Malgré l’attention que ce prince donnait à la police et à la prospérité de la colonie, elle se vit menacée, par un accident imprévu, d’une destruction prochaine. Les naturels de l’île, sur le travail desquels les Espagnols avaient compté pour leur succès et même pour leur existence, se détruisaient avec tant de rapidité que l’extinction de la race entière paraissait inévitable. Lorsque Colomb découvrit Hispaniola on y comptait au moins un million d’habitants ; dans l’espace de quinze ans ils se trouvèrent réduits à soixante mille. Cette prodigieuse diminution de l’espèce humaine résultait du concours de différentes causes. Les naturels des îles de l’Amérique, étant d’une constitution plus faible que les habitants de l’autre hémisphère, ne pouvaient ni exécuter les mêmes travaux, ni supporter les mêmes fatigues que des hommes doués d’une organisation plus vigoureuse. L’indolence et l’inaction dans laquelle ils se plaisaient à passer leur vie, étant l’effet de leur faiblesse, et contribuant en même temps à l’augmenter, les rendaient, par habitude autant que par nature, incapables de tout effort pénible. Les aliments dont ils subsistaient étaient peu nourrissants ; ils n’en prenaient qu’en petite quantité, et cette nourriture n’était pas suffisante pour fortifier des corps débiles et les mettre en état de soutenir les travaux de l’industrie. Les Espagnols, faisant peu d’attention à cette constitution particulière des Américains, leur imposaient des tâches si disproportionnées à leur force qu’on en voyait un grand nombre succomber à la peine et périr d'épuisement ; d’autres, s’abandonnant au désespoir, terminaient eux-mêmes leurs misérables jours. Une partie de ces peuples ayant été obligés d'abandonner la culture des terres pour aller travailler dans les mines, la disette des subsistances amena la famine qui en fit périr un grand nombre. Pour compléter la désolation de l’île, les habitants furent attaqués de différentes maladies, dont les unes étaient occasionnées par les fatigues auxquelles on les condamnait, et les autres étaient l’effet de leur commerce avec les Européens. Les Espagnols, se voyant ainsi privés par degrés des bras dont ils étaient accoutumés à se servir, il leur fut impossible d’étendre plus loin les progrès de leur établissement, et même de maintenir ceux qu’ils avaient faits. 