Ma l'Arcivescovò, dopo molti anni che si teneva nascosto nei dintorni del Verbano, raccolti a sé i nobili Milanesi, che erano stati costretti ad esulare per fuggire la collera di Napoleone Della Torre, e quanti nemici di lui e ghibellini gli vennero trovati, fecero loro capo, e messo insieme un numeroso esercito, mossero ad osti contro Napoleone. Era l'anno 1300, e sconfitto in Angera dalle truppe di quello, il Visconti non si sorrise per nulla, che anzi, manifestatasi a lui propizia la città di Como, egli si rimise in armi e ben presto prese il sopravvento, fino a tanto che nel giorno ventuno Gennaio 1277 sorprese il campo di Napoleone a Desio, e dopo una sanguinosa battaglia ne sconfisse l'esercito e lui menò prigione. Ottone Visconti entrò allora in Milano, e tutto quel popolo lo acclamò Signore. Alle famiglie che gli erano cadute in sospetto diede subito lo sfratto, non senza aver prima sottoposte alla tortura parecchie di esse nel tentativo di cavarne segreti. Malgrado i patti di concordia, che stabiliti aveva con Guido da Castiglione, s'impadronì a tradimento di Castel Seprio e ne distrusse la rocca. 