부동산 등기 변경과 부가가치세 환급 경기도 파주시에 교회 용도로 사용하고자 아파트 단지 상가를 담임목사 명의로 계약하여서 매입하고(잔금지급 2001년 1월30일)실수로 담임목사 개인 명 의로 등기(11월30일 등기필)하였습니다.시청 담당자의 말에 의하면 교회로 사용되고 있다할지라도 교회 명의가 아니 고 담임목사 명의로만 되어 있을 경우는 등록세등의 면제가 되지 않은다고 하는데 이 경우 변경 등기 하여서 등록세를 환급받을 수 있는 방법은 없는지요?2.교회 용도로 구입한 상가의 경우 교회를 사업자로 세무서에 등록하면 부가가치세를 환급 받을 수 있다고 하는데 환급 신청 기간에 제한이 있는지요 ?만일 기간이 넘은 경우는 환급 받을 수 있는 방법은 없는지요 ?(분양받은 상가는 6월9일에 사용승인이 났고 부동산 소유권 보존 등기는 7월 18일에 났으며 교회는 시설 등의 문제로 12월체에 시작했습니다.이경우 지 금 사업자 등록을 한다면 부과가치세법 제3조 2항이 적용되어 환급 대상이 되는 것이 아닌지요)
1. 등기절차를 이행하면서 목사님 명의의 관인계약서 등이 있는 한 변경등기의 사유가 되지 않을 듯 싶으며, 새로운 이전등기를 하게되는 경우 오히려 양도소득세등의 부담만 더 않게 될 수 있습니다.2. 부과세환급은 부과세를 납부할 당시에 사업자여야 하므로 소급하여 환급을 받을 수는 없을 것으로 사료됩니다.