Gangtok'da yüksek bölgelere özgü muson etkili bir tropikal iklim görülmektedir. Şehirde beş mevsim yaşanmaktadır. Bunlar yaz, muson, sonbahar, kış ve ilkbahar mevsimleridir. Yaz aylarında hava sıcaklığı 15 ile 22 derece arasında değişmektedir. Kış mevsiminde ise hava sıcaklığı 4 ile 12 derece arasındadır. Nisan - Eylül arası muson dönemidir ve sık sık yağmur yağar. Kış ve muson döneminde yoğun sis görülür.