Ciò fatto, il nuovo eletto convistò nel palazzo arcivescovile i personaggi di maggior grado che lo avevano cosi promosso; quando un' improvvisa turba furiosamente venne a gettarsi in mezzo a loro e a disperderli. Erano cittadini che ad ogni costo volevano disfare quella trama romana; e che non tardarono a scovare l'arcivescovo rimpiattato in un angolo, a trascinarlo duramente in chiesa di nuovo, e a farli dal pulpito con giuramento rinunziare alla dignità conferitagli. Emerobaldo medesimo, lasciato solo da' suoi nel tumulto, non poté fare altro che evadersi; e il cardinale apostolico ebbe le vesti stracciate indosso, e alla sollecita fuga dovette se di peggio non gli accadde.
Ma non credette neppure dopo ciò Gotofredo da Castiglione di poter farsi rivedere in Milano: così lui e Atto scomparvero dalla scena per alcun tempo; riconfermato questo da Roma, quello scomunicato.
Però, l'anno appresso, col favore di re Enrico, e da un concilio di vescovi lombardi avversi alle pretese di Roma, fu Gotofredo in Novara eletto nuovamente arcivescovo e consacrato; la quale cosa tuttavia non gli diede maggiore autorità nella diocesi; di modo che da ultimo gli fu forza per persuadersi che non se ne voleva di lui; e più non si fece vivo.
Intanto papa Alessandro II migrava da questo secolo (a di 21 d'aprile di quel 4073); e gli era dato successore il cardinale Ildebrando, col nome di Gregorio VII.
Questo avvenimento rianimò la parte di Emerobaldo e le speranze di Atto, il quale accorse a Roma e vi ebbe molto cortese accoglienza; ma qui poi dovette confinarsi, che neppure a lui venne mai fatto di rendersi accetto ai Milanesi. 