Ignazio tanto prega il giudice a suo favore, che lo salva. Tentarono di ucciderlo moralmente col calunnia; pagano una mala femmina perché deponga contro il suo compagno un infame delitto; ma al giudiziale confronto il suo volto verginale colpisce l'impudente donna, che sciolta in lacrime, pubblica il turpe intrigo settario. Lo tacciano di stregoneria e d'arte magica per i suoi prodigi, e nuovi prodigi attestano la sua santità, come bene dice il Bollario: «Quo magis autem pisceretici splendorem Ignatii virtute usurpaverunt offuscare nitebantur, eo altiore eminuit radio. Nam dum fictas maculas contra illum cogitabant, Mulier ex viso Ignatii vultu, in lacrimas soluta, se se subornatam fuisse fatetur. Ignatium ubi magum proclamant, et equus virtutem eius genuflexus testatur.» Collo splendore della virtù cresceva ancora il frutto della missione, ed Ignazio, a render perenne il bene incominciato e stabile la missione, pensò di fondare conventi, che servissero da baluardo contro l'eresia, seminario di missionari e rocche della vera fede, uno in Tirano nel 1624, l'altro a Sondrio nel 1628, un terzo a Morbegno nel 1629, questi due ultimi per la provincia di Milano, la quale poi nel 1640 ne innalzò un altro a Chiavenna; e così dove vent'anni prima i Cattolici non erano sicuri neppure della vita, ebbero poi pacifico possesso quattro famiglie religiose. Tante peregrinazioni, tante ansietà, tante sofferenze non potevano menarlo a lunga vita; peregrinava a mezzo l'inverno per l'ordinario suo ministero in Valtellina, allorché per freddo patito, colto da ostinata pleurite, si ritirò nel Convento di Tirano, opera del suo zelo, in quella terra ove aveva cominciata la sua faticosa carriera, spirò da buon commilitone il 7 marzo 1632. Alla sua morte i predicanti andavano ripetendo: che finalmente era scomparso il lupo, lo stregone, il grande avolo; i fedeli piangevano perchè avevano perduto la colonna della fede, l'apostolo, il santo. Infatti, appena il cadavere fu in Chiesa, la gente si accalcò a tagliuzzargli l'abito, strappargli i capelli e ne avrebbe devotamente fatto peggior governo, se non si fosse interposta la forza ad impedirlo. La Sacra Congregazione dei Cardinali di Propaganda fide appena n'ebbe notizia, lamentò la grave perdita con parole di lutto e di amplissima lode. 