Peu de provinces furent éprouvées d'une manière aussi cruelle. Périgueux était une place importante que chaque parti devait naturellement essayer d'emporter. La lutte fut aussi souvent concentrée dans cette malheureuse ville. Dévouée au parti du roi, elle fut surprise en 1575 par Langoiran et Yvans, chefs protestants, qui s'y établirent. Elle devint même une des places de sûreté des religionnaires, en vertu de l'édit de 1576; et ils la gardèrent jusqu'en 1581, époque à laquelle elle retomba au pouvoir des catholiques. La plupart des villes importantes de la province éprouvèrent les mêmes vicissitudes que la capitale. Bergerac, qui tout d'abord devint le boulevard du protestantisme, fut pris par les catholiques en 1562, mais ils en furent chassés un an plus tard. Cette malheureuse ville fut prise et reprise plusieurs fois encore, jusqu'à ce qu'elle fut obligée de se rendre à Louis XIII qui en fit raser les fortifications, pour la punir de s'être associée au sort des ducs de Rohan et de la Force, chefs du parti protestant. Bibérac et Nontron n'échappèrent pas non plus au fléau de la guerre. La première, en 1568, servait de refuge aux débris des troupes des réformés qui, sous les ordres de Mouvans, avaient été battus par le duc de Montpensier, dans les environs de Mensignac. En 1584, le duc de Bouillon s'y établissait avec les religionnaires, et Nontron, qui de 1556 à 1566 avait soutenu plusieurs sièges contre les Anglais, était pris d'assaut par Coligny, à la tête des réformés français et des reîtres réunis, malgré l'énergique défense qui lui fut opposée, et mis à sac par le vainqueur. En 1592, les villes du Périgord, entre autres Périgueux, subirent l'influence de la Ligue; mais à l'avènement de Henri IV toute velléité de rébellion disparut. Quand éclatèrent les troubles de la Fronde, alors que Sarlat chassait le prince de Condé qui était entré dans ses murs et y avait mis garnison, Périgueux se voyait imposer par le même prince une garnison commandée par le marquis de Chanlost, homme de talent, mais cruel. Le marquis de Chanlost conserva cette ville au prince de Condé, jusqu'au jour où Joseph Bodin, aidé de quelques citoyens intrépides, la remit sous l'autorité du roi. 