Cependant les Ecossais auraient désiré conserver la neutralité vis-à-vis de l'Angleterre : ils furent déçus de cet espoir. Leur traité avec Charles était déjà un acte d'hostilité aux yeux des Indépendants, qui se souvenaient d'ailleurs des précédentes invasions. La république devait être naturellement soupçonneuse. Tout pouvoir qui commence à besoin d'agir pour ne pas douter de lui-même. La guerre fut décidée : on rappela Cromwell d'Irlande, et Fairfax, qui avait d'abord accepté le commandement, se démit en sa faveur. Cromwell marcha contre l'Ecosse, précédé de la renommée terrible de ses exploits. Les « Saints » de l'Ecosse ne l'aimaient pas et ne lui épargnèrent pas leurs malédictions, malgré son appel au Covenant. 