Aveva il Papa in questo tempo, pregatone molto dalla famiglia dei Carafa, fatto rivedere il processo di Don Carlo, già Cardinal Carafa, condannato di Maestà di offesa, e ucciso per via di giustizia, con disonore di tutta quella nobilissima famiglia; e trovato in parte con alcun difetto, per sentenza giuridica fece assolvere il Cardinal e rendere onore a lui e tutta sua casa; e alcuni di quelli, che si erano trovati a condannarlo, si trovarono poi ad assolverne la memoria, volgendosi spesso i giudici secondo che vogliono i tempi e gli appetiti dei Principi. Intanto il Papa, come è costume dei nuovi Pontefici, attendeva ad udire gli ambasciatori mandati a rendergli ubbidienza; al Granduca d'Aghilara, uno dei principali Signori di Spagna, e i Veneziani gli destinarono quattro gentiluomini della loro nobiltà, fra i quali udendo dovere essere Niccolò da Ponte, fece intender loro, che non gliene mandassero, avendolo per uomo che disprezzasse l'autorità del seggio Pontificale; né voleva concedergli alcune decime, che riscuotevano dal Clero, parendogli che facessero troppo a sicurezza co' beni delle Chiese; onde quella Signoria il tolse di quel numero, e gli mandò altri tre, i quali secondo il costume loro con molta pompa gli resero l'ubbidienza. Fece il medesimo il Duca e il Principe di Firenze, mandando sei suoi ambasciatori fra i primi della città, e uno di essi Agnolo Guicciardini, il quale fece l'orazione della cerimonia; mandò il Duca di Ferrara Don Francesco da Este, che fece il medesimo, e riconobbe insieme il federo dalla Chiesa. 