Ces souffrances, qu'il ne put adoucir, furent l'une des causes de cette opposition continue et ardente que Cyrille de Jérusalem ne cessa plus de faire aux Ariens. Il la commença immédiatement au Concile de Mélitène et se prononça vivement, avec Elpide de Satale, en faveur d'Eustathe, Évêque de Sébaste, et d'un prêtre nommé Eusèbe que les Ariens voulaient déposer ; il ne reconnut pas leur condamnation et continua toujours à les traiter comme prêtres et comme Évêques.
Cette conduite hostile et les prétentions de Cyrille qui revendiquait, comme Titulaire d'un Siège Apostolique, les droits de Métropolitain, irritaient depuis longtemps Acace de Césarée ; il avait même cité devant lui l'Évêque de Jérusalem, mais Cyrille avait refusé de comparaître et l'avait traité d'hérétique. Acace voulut terminer cette lutte ; il convoqua Cyrille à Césarée, mais Cyrille prit la fuite et se dirigea vers Constantinople.
Il est certain que Cyrille s'opposa à leur condamnation, puisque le Concile de Constantinople lui reprocha d'avoir toujours communiqué avec eux et d'être demeuré l'ami et l'allié de ceux qui s'étaient le plus vivement opposés au Concile. 