Şehir 17 yok oldu fakat İttifak pes etmedi. Aynı şekilde Gordon Freeman'ın da pes etmeye niyeti yok.
İnsanlık dört bir yana dağıldı, uzaylı kuvvetleri Dünya'yı ele geçirme çabalarına devam devam ediyor. Fizikçi Gordon Freeman ve Alyx Vance insanlık yok olmadan önce bir İttifak mesajını ele geçirmek ve isyan güçleriyle buluşmak için birlikte çalışmalı.
Serinin önceki oyunlarında olduğu gibi Episode Two da oldukça plan gerektiren bir oyun. Oyundaki sürüsüyle fizik temelli bulmacanın yanı sıra çatışmalarda da başarılı olmak için sıklıkla kıvrak bir zekâ ve hızlı refleksler gerektiriyor.
—The New York Times
Episode Two'nun hikâyesi de seviye tasarımı kadar iddialı. […] Oyunu tamamladığınızda oldukça tatmin olacaksınız.
—Mac World
Önceki birçok maceranızın ortamı ve arka planı, Episode Two'da sergilenen bina silüetlerinin ve adeta uzun bir Jenga oturumunun ardından oluşmuş bir kuleye benzeyen Hisar'ın eline su dökemez. [...] Episode Two vahşi, tehlikeli ve havalı.