C'est surtout dans l'intestin grêle que se passent les phénomènes d'absorption, c'est-à-dire la pénétration des principes nutritifs des aliments dans les liquides nourriciers de l'organisme. Le mécanisme qui y préside ne doit pas être considéré comme soumis aux seules lois de l'osmose ; les cellules de la paroi intestinale jouent certainement un rôle actif que l'on n'est pas encore parvenu à préciser. Quelques produits de la digestion gastrique sont absorbés dans l'estomac, mais c'est un phénomène qui n'est pas encore bien connu. Normalement les matières qui arrivent dans le gros intestin ne contiennent plus de principes assimilables, cependant ce viscère a un pouvoir d'absorption qui permet pendant certaines maladies d'assurer partiellement l'alimentation par des lavements nutritifs ; par suite de ce même pouvoir, le séjour trop prolongé de matières excrémentielles dans l'intestin peut produire des troubles graves par l'absorption des toxines qu'elles contiennent. D'ailleurs le rôle de cet organe n'est pas très important puisque dans certains cas il a pu être supprimé sans compromettre l'existence du sujet.
L'absorption est facilitée dans l'intestin grêle par la multiplication des surfaces de contact qui résulte des nombreux replis de la membrane interne et des villosités qui la tapissent. Ces dernières jouent un rôle prépondérant dans cette fonction, elles se composent d'une masse de tissu conjonctif embryonnaire parcouru par des capillaires sanguins ; au centre se trouve un vaisseau chylifère ; un épithélium cylindrique recouvre la villosité. Ces organes deviennent turgescents chaque fois qu'une quantité de matières alimentaires les approche.
Les principes digérés traversent les membranes des villosités et pénètrent dans la circulation. 