RaptorX
ರಾಪ್ಟರ್ಎಕ್ಸ್ ಎಂಬುದು ಪ್ರೋಟೀನ್ ರಚನೆ ಮತ್ತು ಕಾರ್ಯ ಮುನ್ಸೂಚನೆಗಾಗಿ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ಮತ್ತು ವೆಬ್ ಸರ್ವರ್ ಆಗಿದ್ದು, ಇದು ವಾಣಿಜ್ಯೇತರ ಬಳಕೆಗೆ ಉಚಿತವಾಗಿದೆ. ಪ್ರೋಟೀನ್ ರಚನೆಯ ಮುನ್ಸೂಚನೆಗೆ ರಾಪ್ಟರ್ಎಕ್ಸ್ ಅತ್ಯಂತ ಜನಪ್ರಿಯ ವಿಧಾನಗಳಲ್ಲಿ ಒಂದಾಗಿದೆ. ಇತರ ದೂರಸ್ಥ ಹೋಮೋಲಜಿ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆ/ಪ್ರೋಟೀನ್ ಥ್ರೆಡಿಂಗ್ ತಂತ್ರಗಳಂತೆ, ವ್ಯಾಪಕವಾಗಿ ಬಳಸಲಾಗುವ ಪಿಎಸ್ಐ-ಬ್ಲಾಸ್ಟ್ ಸಾಧ್ಯವಾಗದಿದ್ದಾಗ ರಾಪ್ಟರ್ಎಕ್ಸ್ ನಿಯಮಿತವಾಗಿ ವಿಶ್ವಾಸಾರ್ಹ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸಲು ಸಾಧ್ಯವಾಗುತ್ತದೆ. ಆದಾಗ್ಯೂ, ಆ ಪ್ರೊಫೈಲ್-ಆಧಾರಿತ ವಿಧಾನಗಳಿಗಿಂತ (ಉದಾಹರಣೆಗೆ, ಎಚ್ಎಚ್ಪ್ರೆಡ್ ಮತ್ತು ಫೈರ್2) ರಾಪ್ಟರ್ಎಕ್ಸ್ ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ ಭಿನ್ನವಾಗಿದೆ, ಇದರಲ್ಲಿ ರಾಪ್ಟರ್ಎಕ್ಸ್ ರಚನೆಯ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಳ್ಳುವ ಮೂಲಕ ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಂಖ್ಯೆಯ ಅನುಕ್ರಮ ಹೋಮೋಲಾಗ್ಗಳಿಲ್ಲದೆ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅನುಕ್ರಮಗಳ ಮಾದರಿಯಲ್ಲಿ ಉತ್ತಮವಾಗಿದೆ. ಪ್ರೋಟೀನ್ ರಚನೆಯ ಮುನ್ಸೂಚನೆ ವಿಧಾನಗಳಲ್ಲಿ ಪರಿಣತರಲ್ಲದ ಬಳಕೆದಾರರಿಗೆ ಬಳಕೆದಾರ ಸ್ನೇಹಿ ಇಂಟರ್ಫೇಸ್ ಅನ್ನು ಖಚಿತಪಡಿಸಿಕೊಳ್ಳಲು ರಾಪ್ಟರ್ಎಕ್ಸ್ ಸರ್ವರ್ ಅನ್ನು ವಿನ್ಯಾಸಗೊಳಿಸಲಾಗಿದೆ. ರ್ಯಾಪ್ಟರ್ಎಕ್ಸ್ ಯೋಜನೆಯನ್ನು 2008ರಲ್ಲಿ ಪ್ರಾರಂಭಿಸಲಾಯಿತು ಮತ್ತು ರ್ಯಾಪ್ಟರ್ಎಕ್ಸ್ ಸರ್ವರ್ ಅನ್ನು 2011ರಲ್ಲಿ ಸಾರ್ವಜನಿಕರಿಗೆ ಬಿಡುಗಡೆ ಮಾಡಲಾಯಿತು. ಪ್ರಮಾಣಿತ ಬಳಕೆ ರಾಪ್ಟರ್ಎಕ್ಸ್ ಸಲ್ಲಿಕೆ ಫಾರ್ಮ್ನಲ್ಲಿ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಅಂಟಿಸಿದ ನಂತರ, ಬಳಕೆದಾರರು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಮುನ್ಸೂಚನೆಯನ್ನು ಪೂರ್ಣಗೊಳಿಸಲು ಒಂದೆರಡು ಗಂಟೆಗಳ ಕಾಲ ಕಾಯುತ್ತಾರೆ (ಅನುಕ್ರಮದ ಉದ್ದವನ್ನು ಅವಲಂಬಿಸಿ). ಫಲಿತಾಂಶಗಳ ವೆಬ್ ಪುಟಕ್ಕೆ ಲಿಂಕ್ ಹೊಂದಿರುವ ಇಮೇಲ್ ಅನ್ನು ಬಳಕೆದಾರರಿಗೆ ಕಳುಹಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ರಾಪ್ಟರ್ಎಕ್ಸ್ ಸರ್ವರ್ ಪ್ರಸ್ತುತ ಈ ಕೆಳಗಿನ ಫಲಿತಾಂಶಗಳನ್ನು ನೀಡುತ್ತದೆಃ 3-ಸ್ಥಿತಿ ಮತ್ತು 8-ಸ್ಥಿತಿ ದ್ವಿತೀಯಕ ರಚನೆಯ ಮುನ್ಸೂಚನೆ, ಅನುಕ್ರಮ-ಟೆಂಪ್ಲೇಟ್ ಜೋಡಣೆ, 3ಡಿ ರಚನೆಯ ಮುನ್ಸೂಚನೆ, ದ್ರಾವಕ ಪ್ರವೇಶಸಾಧ್ಯತೆಯ ಮುನ್ಸೂಚನೆ, ಅಸ್ವಸ್ಥತೆಯ ಮುನ್ಸೂಚನೆ ಮತ್ತು ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಸೈಟ್ ಮುನ್ಸೂಚನೆ. ದೃಶ್ಯ ಪರೀಕ್ಷೆಯನ್ನು ಬೆಂಬಲಿಸಲು ಊಹಿಸಲಾದ ಫಲಿತಾಂಶಗಳನ್ನು ಪ್ರದರ್ಶಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಫಲಿತಾಂಶದ ಕಡತಗಳು ಡೌನ್ಲೋಡ್ ಮಾಡಲು ಸಹ ಲಭ್ಯವಿವೆ. ರ್ಯಾಪ್ಟರ್ಎಕ್ಸ್ ಸರ್ವರ್ ಊಹಿಸಲಾದ 3ಡಿ ಮಾದರಿಗಳ ಗುಣಮಟ್ಟವನ್ನು ಸೂಚಿಸುವ ಕೆಲವು ವಿಶ್ವಾಸಾರ್ಹ ಅಂಕಗಳನ್ನು ಸಹ ಉತ್ಪಾದಿಸುತ್ತದೆ (ಅವುಗಳ ಅನುಗುಣವಾದ ಸ್ಥಳೀಯ ರಚನೆಗಳ ಅನುಪಸ್ಥಿತಿಯಲ್ಲಿ). ಉದಾಹರಣೆಗೆ, ಇದು 3ಡಿ ಮಾದರಿಯ ಸಾಪೇಕ್ಷ ಜಾಗತಿಕ ಗುಣಮಟ್ಟಕ್ಕೆ ಪಿ-ಮೌಲ್ಯವನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸುತ್ತದೆ, 3ಡಿ ಮಾದರಿಯ ಸಂಪೂರ್ಣ ಜಾಗತಿಕ ಗುಣಮಟ್ಟಕ್ಕೆ ಜಿಡಿಟಿ (ಜಾಗತಿಕ ದೂರ ಪರೀಕ್ಷೆ) ಮತ್ತು ಯುಜಿಡಿಟಿ (ಅಸಹಜ-ಜಿಡಿಟಿ) ಮತ್ತು 3ಡಿ ಮಾದರಿಯ ಪ್ರತಿ ಅವಶೇಷದಲ್ಲಿ ಸಂಪೂರ್ಣ ಸ್ಥಳೀಯ ಗುಣಮಟ್ಟಕ್ಕೆ ಪ್ರತಿ ಸ್ಥಾನದ ಆರ್ಎಂಎಸ್ಡಿ ಅನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸುತ್ತದೆ. ಅಪ್ಲಿಕೇಶನ್ಗಳು ಮತ್ತು ಕಾರ್ಯಕ್ಷಮತೆ ರಾಪ್ಟರ್ಎಕ್ಸ್ನ ಅಪ್ಲಿಕೇಶನ್ಗಳಲ್ಲಿ ಪ್ರೋಟೀನ್ ರಚನೆಯ ಮುನ್ಸೂಚನೆ, ಕಾರ್ಯ ಮುನ್ಸೂಚನೆ, ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅನುಕ್ರಮ-ರಚನೆಯ ಜೋಡಣೆ, ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳ ವಿಕಸನೀಯ ವರ್ಗೀಕರಣ, ಸೈಟ್-ನಿರ್ದೇಶಿತ ಮ್ಯುಟಜೆನೆಸಿಸ್ಗೆ ಮಾರ್ಗದರ್ಶನ ಮತ್ತು ಆಣ್ವಿಕ ಬದಲಿ ಮೂಲಕ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸ್ಫಟಿಕ ರಚನೆಗಳನ್ನು ಪರಿಹರಿಸುವುದು ಸೇರಿವೆ. ಸಿಎಎಸ್ಪಿ9 ಬ್ಲೈಂಡ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸ್ಟ್ರಕ್ಚರ್ ಪ್ರಿಡಿಕ್ಷನ್ ಪ್ರಯೋಗದಲ್ಲಿ, ರಾಪ್ಟರ್ಎಕ್ಸ್ ಸುಮಾರು 80 ಸ್ವಯಂಚಾಲಿತ ಸ್ಟ್ರಕ್ಚರ್ ಪ್ರಿಡಿಕ್ಷನ್ ಸರ್ವರ್ಗಳಲ್ಲಿ 2ನೇ ಸ್ಥಾನದಲ್ಲಿದೆ. ರಾಪ್ಟರ್ಎಕ್ಸ್ 50 ಕಠಿಣವಾದ ಸಿಎಎಸ್ಪಿ9 ಟಿಬಿಎಂ (ಟೆಂಪ್ಲೇಟ್-ಆಧಾರಿತ ಮಾಡೆಲಿಂಗ್) ಗುರಿಗಳಿಗೆ ಅತ್ಯುತ್ತಮ ಜೋಡಣೆಗಳನ್ನು ಸಹ ಸೃಷ್ಟಿಸಿತು. CASP10 ನಲ್ಲಿ, 15 ಅತ್ಯಂತ ಕಷ್ಟಕರವಾದ CASP10 TBM ಗುರಿಗಳಿಗಾಗಿ ಅಗ್ರ 10 ಮಾನವ/ಸರ್ವರ್ ಗುಂಪುಗಳಲ್ಲಿ ರಾಪ್ಟರ್ಎಕ್ಸ್ ಏಕೈಕ ಸರ್ವರ್ ಗುಂಪಾಗಿದೆ. ಹಿಸ್ಟರಿ ರಾಪ್ಟರ್ಎಕ್ಸ್, ರಾಪ್ಟರ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸ್ಟ್ರಕ್ಚರ್ ಪ್ರಿಡಿಕ್ಷನ್ ಸಿಸ್ಟಮ್ನ ಉತ್ತರಾಧಿಕಾರಿಯಾಗಿದೆ. ರಾಪ್ಟರ್ ಅನ್ನು ವಾಟರ್ಲೂ ವಿಶ್ವವಿದ್ಯಾಲಯದಲ್ಲಿ ಡಾ. ಜಿಂಬೋ ಕ್ಸು ಮತ್ತು ಡಾ. ಮಿಂಗ್ ಲಿ ಅವರು ವಿನ್ಯಾಸಗೊಳಿಸಿದರು ಮತ್ತು ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಿದರು. ರಾಪ್ಟರ್ಎಕ್ಸ್ಅನ್ನು ಚಿಕಾಗೋದ ಟೊಯೋಟಾ ಟೆಕ್ನಲಾಜಿಕಲ್ ಇನ್ಸ್ಟಿಟ್ಯೂಟ್ನಲ್ಲಿ ಪ್ರೊ. ಜಿಂಬೋ ಕ್ಸು ನೇತೃತ್ವದ ಸಂಶೋಧನಾ ತಂಡವು ವಿನ್ಯಾಸಗೊಳಿಸಿ ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಿದೆ. ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸ್ಟ್ರಕ್ಚರ್ ಪ್ರಿಡಿಕ್ಷನ್ ಸಿಎಎಸ್ಪಿ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸ್ಟ್ರಕ್ಚರ್ ಪ್ರಿಡಿಕ್ಷನ್ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ಉಲ್ಲೇಖಗಳ ಪಟ್ಟಿ ಬಾಹ್ಯ ಕೊಂಡಿಗಳು ರಚನೆ ಮತ್ತು ಕಾರ್ಯ ಮುನ್ಸೂಚನೆಗಾಗಿ ರಾಪ್ಟರ್ಎಕ್ಸ್ ವೆಬ್ ಸರ್ವರ್ ಸಿಎಎಸ್ಪಿ ವೆಬ್ಸೈಟ್ ಇತರ ಸ್ಟ್ರಕ್ಚರಲ್ ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ಸ್ಟ್ರಕ್ಚರಲ್ ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ಕಂಪ್ಯೂಟೇಶನಲ್ ಸೈನ್ಸ್