상가 매매에 따른 부가가치세 처리 문제 작년 12월에 상가를 분양 받아 1년간 임대사업자로 하다가 임차인은 장사가 안되서 정산해서 나갔고,이 상가를 취득세 등록세 경비를 손해보고 분양가로 팔았습니다. 헌데 매수인이 계약 당시에는 임대사업을 할거라고 하더니, 이후 자신이 직접 사업을 운영하겠다고 마음을 바꾸었습니다.매매 계약서 상에는 서로 잘 몰라서 부가세에 관한 언급이 없었고, 다른 사람이라면 우리가 세금계산서를 발행해 주면 환급을 받으면 되지만, 자신은 의료업(치과) 하는 사람이라 부가세 환급을못받는다면서 우리에게 부가세를 못 주겠다고 합니다. 1월 20일이 잔금 치르는 날짜인데 서로 실강이 하고 있습니다. 분양 받을 당시 1,400만 원 정도를 부가세 환급을 받았는데, 모두 추징당하나요? 상가 매매 시 부가세에 대한 언급이 없었을 경우 대체로 관례가 어떤가요? 저희 담당세무사님은 처음에는 당연히 매수인이 내는 것이라고 하시다가 계약서 상에 부과세 별도 조항이없다고 우리가 내야한다고 합니다. 그러나 다른 세무사님(전미진 세무사)께서 2008년 전에는 계약서상 별도 부가세 언급이 없으면 매도자가 부가세를 부담했었는데, 최근 계약서상 부가세별도조항이 없어도 매수인이 부담하는 판례가 많다고 합니다. 저희는 어떤 경우인가요? 도와주세요. 제발. 어떡합니까? 판례내용을 첨부합니다.Home >국세정보서비스> 법령 정보> 판례 부가가치세가 포함되지 아니한 건물 낙찰대금은 매입세액을 공제할 수 없음. 문서번호 : 대법원 2003다49153, 판결일자 : 2004-02-13 판시 사항 낙찰대금에 그 부동산의 낙찰에 대한 부가가치세가 포함되어 있지 아니한 경우에는 낙찰인 이 거래 징수를 당하는 매입세액 자체가 없으므로 낙찰인이 낙찰대금에 부가가치세가 포함되어 있다는 전제 아래 경매 부동산의 소유자로부터 세금계산서를 받아 제출하였다고 하더라도 부가가치세의 원리상 이를 매입세액으로 공제할 여지가 없는 것이고, 이러한 법리는 경매 부동산의 소유자가 부가가치세법상의 사업자인 경우에 그 경매와 관련하여 부가가치세를 납부할 의무를 부담하게 된다고 하여 달리 볼 것은 아니므로(대법원 2002.5.14.선고 2002두 1328 판결, 1996.5.10.선고 95누9136 판결 등 참조), 피고가 경매절차 외에서 임의로 부가가치세의 거래징수에 응하여 그 부가가치세 상당액을 원고에게 별도로 지급하지 않는 한, 원고가 그 부가가치세를 신고 납부하였다고 하더라도 그 매입세액을 공제받을 수는 없음. 거래 당사자 사이에 부가가치세를 부담하기로 하는 약정이 따로 있는 경우에는 사업자는 그 약정에 기하여 공급을 받는 자에게부가가치세 상당액의 지급을 청구할 수 있는 것이고, 부가가치세 부담에 관한 위와 같은 약정은반드시 재화 또는 용역의 공급 당시에 있어야 하는 것은 아니고 공급 후에 한 경우에도 유효하며,또한 반드시 명시적이어야 하는 것은 아니고 묵시적인 형태로 이루어질 수도 있다(대법원 2008.11.22.선고 2008다 38828 판결, 2002.11.12.선고 99다33984 판결 등 참조).판결요지 1. 낙찰대금에 그 부동산의 낙찰에 대한 부가가치세가 포함되어 있지 아니한 경우에는 낙찰인이거래징수를 당하는 매입세액 자체가 없으므로 낙찰인이 낙찰대금에 부가가치세가 포함되어 있다는전제 아래 경매 부동산의 소유자로부터 세금계산서를 받아 제출하였다고 하더라도 부가가치세의원리상 이를 매입세액으로 공제할 여지가 없는 것이고, 이러한 법리는 경매 부동산의 소유자가 부가가치세법상의 사업자인 경우에 그 경매와 관련하여 부가가치세를 납부할 의무를 부담하게 된다고 하여 달리 볼 것은 아니므로(대법원 2002.5.14.선고 2002두 1328 판결, 1996.5.10.선고 95누9136 판결 등 참조), 피고가 경매절차 외에서 임의로 부가가치세의 거래징수에 응하여 그 부가가치세 상당액을 원고에게 별도로 지급하지 않는 한, 원고가 그 부가가치세를 신고납부하였다고 하더라도 그 매입세액을 공제받을 수는 없는 바, 그럼에도 불구하고 피고가 원고가 신고납부한 부가가치세액 상당을 매입세액으로 공제받은 것은 일응 법률상 원인 없이 이익을 얻은 것이라고 할 수는 있다. 그러나 부가가치세법 제2조 제1항은 사업상 독립적으로 재화 및 용역을공급하는 자(사업자)를 부가가치세 납세의무자로 하고 있으므로, 사업자가 공급을 받는 자로부터실제로 부가가치세 상당액을 거래 징수를 하였는 지의 여부나 거래 징수를 하지 못한데 대한 책임의 유무 및 징수 가능성 등을 따져 부가가치세 납세의무의 유무를 가릴 것은 아니라 할 것이고, 따라서 부동산 경매에 있어서 경매 실시기관인 법원이 경락인으로부터 부가가치세를 거래징수하지 아니하였다 하여 그 소유자에게 부가가치세 납세의무가 없다고 할 수 없으므로(대법원 2005.2.27.선고 97누7547 판결, 2002.7.12.선고 90누6873 판결 등 참조), 원고가 부가가치세를 납부한 것은 국가에 대한 납세의무라는 원고의 법률상 의무를 이행한 데 따른 것이다.위와 같이 피고가 원고가 신고납부한 부가가치세 상당액을 매입세액으로 공제받은 것은 과세 관청이 그 낙찰대금에 이 사건건물의 낙찰에 대한 부가가치세가 포함되어 있는지 여부 및 낙찰인인피고가 거래징수를 당한 매입세액이 있었는지 여부에 대한 판단을 그르쳐 그 매입 세액 공제를 받아들인 데에 기인하는 것이지, 원고가 그 부가가치세를 신고납부하였기 때문은 아니며(원고가피고의 요구에 의해 세금계산서를 교부한 사실까지 합쳐보아도 마찬가지이다), 더욱이 피고가 매입세액 공제라는 이익을 얻은 것이 원고의 부가가치세 신고납부라는 재산 출연행위로 인한 것도 아니므로(원고가 피고의 요구에 의해 세금계산서를 교부한 것을 재산 등 출연행위로 볼 수도없다), 피고가 법률상 원인 없이 원고의 재산으로 인하여 이익 을 얻고 이로 인하여 원고에게 손해를 가하였다고 할 수는 없다. 이 사건에 있어서 원고의 손해와 피고의 이익 사이에는 부당이득의 법리가 요구하는 직접적인 원인관계가 존재하지 않는다고 한 원심의 판단은, 일부 적절하지 않은 점은 있으나, 그 결론은 옳은 것으로 수긍이 가고, 거기에 부당이득에 있어서의 인과관계에 관한 법리를 오해한 위법이 있다고 할 수 없다.2. 거래당사자 사이에 부가가치세를 부담하기로 하는 약정이 따로 있는 경우에는 사업자는 그 약정에 기하여 공급을 받는 자에게 부가가치세 상당액의 지급을 청구할 수 있는 것이고, 부가 가치세 부담에 관한 위와 같은 약정은 반드시 재화 또는 용역의 공급 당시에 있어야 하는 것은 아니고 공급 후에 한 경우에도 유효하며, 또한 반드시 명시적이어야 하는 것은 아니고 묵시적인형태로 이루어질 수도 있다(대법원 2002.11.22.선고 2002다 38828 판결, 1999.11.12.선고 99다 33984 판결 등 참조). 그러나 우선, 기록에 비추어 살펴보면, 통상적으로 피고와 같은 입찰자는낙찰대금에 부가가치세가 포함되지 않는 경우, 낙찰대금과는 별도로 당연히 부가가치세를 부담하여야 한다는 점을 알면서 경매에 참여한다거나, 낙찰대금에 부가가치세가 포함되지 아니한 경우는 일반적인 거래에서 부가가치세 별도라는 조건 하에 매매가 이루어진 것과 동일하게 보아야한다는 원고의 주장을 뒷받침할 만한 자료는 보이지 아니한다. 더욱이 원심이 판시한 바와 같이,원고는 이 사건 건물의 낙찰대금에 부가가치세가 포함되어 있는 것으로 생각하고, 이를 전제로 세금계산서를 교부하였다는 것이므로[이와 관련하여 원고는, 원고는 일단위 부가가치세를 신고,납부하고, 이를 경락대금을 배당할 때 정산 받고자 하였다고 주장하였다(기록 10, 62쪽)], 피고가원고에게 이 사건 세금계산서의 교부를 요구한 것을 두고 낙찰대금과는 별도로 부가가치세를 부담하겠다는 의사를 원고에게 표시하고, 원고가 이를 승낙함으로써, 경매절차 외에서 별도로 부가가치세 상당액을 거래징수 하기로 하는 명시적 또는 묵시적 합의가 성립하였다고 볼 수도 없다.같은 취지의 원심의 판단 또한 옳은 것으로 수긍이 가고, 거기에 부가가치세 지급약정의존부에 관하여 채증법칙을 위배하는 등으로 사실을 오인한 위법이 있다고 할 수 없다.3. 그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여 관여 법관의 일치된 의견으로주문과 같이 판결한다.참 고】 참조조문: 부가가치세법 제2조 제1항 참조판례: 대법원 2002.5.14.선고 2002두 1328 판결, 대법원 1996.5.10.선고 95누9136 판결, 대법원 1998.2.27.선고 97누7547 판결, 대법원 1991.7.12.선고 90누6873 판결, 대법원 2002.11.22.선고 2002다 38828 판결, 1999.11.12.선고 99다 33984 판결 등 관련법령부가가치세법 시행령 제58조(위탁판매 등의 경우의 세금계 산서의 교부) 제6항
안녕하세요.1. 위 판례에서도 언급되어 있는 바와 같이 부가가치세를 매매대금고 별도로 할지 여부는 반드시   명시적일 필요는 없고, 묵시적인 합의에 의하여도 할 수 있습니다.    상담사례의 경우에는 부가가치세에 대하여 별도규정은 없어도 매도인이 부가세를 환급받은    입장에서 매수인에게 그와 같은 사정을 언급하면서 임대사업자를 할지를 문의하였고, 매수인이   임대사업자로 한다 하여 매매계약을 체결하였던 것이므로, 당사자 사이에는 부가가치세는    별도로 한다는 묵시적인 합의가 있었다고 해석됩니다.2. 결국, 법률적으로 할 경우, 위 사건의 해석이 문제될 것인 바, 매도인이 임대인인 사정, 그와   같은 사정 때문에 매수인에게 그와 같은 사정을 통지한 점 등으로 비춰보면 매매과정에서    그 점이 언급되었던 것으로 객관적으로 판단될 여지가 있습니다.3. 증거관계에 의하여 입증되면 승소할 것이고, 증거로 납득시키지 못하면 패소할 것입니다.    승소가능성은 70% 이상으로 여겨집니다.   다만, 딱 어느 경우에 해당한다 할 수 없습니다. 사건파악을 통해 나름의 결론만 도출할 수    있을 뿐입니다. 행운을 빕니다.