Un escalier de vingt-six marches descend dans la crypte funèbre de Lazare : on se trouve alors dans un vestibule voûté en ogive, long de trois mètres et large de deux ; à l'angle sud-ouest se voit un autel de pierre, où les Franciscains disent la messe une fois l'an. C'est là que se tenait Jésus quand il ordonna de lever la pierre et commanda : « Lazare, viens dehors ! » Trois nouvelles marches et un corridor conduisent dans une autre chambre voûtée en ogive, qui était véritablement la loge funéraire.
Cette configuration, conforme au récit évangélique, prouve que ce tombeau, contrairement aux autres, ordinairement fermés, chez les Juifs, par une pierre verticale, était souterrain et fermé par une dalle horizontale. C'est d'ailleurs ce que dit formellement l'évangéliste, « lapis superimpositus erat ei, » anéantissant d'avance l'objection des sceptiques ignorants qui ont essayé de contester l'authenticité du sanctuaire de Béthanie à raison de cette forme insolite du sépulcre.
Une église existait déjà sur le tombeau de Lazare au temps de saint Jérôme et fut visitée par sainte Paula ; Nicéphore en attribue la fondation à sainte Hélène. Il s'y trouvait au VIe siècle une grande basilique dépendante d'un monastère et entourée d'un bois d'oliviers. L'abbaye de saint Lazare, que Godefroy de Bouillon y fonda, servit de sépulture à plusieurs patriarches de Jérusalem. En 1138, la reine Mélisende ayant donné aux chanoines du Saint-Sépulcre qui la possédaient, Thékué en échange de Béthanie, établit dans cette abbaye de saint Lazare des Bénédictines dont sa sœur Judith fut abbesse; au siècle suivant, les Sarrazins avaient laissé subsister la chapelle ornée de marbre qui renfermait le tombeau. Une petite mosquée s'élève maintenant auprès de la crypte, que les musulmans gardent en leur possession par dévotion pour le disciple ressuscité de Jésus. 