La ville libre, Freetown, n'était pas encore construite qu'une maladie contagieuse vint jeter la terreur et le découragement dans les esprits. Elle fit périr presque la moitié des Blancs et décima les Noirs. Cependant, grâce à l'énergie du chef de la colonie, Clarkson, frère de celui qui le premier avait eu l'idée de sa fondation, la colonie commençait à se faire remarquer, lorsqu'en 1794 une escadre française, ne connaissant pas le but respectable de cet établissement et n'y voyant qu'une possession anglaise, la détruisit. Tout fut ravagé : les instruments scientifiques, les collections du botaniste Afzelius, la pharmacie elle-même, tout fut mis en pièces. Le gouvernement républicain blâma sévèrement la conduite du commandant de cette malheureuse expédition.

La colonie se releva de ces énormes pertes. En 1808, le gouvernement anglais acheta la concession de l'établissement à la Compagnie de Sierra-Leone; la colonie devint une propriété nationale de l'Angleterre. En 1812, une nouvelle espèce de colons fut introduite dans le pays : les Nègres trouvés à bord des navires de traite capturés par les navires de guerre anglais furent mis en liberté à Sierra-Leone. De nouvelles villes se fondèrent, Leicester en 1809, Régent en 1812, Gloucester en 1816, Léopol et Kissey en 1817; cette dernière contient un hôpital important. Charlotte, Wilberforce et Bathurst furent créés en 1818, Kent, York, Wellington, Hastings et Waterloo en 1819. 