On avait en main un prétexte pour donner un air de justice aux procédés les plus violents. Le pardon accordé par le traité de Perth ne s’étendait point aux complices des meurtres des deux régents, Murray et Lennox. On avait soupçonné le lord Jean et son frère d’être les auteurs de ces crimes ; ils avaient été compris dans le bill général de condamnation passé à ce sujet. Sans aucune sommation préalable, sans avoir entendu un seul témoin pour constater le fait, ce bill fut regardé comme suffisant pour leur faire subir toutes les peines qu’ils auraient encourues s’ils avaient été convaincus en règle. Les comtes de Morton, de Mar et d’Eglinton, avec les lords Ruthven, Boyd et Cathcart, furent commis pour se saisir de leurs personnes et de leurs biens. Sur un simple avertissement, après quelques heures de délai, un corps de troupes considérable était déjà prêt, et marchait vers Hamilton en forme d’expédition militaire. Les deux frères prirent la fuite, et après avoir couru bien des dangers, vinrent à bout de se mettre en sûreté. Mais leurs pays furent confisqués : les châteaux d’Hamilton et de Draffan furent assiégés, et ceux qui les défendaient furent punis. Le comte d’Arran, incapable par son état actuel de commettre aucun crime, fut, par un abus honteux de la loi, enveloppé dans la ruine générale de sa famille, et resserré dans une étroite prison, comme si étant en démence il pouvait être déclaré coupable de rébellion. Ces procédés si contraires aux principes fondamentaux de la justice furent tous ratifiés dans le parlement suivant. Vers ce même temps, Marie écrivit une lettre à son fils : elle la lui envoya par Navé, son secrétaire, avec quelques bijoux de prix, et une veste qu'elle avait elle-même brodée de sa main. Mais comme dans la suscription de la lettre elle ne donnait à Jacques que le titre de prince d’Écosse, Navé fut renvoyé sans avoir été admis à l’audience du roi. Élisabeth n’avait alors aucun sujet de craindre les entreprises des princes papistes en faveur de Marie; cependant elle gardait toujours sa prisonnière avec beaucoup de soins et d’inquiétudes. La conquête du Portugal d'une part, et de l’autre la défense des Pays-Bas, occupaient entièrement les conseils et les armes de l’Espagne. 