Sindirim sistemi çocuklar için beslenme ve gelişim açısından önemlidir. Tüm gıdaların, vitamin ve minerallerin emilerek kana geçtiği yer bağırsaklardır. Bağırsakların emilim ve boşaltım hareketlerini düzgün bir şekilde yapmaları çocuğun sağlıklı olmasının temelidir.
İyi huylu mikroorganizmalardan oluşan bağırsak florası da çocukluk çağında oluşarak son halini alır. Hem sindirim hem de vücut direnci için floranın sağlıklı işleyişini korumak önemlidir. Florayı en kolay bozan etken antibiyotik kullanımıdır. İki yaşından önce hiçbir şekilde antibiyotik kullanmamak, çocuğun sağlıklı bir erişkin olmasında en önemli uygulamalardan bir tanesidir. Daha sonraki dönemlerde de mümkün olduğunca antibiyotik kullanmaktan kaçınmak ve çocuğu kimyasal içerikli gıdalardan uzak tutmak önemlidir. Sağlıklı bağırsak sağlıklı bir vücut demektir.