Incontrato l'ingresso della baia di Audierne da una divisione inglese, composta di un vascello e di tre fregate, egli non esitò a impegnare il combattimento onde lasciare il convoglio il tempo di rimorchiare, lo stesso non aveva in quel momento che 4 fregate, e dovette spiegare la più grande energia per decidere il suo equipaggio, composto di novellini, ad attaccare un nemico tanto superiore. Dopo aver sgombrato con una divisione di 4 fregate il cammino della spedizione d'Irlanda, egli comandò successivamente i vascelli il Giove e il San Giovanni facendo parte delle armate navali dell'Oceano e del Mediterraneo. Iniziato nelle più piccole particolarità del servizio, egli mostrò con distinzione la carriera di capo-militare a Lorient, allorché dovette rinunciare nel 1802 per andare a sedere al tribunato. Il trattato d'Amistà non era appena firmato che fu rotto, e il progetto d'un sbarco in Inghilterra stabilito dal primo console. Daugier fu proclamato presidente di una delle commissioni per l'armamento della flotta. Si sa che questa flotta doveva per dir così, servire di ponte all'armata d'invasione, mentre le squadre inglesi, chiamate alle Indie occidentali in pericolo, si vedevano chiuse l'ingresso nella Manica per il rapido ritorno della nostra squadra riunita alla flotta spagnuola. Daugier, nominato comandante del battaglione dei marinai della guardia e della divisione dell'Havre, sostenne parecchie battaglie all'àncora ed alla velà. Egli riuscì a condurre intatta questa divisione dall'Havre a Bonlogne; ottenne il comando d'uno dei quattro grandi corpi della flotta, e respinse sempre, e su tutti i punti i continui attacchi dei nemici. Napoleone aveva in lui rilevato un ingegno pronto ed osservatore. Lo spedì nel giugno 1806 alla volta di Venezia col compito d'invigilare su tutto il litorale dell'Adriatico: nel dicembre successivo, Daugier era già di ritorno, dopo d’aver adempiuto, col la soddisfazione dell'imperatore, una tale missioni resa molto scabra e pericolosa a causa delle crociere inglesi e russe che solcavano questo mare si angusto. Appena arrivato a Parigi seppe che i marinai della guardia avevano abbandonato i battelli della flotta per recarsi all'assedio di Danzica. 