Le père ne pouvait point ne pas reconnaître dans la guérison presque miraculeuse de son fils, plutôt que l'effet de son traitement, si rationnel fut-il, la toute-puissante intervention de la Reine du Ciel qu'il n'avait cessé d'invoquer au cours de la cruelle maladie. Aussi, à peine Joseph eût-il retrouvé ses forces, qu'accompagné de sa femme, il emmena le petit convalescent à la grotte pyrénéenne. Le P. Fournou, supérieur des missionnaires, l'y consacra, devant l'autel de la Crypte, à Celle qui l'avait sauvé.
Ce fut le premier pèlerinage du docteur redevenu chrétien à la Vierge des Roches Massabielle.
Pendant la saison balnéaire de 1884, Boissarie s'installa à Cauterets, à titre non plus de baigneur, mais de médecin-consultant. Depuis de longues années, il remplissait fidèlement ses devoirs de catholique. Il le faisait même avec tant de ferveur que ses confrères cauterésiens de Saint-Vincent-de-Paul l'élurent président de leur conférence. Notons en passant que ce n'était pas un groupe vulgaire, puisque entre autres notabilités de différents ordres, il comptait parmi ses membres S. A. R. Monseigneur le duc de Nemours.
De ce zèle religieux qui animait le docteur, il est permis de conclure qu'il fut, pendant la saison, un assidu des grands pèlerinages. Il avait résolu de l'être encore les étés suivants. Par malheur, une grave maladie de foie le contraint de fermer définitivement son cabinet médical de Cauterets, et de subir, pendant trois années consécutives, un traitement sévère aux eaux de Vichy. 