Les nations catholiques se partagèrent alors en deux groupes : l'Italie, l'Allemagne et l'Angleterre restèrent dans l'obédience du Pape de Rome, tandis que Clément VI, réfugié à Avignon, était reconnu par la France, la Lorraine, l'Écosse, Naples et la Castille. Le concile de Pise (1409) crut remédier au mal en déposant les deux Papes ; il ne fit que l'aggraver ; les Pontifes se jugeant indûment déposés, refusèrent de céder la place à l'élu du concile ; ainsi, au lieu de deux Papes, il y en eut trois. Le concile de Constance (1414-1418), après trois années de discussions pénibles, mit fin à cette crise, unique dans l'histoire, par l'élection de Martin V, qui fut reconnu par tous les États chrétiens. Mais il y eut des antipapes jusqu'au concile de Florence (1449).
À la faveur de cet état anarchique, de très graves désordres s'étaient glissés dans tous les rangs du clergé ; la Papauté y avait perdu une bonne partie de son autorité et elle en sortait meurtrie et défigurée. Les prérogatives essentielles, qu'elle tient de sa constitution divine, lui étaient contestées. En décrétant que « tout chrétien, y compris le Pape, lui devait obéissance », le concile de Constance avait eu en vue autre chose que le rétablissement de l'unité au sommet de la hiérarchie. Aux yeux de l'Université de Paris, qui y jouait le premier rôle, il ne s'agissait de rien moins que d'ériger en dogme ce qui ne pouvait être qu'un expédient accidentel pour remédier à un mal passager. On le vit bien quelques années plus tard : au pseudo-concile de Bâle, la supériorité du concile sur le Pape, âprement soutenue par les mêmes docteurs parisiens, qui venaient de condamner Jeanne d'Arc, fut solennellement proclamée comme dogme de foi. 