La maravigliosa operosità di Schlegel non gli fece però trasandare la direzione dell'enciclopedia; poiché pare che si debba attribuire a lui la parte principale nell'azione immensa di questa raccolta periodica, in cui la sua collaborazione si confondeva con quella di suo fratello. Quest'ultimo, ha detto Heyne, non subiva che idee di Federico che si applicava a elaborare artisticamente. Ma in Germania, ove la letteratura non è ciò che è in Francia da un secolo, chiunque aspira all'influenza letteraria, deve essere giudice competente delle grandi questioni filosofiche e storiche della giornata. Federico non ignorava questo. Fra le scuole pubbliche della sua patria l'università di Jena era allora la prima: egli osò professarvi la filosofia allato a Fichte e a Schelling, e non ne fu punto eclissato. 