En 1860, il accompagnait le baron Minutoli en Perse, où il venait d'être nommé ambassadeur et, en 1864, il était nommé lui-même consul au Caire. Il fut dans la suite nommé professeur ordinaire de langues orientales à l'université de Göttingen; puis, en 1868, professeur public à la faculté de philosophie de la même université. En septembre 1869, le professeur Brugsch retournait en Égypte et il fut question à cette époque du remplacement de notre compatriote Mariette, comme conservateur des collections égyptiennes de Boulak (près du Caire) par le savant égyptologue prussien, qui fut créé successivement bey et pacha par le khédive. Il quitta l'Égypte en 1881 et fut chargé d'un cours d'égyptologie à l'université de Berlin.
M. Brugsch a publié: Histoire de l'Égypte depuis les temps les plus reculés; une Grammaire et un Dictionnaire démotiques et hiéroglyphiques; Matériaux pour servir à la reconstruction du calendrier des anciens Égyptiens; Recherches relatives aux monuments bilingues des anciens Égyptiens; Recueil de monuments égyptiens dessinés sur les lieux; Traduction de deux papyri bilingues, hiératiques et démotiques; les Inscriptions géographiques des anciens monuments égyptiens. Ces ouvrages ont été écrits en français. Les ouvrages en allemand de M. Brugsch sont: Reiseberichte aus Ägypten (Journal de voyage en Égypte); Reise der Königlich Preußischen Gesandtschaft nach Persien (Voyage de l'ambassade prussienne en Perse); Reiseberichte aus dem Orient (Relation d'un voyage en Orient, dans l'Asie mineure et la Péninsule du Sinaï); etc. Il a fondé en 1864 un journal de langue et d'archéologie égyptiennes: Zeitschrift für Ägyptische Sprache und Altertumskunde. — M. Brugsch a pris une part importante au Congrès international des orientalistes tenu à Londres en septembre 1874. 