Nel anno medesimo 1550 fu istituita in Venezia un'Accademia, che si disse Accademia dei Percorreni alla quale, secondo narra il Quadrio, appartenevano eccellenti soggetti, fra cui l'Ercolino Bevilacqua e Giacomo de' Provesi, il Doni, il Sansovino, il Cocchi, il Dolce, ed altri chiari uomini. Anche il Marcolini ebbe senso in questa Accademia, della quale lo Zanobi e il Casali ce lo dicono non solamente membro, ma per cancelliere, o segretario, e varie opere di sua stampa lo dimostrano anche tipografo della medesima, poiché in esse, oltre la indicazione della città e dell'anno, si enuncia essere state stampate nell'Accademia Peregrina - Per Francesco Marcolini. Anzi in alcune, come nei Pistolotti Amorosi, che stampò nel 1554, vi vedono incise in legno le insegne dell'Accademia stessa, delle quali il Quadrio ci dà contezza. Gli si presentò in tal guisa più immediata occasione di essere a contatto con quei famosi ingegni, e di contrarre secoli loro una più stretta relazione, ed amicizia: a tal che divenne Marcolini compare con alcuni di essi, tra i quali con Giorgio Vasari, con Leone d'Aretino, come già sin dal 1557 era divenuto tale con l'Aretino, al cui aveva presentato al Sacro Cuore due figlie; la prima, che fu Agata Adria, al battesimo di cui il Marcolini intervenne quale altro compare anche Francesco Franceschi (Sebastiano del Piombo); e la seconda, a cui però il Maacknoncelli non dà il nome. 