Sa conduite avec les païens fut la même : jamais il ne les gêna dans l'exercice de leur culte, mais il ne voulait rien leur accorder qui fut nuisible à l'empire. Julien avait restitué aux temples les biens qui leur avaient appartenu et dont les particuliers s'étaient emparés sous Constantin ; Valentinien les reprit, mais il ne les rendit pas à ceux qui les possédaient avant Julien et qui n'avaient aucun droit à les garder ; il les réunit au domaine impérial, c'était un moyen de mettre tout le monde d'accord. Il rétablit les lois contre les faiseurs de sacrifices secrets, les tireurs d'horoscope, les diseurs de bonne aventure, que Julien avait supprimées, et comme il était d'un caractère dur, il les fit appliquer avec une impitoyable sévérité. Mais en même temps il eut grand soin de déclarer que les aruspices n'avaient rien à craindre, et qu'il n'entendait supprimer aucune des pratiques en usage chez les aïeux. Ainsi, disait-il, si une chrétienne lègue sa fortune aux prêtres d'un temple, son testament est bon ; si elle la laisse aux ministres de sa religion, il est mauvais ! 

Il est probable que Valentinien n'a été sévère pour les Manichéens que parce qu'il les regardait comme dangereux à l'ordre public et se livrant à des opérations magiques. 