MGK'nın "İrticayla Mücadele Eylem Planı" belgesi ve askerlerin sivil mahkemede yargı yolunu açan düzenlemeleri toplantının sonunda ele aldığı ortaya çıktı. 30 Haziran tarihli Milli Güvenlik Kurulu'nda saat 13.30'da başlayan ve 7 saat 40 dakika süren toplantının ilk 5.5 saatinde resmi gündemde yer alan konular ele alındı. İşte toplantının ayrıntıları: KURABİYE:
MGK toplantısı saat 13.30'da başladı ve resmi gündemde yer alan Irak, Kıbrıs, Türkiye-AB ilişkileri, İran seçimleri ve bölgesel konular ele alındı. 17.15'te kahve molası verildi. Komutanlar ve sivil üyeler kahve molasında Cumhurbaşkanlığı tarafından servis edilen kurabiyeleri yedi. SAAT 19.00:
Gündem başlıklarının ardından bürokratlar salondan ayrıldı. Genelkurmay Başkanı Org. İlker Başbuğ, "gündeme getireceğiz" dediği belge konusunu açtı. Gece yarısı geçen ve askerlerin sivil mahkemelerde yargılanmasını öngören yasayla birlikte son dönemin etkilerini aktardı. Cumhurbaşkanı Abdullah Gül konunun ele alınmasından sonra "Devletimizin kurumlarını yıpratmaya yönelik beyan ve yayınlara ilişkin tepki ve düşünceler dile getirilmiş, bu tür faaliyetlerin ülkemize bir fayda sağlamayacağı teyit edilmiştir" ifadesini MGK bildirisine ekledi. ÇİÇEK
: Özel oturum devam ederken Kıdemli Albay Dursun Çiçek'in tutuklama istemiyle mahkemeye sevk edildiği haberi önce Genelkurmay Başkanı Org. Başbuğ'a ardından da başyaveri tarafından Cumhurbaşkanı Abdullah Gül'e iletildi. Gül, gelen haberi kurul üyeleriyle paylaştı. Başbuğ bunun üzerine, "Askeri yargı soruşturmayı yapmadan önce Çiçek ile ilgili tüm bilgileri Adli makamlardan istedi. Verilmeyen bilgi mi var?" tepkisini gösterdi. ÜÇLÜ ZİRVE:
MGK'nın sona ermesinin ardından, Gül, Erdoğan ve Başbuğ yeniden bir araya geldi. Bu sırada, kurulun diğer sivil üyeleri Başbakan Yardımcısı Cemil Çiçek ve Adalet Bakanı Sadullah Ergin kapıda bekledi. Bir süre sonra toplantı beşliye dönüştü.