La préparation de l'objet soumis à l'étude exige la même précision et la même dextérité que les dissections anatomiques; le succès des recherches dépend du soin que l'on apporte à la préparation, et ce n'est que dans des cas fort rares que l'on peut s'en dispenser. Mais le grand nombre des corps aussi bien que les dispositions individuelles, s'opposent à ce que l'on puisse établir autre chose que des règles générales pour la préparation des objets, et il adviendra souvent que l'on emploiera beaucoup de temps et plusieurs procédés avant de découvrir celui qui permettra d'analyser bien nettement la structure des différentes parties. D'un autre côté, deux observateurs peuvent arriver au même résultat par différentes méthodes, et chacun d'eux estimera que son mode de préparation est le meilleur.

Il faut d'abord reconnaître si l'objet se prête aux recherches microscopiques. Nous n'avons pas seulement en vue les cas dans lesquels le microscope ne peut nous fournir des caractères plus prononcés que ceux que nous apercevons à l'œil nu, non plus que ceux où le microscope en fournit moins encore, parce que les différences qui peuvent exister moins dans les parties élémentaires que dans leur disposition, disparaissent fréquemment sous le microscope, quoiqu'elles soient visibles à l'œil nu. Nous entendons parler ici de ces influences extérieures qui font que les objets se montrent à nos yeux dans des conditions qui ne sont plus normales. Actuellement, nous poserons comme règle de ne jamais soumettre au microscope un corps qui n'est pas parfaitement frais, au moins pour le premier examen. Il est certain que l'observateur devra être bien familiarisé avec les changements que détermine la mort et l'influence des agents externes (l'air, l'eau, le froid, etc.). Nombreuses sont les erreurs qui se sont glissées dans la science, parce que les observateurs ont fait un mauvais choix de matériaux et ont observé et décrit des formes qui avaient cessé d'être normales. Il ne faut pas oublier non plus, que tandis que plusieurs parties des animaux et des plantes conservent longtemps après la mort les formes naturelles et la disposition des parties élémentaires, et peuvent en conséquence servir à la fois aux recherches anatomiques et microscopiques, il en est d'autres, surtout dans le règne animal, chez lesquelles, au contraire, la forme et la disposition se montrent sous des conditions qui nous permettent à peine de former des conjectures relativement à leur état naturel. 