조합원 입주권 취득에 의해 일시적으로 1가구 2주택이 되는 경우 양도소득세 누가 지불하여야 하나요? 법률적 해석을 부탁드립니다. 2006년 6월경 재건축정비사업조합으로부터 소유권 이전등기’라는 소송을 제기 받았습니다.소송에 배경은 재건축조합이 결성되어 진행 중 분양을 받을 조합원과 분양을 받지 않는,다시 말해서 현금청산을 원하는 조합원으로 나누어 졌습니다.그런데 현금청산자가 약 20명(당시 현금청산자가 6명이상이며 임대주택의 무조건에 해당됨) 정도 되었는데 조합에서 이럴 경우 재건축 진행 시 임대주택 의무조건에 해당된 관계로 현금청산자를 회유하였습니다.그래서 조합에서 현금청산자에게 일단 분양을 받고 추후 현금청산자로 인정한다고 하였습니다.순진한 현금청산자는 조합에 말을 믿고 일단 분양을 받고 후 현금청산을 요청하였습니다.그런데 조합은 당초에 약속대로 이행하지 않고 분양 받은 자로 취급한 것입니다.이에 현금청산자들이 반론을 제기하자 결국 조합은 소유권이전등기라는 소송을 제기하였습니다.이후 소송이 진행 중 조합과 현금청사자들과 합의서를 작성 후 소송이 취하 되었습니다.이 합의서에 여러 가지 조항이 있는데 특별한 문제점이 없는데 본인이 질의하고자 하는 이 조항만 문제가 되고 있습니다.<문제 조항> 후에 신탁 등기로 인하여 양도소득세가 부과될 경우 신탁된 부동산 부분에 한하여 원고 조합이 부담한다.<질의> 당시 현금청산자와 조합과 소송이 취하되면서 현금청산을 받았습니다.대신 현금청산자들이 소유하고 있는 주택에 대해서는 재건축공사가 공정율 80%가 진행되면 조합으로 소유권 이전하기로 약속하였습니다.그 이유는 당시 소송 취하 후 현금청산자 소유의 주택을 조합으로 매매를 원인으로 한 소유권 이전 시 다시 임대주택 의무조건에 해당된 관계로 이 조건을 피하기 위한 방법이었습니다.이후 공정률 80% 진행되고 있던 중 조합이 소유권 이전 요청이 와서 필요한 서류를 준비하여조합측과 만났는데 위 문제 조항에 대해서 조합과 현금청산자간에 해석이 달리되었습니다.조합은 당시 재건축 주택을 소유하고 있다가 조합에 협조하는 과정에서 후에 1가구 2주택에해당된 분들만 조합에서 양도소득세가 발생 시 대납하고 처음부터 1가구 2주택인 분들에 대해서는 양도소득세가 발생되어도 대납하여 줄 수가 없다고 합니다.합의서 작성 시에 위 문제조항에는 처음부터든 후이든 구체적이 주택수 조건에 대한 명시가 없었습니다.이럴 경우 조합이 말하는 후에 1가구 2주택이 맞는지 아니면 처음부터 1가구 2주택자도 해당되는지 알고 싶습니다.&#8226; 조합 : 재건축 아파트 소유 + 후에 주택소유로 인하여 1가구 2주택 &#8226; 현금청산자 : 주택소유 + 후에 재건축 아파트 소유로 인하여 1가구 2주택
현재 소득세법은 1주택을 보유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 다른 주택을 취득한 날로부터 2년 이내에 종전 주택을 양도한 때에는 1주택만을 보유한 것으로 보며, 조합원입주권을 대체 취득한 경우에 입주권 취득후 1년 이내에 1세대 1주택 비과세 요건을 갖춘 종전 주택을 양도하는 경우 등 일정한 경우에는 1주택만을 보유한 것으로 보아 양도소득세가 과세되지 않습니다.따라서 조합원 입주권 취득 후에 그 입주권에 의해 일시적으로 1가구 2주택이 되는 자들은 위 요건에 해당한다면 비과세되므로 조합은 양도소득세의 부담이 없게 됩니다.그러므로 조합이 양도소득세를 부담하는 경우는 처음부터 1가구 1주택 요건을 갖추고 있지 아니한 조합원들이 될 것이므로  합의서 조항 문구상는 처음부터 1가구 2주택인자를 포함하는 것으로 보는 것이 합리적인 해석이 될 것으로 판단됩니다.