Finché il Borromeo si era ristretto a provvedimenti che potessero, almeno in apparenza, sembrare di sua spettanza, aveva bensì creato generale scontento, ma pochi osavano manifestarlo. L'opposizione dell'autorità regia e cittadina apparve e scoppiò in aperta ostilità, quando il Cardinale, interpretando e applicando dispoticamente, a suo modo, le discipline del Concilio di Trento, sulla giurisdizione, e dimenticando i grossi conflitti avuti coi precedenti Governatori, volle di nuovo arrogarsi l'autorità di provvedere ai negozi dei laici, opponendosi ancora che alcun rappresentante regio assistesse alle congregazioni delle confraternite, e che i confratelli si scoprissero dal cappuccio, nell'uscire in pubblico. Così accadde quando si ostinò a portare la sua mano sulle rendite degli Ospedali e di altri Luoghi Pii ed a disporne come cosa propria, ad escludere dalla loro amministrazione i benemeriti cittadini laici per sostuirvi chierici; quando, infine, volle disciplinare a suo capriccio, la seminagione e coltivazione dei risi, la circolazione dei grani, i pubblici spettacoli, il corso e le allegrie del popolo, il modo di vestire, gli ordini degli alberghi per l'alloggio dei forestieri, i giochi, le meretrici o altro, che, per legge e per consuetudine, appartenevano al potere laico, facendo arrestare i contravventori. Per siffatti modo creò un governo nello stesso governo della pubblica cosa, senza riscontro, con facoltà maggiore, e più dell'altro temuto e per la doppia autorità ch'egli esercitava, e per la tirannia con cui lo faceva, che fu tale come non si era mai visto in Milano nemmeno al tempo dei Duchi più dispotici e crudeli.

E poiché le premure e i buoni uffici di egregi cittadini, per indurlo a più miti consigli, non erano punto riesciti a rimoverlo dai suoi propositi, e ad impedire ch'egli andasse di mano in mano sconvolgendo tutte le istituzioni, e riempiendo gli ospedali di molti mutilati dalle torture e sevizie dei suoi tribunali, e poiché i diversi oratori mandati a Roma, sia per impedire la reclusione forzata delle zitelle, e l'esecuzione del decreto di scioglimento della congregazione degli Umiliati, per appropriarsene i beni, non avevano raggiunto alcun effetto, i nostri maggiorenti persero la pazienza, e, con tristo consiglio, si lasciarono trascinare ad opporvisi energicamente. Associarono pertanto le proprie forze a quelle del governatore. 