Patrocladogram
ಪ್ಯಾಟ್ರೋಕ್ಲಾಡೋಗ್ರಾಮ್ ಒಂದು ಕ್ಲಾಡಿಸ್ಟಿಕ್ ಬ್ರಾಂಚಿಂಗ್ ಮಾದರಿಯಾಗಿದ್ದು, ಇದನ್ನು ಪ್ಯಾಟ್ರಿಸ್ಟಿಕ್ ದೂರಗಳನ್ನು (ಅಂದರೆ, ವಂಶಾವಳಿಗಳ ನಡುವಿನ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳು) ಬಳಸಿಕೊಂಡು ನಿಖರವಾಗಿ ಮಾರ್ಪಡಿಸಲಾಗಿದೆ; ಇದು ಒಂದು ರೀತಿಯ ಫೈಲೋಗ್ರಾಮ್ ಆಗಿದೆ. ಪಾಟ್ರಿಸ್ಟಿಕ್ ದೂರವನ್ನು "ಕ್ಲ್ಯಾಡೋಗ್ರಾಮ್ನಲ್ಲಿ ಎರಡು ವರ್ಗಗಳನ್ನು ಬೇರ್ಪಡಿಸುವ ಅಪೋಮಾರ್ಫಿಕ್ ಹಂತದ ಬದಲಾವಣೆಗಳ ಸಂಖ್ಯೆ" ಎಂದು ವ್ಯಾಖ್ಯಾನಿಸಲಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ಸಾಮಾನ್ಯ ಪೂರ್ವಜರಿಂದ ಒಂದು ಗುಣಲಕ್ಷಣದ ವ್ಯತ್ಯಾಸದ ಪ್ರಮಾಣವನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸಲು ಪ್ರತ್ಯೇಕವಾಗಿ ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಇದರರ್ಥ ಕ್ಲಾಡಿಸ್ಟಿಕ್ ಮತ್ತು ಪಾಟ್ರಿಸ್ಟಿಕ್ ದೂರಗಳನ್ನು ಒಟ್ಟುಗೂಡಿಸಿ ವಿವಿಧ ಫೆನೆಟಿಕ್ ಕ್ರಮಾವಳಿಗಳನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಹೊಸ ಮರವನ್ನು ನಿರ್ಮಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಜೈವಿಕ ವರ್ಗೀಕರಣದಲ್ಲಿ ಪ್ಯಾಟ್ರೋಕ್ಲಾಡೋಗ್ರಾಮ್ನ ಉದ್ದೇಶವು ವರ್ಗೀಕರಣದ ನಿರ್ಧಾರವನ್ನು ತೆಗೆದುಕೊಳ್ಳುವ ಮೊದಲು ಯಾವ ವಿಕಸನೀಯ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಗಳು ವಾಸ್ತವವಾಗಿ ಒಳಗೊಂಡಿವೆ ಎಂಬುದರ ಬಗ್ಗೆ ಒಂದು ಊಹೆಯನ್ನು ರೂಪಿಸುವುದು. ಪ್ಯಾಟ್ರೋಕ್ಲಾಡೋಗ್ರಾಮ್ಗಳು ಬಯೋಸ್ಟ್ಯಾಟಿಸ್ಟಿಕ್ಸ್ ಅನ್ನು ಆಧರಿಸಿವೆ, ಆದರೆ ಇವುಗಳಿಗೆ ಸೀಮಿತವಾಗಿಲ್ಲಃ ಪಾರ್ಸಿಮನಿ, ಡಿಸ್ಟೆನ್ಸ್ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್, ಲೈಕ್ಲಿಬಿಟಿ ವಿಧಾನಗಳು ಮತ್ತು ಬೇಯೇಶಿಯನ್ ಸಂಭವನೀಯತೆ. ಈ ವಿಧಾನಗಳಿಗೆ ಇನ್ಪುಟ್ಗಳಾಗಿ ಬಳಸಬಹುದಾದ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಸಂಬಂಧಿತ ದತ್ತಾಂಶದ ಕೆಲವು ಉದಾಹರಣೆಗಳೆಂದರೆಃ ಆಣ್ವಿಕ ಅನುಕ್ರಮಗಳು, ಸಂಪೂರ್ಣ ಜೀನೋಮ್ ಅನುಕ್ರಮಗಳು, ಜೀನ್ ಆವರ್ತನಗಳು, ನಿರ್ಬಂಧಿತ ತಾಣಗಳು, ದೂರದ ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ಗಳು, ವಿಶಿಷ್ಟ ಅಕ್ಷರಗಳು, ಎಸ್ಎನ್ಪಿಗಳಂತಹ ರೂಪಾಂತರಗಳು ಮತ್ತು ಮೈಟೊಕಾಂಡ್ರಿಯದ ಜೀನೋಮ್ ದತ್ತಾಂಶ. ಪ್ಯಾಟ್ರೋಕ್ಲಾಡೋಗ್ರಾಮ್ ಬಳಕೆಯೊಂದಿಗೆ ಎಚ್ಚರಿಕೆಗಳು ಪ್ಯಾಟ್ರೋಕ್ಲಾಡೋಗ್ರಾಮ್ಗಳು ಹೋಲಿಕೆಯ ಊಹೆಗಳನ್ನು ಪ್ರತಿಪಾದಿಸುವ ಗ್ರಾಫ್ಗಳಾಗಿವೆ, ಆದರೆ ಫೈಲೋಜೆನೆಟಿಕ್ ಮರಗಳು ಸಾಮಾನ್ಯ ಪೂರ್ವಜರ ಊಹೆಗಳನ್ನು ಪ್ರತಿಪಾದಿಸುವ ಗ್ರಾಫ್ಗಳಾಗಿವೆ. ಪ್ಯಾಟ್ರೋಕ್ಲಾಡೋಗ್ರಾಮ್ ತಾರ್ಕಿಕವಾಗಿ ಹೋಲಿಸಬಹುದಾದ ಫೈಲೋಜೆನೆಟಿಕ್ ಮರದ ಊಹೆಯೊಂದಿಗೆ ಹೊಂದಿಕೆಯಾಗದಿದ್ದಾಗ ಅದನ್ನು ಮೊನೊಫೈಲೆಟಿಕ್ ಗುಂಪುಗಳನ್ನು ವ್ಯಾಖ್ಯಾನಿಸಲು ಬಳಸಬಾರದು. ಪ್ಯಾಟ್ರೋಕ್ಲಾಡೋಗ್ರಾಮ್ಗಳ ಬಳಕೆಯು ಹೊಸ ವಿಕಾಸದ ವ್ಯಾಖ್ಯಾನಗಳನ್ನು ವಕ್ರಗೊಳಿಸಬಹುದು ಅಥವಾ ಏಕರೂಪದ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳನ್ನು ಹೋಮೋಪ್ಲಾಸ್ಟಿಕ್ ಎಂದು ಚಿತ್ರಿಸಬಹುದು. ಪ್ಯಾಟ್ರೊಕ್ಲಾಡೋಗ್ರಾಮ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಾಗಿ ಪ್ರೋಗ್ರಾಂಗಳು ಹೆಚ್ಚಿನ ಫೈಲೋಗ್ರಾಮ್ಗಳನ್ನು ನ್ಯೂಕ್ ಸ್ವರೂಪದ ಕೆಲವು ರೂಪಾಂತರಗಳಲ್ಲಿ ಉಳಿಸಲಾಗಿದೆಃ ಪಿಎಯುಪಿ *, ಎಂಇಜಿಎ, ಮಾಲಿಕ್ಯುಲರ್ ಎವಲ್ಯೂಷನರಿ ಜೆನೆಟಿಕ್ಸ್ ಅನಾಲಿಸಿಸ್, ಕ್ಲಸ್ಟಲ್, ಫಿಲಿಪ್, ಅಥವಾ ನೆಕ್ಸಸ್ ಫೈಲ್. ನ್ಯೂಕ್ ಸ್ವರೂಪದ ಈ ವಿವಿಧ ಆವೃತ್ತಿಗಳನ್ನು ನಂತರ ಪ್ಯಾಟ್ರೋಕ್ಲಾಡೋಗ್ರಾಮ್ ರಚನೆಯಲ್ಲಿ ಪ್ಯಾಟ್ರಿಸ್ಟಿಕ್ ದೂರಗಳಿಗೆ ಇನ್ಪುಟ್ ಆಗಿ ಬಳಸಬಹುದು. ವ್ಯಾಪಕವಾಗಿ ಬಳಸಲಾಗುವ ಎರಡು ತಂತ್ರಾಂಶಗಳಿವೆ; ಒಂದನ್ನು ಪಾಟ್ರಿಸ್ಟಿಕ್ ದೂರವನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಲು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಇನ್ನೊಂದನ್ನು ವೀಕ್ಷಿಸಬಹುದಾದ ಪ್ಯಾಟ್ರೋಕ್ಲಾಡೋಗ್ರಾಮ್ ಅನ್ನು ರಚಿಸಲು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಕೆಳಗಿನ ಎರಡೂ ಪ್ರೋಗ್ರಾಂಗಳನ್ನು ನೋಡಿಃ ಪ್ಯಾಟ್ರಿಸ್ಟಿಕ್ ಪ್ಯಾಟ್ರಿಸ್ಟಿಕ್ ಎಂಬುದು ಜಾವಾ ಪ್ರೋಗ್ರಾಂ ಆಗಿದ್ದು ಅದು ವಿವಿಧ ಟ್ರೀ ಫೈಲ್ಗಳನ್ನು ಇನ್ಪುಟ್ ಆಗಿ ಬಳಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಅವುಗಳ ಪ್ಯಾಟ್ರಿಸ್ಟಿಕ್ ದೂರವನ್ನು ಲೆಕ್ಕಾಚಾರ ಮಾಡುತ್ತದೆ. ಪ್ಯಾಟ್ರಿಸ್ಟಿಕ್ ಆ ದೂರಗಳನ್ನು ಉಳಿಸಲು ಮತ್ತು ಸಂಪಾದಿಸಲು ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ. ಪ್ಯಾಟ್ರಿಸ್ಟಿಕ್ ಫಲಿತಾಂಶಗಳ ವಿಭಿನ್ನ ಗ್ರಾಫಿಕ್ ವೀಕ್ಷಣೆಗಳನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಎಕ್ಸೆಲ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಗ್ರಾಫಿಕ್ಸ್ ಅನ್ನು ನಿರ್ಮಿಸಲು ಅವುಗಳನ್ನು ಸಿ. ಎಸ್. ವಿ ಸ್ವರೂಪದಲ್ಲಿ ಉಳಿಸುವ ಸಾಧ್ಯತೆಯನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ. ರಾಮ್ಐ ರಾಮ್ಐ ಕ್ಲಸ್ಟರ್ಗಳನ್ನು ರಚಿಸಲು ಶಾಖೆಯ ಉದ್ದವನ್ನು ಬಳಸುತ್ತದೆ, ನಂತರ ಅದನ್ನು ಪ್ಯಾಟ್ರೋಕ್ಲಾಡೋಗ್ರಾಮ್ ಆಗಿ ದೃಶ್ಯೀಕರಿಸಬಹುದು. ಹೆಚ್ಚಿನ ಓದುವ ಉಲ್ಲೇಖಗಳು ಬಾಹ್ಯ ಕೊಂಡಿಗಳು ಪ್ಯಾಟ್ರಿಸ್ಟಿಕ್ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ ರಾಮಿ ಸೋರ್ಫ್ಟ್ವೇರ್ ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್ ಟ್ಯಾಕ್ಸಾನಮಿ (ಜೀವಶಾಸ್ತ್ರ)