Accomandato da lui fu accolto maravigliosamente bene dalle autorità turche ed ottenne la permessa di seguire i pascià di Tunisi e di Algeri nella loro spedizione annuale per la parte meridionale dell'impero, onde riscuotere le imposte; a proteggere le sue erborizzazioni gli è stato accordato un turco che lo accompagnava armato di fucile. In un mondo Desfontaines percorsa tutte le regioni di Tunisi e dell'Algeria, dalla costa mediterranea sino alle sommità del Sahara Atlantico, ed anche più lungi; poiché le sue esplorazioni si estesero sino al versante dell'Atlante che guarda il Sahara. Dopo due anni di soggiorno negli stati barbareschi ritornò a Parigi nel 1785. Lemonnier si dimise in suo favore dal titolo di professore al giardino delle piante, e Buffon, a cui spettava l'elezione, gli diede la carica, dopo aver per due giorni resistito nella scelta, fra il protettore ch'ei non amava, ed il protetto a cui voleva render giustizia. Desfontaines avendo in tal guisa fissata la sua posizione congiuntamente degli oggetti relativi alla sua specialità, e la vita non offre in qualche modo velocità incidente. La preparazione dei suoi corsi, cioè non solo delle sue parole e dell'ordine con cui espose le lezioni, ma delle piante stesso che descriveva e denominava gli prendeva la maggior parte del suo tempo. L'altra era impegnata nella pubblicazione del suo viaggio; il retato nel porre in ordine le gallerie del gabinetto di botanica, a riconoscere e far conoscere gli oggetti nuovi e rari, a combattere le denominazioni erronee e frequenti nei giardini botanici. L'epoca della rivelazione i corsi per esso scorsi pericoli, e rifuggiva si ordinarmente nel santuario della biblioteca e del laboratorio. Egli non usciva che due volte, ed ogni volta per nobili azioni. La prima per visitare nel fondo della sua prigione l'abile geologo Ramond, la seconda per adoperarsi onde strappare alla morte Lerelier, presentandolo come il solo uomo capace di pubblicare le collezioni raccolte da Dombey. Allorché ritornarono i tempi migliori, riprese il suo posto al giardino delle piante ed entrò all'Istituto. Fu creato membro della Legione d'onore allorché fu istituita. Il suo matrimonio nel 1814, con una povera giovanda, sembrò bizzarro per proporzione delà. 