Cependant, quand il s'agit du déluge, c'est l'autre alternative qu'il faut admettre : il n'est point un phénomène naturel en ce sens qu'il a été opéré par les seules forces et d'après les seules lois de la nature ; il est dû à l'opération surnaturelle de Dieu. Ne pouvant pas être expliqué naturellement, il rentre dans la catégorie d'un grand nombre d'événements rapportés dans la Bible, également inexplicables par les lois naturelles.
La farine et l'huile de la veuve de Sarepta ne diminuant point ; cette autre veuve, du temps d'Élisée, remplissant avec un peu d'huile qui lui restait tous les vases qu'elle peut emprunter chez ses voisines ; le Sauveur rassassant avec quelques pains et quelques poissons plusieurs milliers d'hommes : voilà des faits qui, certes, ne demandent pas à être expliqués naturellement. Dieu donc, voulant envoyer un déluge sur la terre, ne pouvait pas être en peine d'un moyen pour exécuter son dessein. Il pouvait, s'il était nécessaire, comme l'ont, en effet, pensé d'anciens savants, augmenter les eaux déjà existantes par la création de nouvelles eaux, et anéantir ces dernières, son dessein une fois accompli ; il pouvait encore, comme quelques savants modernes l'expliquent, former de l'eau en faisant se combiner de grandes quantités d'oxygène et d'hydrogène pour les décomposer ensuite. 