Combined bisulfite restriction analysis
ಕಂಬೈನ್ಡ್ ಬಿಸಲ್ಫೈಟ್ ರಿಸ್ಟ್ರಿಕ್ಷನ್ ಅನಾಲಿಸಿಸ್ (ಅಥವಾ ಕೋಬ್ರಾ) ಒಂದು ಆಣ್ವಿಕ ಜೀವಶಾಸ್ತ್ರದ ತಂತ್ರವಾಗಿದ್ದು, ಇದು ಜೀನೋಮಿಕ್ ಡಿಎನ್ಎಯ ಸಣ್ಣ ಮಾದರಿಯಲ್ಲಿ ಡಿಎನ್ಎ ಅನುಕ್ರಮದ ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಲೋಕಸ್ನಲ್ಲಿ ಡಿಎನ್ಎ ಮೆತಿಲೀಕರಣದ ಮಟ್ಟವನ್ನು ಸೂಕ್ಷ್ಮವಾಗಿ ಪ್ರಮಾಣೀಕರಿಸಲು ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ. ಈ ತಂತ್ರವು ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್ ಅನುಕ್ರಮದ ಒಂದು ರೂಪಾಂತರವಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ಇದು ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್ ಪರಿವರ್ತನೆ ಆಧಾರಿತ ಪಾಲಿಮರೇಸ್ ಸರಪಳಿ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು ನಿರ್ಬಂಧಿತ ಜೀರ್ಣಕ್ರಿಯೆಯೊಂದಿಗೆ ಸಂಯೋಜಿಸುತ್ತದೆ. ಮೈಕ್ರೋಡಿಸೆಕ್ಟೆಡ್ ಪ್ಯಾರಾಫಿನ್-ಎಂಬೆಡೆಡ್ ಅಂಗಾಂಶದ ಮಾದರಿಗಳಿಂದ ಸೂಕ್ಷ್ಮ ಪ್ರಮಾಣದ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಡಿಎನ್ಎಯನ್ನು ವಿಶ್ವಾಸಾರ್ಹವಾಗಿ ನಿರ್ವಹಿಸಲು ಮೂಲತಃ ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಲಾದ ಈ ತಂತ್ರವು ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಸಂಶೋಧನೆ ಮತ್ತು ಎಪಿಜೆನೆಟಿಕ್ಸ್ ಅಧ್ಯಯನಗಳಲ್ಲಿ ವ್ಯಾಪಕ ಬಳಕೆಯನ್ನು ಕಂಡಿದೆ. ವಿಧಾನ ಬಿಸಲ್ಫೈಟ್ ಟ್ರೀಟ್ಮೆಂಟ್ ಆಸಕ್ತಿಯ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಡಿಎನ್ಎಯನ್ನು ಸೋಡಿಯಂ ಬಿಸಲ್ಫೈಟ್ನೊಂದಿಗೆ ಚಿಕಿತ್ಸೆ ಮಾಡಲಾಗುತ್ತದೆ, ಇದು ಮೆತಿಲೀಕರಣ-ಅವಲಂಬಿತ ಅನುಕ್ರಮ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳನ್ನು ಪರಿಚಯಿಸುತ್ತದೆ. ಸೋಡಿಯಂ ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್ ಚಿಕಿತ್ಸೆಯ ಸಮಯದಲ್ಲಿ, ಮೀಥೈಲೇಟೆಡ್ ಸೈಟೋಸಿನ್ ಅವಶೇಷಗಳನ್ನು ಯುರಾಸಿಲ್ ಆಗಿ ಪರಿವರ್ತಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಆದರೆ ಮೀಥೈಲೇಟೆಡ್ ಸೈಟೋಸಿನ್ ಅವಶೇಷಗಳು ಪರಿಣಾಮ ಬೀರುವುದಿಲ್ಲ. ಪಿಸಿಆರ್ ಆಂಪ್ಲಿಫಿಕೇಷನ್ ಬಿಸಲ್ಫೈಟ್ ಚಿಕಿತ್ಸೆಯ ಡಿಎನ್ಎಯನ್ನು ನಂತರ ಪಿಸಿಆರ್ ಆಂಪ್ಲಿಫೈ ಮಾಡಲಾಗುತ್ತದೆ, ಇದರ ಪರಿಣಾಮವಾಗಿ ಸೈಟೋಸಿನ್ ಅವಶೇಷಗಳು ಮೂಲತಃ ಮೀಥೈಲೇಟೆಡ್ ಸ್ಥಾನಗಳಲ್ಲಿ ಮತ್ತು ಥೈಮಿನ್ ಅವಶೇಷಗಳು ಮೂಲತಃ ಅನ್ಮೀಥೈಲೇಟೆಡ್ ಸ್ಥಾನದಲ್ಲಿರುತ್ತವೆ (ಇವುಗಳನ್ನು ಯುರಾಸಿಲ್ ಆಗಿ ಪರಿವರ್ತಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ). ಈ ಹಂತದಲ್ಲಿ ಬಳಸುವ ಪ್ರೈಮರ್ಗಳು ಸಿ. ಪಿ. ಜಿ ತಾಣಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವುದಿಲ್ಲ (ಸೈಟೋಸಿನ್ ಮೆತಿಲೀಕರಣದ ಸಾಮಾನ್ಯ ಗುರಿ), ಆದ್ದರಿಂದ ವರ್ಧನೆಯ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಯು ಮೆತಿಲೀಕರಣ ಸ್ಥಿತಿಯ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ಟೆಂಪ್ಲೆಟ್ಗಳ ನಡುವೆ ತಾರತಮ್ಯ ಮಾಡುವುದಿಲ್ಲ. ಮುಂದಿನ ಹಂತದಲ್ಲಿ ಸಂಪೂರ್ಣ ಜೀರ್ಣಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು ಖಚಿತಪಡಿಸಿಕೊಳ್ಳಲು ಪಿಸಿಆರ್ ಉತ್ಪನ್ನಗಳನ್ನು ಶುದ್ಧೀಕರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ನಿರ್ಬಂಧ ಡೈಜೆಸ್ಟ್ ಮೇಲಿನ ಹಂತಗಳು ಸೈಟೋಸಿನ್ ಶೇಷವು ಮೂಲತಃ ಮೀಥೈಲೇಟೆಡ್ ಆಗಿದೆಯೇ ಅಥವಾ ಇಲ್ಲವೇ ಎಂಬುದರ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ಅನುಕ್ರಮವಾಗಿ ಟಾಕ್ಐ (ಟಿಸಿಜಿಎ) ಮತ್ತು ಬಿಎಸ್ಟಿಯುಐ (ಸಿಜಿಸಿಜಿ) ಯಂತಹ ಸಿಪಿಜಿ ಹೊಂದಿರುವ ನಿರ್ಬಂಧ ಕಿಣ್ವ ತಾಣಗಳ ಮೀಥೈಲೇಷನ್ ಅವಲಂಬಿತ ಧಾರಣ ಅಥವಾ ನಷ್ಟಕ್ಕೆ ಕಾರಣವಾಗುತ್ತವೆ. ಮೇಲಿನ ಹಂತದಲ್ಲಿನ ಮೆತಿಲೀಕರಣ-ಸ್ವತಂತ್ರ ವರ್ಧನೆಯಿಂದಾಗಿ, ಪರಿಣಾಮವಾಗಿ ಪಿ. ಸಿ. ಆರ್ ಉತ್ಪನ್ನಗಳು ಸಿ. ಪಿ. ಜಿ-ಹೊಂದಿರುವ ನಿರ್ಬಂಧ ಕಿಣ್ವ ತಾಣಗಳನ್ನು ಕಳೆದುಕೊಂಡ ಅಥವಾ ಉಳಿಸಿಕೊಂಡ ತುಣುಕುಗಳ ಮಿಶ್ರ ಸಂಖ್ಯೆಯಾಗಿರುತ್ತವೆ, ಅವುಗಳ ಶೇಕಡಾವಾರು ಪ್ರಮಾಣಗಳು ಮಾದರಿ ಡಿ. ಎನ್. ಎ. ಯಲ್ಲಿನ ಡಿ. ಎನ್. ಎ. ಮಿತಿಲೀಕರಣದ ಮೂಲ ಮಟ್ಟಕ್ಕೆ ನೇರವಾಗಿ ಪರಸ್ಪರ ಸಂಬಂಧ ಹೊಂದಿರುತ್ತವೆ. ನಂತರ ಪಿಸಿಆರ್ ಉತ್ಪನ್ನಗಳಿಗೆ ನಿರ್ಬಂಧಿತ ಕಿಣ್ವದೊಂದಿಗೆ ಚಿಕಿತ್ಸೆ ನೀಡಲಾಗುತ್ತದೆ (ಉದಾಹರಣೆಗೆ. BstUI), ಇದು ಮೂಲತಃ ಮೀಥೈಲೇಟೆಡ್ (CGCG) ಸೈಟ್ಗಳನ್ನು ಮಾತ್ರ ಬೇರ್ಪಡಿಸುತ್ತದೆ, ಆದರೆ ಮೂಲತಃ ಅನ್ಮೀಥೈಲೇಟೆಡ್ (TGTG) ಸೈಟ್ಗಳನ್ನು ಬಿಡುತ್ತದೆ. ಎಲ್ಲಾ ಸಿಪಿಜಿ ತಾಣಗಳನ್ನು ಮೂಲತಃ ಮೀಥೈಲೇಟೆಡ್ ಆಗಿರುವುದರಿಂದ ಉಳಿಸಿಕೊಳ್ಳಲಾಗಿದೆಯೆ ಎಂದು ಖಚಿತಪಡಿಸಿಕೊಳ್ಳಲು, ಮತ್ತು ಅಪೂರ್ಣವಾದ ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್ ಪರಿವರ್ತನೆಯ ಅವಶೇಷವಲ್ಲ, ಸಿಎಟಿಜಿ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಗುರುತಿಸುವ ಎಚ್ಎಸ್ಪಿ 92ಐಐನಂತಹ ಕಿಣ್ವಗಳೊಂದಿಗೆ ನಿಯಂತ್ರಣ ಜೀರ್ಣಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು ನಡೆಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಇವುಗಳಲ್ಲಿ ಯಾವುದೂ ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್ ಪರಿವರ್ತನೆಯ ನಂತರ ಉಳಿಯಬಾರದು (ಸಿ. ಪಿ. ಜಿ ಅಲ್ಲದ ಮೀಥೈಲೇಷನ್ ಅನ್ನು ಹೊರತುಪಡಿಸಿ) ಮತ್ತು ಆದ್ದರಿಂದ ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್ ಪರಿವರ್ತನೆಯು ಪೂರ್ಣಗೊಂಡರೆ ಯಾವುದೇ ಸೀಳು ಸಂಭವಿಸಬಾರದು. ಕ್ವಾಂಟಿಫಿಕೇಷನ್ ಜೀರ್ಣವಾದ ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ನಂತರ ಪಾಲಿಯಾಕ್ರಿಲಾಮೈಡ್ ಜೆಲ್ ಎಲೆಕ್ಟ್ರೋಫೋರೆಸಿಸ್ನಿಂದ ಬೇರ್ಪಡಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಒಂದೇ ದೊಡ್ಡ ಜೀರ್ಣವಾಗದ ತುಣುಕುಗೆ ಅನುಗುಣವಾದ ಬ್ಯಾಂಡ್ಗಳ ನಿರೀಕ್ಷಿತ ನೋಟ ಮತ್ತು ಜೀರ್ಣವಾದ ತುಣುಕುಗಳಿಗೆ ಅನುಗುಣವಾದ ಅನೇಕ ಸಣ್ಣ ಬ್ಯಾಂಡ್ಗಳು. ಈ ಬ್ಯಾಂಡ್ಗಳಲ್ಲಿನ ಡಿಎನ್ಎಯ ಪರಿಮಾಣಾತ್ಮಕ ಪ್ರಮಾಣವನ್ನು ಫಾಸ್ಫೋಇಮೇಜರ್ನಂತಹ ಸಾಧನದಿಂದ ನಿರ್ಧರಿಸಬಹುದು, ಅದರ ನಂತರ ಮೂಲ ಮಾದರಿಯ ಮೀಥೈಲೇಷನ್ ಶೇಕಡಾವಾರು ಪ್ರಮಾಣವನ್ನು ಈ ಕೆಳಗಿನಂತೆ ಲೆಕ್ಕ ಹಾಕಬಹುದುಃ ಬಳಕೆ ಮತ್ತು ಅನ್ವಯಗಳು ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಅಧ್ಯಯನಗಳಲ್ಲಿ ಜೀನ್ ಪ್ರವರ್ತಕರಲ್ಲಿ ಡಿಎನ್ಎ ಮೀಥೈಲೇಷನ್ ಬದಲಾವಣೆಗಳಿಗಾಗಿ ಸ್ಕ್ರೀನಿಂಗ್, ಮುದ್ರಿಸಲಾದ ಜೀನ್ಗಳಲ್ಲಿ ಬದಲಾದ ಮೀಥೈಲೇಷನ್ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚುವುದು ಮತ್ತು ಸಸ್ತನಿಗಳಲ್ಲಿ ಬೆಳವಣಿಗೆಯ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಜೀನೋಮ್ನಲ್ಲಿ ಮೀಥೈಲೇಷನ್ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ನಿರೂಪಿಸುವಂತಹ ಅನೇಕ ಸಂಶೋಧನೆ ಆಧಾರಿತ ಅನ್ವಯಗಳಲ್ಲಿ ಕೋಬ್ರಾವನ್ನು ವ್ಯಾಪಕವಾಗಿ ಬಳಸಲಾಗಿದೆ. ವೈದ್ಯಕೀಯದಲ್ಲಿ, ಅಸಹಜ ಡಿಎನ್ಎ ಮೆತಿಲೀಕರಣವನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ಮಾನವ ರೋಗವನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲು ಸಹಾಯ ಮಾಡುವ ಸಾಧನವಾಗಿ ಕೋಬ್ರಾವನ್ನು ಬಳಸಲಾಗಿದೆ. ಸಂಶೋಧಕರು ಜೆನೆಟಿಕ್ ಇಂಪ್ರಿಂಟಿಂಗ್ ಡಿಸಾರ್ಡರ್ ರಸೆಲ್-ಸಿಲ್ವರ್ ಸಿಂಡ್ರೋಮ್ನ ರೋಗನಿರ್ಣಯದಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ಕಾರ್ಯಕ್ಷಮತೆಯ ದ್ರವ ಕ್ರೊಮ್ಯಾಟೋಗ್ರಫಿಯನ್ನು ನಿರಾಕರಿಸುವುದರೊಂದಿಗೆ ಕೋಬ್ರಾವನ್ನು ಬಳಸಿದರು, ಅಲ್ಲಿ 50 ಪ್ರತಿಶತದಷ್ಟು ರೋಗಿಗಳಲ್ಲಿ ಈ ಅಸ್ವಸ್ಥತೆಗೆ ಮುದ್ರಿಸಲಾದ ಜೀನ್ ಎಚ್19ನ ಹೈಪೋಮೆಥೈಲೇಷನ್ ಕಾರಣವಾಗಿದೆ. ಸಾಮರ್ಥ್ಯಗಳು ಸರಳ, ವೇಗದ ಮತ್ತು ಅಗ್ಗವಾಗಿವೆಃ ಕೋಬ್ರಾದಲ್ಲಿ, ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್ ಅನುಕ್ರಮದಂತೆ, ಶ್ರಮದಾಯಕ ಉಪ-ಅಬೀಜ ಸಂತಾನೋತ್ಪತ್ತಿ ಮತ್ತು ಅನುಕ್ರಮದ ಅಗತ್ಯವಿಲ್ಲದೇ ಡಿಎನ್ಎ ಮೆತಿಲೀಕರಣದ ಮಟ್ಟವನ್ನು ಸುಲಭವಾಗಿ ಮತ್ತು ತ್ವರಿತವಾಗಿ ಅಳೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ. ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು ನೇರವಾಗಿರುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಪ್ರಮಾಣಿತ ಅಗ್ಗದ ಆಣ್ವಿಕ ಜೀವಶಾಸ್ತ್ರದ ಕಾರಕಗಳೊಂದಿಗೆ ಇದನ್ನು ಮಾಡಬಹುದು. ಹೆಚ್ಚಿನ ಹೊಂದಾಣಿಕೆಃ ಪಿಸಿಆರ್ ಮತ್ತು ಶುದ್ಧೀಕರಣ ಹಂತಗಳಿಂದಾಗಿ, ಈ ವಿಧಾನವು ಬಹಳ ಕಡಿಮೆ ಪ್ರಮಾಣದ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಡಿಎನ್ಎಯೊಂದಿಗೆ ಕೆಲಸ ಮಾಡುವುದಲ್ಲದೆ, ಪ್ಯಾರಾಫಿನ್ನೊಂದಿಗೆ ಚಿಕಿತ್ಸೆ ನೀಡಲಾದ ಮಾದರಿಗಳೊಂದಿಗೆ ಕಾರ್ಯನಿರ್ವಹಿಸುತ್ತದೆ, ಇವೆರಡೂ ಇತರ ಡಿಎನ್ಎ ಮೀಥೈಲೇಷನ್ ಕ್ವಾಂಟಿಫಿಕೇಷನ್ ಪ್ರೋಟೋಕಾಲ್ಗಳಾದ ಸದರ್ನ್ ಬ್ಲಾಟಿಂಗ್ ಮತ್ತು ಮೀಥೈಲೇಷನ್-ಸೆನ್ಸಿಟಿವ್ ರಿಸ್ಟ್ರಿಕ್ಷನ್ ಎಂಜೈಮ್ ಜೀರ್ಣಕ್ರಿಯೆಯಲ್ಲಿ ಸಮಸ್ಯೆಗಳಾಗಿರಬಹುದು. ಪರಿಮಾಣಾತ್ಮಕಃ ಇದು ಮೀಥೈಲೇಷನ್-ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಪಿಸಿಆರ್ಗೆ ವ್ಯತಿರಿಕ್ತವಾಗಿದೆ, ಇದು ಗುಣಾತ್ಮಕವಾಗಿದೆ. ಕೋಬ್ರಾದೊಂದಿಗೆ, ಡಿಎನ್ಎ ಮೆತಿಲೀಕರಣದ ಮಟ್ಟವನ್ನು ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಸ್ಥಳದಲ್ಲಿ ನೇರವಾಗಿ ಪ್ರಮಾಣೀಕರಿಸಬಹುದು, ಇದು ಪ್ರತಿ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗೆ ಹೆಚ್ಚಿನ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ನೀಡುತ್ತದೆ. ಹೆಚ್ಚಿನ-ಥ್ರೋಪುಟ್ ಮಾದರಿ ಸಂಸ್ಕರಣೆಗೆ ಸ್ಕೇಲೆಬಿಲಿಟಿಃ ಕೋಬ್ರಾದೊಂದಿಗೆ, ಆಸಕ್ತಿಯ ಅನೇಕ ಪ್ರದೇಶಗಳನ್ನು ಅದೇ ನಿರ್ಬಂಧ ಕಿಣ್ವದೊಂದಿಗೆ ಜೀರ್ಣವಾಗುವ ಪ್ರತ್ಯೇಕ ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ ಸಮಾನಾಂತರವಾಗಿ ಸಂಸ್ಕರಿಸಬಹುದು. ಇದು ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗೆ ವ್ಯತಿರಿಕ್ತವಾಗಿದೆ, ಅಲ್ಲಿ ಪ್ರತಿ ಪ್ರದೇಶವನ್ನು ಪ್ರತಿ ಲೋಕಸ್ಗೆ ಅನೇಕ ತದ್ರೂಪುಗಳನ್ನು ಅನುಕ್ರಮಗೊಳಿಸುವ ಮೂಲಕ ಕಠಿಣವಾಗಿ ಪರೀಕ್ಷಿಸಬೇಕಾಗುತ್ತದೆ, ಇದು ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಮಯವನ್ನು ವೆಚ್ಚ ಮಾಡುತ್ತದೆ. ಪ್ರತಿ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗೆ ಅನೇಕ ಪ್ರಶ್ನೆಗಳುಃ ಒಂದೇ ಜೀರ್ಣಕ್ರಿಯೆಯ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯಲ್ಲಿ ಅನೇಕ ಸಿ. ಪಿ. ಜಿ-ಹೊಂದಿರುವ ನಿರ್ಬಂಧಿತ ಸ್ಥಳಗಳಲ್ಲಿ ಮೆತಿಲೀಕರಣದ ಸ್ಥಿತಿಯನ್ನು ಪ್ರಶ್ನಿಸಬಹುದು. ದೌರ್ಬಲ್ಯಗಳು ಮೌಲ್ಯಮಾಪನವು ಆಸಕ್ತಿಯ ಪ್ರದೇಶದಲ್ಲಿ ಅಸ್ತಿತ್ವದಲ್ಲಿರುವ ನಿರ್ಬಂಧ ತಾಣಗಳನ್ನು ಬಳಸುವುದಕ್ಕೆ ಸೀಮಿತವಾಗಿದೆ, ಮತ್ತು ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ನಿರ್ಬಂಧ ತಾಣದ ಸಂದರ್ಭದಲ್ಲಿ ಸಂಭವಿಸದ ಮೆತಿಲೀಕರಣವನ್ನು ಮೌಲ್ಯಮಾಪನ ಮಾಡಲಾಗುವುದಿಲ್ಲ. ಪಿಸಿಆರ್ ನಂತರ ನಿರ್ಬಂಧದ ಕಿಣ್ವಗಳಿಂದ ಅಪೂರ್ಣ ಜೀರ್ಣಕ್ರಿಯೆಯು ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಗೊಂದಲಗೊಳಿಸಬಹುದುಃ ಅಪೂರ್ಣ ಜೀರ್ಣಕ್ರಿಯೆಯು ಡಿಎನ್ಎ ಮೆತಿಲೀಕರಣದ ಕೊರತೆಯನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ (ಎಚ್. ಪಿ. ಎ. ಐ. ಐ ನಂತಹ ಮೆತಿಲೀಕರಣ-ಸೂಕ್ಷ್ಮ ಕಿಣ್ವದೊಂದಿಗೆ ಕತ್ತರಿಸಿದರೆ). ಬಿ. ಎಸ್. ಟಿ. ಯು. ಐ. ಯು ಬದಲಾಗದ ತಾಣಗಳಲ್ಲಿ ಕಡಿತಗೊಳಿಸಬಹುದು, ಇದು ಮೀಥೈಲೇಷನ್ ಮಟ್ಟವನ್ನು ಅತಿಯಾಗಿ ಅಂದಾಜು ಮಾಡಲು ಕಾರಣವಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಆದ್ದರಿಂದ ಹೆಚ್ಚಾಗಿ ಎಚ್. ಪಿ. ಎ. ಐ. ಐ. ಬಳಕೆಯ ಅಗತ್ಯವಿರುತ್ತದೆ. ಸಂಕೀರ್ಣ ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ, ಜೀವಕೋಶ-ಪ್ರಕಾರದ ವೈವಿಧ್ಯತೆಯು ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಗೊಂದಲಗೊಳಿಸಬಹುದು ಏಕೆಂದರೆ ಡಿಎನ್ಎ ಅನುಕ್ರಮವಾಗಿಲ್ಲ, ಮಾದರಿಯಲ್ಲಿನ ವಿವಿಧ ಜೀವಕೋಶಗಳ ಅನುಕ್ರಮಗಳಲ್ಲಿ ವೈವಿಧ್ಯತೆ (ಅಂದರೆ. ಸಿಜಿ ಡೈನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್ ಅನ್ನು ಸಿಎ ಅಥವಾ ಸಿಟಿಗೆ ಬದಲಾಯಿಸುವಂತಹ, ವಿಚಾರಣೆಗೊಳಗಾದ ಪ್ರದೇಶದಲ್ಲಿ ರೂಪಾಂತರಗಳನ್ನು ಪಡೆದಿರುವ ಗೆಡ್ಡೆಯೊಳಗಿನ ವಿವಿಧ ಜೀವಕೋಶದ ಜನಸಂಖ್ಯೆಯು, ಜೀರ್ಣಕ್ರಿಯೆಯ ಕೊರತೆಯಿಂದಾಗಿ ಸ್ಪಷ್ಟವಾಗಿ ಮೀಥೈಲೇಟೆಡ್ ಪ್ರದೇಶಕ್ಕೆ ಕಾರಣವಾಗುವ ನಿರ್ಬಂಧದ ಸ್ಥಳದ ನಷ್ಟಕ್ಕೆ ಕಾರಣವಾಗುತ್ತದೆ. ಇದು ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಮಾದರಿಯಲ್ಲಿ ಡಿ. ಎನ್. ಎ. ಮೀಥೈಲೇಷನ್ ಮಟ್ಟಗಳ ಪ್ರಮಾಣೀಕರಣವನ್ನು ವಕ್ರಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ. ಪರ್ಯಾಯಗಳು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ, ಕೋಬ್ರಾವನ್ನು ಇತರ ಡಿಎನ್ಎ ಮೆತಿಲೀಕರಣ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಳೊಂದಿಗೆ ಸಂಯೋಜಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಆಸಕ್ತಿಯ ಸ್ಥಳದ ಆರಂಭಿಕ ಪರೀಕ್ಷೆಯಲ್ಲಿ ಆಗಾಗ್ಗೆ ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಕೋಬ್ರಾ ಬದಲಾದ ಮೀಥೈಲೇಷನ್ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಸೂಚಿಸಿದರೆ, ಬೈಸಲ್ಫೈಟ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ಅಥವಾ ಎಂ. ಇ. ಡಿ. ಐ. ಪಿ. ಯಂತಹ ಹೆಚ್ಚು ಕಠಿಣವಾದ, ಶ್ರಮದಾಯಕ ತಂತ್ರಗಳನ್ನು ಅನ್ವಯಿಸಬಹುದು. ಡಿಎನ್ಎ ಮೆತಿಲೀಕರಣವನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲು ಪ್ಯಾಕ್ಬಯೋ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಸಹ ಬಳಸಬಹುದು. ಉಲ್ಲೇಖಗಳು ಆಣ್ವಿಕ ಜೀವಶಾಸ್ತ್ರದ ತಂತ್ರಗಳು