La classification des végétaux et des animaux que suppose l'Hexamèron n'a aucune importance scientifique, ce qui n'a rien d'étonnant. Moïse veut dire que Dieu a créé toutes les plantes et tous les animaux, et, pour expliquer ce mot « tous », il lui suffit parfaitement de faire une énumération quelconque : verdure, herbes, arbres, — animaux aquatiques, aériens et terrestres, animaux grands et petits, domestiques et sauvages. La botanique et la zoologie ont d'autres méthodes, mais la Bible n'avait aucun motif de s'en servir. Le groupement méthodique du règne végétal et animal n'est donc point du ressort de l'exégèse et n'est d'aucun intérêt pour la Bible.
D'ailleurs ces classifications des savants sont généralement artificielles; une seule division est regardée par la plupart des savants comme naturelle et comme fondée sur la réalité, c'est celle de l'espèce. Nous allons étudier plus particulièrement cette notion. On appelle espèce la totalité des individus organisés dont les propriétés essentielles sont identiques. A la vérité, il est souvent très difficile de déterminer quelles propriétés sont essentielles ou non. La solution de cette question dépend d'une foule de points d'une grande variété ; par exemple, pour les végétaux, s'ils sont phanérogames ou cryptogames, s'ils sont herbacés ou dendroïdes, s'ils portent des feuilles ou des épines, des fleurs détachées ou des ombelles, etc. ; pour les animaux, s'ils vivent sur la terre ou dans l'eau, si c'est dans l'eau douce ou dans l'eau salée, s'ils sont ovipares ou vivipares, etc. 