HITS-CLIP
ಕ್ರಾಸ್ಲಿಂಕಿಂಗ್ ಇಮ್ಯುನೊಪ್ರೆಸಿಪಿಟೇಶನ್ (ಎಚ್ಐಟಿಎಸ್-ಸಿಎಲ್ಐಪಿ) ಮೂಲಕ ಪ್ರತ್ಯೇಕಿಸಲಾದ ಆರ್ಎನ್ಎಯ ಹೆಚ್ಚಿನ-ಥ್ರೋಪುಟ್ ಅನುಕ್ರಮವು ಜೀನೋಮ್-ವೈಡ್ ಮ್ಯಾಪಿಂಗ್ ಪ್ರೋಟೀನ್-ಆರ್ಎನ್ಎ ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಸೈಟ್ಗಳು ಅಥವಾ ವಿವೊದಲ್ಲಿನ ಆರ್ಎನ್ಎ ಮಾರ್ಪಾಡು ಸೈಟ್ಗಳಿಗಾಗಿ ಸಿಎಲ್ಐಪಿಯ ಒಂದು ರೂಪಾಂತರವಾಗಿದೆ. ಎಚ್ಐಟಿಎಸ್-ಸಿಎಲ್ಐಪಿಯನ್ನು ಮೂಲತಃ ನರಕೋಶ-ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಆರ್ಎನ್ಎ-ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಮತ್ತು ಸ್ಪ್ಲೈಸಿಂಗ್ ಫ್ಯಾಕ್ಟರ್ ಎನ್ಒವಿಎ1 ಮತ್ತು ಎನ್ಒವಿಎ2 ಗಾಗಿ ಜೀನೋಮ್-ವೈಡ್ ಪ್ರೋಟೀನ್-ಆರ್ಎನ್ಎ ಪರಸ್ಪರ ನಕ್ಷೆಗಳನ್ನು ರಚಿಸಲು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತಿತ್ತು; ಅಂದಿನಿಂದ ಪಿಟಿಬಿ, ಆರ್ಬಿಫಾಕ್ಸ್2, ಎಸ್ಎಫ್ಆರ್ಎಸ್1, ಎಚ್ಎನ್ಆರ್ಎನ್ಪಿಸಿ, ಮತ್ತು ಎನ್6-ಮೀಥೈಲಾಡೆನೊಸಿನ್ (ಎಂ6ಎ) ಎಂಆರ್ಎನ್ಎ ಮಾರ್ಪಾಡುಗಳು ಸೇರಿದಂತೆ ಹಲವಾರು ಇತರ ಸ್ಪ್ಲೈಸಿಂಗ್ ಫ್ಯಾಕ್ಟರ್ ನಕ್ಷೆಗಳನ್ನು ರಚಿಸಲಾಗಿದೆ. ಆರ್ಎನ್ಎ-ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅರ್ಗೋನೌಟ್ನ ಎಚ್ಐಟಿಎಸ್-ಸಿಎಲ್ಐಪಿಯನ್ನು ಇಲಿಗಳ ಮೆದುಳಿನಲ್ಲಿ ಮೈಕ್ರೋಆರ್ಎನ್ಎ-ಎಂಆರ್ಎನ್ಎ ಮತ್ತು ಪ್ರೋಟೀನ್-ಆರ್ಎನ್ಎ ಸಂವಹನ ನಕ್ಷೆಗಳನ್ನು ಡಿಕೋಡ್ ಮಾಡುವ ಮೂಲಕ ಮೈಕ್ರೋಆರ್ಎನ್ಎ ಗುರಿಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಮತ್ತು ತರುವಾಯ ಸಿನೋರಹ್ಯಾಬಿಡಿಸ್ ಎಲಿಗನ್ಸ್, ಭ್ರೂಣದ ಕಾಂಡಕೋಶಗಳು ಮತ್ತು ಅಂಗಾಂಶ ಸಂಸ್ಕೃತಿ ಕೋಶಗಳಲ್ಲಿ ನಡೆಸಲಾಗಿದೆ. ಎಚ್ಐಟಿಎಸ್-ಸಿಎಲ್ಐಪಿಯ ಹೊಸ ಮಾರ್ಪಾಡಾಗಿ, ಎಂಆರ್ಎನ್ಎಯಲ್ಲಿನ ಎನ್6-ಮೀಥೈಲಾಡೆನೊಸಿನ್ (ಎಂ6ಎ) ಸ್ಥಳಗಳನ್ನು ಗುರಿಯ ಆರ್ಎನ್ಎಗೆ ಯುವಿ-ಕ್ರಾಸ್ಲಿಂಕಿಂಗ್ ಎಂ6ಎ ಪ್ರತಿಕಾಯದಿಂದ ನಿಖರವಾಗಿ ನಕ್ಷೆ ಮಾಡಲು ಎಂ6ಎ-ಸಿಎಲ್ಐಪಿಯನ್ನು ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಲಾಗಿದೆ. ಇತ್ತೀಚೆಗೆ, ಅರ್ಗೋನಾಟ್ ಎಚ್. ಐ. ಟಿ. ಎಸ್.-ಸಿ. ಎಲ್. ಐ. ಪಿ. ಗೆ ಅನ್ವಯಿಸಲಾದ ಸುಧಾರಿತ ಜೈವಿಕ ಮಾಹಿತಿಶಾಸ್ತ್ರವು ಏಕ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ನೊಂದಿಗೆ ಬಂಧಿಸುವ ತಾಣಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ. ಅಂಗಾಂಶ ಸಂಸ್ಕರಣಾ ಕೋಶಗಳಲ್ಲಿನ ಸೆಲ್ಯುಲಾರ್ ಆರ್. ಎನ್. ಎ-ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳು (ಆರ್. ಬಿ. ಪಿ. ಗಳು) ಮತ್ತು ಮೈಕ್ರೋ ಆರ್. ಎನ್. ಎ-ಹೊಂದಿರುವ ರಿಬೋನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಪ್ರೋಟೀನ್ ಸಂಕೀರ್ಣಗಳ (ಎಮ್. ಐ. ಆರ್. ಎನ್. ಪಿ. ಗಳು) ಬಂಧಿಸುವ ತಾಣಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಇದೇ ರೀತಿಯ ವಿಧಾನಗಳು ಪಿ. ಎ. ಆರ್-ಸಿ. ಎಲ್. ಐ. ಪಿ. ಐ. ಸಿ. ಎಲ್. ಐ. ಪಿ., ಮೊಟಕುಗೊಳಿಸಿದ ಸಿ. ಡಿ. ಎನ್. ಎ. ಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಂತೆ ಸಿ. ಡಿ. ಎನ್. ಎ. ಗ್ರಂಥಾಲಯದ ಸಂಪೂರ್ಣ ವರ್ಧನೆಗಾಗಿ, ಕ್ರಾಸ್ ಲಿಂಕ್ ತಾಣಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಹೆಚ್ಚುವರಿ ವಿಧಾನವನ್ನು ಸಹ ಸಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ. ಉಲ್ಲೇಖಗಳು ಬಾಹ್ಯ ಕೊಂಡಿಗಳು ಕ್ಲಿಪ್ಸಿಮ್-ಎಂಸಿಃ ಕ್ಲಿಪ್ಸಿಮ್-ಎಂಸಿ ಎಂಬುದು ಮಾಂಟೆ-ಕಾರ್ಲೋ-ಆಧಾರಿತ ವಿಧಾನವನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಮಿಆರ್ಎನ್ಎ/ಎಂಆರ್ಇ ಜೋಡಿಗಳನ್ನು ಕಂಡುಹಿಡಿಯಲು ಕ್ಲಿಪ್-ಸೆಕ್ ಡೇಟಾವನ್ನು ಬಳಸುವ ಒಂದು ಸಾಧನವಾಗಿದೆ. ಸ್ಟಾರ್ಬೇಸ್ ದತ್ತಸಂಚಯಃ ಮೈಆರ್ಎನ್ಎ-ಎಮ್ಆರ್ಎನ್ಎ, ಮೈಆರ್ಎನ್ಎ-ಎಲ್ಎನ್ಸಿಆರ್ಎನ್ಎ, ಮೈಆರ್ಎನ್ಎ-ಎಸ್ಎನ್ಸಿಆರ್ಎನ್ಎ, ಮೈಆರ್ಎನ್ಎ-ಸರ್ಕ್ಆರ್ಎನ್ಎ, ಮೈಆರ್ಎನ್ಎ-ಸೂಡೋಜೆನ್, ಪ್ರೋಟೀನ್-ಎಲ್ಎನ್ಸಿಆರ್ಎನ್ಎ, ಪ್ರೋಟೀನ್-ಆರ್ಎನ್ಎ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳು ಮತ್ತು ಎಚ್ಐಟಿಎಸ್-ಸಿಎಲ್ಐಪಿ (ಸಿಎಲ್ಐಪಿ-ಸೆಕ್, ಪಿಎಆರ್-ಸಿಎಲ್ಐಪಿ, ಐಸಿಎಲ್ಐಪಿ, ಕ್ಲಾಸ್) ದತ್ತಾಂಶ, ಮತ್ತು ಟಾರ್ಗೆಟ್ಸ್ಕ್ಯಾನ್, ಪಿಕ್ಟಾರ್, ಆರ್ಎನ್ಎ22, ಮೈರಾಂಡಾ ಮತ್ತು ಪಿಐಟಿಎ ಮೈಕ್ರೋಆರ್ಎನ್ಎ ಗುರಿ ತಾಣಗಳಿಂದ ಸಿಇಆರ್ಎನ್ಎ ಜಾಲಗಳನ್ನು ಅನ್ವೇಷಿಸುವ ದತ್ತಸಂಚಯ. ಕ್ಲಿಪ್ಜ್ಃ ಎಚ್ಐಟಿಎಸ್-ಸಿಎಲ್ಐಪಿ ಪ್ರಯೋಗಗಳಿಂದ ಓದಲ್ಪಟ್ಟ ಸಣ್ಣ ಆರ್ಎನ್ಎಯನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸುವ ಪೈಪ್ಲೈನ್. ಡಿ. ಸಿ. ಎಲ್. ಐ. ಪಿ.: ಡಿ. ಸಿ. ಎಲ್. ಐ. ಪಿ. ಯು ಎರಡು ತುಲನಾತ್ಮಕ ಸಿ. ಎಲ್. ಐ. ಪಿ.-ಸೆಕ್ (ಎಚ್. ಐ. ಟಿ. ಎಸ್.-ಸಿ. ಎಲ್. ಐ. ಪಿ., ಪಿ. ಎ. ಆರ್.-ಸಿ. ಎಲ್. ಐ. ಪಿ. ಅಥವಾ ಐ. ಸಿ. ಎಲ್. ಐ. ಪಿ.) ಪ್ರಯೋಗಗಳಲ್ಲಿ ಭೇದಾತ್ಮಕ ಬಂಧಿಸುವ ಪ್ರದೇಶಗಳನ್ನು ಕಂಡುಹಿಡಿಯುವ ಪರ್ಲ್ ಪ್ರೋಗ್ರಾಂ ಆಗಿದೆ. ಆರ್. ಎನ್. ಎ. ಆಣ್ವಿಕ ಜೆನೆಟಿಕ್ಸ್ ಮೈಕ್ರೋ ಆರ್. ಎನ್. ಎ.