La France ne fit aucune difficulté de retirer ses troupes de l’Écosse, et comme ce point avait été le principal motif de la guerre, les autres furent bientôt décidés, et ne donnèrent pas lieu à de longues discussions. Les griefs de la congrégation et les demandes que les protestants faisaient à leur souverain pour en obtenir le redressement prirent un temps plus considérable. La matière était délicate, les négociations demandaient beaucoup de dextérité. Après tant d’entreprises, ordonnées par le roi et la reine, et qui tendaient ouvertement à renverser l’ancienne constitution et à détruire la religion réformée, les nobles d’Écosse, qui avaient embrassé cette doctrine, ne pouvaient pas croire en sûreté, si l’on ne mettait quelque barrière nouvelle pour arrêter, à l’avenir, les usurpations de l’autorité royale. L’embarras était de procéder, en cette occasion, par des voies légitimes. Les ambassadeurs de France pensaient qu’un traité avec des sujets, et avec des sujets rebelles, était une condescendance indigne de la majesté du trône. Leurs scrupules sur ce point auraient aussitôt rompu toutes les négociations, si l’empressement égal des deux partis pour la paix n’avait fait imaginer un expédient par lequel on espérait pourvoir à la sûreté des sujets sans déroger à l’honneur du prince. Les nobles d’Écosse consentirent à ne point parler de droits ni de privilèges, et à recevoir, à titre de grâce, ce qu’ils obtiendraient du souverain. Tous les articles nouveaux demandés par les nobles, tant par inquiétude pour leur sûreté personnelle que par zèle pour leur liberté, furent accordés au nom de François et de Marie, comme des actes d’indulgence et de munificence royale. Mais pour que ces concessions ne parussent point précaires ni sujettes à être révoquées par la même autorité d’où elles étaient émanées, les ambassadeurs de France jugèrent à propos de les insérer dans le traité fait avec Élisabeth, pour obliger ainsi le roi et la reine d’Écosse à observer inviolablement l’accord fait avec leurs sujets. Les historiens contemporains qui ont donné le détail de cette transaction confondent les concessions de François et de Marie à leurs sujets, avec le traité fait entre la France et l’Angleterre. 