La zone des forêts est très paludéenne, notamment dans les vallées humides, constituées en cuvettes marécageuses au milieu des montagnes ; telle est la vallée de Beforona; celle de l'Angavo, bien qu'à une altitude de 1000 mètres, est éminemment insalubre ; les indigènes de race Hova y sont pour la plupart en proie à de violents accès.
Le pays de Yonizongo, à l'ouest de l'Imerina, et celui des Sihanakas, près du lac Alaotra, sont également paludéens.
Le Boéni, si humide et si marécageux, est peut-être la région la plus malsaine de Madagascar. « Je n'ai pas vu, dit le docteur Lacaze, d'Européens séjourner ici un an, sans être atteints de fièvre intermittente franche; c'est très exceptionnellement qu'ils ne le sont qu'après six mois, la grande majorité ou plutôt la presque totalité sont impaludés, je veux dire, font leur premier accès dans les trois premiers mois de séjour. »
Toutefois, il ne faudrait pas juger trop sévèrement l'insalubrité de cette région, en se basant sur la morbidité et la mortalité exceptionnelles de la
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colonne expéditionnaire, du 200e en particulier. Les troupes en campagne vivent toujours dans des conditions hygiéniques défectueuses, et les fatigues qu'elles éprouvent les rendent beaucoup plus vulnérables.
À Bego-Suarez, dans les dépendances de Sainte-Marie de Madagascar, de Nossi-Bé, etc., le paludisme constitue, comme dans tout le reste de l'île, la maladie dominante; mais les récents rapports de médecins des colonies attestent que la sévérité du paludisme y a beaucoup diminué. Dans ces régions, la forme intermittente est surtout observée en mars, avril et mai; la forme continue en janvier, février, mars et avril; ces deux derniers mois sont de beaucoup les plus insalubres. 