L'épithélium qui tapisse la lumière du pharynx et celle de l'œsophage est au début, comme celui qui revêt le tube digestif tout entier, un épithélium simple à cellules cylindriques. À un certain moment du développement, et çà et là, ces cellules apparaissent vibratiles, rappelant ainsi l'état qui existe chez nombre de vertébrés inférieurs. Plus tard l'épithélium pharyngo-œsophagien se stratifié, les cellules superficielles étant soit aplaties, soit cylindriques et ciliées, suivant les endroits.
Outre des invaginations glandulaires de l'épithélium donnant lieu à de véritables glandes, il se produit en plusieurs points des diverticules spéciaux desquels dérivent des formations variées. La paroi postérieure du pharynx se déprime en une fossette médiane, qui s'enfonce en un point correspondant à l'apophyse basilaire de l'occipital, et que l'on appelle la bourse pharyngienne.
D'autre part, il se forme en deux endroits principaux des culs-de-sac épithéliaux qui pénètrent dans le tissu conjonctif sous-jacent, dans le derme ou chorion de la muqueuse en un mot ; celui-ci de son côté éprouve certaines modifications. Ainsi naissent des organes appelés amygdales ou tonsilles, que l'on distingue en amygdale palatine ou amygdale proprement dite, la plus importante, et amygdale pharyngienne.
Le développement de l'amygdale palatine, qui est le plus connu, se fait de la façon suivante. On voit d'abord se former une dépression du pharynx, la « fossette amygdalienne », située entre l'arc palatin antérieur et l'arc palatin postérieur, entre les deuxième et troisième arcs pharyngiens. Ce cul-de-sac épithélial, d'abord simple, se ramifie et pousse ensuite des bourgeons, qui plus tard se séparent du cœcum initial et forment des îlots épithéliaux indépendants.
