Un point très important, c'est le choix exact de l'espèce particulière dont l'homéopathie fait usage. On a cru souvent introduire dans la pratique une amélioration réelle en substituant, ou proposant de substituer aux substances usitées d'autres substances qu'on regardait comme plus pures ou plus énergiques. Quelques bonnes que soient ces modifications sous le rapport scientifique, il n'en est pas moins certain que le moindre changement essentiel apporté dans la préparation d'un médicament peut porter atteinte à la sûreté de la pratique. Ce qui importe aux praticiens, ce n'est pas toujours que la préparation soit plus ou moins scientifique, mais bien qu'elle soit pareille à telle qui a servi aux expérimentations ; et plus en ce sens sa conformité sera grande, plus la préparation sera parfaite pour le but qu'elle doit remplir. C'est ainsi, par exemple, que pour obtenir le Calcarea, l'hydrogène carbonate de chaux, tel que l'homéopathie l'emploie, il faut absolument préparer l'écailler d'huître comme Hahnemann le prescrit, quoique cette préparation soit loin de contenir du carbonate de chaux pur. C'est ainsi encore que le quinquina, l'opium, la noix vomique, etc., tels qu'ils servent à préparer les teintures du même nom, ne peuvent jamais être remplacés sans inconvénients par la quinine, la morphine, la strychnine, etc., bien que ces dernières substances soient réputées contenir les principes actifs des premières à l'état pur.
Celui qui prépare des médicaments homéopathiques doit avoir soin : de choisir un lieu dont la température ne soit pas trop élevée; de garantir les substances sur lesquelles il opère contre l'action directe des rayons solaires ; de veiller à ce que l'atmosphère dans laquelle il est placé soit exempte de toute émanation médicinale. Il est important aussi que les mains de l'opérateur soient pures de tout contact récent avec des substances médicamenteuses ou odorantes. 