Accorrido il Sultano, che la macchina da lui ordita non facesse colpo, rifò di portare da sé l'offerta della propria causa, trasferendosi in persona a Toledo, dove a quel tempo dimorava la Corona. Qui la sua ingegnosità spezzò tante ragioni, che alla fine la ritenne vincitrice e il Re non volendolo disgustare, comandò che seguitasse nella lettura il Padre Maestro Frat'Antonio di San Domenico, quantunque giunto al Filato. Ma troppo brevi furono i frutti della vittoria. Nel termine di pochi mesi se ne morì il Padre Maestro Frat'Antonio, e l'Università di Coimbra commise tolta al Dottor Rodrigo Lopez suo Agente alla Corte, che non prese alcuna opera per ottenere di nuovo il Sultano. Se lo avesse l'Agente e perché una delle poste difese addotte dal Suarez, era la tenuità delle sue forze, che non gli permetteva di leggere all'ora ordinaria, che gli sarebbe toccata, l'Agente protestò, che veramente la mutazione delle ore nelle Accademie ben regolate era odiosa, e nell'Accademia di Coimbra non aveva esempio; nondimeno per acquistare un tale Maestro, promise a nome pubblico, che gli avrebbono tutti ceduto volentieri qualsiasi ora, che a lui parebbe più comoda. Il Re interessò il sentimento dell'Università, e l'approuò assai. Ne impose un'efatta profferta, e scrisse infieme al Padre Visitatore, con dargli ragguaglio del tutto, e mostrando particolare desiderio, che si mettesse subito in esecuzione il trattato. Così fu necessitato il Suarez a portare pazienza; e il Re Filippo nell'vedere che già il Padre si accingeva per il viaggio, dati segni di godere, volle partecipare il Tuo gusto al Visitatore con altra lettera, in cui gli diceva: Molto gradito co quanto avete operato, secondo che di voi e della Compagnia devo sperare nelle occasioni di mio servizio; e a Francesco Suarez, renderete da mia parte le più gradite parole. 