Questa venne inalzata sotto la direzione dell'architetto Arnolfo, e le sue cappelle furono terminate da Giorgio Vasari. Ottenne pure per le Monache del secondo Ordine il monastero di Monticelli, ove mandò la sorella della sua primogenita S. Chiara, la Beata Agnese, per dirigere e reggere le buone fiorentine, che facevano a gara nel raccogliersi per la riforma e santità del loro sesso. Fu qui infatti che fiorirono una S. Umiliana de' Cerchi, le BB. Chiara, Giovanna e Lucia Ubaldini, la Beata Costanza, o Picca da Donati, di cui canta in più luoghi del suo divino poema Dante Alighieri; la Beata Filippa Medici, e molte altre fiorentine, che dovevano illustrare e riformare il debile sesso, non solo in Firenze, ma in tutta la Toscana. In questa chiesa S. Francesco cantò il vangelo come diacono nella Messa solenne, e la stola ed il libro dei Vangeli furono, unitamente ad altre reliquie, traslocate in altro monastero presso S. Croce dalle monache, quando per i pericoli delle guerre civili dovettero abbandonare Monticelli e rifugiarsi in città. Oltre al primo e secondo Ordine, il servo di Dio aprì due grandi congregazioni, una di uomini, e l'altra di donne, nelle quali la maggior parte dei fiorentini, non escluso il divino poeta Dante Alighieri, si ascrissero al terzo Ordine di penitenza in cui fiorirono tanti buoni servi di Dio in tutti i tempi, e ciò non solo in Firenze, ma in tutta la Toscana, come vedremo nel catalogo dei BB. e Santi francescani della nostra Etruria. In seguito i figli di S. Francesco ebbero l'Ospizio della Misericordia da essi sempre diretto. 