Microbiome-wide association study
ಮೈಕ್ರೋಬಯೋಮ್-ವೈಡ್ ಅಸೋಸಿಯೇಷನ್ ಸ್ಟಡಿ (ಎಂ. ಡಬ್ಲ್ಯೂ. ಎ. ಎಸ್), ಇದನ್ನು ಮೆಟಾಜೆನೋಮ್-ವೈಡ್ ಅಸೋಸಿಯೇಷನ್ ಸ್ಟಡಿ (ಎಂ. ಜಿ. ಡಬ್ಲ್ಯು. ಎ. ಎಸ್) ಎಂದು ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ, ಇದು ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಕೆಲವು ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯವು (ಉದಾಹರಣೆಗೆ, ಜೀನ್ ಅಥವಾ ಪ್ರಭೇದಗಳು) ಆತಿಥೇಯ ಗುಣಲಕ್ಷಣದೊಂದಿಗೆ ಸಂಬಂಧ ಹೊಂದಿದೆಯೇ ಎಂದು ನಿರ್ಧರಿಸಲು ವಿವಿಧ ಜೀವಿಗಳಲ್ಲಿ ವ್ಯಾಖ್ಯಾನಿಸಲಾದ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಸಂಪೂರ್ಣ ಮೆಟಾಜೆನೋಮ್ ಅನ್ನು ಪರೀಕ್ಷಿಸಲು ಬಳಸುವ ಸಂಖ್ಯಾಶಾಸ್ತ್ರೀಯ ವಿಧಾನವಾಗಿದೆ. ವ್ಯಾಪಕವಾಗಿ ಬಳಸಲಾಗುವ ಜೀನೋಮ್-ವೈಡ್ ಅಸೋಸಿಯೇಷನ್ ಸ್ಟಡಿ (ಜಿ. ಡಬ್ಲ್ಯು. ಎ. ಎಸ್) ಯಿಂದ ಮೆಟಾಜೆನೊಮಿಕ್ಸ್ ಕ್ಷೇತ್ರವು ಎಂ. ಡಬ್ಲ್ಯೂ. ಎ. ಎಸ್ ಅನ್ನು ಅಳವಡಿಸಿಕೊಂಡಿದೆ. ಎಂ. ಡಬ್ಲ್ಯೂ. ಎ. ಎಸ್. ಧ್ವನ್ಯಾತ್ಮಕವಾಗಿ ಮತ್ತು ಕಲ್ಪನಾತ್ಮಕವಾಗಿ ಜಿ. ಡಬ್ಲ್ಯು. ಎ. ಎಸ್. ನೊಂದಿಗೆ ಸಂಬಂಧ ಹೊಂದಿದ್ದರೂ, ಹಲವಾರು ಪ್ರಮುಖ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳಿವೆಃ ಮಾನವನ ಜೀನೋಮ್ಗಿಂತ ಮೈಕ್ರೋಬಯೋಮ್ನಲ್ಲಿ ಸರಿಸುಮಾರು 150 ಪಟ್ಟು ಹೆಚ್ಚು ಜೀನ್ಗಳಿವೆ. ಜಿ. ಡಬ್ಲ್ಯು. ಎ. ಎಸ್. ಜಾತಿಗಳ ಪೂರ್ವನಿರ್ಧರಿತ ಸಂಖ್ಯೆಯ ವರ್ಣತಂತುಗಳ ಉದ್ದಕ್ಕೂ ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ ಸಂಬಂಧಿತ ವಂಶವಾಹಿಗಳನ್ನು ಮಾತ್ರ ಕಂಡುಹಿಡಿಯಬೇಕು. ಮತ್ತೊಂದೆಡೆ, ಅನೇಕ ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳು ಅನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಸಂಖ್ಯೆಯ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಗಳಲ್ಲಿವೆ ಎಂಬುದನ್ನು ಎಂ. ಡಬ್ಲ್ಯೂ. ಎ. ಎಸ್. ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಬೇಕು. ಇದರ ಪರಿಣಾಮವಾಗಿ, ಬಹು ಪರೀಕ್ಷಾ ಸಮಸ್ಯೆಯನ್ನು ಎದುರಿಸುವ ಹೆಚ್ಚಿನ ಅವಕಾಶವಿದೆ. ಆತಿಥೇಯ ಜನಸಂಖ್ಯೆಯು ಜೀನೋಮ್ನಲ್ಲಿ ತುಲನಾತ್ಮಕವಾಗಿ ಒಂದೇ ರೀತಿಯ ವಂಶವಾಹಿಗಳ ಸಂಗ್ರಹವನ್ನು ಹೊಂದಿದ್ದರೂ, ಯಾವುದೇ ಮೈಕ್ರೋಬಯೋಮ್ನ ಆನುವಂಶಿಕ ವ್ಯತ್ಯಾಸವು ವಿಭಿನ್ನ ಆತಿಥೇಯರು ಮತ್ತು ಪರಿಸರಗಳ ನಡುವೆ ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ ಬದಲಾಗಬಹುದು. ಮೈಕ್ರೋಬಯೋಮ್ನ ಜೀನೋಮ್ ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಹೋಸ್ಟ್ನಲ್ಲಿ ತಾತ್ಕಾಲಿಕವಾಗಿ ಬದಲಾಗಬಹುದು, ಆದರೆ ಜಿ. ಡಬ್ಲ್ಯು. ಎ. ಎಸ್ನಲ್ಲಿ ಹೋಸ್ಟ್ನ ಜೀನೋಮ್ ಅನ್ನು ಅವುಗಳ ಜೀವಿತಾವಧಿಯಲ್ಲಿ ನಿಗದಿಪಡಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಅರಿತುಕೊಂಡ ಮೈಕ್ರೋಬಯೋಮ್ ಡೇಟಾಸೆಟ್ಗಳು ಅಂತರ್ಗತವಾಗಿ ಸಂಯೋಜಿತ ಮತ್ತು ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕವಾಗಿವೆ. ಯೂಕ್ಲಿಡಿಯನ್ ಜಾಗದಲ್ಲಿ ವಂಶವಾಹಿಗಳು ಅಸ್ತಿತ್ವದಲ್ಲಿವೆ ಎಂಬ ಊಹೆಯು ಸಂಯೋಜನೆಯ ದತ್ತಾಂಶದ ರೇಖಾತ್ಮಕವಲ್ಲದ ಸ್ವರೂಪದಿಂದ ಉಲ್ಲಂಘಿಸಲ್ಪಟ್ಟಿದೆ. ಮೈಕ್ರೋಬಯೋಮ್ನ ಯಾವ ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯವನ್ನು ಎಂ. ಡಬ್ಲ್ಯೂ. ಎ. ಎಸ್ನಲ್ಲಿ ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ ಎಂಬುದನ್ನು ವರ್ಗೀಕರಿಸಲು ಹಲವಾರು ಮಾರ್ಗಗಳಿವೆ. ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಜೀವವರ್ಗೀಕರಣದ ಮಟ್ಟವನ್ನು (ಪ್ರಭೇದಗಳು, ಕುಲಗಳು, ಜಾತಿಗಳು, ಇತ್ಯಾದಿ) ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಎಂ. ಡಬ್ಲ್ಯೂ. ಎ. ಎಸ್. ಅನ್ನು ಮೌಲ್ಯಮಾಪನ ಮಾಡಬಹುದು. ), ಆಪರೇಷನಲ್ ಟ್ಯಾಕ್ಸಾನಮಿಕ್ ಯುನಿಟ್ (ಒಟಿಯು) ಅಥವಾ ಆಂಪ್ಲಿಕಾನ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ರೂಪಾಂತರ (ಎ. ಎಸ್. ವಿ), ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮ್, ಪ್ರೋಟಿಯೋಮ್ ಮತ್ತು ಇನ್ನಷ್ಟು. ಪ್ರತಿ ವಿಧಾನವು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ವಿಭಿನ್ನ ಫಲಿತಾಂಶಗಳನ್ನು ನೀಡುತ್ತದೆಯಾದ್ದರಿಂದ ಬಳಸಿದ ವಿಧಾನವು ಸಂಶೋಧನಾ ಊಹೆಯ ಮೇಲೆ ಅವಲಂಬಿತವಾಗಿರುತ್ತದೆ. ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ, ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿ ಲಕ್ಷಣ ಮತ್ತು ಅಪೇಕ್ಷಿತ ಫಿನೋಟೈಪ್ ನಡುವಿನ ಪರಸ್ಪರ ಸಂಬಂಧವನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸಲು ಟ್ಯಾಕ್ಸಾನಮಿಕ್ ಮಟ್ಟ ಅಥವಾ ಒಟಿಯು/ಎ. ಎಸ್. ವಿ ಆಧಾರಿತ ವಿಧಾನವನ್ನು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಯಾದೃಚ್ಛಿಕ ಅರಣ್ಯಗಳು ಮತ್ತು ಆಳವಾದ ಕಲಿಕೆಯಂತಹ ಯಂತ್ರ ಕಲಿಕೆಯ ವಿಧಾನಗಳಂತಹ ಹಲವಾರು ವಿಧಾನಗಳನ್ನು ಬಳಸಬಹುದು. DESeq2 ಮತ್ತು ANCOM ನಂತಹ ಕಾರ್ಯಕ್ರಮಗಳೊಂದಿಗೆ ಫೀಚರ್ ಅಸೋಸಿಯೇಷನ್ ಅನ್ನು ಸಹ ಸ್ಥಾಪಿಸಬಹುದು. ಆದಾಗ್ಯೂ, ಲಭ್ಯವಿರುವ ಸಾಧನಗಳ ವ್ಯಾಪಕ ಶ್ರೇಣಿಯಿಂದ ಸ್ಥಾಪಿಸಲಾದ ಪರಸ್ಪರ ಸಂಬಂಧಗಳು ಯಾವಾಗಲೂ ಕಾರ್ಯಕಾರಣವಾಗಿ ಪರಿವರ್ತನೆಗೊಳ್ಳದೇ ಇರಬಹುದು. ಸಂಶೋಧಕರು ಅನುಕ್ರಮ ಪರೀಕ್ಷೆಯ ಮೂಲಕ ಕಾರಣವನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸುತ್ತಾರೆ. ಉಲ್ಲೇಖಗಳು ಮೆಟಾಜೆನೊಮಿಕ್ಸ್