Instruit des difficultés qu'éprouvaient les brigades Belliard, Davout et Friant, Bonaparte prescrivit à son lieutenant d'abandonner le Fayoum, de se concentrer à Beni-Souef pour se préparer à une résistance que l'insurrection allait rendre périlleuse. Desaix exécuta les ordres donnés et se rendit au Caire en descendant le Nil ; il entendait conférer directement avec son chef et surveiller par lui-même le départ des troupes destinées à le renforcer. Celui-ci l'accueillit avec tous les égards qui étaient dus au général qui avait arraché au prince Charles des témoignages d'admiration et qui était le véritable vainqueur de l'Égypte. Depuis la bataille des Pyramides, les succès de Desaix avaient maintenu le moral de l'armée et honoraient en Europe notre expédition.
Le moment était venu de reprendre les hostilités contre Mourad-Bey, de l'expulser de Saïd et de conquérir la Haute-Égypte. Le 16 décembre il rentra en campagne, traversa la province de Syout sur les traces des mameluks, et entra le 29 dans Girgeh, l'une des roules commerciales de l'Éthiopie, arrachant à l'intrépide Mourad ce cri de désespoir : Ne pourrai-je donc jamais battre ces petits hommes ! Victorieux à Souâqy et à Tahta, Desaix permit à son chef de croire qu'après cette série de succès Bonaparte attaquerait l'Angleterre dans les Indes, et il se proposa de lui en donner les moyens. Lecteur assidu de l'ouvrage de Raynal sur les Indes, il aspira à franchir la mer Rouge et à longer les côtes sud de l'Arabie, pour renouveler les exploits de Dupleix. Maître du pays, il s'occupa de l'administration provinciale et locale. 