Münster avait mérité la mort, mais les deux Princes ne jugèrent pas qu'il fallût se hâter de le livrer au supplice. Sa punition devait être un exemple public qu'on vouloit donner en son temps, lorsque les esprits plus calmes seraient en état d'en profiter. On crut donc qu'on devait le mettre entre les mains du Comte Ernest de Mansfeld, que le fanatique avait le plus outragé. On l'enchaîna sur une charrette, et on le conduisit au château de Heldrungen. Ce fut-là qu'ayant été interrogé, il avoua une partie de ses crimes. Il nia cependant qu'il fut le premier auteur des soulèvements de Suisse, mais il confessa que dans Alsta, Krump, Balthazar et Stubner, quelques autres séditieux, aussi bien que le Gouverneur de la ville, s'étaient ligues avec lui pour détruire les Souverains : "Si j'ai excité des troubles, dit-il, dans le Comté de Mansfeld, c'était pour obtenir la libre prédication de l'évangile; j'étais en personne dans le milieu du pillage, et ai causé le renversement des statues et l'incendie de l'Église. Le sénat de Mulhouse, continua-t-il, n'est point coupable de la révolte, le peuple seul en a été l'auteur." 