Circular permutation in proteins
ವೃತ್ತಾಕಾರದ ಕ್ರಮಪಲ್ಲಟನೆಯು ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳ ನಡುವಿನ ಸಂಬಂಧವಾಗಿದ್ದು, ಅದರ ಮೂಲಕ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳು ತಮ್ಮ ಪೆಪ್ಟೈಡ್ ಅನುಕ್ರಮದಲ್ಲಿ ಅಮೈನೊ ಆಮ್ಲಗಳ ಬದಲಾದ ಕ್ರಮವನ್ನು ಹೊಂದಿರುತ್ತವೆ. ಇದರ ಫಲಿತಾಂಶವು ವಿಭಿನ್ನ ಸಂಪರ್ಕವನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಪ್ರೋಟೀನ್ ರಚನೆಯಾಗಿದೆ, ಆದರೆ ಒಟ್ಟಾರೆ ಹೋಲುವ ಮೂರು-ಆಯಾಮದ (3D) ಆಕಾರವಾಗಿದೆ. 1979ರಲ್ಲಿ, ಮೊದಲ ಜೋಡಿ ವೃತ್ತಾಕಾರದ ಕ್ರಮಬದ್ಧ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳಾದ ಕಾನ್ಕಾನಾವಾಲಿನ್ ಎ ಮತ್ತು ಲೆಕ್ಟಿನ್ ಅನ್ನು ಕಂಡುಹಿಡಿಯಲಾಯಿತು; ಅಂತಹ 2000ಕ್ಕೂ ಹೆಚ್ಚು ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳು ಈಗ ತಿಳಿದಿವೆ. ವಿಕಸನೀಯ ಘಟನೆಗಳು, ಅನುವಾದದ ನಂತರದ ಮಾರ್ಪಾಡುಗಳು ಅಥವಾ ಕೃತಕವಾಗಿ ವಿನ್ಯಾಸಗೊಳಿಸಲಾದ ರೂಪಾಂತರಗಳ ಪರಿಣಾಮವಾಗಿ ವೃತ್ತಾಕಾರದ ಕ್ರಮಪಲ್ಲಟನೆಯು ಸಂಭವಿಸಬಹುದು. ವೃತ್ತಾಕಾರದ ಕ್ರಮಪಲ್ಲಟಗೊಂಡ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳ ವಿಕಾಸವನ್ನು ವಿವರಿಸಲು ಪ್ರಸ್ತಾಪಿಸಲಾದ ಎರಡು ಪ್ರಮುಖ ಮಾದರಿಗಳೆಂದರೆ ಪುನರಾವರ್ತನೆ ಮತ್ತು ವಿದಳನ ಮತ್ತು ಸಮ್ಮಿಳನದ ಕ್ರಮಪಲ್ಲಟನೆ. ಪ್ರೋಟೀನ್ನ ಅನಗತ್ಯ ವಿಭಾಗಗಳನ್ನು ತೆಗೆದುಹಾಕುವ ಮೊದಲು, ಜೀನ್ ಪುನರಾವರ್ತನೆಗೆ ಒಳಗಾದಾಗ ಪುನರಾವರ್ತನೆಯ ಮೂಲಕ ಕ್ರಮಪಲ್ಲಟನೆಯು ಸಂಭವಿಸುತ್ತದೆ; ಈ ಸಂಬಂಧವು ಸ್ಯಾಪೊಸಿನ್ ಮತ್ತು ಸ್ವಾಪೊಸಿನ್ ನಡುವೆ ಕಂಡುಬರುತ್ತದೆ. ನಿಕೋಟಿನಾಮೈಡ್ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಹೈಡ್ರೋಜಿನೇಸ್ಗಳಂತಹ ಭಾಗಶಃ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳು ಬೆಸೆದು ಒಂದೇ ಪಾಲಿಪೆಪ್ಟೈಡ್ ಅನ್ನು ರಚಿಸಿದಾಗ ವಿದಳನ ಮತ್ತು ಸಮ್ಮಿಳನ ಸಂಭವಿಸುತ್ತದೆ. ಆವರ್ತಕ ಕ್ರಮಪಲ್ಲಟನೆಗಳನ್ನು ಪ್ರಯೋಗಾಲಯದಲ್ಲಿ ಅವುಗಳ ವೇಗವರ್ಧಕ ಚಟುವಟಿಕೆ ಅಥವಾ ಉಷ್ಣಸ್ಥಾಯಿತ್ವವನ್ನು ಸುಧಾರಿಸಲು ಅಥವಾ ಮೂಲ ಪ್ರೋಟೀನ್ನ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳನ್ನು ತನಿಖೆ ಮಾಡಲು ವಾಡಿಕೆಯಂತೆ ವಿನ್ಯಾಸಗೊಳಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಅನುಕ್ರಮ ಜೋಡಣೆ ಮತ್ತು ರಚನೆಯ ಜೋಡಣೆಗಾಗಿ ಸಾಂಪ್ರದಾಯಿಕ ಕ್ರಮಾವಳಿಗಳು ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳ ನಡುವಿನ ವೃತ್ತಾಕಾರದ ಕ್ರಮಪಲ್ಲಟನೆಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲು ಸಾಧ್ಯವಾಗುವುದಿಲ್ಲ. ಹೊಸ ರೇಖಾತ್ಮಕವಲ್ಲದ ವಿಧಾನಗಳನ್ನು ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಲಾಗಿದೆ, ಅದು ಇದನ್ನು ನಿವಾರಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಟೋಪೋಲಜಿ-ಸ್ವತಂತ್ರ ಹೋಲಿಕೆಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲು ಸಾಧ್ಯವಾಗುತ್ತದೆ. 1979 ರಲ್ಲಿ, ಬ್ರೂಸ್ ಕನ್ನಿಂಗ್ಹ್ಯಾಮ್ ಮತ್ತು ಅವರ ಸಹೋದ್ಯೋಗಿಗಳು ಪ್ರಕೃತಿಯಲ್ಲಿ ವೃತ್ತಾಕಾರದ ಕ್ರಮಪಲ್ಲಟಗೊಂಡ ಪ್ರೋಟೀನ್ನ ಮೊದಲ ನಿದರ್ಶನವನ್ನು ಕಂಡುಹಿಡಿದರು. ಲೆಕ್ಟಿನ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಫೇವಿನ್ನ ಪೆಪ್ಟೈಡ್ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸಿದ ನಂತರ, ಅವರು ತಿಳಿದಿರುವ ಪ್ರೋಟೀನ್-ಕಾನ್ಕಾನಾವಾಲಿನ್ ಎ-ಗೆ ಅದರ ಹೋಲಿಕೆಯನ್ನು ಗಮನಿಸಿದರು-ತುದಿಗಳನ್ನು ವೃತ್ತಾಕಾರವಾಗಿ ಕ್ರಮಬದ್ಧಗೊಳಿಸಲಾಗಿದೆ. ನಂತರದ ಸಂಶೋಧನೆಯು ಜೋಡಿಯ ನಡುವಿನ ವೃತ್ತಾಕಾರದ ಕ್ರಮಪಲ್ಲಟನೆಯನ್ನು ದೃಢಪಡಿಸಿತು ಮತ್ತು ಸೀಳು ಮತ್ತು ಅಸಾಮಾನ್ಯ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಬಂಧನದ ಮೂಲಕ ಕಾನ್ಕಾನಾವಾಲಿನ್ ಎ ಅನ್ನು ಅನುವಾದದ ನಂತರ ಕ್ರಮಪಲ್ಲಟಗೊಳಿಸಲಾಗಿದೆ ಎಂದು ತೋರಿಸಿತು. ನೈಸರ್ಗಿಕ ವೃತ್ತಾಕಾರದ ಕ್ರಮಬದ್ಧ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅನ್ನು ಕಂಡುಹಿಡಿದ ನಂತರ, ಸಂಶೋಧಕರು ಈ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು ಅನುಕರಿಸುವ ಮಾರ್ಗವನ್ನು ಹುಡುಕಿದರು. 1983ರಲ್ಲಿ, ಡೇವಿಡ್ ಗೋಲ್ಡನ್ಬರ್ಗ್ ಮತ್ತು ಥಾಮಸ್ ಕ್ರೈಟನ್ ಅವರು ಟರ್ಮಿನಿಯನ್ನು ರಾಸಾಯನಿಕವಾಗಿ ಜೋಡಿಸಿ ಆವರ್ತಕ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅನ್ನು ರಚಿಸುವ ಮೂಲಕ ಪ್ರೋಟೀನ್ನ ವೃತ್ತಾಕಾರದ ಕ್ರಮಪಲ್ಲಟಗೊಂಡ ಆವೃತ್ತಿಯನ್ನು ರಚಿಸಲು ಸಾಧ್ಯವಾಯಿತು, ನಂತರ ಟ್ರಿಪ್ಸಿನ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಬೇರೆಡೆ ಹೊಸ ಟರ್ಮಿನಿಯನ್ನು ಪರಿಚಯಿಸಿದರು. 1989 ರಲ್ಲಿ, ಕರೋಲಿನ್ ಲುಗರ್ ಮತ್ತು ಅವರ ಸಹೋದ್ಯೋಗಿಗಳು ಡಿಎನ್ಎಯನ್ನು ಎಚ್ಚರಿಕೆಯಿಂದ ವಿಭಜಿಸುವ ಮತ್ತು ಜೋಡಿಸುವ ಮೂಲಕ ವೃತ್ತಾಕಾರದ ಕ್ರಮಪಲ್ಲಟನೆಗಳನ್ನು ಮಾಡಲು ಆನುವಂಶಿಕ ವಿಧಾನವನ್ನು ಪರಿಚಯಿಸಿದರು. ಈ ವಿಧಾನವು ಅನಿಯಂತ್ರಿತ ಸ್ಥಳಗಳಲ್ಲಿ ಕ್ರಮಪಲ್ಲಟನೆಗಳನ್ನು ಪರಿಚಯಿಸಲು ಅವಕಾಶ ಮಾಡಿಕೊಟ್ಟಿತು. ಅನುವಾದದ ನಂತರದ ವೃತ್ತಾಕಾರದ ಕ್ರಮಪಲ್ಲಟನೆಗಳ ಆರಂಭಿಕ ಆವಿಷ್ಕಾರ ಮತ್ತು ವೃತ್ತಾಕಾರದ ಕ್ರಮಪಲ್ಲಟನೆಗಳನ್ನು ವಿಕಸನಗೊಳಿಸಲು ಸಂಭವನೀಯ ಆನುವಂಶಿಕ ಕಾರ್ಯವಿಧಾನದ ಸಲಹೆಯ ಹೊರತಾಗಿಯೂ, 1995 ರವರೆಗೆ ಮೊದಲ ವೃತ್ತಾಕಾರದ ಕ್ರಮಪಲ್ಲಟಗೊಂಡ ಜೋಡಿ ವಂಶವಾಹಿಗಳನ್ನು ಕಂಡುಹಿಡಿಯಲಾಗಲಿಲ್ಲ. ಸಪೋಸಿನ್ಗಳು ಮಾನವರಲ್ಲಿ ಸ್ಫಿಂಗೋಲಿಪಿಡ್ ಕ್ಯಾಟಬೋಲಿಸಮ್ ಮತ್ತು ಲಿಪಿಡ್ಗಳ ಪ್ರತಿಜನಕ ಪ್ರಸ್ತುತಿಯಲ್ಲಿ ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳ ಒಂದು ವರ್ಗವಾಗಿದೆ. ಕ್ರಿಸ್ ಪಾಂಟಿಂಗ್ ಮತ್ತು ರಾಬರ್ಟ್ ರಸ್ಸೆಲ್ ಅವರು ಸಸ್ಯದ ಆಸ್ಪರ್ಟಿಕ್ ಪ್ರೋಟೀನೇಸ್ನಲ್ಲಿ ಸೇರಿಸಲಾದ ಸಪೋಸಿನ್ನ ವೃತ್ತಾಕಾರದ ಕ್ರಮಪಲ್ಲಟಗೊಂಡ ಆವೃತ್ತಿಯನ್ನು ಗುರುತಿಸಿದರು, ಇದನ್ನು ಅವರು ಸ್ವಾಪೊಸಿನ್ ಎಂದು ಅಡ್ಡಹೆಸರಿಟ್ಟರು. ಸಪೋಸಿನ್ ಮತ್ತು ಸ್ವಾಪೊಸಿನ್ಗಳು ವೃತ್ತಾಕಾರದ ಕ್ರಮಪಲ್ಲಟನೆಯಿಂದ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಎರಡು ನೈಸರ್ಗಿಕ ವಂಶವಾಹಿಗಳ ಮೊದಲ ಪ್ರಕರಣಗಳಾಗಿವೆ. ವೃತ್ತಾಕಾರದ ಕ್ರಮಪಲ್ಲಟನೆಯಿಂದ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಜೋಡಿಗಳ ನೂರಾರು ಉದಾಹರಣೆಗಳನ್ನು ತರುವಾಯ ಪ್ರಕೃತಿಯಲ್ಲಿ ಕಂಡುಹಿಡಿಯಲಾಯಿತು ಅಥವಾ ಪ್ರಯೋಗಾಲಯದಲ್ಲಿ ಉತ್ಪಾದಿಸಲಾಯಿತು. ಫೆಬ್ರವರಿ 2012 ರ ಹೊತ್ತಿಗೆ, ವೃತ್ತಾಕಾರದ ಕ್ರಮಪಲ್ಲಟನೆಯ ದತ್ತಸಂಚಯವು ತಿಳಿದಿರುವ ರಚನೆಗಳೊಂದಿಗೆ 2,238 ವೃತ್ತಾಕಾರದ ಕ್ರಮಪಲ್ಲಟಗೊಂಡ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಜೋಡಿಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ, ಮತ್ತು ಇನ್ನೂ ಅನೇಕವು ರಚನೆಗಳಿಲ್ಲದೆ ತಿಳಿದಿವೆ. ಸೈಬೇಸ್ ದತ್ತಸಂಚಯವು ಆವರ್ತಕ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳನ್ನು ಸಂಗ್ರಹಿಸುತ್ತದೆ, ಅವುಗಳಲ್ಲಿ ಕೆಲವು ಆವರ್ತಕ ಕಾಡು-ರೀತಿಯ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳ ಕ್ರಮಬದ್ಧ ರೂಪಾಂತರಗಳಾಗಿವೆ. ಸಿಸೈಫಸ್ ಒಂದು ದತ್ತಸಂಚಯವಾಗಿದ್ದು, ಇದು ಕ್ಷುಲ್ಲಕವಲ್ಲದ ಸಂಬಂಧಗಳೊಂದಿಗೆ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳ ಕೈಯಿಂದ ಕ್ಯೂರೇಟ್ ಮಾಡಲಾದ ಹಸ್ತಚಾಲಿತ ಜೋಡಣೆಗಳ ಸಂಗ್ರಹವನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ, ಅವುಗಳಲ್ಲಿ ಹಲವು ವೃತ್ತಾಕಾರದ ಕ್ರಮಪಲ್ಲಟನೆಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿವೆ. ವೃತ್ತಾಕಾರದ ಕ್ರಮಪಲ್ಲಟಗೊಂಡ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳ ವಿಕಾಸವನ್ನು ವಿವರಿಸಲು ಪ್ರಸ್ತುತ ಎರಡು ಪ್ರಮುಖ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತಿದೆಃ ಪುನರಾವರ್ತನೆ ಮತ್ತು ವಿದಳನ ಮತ್ತು ಸಮ್ಮಿಳನದ ಮೂಲಕ ಕ್ರಮಪಲ್ಲಟನೆ. ಎರಡು ಮಾದರಿಗಳು ಅವುಗಳನ್ನು ಬೆಂಬಲಿಸುವ ಬಲವಾದ ಉದಾಹರಣೆಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿವೆ, ಆದರೆ ವಿಕಾಸದಲ್ಲಿ ಪ್ರತಿ ಮಾದರಿಯ ಸಾಪೇಕ್ಷ ಕೊಡುಗೆಯು ಇನ್ನೂ ಚರ್ಚೆಯಲ್ಲಿದೆ. "ಕಟ್ ಅಂಡ್ ಪೇಸ್ಟ್" ಅಥವಾ "ಎಕ್ಸಾನ್ ಷಫ್ಲಿಂಗ್" ನಂತಹ ಇತರ, ಕಡಿಮೆ ಸಾಮಾನ್ಯವಾದ, ಕಾರ್ಯವಿಧಾನಗಳನ್ನು ಪ್ರಸ್ತಾಪಿಸಲಾಗಿದೆ. ಪುನರಾವರ್ತನೆಯ ಮೂಲಕ ಕ್ರಮಪಲ್ಲಟನೆ ವೃತ್ತಾಕಾರದ ಕ್ರಮಪಲ್ಲಟನೆಗಳ ವಿಕಸನಕ್ಕೆ ಪ್ರಸ್ತಾಪಿಸಲಾದ ಆರಂಭಿಕ ಮಾದರಿಯು ಪುನರಾವರ್ತನೆಯ ಕಾರ್ಯವಿಧಾನದ ಮೂಲಕ ಕ್ರಮಪಲ್ಲಟನೆಯಾಗಿದೆ. ಈ ಮಾದರಿಯಲ್ಲಿ, ಪೂರ್ವಗಾಮಿ ಜೀನ್ ಮೊದಲು ದೊಡ್ಡ ಅನುಕ್ರಮ ಪುನರಾವರ್ತನೆಯನ್ನು ರೂಪಿಸಲು ನಕಲು ಮತ್ತು ಸಮ್ಮಿಳನಕ್ಕೆ ಒಳಗಾಗುತ್ತದೆ. ಮುಂದೆ, ಪುನರಾವರ್ತಿತ ವಂಶವಾಹಿಯಲ್ಲಿನ ಅನುಗುಣವಾದ ಸ್ಥಳಗಳಲ್ಲಿ ಪ್ರಾರಂಭ ಮತ್ತು ನಿಲ್ಲಿಸುವ ಕೋಡಾನ್ಗಳನ್ನು ಪರಿಚಯಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಪ್ರೋಟೀನ್ನ ಅನಗತ್ಯ ವಿಭಾಗಗಳನ್ನು ತೆಗೆದುಹಾಕಲಾಗುತ್ತದೆ. ಮಧ್ಯಂತರ ಕ್ರಮಪಲ್ಲಟನೆಗಳು ಸಂಭವಿಸಬಹುದು ಎಂಬುದು ನಕಲು ಕಾರ್ಯವಿಧಾನದ ಕ್ರಮಪಲ್ಲಟನೆಯ ಒಂದು ಆಶ್ಚರ್ಯಕರ ಮುನ್ಸೂಚನೆಯಾಗಿದೆ. ಉದಾಹರಣೆಗೆ, ಪ್ರೋಟೀನ್ನ ನಕಲು ಆವೃತ್ತಿಯು ಇನ್ನೂ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕವಾಗಿರಬೇಕು, ಇಲ್ಲದಿದ್ದರೆ ವಿಕಸನವು ಅಂತಹ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳ ವಿರುದ್ಧ ತ್ವರಿತವಾಗಿ ಆಯ್ಕೆಯಾಗುತ್ತದೆ. ಅಂತೆಯೇ, ಕೇವಲ ಒಂದು ಟರ್ಮಿನಸ್ ಅನ್ನು ಕತ್ತರಿಸಿದ ಭಾಗಶಃ ನಕಲು ಮಾಡಲಾದ ಮಧ್ಯವರ್ತಿಗಳು ಕಾರ್ಯನಿರ್ವಹಿಸಬೇಕು. ಅಂತಹ ಮಧ್ಯವರ್ತಿಗಳನ್ನು ಡಿಎನ್ಎ ಮೀಥೈಲ್ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಫರೇಸ್ಗಳಂತಹ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಕುಟುಂಬಗಳಲ್ಲಿ ವ್ಯಾಪಕವಾಗಿ ದಾಖಲಿಸಲಾಗಿದೆ. ಸಪೋಸಿನ್ ಮತ್ತು ಸ್ವಾಪೊಸಿನ್ ನಕಲು ಮಾಡುವ ಮೂಲಕ ಕ್ರಮಪಲ್ಲಟನೆಗೆ ಒಂದು ಉದಾಹರಣೆಯೆಂದರೆ ಸಪೋಸಿನ್ ಮತ್ತು ಸ್ವಾಪೊಸಿನ್ ನಡುವಿನ ಸಂಬಂಧ. ಸಪೋಸಿನ್ಗಳು ಹೆಚ್ಚು ಸಂರಕ್ಷಿತ ಗ್ಲೈಕೋಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳಾಗಿದ್ದು, ಸುಮಾರು 80 ಅಮೈನೊ ಆಮ್ಲದ ಅವಶೇಷಗಳು ಉದ್ದವಾಗಿರುತ್ತವೆ ಮತ್ತು ನಾಲ್ಕು ಆಲ್ಫಾ ಹೆಲಿಕಲ್ ರಚನೆಯನ್ನು ರೂಪಿಸುತ್ತವೆ. ಅವು ಸಿಸ್ಟೀನ್ ಅವಶೇಷಗಳು ಮತ್ತು ಗ್ಲೈಕೋಸೈಲೇಷನ್ ತಾಣಗಳ ಬಹುತೇಕ ಒಂದೇ ರೀತಿಯ ನಿಯೋಜನೆಯನ್ನು ಹೊಂದಿವೆ. ಸಪೋಸಿನ್ ಅನ್ನು ಸಂಕೇತಿಸುವ ಸಿಡಿಎನ್ಎ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಪ್ರೋಸಾಪೊಸಿನ್ ಎಂದು ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ. ಇದು ಎ, ಬಿ, ಸಿ ಮತ್ತು ಡಿ ಎಂಬ ನಾಲ್ಕು ಸೀಳು ಉತ್ಪನ್ನಗಳಿಗೆ ಪೂರ್ವಸೂಚಕವಾಗಿದೆ. ನಾಲ್ಕು ಸಪೋಸಿನ್ ಡೊಮೇನ್ಗಳು ಬಹುಶಃ ಪೂರ್ವಜರ ವಂಶವಾಹಿಯ ಎರಡು ಅನುಕ್ರಮ ನಕಲುಗಳಿಂದ ಹುಟ್ಟಿಕೊಂಡಿವೆ. ಈ ಪುನರಾವರ್ತನೆಯು ಸಸ್ಯ-ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಇನ್ಸರ್ಟ್ (ಪಿಎಸ್ಐ) ನೊಂದಿಗಿನ ಸಂಬಂಧದ ವಿಕಾಸಕ್ಕೆ ಒಂದು ಕಾರ್ಯವಿಧಾನವನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ. ಪಿಎಸ್ಐ ಎಂಬುದು ಸಸ್ಯಗಳಲ್ಲಿ ಪ್ರತ್ಯೇಕವಾಗಿ ಕಂಡುಬರುವ ಒಂದು ಕ್ಷೇತ್ರವಾಗಿದ್ದು, ಸುಮಾರು 100 ಅವಶೇಷಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಸಸ್ಯದ ಅಸ್ಪಾರ್ಟಿಕ್ ಪ್ರೋಟಿಯೇಸ್ಗಳಲ್ಲಿ ಕಂಡುಬರುತ್ತದೆ. ಇದು ಸ್ಯಾಪೊಸಿನ್ ತರಹದ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಕುಟುಂಬಕ್ಕೆ (ಎಸ್. ಎ. ಪಿ. ಎಲ್. ಐ. ಪಿ) ಸೇರಿದೆ ಮತ್ತು ಎನ್-ಮತ್ತು ಸಿ-ಟರ್ಮಿನಿಯನ್ನು "ವಿನಿಮಯ ಮಾಡಿಕೊಂಡಿದೆ", ಅಂದರೆ ಹೆಲಿಕ್ಸ್ಗಳ ಕ್ರಮವು ಸ್ಯಾಪೊಸಿನ್ಗೆ ಹೋಲಿಸಿದರೆ 3-4-1-2 ಆಗಿರುತ್ತದೆ, ಹೀಗಾಗಿ "ಸ್ವಾಪೊಸಿನ್" ಎಂಬ ಹೆಸರಿಗೆ ಕಾರಣವಾಗುತ್ತದೆ. ವಿದಳನ ಮತ್ತು ಸಮ್ಮಿಳನ ವೃತ್ತಾಕಾರದ ಕ್ರಮಪಲ್ಲಟನೆಗಳ ವಿಕಾಸಕ್ಕೆ ಮತ್ತೊಂದು ಮಾದರಿಯೆಂದರೆ ವಿದಳನ ಮತ್ತು ಸಮ್ಮಿಳನ ಮಾದರಿ. ಈ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಯು ಎರಡು ಭಾಗಶಃ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳೊಂದಿಗೆ ಪ್ರಾರಂಭವಾಗುತ್ತದೆ. ಇವುಗಳು ಎರಡು ಸ್ವತಂತ್ರ ಪಾಲಿಪೆಪ್ಟೈಡ್ಗಳನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸಬಹುದು (ಉದಾಹರಣೆಗೆ ಹೆಟೆರೊಡೈಮರ್ನ ಎರಡು ಭಾಗಗಳು), ಅಥವಾ ಮೂಲತಃ ಒಂದೇ ಪ್ರೋಟೀನ್ನ ಅರ್ಧಭಾಗಗಳಾಗಿರಬಹುದು, ಅದು ವಿದಳನ ಘಟನೆಗೆ ಒಳಗಾಗಿ ಎರಡು ಪಾಲಿಪೆಪ್ಟೈಡ್ಗಳಾಗಿ ಮಾರ್ಪಟ್ಟಿರಬಹುದು. ಎರಡು ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳು ನಂತರ ಒಗ್ಗೂಡಿ ಒಂದೇ ಪಾಲಿಪೆಪ್ಟೈಡ್ ಅನ್ನು ರೂಪಿಸಬಹುದು. ಯಾವ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಮೊದಲು ಬಂದರೂ, ಈ ಸಮ್ಮಿಳನ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಇದೇ ರೀತಿಯ ಕಾರ್ಯವನ್ನು ತೋರಿಸಬಹುದು. ಹೀಗಾಗಿ, ಎರಡು ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳ ನಡುವಿನ ಸಮ್ಮಿಳನವು ವಿಕಾಸದಲ್ಲಿ ಎರಡು ಬಾರಿ ಸಂಭವಿಸಿದರೆ (ಒಂದೇ ಜಾತಿಯೊಳಗಿನ ಪ್ಯಾರಾಲಾಗ್ಗಳ ನಡುವೆ ಅಥವಾ ವಿಭಿನ್ನ ಪ್ರಭೇದಗಳಲ್ಲಿನ ಆರ್ಥೋಲಾಗ್ಗಳ ನಡುವೆ) ಆದರೆ ಬೇರೆ ಕ್ರಮದಲ್ಲಿ, ಪರಿಣಾಮವಾಗಿ ಸಮ್ಮಿಳನ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳು ವೃತ್ತಾಕಾರದ ಕ್ರಮಪಲ್ಲಟನೆಯಿಂದ ಸಂಬಂಧ ಹೊಂದಿರುತ್ತವೆ. ಒಂದು ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಪ್ರೋಟೀನ್ ವಿದಳನ ಮತ್ತು ಸಮ್ಮಿಳನ ಕಾರ್ಯವಿಧಾನದಿಂದ ವಿಕಸನಗೊಂಡಿದೆ ಎಂಬುದಕ್ಕೆ ಪುರಾವೆಗಳನ್ನು ಸಂಬಂಧಿತ ಪ್ರಭೇದಗಳಲ್ಲಿ ಸ್ವತಂತ್ರ ಪಾಲಿಪೆಪ್ಟೈಡ್ಗಳಾಗಿ ಕ್ರಮಪಲ್ಲಟನೆಯ ಅರ್ಧಭಾಗಗಳನ್ನು ಗಮನಿಸುವುದರ ಮೂಲಕ ಅಥವಾ ಎರಡು ಅರ್ಧಭಾಗಗಳು ಪ್ರತ್ಯೇಕ ಪಾಲಿಪೆಪ್ಟೈಡ್ಗಳಾಗಿ ಕಾರ್ಯನಿರ್ವಹಿಸುತ್ತವೆ ಎಂದು ಪ್ರಾಯೋಗಿಕವಾಗಿ ಪ್ರದರ್ಶಿಸುವ ಮೂಲಕ ಒದಗಿಸಬಹುದು. ಟ್ರಾನ್ಸ್ಹೈಡ್ರೋಜಿನೇಸ್ಗಳು ವಿದಳನ ಮತ್ತು ಸಮ್ಮಿಳನ ಕಾರ್ಯವಿಧಾನಕ್ಕೆ ಒಂದು ಉದಾಹರಣೆಯನ್ನು ನಿಕೋಟಿನಾಮೈಡ್ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಹೈಡ್ರೋಜಿನೇಸ್ಗಳಲ್ಲಿ ಕಾಣಬಹುದು. ಇವು ಮೆಂಬ್ರೇನ್-ಬೌಂಡ್ ಕಿಣ್ವಗಳಾಗಿದ್ದು, ಎನ್ಎಡಿ (ಎಚ್) ಮತ್ತು ಎನ್ಎಡಿಪಿ (ಎಚ್) ನಡುವೆ ಹೈಡ್ರೈಡ್ ಅಯಾನ್ನ ವರ್ಗಾವಣೆಯನ್ನು ವೇಗವರ್ಧಿಸುತ್ತವೆ, ಇದು ಟ್ರಾನ್ಸ್ಮೆಂಬ್ರೇನ್ ಪ್ರೋಟಾನ್ ಸ್ಥಳಾಂತರಕ್ಕೆ ಜೋಡಿಯಾಗಿರುತ್ತದೆ. ಅವು ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾ, ಪ್ರೋಟೋಜೋವಾ ಮತ್ತು ಹೆಚ್ಚಿನ ಯುಕಾರ್ಯೋಟ್ಗಳಲ್ಲಿ ವಿಭಿನ್ನ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯಲ್ಲಿ ಕಂಡುಬರುವ ಮೂರು ಪ್ರಮುಖ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಘಟಕಗಳನ್ನು (I, II, ಮತ್ತು III) ಒಳಗೊಂಡಿರುತ್ತವೆ. ಫೈಲೋಜೆನೆಟಿಕ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು ಡೊಮೇನ್ ವ್ಯವಸ್ಥೆಗಳ ಮೂರು ಗುಂಪುಗಳನ್ನು ಸ್ವತಂತ್ರವಾಗಿ ಸ್ವಾಧೀನಪಡಿಸಿಕೊಳ್ಳಲಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ಸಂಯೋಜಿಸಲಾಗಿದೆ ಎಂದು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ. ವೃತ್ತಾಕಾರದ ಕ್ರಮಪಲ್ಲಟನೆಗೆ ಕಾರಣವಾಗುವ ಇತರ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಗಳು ಅನುವಾದದ ನಂತರದ ಮಾರ್ಪಾಡುಗಳು ಮೇಲೆ ತಿಳಿಸಲಾದ ಎರಡು ವಿಕಾಸಾತ್ಮಕ ಮಾದರಿಗಳು ಜೀನ್ಗಳನ್ನು ವೃತ್ತಾಕಾರದಲ್ಲಿ ಕ್ರಮಪಲ್ಲಟಗೊಳಿಸಬಹುದಾದ ವಿಧಾನಗಳನ್ನು ವಿವರಿಸುತ್ತವೆ, ಇದರ ಪರಿಣಾಮವಾಗಿ ಪ್ರತಿಲೇಖನದ ನಂತರ ವೃತ್ತಾಕಾರದ ಕ್ರಮಪಲ್ಲಟಗೊಂಡ ಎಂಆರ್ಎನ್ಎ ಆಗುತ್ತದೆ. ಆಧಾರವಾಗಿರುವ ವಂಶವಾಹಿಯನ್ನು ಕ್ರಮಪಲ್ಲಟಗೊಳಿಸದೆ, ಅನುವಾದದ ನಂತರದ ಮಾರ್ಪಾಡುಗಳ ಮೂಲಕವೂ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳನ್ನು ವೃತ್ತಾಕಾರದಲ್ಲಿ ಕ್ರಮಪಲ್ಲಟಗೊಳಿಸಬಹುದು. ವೃತ್ತಾಕಾರದ ಕ್ರಮಪಲ್ಲಟನೆಗಳು ಆಟೋಕ್ಯಾಟಾಲಿಸಿಸ್ ಮೂಲಕ ಸ್ವಯಂಪ್ರೇರಿತವಾಗಿ ಸಂಭವಿಸಬಹುದು, ಕಾನ್ಕಾನಾವಾಲಿನ್ ಎ. ಪರ್ಯಾಯವಾಗಿ, ಕ್ರಮಪಲ್ಲಟನೆಗೆ ನಿರ್ಬಂಧ ಕಿಣ್ವಗಳು ಮತ್ತು ಲಿಗೇಸ್ಗಳು ಬೇಕಾಗಬಹುದು. ಪ್ರೋಟೀನ್ ಎಂಜಿನಿಯರಿಂಗ್ನಲ್ಲಿ ಪಾತ್ರ ಅನೇಕ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳು ತಮ್ಮ ಟರ್ಮಿನೈಗಳನ್ನು 3ಡಿ ಜಾಗದಲ್ಲಿ ಒಟ್ಟಿಗೆ ಹತ್ತಿರದಲ್ಲಿವೆ. ಈ ಕಾರಣದಿಂದಾಗಿ, ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳ ವೃತ್ತಾಕಾರದ ಕ್ರಮಪಲ್ಲಟನೆಗಳನ್ನು ವಿನ್ಯಾಸಗೊಳಿಸಲು ಆಗಾಗ್ಗೆ ಸಾಧ್ಯವಿದೆ. ಇಂದು, ಪ್ರಮಾಣಿತ ಜೆನೆಟಿಕ್ಸ್ ತಂತ್ರಗಳನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಪ್ರಯೋಗಾಲಯದಲ್ಲಿ ವೃತ್ತಾಕಾರದ ಕ್ರಮಪಲ್ಲಟನೆಗಳನ್ನು ವಾಡಿಕೆಯಂತೆ ಉತ್ಪಾದಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಕೆಲವು ಕ್ರಮಪಲ್ಲಟನೆಯ ತಾಣಗಳು ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸರಿಯಾಗಿ ಮಡಚಿಕೊಳ್ಳುವುದನ್ನು ತಡೆಯುತ್ತವೆಯಾದರೂ, ಅನೇಕ ಕ್ರಮಪಲ್ಲಟನೆಗಳನ್ನು ಮೂಲ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗೆ ಸರಿಸುಮಾರು ಒಂದೇ ರೀತಿಯ ರಚನೆ ಮತ್ತು ಕಾರ್ಯದೊಂದಿಗೆ ರಚಿಸಲಾಗಿದೆ. ಪ್ರೋಟೀನ್ನ ವೃತ್ತಾಕಾರದ ಕ್ರಮಪಲ್ಲಟನೆಯನ್ನು ರಚಿಸುವ ಪ್ರೇರಣೆಯು ಬದಲಾಗಬಹುದು. ವಿಜ್ಞಾನಿಗಳು ಪ್ರೋಟೀನ್ನ ಕೆಲವು ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳನ್ನು ಸುಧಾರಿಸಲು ಬಯಸಬಹುದು, ಉದಾಹರಣೆಗೆಃ ಪ್ರೋಟಿಯೋಲೈಟಿಕ್ ಒಳಗಾಗುವಿಕೆಯನ್ನು ಕಡಿಮೆ ಮಾಡಿ. ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳು ಒಡೆಯುವ ದರವು ಜೀವಕೋಶಗಳಲ್ಲಿನ ಅವುಗಳ ಚಟುವಟಿಕೆಯ ಮೇಲೆ ದೊಡ್ಡ ಪರಿಣಾಮವನ್ನು ಬೀರಬಹುದು. ಟರ್ಮಿನಿಯು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಪ್ರೋಟಿಯೇಸ್ಗಳಿಗೆ ಸುಲಭವಾಗಿ ಲಭ್ಯವಿರುವುದರಿಂದ, ಕಡಿಮೆ-ಪ್ರವೇಶಿಸಬಹುದಾದ ಟರ್ಮಿನಿಯೊಂದಿಗೆ ವೃತ್ತಾಕಾರದ ಕ್ರಮಬದ್ಧ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅನ್ನು ವಿನ್ಯಾಸಗೊಳಿಸುವುದರಿಂದ ಜೀವಕೋಶದಲ್ಲಿನ ಆ ಪ್ರೋಟೀನ್ನ ಜೀವಿತಾವಧಿಯನ್ನು ಹೆಚ್ಚಿಸಬಹುದು. ವೇಗವರ್ಧಕ ಚಟುವಟಿಕೆಯನ್ನು ಸುಧಾರಿಸಿ. ವೃತ್ತಾಕಾರದಲ್ಲಿ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅನ್ನು ಕ್ರಮಬದ್ಧಗೊಳಿಸುವುದರಿಂದ ಕೆಲವೊಮ್ಮೆ ಅದು ರಾಸಾಯನಿಕ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು ವೇಗವರ್ಧಿಸುವ ದರವನ್ನು ಹೆಚ್ಚಿಸಬಹುದು, ಇದು ಹೆಚ್ಚು ಪರಿಣಾಮಕಾರಿ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳಿಗೆ ಕಾರಣವಾಗುತ್ತದೆ. ಸಬ್ಸ್ಟ್ರೇಟ್ ಅಥವಾ ಲಿಗಂಡ್ ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಅನ್ನು ಬದಲಾಯಿಸಿ. ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅನ್ನು ವೃತ್ತಾಕಾರವಾಗಿ ಕ್ರಮಬದ್ಧಗೊಳಿಸುವುದರಿಂದ ತಲಾಧಾರದ ಬಂಧದ ನಷ್ಟಕ್ಕೆ ಕಾರಣವಾಗಬಹುದು, ಆದರೆ ಸಾಂದರ್ಭಿಕವಾಗಿ ಹೊಸ ಲಿಗಂಡ್ ಬಂಧಿಸುವ ಚಟುವಟಿಕೆ ಅಥವಾ ಬದಲಾದ ತಲಾಧಾರದ ನಿರ್ದಿಷ್ಟತೆಗೆ ಕಾರಣವಾಗಬಹುದು. ಥರ್ಮೋಸ್ಟೇಬಲಿಟಿಯನ್ನು ಸುಧಾರಿಸಿ. ವ್ಯಾಪಕ ಶ್ರೇಣಿಯ ತಾಪಮಾನ ಮತ್ತು ಪರಿಸ್ಥಿತಿಗಳಲ್ಲಿ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳನ್ನು ಸಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸುವುದರಿಂದ ಅವುಗಳ ಉಪಯುಕ್ತತೆಯನ್ನು ಸುಧಾರಿಸಬಹುದು. ಪರ್ಯಾಯವಾಗಿ, ವಿಜ್ಞಾನಿಗಳು ಮೂಲ ಪ್ರೋಟೀನ್ನ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳಲ್ಲಿ ಆಸಕ್ತಿ ಹೊಂದಿರಬಹುದು, ಉದಾಹರಣೆಗೆಃ ಮಡಿಕೆ ಕ್ರಮ. ಅತ್ಯಂತ ವೇಗದ ಸಮಯದ ಅಳತೆಗಳಿಂದಾಗಿ ಪ್ರೋಟೀನ್ನ ವಿವಿಧ ಭಾಗಗಳು ಯಾವ ಕ್ರಮದಲ್ಲಿ ಮಡಚಿಕೊಳ್ಳುತ್ತವೆ ಎಂಬುದನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸುವುದು ಸವಾಲಿನ ಸಂಗತಿಯಾಗಿದೆ. ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳ ವೃತ್ತಾಕಾರದ ಕ್ರಮಪಲ್ಲಟಗೊಂಡ ಆವೃತ್ತಿಗಳು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಬೇರೆ ಕ್ರಮದಲ್ಲಿ ಮಡಚಿಕೊಳ್ಳುತ್ತವೆ, ಇದು ಮೂಲ ಪ್ರೋಟೀನ್ನ ಮಡಿಸುವಿಕೆಯ ಬಗ್ಗೆ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ. ಅಗತ್ಯವಾದ ರಚನಾತ್ಮಕ ಅಂಶಗಳು. ಕೃತಕ ವೃತ್ತಾಕಾರದ ಕ್ರಮಬದ್ಧ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳು ಪ್ರೋಟೀನ್ನ ಆಯ್ದ ಭಾಗಗಳನ್ನು ಅಳಿಸಲು ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ. ಇದು ಯಾವ ರಚನಾತ್ಮಕ ಅಂಶಗಳು ಅಗತ್ಯವಾಗಿವೆ ಅಥವಾ ಇಲ್ಲವೇ ಎಂಬುದರ ಬಗ್ಗೆ ಒಳನೋಟವನ್ನು ನೀಡುತ್ತದೆ. ಚತುರ್ಧಾತುಕ ರಚನೆಯನ್ನು ಮಾರ್ಪಡಿಸಿ. ವೃತ್ತಾಕಾರದಲ್ಲಿ ಕ್ರಮಬದ್ಧಗೊಳಿಸಲಾದ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳು ಕಾಡು-ರೀತಿಯ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳಿಗಿಂತ ವಿಭಿನ್ನವಾದ ಚತುರ್ಧಾತುಕ ರಚನೆಯನ್ನು ತೆಗೆದುಕೊಳ್ಳುತ್ತವೆ ಎಂದು ತೋರಿಸಲಾಗಿದೆ. ಇತರ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳ ಅಳವಡಿಕೆ ತಾಣಗಳನ್ನು ಹುಡುಕಿ. ಒಂದು ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅನ್ನು ಡೊಮೇನ್ ಆಗಿ ಮತ್ತೊಂದು ಪ್ರೋಟೀನ್ಗೆ ಸೇರಿಸುವುದು ಉಪಯುಕ್ತವಾಗಿದೆ. ಉದಾಹರಣೆಗೆ, ಹಸಿರು ಪ್ರತಿದೀಪಕ ಪ್ರೋಟೀನ್ (ಜಿಎಫ್ಪಿ) ಗೆ ಕ್ಯಾಲ್ಮೋಡುಲಿನ್ ಅನ್ನು ಸೇರಿಸುವುದರಿಂದ ಸಂಶೋಧಕರು ಸ್ಪ್ಲಿಟ್-ಜಿಎಫ್ಪಿಯ ಪ್ರತಿದೀಪಕದ ಮೂಲಕ ಕ್ಯಾಲ್ಮೋಡುಲಿನ್ನ ಚಟುವಟಿಕೆಯನ್ನು ಅಳೆಯಲು ಅವಕಾಶ ಮಾಡಿಕೊಟ್ಟರು. ವೃತ್ತಾಕಾರದ ಕ್ರಮಪಲ್ಲಟನೆಯ ಪರಿಚಯವನ್ನು ಸಹಿಸಿಕೊಳ್ಳುವ ಜಿ. ಎಫ್. ಪಿ. ಯ ಪ್ರದೇಶಗಳು ಎರಡೂ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳ ಕಾರ್ಯವನ್ನು ಉಳಿಸಿಕೊಳ್ಳುವಾಗ ಮತ್ತೊಂದು ಪ್ರೋಟೀನ್ನ ಸೇರ್ಪಡೆಯನ್ನು ಸ್ವೀಕರಿಸುವ ಸಾಧ್ಯತೆಯಿದೆ. ಹೊಸ ಜೈವಿಕ ವೇಗವರ್ಧಕಗಳು ಮತ್ತು ಜೈವಿಕ ಸಂವೇದಕಗಳ ವಿನ್ಯಾಸ. ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ರಾಸಾಯನಿಕ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ವೇಗವರ್ಧಿಸಲು ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳನ್ನು ವಿನ್ಯಾಸಗೊಳಿಸಲು ಅಥವಾ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಕೆಲವು ಅಣುಗಳ ಉಪಸ್ಥಿತಿಯನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲು ವೃತ್ತಾಕಾರದ ಕ್ರಮಪಲ್ಲಟನೆಗಳನ್ನು ಪರಿಚಯಿಸಬಹುದು. ಉದಾಹರಣೆಗೆ, ಮಾದರಿಯಲ್ಲಿನ ಕ್ಯಾಲ್ಸಿಯಂ ಅಯಾನುಗಳ ಮಟ್ಟವನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲು ಮೇಲೆ ವಿವರಿಸಿದ ಜಿಎಫ್ಪಿ-ಕ್ಯಾಲ್ಮೋಡುಲಿನ್ ಸಮ್ಮಿಳನವನ್ನು ಬಳಸಬಹುದು. ಅಲ್ಗಾರಿದಮಿಕ್ ಡಿಟೆಕ್ಷನ್ ಅನೇಕ ಅನುಕ್ರಮ ಜೋಡಣೆ ಮತ್ತು ಪ್ರೋಟೀನ್ ರಚನೆಯ ಜೋಡಣೆ ಕ್ರಮಾವಳಿಗಳನ್ನು ರೇಖೀಯ ದತ್ತಾಂಶ ಪ್ರಾತಿನಿಧ್ಯಗಳನ್ನು ಊಹಿಸಿಕೊಂಡು ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಲಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳ ನಡುವಿನ ವೃತ್ತಾಕಾರದ ಕ್ರಮಪಲ್ಲಟನೆಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲು ಅವುಗಳಿಗೆ ಸಾಧ್ಯವಾಗುವುದಿಲ್ಲ. ವೃತ್ತಾಕಾರದ ಕ್ರಮಪಲ್ಲಟನೆಯಿಂದ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳನ್ನು ಸರಿಯಾಗಿ ಜೋಡಿಸುವಲ್ಲಿ ಸಮಸ್ಯೆಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಆಗಾಗ್ಗೆ ಬಳಸುವ ವಿಧಾನಗಳ ಎರಡು ಉದಾಹರಣೆಗಳೆಂದರೆ ಡೈನಾಮಿಕ್ ಪ್ರೋಗ್ರಾಮಿಂಗ್ ಮತ್ತು ಅನೇಕ ಗುಪ್ತ ಮಾರ್ಕೋವ್ ಮಾದರಿಗಳು. ಇವುಗಳಿಗೆ ಪರ್ಯಾಯವಾಗಿ, ಹಲವಾರು ಕ್ರಮಾವಳಿಗಳನ್ನು ರೇಖಾತ್ಮಕವಲ್ಲದ ವಿಧಾನಗಳ ಮೇಲೆ ನಿರ್ಮಿಸಲಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ಅವು ಟೋಪೋಲಜಿ-ಸ್ವತಂತ್ರ ಹೋಲಿಕೆಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲು ಸಮರ್ಥವಾಗಿವೆ, ಅಥವಾ ಡೈನಾಮಿಕ್ ಪ್ರೋಗ್ರಾಮಿಂಗ್ನ ಮಿತಿಗಳನ್ನು ತಪ್ಪಿಸಲು ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುವ ಮಾರ್ಪಾಡುಗಳನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಳ್ಳುತ್ತವೆ. ಕೆಳಗಿನ ಕೋಷ್ಟಕವು ಅಂತಹ ವಿಧಾನಗಳ ಸಂಗ್ರಹವಾಗಿದೆ. ಕ್ರಮಾವಳಿಗಳನ್ನು ಅವುಗಳಿಗೆ ಅಗತ್ಯವಿರುವ ಇನ್ಪುಟ್ನ ಪ್ರಕಾರ ವರ್ಗೀಕರಿಸಲಾಗಿದೆ. ಅನುಕ್ರಮ-ಆಧಾರಿತ ಕ್ರಮಾವಳಿಗಳಿಗೆ ಜೋಡಣೆಯನ್ನು ರಚಿಸಲು ಎರಡು ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳ ಅನುಕ್ರಮ ಮಾತ್ರ ಬೇಕಾಗುತ್ತದೆ. ಅನುಕ್ರಮ ವಿಧಾನಗಳು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ವೇಗವಾಗಿರುತ್ತವೆ ಮತ್ತು ವೃತ್ತಾಕಾರದ ಕ್ರಮಬದ್ಧ ಜೋಡಿ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳಿಗಾಗಿ ಸಂಪೂರ್ಣ ಜೀನೋಮ್ಗಳನ್ನು ಹುಡುಕಲು ಸೂಕ್ತವಾಗಿವೆ. ರಚನೆ-ಆಧಾರಿತ ವಿಧಾನಗಳಿಗೆ ಎರಡೂ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳ 3ಡಿ ರಚನೆಗಳನ್ನು ಪರಿಗಣಿಸುವ ಅಗತ್ಯವಿದೆ. ಅವು ಅನುಕ್ರಮ-ಆಧಾರಿತ ವಿಧಾನಗಳಿಗಿಂತ ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ನಿಧಾನವಾಗಿರುತ್ತವೆ, ಆದರೆ ಕಡಿಮೆ ಅನುಕ್ರಮ ಹೋಲಿಕೆಯೊಂದಿಗೆ ದೂರದ ಸಂಬಂಧಿತ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳ ನಡುವಿನ ವೃತ್ತಾಕಾರದ ಕ್ರಮಪಲ್ಲಟನೆಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲು ಸಮರ್ಥವಾಗಿವೆ. ಕೆಲವು ರಚನಾತ್ಮಕ ವಿಧಾನಗಳು ಟೋಪೋಲಜಿ ಸ್ವತಂತ್ರವಾಗಿವೆ, ಅಂದರೆ ಅವು ವೃತ್ತಾಕಾರದ ಕ್ರಮಪಲ್ಲಟನೆಗಿಂತ ಹೆಚ್ಚು ಸಂಕೀರ್ಣವಾದ ಮರುಜೋಡಣೆಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲು ಸಮರ್ಥವಾಗಿವೆ. ಡೇವಿಡ್ ಗುಡ್ಸೆಲ್ (ಏಪ್ರಿಲ್ 2010) ಕಾನಕ್ಯಾನವಲಿನ್ ಎ ಮತ್ತು ಸರ್ಕ್ಯುಲರ್ ಪರ್ಮ್ಯುಟೇಶನ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಡೇಟಾ ಬ್ಯಾಂಕ್ (ಪಿ. ಡಿ. ಬಿ) ತಿಂಗಳ ಅಣುಗಳನ್ನು ಮತ್ತಷ್ಟು ಓದುವ ಉಲ್ಲೇಖಗಳು ಬಾಹ್ಯ ಕೊಂಡಿಗಳು ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳ ಪರ್ಮ್ಯುಟೇಷನ್ಗಳು