Mais, ce que rien ne peut excuser, ce sont les traitements indignes que lui faisaient subir ses geôliers. Deux d'entre eux montaient la garde à l'extérieur de la chambre ; trois autres se tenaient jour et nuit à l'intérieur. Du matin au soir, elle avait les oreilles remplies de leurs éclats de voix, de leurs propos grossiers et souvent orduriers. Ce n'est pas encore tout ; ces misérables prenaient plaisir à la poursuivre de leurs injures, de leurs sarcasmes haineux et à la maltraiter de mille manières. Un jour même, sans l'arrivée soudaine du gouverneur, attiré par ses cris, ils allaient lui faire subir les pires outrages. Ce fut sans doute après cette scène scandaleuse que la duchesse de Bedford, ayant constaté elle-même, avec le concours de quelques dames, son intégrité virginale, fit donner des ordres, pour qu'on eût désormais à respecter au moins sa vertu.
Ces tortures physiques et morales étaient encore singulièrement aggravées par la privation de tout secours religieux : ni messe, ni confession, ni communion, durant les cinq mois qu'elle passa à Rouen avant son martyre. Elle eut beau réclamer, supplier à maintes reprises, Cauchon resta toujours inflexible. Mais le ciel ne l'abandonnait pas dans sa détresse ; sainte Catherine et sainte Marguerite venaient lui rendre visite et remonter son courage. « Il n'est pas de jour, dit-elle à ses juges, que je n'entende les Voix et j'en ai bien besoin. Je serais morte, sans la révélation qui me réconforte. » C'est sûrement à ce secours qu'elle dut de conserver, parmi tant d'angoisses, toutes ses qualités natives, courage indomptable, esprit lucide et fin, enjouement même, que nous aurons plus d'une fois l'occasion d'admirer dans ses réponses aux juges. 