Per ultimo è meritevole di molta attenzione una particolarità tutta propria del sistema adottato dal Munoz nella condotta, per dir così, materiale del suo libro, ed è questa. Comincia egli il suo Prologo con farci sapere che postosi a scrivere quella storia per ordine Regio ebbe facoltà di vedere a tutto suo comodo e piacimento le carte tutte e pubbliche e private, di qualunque specie; quindi soggiunge che dei Codici e Manoscritti si riserva a parlarne di mano in mano che ne farà uso, dicendo per allora qualche cosa soltanto dei libri stampati, dei quali si approfitta nel tomo primo; compita poi l’analisi dei primi scrittori della Storia d’America, passando a dar notizia del metodo suo, dice, che nella Storia egli narra senza citazioni e discussioni imitando in ciò i Classici antichi; che al fine di ogni regno darà prove, illustrazioni, questioni, congetture, con una collezione di documenti inediti; e che parlerà, come nel Prologo stesso, di alcuni dei libri posteriormente stampati. Ora l'effetto di tal sistema (non troppo comodo, invero, per chi legge) egli è, che noi ignoriamo affatto quali siano i fondamenti delle opinioni dell’Autore, perchè essendo questi relegati da lui in fine d’ogni Regno, e il Tomo primo, unico pubblicato, non giungendo al fine del Regno di Ferdinando il Cattolico, non hanno luogo in quello né prove, né discussioni, né documenti. 