Prima cominciarono a lusingare l'amore proprio dello zio e del nipote, nominando questo Cardinale, quantunque giovinissimo, il cugino Antonio Serbelloni e Lodovico Simonetta, patrizio milanese, e promuovendo alla sede vescovile di Crema l'altro cittadino milanese Nicolò Sfrondati, diventato appresso Cardinale e Pontefice col nome di Gregorio XIV. Liberarono dalla prigione nella quale trovavasi, l'altro nostro patrizio, il cardinale Giovanni Morelli, uno dei più chiari prelati di quel tempo, e infine elessero l'altro nipote Federico Borromeo capitano generale della Chiesa. Posero quindi a capo della Consulta cardinalizia, ufficio quasi il più onorevole ed ambito dello stesso governo pontificio, il giovine Carlo Borromeo, innalzandolo successivamente a tutti i principali uffici di Corte, compreso quello di firmare tutti gli atti in nome del Pontefice. Da nessuno dei molti documenti che abbiamo esaminati e da nessuna memoria del tempo, abbiamo potuto raccogliere la prova che egli appartenesse alla Compagnia di Gesù, e ne giurasse le discipline: i Gesuiti posero ogni cura per non lasciar conoscere il vero. Ma è certo che da questo momento egli divenne l'arbitro di ogni avvenimento in Roma e n'ebbe ogni alto ufficio. E poiché era vacante il seggio arcivescovile di Milano per la morte dell'Arcivescovo, la setta gesuitica lo pose a sedere per farvisi un bel posto a loro. Per tale modo si concentrò nelle sue mani, il che è quanto dire in quella dei Gesuiti, l'intera direzione della Chiesa. Intanto la città di Milano, ignara di questi intrighi di Roma, si lasciava cullare nelle proprie rosee illusioni. Feste e baldorie per l'esaltazione al soglio pontificio del proprio concittadino De Medici, feste per la nomina a cardinali degli altri patrizi, e pari feste, e maggiori tripudi per il conferimento al Borromeo del beneficio arcivescovile. 