Le tombeau de Dona Juana se trouve dans une chapelle à laquelle on accède par un petit escalier à droite du maître-autel. Cette chapelle funéraire, qui ne reçoit le jour que par une fenêtre basse, est ornée de colonnes de marbre à chapiteaux de bronze doré, d'ordre ionique. Les parois sont entièrement revêtues de jaspes et de riches marbres de couleurs diverses.

L'Infante est représentée à genoux devant un prie-Dieu, les mains jointes, dans l'attitude de la prière, comme sont figurés les autres personnages de sa maison dans les monuments funèbres de l'Escurial. La statue, ainsi que le prie-Dieu, sont de marbre blanc. Revêtue d'un ample manteau, Juana porte une robe à longues manches avec la collerette serrée au cou. Sur la poitrine pend un médaillon de Charles Quint. La couronne princière est posée sur le prie-Dieu. La statue est en bel état de conservation, sauf les doigts, qui ont été assez grossièrement rapportés.

Sur le tombeau est gravée cette inscription :
AQUI JAZ LA SERENISSIMA SA Da Juana DE AUSTRIA, INFANTA DE ESPANA,
PRINCESA DE PORTUGAL, GOBERNADORA DE ESTOS REYNOS, FUNDADORA DE ESTE MONASTÉ, O
HIJA DEL S, EMIR CARLOS V, MOTHER DEL PRÍNCIPE Do Juan DE PORTUGAL, MARQUE DEL BEY D" SEBASTIAN, MUERTA DE 37 Años DIA 7 DE SEPTIEMBRE, A0 DE 1573. 