Nello stesso promemoria, l'Arconati si lagna pure del suo trattamento finanziario; facendo notare che l'assegno di quattro milia fiorini annui che nel suo decreto di nomina è fatto passare come pensione, egli lo percepiva già come soldo nella qualità di consigliere del Supremo Consiglio d'Italia. Invoca quindi un aumento. Si lagna poi ancora di essere stato posto nel ruolo del nuovo Piano al marchese « reggente » Erba.
In causa di divergenze col Senato e soprattutto per la mancanza di un regolamento, il Commissariato ai confini non dette quei frutti che si riprometteva il governo.
Il dissidio col Senato si acuì poi ad un punto tale che Maria Teresa dovette intervenire collassando alle parti in modo particolareggiato gli uffici loro.
Nel 1753 giunse al governo il seguente decreto che costituisce il primo regolamento per il Commissariato ai confini:

Il conte Arconati ricevette molti onori e lodi per avere disimpegnato la carica di sopraintendente dell'armata a Pavia. 