Désenchanté par la débâcle du vieux catholicisme, Doellinger s'aperçut qu'il restait seul entre les ruines de cette secte et le roc plus inébranlable que jamais de l'Eglise romaine. Ce spectacle l'attrista profondément, mais l'humilité lui manquait pour revenir sur ses pas. Il voulut jouer jusqu'à la fin son rôle de Tertullien catholique. Suspendu de ses fonctions ecclésiastiques, il se soumit scrupuleusement à ces peines du droit canon et ne célébra plus jamais la messe. De hauts personnages ont essayé plusieurs fois de le ramener à la soumission. Le cardinal Hohenlohe, Mgr Steichele, l'archevêque de Munich, qui est mort récemment, ont visité l'illustre vieillard pour lui rappeler ce passé qui a été si glorieux pour lui. L'année dernière, l'abbé Duchesne fit une tentative analogue. Doellinger a toujours reçu ses visiteurs catholiques avec un aimable sourire, sans récriminations, mais aussi sans leur laisser d'espérance.

Le malheureux prêtre est mort subitement, peut-être sans avoir eu le temps de se reconnaître, en tout cas sans avoir rétracté ses erreurs. La Providence lui avait ménagé de larges délais comme pour l'inviter à venir à résipiscence. Avant le coup suprême elle lui a envoyé un solennel avertissement qui s'appelait l'Influenza. Rien n'y a fait, le vieillard s'est enfoncé dans son obstination. Enfin, la mesure était pleine, l'heure de la justice allait sonner. La mort est venue foudroyante, au moment où tous les journaux d'Allemagne annonçaient que Doellinger était remis de son indisposition. 