NER on hematologic pathology notes
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BERT models for corpus validation as dscribed in our paper.
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<PathologyFindingsAnnotation>
<TEXT><![CDATA[NACHBERICHT : In den ergänzenden Immunfärbungen zeigen die diffusen blastären Infiltrate eine homogene und kräftige Expression von CD20 und von CD10 in Abwesenheit von CD3, BCL-2 und TdT. Ihre Ki67-Proliferationsrate (MIB-1) beträgt mehr als 95% bis lokal annähernd 100%. Abschließend zusammengefasst handelt es sich um eine diffuse Knochenmarksinfiltration durch die klinisch- anamnestisch bekannte B-Zell-Neoplasie, die sich am hier vorliegenden Material als ausgesprochen proliferationsaktives, aggressives B-Zell-Lymphom mit ausgedehnten Nekrosen darstellt. Begleitend eine geringgradige retikuläre Markfibrose, eine nahezu vollständige Verdrängung der ortsständigen Hämatopoese und eine deutliche Verdrängung des medullären Fettgehalts. ]]></TEXT>
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<CellType spans="91~100" text="blastären" id="Ce0" cell="blast" isTumor="Not mentioned"/>
<CellAssociation spans="101~111" text="Infiltrate" id="C0" type="other"/>
<ExpressionSignal spans="130~138" text="kräftige" id="Ex0" expression_intensity="strong"/>
<PolaritySignal spans="139~149" text="Expression" id="P0" polarity="positive"/>
<Expression spans="154~158" text="CD20" id="E0"/>
<Expression spans="167~171" text="CD10" id="E1"/>
<Expression spans="191~194" text="CD3" id="E2"/>
<Expression spans="196~201" text="bcl-2" id="E3"/>
<Expression spans="206~209" text="TDT" id="E4"/>
<CellAssociation spans="357~381" text="Knochenmarksinfiltration" id="C1" type="other"/>
<DiagnosisType spans="392~423" text="klinisch- anamnestisch bekannte" id="D0" type="clinical diagnosis"/>
<MorphologicAbnormality spans="627~638" text="Markfibrose" id="Mo0" concept="fibrosis"/>
<AmountSignal spans="602~615" text="geringgradige" id="A0" extensiveness="few" change=""/>
<Hematopoiesis spans="695~706" text="Hämatopoese" id="H0" type="not specified"/>
<AmountSignal spans="645~676" text="nahezu vollständige Verdrängung" id="A1" extensiveness="few" change=""/>
<HematoDiagnosis spans="424~440" text="B-Zell-Neoplasie" id="He0" diagnosis=""/>
<HematoDiagnosis spans="522~548" text="aggressives B-Zell-Lymphom" id="He1" diagnosis=""/>
<PolaritySignal spans="175~186" text="Abwesenheit" id="P1" polarity="negative"/>
<Proliferation spans="256~293" text="mehr als 95% bis lokal annähernd 100%" id="Pr0" lowerValue="95" upperValue="100"/>
<PolaritySignal spans="325~340" text="handelt es sich" id="P2" polarity=""/>
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<PathologyFindingsAnnotation>
<TEXT><![CDATA[NACHBERICHT : Immunhistochemisch lassen sich hier im Interstitium kleine Gruppen von schwach CD20-positiven B-Zellen nachweisen. Diese Zellen zeigen eine Coexpression des PAX5, CD5, CD79und nukleär Cyclin D1. Diese Zellen sind negativ für CD3. Zusammenfassend handelt es sich hier um hypoplastisches Knochenmark mit minimaler Infiltration durch das bei uns gesicherte Mantelzelllymphom (Infiltratanteil ca. 5%)]]></TEXT>
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<ExpressionSignal spans="109~116" text="schwach" id="Ex0" expression_intensity="weak"/>
<Expression spans="117~121" text="CD20" id="E0"/>
<PolaritySignal spans="122~131" text="positiven" id="P0" polarity="positive"/>
<CellType spans="132~140" text="B-Zellen" id="Ce0" cell="B cell" isTumor="Not mentioned"/>
<CellType spans="153~165" text="Diese Zellen" id="Ce1" cell="B cell" isTumor="Not mentioned"/>
<PolaritySignal spans="178~190" text="Coexpression" id="P1" polarity="positive"/>
<Expression spans="195~199" text="PAX5" id="E1"/>
<Expression spans="201~204" text="CD5" id="E2"/>
<Expression spans="206~210" text="CD79" id="E3"/>
<Expression spans="225~234" text="Cyclin D1" id="E4"/>
<CellType spans="236~248" text="Diese Zellen" id="Ce2" cell="B cell" isTumor="Not mentioned"/>
<PolaritySignal spans="254~261" text="negativ" id="P2" polarity="negative"/>
<Expression spans="266~269" text="CD3" id="E5"/>
<PolaritySignal spans="288~303" text="handelt es sich" id="P3" polarity="positive"/>
<CellAssociation spans="328~339" text="Knochenmark" id="C0" type="bone marrow"/>
<CellAssociation spans="354~366" text="Infiltration" id="C1" type="other"/>
<DiagnosisType spans="377~395" text="bei uns gesicherte" id="D0" type="pathology diagnosis"/>
<HematoDiagnosis spans="396~413" text="Mantelzelllymphom" id="He0" diagnosis="mantle cell lymphoma"/>
<QuantitySignal spans="435~437" text="5%" id="Q0" quantity="5%"/>
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<TEXT><![CDATA[ In den ergänzenden Immunfärbungen sieht man im Knochenmark eine teils kleinstherdig akzentuierte interstitielle Infiltration durch Plasmazellen, die neben einer membranären Expression von CD138 weitestgehend eine zytoplasmatische lambda-Immunglobulinleichtkettenexpression in Abwesenheit von kappa- Immunglobulinleichtketten und von CD20 aufweisen. Dazwischen sind lediglich einige wenige, singulär gelegene, zytoplasmatisch kappa-positive Plasmazellen und quantitativ nicht vermehrte, CD20-positive B- Lymphozyten eingestreut. Der Anteil der monoklonalen (lambda-positiven) plasmazellulären Infiltrate beträgt an den im Biopsiematerial erfassten nukleären Knochenmarksfettzellen integral weniger als 10 %. Abschließend zusammengefasst handelt es sich um eine teils kleinstherdig akzentuierte interstitielle Infiltration des weitgehend normozellulären, regulär ausreifenden, hämatopoetisch aktiven Knochenmarks durch eine Plasmazellneoplasie mit lambda-Immunglobulinleichtkettenrestriktion (Infiltratanteil < 10 % der erfassten nukleären Knochenmarkszellen)]]></TEXT>
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<CellAssociation spans="77~88" text="Knochenmark" id="C0" type="bone marrow"/>
<CellAssociation spans="142~154" text="Infiltration" id="C1" type="other"/>
<CellType spans="161~173" text="Plasmazellen" id="Ce0" cell="plasma cell" isTumor="Not mentioned"/>
<PolaritySignal spans="203~213" text="Expression" id="P0" polarity="positive"/>
<Expression spans="218~223" text="CD138" id="E0"/>
<AmountSignal spans="224~237" text="weitestgehend" id="A0" extensiveness="most" change=""/>
<ClonalitySignal spans="260~266" text="lambda" id="Cl0" clonality="" chain="lambda"/>
<Expression spans="363~367" text="CD20" id="E1"/>
<AmountSignal spans="412~418" text="wenige" id="A1" extensiveness="few" change=""/>
<PolaritySignal spans="461~469" text="positive" id="P2" polarity="positive"/>
<CellType spans="470~482" text="Plasmazellen" id="Ce1" cell="plasma cell" isTumor="Not mentioned"/>
<Expression spans="516~520" text="CD20" id="E2"/>
<PolaritySignal spans="521~529" text="positive" id="P3" polarity="positive"/>
<CellType spans="530~544" text="B- Lymphozyten" id="Ce2" cell="B cell" isTumor="Not mentioned"/>
<ClonalitySignal spans="573~585" text="monoklonalen" id="Cl2" clonality="monoclonal" chain=""/>
<ClonalitySignal spans="587~593" text="lambda" id="Cl3" clonality="" chain="lambda"/>
<PolaritySignal spans="594~603" text="positiven" id="P4" polarity="positive"/>
<CellType spans="605~621" text="plasmazellulären" id="Ce3" cell="plasma cell" isTumor="Not mentioned"/>
<CellAssociation spans="622~632" text="Infiltrate" id="C2" type="other"/>
<QuantitySignal spans="731~735" text="10 %" id="Q0" quantity="10%"/>
<CellAssociation spans="677~709" text="nukleären Knochenmarksfettzellen" id="C3" type="nuclear bone marrow"/>
<CellAssociation spans="839~851" text="Infiltration" id="C4" type="other"/>
<MalignancySignal spans="884~904" text="regulär ausreifenden" id="M0" malignancy="negative"/>
<CellAssociation spans="929~941" text="Knochenmarks" id="C5" type="bone marrow"/>
<HematoDiagnosis spans="953~972" text="Plasmazellneoplasie" id="He0" diagnosis="plasma cell neoplasms"/>
<QuantitySignal spans="1038~1044" text="< 10 %" id="Q1" quantity="<10%"/>
<CellAssociation spans="1059~1087" text="nukleären Knochenmarkszellen" id="C6" type="nuclear bone marrow"/>
<AmountSignal spans="856~882" text="weitgehend normozellulären" id="A3" extensiveness="most" change="normal-normocellular"/>
<PolaritySignal spans="306~317" text="Abwesenheit" id="P5" polarity="negative"/>
<ClonalitySignal spans="455~460" text="kappa" id="Cl6" clonality="" chain="kappa"/>
<AmountSignal spans="499~514" text="nicht vermehrte" id="A4" extensiveness="" change="normal-normocellular"/>
<ClonalitySignal spans="977~1020" text="lambda-Immunglobulinleichtkettenrestriktion" id="Cl7" clonality="" chain="lambda"/>
<ClonalitySignal spans="322~327" text="kappa" id="Cl8" clonality="" chain="kappa"/>
<PolaritySignal spans="767~782" text="handelt es sich" id="P6" polarity=""/>
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<PathologyFindingsAnnotation>
<TEXT><![CDATA[NACHBERICHT : CD138 markiert die im Erstbericht beschriebenen atypischen Plasmazellen, deren Anteil am kernhaltigen Knochenmark ca. 60% beträgt. Somit handelt es sich hier um Infiltrate einer plasmazellulären Neoplasie (Infiltratanteil: 60%), bei entsprechender klinischer Konstellation passend zu Infiltraten eines multiplen Myeloms. Im Übrigen vergleiche Erstbericht]]></TEXT>
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<Expression spans="36~41" text="CD138" id="E0"/>
<MalignancySignal spans="84~94" text="atypischen" id="M0" malignancy="atypical"/>
<CellType spans="95~107" text="Plasmazellen" id="Ce0" cell="plasma cell" isTumor="Not mentioned"/>
<QuantitySignal spans="154~157" text="60%" id="Q0" quantity="60%"/>
<CellAssociation spans="125~149" text="kernhaltigen Knochenmark" id="C0" type="nuclear bone marrow"/>
<CellAssociation spans="198~208" text="Infiltrate" id="C1" type="other"/>
<HematoDiagnosis spans="339~356" text="multiplen Myeloms" id="He0" diagnosis="Plasma cell myeloma"/>
<CellAssociation spans="321~332" text="Infiltraten" id="C2" type="other"/>
<HematoDiagnosis spans="215~241" text="plasmazellulären Neoplasie" id="He1" diagnosis="plasma cell neoplasms"/>
<QuantitySignal spans="260~263" text="60%" id="Q1" quantity="60%"/>
<PolaritySignal spans="174~189" text="handelt es sich" id="P0" polarity=""/>
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<PathologyFindingsAnnotation>
<TEXT><![CDATA[NACHBERICHT : Wie angekündigt, wurden noch immunhistochemische Zusatzuntersuchungen veranlasst. Die Ergebnisse liegen nun vor: in der CD138 Reaktion sieht man dabei auch weiterhin lediglich einzelne eingestreute Plasmazellen, die in kleinen Grüppchen zu allenfalls 5 Plasmazellen liegen und insgesamt nur ca. 3 % aller kernhaltiger Zellen ausmachen. Allerdings besteht eine eindeutige lambda-Leichtkettenrestriktion. CD20- positive B-Lymphozyten sind nur wenige eingestreut, etwas mehr CD3-positive T-Lymphozyten. Kein Amyloidnachweis in der Kongorotfärbung. Bei Nachweis einer klonalen Plasmazellpopulation handelt es sich hier somit um geringe Infiltrate einer Plasmazellneoplasie mit lambda-Leichtkettenrestriktion]]></TEXT>
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<Expression spans="156~161" text="CD138" id="E0"/>
<AmountSignal spans="212~220" text="einzelne" id="A0" extensiveness="few" change=""/>
<CellType spans="234~246" text="Plasmazellen" id="Ce0" cell="plasma cell" isTumor="Not mentioned"/>
<CellType spans="289~301" text="Plasmazellen" id="Ce1" cell="plasma cell" isTumor="Not mentioned"/>
<QuantitySignal spans="331~334" text="3 %" id="Q0" quantity="3%"/>
<ClonalitySignal spans="407~437" text="lambda-Leichtkettenrestriktion" id="Cl0" clonality="" chain="lambda"/>
<Expression spans="439~443" text="CD20" id="E1"/>
<PolaritySignal spans="445~453" text="positive" id="P0" polarity="positive"/>
<CellType spans="454~467" text="B-Lymphozyten" id="Ce3" cell="B cell" isTumor="Not mentioned"/>
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<AmountSignal spans="497~507" text="etwas mehr" id="A2" extensiveness="few" change="increased-hypercellular"/>
<PolaritySignal spans="512~520" text="positive" id="P1" polarity="positive"/>
<Expression spans="508~511" text="CD3" id="E2"/>
<CellType spans="521~534" text="T-Lymphozyten" id="Ce4" cell="T cell" isTumor="Not mentioned"/>
<PolaritySignal spans="536~540" text="kein" id="P2" polarity="negative"/>
<MorphologicAbnormality spans="541~556" text="Amyloidnachweis" id="Mo0" concept="amyloid"/>
<CellType spans="610~630" text="Plasmazellpopulation" id="Ce5" cell="plasma cell" isTumor="Not mentioned"/>
<ClonalitySignal spans="601~609" text="klonalen" id="Cl1" clonality="" chain=""/>
<CellAssociation spans="669~679" text="Infiltrate" id="C0" type="other"/>
<HematoDiagnosis spans="686~705" text="Plasmazellneoplasie" id="He0" diagnosis="plasma cell neoplasms"/>
<ClonalitySignal spans="710~740" text="lambda-Leichtkettenrestriktion" id="Cl2" clonality="" chain="lambda"/>
<CellAssociation spans="341~360" text="kernhaltiger Zellen" id="C1" type="nuclear bone marrow"/>
<PolaritySignal spans="162~170" text="Reaktion" id="P3" polarity="positive"/>
<PolaritySignal spans="586~594" text="Nachweis" id="P4" polarity="positive"/>
<PolaritySignal spans="631~646" text="handelt es sich" id="P5" polarity="positive"/>
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<PathologyFindingsAnnotation>
<TEXT><![CDATA[NACHBERICHT : Wie angekündigt, wurden noch immunhistochemische Untersuchungen veranlasst. Die Ergebnisse liegen nun vor. Die Plasmazellen sind negativ für CD 20, CD 22, CD30 und BRAF. c-MYC ist in etwa 50 % der Plasmazellen schwach bis mäßig stark nukleär exprimiert. Der Proliferationsindex (Ki-67) liegt innerhalb der Plasmazellpopulation bei ca. 20 %. Im übrigen vergleiche den Erstbericht]]></TEXT>
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<CellType spans="147~159" text="Plasmazellen" id="Ce0" cell="plasma cell" isTumor="Not mentioned"/>
<PolaritySignal spans="165~172" text="negativ" id="P0" polarity="negative"/>
<Expression spans="177~182" text="CD 20" id="E0"/>
<Expression spans="184~189" text="CD 22" id="E1"/>
<Expression spans="191~195" text="CD30" id="E2"/>
<Expression spans="200~204" text="BRAF" id="E3"/>
<Expression spans="206~211" text="c-myc" id="E4"/>
<QuantitySignal spans="224~228" text="50 %" id="Q0" quantity="50%"/>
<CellType spans="233~245" text="Plasmazellen" id="Ce1" cell="plasma cell" isTumor="Not mentioned"/>
<ExpressionSignal spans="246~269" text="schwach bis mäßig stark" id="Ex0" expression_intensity="variable"/>
<PolaritySignal spans="278~288" text="exprimiert" id="P1" polarity="positive"/>
<CellType spans="342~362" text="Plasmazellpopulation" id="Ce2" cell="plasma cell" isTumor="Not mentioned"/>
<Proliferation spans="371~375" text="20 %" id="Pr0" lowerValue="20%" upperValue="20%"/>
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<PathologyFindingsAnnotation>
<TEXT><![CDATA[NACHBERICHT : Die Anzahl von MUM1-positiven Plasmazellen liegt bei weniger als 3%. Die Plasmazellen zeigen eine polyklonale Leichtkettenexpression. Im vorliegenden Material kein Nachweis von Infiltraten eines Multiplen Myeloms]]></TEXT>
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<Expression spans="54~58" text="MUM1" id="E0"/>
<PolaritySignal spans="59~68" text="positiven" id="P0" polarity="positive"/>
<CellType spans="69~81" text="Plasmazellen" id="Ce0" cell="plasma cell" isTumor="Not mentioned"/>
<QuantitySignal spans="92~106" text="weniger als 3%" id="Q0" quantity="<3%"/>
<CellType spans="112~124" text="Plasmazellen" id="Ce1" cell="plasma cell" isTumor="Not mentioned"/>
<ClonalitySignal spans="137~148" text="polyklonale" id="Cl0" clonality="polyclonal" chain=""/>
<PolaritySignal spans="199~212" text="Kein Nachweis" id="P1" polarity="negative"/>
<CellAssociation spans="217~228" text="Infiltraten" id="C0" type="other"/>
<HematoDiagnosis spans="235~252" text="multiplen Myeloms" id="He0" diagnosis="Plasma cell myeloma"/>
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<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>
<PathologyFindingsAnnotation>
<TEXT><![CDATA[NACHBERICHT : Wie angekündigt, wurden noch immunhistochemische Zusatzuntersuchungen veranlasst. Die Ergebnisse liegen nun vor: der Gehalt an CD34- und CD117-positiven Blasten überschreitet dabei nicht 1 % aller kernhaltiger Zellen. Keine nukleär TdT-exprimierenden Zellelemente. CD61 bestätigt die praktisch komplett fehlende Megakaryopoese. Es sind aber auch keine Mikromegakaryozyten sichtbar. Eingestreut sind sehr viele CD3- exprimierende T-Lymphozyten und nur wenige CD20-exprimierende B-Lymphozyten. Dazu viele Plasmazellen, die aber keine Leichtkettenrestriktion (kappa, lambda) aufweisen. MPO markiert den nur rudimentär nachweisbaren Rest der Granulopoese. Die ebenfalls subtotal reduzierte Erythropoese sieht man in der GlycophorinC-Reaktion. Nach Ausschluss einer (hypozellulären) hämatologischen Neoplasie und Infiltrat eines Lymphoms kommt somit abschließend eine aplastische Anämie in Betracht. Im übrigen vergleiche den Erstbericht]]></TEXT>
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<Expression spans="163~167" text="CD34" id="E0"/>
<Expression spans="173~178" text="CD117" id="E1"/>
<PolaritySignal spans="179~188" text="positiven" id="P0" polarity="positive"/>
<CellType spans="189~196" text="Blasten" id="Ce0" cell="blast" isTumor="Not mentioned"/>
<QuantitySignal spans="217~226" text="nicht 1 %" id="Q0" quantity="<1%"/>
<Expression spans="268~271" text="TDT" id="E2"/>
<PolaritySignal spans="254~259" text="keine" id="P1" polarity="negative"/>
<Expression spans="301~305" text="CD61" id="E3"/>
<PolaritySignal spans="339~347" text="fehlende" id="P2" polarity="negative"/>
<Hematopoiesis spans="348~362" text="Megakaryopoese" id="H0" type="megakaryopoiesis"/>
<PolaritySignal spans="382~387" text="keine" id="P3" polarity="negative"/>
<CellType spans="388~407" text="Mikromegakaryozyten" id="Ce1" cell="mikromegakaryocyte" isTumor="Not mentioned"/>
<Expression spans="446~449" text="CD3" id="E4"/>
<AmountSignal spans="440~445" text="viele" id="A0" extensiveness="numerous" change=""/>
<CellType spans="465~478" text="T-Lymphozyten" id="Ce2" cell="T cell" isTumor="Not mentioned"/>
<AmountSignal spans="487~493" text="wenige" id="A1" extensiveness="few" change=""/>
<Expression spans="494~498" text="CD20" id="E5"/>
<CellType spans="513~526" text="B-Lymphozyten" id="Ce3" cell="B cell" isTumor="Not mentioned"/>
<AmountSignal spans="533~538" text="viele" id="A2" extensiveness="numerous" change=""/>
<CellType spans="539~551" text="Plasmazellen" id="Ce4" cell="plasma cell" isTumor="Not mentioned"/>
<PolaritySignal spans="562~567" text="keine" id="P4" polarity="negative"/>
<ClonalitySignal spans="568~591" text="Leichtkettenrestriktion" id="Cl0" clonality="light chain restriction" chain=""/>
<ClonalitySignal spans="593~598" text="kappa" id="Cl1" clonality="" chain="kappa"/>
<ClonalitySignal spans="600~606" text="lambda" id="Cl2" clonality="" chain="lambda"/>
<Expression spans="619~622" text="MPO" id="E6"/>
<Hematopoiesis spans="674~686" text="Granulopoese" id="H1" type="granulopoiesis"/>
<AmountSignal spans="640~664" text="rudimentär nachweisbaren" id="A3" extensiveness="few" change=""/>
<AmountSignal spans="711~721" text="reduzierte" id="A4" extensiveness="" change="decreased-hypocellular"/>
<Hematopoiesis spans="722~734" text="Erythropoese" id="H2" type="erythropoiesis"/>
<Expression spans="752~764" text="GlycophorinC" id="E7"/>
<MalignancySignal spans="831~840" text="Neoplasie" id="M0" malignancy="malignant"/>
<HematoDiagnosis spans="861~869" text="Lymphoms" id="He0" diagnosis=""/>
<OtherDiagnosis spans="900~918" text="aplastische Anämie" id="O0"/>
<PolaritySignal spans="781~791" text="Ausschluss" id="P5" polarity="negative"/>
<CellAssociation spans="233~252" text="kernhaltiger Zellen" id="C0" type="nuclear bone marrow"/>
<PolaritySignal spans="499~512" text="exprimierende" id="P6" polarity="positive"/>
<PolaritySignal spans="623~631" text="markiert" id="P7" polarity="positive"/>
<PolaritySignal spans="765~773" text="Reaktion" id="P8" polarity="positive"/>
<AmountSignal spans="799~813" text="hypozellulären" id="A5" extensiveness="" change="increased-hypercellular"/>
<PolaritySignal spans="451~464" text="exprimierende" id="P9" polarity="positive"/>
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</PathologyFindingsAnnotation>
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<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>
<PathologyFindingsAnnotation>
<TEXT><![CDATA[NACHBERICHT : Immunhistochemisch zeigen sich gering vermehrte, teils in kleinen Grüppchen gelagerte, ca. 10% aller kernhaltigen Knochenmarkszellen ausmachende, MUM-1-positive Plasmazellen mit Restriktion für die Leichtkette Lambda. Somit handelt es sich um Infiltrate einer Plasmazellneoplasie (Infiltratanteil hier ca. 10%). Im Übrigen vgl. Erstbericht. ]]></TEXT>
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<AmountSignal spans="67~83" text="gering vermehrte" id="A0" extensiveness="few" change="increased-hypercellular"/>
<QuantitySignal spans="127~130" text="10%" id="Q0" quantity="10%"/>
<CellAssociation spans="137~168" text="kernhaltigen Knochenmarkszellen" id="C0" type="nuclear bone marrow"/>
<Expression spans="182~187" text="MUM-1" id="E0"/>
<PolaritySignal spans="188~196" text="positive" id="P0" polarity="positive"/>
<CellType spans="197~209" text="Plasmazellen" id="Ce0" cell="plasma cell" isTumor="Not mentioned"/>
<ClonalitySignal spans="214~252" text="Restriktion für die Leichtkette Lambda" id="Cl0" clonality="light chain restriction" chain="lambda"/>
<CellAssociation spans="280~290" text="Infiltrate" id="C1" type="other"/>
<HematoDiagnosis spans="297~316" text="Plasmazellneoplasie" id="He0" diagnosis="plasma cell neoplasms"/>
<QuantitySignal spans="343~346" text="10%" id="Q1" quantity="10%"/>
<PolaritySignal spans="261~276" text="handelt es sich" id="P1" polarity="positive"/>
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</PathologyFindingsAnnotation>
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<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>
<PathologyFindingsAnnotation>
<TEXT><![CDATA["NACHBERICHT : In den immunhistochemisch gefärbten Paraffinschnitten sieht man im Knochenmark disseminiert verteilte, singulär gelegene und quantitativ nicht abnorm vermehrte, CD34-positive Blasten (anteilig < 5 % der erfassten nukleären Knochenmarkszellen). Die Megakaryopoese exprimiert CD61 und imponiert immunhistiochemisch als lebhaft und minimal linksverschoben]]></TEXT>
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<AmountSignal spans="173~195" text="nicht abnorm vermehrte" id="A0" extensiveness="" change="normal-normocellular"/>
<Expression spans="197~201" text="CD34" id="E0"/>
<PolaritySignal spans="202~210" text="positive" id="P0" polarity="positive"/>
<CellType spans="211~218" text="Blasten" id="Ce0" cell="blast" isTumor="Not mentioned"/>
<CellAssociation spans="249~277" text="nukleären Knochenmarkszellen" id="C1" type="nuclear bone marrow"/>
<Hematopoiesis spans="284~298" text="Megakaryopoese" id="H0" type="megakaryopoiesis"/>
<PolaritySignal spans="299~309" text="exprimiert" id="P1" polarity="positive"/>
<Expression spans="310~314" text="CD61" id="E1"/>
<ShiftSignal spans="373~388" text="linksverschoben" id="Sh0" shift="left shift"/>
<AmountSignal spans="365~372" text="minimal" id="A1" extensiveness="few" change=""/>
<QuantitySignal spans="229~234" text="< 5 %" id="Q0" quantity="<5%"/>
<CellAssociation spans="103~114" text="Knochenmark" id="C2" type="bone marrow"/>
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<TEXT><![CDATA[NACHBERICHT : In den ergänzenden Immunfärbungen zeigt sich mikroskopisch, dass die ausgedehnten und überwiegend diffusen neoplastischen Infiltrate eine homogene und kräftige Expression von CD20, PAX5, Cyclin D1 und Annexin-1 und mehrheitlich eine Expression von DBA.44 in Abwesenheit von CD3 und von TRAP aufweisen. Ferner zeigen sie in der Immunreaktion mit dem BRAF V600E-mutationsspezifischen Antikörper eine homogene zytoplasmatische Positivität. Ihr Anteil beträgt an den im Biopsiematerial erfassten nukleären Knochenmarkszellen integral gut 60%. Die Ergebnisse der rgänzend durchgeführten Immunfärbungen bestätigen, dass es sich bei der bereits anlässlich des Erstberichts diagnostizierten hämatopoetischen Neoplasie um ein indolentes Non-Hodgkin- Lymphom der B-Zell-Reihe vom Typ einer Haarzell-Leukämie handelt (Infiltratanteil gut 60% der im Biopsiematerial erfassten nukleären Knochenmarkszellen). ]]></TEXT>
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<MalignancySignal spans="144~158" text="neoplastischen" id="M0" malignancy="malignant"/>
<CellAssociation spans="159~169" text="Infiltrate" id="C0" type="other"/>
<ExpressionSignal spans="188~196" text="kräftige" id="Ex0" expression_intensity="strong"/>
<PolaritySignal spans="197~207" text="Expression" id="P0" polarity="positive"/>
<Expression spans="212~216" text="CD20" id="E0"/>
<Expression spans="218~222" text="PAX5" id="E1"/>
<Expression spans="224~233" text="Cyclin D1" id="E2"/>
<Expression spans="238~247" text="Annexin-1" id="E3"/>
<PolaritySignal spans="270~280" text="Expression" id="P1" polarity="positive"/>
<Expression spans="285~291" text="DBA.44" id="E4"/>
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<Expression spans="311~314" text="CD3" id="E5"/>
<Expression spans="323~327" text="TRAP" id="E6"/>
<Expression spans="386~396" text="BRAF V600E" id="E7"/>
<PolaritySignal spans="461~472" text="Positivität" id="P3" polarity="positive"/>
<CellAssociation spans="529~557" text="nukleären Knochenmarkszellen" id="C1" type="nuclear bone marrow"/>
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<MalignancySignal spans="738~747" text="Neoplasie" id="M1" malignancy="malignant"/>
<HematoDiagnosis spans="818~835" text="Haarzell-Leukämie" id="He1" diagnosis="hairy cell leukaemia"/>
<QuantitySignal spans="865~868" text="60%" id="Q1" quantity="60%"/>
<CellAssociation spans="902~930" text="nukleären Knochenmarkszellen" id="C2" type="nuclear bone marrow"/>
<PolaritySignal spans="295~306" text="Abwesenheit" id="P4" polarity="negative"/>
<HematoDiagnosis spans="755~803" text="indolentes Non-Hodgkin- Lymphom der B-Zell-Reihe" id="He2" diagnosis=""/>
<CellAssociation spans="474~477" text="Ihr" id="C3" type="other"/>
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<TEXT><![CDATA[NACHBERICHT : Wie angekündigt, wurden noch immunhistochemische Zusatzuntersuchungen veranlasst. Die Ergebnisse liegen nun vor: die vorbeschriebene blastäre Zellpopulation ist dabei kräftig positiv für die myeloischen Marker LYS, CD15 und zumindest partiell (20 % der Zellen) positiv für MPO und CD68/PGM1. CD34 und CD117 sind negativ. Glykophorin markiert lediglich die Reste der eingestreuten Erythropoese. In der CD61 Reaktion werden weiterhin kaum Megakaryozyten sichtbar. TdT ist negativ. Diese Ergebnisse bestätigen Infiltrate einer akuten myeloischen Leukämie (AML), wobei die Blasten hier (zumindest histologisch) CD34-negativ sind. Der Infiltratanteil beträgt ca. 50 % aller kernhaltiger Zellen. ]]></TEXT>
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<CellType spans="169~177" text="blastäre" id="Ce0" cell="blast" isTumor="Not mentioned"/>
<ExpressionSignal spans="203~210" text="kräftig" id="Ex0" expression_intensity="strong"/>
<PolaritySignal spans="211~218" text="positiv" id="P0" polarity="positive"/>
<Expression spans="246~249" text="LYS" id="E0"/>
<Expression spans="251~255" text="CD15" id="E1"/>
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<QuantitySignal spans="280~284" text="20 %" id="Q0" quantity="20%"/>
<CellType spans="289~295" text="Zellen" id="Ce1" cell="other-not specified" isTumor="Not mentioned"/>
<PolaritySignal spans="297~304" text="positiv" id="P1" polarity="positive"/>
<Expression spans="309~312" text="MPO" id="E2"/>
<Expression spans="317~326" text="CD68/PGM1" id="E3"/>
<Expression spans="328~332" text="CD34" id="E4"/>
<Expression spans="337~342" text="CD117" id="E5"/>
<PolaritySignal spans="348~355" text="negativ" id="P2" polarity="negative"/>
<Expression spans="357~368" text="Glykophorin" id="E6"/>
<Hematopoiesis spans="416~428" text="Erythropoese" id="H0" type="erythropoiesis"/>
<Expression spans="437~441" text="CD61" id="E7"/>
<AmountSignal spans="468~472" text="kaum" id="A1" extensiveness="few" change=""/>
<CellType spans="473~487" text="Megakaryozyten" id="Ce2" cell="megakaryocyte" isTumor="Not mentioned"/>
<Expression spans="498~501" text="TDT" id="E8"/>
<PolaritySignal spans="506~513" text="negativ" id="P3" polarity="negative"/>
<CellAssociation spans="544~554" text="Infiltrate" id="C0" type="other"/>
<CellType spans="606~613" text="Blasten" id="Ce3" cell="blast" isTumor="Not mentioned"/>
<Expression spans="644~648" text="CD34" id="E9"/>
<PolaritySignal spans="649~656" text="negativ" id="P4" polarity="negative"/>
<QuantitySignal spans="695~699" text="50 %" id="Q1" quantity="50%"/>
<CellAssociation spans="700~725" text="aller kernhaltiger Zellen" id="C1" type="nuclear bone marrow"/>
<CellAssociation spans="178~192" text="Zellpopulation" id="C2" type="other"/>
<HematoDiagnosis spans="590~593" text="AML" id="He0" diagnosis="Acute myeloid leukaemia not otherwise specified"/>
<HematoDiagnosis spans="561~588" text="akuten myeloischen Leukämie" id="He1" diagnosis="Acute myeloid leukaemia not otherwise specified"/>
<PolaritySignal spans="442~450" text="Reaktion" id="P5" polarity="positive"/>
<PolaritySignal spans="369~377" text="markiert" id="P6" polarity="positive"/>
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<TEXT><![CDATA[['NACHBERICHT : Zwischenzeitlich liegen die immunhistochemischen Zusatzuntersuchungen vor. Die vorbeschriebenen Infiltrate zeigen hierbei eine Coexpression von CD20, PAX5, BCL6 und BCL2, außerdem partiell (etwa 60%) von MUM1 in Abwesenheit von CD10, Kappa- und Lambda-Leichtketten, CD3, CD34 und TdT. Unter Einbeziehung der immunhistochemischen Zusatzuntersuchungen handelt es sich somit um Infiltrate eines aggressiven Non-Hodgkin-Lymphoms der B-Zell-Reihe (Infiltratanteil hier etwa 80%), hier vom Typ eines DLBCL (Non-GCB-Typ nach Hans). Eine zur Bestimmung der Proliferationsaktivität durchgeführte Ki67- Färbung steht noch zur Befundung aus, ein entsprechender Nachbericht folgt', 'NACHBERICHT : Zwischenzeitlich liegt auch die Ki67-Färbung vor. Hierbei zeigt sich eine Ki67-Proliferationsaktivität von etwa 95%. Im Übrigen vergleiche Erstbericht']]]></TEXT>
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<CellAssociation spans="134~144" text="Infiltrate" id="C0" type="other"/>
<PolaritySignal spans="165~177" text="Coexpression" id="P0" polarity="positive"/>
<Expression spans="182~186" text="CD20" id="E0"/>
<Expression spans="188~192" text="PAX5" id="E1"/>
<Expression spans="194~198" text="BCL6" id="E2"/>
<Expression spans="203~207" text="BCL2" id="E3"/>
<QuantitySignal spans="233~236" text="60%" id="Q0" quantity="60%"/>
<Expression spans="242~246" text="MUM1" id="E4"/>
<Expression spans="266~270" text="CD10" id="E5"/>
<Expression spans="304~307" text="CD3" id="E6"/>
<Expression spans="309~313" text="CD34" id="E7"/>
<Expression spans="318~321" text="TDT" id="E8"/>
<PolaritySignal spans="389~404" text="handelt es sich" id="P1" polarity="positive"/>
<CellAssociation spans="414~424" text="Infiltrate" id="C1" type="other"/>
<QuantitySignal spans="508~511" text="80%" id="Q1" quantity="80%"/>
<HematoDiagnosis spans="533~538" text="DLBCL" id="He0" diagnosis="diffuse large B-cell Lymphome"/>
<HematoDiagnosis spans="431~480" text="aggressiven Non-Hodgkin-Lymphoms der B-Zell-Reihe" id="He1" diagnosis=""/>
<ClonalitySignal spans="272~277" text="Kappa" id="Cl0" clonality="" chain="kappa"/>
<ClonalitySignal spans="283~289" text="Lambda" id="Cl1" clonality="" chain="lambda"/>
<PolaritySignal spans="250~261" text="Abwesenheit" id="P2" polarity="negative"/>
<Proliferation spans="861~864" text="95%" id="Pr0" lowerValue="95" upperValue="95"/>
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<TEXT><![CDATA[NACHBERICHT : In den immunhistochemisch gefärbten Paraffinschnitten zeigt sich mikroskopisch, dass die blastären Infiltrate homogen CD34, nahezu homogene CD117, zu weniger als der Hälfte und in teils kleinherdig akzentuierter Verteilung CD61 in Abwesenheit von Myeloperoxidase, Glycophorin C und CD3 exprimieren. Dazwischen sieht man einzelne wenige kleinere megakaryozytäre Zellformen bzw. Mikromegakaryozyten und einzelne wenige granulopoetische Zellen. Erythropoetische Zellen sind auch immunhistochemisch (Glycophorin C) nicht abgrenzbar. Ferner sieht man zumeist disseminiert verteilte, vereinzelt auch in winzigen Grüppchen gelegene, quantitativ nicht abnorm vermehrte, CD3-positive T-Lymphozyten. Der Anteil der blastären Infiltrate beträgt an den im Biopsiematerial erfassten nukleären Knochenmarkszellen integral geschätzt etwa 90%. Abschließend zusammengefasst handelt es sich um eine Knochenmarksinfiltration durch die klinisch- anamnestisch bekannte und bei uns zuletzt unter E/18/025725 vordiagnostizierte sekundäre akute myeloische Leukämie, immunphänotypisch mit partieller megakaryozytärer Differenzierung (Infiltratanteil etwa 90% der erfassten nukleären Knochenmarkszellen). Begleitend eine weitgehende Verdrängung der Hämatopoese und eine deutliche Markfibrose mit Osteosklerose (MF-3, gemäß WHO). ]]></TEXT>
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<CellType spans="124~133" text="blastären" id="Ce0" cell="blast" isTumor="Not mentioned"/>
<CellAssociation spans="134~144" text="Infiltrate" id="C0" type="other"/>
<Expression spans="153~157" text="CD34" id="E0"/>
<Expression spans="175~180" text="CD117" id="E1"/>
<AmountSignal spans="185~207" text="weniger als der Hälfte" id="A0" extensiveness="partial" change=""/>
<Expression spans="258~262" text="CD61" id="E2"/>
<Expression spans="282~297" text="Myeloperoxidase" id="E3"/>
<Expression spans="299~312" text="Glycophorin C" id="E4"/>
<Expression spans="317~320" text="CD3" id="E5"/>
<PolaritySignal spans="321~332" text="exprimieren" id="P1" polarity="positive"/>
<AmountSignal spans="364~370" text="wenige" id="A1" extensiveness="few" change=""/>
<CellType spans="412~431" text="Mikromegakaryozyten" id="Ce1" cell="mikromegakaryocyte" isTumor="Not mentioned"/>
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<Hematopoiesis spans="452~475" text="granulopoetische Zellen" id="H0" type="granulopoiesis"/>
<Hematopoiesis spans="477~500" text="Erythropoetische Zellen" id="H1" type="erythropoiesis"/>
<Expression spans="531~544" text="Glycophorin C" id="E6"/>
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<CellType spans="710~723" text="T-Lymphozyten" id="Ce2" cell="T cell" isTumor="Not mentioned"/>
<CellType spans="740~749" text="blastären" id="Ce3" cell="blast" isTumor="Not mentioned"/>
<CellAssociation spans="750~760" text="Infiltrate" id="C1" type="other"/>
<CellAssociation spans="805~833" text="nukleären Knochenmarkszellen" id="C2" type="nuclear bone marrow"/>
<QuantitySignal spans="858~861" text="90%" id="Q0" quantity="90%"/>
<CellAssociation spans="917~941" text="Knochenmarksinfiltration" id="C3" type="other"/>
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<HematoDiagnosis spans="1051~1076" text="akute myeloische Leukämie" id="He0" diagnosis="Acute myeloid leukaemia not otherwise specified"/>
<PolaritySignal spans="893~908" text="handelt es sich" id="P4" polarity="positive"/>
<CellType spans="1111~1127" text="megakaryozytärer" id="Ce4" cell="megakaryocyte" isTumor="Not mentioned"/>
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<Hematopoiesis spans="1259~1270" text="Hämatopoese" id="H2" type="not specified"/>
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<MorphologicAbnormality spans="1290~1301" text="Markfibrose" id="Mo0" concept="fibrosis"/>
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<MorphologicAbnormality spans="1306~1319" text="Osteosklerose" id="Mo1" concept="fibrosis"/>
<OtherDiagnosis spans="1321~1325" text="MF-3" id="O0"/>
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<TEXT><![CDATA[NACHBERICHT : In den immunhistochemisch gefärbten Paraffinschnitten sieht man im Knochenmark atypiefreie, quantitativ nicht abnorm vermehrte und zumeist disseminiert verteilte Lymphozyten, unter denen in orthologer Weise CD3- positive T-Zellen deutlich gegenüber nur vereinzelt eingestreuten, CD20- und PAX-5-positiven B-Zellen prädominieren. Lymphomatöse B-Zell-Infiltrate sind auch in den immunhistochemisch gefärbten Paraffinschnittstufen nicht identifizierbar. Somit ergibt sich am hier vorliegenden Material abschließend kein Nachweis von Malignität. Im Übrigen vergl. Erstbericht. ]]></TEXT>
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<CellAssociation spans="102~113" text="Knochenmark" id="C0" type="bone marrow"/>
<MalignancySignal spans="114~125" text="atypiefreie" id="M0" malignancy="negative"/>
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<CellType spans="197~208" text="Lymphozyten" id="Ce0" cell="lymphocyte" isTumor="Not mentioned"/>
<Expression spans="242~245" text="CD3" id="E0"/>
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<AmountSignal spans="349~362" text="prädominieren" id="A1" extensiveness="most" change=""/>
<MalignancySignal spans="364~376" text="Lymphomatöse" id="M1" malignancy="atypical"/>
<CellType spans="377~383" text="B-Zell" id="Ce3" cell="B cell" isTumor="Not mentioned"/>
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<PolaritySignal spans="463~484" text="nicht identifizierbar" id="P2" polarity="negative"/>
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<MalignancySignal spans="566~576" text="Malignität" id="M2" malignancy="malignant"/>
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This data set contains annotated samples of pathology nodes as described in our manuscript. They are part of the corpus that was used to train the models. We recommend using MedTator for viewing the files along with the dtd file published here.