೆ. ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ 27 ಎಫ್ ಬದಲಿಗೆ 8 ಎಫ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಎರಡು ಪ್ರೈಮರ್ಗಳು ಬಹುತೇಕ ಒಂದೇ ಆಗಿರುತ್ತವೆ, ಆದರೆ 27ಎಫ್ 8ಎಫ್ಗೆ ಹೋಲಿಸಿದರೆ ಸಿ. ಎಜಿಏಜಿಟಿಟಿಜಿಎಟಿಸಿಎಂಟಿಜಿಜಿಸಿಟಿಸಿಎಜಿ ಬದಲಿಗೆ ಎಂ ಅನ್ನು ಹೊಂದಿರುತ್ತದೆ. ಪಿಸಿಆರ್ ಮತ್ತು ಎನ್ಜಿಎಸ್ ಅನ್ವಯಗಳು ಹೆಚ್ಚು ಸಂರಕ್ಷಿತ ಪ್ರೈಮರ್ ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಸೈಟ್ಗಳ ಜೊತೆಗೆ, 16ಎಸ್ ಆರ್ಆರ್ಎನ್ಎ ಜೀನ್ ಅನುಕ್ರಮಗಳು ಹೈಪರ್ ವೇರಿಯೇಬಲ್ ಪ್ರದೇಶಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುತ್ತವೆ, ಇದು ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾವನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಉಪಯುಕ್ತವಾದ ಪ್ರಭೇದ-ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಸಿಗ್ನೇಚರ್ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ. ಇದರ ಪರಿಣಾಮವಾಗಿ, ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆಯ ಫಿನೋಟೈಪಿಕ್ ವಿಧಾನಗಳಿಗೆ ತ್ವರಿತ ಮತ್ತು ಅಗ್ಗದ ಪರ್ಯಾಯವಾಗಿ ವೈದ್ಯಕೀಯ ಸೂಕ್ಷ್ಮ ಜೀವವಿಜ್ಞಾನದಲ್ಲಿ 16S rRNA ವಂಶವಾಹಿ ಅನುಕ್ರಮವು ಪ್ರಚಲಿತವಾಗಿದೆ. ಇದನ್ನು ಮೂಲತಃ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾವನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಬಳಸಲಾಗಿದ್ದರೂ, 16S ಅನುಕ್ರಮವು ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾವನ್ನು ಸಂಪೂರ್ಣವಾಗಿ ಹೊಸ ಪ್ರಭೇದಗಳಾಗಿ ಅಥವಾ ಕುಲಗಳಾಗಿ ಮರು ವರ್ಗೀಕರಿಸುವ ಸಾಮರ್ಥ್ಯವನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ ಎಂದು ತರುವಾಯ ಕಂಡುಬಂದಿದೆ. ಎಂದಿಗೂ ಯಶಸ್ವಿಯಾಗಿ ಸಂಸ್ಕರಿಸದ ಹೊಸ ಪ್ರಭೇದಗಳನ್ನು ವಿವರಿಸಲು ಸಹ ಇದನ್ನು ಬಳಸಲಾಗಿದೆ. ಮೂರನೇ ತಲೆಮಾರಿನ ಅನುಕ್ರಮವು ಅನೇಕ ಪ್ರಯೋಗಾಲಯಗಳಿಗೆ ಬರುತ್ತಿರುವುದರಿಂದ, ಗಂಟೆಗಳೊಳಗೆ ಸಾವಿರಾರು 16S rRNA ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಏಕಕಾಲದಲ್ಲಿ ಗುರುತಿಸಲು ಸಾಧ್ಯವಿದೆ, ಇದು ಮೆಟಾಜೆನೊಮಿಕ್ ಅಧ್ಯಯನಗಳಿಗೆ ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ, ಉದಾಹರಣೆಗೆ ಕರುಳಿನ ಸಸ್ಯವರ್ಗ. ಹೈಪರ್ ವೇರಿಯೇಬಲ್ ಪ್ರದೇಶಗಳು ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ 16S ವಂಶವಾಹಿಯು ಸುಮಾರು 30 ರಿಂದ 100 ಬೇಸ್ ಜೋಡಿಗಳಷ್ಟು ಉದ್ದವಿರುವ ಒಂಬತ್ತು ಹೈಪರ್ ವೇರಿಯೇಬಲ್ ಪ್ರದೇಶಗಳನ್ನು (V1-V9) ಹೊಂದಿರುತ್ತದೆ, ಅವು ಸಣ್ಣ ರೈಬೋಸೋಮಲ್ ಉಪಘಟಕದ ದ್ವಿತೀಯಕ ರಚನೆಯಲ್ಲಿ ತೊಡಗಿಕೊಂಡಿರುತ್ತವೆ. ಸಂರಕ್ಷಣೆಯ ಮಟ್ಟವು ಹೈಪರ್ ವೇರಿಯೇಬಲ್ ಪ್ರದೇಶಗಳ ನಡುವೆ ವ್ಯಾಪಕವಾಗಿ ಬದಲಾಗುತ್ತದೆ, ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಂರಕ್ಷಿತ ಪ್ರದೇಶಗಳು ಉನ್ನತ ಮಟ್ಟದ ಟ್ಯಾಕ್ಸಾನಮಿಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿವೆ ಮತ್ತು ಕಡಿಮೆ ಸಂರಕ್ಷಿತ ಪ್ರದೇಶಗಳು ಕೆಳಮಟ್ಟಕ್ಕೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿವೆ, ಉದಾಹರಣೆಗೆ ಕುಲಗಳು ಮತ್ತು ಪ್ರಭೇದಗಳು. ಸಂಪೂರ್ಣ 16S ಅನುಕ್ರಮವು ಎಲ್ಲಾ ಹೈಪರ್ ವೇರಿಯೇಬಲ್ ಪ್ರದೇಶಗಳನ್ನು ಹೋಲಿಸಲು ಅನುಮತಿಸುತ್ತದೆಯಾದರೂ, ಸುಮಾರು 1,500 ಬೇಸ್ ಜೋಡಿಗಳ ಉದ್ದದಲ್ಲಿ ವೈವಿಧ್ಯಮಯ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಸಮುದಾಯಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಅಥವಾ ನಿರೂಪಿಸಲು ಪ್ರಯತ್ನಿಸುವ ಅಧ್ಯಯನಗಳಿಗೆ ಇದು ನಿಷೇಧಾತ್ಮಕವಾಗಿ ದುಬಾರಿಯಾಗಬಹುದು. ಈ ಅಧ್ಯಯನಗಳು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಇಲ್ಯೂಮಿನಾ ಪ್ಲಾಟ್ಫಾರ್ಮ್ ಅನ್ನು ಬಳಸುತ್ತವೆ, ಇದು 454 ಪೈರೋಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ಮತ್ತು ಸ್ಯಾಂಗರ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ಗಿಂತ ಕ್ರಮವಾಗಿ 50 ಪಟ್ಟು ಮತ್ತು 12,000 ಪಟ್ಟು ಕಡಿಮೆ ವೆಚ್ಚದ ದರದಲ್ಲಿ ರೀಡ್ಗಳನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸುತ್ತದೆ. ಅಗ್ಗದ ಮತ್ತು ಆಳವಾದ ಸಮುದಾಯ ವ್ಯಾಪ್ತಿಯನ್ನು ಅನುಮತಿಸುತ್ತದೆಯಾದರೂ, ಇಲ್ಯೂಮಿನಾ ಅನುಕ್ರಮವು ರೀಡ್ಸ್ 75-250 ಬೇಸ್ ಜೋಡಿಗಳನ್ನು ಮಾತ್ರ ಉತ್ಪಾದಿಸುತ್ತದೆ (ಇಲ್ಯೂಮಿನಾ ಮಿಸೆಕ್ನೊಂದಿಗೆ 300 ಬೇಸ್ ಜೋಡಿಗಳವರೆಗೆ), ಮತ್ತು ಸಮುದಾಯದ ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ ಸಂಪೂರ್ಣ ಜೀನ್ ಅನ್ನು ವಿಶ್ವಾಸಾರ್ಹವಾಗಿ ಜೋಡಿಸಲು ಯಾವುದೇ ಸ್ಥಾಪಿತ ಪ್ರೋಟೋಕಾಲ್ ಅನ್ನು ಹೊಂದಿಲ್ಲ. ಪೂರ್ಣ ಹೈಪರ್ವೇರಿಯೇಬಲ್ ಪ್ರದೇಶಗಳನ್ನು ಒಂದೇ ಇಲ್ಯೂಮಿನಾ ಓಟದಿಂದ ಜೋಡಿಸಬಹುದು, ಆದಾಗ್ಯೂ, ಅವುಗಳನ್ನು ವೇದಿಕೆಗೆ ಸೂಕ್ತವಾದ ಗುರಿಗಳನ್ನಾಗಿ ಮಾಡುತ್ತದೆ. 16S ಹೈಪರ್ ವೇರಿಯೇಬಲ್ ಪ್ರದೇಶಗಳು ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾಗಳ ನಡುವೆ ನಾಟಕೀಯವಾಗಿ ಬದಲಾಗಬಹುದಾದರೂ, ಒಟ್ಟಾರೆಯಾಗಿ 16S ವಂಶವಾಹಿಯು ಅದರ ಯುಕಾರ್ಯೋಟಿಕ್ ಪ್ರತಿರೂಪಕ್ಕಿಂತ (18S ರೈಬೋಸೋಮಲ್ ಆರ್ಎನ್ಎ) ಹೆಚ್ಚಿನ ಉದ್ದದ ಏಕರೂಪತೆಯನ್ನು ನಿರ್ವಹಿಸುತ್ತದೆ, ಇದು ಜೋಡಣೆಗಳನ್ನು ಸುಲಭಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ. ಹೆಚ್ಚುವರಿಯಾಗಿ, 16S ವಂಶವಾಹಿಯು ಹೈಪರ್ ವೇರಿಯೇಬಲ್ ಪ್ರದೇಶಗಳ ನಡುವೆ ಹೆಚ್ಚು ಸಂರಕ್ಷಿತ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿದ್ದು, ವಿವಿಧ ವರ್ಗಗಳಾದ್ಯಂತ 16S ಅನುಕ್ರಮದ ಒಂದೇ ವಿಭಾಗಗಳನ್ನು ವಿಶ್ವಾಸಾರ್ಹವಾಗಿ ಉತ್ಪಾದಿಸಬಲ್ಲ ಸಾರ್ವತ್ರಿಕ ಪ್ರೈಮರ್ಗಳ ವಿನ್ಯಾಸವನ್ನು ಸಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ. ಯಾವುದೇ ಹೈಪರ್ ವೇರಿಯೇಬಲ್ ಪ್ರದೇಶವು ಡೊಮೇನ್ನಿಂದ ಜಾತಿಗಳಿಗೆ ಎಲ್ಲಾ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾವನ್ನು ನಿಖರವಾಗಿ ವರ್ಗೀಕರಿಸದಿದ್ದರೂ, ಕೆಲವರು ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಟ್ಯಾಕ್ಸಾನಮಿಕ್ ಮಟ್ಟವನ್ನು ವಿಶ್ವಾಸಾರ್ಹವಾಗಿ ಊಹಿಸಬಹುದು. ಅನೇಕ ಸಮುದಾಯ ಅಧ್ಯಯನಗಳು ಈ ಕಾರಣಕ್ಕಾಗಿ ವಿ4ನಂತಹ ಅರೆ-ಸಂರಕ್ಷಿತ ಹೈಪರ್ ವೇರಿಯೇಬಲ್ ಪ್ರದೇಶಗಳನ್ನು ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡುತ್ತವೆ, ಏಕೆಂದರೆ ಇದು ಪೂರ್ಣ 16ಎಸ್ ಜೀನ್ನಷ್ಟೇ ನಿಖರವಾಗಿ ಫೈಲಮ್ ಮಟ್ಟದಲ್ಲಿ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ ಅನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ. ಹೈಯರ್ ಆರ್ಡರ್ ಟ್ಯಾಕ್ಸಾನಮಿ ತಿಳಿದಿಲ್ಲದಿದ್ದಾಗ ಕಡಿಮೆ-ಸಂರಕ್ಷಿತ ಪ್ರದೇಶಗಳು ಹೊಸ ಪ್ರಭೇದಗಳನ್ನು ವರ್ಗೀಕರಿಸಲು ಹೆಣಗಾಡುತ್ತವೆಯಾದರೂ, ಅವುಗಳನ್ನು ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ರೋಗಕಾರಕಗಳ ಉಪಸ್ಥಿತಿಯನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಚಕ್ರವರ್ತಿ ಮತ್ತು ಇತರರು ನಡೆಸಿದ ಒಂದು ಅಧ್ಯಯನದಲ್ಲಿ. 2007ರಲ್ಲಿ, ಲೇಖಕರು ವಿವಿಧ ರೋಗಕಾರಕಗಳ ವಿ1-ವಿ8 ಪ್ರದೇಶಗಳನ್ನು ರೋಗ-ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಮತ್ತು ವಿಶಾಲ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಳಿಗೆ ಯಾವ ಹೈಪರ್ ವೇರಿಯೇಬಲ್ ಪ್ರದೇಶಗಳು ಹೆಚ್ಚು ಉಪಯುಕ್ತವೆಂದು ನಿರ್ಧರಿಸುವ ಸಲುವಾಗಿ ನಿರೂಪಿಸಿದ್ದಾರೆ. ಇತರ ಸಂಶೋಧನೆಗಳ ಪೈಕಿ, ಪರೀಕ್ಷಿಸಿದ ಎಲ್ಲಾ ರೋಗಕಾರಕಗಳ ಕುಲವನ್ನು ಗುರುತಿಸುವಲ್ಲಿ ವಿ3 ಪ್ರದೇಶವು ಅತ್ಯುತ್ತಮವಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ಆಂಥ್ರಾಕ್ಸ್ ಸೇರಿದಂತೆ ಪರೀಕ್ಷಿಸಿದ ಎಲ್ಲಾ ಸಿಡಿಸಿ-ವೀಕ್ಷಿಸಿದ ರೋಗಕಾರಕಗಳ ನಡುವಿನ ಪ್ರಭೇದಗಳನ್ನು ಪ್ರತ್ಯೇಕಿಸುವಲ್ಲಿ ವಿ6 ಅತ್ಯಂತ ನಿಖರವಾಗಿದೆ ಎಂದು ಅವರು ಗಮನಿಸಿದರು. 16S ಹೈಪರ್ ವೇರಿಯೇಬಲ್ ಪ್ರದೇಶದ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಜೀವವರ್ಗೀಕರಣದ ಅಧ್ಯಯನಗಳಿಗೆ ಪ್ರಬಲವಾದ ಸಾಧನವಾಗಿದ್ದರೂ, ಇದು ನಿಕಟವಾಗಿ ಸಂಬಂಧಿಸಿರುವ ಪ್ರಭೇದಗಳ ನಡುವೆ ವ್ಯತ್ಯಾಸವನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಹೆಣಗಾಡುತ್ತದೆ. ಎಂಟರೊಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾಸಿಯೇ, ಕ್ಲೊಸ್ಟ್ರಿಡಿಯಾಸಿಯೇ ಮತ್ತು ಪೆಪ್ಟೊಸ್ಟ್ರೆಪ್ಟೋಕೊಕೇಸಿ ಕುಟುಂಬಗಳಲ್ಲಿ, ಪ್ರಭೇದಗಳು ಪೂರ್ಣ 16S ವಂಶವಾಹಿಗಳಲ್ಲಿ 99 ಪ್ರತಿಶತದಷ್ಟು ಅನುಕ್ರಮ ಹೋಲಿಕೆಯನ್ನು ಹಂಚಿಕೊಳ್ಳಬಹುದು. ಇದರ ಪರಿಣಾಮವಾಗಿ, ವಿ4 ಅನುಕ್ರಮಗಳು ಕೆಲವೇ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ಗಳಿಂದ ಮಾತ್ರ ಭಿನ್ನವಾಗಿರುತ್ತವೆ, ಇದರಿಂದಾಗಿ ಉಲ್ಲೇಖ ದತ್ತಸಂಚಯಗಳು ಈ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾವನ್ನು ಕಡಿಮೆ ವರ್ಗೀಕರಣ ಮಟ್ಟದಲ್ಲಿ ವಿಶ್ವಾಸಾರ್ಹವಾಗಿ ವರ್ಗೀಕರಿಸಲು ಸಾಧ್ಯವಾಗುವುದಿಲ್ಲ. ಹೈಪರ್ ವೇರಿಯೇಬಲ್ ಪ್ರದೇಶಗಳನ್ನು ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡಲು 16S ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಸೀಮಿತಗೊಳಿಸುವ ಮೂಲಕ, ಈ ಅಧ್ಯಯನಗಳು ನಿಕಟವಾದ ಸಂಬಂಧಿತ ವರ್ಗಗಳಲ್ಲಿನ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳನ್ನು ಗಮನಿಸಲು ಮತ್ತು ಅವುಗಳನ್ನು ಏಕ ವರ್ಗೀಕರಣ ಘಟಕಗಳಾಗಿ ವರ್ಗೀಕರಿಸಲು ವಿಫಲವಾಗಬಹುದು, ಆದ್ದರಿಂದ ಮಾದರಿಯ ಒಟ್ಟು ವೈವಿಧ್ಯತೆಯನ್ನು ಕಡಿಮೆ ಅಂದಾಜು ಮಾಡಬಹುದು. ಇದಲ್ಲದೆ, ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಜೀನೋಮ್ಗಳು ಅನೇಕ 16S ವಂಶವಾಹಿಗಳನ್ನು ಹೊಂದಬಹುದು, V1, V2, ಮತ್ತು V6 ಪ್ರದೇಶಗಳು ಅತಿದೊಡ್ಡ ಇಂಟ್ರಾಸ್ಪೀಸಿಸ್ ವೈವಿಧ್ಯತೆಯನ್ನು ಹೊಂದಿರುತ್ತವೆ. ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಪ್ರಭೇದಗಳನ್ನು ವರ್ಗೀಕರಿಸುವ ಅತ್ಯಂತ ನಿಖರವಾದ ವಿಧಾನವಲ್ಲದಿದ್ದರೂ, ಹೈಪರ್ ವೇರಿಯೇಬಲ್ ಪ್ರದೇಶಗಳ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಸಮುದಾಯ ಅಧ್ಯಯನಗಳಿಗೆ ಲಭ್ಯವಿರುವ ಅತ್ಯಂತ ಉಪಯುಕ್ತ ಸಾಧನಗಳಲ್ಲಿ ಒಂದಾಗಿದೆ. ವಿಕಸನವು ಲಂಬವಾದ ಪ್ರಸರಣದಿಂದ ನಡೆಸಲ್ಪಡುತ್ತದೆ ಎಂಬ ಊಹೆಯ ಅಡಿಯಲ್ಲಿ, 16S rRNA ವಂಶವಾಹಿಗಳು ದೀರ್ಘಕಾಲದವರೆಗೆ ಪ್ರಭೇದ-ನಿರ್ದಿಷ್ಟವೆಂದು ನಂಬಲಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ಪ್ರೊಕಾರ್ಯೋಟ್ಗಳ ನಡುವಿನ ಫೈಲೋಜೆನೆಟಿಕ್ ಸಂಬಂಧಗಳನ್ನು ಊಹಿಸುವ ಆನುವಂಶಿಕ ಗುರುತುಗಳಾಗಿ ದೋಷಪೂರಿತವಾಗಿವೆ. ಆದಾಗ್ಯೂ, ಹೆಚ್ಚುತ್ತಿರುವ ಸಂಖ್ಯೆಯ ಅವಲೋಕನಗಳು ಈ ವಂಶವಾಹಿಗಳ ಸಮತಲ ವರ್ಗಾವಣೆಯ ಸಂಭವವನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತವೆ. ನೈಸರ್ಗಿಕ ಸಂಭವದ ಅವಲೋಕನಗಳ ಜೊತೆಗೆ, ಈ ವಂಶವಾಹಿಗಳ ವರ್ಗಾವಣೆಯನ್ನು ವಿಶೇಷ ಎಸ್ಚೆರಿಚಿಯಾ ಕೋಲಿ ಆನುವಂಶಿಕ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಪ್ರಾಯೋಗಿಕವಾಗಿ ಬೆಂಬಲಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಇ. ಕೋಲಿಯ ಶೂನ್ಯ ರೂಪಾಂತರವನ್ನು ಆತಿಥೇಯವಾಗಿ ಬಳಸಿ, ರೂಪಾಂತರದ ತಳಿಯ ಬೆಳವಣಿಗೆಯು ಫೈಲಮ್ ಮಟ್ಟದಲ್ಲಿ ಇ. ಕೋಲಿಯಿಂದ ಜಾತಿಜನ್ಯವಾಗಿ ಭಿನ್ನವಾಗಿದ್ದ ವಿದೇಶಿ 16ಎಸ್ ಆರ್ಆರ್ಎನ್ಎ ವಂಶವಾಹಿಗಳಿಂದ ಪೂರಕವಾಗಿದೆ ಎಂದು ತೋರಿಸಲಾಗಿದೆ. ಅಂತಹ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಹೊಂದಾಣಿಕೆಯು ಥರ್ಮಸ್ ಥರ್ಮೋಫಿಲಸ್ನಲ್ಲಿಯೂ ಕಂಡುಬಂದಿದೆ. ಇದಲ್ಲದೆ, ಟಿ. ಥರ್ಮೋಫಿಲಸ್ನಲ್ಲಿ, ಸಂಪೂರ್ಣ ಮತ್ತು ಭಾಗಶಃ ಜೀನ್ ವರ್ಗಾವಣೆಯನ್ನು ಗಮನಿಸಲಾಗಿದೆ. ಭಾಗಶಃ ವರ್ಗಾವಣೆಯು ಆತಿಥೇಯ ಮತ್ತು ವಿದೇಶಿ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ವಂಶವಾಹಿಗಳ ನಡುವೆ ಯಾದೃಚ್ಛಿಕ ಚಿಮೇರಾದ ಸ್ವಾಭಾವಿಕ ಉತ್ಪಾದನೆಗೆ ಕಾರಣವಾಯಿತು. ಹೀಗಾಗಿ, 16S rRNA ವಂಶವಾಹಿಗಳು ಲಂಬವಾದ ಆನುವಂಶಿಕತೆ ಮತ್ತು ಸಮತಲವಾದ ವಂಶವಾಹಿ ವರ್ಗಾವಣೆ ಸೇರಿದಂತೆ ಅನೇಕ ಕಾರ್ಯವಿಧಾನಗಳ ಮೂಲಕ ವಿಕಸನಗೊಂಡಿರಬಹುದು; ಎರಡನೆಯದರ ಆವರ್ತನವು ಹಿಂದೆ ಯೋಚಿಸಿದ್ದಕ್ಕಿಂತ ಹೆಚ್ಚಾಗಿರಬಹುದು. 16S ರೈಬೋಸೋಮಲ್ ದತ್ತಸಂಚಯಗಳು 16S rRNA ವಂಶವಾಹಿಯನ್ನು ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಗಳ ವರ್ಗೀಕರಣ ಮತ್ತು ಗುರುತಿಸುವಿಕೆಗೆ ಮಾನದಂಡವಾಗಿ ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಏಕೆಂದರೆ ಇದು ಹೆಚ್ಚಿನ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಗಳಲ್ಲಿ ಇರುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಸರಿಯಾದ ಬದಲಾವಣೆಗಳನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ. ಹೆಚ್ಚಿನ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾ ಮತ್ತು ಆರ್ಕಿಯಾಗಳಿಗಾಗಿ 16S rRNA ವಂಶವಾಹಿ ಅನುಕ್ರಮಗಳ ಪ್ರಕಾರದ ತಳಿಗಳು NCBIಯಂತಹ ಸಾರ್ವಜನಿಕ ದತ್ತಸಂಚಯಗಳಲ್ಲಿ ಲಭ್ಯವಿವೆ. ಆದಾಗ್ಯೂ, ಈ ದತ್ತಸಂಚಯಗಳಲ್ಲಿ ಕಂಡುಬರುವ ಅನುಕ್ರಮಗಳ ಗುಣಮಟ್ಟವನ್ನು ಆಗಾಗ್ಗೆ ಮೌಲ್ಯೀಕರಿಸಲಾಗುವುದಿಲ್ಲ. ಆದ್ದರಿಂದ, ಕೇವಲ 16S rRNA ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಸಂಗ್ರಹಿಸುವ ದ್ವಿತೀಯಕ ದತ್ತಸಂಚಯಗಳನ್ನು ವ್ಯಾಪಕವಾಗಿ ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಹೆಚ್ಚಾಗಿ ಬಳಸುವ ದತ್ತಸಂಚಯಗಳನ್ನು ಕೆಳಗೆ ಪಟ್ಟಿ ಮಾಡಲಾಗಿದೆಃ ಹಿಂದೆ ಎಜ್ ಟ್ಯಾಕ್ಸನ್ ಎಂದು ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತಿದ್ದ ಎಜ್ ಬಯೋಕ್ಲೌಡ್ ಎಜ್ ಬಯೋಕ್ಲೌಡ್ ದತ್ತಸಂಚಯವು 62,988 ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾಗಳು ಮತ್ತು ಆರ್ಕಿಯಾ ಪ್ರಭೇದಗಳು/ಫೈಲೋಟೈಪ್ಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಸಂಪೂರ್ಣ ಶ್ರೇಣೀಕೃತ ವರ್ಗೀಕರಣ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ, ಇದು ಸೆಪ್ಟೆಂಬರ್ 2018 ರಂತೆ 15,290 ಮಾನ್ಯ ಪ್ರಕಟಿತ ಹೆಸರುಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ. ಗರಿಷ್ಠ-ಜೀವನೋಪಾಯ ಮತ್ತು ಆರ್ಥೋನಿಯಂತಹ ಜಾತಿಜನ್ಯ ಸಂಬಂಧದ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ, ಎಲ್ಲಾ ಪ್ರಭೇದಗಳು/ಉಪಜಾತಿಗಳನ್ನು ಕನಿಷ್ಠ ಒಂದು 16S rRNA ವಂಶವಾಹಿ ಅನುಕ್ರಮದಿಂದ ಪ್ರತಿನಿಧಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. EzBioCloud ದತ್ತಸಂಚಯವು ವ್ಯವಸ್ಥಿತವಾಗಿ ಸಂಗ್ರಹಿಸಲ್ಪಟ್ಟಿದೆ ಮತ್ತು ನಿಯಮಿತವಾಗಿ ನವೀಕರಿಸಲ್ಪಡುತ್ತದೆ, ಇದು ಹೊಸ ಅಭ್ಯರ್ಥಿ ಪ್ರಭೇದಗಳನ್ನು ಸಹ ಒಳಗೊಂಡಿದೆ. ಇದಲ್ಲದೆ, ಈ ಜಾಲತಾಣವು ಎಎನ್ಐ ಕ್ಯಾಲ್ಕುಲೇಟರ್, ಕಾಂಟೆಸ್ಟ್ 16ಎಸ್ ಮತ್ತು ಕ್ಯೂಐಐಎಂಇ ಮತ್ತು ಮೋಥೂರ್ ಪೈಪ್ಲೈನ್ಗಾಗಿ 16ಎಸ್ ಆರ್ಆರ್ಎನ್ಎ ಡಿಬಿಯಂತಹ ಜೈವಿಕ ಮಾಹಿತಿ ಸಾಧನಗಳನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ. ರೈಬೋಸೋಮಲ್ ಡೇಟಾಬೇಸ್ ಪ್ರಾಜೆಕ್ಟ್ ರೈಬೋಸೋಮಲ್ ಡೇಟಾಬೇಸ್ ಪ್ರಾಜೆಕ್ಟ್ (ಆರ್ಡಿಪಿ) ಒಂದು ಕ್ಯುರೇಟೆಡ್ ಡೇಟಾಬೇಸ್ ಆಗಿದ್ದು ಅದು ಸಂಬಂಧಿತ ಪ್ರೋಗ್ರಾಂಗಳು ಮತ್ತು ಸೇವೆಗಳೊಂದಿಗೆ ರೈಬೋಸೋಮ್ ಡೇಟಾವನ್ನು ನೀಡುತ್ತದೆ. ಈ ಕೊಡುಗೆಗಳಲ್ಲಿ ರೈಬೋಸೋಮಲ್ ಆರ್. ಎನ್. ಎ. (ಆರ್. ಆರ್. ಎನ್. ಎ.) ಅನುಕ್ರಮಗಳ ಫೈಲೋಜೆನೆಟಿಕಲ್ ಕ್ರಮಬದ್ಧ ಜೋಡಣೆಗಳು, ವ್ಯುತ್ಪನ್ನ ಫೈಲೋಜೆನೆಟಿಕ್ ಮರಗಳು, ಆರ್. ಆರ್. ಎನ್. ಎ. ದ್ವಿತೀಯ ರಚನೆಯ ರೇಖಾಚಿತ್ರಗಳು ಮತ್ತು ಜೋಡಣೆಗಳು ಮತ್ತು ಮರಗಳನ್ನು ನಿರ್ವಹಿಸಲು, ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಲು ಮತ್ತು ಪ್ರದರ್ಶಿಸಲು ವಿವಿಧ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ಪ್ಯಾಕೇಜುಗಳು ಸೇರಿವೆ. ದತ್ತಾಂಶವು ಎಫ್ಟಿಪಿ ಮತ್ತು ಎಲೆಕ್ಟ್ರಾನಿಕ್ ಮೇಲ್ ಮೂಲಕ ಲಭ್ಯವಿದೆ. ಕೆಲವು ವಿಶ್ಲೇಷಣಾತ್ಮಕ ಸೇವೆಗಳನ್ನು ಎಲೆಕ್ಟ್ರಾನಿಕ್ ಮೇಲ್ ಸರ್ವರ್ ಸಹ ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ. ಅದರ ದೊಡ್ಡ ಗಾತ್ರದ ಕಾರಣದಿಂದಾಗಿ ಆರ್. ಡಿ. ಪಿ. ದತ್ತಸಂಚಯವನ್ನು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಜೈವಿಕ ಮಾಹಿತಿ ಸಾಧನಗಳ ಅಭಿವೃದ್ಧಿ ಮತ್ತು ಕೈಯಿಂದ ಸಂಗ್ರಹಿಸಲಾದ ದತ್ತಸಂಚಯಗಳನ್ನು ರಚಿಸಲು ಆಧಾರವಾಗಿ ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಸಿಲ್ವಾ ಸಿಲ್ವಾ ಜೀವನದ ಎಲ್ಲಾ ಮೂರು ಕ್ಷೇತ್ರಗಳಿಗೆ ಜೋಡಿಸಲಾದ ಸಣ್ಣ (16ಎಸ್/18ಎಸ್, ಎಸ್ಎಸ್ಯು) ಮತ್ತು ದೊಡ್ಡ ಉಪಘಟಕ (23ಎಸ್/28ಎಸ್, ಎಲ್ಎಸ್ಯು) ರೈಬೋಸೋಮಲ್ ಆರ್ಎನ್ಎ (ಆರ್ಆರ್ಎನ್ಎ) ಅನುಕ್ರಮಗಳ ಸಮಗ್ರ, ಗುಣಮಟ್ಟದ ಪರಿಶೀಲಿಸಿದ ಮತ್ತು ನಿಯಮಿತವಾಗಿ ನವೀಕರಿಸಿದ ದತ್ತಾಂಶಗಳನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ. ಗ್ರೀನ್ಜೀನ್ಸ್ ಒಂದು ಗುಣಮಟ್ಟದ ನಿಯಂತ್ರಿತ, ಸಮಗ್ರ 16ಎಸ್ ಆರ್ಆರ್ಎನ್ಎ ಜೀನ್ ರೆಫರೆನ್ಸ್ ಡೇಟಾಬೇಸ್ ಮತ್ತು ವರ್ಗೀಕರಣವಾಗಿದ್ದು, ಡಿ ನೊವೊ ಫೈಲೋಜೆನಿಯನ್ನು ಆಧರಿಸಿದೆ, ಇದು ಪ್ರಮಾಣಿತ ಕಾರ್ಯಾಚರಣೆಯ ಟ್ಯಾಕ್ಸಾನಮಿಕ್ ಯುನಿಟ್ ಸೆಟ್ಗಳನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ. ಇದು 2012 ಮತ್ತು 2013 ರ ನಡುವೆ ವರ್ಷಗಳ ಹಿಂದೆ ಅನ್ವಯಿಸಲಾದ ಫೈಲೋಜೆನೆಟಿಕ್ ವಿಧಾನಗಳಿಂದ ಪ್ರಸ್ತಾಪಿಸಲಾದ ಟ್ಯಾಕ್ಸಾನಮಿಕ್ ಪದಗಳನ್ನು ಬಳಸುತ್ತದೆ ಎಂಬುದರ ಬಗ್ಗೆ ಜಾಗರೂಕರಾಗಿರಿ. ಅಂದಿನಿಂದ, ಆರ್ಕಿಯಾ ಮತ್ತು ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾಗಳಿಗೆ ವಿವಿಧ ಹೊಸ ಫೈಲೋಜೆನೆಟಿಕ್ ವಿಧಾನಗಳನ್ನು ಪ್ರಸ್ತಾಪಿಸಲಾಗಿದೆ. ಉಲ್ಲೇಖಗಳು ಬಾಹ್ಯ ಕೊಂಡಿಗಳು ಯೂನಿವರ್ಸಿಟಿ ಆಫ್ ವಾಷಿಂಗ್ಟನ್ ಲ್ಯಾಬೊರೇಟರಿ ಮೆಡಿಸಿನ್ಃ ಮಾಲಿಕ್ಯುಲರ್ ಡಯಾಗ್ನೋಸಿಸ್ | ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಲ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ದಿ ರೈಬೋಸೋಮಲ್ ಡೇಟಾಬೇಸ್ ಪ್ರಾಜೆಕ್ಟ್ ರೈಬೋಸೋಮ್ಗಳು ಮತ್ತು ರೈಬೋಸೋಮಲ್ ಆರ್ಎನ್ಎಃ (ಆರ್ಆರ್ಎನ್ಎ) ಸಿಲ್ವಾ ಆರ್ಆರ್ಎನ್ಎ ಡೇಟಾಬೇಸ್ ಗ್ರೀನ್ಜೀನ್ಸ್ಃ 16ಎಸ್ ಆರ್ಡಿಎನ್ಎ ಡೇಟಾ ಮತ್ತು ಟೂಲ್ಸ್ ಎಜ್ ಬಯೋಕ್ಲೌಡ್ ರೈಬೋಸೋಮಲ್ ಆರ್ಎನ್ಎ ಮೆಟಜೆನೊಮಿಕ್ಸ್