Cependant François n'avait pas cessé d'avoir un gîte au cloître de Saint-Benoît-le-Bétourné, chez Guillaume de Villon, le bon chapelain. Un soir d'été, le 5 juin 1455 — c'était le jour de la Fête-Dieu — il prenait le frais, vers les neuf heures, sous le cadran de l'église collégiale de Saint-Benoît, en compagnie d'un prêtre et d'une femme du nom d'Isabeau, et conversait avec eux, lorsque survinrent un autre prêtre nommé Philippe Sermoise (ou Chermoye) et un jeune maître ès arts, natif du diocèse de Tréguier, qu'on appelait Jean le Merdi. Philippe arrivait dans un état d'exaspération furieuse contre Villon, et bien que celui-ci eût cherché à le calmer en lui faisant bon accueil, il le frappa de sa dague et lui fit à la bouche une entaille qui laissa une marque indélébile. Les deux adversaires étaient alors complètement seuls, car leurs compagnons avaient vidé la place pour ne point se compromettre en une querelle qui promettait d'être sérieuse, et Villon, pour éviter quelque nouveau coup, tirant aussi sa dague, en frappa sans résultat le prêtre à l'aine. Jean le Merdi, qui revint sur ces entrefaites, désarma Villon, et le pauvre maître ès arts, poursuivi et menacé de nouveau, jeta au visage de son agresseur une pierre qu'il tenait à la main droite; il parvint ensuite à gagner la demeure d'un barbier pour s'y faire panser. Pendant ce temps, Philippe, grièvement blessé par la pierre, gisait sur le théâtre de la rixe, d'où il fut porté dans la prison de Saint-Benoît. Il y reçut la visite d'un examinateur au Châtelet : questionné par celui-ci, il ne semble pas avoir tenté de charger Villon; tout au contraire, en raison de certains motifs, il aurait déclaré lui pardonner sa mort. Transporté le lendemain vendredi à l'Hôtel-Dieu, il expirait le jour suivant. C'est ainsi du moins que le meurtrier racontait la rixe. 